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维生素D与肥胖相互作用的网络药理学研究 被引量：1
1
作者 孙娟 陈洁文 +3 位作者 张海峰 唐雯 刘希鹏 赵安达 《中国食物与营养》 2024年第4期65-67,共3页
目的:通过网络药理学探讨维生素D与肥胖的相关性,并探索影响维生素D与肥胖共同作用靶点的核心蛋白。方法:通过进入西药数据库(DrugBank数据库)检索Vitamin D的相关靶点;通过DisGeNET数据库检索Obesity的相关靶点;利用Venny平台对成分靶... 目的:通过网络药理学探讨维生素D与肥胖的相关性,并探索影响维生素D与肥胖共同作用靶点的核心蛋白。方法:通过进入西药数据库(DrugBank数据库)检索Vitamin D的相关靶点;通过DisGeNET数据库检索Obesity的相关靶点;利用Venny平台对成分靶点和疾病靶点取交集;将共有靶点导入String构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;对药物疾病靶点做蛋白-蛋白互作网络图,并筛选蛋白与蛋白之间互相作用的核心蛋白。结果:共得Vitamin D药物靶点2个;得到肥胖疾病靶点共2821个,取交集得到Vitamin D药物靶点及肥胖疾病靶点1个(VDR);对药物疾病靶点做蛋白-蛋白互作网络图,影响VDR作用的主要蛋白有GC、CYP27B1、MED1、EP300、RXRA、NCOA3、SMAD3、CTNNB1。结论:维生素D可能通过作用于VDR靶点发挥抗肥胖的作用。GC、CYP27B1、MED1、EP300、RXRA、NCOA3、SMAD3、CTNNB1蛋白可以与VDR相互作用,从而影响维生素D与肥胖共同作用靶点的核心蛋白。 展开更多
关键词 维生素D 肥胖 作用机制 网络药理学
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基于抑菌实验和网络药理学探讨D-柠檬烯、2-茨醇对白色念珠菌的抑制作用 被引量：1
2
作者 童鑫 帅维维 +1 位作者 唐喆 唐燕燕 《中医药信息》 2024年第4期7-13,共7页
目的:采用抑菌实验研究蛇床子-冰片药对成分中的D-柠檬烯及2-茨醇的体外抗白色念珠菌作用,并运用网络药理学预测D-柠檬烯和2-茨醇治疗念珠菌病的核心靶点和通路。方法:以白色念珠菌为研究对象,K-B纸片扩散法分别测定0.5、1.0、1.5 mg的D... 目的:采用抑菌实验研究蛇床子-冰片药对成分中的D-柠檬烯及2-茨醇的体外抗白色念珠菌作用,并运用网络药理学预测D-柠檬烯和2-茨醇治疗念珠菌病的核心靶点和通路。方法:以白色念珠菌为研究对象,K-B纸片扩散法分别测定0.5、1.0、1.5 mg的D-柠檬烯、2-茨醇、制霉菌素的药液抑菌圈直径;采用试管双倍稀释法和棋盘法,测定D-柠檬烯、2-茨醇的最低抑菌浓度(MIC)以及两两联用的MIC,计算出联合抑菌分数(FIC)。通过Pubchem、SwissTargetPrediction数据库预测D-柠檬烯、2-茨醇的有效靶点;通过GeneCards、OMIM数据库检索念珠菌病相关的疾病靶点;运用Venny软件获得两种化学成分和念珠菌病的共同靶点;运用Cytoscape 3.9. 0软件构建“成分-靶点-疾病”网络;利用STRING数据库构建蛋白互作PPI网络;利用R软件进行GO功能及KEGG通路富集分析。结果:D-柠檬烯的MIC为5 mg/mL,2-茨醇的MIC为2.5 mg/mL。D-柠檬烯与2-茨醇联用的FIC指数为0.75,呈相加作用。网络药理学筛选得到两种成分相关作用靶点152个,疾病靶点893个,两者交集靶点为24个;网络拓扑分析得到核心靶点为肿瘤坏死因子(TNF)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)、雌激素受体(ESR1)等;KEGG分析得到核心通路为C型凝集素受体信号通路(C-type lectin receptor signaling pathway)、Fc epsilon RI信号通路(Fc epsilon RI signaling pathway)、催乳素信号通路(prolactin signaling pathway)等。结论:D-柠檬烯、2-茨醇对白色念珠菌均有抑制作用,且2种组分药物联合使用具有一定的协同作用。网络药理学预测初步提示D-柠檬烯、2-茨醇可能通过作用于TNF、PPARG、ESR1等核心靶点调控C型凝集素受体信号通路(C-type lectin receptor signaling pathway)、Fc epsilon RI信号通路(Fc epsilon RI signaling pathway)等以治疗念珠菌病。 展开更多
关键词 白色念珠菌 D-柠檬烯 2-茨醇 抑菌实验 网络药理学
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基于网络药理学探讨紫苏子—杏仁药对治疗咳嗽变异性哮喘的作用机制 被引量：2
3
作者 王卉 赵克明 《临床合理用药杂志》 2024年第10期14-18,共5页
目的 基于网络药理学探讨紫苏子—杏仁药对治疗咳嗽变异性哮喘(CVA)的潜在分子作用靶点及机制。方法 采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库对紫苏子—杏仁药对的有效活性成分进行筛选,并采用SwissTargetPrediction网站进行... 目的 基于网络药理学探讨紫苏子—杏仁药对治疗咳嗽变异性哮喘(CVA)的潜在分子作用靶点及机制。方法 采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库对紫苏子—杏仁药对的有效活性成分进行筛选,并采用SwissTargetPrediction网站进行靶点预测。采用GeneCards数据库检索CVA相关靶点,借助Venny 2.1.0获取交集靶点,对交集靶点分别运用Cytoscape 3.9.1软件和STRING数据库构建主要活性成分—潜在治疗靶基因网络图和PPI蛋白互作网络,并筛选出关键有效活性成分和核心靶蛋白,通过DAVID数据库对交集靶点进行GO功能及KEGG通路的富集分析。结果 筛选出紫苏子—杏仁药对有效成分19个,与CVA相关靶点224个,核心靶点为AKT1、IL-6、TP53、SRC、MAPK3、EGFR、JUN、PTGS2、HSP90AA1、ESR1。GO功能富集分析显示分子功能165个、细胞组分79个、生物过程630个。KEGG通路富集分析显示得到信号通路155条,主要涉及cAMP信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症通路、化学致癌—受体激活通路、神经活性配体—受体相互作用等。结论 紫苏子—杏仁药对可通过多成分、多靶点、多通路的协同作用抗CVA。 展开更多
关键词 咳嗽变异性哮喘 紫苏子 杏仁 网络药理学
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液相色谱-质谱结合网络药理学及实验验证新疆樱桃李花色苷改善动脉粥样硬化的作用机制 被引量：1
4
作者 张裴 张歆 +4 位作者 李珍 刘阳 古丽斯坦·阿不来提 姚军 沈静 《世界中医药》 CAS 北大核心 2024年第12期1720-1729,共10页
目的:研究新疆樱桃李花色苷(XJP-ACY)抗动脉粥样硬化(AS)作用的活性成分及作用机制。方法:通过液相色谱-质谱(LC-MS)鉴定的新疆樱桃李花色苷主要成分,从XJP-ACY主要成分和AS角度,应用网络药理学方法,筛选其潜在活性成分潜在靶点,构建“... 目的:研究新疆樱桃李花色苷(XJP-ACY)抗动脉粥样硬化(AS)作用的活性成分及作用机制。方法:通过液相色谱-质谱(LC-MS)鉴定的新疆樱桃李花色苷主要成分,从XJP-ACY主要成分和AS角度,应用网络药理学方法,筛选其潜在活性成分潜在靶点,构建“成分-疾病-靶点”网络,并预测XJP-ACY抗AS作用信号通路。观察XJP-ACY对氧化型低密度脂蛋白(ox-LDL)诱导EA.hy926内皮细胞损伤模型作用,分析内皮细胞活力、测定抗氧化酶活力,细胞凋亡以及内皮细胞黏附等的影响。蛋白质印迹检测相关蛋白表达,初步验证网络药理学的预测结果。结果:从新疆樱桃李花色苷中鉴定成分4个,预测得到其潜在抗AS作用靶点21个;聚类分析得到2个基因簇和2个核心基因,核心基因为FGF2、ADRA2C。基因本体(GO)分析结果表明筛选得到的靶点主要涉及炎症反应、MAPK的正调控等生物过程。京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析得到28条信号通路,涉及PI3K-AKT信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、C型凝集素受体信号通路等相关通路。细胞实验表明,ox-LDL诱导EA.hy926建立内皮细胞损伤模型:100μmol/L ox-LDL作用24 h,为适合本研究的最优条件。XJP-ACY可提高ox-LDL诱导的EA.hy926细胞存活率,增加一氧化氮(NO)水平和超氧化物歧化酶(SOD)活力,降低乳酸脱氢酶(LDH)、丙二醛(MDA)含量和内皮素-1(ET-1)表达水平,降低细胞活性氧(ROS)水平,抑制细胞间黏附分子-1(ICAM-1)的表达,减少炎症介质分泌;XJP-ACY可抑制ox-LDL诱导的EA.hy926细胞凋亡,其机制与其提高B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)蛋白表达相关。结论:本研究初步阐释XJP-ACY治疗AS多成分、多靶点、多途径的作用特点在于参与抑制炎症反应、促进细胞凋亡。 展开更多
关键词 新疆樱桃李花色苷 动脉粥样硬化 网络药理学 作用机制
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自拟参藤三黄汤治疗糖尿病肾病网络药理学研究 被引量：1
5
作者 周小琳 张晓星 +2 位作者 余小波 卞博 欧阳竞锋 《国医论坛》 2024年第1期69-71,共3页
目的:基于网络药理学研究方法,探究自拟参藤三黄汤治疗糖尿病肾病的可能作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台筛选自拟参藤三黄汤的生物活性成分,并预测其靶点,应用Genecards数据库分别收集糖尿病肾病的疾病靶点,利用在... 目的:基于网络药理学研究方法,探究自拟参藤三黄汤治疗糖尿病肾病的可能作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台筛选自拟参藤三黄汤的生物活性成分,并预测其靶点,应用Genecards数据库分别收集糖尿病肾病的疾病靶点,利用在线韦恩图绘制平台对自拟参藤三黄汤与糖尿病肾病的靶点进行映射,运用STRING平台及Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络,筛选获得核心靶点;进一步进行京都基因与基因组百科全书通路富集和基因本体富集分析,探究可能的生物过程与信号通路;应用Cytoscape软件筛选自拟参藤三黄汤治疗糖尿病肾病的关键成分,并构建“药物-成分-靶点-通路”网络。结果:预测得到自拟参藤三黄汤治疗糖尿病肾病的关键成分是钙、酪氨酸、谷胱甘肽、丝氨酸、类黄酮类物质等;核心靶点是ESR1、TP53、SP1、STAT3等19个靶点。GO和KEGG富集分析结果显示,自拟参藤三黄汤治疗糖尿病肾病主要涉及蛋白质摄取、紫外线反应、细胞对氧化应激的反应、转录调节复合体、周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合体、磷酸酶绑定、蛋白磷酸酶结合、HIF1信号通路、甲状腺激素信号通路、HIF1信号通路等多个信号通路和靶点。结论:自拟参藤三黄汤治疗糖尿病肾病具有“多成分-多靶点-多途径”的特点与优势,本研究为进一步研究自拟参藤三黄汤治疗糖尿病肾病的物质基础与分子机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 自拟参藤三黄汤 糖尿病肾病 网络药理学研究
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基于数据挖掘和网络药理学探讨杨丽新治疗抽动障碍用药规律和作用机制 被引量：2
6
作者 胡彬文 段然 +1 位作者 张潞璐 余婉儿 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期237-246,共10页
目的 探讨杨丽新教授治疗抽动障碍的用药规律及作用机制。方法 搜集杨丽新教授2016年于广东省中医院儿科门诊治疗抽动障碍的病历资料,运用“中医传承辅助平台(V2.5)”对中药数据进行频数分析和关联度分析,获取核心组方,并根据结果进行... 目的 探讨杨丽新教授治疗抽动障碍的用药规律及作用机制。方法 搜集杨丽新教授2016年于广东省中医院儿科门诊治疗抽动障碍的病历资料,运用“中医传承辅助平台(V2.5)”对中药数据进行频数分析和关联度分析,获取核心组方,并根据结果进行网络药理学分析。用TCMSP、ETCM、TCMID、Batman等数据库筛选核心处方中药活性成分,利用Genecard、Drugbank等数据库获取抽动障碍相关疾病靶点并生成韦恩图,得到药物-疾病交集靶点并上传至STRING,使用Cytoscape 3.7.2构建核心网络。运用Metascape数据库对共同靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析。运用AutoDock vina和Pyrx软件进行分子对接,进一步筛选核心处方治疗抽动障碍的核心靶点。结果 共录入3 443个病例,处方涉及77味中药,高频药物10味,寒性药物运用最多,多归肺经、脾经,性味以辛、甘、苦多见;关联规则得到32条数据,聚类分析得到4组核心组合。7种核心药物(陈皮、甘草、法半夏、竹茹、茯苓、牡蛎及钩藤)中的核心活性成分145个,靶点基因220个,疾病靶点1 290个,药物-疾病共同靶点共58个。GO功能富集条目422条,生物过程304条,细胞过程44条,分子功能74条,生物功能186条,KEGG富集通路68条。主要活性成分有山柰酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、刺芒柄花素、β-豆甾醇等,作用于SLC6A4、SLC6A3、HTR2A、HTR2C等靶点,通过神经活性配体-受体相互作用、血清素神经突触、cGMP-PKG等关键信号通路进行调节实现。分子对接结果显示主要活性成分与核心靶点有强烈的结合活性。结论 通过数据挖掘、网络药理学分析和分子对接得出杨丽新教授治疗抽动障碍组方用药规律及作用机制,可为治疗抽动障碍的新方组合提供思路。 展开更多
关键词 抽动障碍 用药规律 数据挖掘 网络药理学 作用机制 分子对接
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乳腺熏洗方促进非哺乳期乳腺炎术后创面愈合网络药理学分析及临床验证 被引量：1
7
作者 周悦 王铮 +3 位作者 叶媚娜 吴晶晶 何斌俊 陈红风 《新中医》 CAS 2024年第6期186-194,共9页
目的:采用网络药理学方法分析乳腺熏洗方促进非哺乳期乳腺炎(NPM)术后创面愈合的机制,并通过临床研究对关键通路进行验证。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索并筛选乳腺熏洗方的主要化合物成分和作用靶点,在人类基因... 目的:采用网络药理学方法分析乳腺熏洗方促进非哺乳期乳腺炎(NPM)术后创面愈合的机制,并通过临床研究对关键通路进行验证。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索并筛选乳腺熏洗方的主要化合物成分和作用靶点,在人类基因综合分析数据库(Genecards)中查找与乳房创面愈合相关的共同靶点,将共同靶点输入STRING数据库,获得蛋白质相互作用(PPI)网络,再使用Cytoscape 3.10.10软件绘制PPI网络图。利用DAVID数据库和Metascap数据库对疾病-药物潜在靶点进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。采用蛋白质印迹法检测4例NPM术后患者治疗前后创面组织血管内皮生长因子(VEGF)、信号转导和转录激活蛋白3(STAT3)蛋白表达水平。结果:乳腺熏洗方促进乳房创面愈合共涉及101个靶点,关键靶点有基质金属蛋白酶(MMP2、MMP9)、细胞因子[白细胞介素(IL)-1β、IL-6、表皮生长因子受体(EGFR)、转化生长因子-β(TGF-β)、肿瘤坏死因子(TNF)、成纤维细胞生长因子2(FGF-2)]、黏附分子(ICAM-1)和信号转导蛋白(STAT3、MAPK)等,参与了包括VEGF、缺氧诱导因子-1(HIF-1)、IL-17、AGE-RAGE、TNF等信号通路的调控。治疗后,NPM术后创面组织的VEGF、STAT3蛋白表达水平均较治疗前升高(P<0.05)。结论:乳腺熏洗方通过多途径、多靶点的协同调节,在促进NPM术后创面愈合方面具有明确作用。 展开更多
关键词 非哺乳期乳腺炎 创面愈合 乳腺熏洗方 中药熏洗疗法 网络药理学 信号通路 临床验证
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基于网络药理学与分子对接探讨山茱萸-菟丝子治疗认知障碍的作用机制 被引量：1
8
作者 徐洁 陈竞纬 《中国中医药图书情报杂志》 2024年第1期83-90,共8页
目的 利用网络药理学和分子对接方法探讨山茱萸-菟丝子治疗认知障碍的潜在作用机制。方法 利用TCMSP筛选山茱萸、菟丝子活性成分,并预测潜在靶点,从UniProt数据库获得药物成分对应靶点,通过TTD、GeneCards和OMIM数据库获取认知障碍相关... 目的 利用网络药理学和分子对接方法探讨山茱萸-菟丝子治疗认知障碍的潜在作用机制。方法 利用TCMSP筛选山茱萸、菟丝子活性成分,并预测潜在靶点,从UniProt数据库获得药物成分对应靶点,通过TTD、GeneCards和OMIM数据库获取认知障碍相关靶点,利用R4.2.2软件获取山茱萸-菟丝子与认知障碍的共同靶点。利用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络,通过STRING11.5数据库构建共有靶点蛋白相互作用网络,利用R4.2.2软件进行GO功能及KEGG通路富集分析,利用AutoDock1.5.6、PyMoL2.4.0软件进行分子对接验证。结果 经过筛选共得到30个药物活性成分,184个药物-疾病交集靶点,通过GO功能和KEGG通路富集分析得到2 678个GO条目和179条信号通路。共同靶点的通路富集分析显示主要与PI3K-Akt、HIF-1α/VEGF等信号通路相关,分子对接结果显示,认知障碍核心靶点与山茱萸-菟丝子主要成分亲和力较好,可能有效自由结合。结论 山茱萸-菟丝子中槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、豆甾醇、四氢鸭脚木碱等成分可能通过抗氧化应激、抗炎及免疫调节、糖脂调节等作用治疗认知障碍。 展开更多
关键词 认知障碍 山茱萸 菟丝子 补肾填髓 网络药理学 分子对接
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基于数据挖掘和网络药理学探讨中医药治疗子宫肌瘤用药规律和作用机制 被引量：1
9
作者 王欣 张一诺 师伟 《亚太传统医药》 2024年第2期124-131,共8页
目的:采用数据挖掘、网络药理学和分子对接方法探讨中医药治疗子宫肌瘤的用药规律及作用机制。方法:检索知网、万方、维普自2000年1月至今发表的中医药治疗子宫肌瘤的文献,获得中药处方运用Excel 2016建立数据库,运用IBM SPSS Modeler 1... 目的:采用数据挖掘、网络药理学和分子对接方法探讨中医药治疗子宫肌瘤的用药规律及作用机制。方法:检索知网、万方、维普自2000年1月至今发表的中医药治疗子宫肌瘤的文献,获得中药处方运用Excel 2016建立数据库,运用IBM SPSS Modeler 18.1、IBM SPSS Statistics 28.0统计软件进行频次统计、关联规则和系统聚类分析。借助TCMSP收集药物的活性成分和靶点信息,以“Uterine Myoma”为关键词检索GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank疾病数据库,获得疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点的交集作为中药治疗子宫肌瘤的潜在作用靶点。利用Cytoscape 3.9.0软件制作药物-活性成分-作用靶点网络图。将交集基因输入STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,输入Metascape数据库进行GO功能富集分析与KEGG通路分析,并使用AutoDock Vina软件进行分子对接验证。结果:共筛选出符合条件文献329篇,含364首方剂,涉及229味中药,挖掘出高频核心药物为桂枝、赤芍、茯苓、牡丹皮、桃仁、三棱、莪术。药物与疾病的交集靶点共42个,筛选出的有效成分为槲皮素、山柰酚、鞣花酸、β-谷甾醇、刺芒柄花素、黄芩素,蛋白质相互作用结果显示治疗子宫肌瘤的核心靶点可能是ESR1、TP53、IL6、TNF等,关键靶点与重要化合物的对接能量均小于0 kJ/mol,对接构象稳定。KEGG通路富集分析显示信号多数富集在癌症的途径、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路。结论:通过数据挖掘获得中医药治疗子宫肌瘤的核心中药,并运用网络药理学揭示其可能通过多种途径发挥对子宫肌瘤的作用机制。 展开更多
关键词 子宫肌瘤 数据挖掘 网络药理学 分子对接
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基于网络药理学探索鬼箭羽治疗糖尿病的机制 被引量：1
10
作者 汪洋 叶河杨 申小年 《中国中医药现代远程教育》 2024年第4期87-91,共5页
目的 通过网络药理学预测鬼箭羽治疗糖尿病的作用机制。方法 鬼箭羽药物成分靶点来自中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)。用基因数据库查询相应基因,利用Cytoscape软件构建网络图。采用基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基... 目的 通过网络药理学预测鬼箭羽治疗糖尿病的作用机制。方法 鬼箭羽药物成分靶点来自中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)。用基因数据库查询相应基因,利用Cytoscape软件构建网络图。采用基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测鬼箭羽治疗糖尿病的作用机制及潜在靶点。结果 “药物-化合物-靶点-疾病”网络图包含了21种活性成分和154个交叉靶点,主要靶点包括视网膜母细胞瘤基因1(RB1)、细胞周期蛋白D1(CCND1)、丝氨酸/苏氨酸激酶(AKT1)和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)。通过GO功能富集分析,共获得了20个项目(P<0.05)。KEGG通路富集分析筛选了13条信号通路(P<0.05),其中的脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力与动脉粥样硬化、高级糖基化终末产物-受体(AGE-RAGE)信号通路,对糖尿病有作用。结论 鬼箭羽的活性成分可通过作用于RB1、CCND1、AKT1、MAPK1、MAPK3等多个靶点来调节胰岛素的分泌,从而对糖尿病发挥治疗作用。 展开更多
关键词 鬼箭羽 糖尿病 网络药理学
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基于代谢组学和网络药理学的橄榄类黄酮组分评价
11
作者 赖瑞联 沈朝贵 +3 位作者 龙宇 林炎娟 韦晓霞 吴如健 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第12期42-51,共10页
目的:探究橄榄类黄酮组分的潜在功效及其在不同种质资源中的差异。方法:通过网络药理学和分子对接技术挖掘橄榄功效类黄酮组分,并结合代谢组学评价橄榄种质资源中类黄酮组分的积累水平。结果:从橄榄中鉴定获得44种类黄酮组分,基于TCMSP... 目的:探究橄榄类黄酮组分的潜在功效及其在不同种质资源中的差异。方法:通过网络药理学和分子对接技术挖掘橄榄功效类黄酮组分,并结合代谢组学评价橄榄种质资源中类黄酮组分的积累水平。结果:从橄榄中鉴定获得44种类黄酮组分,基于TCMSP数据库、类药性和口服生物利用度筛选获得18种潜在的功效类黄酮组分及对应的180个作用靶点,其中木犀草素、槲皮素、儿茶素和表儿茶素是潜在影响橄榄药理活性的重要化学物质。基于类黄酮组分与靶点连通度筛选的35个关键作用靶点共富集到348条基因本体通路和136条京都基因与基因组百科全书信号通路,涉及抗癌、抗病毒、抗菌消炎、调节血糖和保护肝脏等药理活性。通过分子对接及可视化分析表明,所筛选的橄榄功效类黄酮组分能与关键作用靶点稳定结合。结论:代谢组学和网络药理学可为橄榄药用价值开发提供依据,橄榄类黄酮组分通过多成分-多靶点-多通路协同作用发挥多样化的药理作用。 展开更多
关键词 橄榄 种质资源 代谢组学 网络药理学 类黄酮
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基于网络药理学和大鼠体内验证的藏药红景天改善脑微循环障碍作用机制研究
12
作者 马四清 时宇静 +5 位作者 李园白 杨阳 李萌 杜昱 李逸豪 刘方舟 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1781-1791,共11页
目的基于文献研究、网络药理学、分子对接与实验验证的方法,探究藏药红景天改善脑微循环障碍的核心靶点、关键成分和作用机制。方法通过文献和数据库收集红景天化学成分,利用反向药效团匹配预测红景天的潜在靶点;获取脑微循环障碍靶点,... 目的基于文献研究、网络药理学、分子对接与实验验证的方法,探究藏药红景天改善脑微循环障碍的核心靶点、关键成分和作用机制。方法通过文献和数据库收集红景天化学成分,利用反向药效团匹配预测红景天的潜在靶点;获取脑微循环障碍靶点,并与红景天靶点映射,构建交集靶点蛋白互作网络,获取核心靶点;构建“中药-成分-核心靶点-疾病”调控网络并获取关键成分;进行GO和KEGG富集分析,构建“核心靶点-信号通路-生物过程”网络;进行分子对接验证;采用RT-qPCR和Western blot进行动物实验验证,进一步证实网络药理学分析结果。结果从红景天中筛选出76个活性成分和285个靶点,获取脑微循环障碍靶点1074个,交集靶点97个,核心靶点6个,关键成分6个。分子对接结果表明,有3个关键成分与核心靶点的结合性大于核心靶点蛋白与其原始配体结合性。RT-qPCR结果显示红景天能下调核心靶点CASP3、AKT1 mRNA水平,Western blot检测结果显示藏药红景天能降低CASP3、AKT1蛋白表达(P<0.05)。结论藏药红景天可通过多成分、多靶点、多通路协同改善脑微循环障碍,该研究为临床应用藏药红景天治疗脑微循环障碍提供实验依据。 展开更多
关键词 脑微循环障碍 藏药 红景天 网络药理学 反向药效团匹配 分子对接 RT-QPCR Western blot 作用机制
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基于网络药理学和细胞实验探讨橙皮素对LPS诱导的小胶质细胞炎症模型的改善作用
13
作者 高欣 刘俊君 +6 位作者 荆尚文 潘亚茹 苏世杰 李伟荣 赵威 黄水清 王奇 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1707-1715,共9页
目的通过网络药理学和细胞实验研究橙皮素对脂多糖(LPS)诱导的小胶质细胞炎症模型的改善作用。方法筛选橙皮素治疗神经炎症的关键成分,构建PPI网络,筛选核心节点网络,并进行GO及KEGG富集分析。细胞实验分为空白对照组、LPS(100 ng/mL)+A... 目的通过网络药理学和细胞实验研究橙皮素对脂多糖(LPS)诱导的小胶质细胞炎症模型的改善作用。方法筛选橙皮素治疗神经炎症的关键成分,构建PPI网络,筛选核心节点网络,并进行GO及KEGG富集分析。细胞实验分为空白对照组、LPS(100 ng/mL)+ATP(5μmol/L)组、橙皮素组(20、40μmol/L),MTT法检测细胞存活率,Griess法检测NO水平,免疫荧光法检测ROS以及小胶质细胞标记物IBA1表达,RT-qPCR法检测TNF-α、IL-1β、IL-6 mRNA表达,Western Blot法检测RAGE蛋白表达。结果PPI网络分析得到88个核心靶点。KEGG富集分析显示,橙皮素主要通过对细菌起源分子的反应、脂多糖反应调节、炎症反应调节等改善经炎症。细胞实验显示,橙皮素能抑制LPS诱导的小胶质细胞炎症反应,降低细胞上清液NO水平、细胞ROS水平、IBA1表达以及TNF-α、IL-1β、IL-6 mRNA表达、RAGE蛋白表达(P<0.05,P<0.01)。结论橙皮素具有改善小胶质细胞极化、抗神经炎症作用,其机制与下调AGE/RAGE介导的炎症信号通路有关。 展开更多
关键词 橙皮素 脂多糖 小胶质细胞 神经炎症 网络药理学 细胞实验
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基于网络药理学与GEO差异基因芯片数据探讨芦丁治疗脊髓损伤的作用机制
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作者 周亚净 段春胜 +3 位作者 何润之 程芳 吴黎莉 刘建敏 《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2024年第3期19-27,共9页
为了探究芦丁治疗脊髓损伤的作用机制,基于网络药理学和GEO差异基因芯片数据分析,结合体内实验,筛选芦丁对脊髓损伤的作用靶点.首先通过TCMSP、Swiss Target Prediction和SuperPred数据库获得芦丁的作用靶点,同时采用GEO差异基因、CTD、... 为了探究芦丁治疗脊髓损伤的作用机制,基于网络药理学和GEO差异基因芯片数据分析,结合体内实验,筛选芦丁对脊髓损伤的作用靶点.首先通过TCMSP、Swiss Target Prediction和SuperPred数据库获得芦丁的作用靶点,同时采用GEO差异基因、CTD、OMIM、PharmGkb疾病数据库获取脊髓损伤的疾病靶点;然后应用Cytoscape软件采用蛋白互作的方式筛选芦丁治疗脊髓损伤的核心靶点,并采用R语言对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析;最后采用Rutgers MASCIS脊髓损伤撞击器建立大鼠急性脊髓损伤模型,芦丁干预3 d后采用BBB运动评分法对大鼠后肢运动功能进行评价,采用酶联免疫吸附测定法检测脊髓中炎症因子TNF-α、IL-6、IL-1β和NF-κB的表达水平以及ROS和MDA含量.结果发现:(1)芦丁共有56个对应的蛋白靶点,脊髓损伤筛选到4 624个疾病靶点,合并后得到5个核心靶点,即CASP3、ESR1、GSK3B、IL-6、MTOR;(2) GO功能主要集中在对氧化应激的反应、活性氧代谢过程、NF-κB结合等,KEGG通路分析显示,芦丁治疗脊髓损伤相关的通路包括PI3K-Akt信号通路、AMPK信号通路、HIF-1信号通路等;(3)分子对接实验和分子动力学模拟表明,芦丁与5个核心靶点均有良好且稳定的结合;(4)体内实验结果显示,脊髓损伤后使用芦丁进行药物干预处理可以降低脊髓的含水量,减少炎性因子和氧化应激因子的产生.上述结果证实,芦丁可以通过多个靶点以及多条通路在治疗脊髓损伤中发挥抗炎和抗氧化作用. 展开更多
关键词 网络药理学 GEO差异基因芯片 芦丁 脊髓损伤 分子对接 体内实验
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基于网络药理学及动物实验探讨银杏叶对肥胖症的作用
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作者 陆江 朱道仙 +2 位作者 卢劲晔 刘莉 刘静 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1373-1378,共6页
目的 基于网络药理学及动物实验探讨银杏叶干预肥胖症的潜在作用机制。方法 运用TCMSP数据库检索银杏叶活性成分及其靶点,Gene Cards及TCMSP数据库获取肥胖症相关靶点,将活性成分作用靶点与肥胖症相关靶点进行映射,筛选出银杏叶与肥胖... 目的 基于网络药理学及动物实验探讨银杏叶干预肥胖症的潜在作用机制。方法 运用TCMSP数据库检索银杏叶活性成分及其靶点,Gene Cards及TCMSP数据库获取肥胖症相关靶点,将活性成分作用靶点与肥胖症相关靶点进行映射,筛选出银杏叶与肥胖症的共同靶点,构建“中药-活性成分-靶点-疾病”网络。运用String数据库构建靶点蛋白之间相互作用网络(PPI),并进行GO功能和KEGG通路富集分析。最后通过分子对接、肥胖犬模型进行验证。结果 共得到27种活性成分,108个银杏叶与肥胖症相交靶点。槲皮素、木犀草素、山柰酚等核心活性成分与肥胖症关系密切。TNF、Akt1、IL-6、PPARG等53个靶点为银杏叶治疗肥胖症的潜在核心靶点,主要富集于GO生物过程(BP)和KEGG通路中的TNF、癌症等信号通路。槲皮素、木犀草素、山柰酚能与TNF、Akt1、IL-6、PPARG靶点稳定结合。银杏叶干预后,肥胖犬体质量、血脂及血清TNF-α、IL-6水平降低(P<0.05),脂肪组织PPARγ、Akt1、TNF-α、IL-6 mRNA表达降低(P<0.05),PPARγ及Akt1磷酸化水平降低(P<0.05)。结论 银杏叶可能通过槲皮素、木犀草素、山柰酚等活性成分作用于PPARG、Akt1、TNF、IL-6等靶点,调节多条信号通路来治疗肥胖症。 展开更多
关键词 银杏叶 肥胖症 网络药理学 动物实验
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基于消斑通脉方抗动脉粥样硬化作用机制的网络药理学分析和体外实验验证
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作者 曹珊 张艺嘉 +3 位作者 白杨 陈芳 谢莎 韩倩倩 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期925-938,共14页
目的:利用网络药理学分析方法初步预测消斑通脉方抗动脉粥样硬化(AS)的潜在作用通路和靶点,联合体外细胞实验对其可能机制进行验证。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards、Swiss Target Prediction和Uniprot等... 目的:利用网络药理学分析方法初步预测消斑通脉方抗动脉粥样硬化(AS)的潜在作用通路和靶点,联合体外细胞实验对其可能机制进行验证。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards、Swiss Target Prediction和Uniprot等数据库,收集消斑通脉方中活性化合物及对应靶点信息,构建“成分-靶点-疾病”网络,通过蛋白-蛋白互作(PPI)网络预测可能的作用靶点和通路,对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。体外培养人主动脉血管平滑肌细胞(HA-VSMCs)并鉴定,采用氧化低密度脂蛋白(ox-LDL)诱导HA-VSMCs异常增殖并进行鉴定。MTT法检测不同浓度消斑通脉方作用后各组HA-VSMCs增殖活性,确定消斑通脉方安全性。HA-VSMCs分为空白组、模型组(诱导HA-VSMCs异常增殖)、瑞舒伐他汀组(诱导HA-VSMCs异常增殖后采用4μmol·L^(−1)瑞舒伐他汀干预)及低、中和高剂量消斑通脉方组(诱导HA-VSMCs异常增殖后分别采用0.025、0.050和0.100 mg·L^(−1)消斑通脉方干预)。酶联免疫吸附试验(ELISA)法检测各组HA-VSMCs培养上清中人单核细胞趋化蛋白1(MCP-1)、白细胞介素6(IL-6)和白细胞介素8(IL-8)水平,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测各组HA-VSMCs中核因子κB(NF-κB)p65 mRNA和成纤维细胞生长因子2(FGF2)mRNA表达水平,Western blotting法检测各组HA-VSMCs中NF-κB p65和FGF2蛋白表达水平。结果:消斑通脉方中含有103种活性成分,可通过作用于189个靶基因发挥抗AS作用,潜在作用靶点包括IL-6、IL-8、血管内皮生长因子A(VEGFA)、核因子κB1(NF-κB1)和RELA(NF-κB p65)等。GO功能分析和KEGG信号通路富集分析,消斑通脉方通过调节脂质、缺氧诱导因子1(HIF-1)、表皮生长因子(EGF)、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)和NF-κB等信号通路发挥抗AS作用。细胞形态表现和免疫荧光染色结果证明细胞为HA-VSMCs。油红O染色,可观察到大量红色脂滴,表明造模成功。MTT法检测,在一定剂量范围内消斑通脉方对HA-VSMCs增殖率无明显影响,安全性良好。ELISA法检测,与模型组比较,瑞舒伐他汀组和不同剂量消斑通脉方组HA-VSMCs培养上清中MCP-1和IL-6水平降低(P<0.05或P<0.01),0.050和0.100 mg·L^(−1)消斑通脉方组HA-VSMC培养上清中IL-8降低(P<0.01);与瑞舒伐他汀组比较,不同剂量消斑通脉方组HA-VSMCs培养上清中MCP-1降低(P<0.01),0.050和0.100 mg·L^(−1)消斑通脉方组HA-VSMCs培养上清中IL-8降低(P<0.01)。与模型组比较,瑞舒伐他汀组和不同剂量消斑通脉方组HA-VSMCs中NF-κB p65 mRNA表达水平降低(P<0.01),瑞舒伐他汀组及0.050和0.100 mg·L^(−1)消斑通脉方组HA-VSMCs中FGF2 mRNA表达水平降低(P<0.01);与瑞舒伐他汀组比较,0.050和0.100 mg·L^(−1)消斑通脉方组HA-VSMCs中NF-κB p65和FGF2 mRNA表达水平降低(P<0.05或P<0.01)。与模型组比较,瑞舒伐他汀组和不同剂量消斑通脉方组HA-VSMCs中NF-κB p65和FGF2蛋白表达水平降低(P<0.01);与瑞舒伐他汀组比较,0.050和0.100 mg·L^(−1)消斑通脉方组HA-VSMCs中NF-κB p65蛋白表达水平降低(P<0.01),0.100 mg·L^(−1)消斑通脉方组HA-VSMCs中FGF2蛋白表达水平降低(P<0.01)。结论:消斑通脉方具有抗炎、抑制HA-VSMCs增殖和抗AS作用,其作用机制可能与NF-κB/FGF2通路失活有关。 展开更多
关键词 消斑通脉方 动脉粥样硬化 血管平滑肌细胞 网络药理学 细胞增殖
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基于UPLC-MS/MS和网络药理学、分子动力学探讨红芪免疫调节机制
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作者 罗旭东 李昕蓉 +8 位作者 李成义 齐鹏 梁婷婷 冯晓莉 李旭 何军刚 魏小成 周瑞娟 谢鑫明 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期376-383,共8页
目的基于UPLC-MS/MS、网络药理学方法预测红芪免疫调节的核心靶点及作用通路,通过分子对接、分子动力学技术对网络药理学结果进行验证,探讨红芪入血成分免疫调节的作用机制。方法基于UPLC-MS/MS技术定性定量红芪入血成分;通过TCMSP、本... 目的基于UPLC-MS/MS、网络药理学方法预测红芪免疫调节的核心靶点及作用通路,通过分子对接、分子动力学技术对网络药理学结果进行验证,探讨红芪入血成分免疫调节的作用机制。方法基于UPLC-MS/MS技术定性定量红芪入血成分;通过TCMSP、本草组鉴数据库筛选红芪入血成分对应靶点;以DisGeNET、OMIM、TTD、MalaCards数据库获取免疫相关疾病靶点;构建“红芪入血成分-免疫相关疾病”网络;进行GO、KEGG富集分析,绘制PPI网络;应用分子对接、分子动力学技术进行验证。结果UPLC-MS/MS法共鉴定8个原型入血成分,协同作用于101个靶点,参与免疫反应、基因表达的正调控、受体结合、细胞因子活性等538个生物学过程,涉及HIF-1、Toll样受体、JAK-STAT、T细胞受体、PI3K-Akt、FoxO等116条信号通路。核心靶点为MAPK14、PTGS2、MMP9、PPARG、CCND1等。分子对接结果显示,芒柄花素、毛蕊异黄酮与MAPK14的对接结合活性较高,分子动力学模拟进一步验证了芒柄花素、毛蕊异黄酮与MAPK14的结合具有较好的结构稳定性及结合亲和力。结论通过血清药物化学、网络药理学及分子动力学相互印证,揭示了红芪调节免疫的物质基础及机制,可为其作用机制研究提供科学依据。 展开更多
关键词 红芪 免疫调节 网络药理学 分子动力学 入血成分 UPLC-MS/MS 芒柄花素 毛蕊异黄酮 MAPK14
原文传递
基于网络药理学和分子对接探讨党参防治免疫性血小板减少症的分子机制
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作者 朱瑞芳 陈雨露 +5 位作者 王倩 张珺 张淑文 吕亚茹 韩世范 王宏伟 《护理研究》 北大核心 2024年第9期1505-1515,共11页
目的:采用网络药理学、差异基因分析、分子对接方法初步阐明党参治疗免疫性血小板减少症(ITP)的分子机制。方法:在传统中药系统药理学数据库(TCMSP)、传统中药综合数据库(TCMID)和中医药百科全书数据库(ETCM)中检索党参的主要成分和相... 目的:采用网络药理学、差异基因分析、分子对接方法初步阐明党参治疗免疫性血小板减少症(ITP)的分子机制。方法:在传统中药系统药理学数据库(TCMSP)、传统中药综合数据库(TCMID)和中医药百科全书数据库(ETCM)中检索党参的主要成分和相应的蛋白质靶标。在GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库收集ITP的靶点,构建韦恩图获得复合靶标和疾病的交集靶点,并将靶标导入STRING数据库,使用Cytoscape3.9.1构建PPI网络。接着对交集靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,以探索ITP与党参的相关信号通路,最后对关键靶点和活性化合物进行分子对接研究。结果:共获得党参的84种潜在活性化合物、2354个疾病靶点与257个药物靶点,并得到86个交集靶点。通过蛋白互相作用网络图(PPI)分析确定了15个关键靶点,Degree值排名前5位的靶点包括血管内皮生长因子A(VEGFA)、Src原癌基因(SRC)、白细胞介素2(IL2)、过氧化物酶体增殖激活受体γ(PPARG)、表皮生长因子受体(EGFR)。GO和KEGG分析表明,党参治疗ITP主要涉及ERK1和ERK2级联的正向调控、信号转导、蛋白质磷酸化等生物学过程,信号通路主要包括PI3K/Akt、癌症通路、T细胞信号通路。分子对接结果表明,SRC、PPARG与11-hydroxyrankinidine具有较高的结合活性。肉豆蔻酸、乙基α-d果糖呋喃糖苷、黄豆黄素是重要的活性化合物并通过分子对接模拟进行验证。结论:本研究从多个角度阐明党参可能通过调节多个靶点和多条途径对ITP产生治疗作用,可为进一步深入研究党参对ITP的作用提供科学依据。 展开更多
关键词 免疫性血小板减少症 党参 网络药理学 分子对接 分子机制
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基于网络药理学和生物信息学探讨满药复方木鸡颗粒治疗肝癌的分子机制
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作者 柯昌虎 严慧 +3 位作者 陈春晓 李志浩 朱军 李鹏 《西华大学学报（自然科学版）》 CAS 2024年第2期93-106,共14页
利用网络药理学和生物信息学方法揭示复方木鸡颗粒治疗肝癌的作用机制。通过TCMSP、Swiss Target Prediction数据库分别获取复方木鸡颗粒的活性成分以及相关靶点;在GEO数据库筛选肝癌的相关靶点;利用Venny 2.1在线平台获取药物与疾病的... 利用网络药理学和生物信息学方法揭示复方木鸡颗粒治疗肝癌的作用机制。通过TCMSP、Swiss Target Prediction数据库分别获取复方木鸡颗粒的活性成分以及相关靶点;在GEO数据库筛选肝癌的相关靶点;利用Venny 2.1在线平台获取药物与疾病的共同靶点;由Cytoscape 3.8.2绘制药物–成分–靶点–疾病网络;用STRING数据库构建PPI网络;通过DAVID数据库进行GO功能富集和KEGG通路富集分析;利用Kaplan Meier-Plotter数据库对关键基因的表达量及预后关联性进行分析;运用AutoDock软件对关键成分和靶点进行分子对接验证。复方木鸡颗粒中共获得37个活性成分,筛选出57个共有靶点,涉及生物过程98条、细胞成分17条、分子功能37条,介导15条信号通路。生存期分析结果显示,ESR1、CYP3A4、G6PD基因的表达量与肝癌患者的生存期具有相关性。分子对接表明筛选的6个活性成分与6个关键靶点蛋白之间具有较好的结合能力。复方木鸡颗粒中的大豆皂苷C、柚皮素、β-谷固醇、汉黄芩素等活性成分可以作用于ESR1、CYP3A4、G6PD等靶点,可能通过P53、戊糖磷酸途径、MAPK等信号通路发挥治疗肝癌的作用。 展开更多
关键词 复方木鸡颗粒 肝癌 网络药理学 生物信息学 分子对接 作用机制
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基于网络药理学和实验验证研究丹参饮治疗心衰的作用机制
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作者 王晶 李莉 +2 位作者 刘冰 周昆 于英莉 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1773-1780,共8页
目的用网络药理学方法及体外实验验证,研究丹参饮(Danshenyin,DSY)治疗心衰的药理作用并探讨治疗机制。方法使用中药系统药理学分析平台(TCMSP),UniProt等数据库筛选丹参饮的有效成分及作用靶点,以“heart failure”为关键词检索Gene Ca... 目的用网络药理学方法及体外实验验证,研究丹参饮(Danshenyin,DSY)治疗心衰的药理作用并探讨治疗机制。方法使用中药系统药理学分析平台(TCMSP),UniProt等数据库筛选丹参饮的有效成分及作用靶点,以“heart failure”为关键词检索Gene Cards等数据库得到疾病靶点,二者交集得到核心靶点。用STRING数据库构建核心靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用DAVID数据库进行生物功能和信号通路富集分析。构建“药材-成分-靶点-疾病”网络,将活性成分与靶点分子对接验证。手术结扎小鼠心脏冠状动脉左前降支建立心衰模型,丹参饮干预,超声检测、蛋白免疫印记对预测结果进行实验验证。结果网络药理学分析显示,丹参饮通过丹参醛、丹参酮ⅡA、miltiononeⅡ等成分发挥对心衰的治疗作用,其作用机制可能与参与MAPK信号级联的生物调控过程以及调控MAPK等信号通路相关;动物实验对这一发现进行了初步验证:实验发现丹参饮治疗后小鼠左心室心功能、流出道血流等超声指标得到改善;心肌组织中MAPK信号通路蛋白ERK、JNK、p38磷酸化水平降低(P<0.05)。结论丹参饮能够保护心肌,影响MAPK通路从而发挥对慢性心衰的治疗作用。 展开更多
关键词 丹参饮 心力衰竭 网络药理学 超声 作用机制 分子对接
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