目的分析晚期胃癌(advanced gastric cancer,AGC)患者和早期胃癌(early gastric cancer,EGC)患者菌群的结构、组成,进一步确定胃癌进展相关的菌群特征。方法本研究共纳入60例胃癌患者,黏膜标本取自于癌性病灶切缘>5 cm的正常胃黏膜...目的分析晚期胃癌(advanced gastric cancer,AGC)患者和早期胃癌(early gastric cancer,EGC)患者菌群的结构、组成,进一步确定胃癌进展相关的菌群特征。方法本研究共纳入60例胃癌患者,黏膜标本取自于癌性病灶切缘>5 cm的正常胃黏膜组织。提取组织基因组DNA,采用高通量测序分析胃黏膜菌群,以EGC组菌群为对照,利用线性判别效应(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)分析AGC组和EGC组菌群组成差异;采用受试者工作特性曲线下面积-随机森林(optimizing the area under the receiver operating characteristic curve of the random forest,AUC-RF)算法建立随机森林(random forest,RF)模型,对胃癌进展相关菌群特征进行分析。结果EGC组菌群Shannon多样性指数为2.454,明显低于AGC组(2.673),差异有统计学意义(t=2.577,P=0.013),而Chao 1指数EGC组略高于AGC组,但差异无统计学意义(t=0.619,P=0.538)。主成分分析(principal coordinate analysis,PCoA)结果发现两组患者胃菌群出现明显集中,并可以相互区分(P=0.04)。LEfSe分析结果显示,LDA值≥2.0的细菌共12个属,分别为Thermus、Burkholderia、Pseudomonas、Brevibacillus、Stenotrophomonas、Salinivibrio、Uruburuella、Schlegelella、Bradyrhizobium、Nocardioides、Bacillus和Ochrobactrum。采用AUC-RF算法得到一个最优的24个细菌属组合能够最大限度地区分AGC组和EGC组(AUC=0.916,95%CI:0.841~0.990,灵敏性=0.800,特异性=0.767)。结论在胃癌进展过程中,胃菌群在组成及多样性方面发生明显改变,并发现了24个细菌属组合能够很好地区分AGC组和EGC组菌群,与胃癌进展密切相关。本研究从菌群角度为辅助临床判断胃癌进程,为探索胃癌进展相关的菌群变化提供新的理论依据和新路径。展开更多
目的:探讨原发性胃癌患者胃肠道菌群种类和分布构成,探究原发性胃癌患者的微生态与癌变发生相关性,并寻找可能存在的菌群生物标志物。方法:根据纳入排除标准,分别收集未经治疗的5例初诊胃癌患者(胃癌组)和5例健康对照人群(对照组)胃黏...目的:探讨原发性胃癌患者胃肠道菌群种类和分布构成,探究原发性胃癌患者的微生态与癌变发生相关性,并寻找可能存在的菌群生物标志物。方法:根据纳入排除标准,分别收集未经治疗的5例初诊胃癌患者(胃癌组)和5例健康对照人群(对照组)胃黏膜和粪便样本,共20个样本,采用16S rDNA基因高通量测序技术检测胃癌组和对照组胃肠道菌群,通过PICRUSt2预测菌群功能差异。结果:操作分类单元(Operational taxonomic units OTU)物种多样性分析显示,胃癌组和对照组胃黏膜样本优化序列数量差异无统计学意义,但胃癌组粪便(WAFB)OTU数明显高于对照组。两组间ɑ多样性指数Dominance、Shannon、Chao1、Simpson、Pielou_e及Observed_otus比较差异均无统计学意义,但距离矩阵与(主坐标分析)PCoA分析显示两组菌群结构存在显著差异。线性判别效应分析(LefSe)结果显示,在细菌分类的门水平上,与对照组相比,胃癌组黏膜(WANM)古细菌和拟杆菌门丰度降低,而厚壁菌门和弯曲杆菌门丰度增加,胃癌组粪便(WAFB)的厚壁菌门和放线菌门丰度降低,而变形杆菌门、拟杆菌门和弯曲杆菌门丰度增加。在属水平上,胃癌组大肠埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)丰度高于对照组,而拟杆菌属(Bacteroides)等益生菌则低于对照组。功能基因预测结果显示,胃癌组与对照组菌群代谢通路存在差异。结论:胃癌患者胃肠道菌群多样性和结构发生了特征性改变,其中在门水平上,无论是胃黏膜菌群,还是肠道菌群,其拟杆菌门和变形杆菌门为具有显著差异的标志性菌群,在属水平上,胃癌患者大肠埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)丰度显著增高,而拟杆菌属(Bacteroides)等益生菌则显著降低。大肠埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)可能作为本地区胃癌患者潜在的生物标志物。展开更多
目的通过比较幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染者和H.pylori阴性健康人群胃内菌群差异,探讨H.pylori对胃内菌群的影响。方法 30例H.pylori感染者和30名H.pylori阴性健康志愿者胃黏膜标本,经组织研磨匀浆后提取基因组,对16S...目的通过比较幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染者和H.pylori阴性健康人群胃内菌群差异,探讨H.pylori对胃内菌群的影响。方法 30例H.pylori感染者和30名H.pylori阴性健康志愿者胃黏膜标本,经组织研磨匀浆后提取基因组,对16S r DNA基因V3-V4高变区进行扩增,构建小片段文库,基于Illumina Hi Seq 2000测序平台,利用250 bp Paired-End的方法进行双末端测序。下机数据经过生物信息处理后,得到有效序列,以97%一致性将序列聚类成为OTUs,经聚类及物种注释后获得每个样本在各分类水平的分布情况。比较分析两组样品α多样性差异和β多样性差异。统计分析两组在各分类水平相对丰度变化情况。寻找因H.pylori感染引起相对丰度发生显著变化的物种。结果与H.pylori阴性对照组相比,H.pylori阳性组α多样性显著降低。β多样性结果显示,组内的菌群结构相似度高,而组间的菌群相似度较低。H.pylori阴性对照组内优势菌属为Shewanella、Streptococcus、Escherichia、Pseudomonas、Prevotella、Neisseria、Oscillospira;而H.pylori阳性组内优势菌属为Helicobacter、Prevotella、Pseudomonas、Fusobacterium和Streptococcus。H.pylori阳性组内Streptococcus、Prevotella、Fusobacterium、Campylobacter、Porphyromonas、Rothia、Neisseria、Heamophilus[Prevotella]、Veillonella、Leptotrichia、Actinomyces、Bulleidia相对丰度显著升高;而阴性对照组Shewanella显著升高。结论H.pylori能够显著影响胃黏膜菌群结构,H.pylori可能与胃内菌群共同促进消化性溃疡、萎缩性胃炎、胃癌、MALT淋巴瘤的发生、发展。展开更多
目的探讨幽门螺杆菌(Hp)感染对慢性胃炎患者胃内菌群丰度和多样性的影响。方法选取2017年10月至2018年6月金华市中心医院收治行胃镜检查的慢性浅表性胃炎患者38例,胃黏膜组织病理学检查和细菌培养结果中任一项为Hp阳性,归为Hp阳性组(Hp-...目的探讨幽门螺杆菌(Hp)感染对慢性胃炎患者胃内菌群丰度和多样性的影响。方法选取2017年10月至2018年6月金华市中心医院收治行胃镜检查的慢性浅表性胃炎患者38例,胃黏膜组织病理学检查和细菌培养结果中任一项为Hp阳性,归为Hp阳性组(Hp-P组,14例);两者均为阴性,归为Hp阴性组(Hp-N组,24例)。将胃黏膜组织研磨后提取基因组DNA,对16S r RNA基因V3~V4可变区进行基因扩增,构建基因文库,基于Illumina Miseq测序平台进行测序。测序数据经生物信息处理后,将得到的有效序列按相似度0.97进行分类单位聚类。比较Hp-P组和Hp-N组菌群的丰度和多样性,以及物种相似性。结果Hp-P组患者胃内菌群的丰度和多样性均明显低于Hp-N组;Hp-P组和Hp-N组物种相似性比较,两组组内菌群结构相似性较高,而两组之间菌群结构存在明显差异。Hp-P组的优势菌群分别为Helicobacter(89.1%)、Prevotella(1.2%)、Methylobacterium(1.1%)、Sphingomonas(1.1%);Hp-N组优势菌群分别为Prevotella(14.5%)、Streptococcus(10.1%)、Neisseria(7.1%)、Haemophilus(6.5%)、Sphingomonas(4.6%)、Veillonella(4.6%)、Methylobacterium(4.6%)。Hp与胃内其他菌群呈负作用关系。结论Hp感染会明显降低慢性浅表性胃炎患者胃内菌群的丰度和多样性。展开更多
文摘目的分析晚期胃癌(advanced gastric cancer,AGC)患者和早期胃癌(early gastric cancer,EGC)患者菌群的结构、组成,进一步确定胃癌进展相关的菌群特征。方法本研究共纳入60例胃癌患者,黏膜标本取自于癌性病灶切缘>5 cm的正常胃黏膜组织。提取组织基因组DNA,采用高通量测序分析胃黏膜菌群,以EGC组菌群为对照,利用线性判别效应(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)分析AGC组和EGC组菌群组成差异;采用受试者工作特性曲线下面积-随机森林(optimizing the area under the receiver operating characteristic curve of the random forest,AUC-RF)算法建立随机森林(random forest,RF)模型,对胃癌进展相关菌群特征进行分析。结果EGC组菌群Shannon多样性指数为2.454,明显低于AGC组(2.673),差异有统计学意义(t=2.577,P=0.013),而Chao 1指数EGC组略高于AGC组,但差异无统计学意义(t=0.619,P=0.538)。主成分分析(principal coordinate analysis,PCoA)结果发现两组患者胃菌群出现明显集中,并可以相互区分(P=0.04)。LEfSe分析结果显示,LDA值≥2.0的细菌共12个属,分别为Thermus、Burkholderia、Pseudomonas、Brevibacillus、Stenotrophomonas、Salinivibrio、Uruburuella、Schlegelella、Bradyrhizobium、Nocardioides、Bacillus和Ochrobactrum。采用AUC-RF算法得到一个最优的24个细菌属组合能够最大限度地区分AGC组和EGC组(AUC=0.916,95%CI:0.841~0.990,灵敏性=0.800,特异性=0.767)。结论在胃癌进展过程中,胃菌群在组成及多样性方面发生明显改变,并发现了24个细菌属组合能够很好地区分AGC组和EGC组菌群,与胃癌进展密切相关。本研究从菌群角度为辅助临床判断胃癌进程,为探索胃癌进展相关的菌群变化提供新的理论依据和新路径。
文摘目的:探讨原发性胃癌患者胃肠道菌群种类和分布构成,探究原发性胃癌患者的微生态与癌变发生相关性,并寻找可能存在的菌群生物标志物。方法:根据纳入排除标准,分别收集未经治疗的5例初诊胃癌患者(胃癌组)和5例健康对照人群(对照组)胃黏膜和粪便样本,共20个样本,采用16S rDNA基因高通量测序技术检测胃癌组和对照组胃肠道菌群,通过PICRUSt2预测菌群功能差异。结果:操作分类单元(Operational taxonomic units OTU)物种多样性分析显示,胃癌组和对照组胃黏膜样本优化序列数量差异无统计学意义,但胃癌组粪便(WAFB)OTU数明显高于对照组。两组间ɑ多样性指数Dominance、Shannon、Chao1、Simpson、Pielou_e及Observed_otus比较差异均无统计学意义,但距离矩阵与(主坐标分析)PCoA分析显示两组菌群结构存在显著差异。线性判别效应分析(LefSe)结果显示,在细菌分类的门水平上,与对照组相比,胃癌组黏膜(WANM)古细菌和拟杆菌门丰度降低,而厚壁菌门和弯曲杆菌门丰度增加,胃癌组粪便(WAFB)的厚壁菌门和放线菌门丰度降低,而变形杆菌门、拟杆菌门和弯曲杆菌门丰度增加。在属水平上,胃癌组大肠埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)丰度高于对照组,而拟杆菌属(Bacteroides)等益生菌则低于对照组。功能基因预测结果显示,胃癌组与对照组菌群代谢通路存在差异。结论:胃癌患者胃肠道菌群多样性和结构发生了特征性改变,其中在门水平上,无论是胃黏膜菌群,还是肠道菌群,其拟杆菌门和变形杆菌门为具有显著差异的标志性菌群,在属水平上,胃癌患者大肠埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)丰度显著增高,而拟杆菌属(Bacteroides)等益生菌则显著降低。大肠埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)可能作为本地区胃癌患者潜在的生物标志物。
文摘目的通过比较幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染者和H.pylori阴性健康人群胃内菌群差异,探讨H.pylori对胃内菌群的影响。方法 30例H.pylori感染者和30名H.pylori阴性健康志愿者胃黏膜标本,经组织研磨匀浆后提取基因组,对16S r DNA基因V3-V4高变区进行扩增,构建小片段文库,基于Illumina Hi Seq 2000测序平台,利用250 bp Paired-End的方法进行双末端测序。下机数据经过生物信息处理后,得到有效序列,以97%一致性将序列聚类成为OTUs,经聚类及物种注释后获得每个样本在各分类水平的分布情况。比较分析两组样品α多样性差异和β多样性差异。统计分析两组在各分类水平相对丰度变化情况。寻找因H.pylori感染引起相对丰度发生显著变化的物种。结果与H.pylori阴性对照组相比,H.pylori阳性组α多样性显著降低。β多样性结果显示,组内的菌群结构相似度高,而组间的菌群相似度较低。H.pylori阴性对照组内优势菌属为Shewanella、Streptococcus、Escherichia、Pseudomonas、Prevotella、Neisseria、Oscillospira;而H.pylori阳性组内优势菌属为Helicobacter、Prevotella、Pseudomonas、Fusobacterium和Streptococcus。H.pylori阳性组内Streptococcus、Prevotella、Fusobacterium、Campylobacter、Porphyromonas、Rothia、Neisseria、Heamophilus[Prevotella]、Veillonella、Leptotrichia、Actinomyces、Bulleidia相对丰度显著升高;而阴性对照组Shewanella显著升高。结论H.pylori能够显著影响胃黏膜菌群结构,H.pylori可能与胃内菌群共同促进消化性溃疡、萎缩性胃炎、胃癌、MALT淋巴瘤的发生、发展。
文摘目的探讨幽门螺杆菌(Hp)感染对慢性胃炎患者胃内菌群丰度和多样性的影响。方法选取2017年10月至2018年6月金华市中心医院收治行胃镜检查的慢性浅表性胃炎患者38例,胃黏膜组织病理学检查和细菌培养结果中任一项为Hp阳性,归为Hp阳性组(Hp-P组,14例);两者均为阴性,归为Hp阴性组(Hp-N组,24例)。将胃黏膜组织研磨后提取基因组DNA,对16S r RNA基因V3~V4可变区进行基因扩增,构建基因文库,基于Illumina Miseq测序平台进行测序。测序数据经生物信息处理后,将得到的有效序列按相似度0.97进行分类单位聚类。比较Hp-P组和Hp-N组菌群的丰度和多样性,以及物种相似性。结果Hp-P组患者胃内菌群的丰度和多样性均明显低于Hp-N组;Hp-P组和Hp-N组物种相似性比较,两组组内菌群结构相似性较高,而两组之间菌群结构存在明显差异。Hp-P组的优势菌群分别为Helicobacter(89.1%)、Prevotella(1.2%)、Methylobacterium(1.1%)、Sphingomonas(1.1%);Hp-N组优势菌群分别为Prevotella(14.5%)、Streptococcus(10.1%)、Neisseria(7.1%)、Haemophilus(6.5%)、Sphingomonas(4.6%)、Veillonella(4.6%)、Methylobacterium(4.6%)。Hp与胃内其他菌群呈负作用关系。结论Hp感染会明显降低慢性浅表性胃炎患者胃内菌群的丰度和多样性。
