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一株海洋杆菌属新菌种XAAS-72^(T)的植物促生功能分析及ACC脱氨酶蛋白结构预测
1
作者 王慧楠 朱静 +4 位作者 谢文文 何子璇 柏晓玉 朱艳蕾 张志东 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1778-1785,共8页
【目的】研究海洋杆菌属新菌种XAAS-72的植物促生功能,挖掘其潜在功能基因。【方法】通过对菌株全基因组测序,分析相关功能基因组成,挖掘ACC脱氨酶合成相关的候选基因,并进行功能预测。【结果】海洋杆菌属新种Pontibacter kalidii XAAS... 【目的】研究海洋杆菌属新菌种XAAS-72的植物促生功能,挖掘其潜在功能基因。【方法】通过对菌株全基因组测序,分析相关功能基因组成,挖掘ACC脱氨酶合成相关的候选基因,并进行功能预测。【结果】海洋杆菌属新种Pontibacter kalidii XAAS-72菌悬液处理可显著提高盆栽小麦麦苗生长,其基因组长度为5054860 bp,含1个环形质粒,总GC含量为54.52%,注释的基因数目为4391个,编码蛋白数4261个,具有多种抗逆和促生相关基因。其与Pontibacter sp.BAB1700的ACC脱氨酶(1-aminoeyclopropane-1-earboxylate-deaminase)相似度最高为72.48%。该蛋白属于不稳定亲水性蛋白,不具备跨膜结构,且无信号肽结构。【结论】海洋杆菌属新种XAAS-72蕴藏着丰富的抗逆和植物促生相关基因。 展开更多
关键词 海洋杆菌属 植物促生特性 ACC脱氨酶 结构预测
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基于变分编码器的纳米纤维素分子结构预测模型框架研究
2
作者 赵武灵 满奕 《化工学报》 EI CSCD 北大核心 2024年第9期3221-3230,共10页
纳米纤维素因其多样化的原料、制备方法以及改性方法而展现出丰富的分子结构及性能。但正因其结构多样性,在传统方法下研发周期长,研发成本高,若能从微观尺度设计分子结构则有助于大幅缩短该周期,而目前,现有的分子结构预测模型多适用... 纳米纤维素因其多样化的原料、制备方法以及改性方法而展现出丰富的分子结构及性能。但正因其结构多样性,在传统方法下研发周期长,研发成本高,若能从微观尺度设计分子结构则有助于大幅缩短该周期,而目前,现有的分子结构预测模型多适用于无机材料,对纳米纤维素的适应性有限。基于变分编码器搭建了纳米纤维素分子结构预测模型,针对纳米纤维素结构特点,设计了4条独有的结构生成约束。模型的结构生成准确率达到约63.0%。模型在识别部分结构方面表现优异,对主体结构识别率达到87.0%,能有效解耦纳米纤维素主体结构与改性基团结构,并在一定程度上证明了提出的模型框架对纳米纤维素及衍生材料的结构预测具有可行性,有助于相关材料的研发与制备。 展开更多
关键词 深度学习 纳米纤维素 结构预测 神经网络 模型设计
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非洲猪瘟病毒C129R蛋白与E165R蛋白的可溶性表达、胞外酶活力测定与结构预测分析
3
作者 王彦伟 岳亚男 +5 位作者 张素玲 李欢欢 陈赵媛 刘月月 逄文强 田克恭 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2024年第7期52-57,共6页
C129R和E165R分别是非洲猪瘟病毒(ASFV)基因组编码的一种Mn依赖的超氧化物歧化酶和尿嘧啶脱氧核糖核苷三磷酸酶,2种酶均参与ASFV的复制过程。通过研究ASFV C129R蛋白与E165R蛋白的功能,以指导非洲猪瘟的诊断及免疫预防研究。对ASFV SY-1... C129R和E165R分别是非洲猪瘟病毒(ASFV)基因组编码的一种Mn依赖的超氧化物歧化酶和尿嘧啶脱氧核糖核苷三磷酸酶,2种酶均参与ASFV的复制过程。通过研究ASFV C129R蛋白与E165R蛋白的功能,以指导非洲猪瘟的诊断及免疫预防研究。对ASFV SY-18株的C129R和E165R基因序列进行密码子优化后,利用大肠杆菌进行表达,纯化后获得重组蛋白,通过Western blot鉴定其反应性,并对其胞外酶活力进行测定,对C129R蛋白的结构预测结果进行分析。结果:实现了C129R蛋白与E165R蛋白的可溶性表达,重组蛋白分子量分别约为15 kDa和18 kDa, Western blot显示C129R与E165R蛋白均能与ASFV阳性血清产生特异性反应;胞外酶活力测定显示,C129R与E165R蛋白在胞外均有酶学活性,比酶活力分别为(60.2±3.8) U/mg和(32.6±2.4) U/mg;蛋白质结构预测结果显示,C129R为双结构域蛋白,主要由N端α螺旋结构域和C末端α/β结构域组成,C129R蛋白N端α螺旋结构域和C末端α/β结构域的交界处可能是其主要活性位点,序列保守的β-折叠桶(K_(32)~A_(101))可能在其发挥功能时起重要作用。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 C129R蛋白 E165R蛋白 可溶性表达 酶学活性 结构预测
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基于云计算的蛋白质折叠空间结构预测
4
作者 徐胜超 杨波 +3 位作者 王宏杰 毛明扬 蒋金陵 蒋大锐 《电子技术应用》 2024年第8期10-16,共7页
构建基于云计算的蛋白质折叠空间结构预测框架,通过数据云存储设备获取蛋白质序列原始数据,采用HDFS(Hadoop Distributed File System)分布式存储方式保存于云端。资源和队列管理器RQM(Resource Queue Man‐agement)开启云端虚拟机后,... 构建基于云计算的蛋白质折叠空间结构预测框架,通过数据云存储设备获取蛋白质序列原始数据,采用HDFS(Hadoop Distributed File System)分布式存储方式保存于云端。资源和队列管理器RQM(Resource Queue Man‐agement)开启云端虚拟机后,以之作为扫描节点(Sensor Node,SN),SN基于二维AB非格点模型建立最小蛋白质分子能量优化函数,采用局部搜索机制改进的量子遗传算法对其作优化求解。利用云端GPU设备处理模型训练数据,即可实现蛋白质折叠空间结构的自动化预测。实验结果表明:蛋白质序列能量势函数计算结果更小、执行效率更高、GDT-TS(Geothermal Development and Testing Tool Suite)评价指标值更大。 展开更多
关键词 云计算 蛋白质折叠 空间结构预测 HDFS分布式存储 局部搜索机制 量子遗传算法
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基于改进目标函数的机组汽温变结构预测控制
5
作者 王林 李军 +5 位作者 曾卫东 许世森 高耀岿 高林 王明坤 赵章明 《中国电机工程学报》 EI CSCD 北大核心 2023年第14期5483-5489,共7页
近年来,变结构预测控制算法因其结构简单、易于实现,在发电过程控制中得到应用,但该算法对目标函数利用不足,导致预测控制输出变化缓慢,被调量跟踪不及时。该文在原始变结构预测控制算法的基础上,设计可调节因子对目标函数进行加权修正... 近年来,变结构预测控制算法因其结构简单、易于实现,在发电过程控制中得到应用,但该算法对目标函数利用不足,导致预测控制输出变化缓慢,被调量跟踪不及时。该文在原始变结构预测控制算法的基础上,设计可调节因子对目标函数进行加权修正,提出一种改进目标函数的变结构预测控制算法。同时,以1000MW机组汽温控制为研究对象,将改进目标函数的变结构预测控制算法与传统PID控制及原始变结构预测控制算法进行对比分析。结果显示:在±50%的过程模型参数摄动与环境噪音扰动下,改进目标函数的变结构预测控制算法对被调量的快速响应与超调抑制具有良好的控制效果。实际应用表明:稳定工况下,汽温控制偏差小于±2℃,负荷扰动工况下最大偏差不超过10℃,能够满足汽温系统大惯性、大迟延、多扰动的控制需求。 展开更多
关键词 变结构预测 目标函数 参数摄动 噪音叠加 过程控制
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HLA新等位基因B*46:30序列分析及其编码MHC蛋白分子结构预测与表型鉴定
6
作者 聂向民 朱传福 +4 位作者 朱海峰 张毅 乔文本 刘艳 邵静茹 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期152-156,161,共6页
目的:鉴定分析HLA新等位基因B*46:30序列,对其MHC蛋白分子三级结构及氨基酸残基改变对蛋白结构的可能影响进行模拟分析,并对其血清学表型进行鉴定。方法:应用Luminex SSOP流式、PCR-SBT及单等位基因特异性测序对HLA序列进行序列鉴定。应... 目的:鉴定分析HLA新等位基因B*46:30序列,对其MHC蛋白分子三级结构及氨基酸残基改变对蛋白结构的可能影响进行模拟分析,并对其血清学表型进行鉴定。方法:应用Luminex SSOP流式、PCR-SBT及单等位基因特异性测序对HLA序列进行序列鉴定。应用SWISS-MODEL及RCSB PDB分析软件,对HLA序列蛋白分子三维结构进行模拟分析。HistoCheck、FATCAT对比分析蛋白分子间差异。使用Terasaki分型板进行血清型表型鉴定。结果:相较于B*46:01,新等位基因B*46:30第559、560位发生C->G、T->A替代。MHC分子结构预测分析表明,B*46:30第163位氨基酸残基由疏水性脂肪族亮氨酸Leu→B*46:30带负电荷的酸性谷氨酸Glu,R值为32。该氨基酸变异位置位于α2结构域构成抗原多肽结合凹槽侧壁的α螺旋顶端,总差异值DSS Score=1.32,均方根偏差RMSD=0.59?,血清型表型检测为B46强阳性。结论:HLA新等位基因序列被WHO HLA命名委员会正式命名为B*46:30,分析预测此编码氨基酸残基改变将可能影响其抗原多肽结合功能,并影响其与TCR及抗体的结合特性,血清型表型鉴定为B46。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 测序分型 新等位基因 结构预测
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蛋白质结构预测进展 被引量：3
7
作者 曹卫 潘宪明 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1190-1194,共5页
蛋白质的序列决定结构,结构决定功能。新一代准确的蛋白质结构预测工具为结构生物学、结构生物信息学、药物研发和生命科学等许多领域带来了全新的机遇与挑战,单链蛋白质结构预测的准确率达到与试验方法相媲美的水平。本综述概述了蛋白... 蛋白质的序列决定结构,结构决定功能。新一代准确的蛋白质结构预测工具为结构生物学、结构生物信息学、药物研发和生命科学等许多领域带来了全新的机遇与挑战,单链蛋白质结构预测的准确率达到与试验方法相媲美的水平。本综述概述了蛋白质结构预测领域的理论基础、发展历程与最新进展,讨论了大量预测的蛋白质结构和基于人工智能的方法如何影响实验结构生物学,最后,分析了当前蛋白质结构预测领域仍未解决的问题以及未来的研究方向。 展开更多
关键词 蛋白质结构预测 深度学习 能量函数
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典型高熵合金力学行为与相结构预测研究进展 被引量：2
8
作者 孙辉 武会宾 徐耀文 《机械工程材料》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期11-18,共8页
高熵合金具有高强度、高硬度、耐腐蚀等优点,在工业上具有巨大的发展潜力。典型的高熵合金相包括面心立方(FCC)相、体心立方(BCC)相、密排六方(HCP)相等固溶体相以及非晶相,独特的相结构对高熵合金的力学行为产生重要的影响。综述了不... 高熵合金具有高强度、高硬度、耐腐蚀等优点,在工业上具有巨大的发展潜力。典型的高熵合金相包括面心立方(FCC)相、体心立方(BCC)相、密排六方(HCP)相等固溶体相以及非晶相,独特的相结构对高熵合金的力学行为产生重要的影响。综述了不同相结构高熵合金的力学行为,总结了典型高熵合金相结构预测方法,包括经验法则、CALPHAD方法、第一性原理计算、机器学习方法等的研究进展,并给出了高熵合金相结构预测的未来发展方向。 展开更多
关键词 高熵合金 相结构预测 力学行为
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晶体结构预测方法与应用 被引量：1
9
作者 王娜 王静康 +7 位作者 冯涵 赵佳伟 宋文溪 李傲 王霆 黄欣 周丽娜 郝红勋 《化学工业与工程》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期2-14,共13页
物质的微观结构是深入理解其宏观物理和化学性质的基础,晶体结构预测是晶体工程领域的重要研究内容之一。近年来,随着理论方法的不断改进和完善以及计算机技术的飞速发展,根据初始物质的化学成分来理论预测物质的微观结构已成为可能。... 物质的微观结构是深入理解其宏观物理和化学性质的基础,晶体结构预测是晶体工程领域的重要研究内容之一。近年来,随着理论方法的不断改进和完善以及计算机技术的飞速发展,根据初始物质的化学成分来理论预测物质的微观结构已成为可能。详细介绍了几种当前主流的晶体结构预测理论及其基本原理,重点论述了基于不同算法的晶体结构预测程序的工作流程及其典型应用。 展开更多
关键词 晶体结构预测(CSP) 理论算法 典型应用
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蛋白质复合物结构预测:方法与进展 被引量：2
10
作者 黄鹤 吴桐 +4 位作者 王闻达 李佳珊 孙黛雯 叶启威 龚新奇 《合成生物学》 CSCD 2023年第3期507-523,共17页
蛋白质复合物是不同蛋白质链通过相互作用形成的,自然界中很多蛋白质通过形成复合物而执行功能,因此准确地预测复合物的结构对于理解和掌握功能至关重要。近两年来,单条蛋白质链的结构预测有了突破性的进展,从氨基酸序列出发预测蛋白质... 蛋白质复合物是不同蛋白质链通过相互作用形成的,自然界中很多蛋白质通过形成复合物而执行功能,因此准确地预测复合物的结构对于理解和掌握功能至关重要。近两年来,单条蛋白质链的结构预测有了突破性的进展,从氨基酸序列出发预测蛋白质结构的水平大幅提高。但相较于单体蛋白质,蛋白质复合物结构预测的准确性仍然较低。本文旨在总结蛋白质复合物结构预测的相关算法以及介绍最新进展。首先简要介绍蛋白质结构预测领域的相关人工智能算法,主要包括共进化分析与蛋白质接触预测、深度学习方法与蛋白质结构预测、预训练模型与蛋白质表征学习几个方面;其次系统总结了蛋白质复合物链间相互作用预测的基本方法,从复合物的多重序列比对构建到对于同源或异源复合物的链间残基接触预测;最后从相互作用位点指导复合物结构预测、蛋白质分子对接算法、端到端的复合物结构预测方法等方面阐述了蛋白质复合物结构预测的基本方法和思路。总体来说,目前蛋白质复合物结构预测精度不够高,有效地解决多重序列比对的配对和多聚体复合物模板搜索等问题,或者在大量的序列或结构数据上结合预训练模型的新范式,是一个合理而有效的方案。提升蛋白质复合物结构预测水平在合成生物学领域如抗体设计、药物发现等方面有很好的应用前景。 展开更多
关键词 蛋白质复合物 蛋白质相互作用 蛋白质链间接触预测 蛋白质分子对接 结构预测
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基于Wasserstein生成对抗网络和残差网络的8类蛋白质二级结构预测
11
作者 李舜 马玉明 刘毅慧 《计算生物学》 CAS 2023年第1期1-9,共9页
蛋白质二级结构包含充分的蛋白质信息,而且蛋白质二级结构是研究蛋白质三级结构和药物设计的基础,因此,本文提出了一种基于Wasserstein生成对抗网络(WGAN)和残差网络(ResNet)的蛋白质8态二级结构预测的方法。该方法首先通过Wasserstein... 蛋白质二级结构包含充分的蛋白质信息,而且蛋白质二级结构是研究蛋白质三级结构和药物设计的基础,因此,本文提出了一种基于Wasserstein生成对抗网络(WGAN)和残差网络(ResNet)的蛋白质8态二级结构预测的方法。该方法首先通过Wasserstein生成对抗网络(WGAN)提取蛋白质特征,将其与PSSM结合成新的特征集合,然后将新的特征集合输入到残差网络(ResNet)预测并得到最终结果。经过实验,该方法在测试集CASP10-14和CB513中的Q8预测准确率分别为73.21%,72.43%,71.67%,69.83%,70.17%和73.89%。通过实验表明,Wasserstein生成对抗网络(WGAN)具有出色的特征提取能力,ResNet能够有效地训练深层网络结构,从而提高蛋白质二级结构的预测精度。 展开更多
关键词 生成对抗网络 残差网络 蛋白质二级结构 特征提取 深层网络 二级结构预测 预测准确率 药物设计
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基于傅里叶级数残差修正的灰色-马尔科夫电源结构预测研究
12
作者 吴巧玲 焦诗元 +1 位作者 邢达 宋晓华 《价值工程》 2023年第30期103-107,共5页
针对“双碳”目标下电源装机结构难以预测的问题,提出一种基于傅里叶级数残差修正的灰色-马尔科夫电源结构预测方法。首先,考虑到电源装机总量历史数据较少,采用灰色模型进行预测,同时由于灰色模型预测精度受残差影响较大,进一步采用傅... 针对“双碳”目标下电源装机结构难以预测的问题,提出一种基于傅里叶级数残差修正的灰色-马尔科夫电源结构预测方法。首先,考虑到电源装机总量历史数据较少,采用灰色模型进行预测,同时由于灰色模型预测精度受残差影响较大,进一步采用傅里叶级数对灰色模型的预测残差进行修正。其次,鉴于电源装机结构蕴含内部演化规律,提出基于误差优化马尔科夫链的电源装机预测模型。再次,结合“双碳”政策相关影响因素,设计多元情景进行电源装机结构预测分析。基于上述模型,选取2006-2021年历史电力装机结构数据进行计算分析,结果表明:①所提出的傅里叶级数残差修正的灰色-马尔科夫预测模型具有良好的预测精度,可为电源结构预测研究提供方法支撑。②不同情景下的电源结构预测结果可以为“双碳”目标下的电源结构规划提供决策支持。 展开更多
关键词 电源结构预测 马尔科夫 灰色预测 情景预测
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基于网络服务的蛋白质二级结构预测软件 被引量：1
13
作者 王波 吴晓明 +1 位作者 宋长新 程敬之 《西安交通大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2002年第10期1099-1100,共2页
借助位于互联网的蛋白质结构预测服务 ,开发了一个蛋白质二级结构预测软件 ,它能全面快速地搜索到不同网站的各种预测结果 ,对其进行综合分析可获取更准确的预测 .用户不必分别访问每个网络服务界面并填写数据 ,程序能自动提交预测请求 ... 借助位于互联网的蛋白质结构预测服务 ,开发了一个蛋白质二级结构预测软件 ,它能全面快速地搜索到不同网站的各种预测结果 ,对其进行综合分析可获取更准确的预测 .用户不必分别访问每个网络服务界面并填写数据 ,程序能自动提交预测请求 ,并收集、分析各个网站的预测结果 ,因而该软件能够大大提高结构预测效率和准确率 . 展开更多
关键词 网络服务 结构预测软件 蛋白质结构预测 二极结构 互联网 软件工程 软件开发
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蛋白质空间结构预测 被引量：3
14
作者 王国力 刘士辉 +1 位作者 黄培堂 黄翠芬 《生物技术通讯》 CAS 1996年第1期30-32,共3页
早在70年代,Anfinsen就提出蛋白质分子的一级序列决定其空间结构的论断,这一论断得到多次实验证实并被人们广泛接受,成为蛋白质结构预测的理论基础。由于蛋白质分子的结晶非常困难,因此蛋白质三维结构预测成为目前了解蛋白质结构信息的... 早在70年代,Anfinsen就提出蛋白质分子的一级序列决定其空间结构的论断,这一论断得到多次实验证实并被人们广泛接受,成为蛋白质结构预测的理论基础。由于蛋白质分子的结晶非常困难,因此蛋白质三维结构预测成为目前了解蛋白质结构信息的重要手段,这一研究领域也成为蛋白质工程研究的一个非常活跃的方向。 展开更多
关键词 同源模建 蛋白质空间结构 蛋白质分子 蛋白质结构预测 目标蛋白 序列相似性 保守区 蛋白质三维结构 模式识别 二级结构预测
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基于自注意力机制和GAN的蛋白质二级结构预测
15
作者 杨璐 董洪伟 《中国科技论文在线精品论文》 2023年第2期148-159,共12页
蛋白质二级结构预测是蛋白质组计划中的一个重要组成部分,为提高蛋白质二级结构的预测准确率,同时减小训练规模,提出了一种基于自注意力生成对抗网络(Self-Attention generative adversarial network,SA-GAN)的深度学习模型。该模型利... 蛋白质二级结构预测是蛋白质组计划中的一个重要组成部分,为提高蛋白质二级结构的预测准确率,同时减小训练规模,提出了一种基于自注意力生成对抗网络(Self-Attention generative adversarial network,SA-GAN)的深度学习模型。该模型利用生成对抗网络(generative adversarial network,GAN)提取隐式特征,其次将提取的特征结果与蛋白质序列的位置特异性矩阵(position specific scoring matrix,PSSM)结合作为网络的输入,其中,自注意力模块与卷积增强的GAN共同作用,得到预测结果。在测试数据集CASP10,CASP11,CASP12,CASP13,CASP14和CB513上分别获得了83.93%,83.61%,84.13%,84.86%,84.02%和83.37%的Q3准确率。实验结果表明,SA-GAN模型对于提取生物序列特征、获取长程依赖全局信息和提高蛋白质二级结构预测准确率的作用十分显著,具有较强的表达能力和竞争力。 展开更多
关键词 人工智能 蛋白质二级结构预测 卷积神经网络(CNN) 生成对抗网络(GAN) 自注意力机制
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山羊MyoG基因启动子区序列分析与结构预测 被引量：11
16
作者 刘铮铸 巩元芳 +4 位作者 张文香 付志新 张传生 宋瑜 马艳华 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期29-36,共8页
为探明山羊MyoG基因的启动子序列与结构及转录调控机制,本研究设计了1对引物,采用PCR扩增、测序以及序列比对分析,从波尔山羊基因组中扩增出一段长度为969bp的山羊MyoG基因的5′侧翼序列,其GC含量为50.6%。经过生物信息学分析,确定了其... 为探明山羊MyoG基因的启动子序列与结构及转录调控机制,本研究设计了1对引物,采用PCR扩增、测序以及序列比对分析,从波尔山羊基因组中扩增出一段长度为969bp的山羊MyoG基因的5′侧翼序列,其GC含量为50.6%。经过生物信息学分析,确定了其转录起始位点及活性区域;发现在转录起始位点上游-24bp处存在1个TATA-box,另外还发现了1个GC-box、2个CAAT-box、2个E-box和1个富含A-T碱基的模体结构;该序列还包含HSF、ADR1和cap等转录因子结合位点。通过比对分析,所得山羊MyoG基因5′侧翼序列与牛、马鹿、人、小鼠和鸡同源序列的相似性在37.22%～96.85%之间,说明不同物种间该序列具有一定的保守性。本研究为进一步探讨山羊MyoG基因的表达和调控机制奠定了理论基础。 展开更多
关键词 山羊 MYOG基因 启动子区 序列分析 结构预测
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杉木人工林林分直径结构预测影响因子的研究 被引量：18
17
作者 段爱国 何彩云 +1 位作者 张建国 童书振 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第5期32-38,共7页
林分直径结构预测能为科学地进行人工林的定向培育提供可靠的理论依据。本文从生长方程等 4方面探讨了产生杉木人工林林分直径结构预测效果好坏的原因 ,并对两种参数估计方法作了实证比较研究 ,对影响预测适合度高低的原因从林分因子的... 林分直径结构预测能为科学地进行人工林的定向培育提供可靠的理论依据。本文从生长方程等 4方面探讨了产生杉木人工林林分直径结构预测效果好坏的原因 ,并对两种参数估计方法作了实证比较研究 ,对影响预测适合度高低的原因从林分因子的角度进行了进一步的探索 ,得到如下实验结果 :不同的回收模型、建模材料、检验材料、生长方程对检验适合度的影响程度分别为具有极显著影响、显著影响、呈显著影响或极显著影响、无显著影响 ,当回收模型采用最简幂函数时 ,适合度均在 5 0 %以上 ,Richards生长方程预测效果较好 ,其 6种情形下的适合度仅有 1种低于 6 0 % ;参数预测法和参数回收法用于预测时检验适合度均较高 ,此 2种方法各有优劣 ,均具有很好的应用前景 ;林分初植密度不同于年龄、立地指数、间伐等因子 ,不同密度范围下的预测适合度大小总体上存在一定的规律 ,且对适合度具有显著影响 ,按密度因子作分类预测时 ,应考虑密度的这种突出效应。 展开更多
关键词 杉木 人工林 林分直径结构预测 林分因子 参数估计
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茶叶多酚氧化酶的序列分析与结构预测 被引量：12
18
作者 潘宇 王坤波 +2 位作者 徐仲溪 徐辉 何志丹 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期157-165,共9页
调用生物信息学方法对已在国际互联网上的生物数据库(DDBJ、Uni-Prot)注册的茶树多酚氧化酶基因的核酸及氨基酸序列进行分析,并对其组成成分、信号肽、跨膜拓扑结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级及三级结构进行预测与推断。结果表明:... 调用生物信息学方法对已在国际互联网上的生物数据库(DDBJ、Uni-Prot)注册的茶树多酚氧化酶基因的核酸及氨基酸序列进行分析,并对其组成成分、信号肽、跨膜拓扑结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级及三级结构进行预测与推断。结果表明:茶多酚氧化酶不具有信号肽,存在卷曲螺旋,为位于细胞质中的无跨膜的亲水性不稳定蛋白,无规则卷曲是其蛋白质结构的主要结构元件,α-螺旋与β-折叠分散于整个多肽链中,并存在2个结构功能域。 展开更多
关键词 茶树 多酚氧化酶 序列分析 结构预测
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RNA二级结构预测方法综述 被引量：24
19
作者 邹权 郭茂祖 张涛涛 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第2期331-337,共7页
RNA二级结构预测是计算分子生物学中的一个重要领域.本文介绍了RNA二级结构的预测方法,包括该问题的数学模型、主要算法思想以及每种算法对应的软件.在tRNA和RNase P RNA数据库中随机选取了几组样例对目前主要的7种软件进行测试,同时对... RNA二级结构预测是计算分子生物学中的一个重要领域.本文介绍了RNA二级结构的预测方法,包括该问题的数学模型、主要算法思想以及每种算法对应的软件.在tRNA和RNase P RNA数据库中随机选取了几组样例对目前主要的7种软件进行测试,同时对每种软件的优缺点进行了详细比较.实验证明,当存在同源序列时,Pfold的效果优于其它软件.最后,在总结分析现有算法的基础上探讨了该领域进一步的研究方向. 展开更多
关键词 RNA二级结构预测 最小自由能 比较序列分析 假结
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大麦Dhn6基因的克隆、蛋白质结构预测与干旱胁迫表达模式 被引量：9
20
作者 钱刚 平军娇 +4 位作者 张珍 罗素元 李学英 杨明镇 张达 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期270-277,共8页
脱水素（Dehydrins,DHNs）是高等植物胚胎发育晚期产生的一类特异多肽,其表达累积程度与植物的发育阶段、低温、ABA和脱水信号调节等因素密切相关。为了解脱水素的结构与干旱胁迫表达累积反应,文章从六棱大麦分离到序列全长为1 767 bp的... 脱水素（Dehydrins,DHNs）是高等植物胚胎发育晚期产生的一类特异多肽,其表达累积程度与植物的发育阶段、低温、ABA和脱水信号调节等因素密切相关。为了解脱水素的结构与干旱胁迫表达累积反应,文章从六棱大麦分离到序列全长为1 767 bp的Dhn6基因,序列分析结果表明,该基因含一个92 bp内含子,90~1 759 bp为一个开放阅读框,与裸大麦Dhn6基因（GenBank登录号：AF043091）的同源性最高,达93.18%,编码523个氨基酸残基的多肽,预测蛋白质的分子量为49.68 kDa,理论等电点为8.04。结构分析发现,蛋白质具有3个螺旋区,无规则卷曲构成二级结构的主要组分,亲水氨基酸比例超过83%;三维结构预测发现,多肽链自身反向平行排列成松散的亲水索链,K-片段参与兼性？-螺旋结构域的形成,意味着该脱水素具有束缚自由水、稳定细胞膜相结构的功能。实时定量RT-PCR检测结果表明,Dhn6基因的相对表达水平在干旱处理8 h快速累积,推测DHN6在大麦对干旱胁迫的早期响应中发挥重要功能。 展开更多
关键词 大麦 Dhn6基因 结构预测 兼性?-螺旋结构域 干旱胁迫
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