目的以网络药理学研究结果为基础,对小建中汤中桂枝、甘草、生姜、大枣、白芍、饴糖6种中药开展深入研究,以期为小建中汤治疗脾胃虚寒类消化性溃疡作用机制研究提供新的依据及方向。方法基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中...目的以网络药理学研究结果为基础,对小建中汤中桂枝、甘草、生姜、大枣、白芍、饴糖6种中药开展深入研究,以期为小建中汤治疗脾胃虚寒类消化性溃疡作用机制研究提供新的依据及方向。方法基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)获取小建中汤6种中草药的相关化学成分,并在Swiss Target Prediction中搜索活性化学成分潜在靶点;通过GeneCards数据库检索消化性溃疡、十二指肠溃疡、胃溃疡靶点和脾胃虚寒型消化性溃疡主要症状靶点;筛选出疾病主要症状、疾病和药物的共同靶点;运用Cytoscape Version 3.7.2软件绘制药物-化合物-靶点网络;利用STRING数据库绘制构建蛋白质相互作用(PPI)网络分析共同靶点之间的相互作用,找出可能的关键基因;利用R软件进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,分析治疗的作用机制;运用AutoDock及Pymol对关键靶点与相应活性成分进行分子对接验证,实验验证小建中汤对靶点蛋白、白细胞介素(IL)-6表达的影响。结果分析得到小建中汤具有128个活性化学成分作用于75个脾胃虚寒型消化性溃疡靶点,其中TP53、血管内皮生长因子(VEGF)、IL-6、胱天蛋白酶3(CASP3)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、信号转导因子和转录激活因子3(STAT3)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、白蛋白(ALB)、表皮生长因子受体(EGFR)与非受体酪氨酸激酶(SRC)为核心靶点;而小建中汤治疗脾胃虚寒型消化性溃疡的核心活性成分是儿茶素、羟黄酮、芍药内苷C、拟雌内酯、草果甲素等;靶点基因主要富集于脂筏、膜微结构域、膜区、细胞小凹等细胞区域,作用于跨膜受体蛋白酪氨酸激酶活性、蛋白酪氨酸激酶活性、跨膜受体蛋白激酶活性、磷酸酶结合等分子功能,重要的是具有调节平滑肌细胞增殖和氧化应激反应。生物学通路则主要集中于磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt信号通路、缺氧诱导因子(HIF)-1信号通路、C型凝集素受体信号通路、胃癌等通路。分子对接结果显示,筛选的主要核心成分与其对应靶蛋白具有较好的结合活性。结论小建中汤通过网络药理学预测的作用机制多成分、多靶点、多通路治疗脾胃虚寒型消化性溃疡;实验验证小建中汤可下调靶点蛋白IL-6的表达,抑制肠上皮损伤。展开更多
目的:探讨补肾活血汤治疗激素性股骨头坏死(steroid-induced osteonecrosis of the femoral head,SONFH)的作用机制。方法:通过中医药整合药理学网络计算研究平台(integrative pharmacology-based network computational research platf...目的:探讨补肾活血汤治疗激素性股骨头坏死(steroid-induced osteonecrosis of the femoral head,SONFH)的作用机制。方法:通过中医药整合药理学网络计算研究平台(integrative pharmacology-based network computational research platform of Traditional Chinese Medicine,TCMIP)v2.0预测、筛选补肾活血汤组方中14味中药的作用靶标,通过GeneCards、CTD和OMIM数据库查询SONFH的疾病靶点。根据获取的药物靶标和疾病靶点,进一步利用TCMIP v2.0中医药关联网络分析模块构建"药物靶标-疾病靶点"相互作用网络,根据网络拓扑特征值筛选补肾活血汤治疗SONFH的核心作用靶点。利用GO和KEGG数据库,采用富集算法挖掘上述方剂核心作用靶点的生物学功能和通路信息。结果:共获得891个补肾活血汤药物靶标和365个SONFH疾病靶点。经"药物靶标-疾病靶点"相互作用网络分析,最终筛选出31个补肾活血汤治疗SONFH核心靶点,GO功能分析富集出生物过程532条、分子功能29条,KEGG信号通路富集分析出相关通路共12条,主要涉及炎症免疫调节(chemokine signaling pathway,Toll-like receptor signaling pathway,NOD-like receptor signaling pathway,leukocyte transendothelial migration,Complement and coagulation cascades,cytokine-cytokine receptor interaction)、血管新生及血液循环调节(VEGF signaling pathway)、神经系统调节(neuroactive ligand-receptor interaction)和细胞功能调节(apoptosis,regulation of actin cytoskeleton)等方面。结论:结合SONFH的病理机制,排除缺乏特异性的信号通路,我们推测补肾活血汤可能通过调节TLR4/NF-κB和VEGF信号通路发挥补肾壮骨、活血化瘀的功效,这可能是其治疗SONFH的作用机制之一。展开更多
目的:探讨杜仲防治骨关节炎的潜在活性成分及作用机制。方法:通过检索中药系统药理学数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)中杜仲所有成分数据,筛选和预测杜仲...目的:探讨杜仲防治骨关节炎的潜在活性成分及作用机制。方法:通过检索中药系统药理学数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)中杜仲所有成分数据,筛选和预测杜仲入血活性成分和作用靶点;挖掘靶点数据库、药物银行、在线人类孟德尔遗传数据库、遗传关联数据库、药物遗传学和药物基因组学知识库5大疾病数据库中已知与骨关节炎相关的作用靶点;构建杜仲入血活性成分及已知与OA相关靶点的相互关系网络,通过网络拓扑分析,筛选杜仲防治骨关节炎的关键靶点;采用Clue Go信号通路富集,分析杜仲防治骨关节炎的作用机制。结果:通过TCMSP检索出119个杜仲相关成分,利用TCMSP模型预测出7个入血活性成分(槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、丁子香萜、刺痛灵、麦儿茶素、皮树脂醇)和116个作用靶点,且活性成分与作用靶点之间形成271条对应关系;从5大疾病数据库检索出168个已知与骨关节炎相关的靶点;网络拓扑分析筛选出202个杜仲防治OA的关键节点,其中疾病与药物直接映射靶点有17个; Clue GO富集分析结果显示,杜仲作用于骨关节炎的关键节点涉及的信号通路主要被富集于细胞周期、增殖和凋亡以及炎症、代谢、其他疾病相关等60条信号通路。结论:杜仲防治骨关节炎的活性成分主要为槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、丁子香萜、刺痛灵、麦儿茶素、皮树脂醇。其可能的作用机制不仅表现为直接参与细胞增殖、分化及凋亡,调节骨代谢平衡;还表现为间接通过调节炎症、免疫和其他全身系统等,影响骨与软骨微环境,具有多通路、多成分、多靶点的特点。展开更多
文摘目的以网络药理学研究结果为基础,对小建中汤中桂枝、甘草、生姜、大枣、白芍、饴糖6种中药开展深入研究,以期为小建中汤治疗脾胃虚寒类消化性溃疡作用机制研究提供新的依据及方向。方法基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)获取小建中汤6种中草药的相关化学成分,并在Swiss Target Prediction中搜索活性化学成分潜在靶点;通过GeneCards数据库检索消化性溃疡、十二指肠溃疡、胃溃疡靶点和脾胃虚寒型消化性溃疡主要症状靶点;筛选出疾病主要症状、疾病和药物的共同靶点;运用Cytoscape Version 3.7.2软件绘制药物-化合物-靶点网络;利用STRING数据库绘制构建蛋白质相互作用(PPI)网络分析共同靶点之间的相互作用,找出可能的关键基因;利用R软件进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,分析治疗的作用机制;运用AutoDock及Pymol对关键靶点与相应活性成分进行分子对接验证,实验验证小建中汤对靶点蛋白、白细胞介素(IL)-6表达的影响。结果分析得到小建中汤具有128个活性化学成分作用于75个脾胃虚寒型消化性溃疡靶点,其中TP53、血管内皮生长因子(VEGF)、IL-6、胱天蛋白酶3(CASP3)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、信号转导因子和转录激活因子3(STAT3)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、白蛋白(ALB)、表皮生长因子受体(EGFR)与非受体酪氨酸激酶(SRC)为核心靶点;而小建中汤治疗脾胃虚寒型消化性溃疡的核心活性成分是儿茶素、羟黄酮、芍药内苷C、拟雌内酯、草果甲素等;靶点基因主要富集于脂筏、膜微结构域、膜区、细胞小凹等细胞区域,作用于跨膜受体蛋白酪氨酸激酶活性、蛋白酪氨酸激酶活性、跨膜受体蛋白激酶活性、磷酸酶结合等分子功能,重要的是具有调节平滑肌细胞增殖和氧化应激反应。生物学通路则主要集中于磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt信号通路、缺氧诱导因子(HIF)-1信号通路、C型凝集素受体信号通路、胃癌等通路。分子对接结果显示,筛选的主要核心成分与其对应靶蛋白具有较好的结合活性。结论小建中汤通过网络药理学预测的作用机制多成分、多靶点、多通路治疗脾胃虚寒型消化性溃疡;实验验证小建中汤可下调靶点蛋白IL-6的表达,抑制肠上皮损伤。
文摘目的:探讨补肾活血汤治疗激素性股骨头坏死(steroid-induced osteonecrosis of the femoral head,SONFH)的作用机制。方法:通过中医药整合药理学网络计算研究平台(integrative pharmacology-based network computational research platform of Traditional Chinese Medicine,TCMIP)v2.0预测、筛选补肾活血汤组方中14味中药的作用靶标,通过GeneCards、CTD和OMIM数据库查询SONFH的疾病靶点。根据获取的药物靶标和疾病靶点,进一步利用TCMIP v2.0中医药关联网络分析模块构建"药物靶标-疾病靶点"相互作用网络,根据网络拓扑特征值筛选补肾活血汤治疗SONFH的核心作用靶点。利用GO和KEGG数据库,采用富集算法挖掘上述方剂核心作用靶点的生物学功能和通路信息。结果:共获得891个补肾活血汤药物靶标和365个SONFH疾病靶点。经"药物靶标-疾病靶点"相互作用网络分析,最终筛选出31个补肾活血汤治疗SONFH核心靶点,GO功能分析富集出生物过程532条、分子功能29条,KEGG信号通路富集分析出相关通路共12条,主要涉及炎症免疫调节(chemokine signaling pathway,Toll-like receptor signaling pathway,NOD-like receptor signaling pathway,leukocyte transendothelial migration,Complement and coagulation cascades,cytokine-cytokine receptor interaction)、血管新生及血液循环调节(VEGF signaling pathway)、神经系统调节(neuroactive ligand-receptor interaction)和细胞功能调节(apoptosis,regulation of actin cytoskeleton)等方面。结论:结合SONFH的病理机制,排除缺乏特异性的信号通路,我们推测补肾活血汤可能通过调节TLR4/NF-κB和VEGF信号通路发挥补肾壮骨、活血化瘀的功效,这可能是其治疗SONFH的作用机制之一。
文摘目的:探讨杜仲防治骨关节炎的潜在活性成分及作用机制。方法:通过检索中药系统药理学数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)中杜仲所有成分数据,筛选和预测杜仲入血活性成分和作用靶点;挖掘靶点数据库、药物银行、在线人类孟德尔遗传数据库、遗传关联数据库、药物遗传学和药物基因组学知识库5大疾病数据库中已知与骨关节炎相关的作用靶点;构建杜仲入血活性成分及已知与OA相关靶点的相互关系网络,通过网络拓扑分析,筛选杜仲防治骨关节炎的关键靶点;采用Clue Go信号通路富集,分析杜仲防治骨关节炎的作用机制。结果:通过TCMSP检索出119个杜仲相关成分,利用TCMSP模型预测出7个入血活性成分(槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、丁子香萜、刺痛灵、麦儿茶素、皮树脂醇)和116个作用靶点,且活性成分与作用靶点之间形成271条对应关系;从5大疾病数据库检索出168个已知与骨关节炎相关的靶点;网络拓扑分析筛选出202个杜仲防治OA的关键节点,其中疾病与药物直接映射靶点有17个; Clue GO富集分析结果显示,杜仲作用于骨关节炎的关键节点涉及的信号通路主要被富集于细胞周期、增殖和凋亡以及炎症、代谢、其他疾病相关等60条信号通路。结论:杜仲防治骨关节炎的活性成分主要为槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、丁子香萜、刺痛灵、麦儿茶素、皮树脂醇。其可能的作用机制不仅表现为直接参与细胞增殖、分化及凋亡,调节骨代谢平衡;还表现为间接通过调节炎症、免疫和其他全身系统等,影响骨与软骨微环境,具有多通路、多成分、多靶点的特点。
