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基于转录组分析的大针茅响应羊啃食的基因表达
被引量：
2
1
作者
田青松
田文坦
+3 位作者
李婷婷
高金玉
武志娟
韩冰
《中国草地学报》
CSCD
北大核心
2017年第3期1-7,共7页
利用新一代高通量测序手段对大针茅受到羊啃食后2h的实验组与未啃食的对照组叶片进行Illumina平台的转录组测序(RNA sequences),共得到147561个序列读取片段(reads),组装成64738条单基因簇(Unigenes),Unigenes平均长度为1367.21bp,N50为...
利用新一代高通量测序手段对大针茅受到羊啃食后2h的实验组与未啃食的对照组叶片进行Illumina平台的转录组测序(RNA sequences),共得到147561个序列读取片段(reads),组装成64738条单基因簇(Unigenes),Unigenes平均长度为1367.21bp,N50为2017bp。随机挑选11个基因利用实时荧光定量PCR对转录组数据库进行了验证。基于转录组数据分析淀粉和蔗糖代谢通路中关键调控基因表达差异,结果表明:随机挑选的11个基因的表达差异变化与转录组数据上下调趋势一致,在淀粉与蔗糖代谢通路中相关基因的表达差异变化利于淀粉、蔗糖的积累。大针茅在羊啃食后淀粉与蔗糖含量的增加有利于结实,对后代的传播意义重大。
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关键词
大针茅
羊啃食
转录组测序
实时荧光定量PCR
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职称材料
题名
基于转录组分析的大针茅响应羊啃食的基因表达
被引量：
2
1
作者
田青松
田文坦
李婷婷
高金玉
武志娟
韩冰
机构
中国农业科学院草原研究所/农业部草地生态与修复治理重点实验室
内蒙古农业大学生命科学学院
出处
《中国草地学报》
CSCD
北大核心
2017年第3期1-7,共7页
基金
内蒙古自然科学基金项目(2015MS0305)
中国科学院西部之光"人才培养"项目
中国农业科学院草原研究所科技创新工程资助
文摘
利用新一代高通量测序手段对大针茅受到羊啃食后2h的实验组与未啃食的对照组叶片进行Illumina平台的转录组测序(RNA sequences),共得到147561个序列读取片段(reads),组装成64738条单基因簇(Unigenes),Unigenes平均长度为1367.21bp,N50为2017bp。随机挑选11个基因利用实时荧光定量PCR对转录组数据库进行了验证。基于转录组数据分析淀粉和蔗糖代谢通路中关键调控基因表达差异,结果表明:随机挑选的11个基因的表达差异变化与转录组数据上下调趋势一致,在淀粉与蔗糖代谢通路中相关基因的表达差异变化利于淀粉、蔗糖的积累。大针茅在羊啃食后淀粉与蔗糖含量的增加有利于结实,对后代的传播意义重大。
关键词
大针茅
羊啃食
转录组测序
实时荧光定量PCR
Keywords
Stipa grandis
Sheep grazing
Transcriptome sequencing
Real-time fluorescent quantitative PCR
分类号
S543.9 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于转录组分析的大针茅响应羊啃食的基因表达
田青松
田文坦
李婷婷
高金玉
武志娟
韩冰
《中国草地学报》
CSCD
北大核心
2017
2
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