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邹承鲁先生与中国蛋白质折叠研究
1
作者 王志珍 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2023年第5期857-860,共4页
邹承鲁先生是近代中国生物化学的奠基人之一,一生致力于蛋白质结构与功能关系的研究,在细胞色素与呼吸链酶系、人工合成胰岛素、酶活性不可逆抑制动力学、酶活性部位的柔性以及蛋白质折叠和分子伴侣等不同领域都做出了重大贡献。1964年... 邹承鲁先生是近代中国生物化学的奠基人之一,一生致力于蛋白质结构与功能关系的研究,在细胞色素与呼吸链酶系、人工合成胰岛素、酶活性不可逆抑制动力学、酶活性部位的柔性以及蛋白质折叠和分子伴侣等不同领域都做出了重大贡献。1964年我从中国科学技术大学生物物理系毕业,被分配到中国科学院生物物理研究所。 展开更多
关键词 人工合成胰岛素 邹承鲁 蛋白质折叠 不可逆抑制 中国生物化学 细胞色素 蛋白质结构与功能 中国科学技术大学
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基于多因素耦合参数拟合蛋白质折叠速率
2
作者 李兰 张颖 《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》 2023年第2期103-108,共6页
从蛋白质天然态的序列和结构中,提取了规则二级结构数、氨基酸类型加权长程序、单位链长回转半径和向列序等4个参数,这些参数分别表征了蛋白质的大小、拓扑、氨基酸组成、几何形状和规则二级结构排列有序性。将4个参数耦合在一起,构建... 从蛋白质天然态的序列和结构中,提取了规则二级结构数、氨基酸类型加权长程序、单位链长回转半径和向列序等4个参数,这些参数分别表征了蛋白质的大小、拓扑、氨基酸组成、几何形状和规则二级结构排列有序性。将4个参数耦合在一起,构建了耦合参数与折叠速率之间的幂律依赖方程。在包含155个蛋白质折叠速率的实验数据集上,采用极大似然估计确定了方程的待定参数。结果表明:耦合参数实现了对折叠速率80%的拟合优度,而且95%的蛋白质折叠速率在预测值的50倍以内,对于跨越9个数量级的折叠速率数据,耦合参数捕获了影响折叠速率的主要因素。 展开更多
关键词 蛋白质折叠速率 耦合参数 幂律 极大似然估计
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蛋白质折叠与力学传感的单分子磁镊操纵研究进展
3
作者 乐世敏 陈虎 《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期269-279,共11页
蛋白质的折叠与相互作用是物理、生物等多学科交叉领域关注的基本问题.力生物学的前沿研究表明,一系列对力敏感的蛋白质在机械力作用下的去折叠与复折叠动力学及相互作用调控,是实现其力感知的物理机制.前沿单分子操纵技术的发展使得在... 蛋白质的折叠与相互作用是物理、生物等多学科交叉领域关注的基本问题.力生物学的前沿研究表明,一系列对力敏感的蛋白质在机械力作用下的去折叠与复折叠动力学及相互作用调控,是实现其力感知的物理机制.前沿单分子操纵技术的发展使得在单分子水平定量探究蛋白质的折叠与细胞力学传感的分子机制成为可能.本文重点介绍近年来蛋白质折叠与力学传感的单分子磁镊操纵研究进展,包括单结构域蛋白质的折叠-去折叠动力学、自由能曲面的构造,及细胞黏着斑与胞间连接的力敏感蛋白行使生物功能的分子机制. 展开更多
关键词 蛋白质折叠 蛋白质相互作用 力生物学 力敏感蛋白 单分子操纵 磁镊
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利用BP神经网络对蛋白质折叠速率的研究
4
作者 吴哲楠 徐明啸 姜舟婷 《中国计量大学学报》 2023年第4期637-644,共8页
目的:通过BP神经网络模型对蛋白质的折叠速率进行预测。方法:以蛋白质的接触序参数(CO、LRO、TCD)为输入信息,折叠速率为输出信息,构建具有1个输入层、2个隐藏层和一个输出层的4层BP神经网络模型,用以尝试多种激活函数,给出合理的预测... 目的:通过BP神经网络模型对蛋白质的折叠速率进行预测。方法:以蛋白质的接触序参数(CO、LRO、TCD)为输入信息,折叠速率为输出信息,构建具有1个输入层、2个隐藏层和一个输出层的4层BP神经网络模型,用以尝试多种激活函数,给出合理的预测结果。结果:激活函数是影响BP神经网络效率和精度的最重要因素之一,文中比较了6个激活函数来评估神经网络模型在蛋白质折叠预测中的表现,发现Mish函数预测全β蛋白质比较有效,而Tanh函数更适合一般性蛋白质折叠速率的预测。本文还通过不同的分离截止值来了解蛋白质的序列和折叠率之间的关系,LRO和TCD/CO的分离截止值分别为8和3的模型可以更精确地预测折叠率。结论:在本模型中,蛋白质折叠速率预测结果和实验结果基本吻合,这些研究成果为寻找影响蛋白质折叠过程的动力学因素提供了理论依据。 展开更多
关键词 BP神经网络 激活函数 蛋白质折叠速率 接触序参数
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蛋白质折叠过程模型 被引量：1
5
作者 张菁 张天驰 《应用科技》 CAS 2011年第7期41-43,共3页
蛋白质折叠过程模型研究一直是蛋白质折叠研究领域的热点课题.就这个问题,提出描述蛋白质折叠过程的拟蛇模型.并且提出一个新的概念,那就是所有蛋白质空间结构都可以通过2种类型函数构造出来,此外,还从理论方面来证明该模型是可行和正确... 蛋白质折叠过程模型研究一直是蛋白质折叠研究领域的热点课题.就这个问题,提出描述蛋白质折叠过程的拟蛇模型.并且提出一个新的概念,那就是所有蛋白质空间结构都可以通过2种类型函数构造出来,此外,还从理论方面来证明该模型是可行和正确的.通过与其他蛋白质折叠过程模型的对比实验,结果表明,拟蛇模型所构造的空间结构能量值最小、相似度最好.进而说明拟蛇模型在描述蛋白质折叠过程方面具有明显优势,开辟了研究蛋白质的一种新的途径. 展开更多
关键词 蛋白质折叠 蛋白质折叠模型 拟蛇模型
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蛋白质折叠计算机模拟研究进展 被引量：1
6
作者 魏彦杰 张慧玲 黄庆生 《集成技术》 2014年第4期58-66,共9页
蛋白质折叠过程中的结构变异可能导致"折叠病",比如老年痴呆症和多聚谷氨酰胺疾病等。因此蛋白质折叠研究对于揭示"折叠病"致病机理、指导药物设计等具有重大意义。文章阐述了蛋白质折叠计算机模拟研究的研究近况,... 蛋白质折叠过程中的结构变异可能导致"折叠病",比如老年痴呆症和多聚谷氨酰胺疾病等。因此蛋白质折叠研究对于揭示"折叠病"致病机理、指导药物设计等具有重大意义。文章阐述了蛋白质折叠计算机模拟研究的研究近况,分别介绍了蛋白质侧链研究、蛋白质折叠算法、蛋白质折叠病研究、蛋白质的分子动力学模拟和蛋白质结构预测等几个方面。 展开更多
关键词 蛋白质折叠 并行蒙特卡洛算法 蛋白质结构预测 分子动力学模拟 蛋白质折叠病
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蛋白质折叠类型的分类建模与识别 被引量：8
7
作者 刘岳 李晓琴 +1 位作者 徐海松 乔辉 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第12期2558-2564,共7页
蛋白质的氨基酸序列如何决定空间结构是当今生命科学研究中的核心问题之一.折叠类型反映了蛋白质核心结构的拓扑模式,折叠识别是蛋白质序列-结构研究的重要内容.我们以占Astral 1.65序列数据库中α,β和α/β三类蛋白质总量41.8%的36个... 蛋白质的氨基酸序列如何决定空间结构是当今生命科学研究中的核心问题之一.折叠类型反映了蛋白质核心结构的拓扑模式,折叠识别是蛋白质序列-结构研究的重要内容.我们以占Astral 1.65序列数据库中α,β和α/β三类蛋白质总量41.8%的36个无法独立建模的折叠类型为研究对象,选取其中序列一致性小于25%的样本作为训练集,以均方根偏差(RMSD)为指标分别进行系统聚类,生成若干折叠子类,并对各子类建立基于多结构比对算法(MUSTANG)结构比对的概形隐马尔科夫模型(profile-HMM).将Astral 1.65中序列一致性小于95%的9505个样本作为检验集,36个折叠类型的平均识别敏感性为90%,特异性为99%,马修斯相关系数(MCC)为0.95.结果表明:对于成员较多,无法建立统一模型的折叠类型,基于RMSD的系统分类建模均可实现较高准确率的识别,为蛋白质折叠识别拓展了新的方法和思路,为进一步研究奠定了基础. 展开更多
关键词 蛋白质折叠类型 均方根偏差 系统聚类 隐马尔科夫模型 折叠识别
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基于HNP三态模型及相对熵方法的蛋白质折叠研究 被引量：6
8
作者 苏计国 王宝翰 +2 位作者 焦雄 陈慰祖 王存新 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第5期479-484,共6页
把20种氨基酸简化为3类:疏水氨基酸(hydrophobic,H)、亲水氨基酸(hydrophilic,P)及中性氨基酸(neutral,N),每个氨基酸简化为一个点,用其C!原子来代替.采用非格点模型,以相对熵作为优化函数,进行蛋白质三维结构预测.为了与基于相对熵方... 把20种氨基酸简化为3类:疏水氨基酸(hydrophobic,H)、亲水氨基酸(hydrophilic,P)及中性氨基酸(neutral,N),每个氨基酸简化为一个点,用其C!原子来代替.采用非格点模型,以相对熵作为优化函数,进行蛋白质三维结构预测.为了与基于相对熵方法的蛋白质设计工作进行统一,采用了新的接触强度函数.选用蛋白质数据库中的天然蛋白质作为测试靶蛋白,结果表明,采用该模型和方法取得了较好的结果,预测结构相对于天然结构的均方根偏差在0.30～0.70nm之间.该工作为基于相对熵及HNP模型的蛋白质设计研究打下了基础. 展开更多
关键词 氨基酸简化模型 相对熵 蛋白质折叠
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求解HP模型蛋白质折叠问题的改进PERM算法 被引量：7
9
作者 陈矛 黄文奇 吕志鹏 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2007年第9期1456-1461,共6页
pERM是一种用来求解基于HP模型的蛋白质折叠问题的高效算法.在介绍PERM算法核心思想的基础上,对影响算法效率的因素做了改进:重新定义了权重和权重预测公式,并对选择动作时不同情况下的权重计算公式进行了统一,得到了改进的PERM算法.对... pERM是一种用来求解基于HP模型的蛋白质折叠问题的高效算法.在介绍PERM算法核心思想的基础上,对影响算法效率的因素做了改进:重新定义了权重和权重预测公式,并对选择动作时不同情况下的权重计算公式进行了统一,得到了改进的PERM算法.对当前文献中的多个典型算例进行了测试,并与Monte Carlo算法和PERM进行了比较.结果表明,改进后的PERM算法在计算速度上比PERM有明显提高,在速度和优度上远高于Monte Carlo算法.特别是对链长为46的算例,找到了比文献中报道的结果能量更低的构形. 展开更多
关键词 NP难 蛋白质折叠 HP模型 增长型算法 PERM算法
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蛋白质折叠速率预测研究进展 被引量：12
10
作者 郭建秀 马彬广 张红雨 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期89-95,共7页
蛋白质折叠速率预测是当今生物物理学最具挑战性的课题之一。近年来,该领域的研究取得了很大的进展,提出了许多经验参数,例如:接触序、长程序、总接触距离、链拓扑参数、二级结构含量、有效长度、螺旋参数、n-阶接触距离等。这些参数都... 蛋白质折叠速率预测是当今生物物理学最具挑战性的课题之一。近年来,该领域的研究取得了很大的进展,提出了许多经验参数,例如:接触序、长程序、总接触距离、链拓扑参数、二级结构含量、有效长度、螺旋参数、n-阶接触距离等。这些参数都和蛋白质的折叠速率有很好的相关性,基于这些参数的各种预测方法所得到的预测结果也与实验数据较好地吻合。 展开更多
关键词 蛋白质折叠 蛋白质结构 折叠速率 预测方法
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改进的蚁群算法求解蛋白质折叠问题 被引量：4
11
作者 陆恒云 杨根科 +1 位作者 潘常春 孙凯 《计算机工程与设计》 CSCD 北大核心 2010年第8期1786-1788,1816,共4页
针对蛋白质折叠问题的二维格点模型(2DHP)提出了一种改进的蚁群算法(ACO)。受链生长型算法Pruned-Enriched Rosenbluth Method(PERM)的启发,在计算迹的时候增加了一个新的信息量,使得改进后的蚁群算法具有较快的收敛速度,同时采用基于... 针对蛋白质折叠问题的二维格点模型(2DHP)提出了一种改进的蚁群算法(ACO)。受链生长型算法Pruned-Enriched Rosenbluth Method(PERM)的启发,在计算迹的时候增加了一个新的信息量,使得改进后的蚁群算法具有较快的收敛速度,同时采用基于极值动力学的优化方法(EO)进行局部搜索。求解基准实例的结果表明,该算法能够在保证解质量的前提下能大大缩短计算时间。 展开更多
关键词 蛋白质折叠 格点模型 蚁群算法 极值优化 增长型算法
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从氨基酸序列预测蛋白质折叠速率 被引量：3
12
作者 郭建秀 饶妮妮 +2 位作者 刘广雄 李杰 王云鹤 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第12期1331-1338,共8页
蛋白质折叠速率预测是当今生物物理学最具挑战性的课题之一.近年来,许多科研工作者开展了大量的研究工作来探索折叠速率的决定因素,许多参数和方法被相继提出.但氨基酸残基间的相互作用、氨基酸的序列顺序等信息对折叠速率的影响从未被... 蛋白质折叠速率预测是当今生物物理学最具挑战性的课题之一.近年来,许多科研工作者开展了大量的研究工作来探索折叠速率的决定因素,许多参数和方法被相继提出.但氨基酸残基间的相互作用、氨基酸的序列顺序等信息对折叠速率的影响从未被提及.采用伪氨基酸组成的方法提取氨基酸的序列顺序信息,利用蒙特卡洛方法选择最佳特征因子,建立线性回归模型进行折叠速率预测.该方法能在不需要任何(显示)结构信息的情况下,直接从蛋白质的氨基酸序列出发对折叠速率进行预测.在Jackknife交互检验方法的验证下,对含有99个蛋白质的数据集,发现折叠速率的预测值与实验值有很好的相关性,相关系数能达到0.81,预测误差仅为2.54.这一精度明显优于其他基于序列的方法,充分说明蛋白质的序列顺序信息是影响蛋白质折叠速率的重要因素. 展开更多
关键词 蛋白质折叠 折叠速率预测 伪氨基酸组成 蒙特卡罗方法
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mRNA环结构对蛋白质折叠速率的影响 被引量：9
13
作者 李瑞芳 李宏 +1 位作者 郭春阳 杨萨如拉 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2018年第6期672-678,共7页
前期的相关研究发现mRNA二级结构中存在对蛋白质折叠速率的重要影响因素.而mRNA二级结构中普遍存在着各种复杂的环结构,这些环结构是否对蛋白质折叠速率也有重要的影响呢?不同的环结构对蛋白质折叠速率的影响是否相同呢?基于此想法,建... 前期的相关研究发现mRNA二级结构中存在对蛋白质折叠速率的重要影响因素.而mRNA二级结构中普遍存在着各种复杂的环结构,这些环结构是否对蛋白质折叠速率也有重要的影响呢?不同的环结构对蛋白质折叠速率的影响是否相同呢?基于此想法,建立了一个包含mRNA内部环、发夹环、膨胀环和多分支环等环结构信息和相应蛋白质折叠速率的数据库.对于数据库中的每一个蛋白质,计算了mRNA二级结构中各种环结构碱基含量、配对碱基含量及单链碱基含量等参量,分析了各参量与相应蛋白质折叠速率的相关性.结果显示,各种环结构碱基含量与蛋白质折叠速率均呈极显著或显著正相关.说明mRNA环结构对蛋白质折叠速率有重要的影响.进一步,把蛋白质按照不同折叠类型或不同二级结构类型分组后,对每一组蛋白质重复上述的分析工作.结果表明,对不同类蛋白质,mRNA的各种环结构对其相应蛋白质折叠速率的影响存在着显著差异.上述研究将为进一步开展有关mRNA和蛋白质折叠速率的研究奠定理论基础. 展开更多
关键词 MRNA二级结构 内部环 发夹环 膨胀环 多分支环 蛋白质折叠速率
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基于遗传算法的蛋白质折叠模拟系统 被引量：10
14
作者 倪红春 王翼飞 《上海大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 2001年第4期359-364,共6页
在模拟蛋白质折叠的遗传算法基础上 ,采用晶格模型 ,设计了一个用于蛋白质折叠模拟的软件系统 ,并举例说明该系统的用法 .该蛋白质折叠模拟系统可用于蛋白质折叠预测和蛋白质进化研究 。
关键词 蛋白质折叠模拟 遗传算法 晶格模型 折叠预测 分子设计 进化
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基于Toy模型蛋白质折叠预测的多种群微粒群优化算法研究 被引量：5
15
作者 张晓龙 李婷婷 芦进 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2008年第10期230-235,共6页
基于Toy模型的蛋白质折叠结构预测问题是一个典型的NP问题。提出了多种群微粒群优化算法用于计算蛋白质能量最小值。该算法采用了一种新的算法结构,在该结构中,每一代的种群被分为精英子种群、开采子种群和勘探子种群三部分,通过改善种... 基于Toy模型的蛋白质折叠结构预测问题是一个典型的NP问题。提出了多种群微粒群优化算法用于计算蛋白质能量最小值。该算法采用了一种新的算法结构,在该结构中,每一代的种群被分为精英子种群、开采子种群和勘探子种群三部分,通过改善种群的局部开采能力和全局勘探能力来提高算法的性能。分别采用Fibonacci蛋白质测试序列和真实蛋白质序列进行了折叠结构预测的仿真实验。实验结果表明该算法能够更精确地进行蛋白质折叠结构预测,为生物科学研究提供了一条有效途径。 展开更多
关键词 蛋白质折叠 Toy模型 多种群微粒群优化算法(MPSO)
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蚂蚁群落优化算法在蛋白质折叠二维亲-疏水格点模型中的应用 被引量：3
16
作者 李冬冬 王正志 +1 位作者 杜耀华 晏春 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期371-374,共4页
氨基酸的亲疏水格点模型是研究蛋白质折叠的一种重要的简化模型,其优化问题是一个非确定型的多项式问题。采用蚂蚁群落优化算法对这一问题进行了研究,对测试数据的计算结果表明,在一定规模下,此算法能够有效地获得亲-疏水格点模型的最优... 氨基酸的亲疏水格点模型是研究蛋白质折叠的一种重要的简化模型,其优化问题是一个非确定型的多项式问题。采用蚂蚁群落优化算法对这一问题进行了研究,对测试数据的计算结果表明,在一定规模下,此算法能够有效地获得亲-疏水格点模型的最优解,其效率优于传统的MonteCarlo仿真等方法。 展开更多
关键词 蛋白质折叠 HP模型 蚂蚁群落优化算法 MONTE Carlo仿真
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一种改进人口迁移算法在蛋白质折叠模拟中的应用 被引量：2
17
作者 王建勇 陈华锋 +2 位作者 莫忠息 牛晓辉 李治 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2008年第2期83-85,共3页
PMA(Population Migration Algorithm)算法已在蛋白质非晶格模型中做了模拟测试,结果表明具有较强的全局搜索能力和稳定性。针对PMA算法的思想,提出了对算法的一种改进。使用该改进算法求解蛋白质折叠构形预测的二维非晶格模型取得了较... PMA(Population Migration Algorithm)算法已在蛋白质非晶格模型中做了模拟测试,结果表明具有较强的全局搜索能力和稳定性。针对PMA算法的思想,提出了对算法的一种改进。使用该改进算法求解蛋白质折叠构形预测的二维非晶格模型取得了较好的计算结果。 展开更多
关键词 蛋白质折叠 非晶格模型 人口迁移算法 改进人口迁移算法
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蛋白质折叠的计算机模拟 被引量：8
18
作者 解伟 王翼飞 《上海大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 2000年第2期145-149,共5页
介绍了计算机模拟蛋白质折叠问题的背景、模型和意义 .在对模型问题采用 Monte- Carlo方法和单纯遗传算法得到能量最小构象的基础上 ,提出了适用的混合遗传算法 ,并通过计算机模拟试验对三种方法作了比较 .计算结果表明 ,对于蛋白质折... 介绍了计算机模拟蛋白质折叠问题的背景、模型和意义 .在对模型问题采用 Monte- Carlo方法和单纯遗传算法得到能量最小构象的基础上 ,提出了适用的混合遗传算法 ,并通过计算机模拟试验对三种方法作了比较 .计算结果表明 ,对于蛋白质折叠的二维晶格模型而言 ,混合遗传算法优于通常的 Monte- 展开更多
关键词 蛋白质折叠 遗传算法 二维晶格模型 计算机模拟
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基于P2HP平台的蛋白质折叠分布式计算 被引量：3
19
作者 刘宇 吕志鹏 罗飞 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期109-111,共3页
通过对基于格点模型的PERM算法进行定性分析,提出并行化计算PERM算法的策略。该策略保存了PERM算法中最关键的平均权重向量,并分发至多个计算单元进行模拟运算,从而达到减少计算时间、提高运算结果精确度的目的。以P2HP为计算平台,对多... 通过对基于格点模型的PERM算法进行定性分析,提出并行化计算PERM算法的策略。该策略保存了PERM算法中最关键的平均权重向量,并分发至多个计算单元进行模拟运算,从而达到减少计算时间、提高运算结果精确度的目的。以P2HP为计算平台,对多条蛋白质序列进行模拟运算。实验结果表明,基于PERM的蛋白质折叠并行计算方法能够在P2HP平台上获得较优的性能。 展开更多
关键词 蛋白质折叠 分布式计算 对等网络
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基于支持向量机的多类蛋白质折叠子预测 被引量：9
20
作者 张绍武 潘泉 +2 位作者 张洪才 王海瑜 张敏贵 《西北工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第2期200-204,共5页
基于支持向量机 ,以氨基酸组成成分、氨基酸组成成分与氨基酸残基指数自相关函数组合两种特征提取方法构成的特征向量表示蛋白质序列 ,对多类蛋白质折叠子问题进行了相关研究。结果表明 ,由氨基酸组成成分与氨基酸残基指数自相关函数组... 基于支持向量机 ,以氨基酸组成成分、氨基酸组成成分与氨基酸残基指数自相关函数组合两种特征提取方法构成的特征向量表示蛋白质序列 ,对多类蛋白质折叠子问题进行了相关研究。结果表明 ,由氨基酸组成成分与氨基酸残基指数自相关函数组合构成的特征参数集 (其参数集以符号HOPT、PARJ、PONP、WOLS表示 ) ,其预测精度比氨基酸组成成分特征参数集有不同程度的提高。对于独立测试样本集 ,HOPT结果较好 ,采用“唯一的一对多”策略 ,其总预测精度为 41 .91 % ,比氨基酸组成成分提高 6.94个百分点 ,这些结果说明自相关函数含有一定的蛋白质空间折叠信息 ,支持向量机对于小样本分类预测是一种非常有效的方法。 展开更多
关键词 自相关函数 氨基酸组成成分 支持向量机 唯一的一对多 蛋白质折叠子
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