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比较蛋白质组学揭示茉莉酸甲酯诱导的雷公藤甲素生物合成
1
作者 张逸风 赵瑜君 +4 位作者 苏平 吴晓毅 夏梦 高伟 黄璐琦 《中国现代中药》 CAS 2024年第2期316-327,共12页
目的:探索雷公藤甲素生物合成途径,以提高其产量或用于合成生物学异源生产。方法:使用无标记(lable-free)比较蛋白质组学对茉莉酸甲酯(MeJA)诱导的雷公藤悬浮细胞进行测序,通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)、基因本体(GO)分析等方法... 目的:探索雷公藤甲素生物合成途径,以提高其产量或用于合成生物学异源生产。方法:使用无标记(lable-free)比较蛋白质组学对茉莉酸甲酯(MeJA)诱导的雷公藤悬浮细胞进行测序,通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)、基因本体(GO)分析等方法,结合基因转录表达分析和基因体内功能研究,逐步筛选参与雷公藤甲素生物合成的功能基因。结果:MeJA诱导不同时间的样品组鉴定得到376个差异蛋白质,包括8个细胞色素P450酶(CYP450)、3个转录因子(TF)和2-氧戊二酸依赖的双加氧酶(2ODD)。其中CYP71BE89、CYP82AQ2和Tw2ODD基因在MeJA诱导及植物不同组织部位中,均与已知参与雷公藤甲素母核环化的二萜合酶TwTPS7(v2)和TwTPS27(v2)基因具有相似的表达模式,表明其可能与雷公藤甲素生物合成相关。进一步利用植物细胞体内功能研究,验证了CYP71BE89、CYP82AQ2和Tw2ODD基因干扰使雷公藤甲素积累分别降低了24.1%、41.4%和71.4%,表明了3个基因与雷公藤甲素生物合成直接相关。结论:利用比较蛋白质组学技术揭示了几种与雷公藤甲素生物合成相关的蛋白,进一步表征了雷公藤甲素生物合成与外源激素刺激之间的关系,并为发掘中药活性成分生物合成途径提供了一种有效方法。 展开更多
关键词 雷公藤 比较蛋白质组学 雷公藤甲素 细胞色素P450酶 2-氧戊二酸依赖的双加氧酶
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肾透明细胞癌非标记定量蛋白质组学及磷酸化修饰组学分析
2
作者 古丽乃再尔·阿卜杜赛麦提 段霜霜 柳惠斌 《现代肿瘤医学》 CAS 2024年第4期617-622,共6页
目的:应用非标记定量蛋白质组学分析技术,筛选与肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)发病机制相关的蛋白质,发现ccRCC新的诊疗靶点。方法:选取2017年01月至2020年12月在新疆医科大学附属肿瘤医院泌尿外科手术治疗并经... 目的:应用非标记定量蛋白质组学分析技术,筛选与肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)发病机制相关的蛋白质,发现ccRCC新的诊疗靶点。方法:选取2017年01月至2020年12月在新疆医科大学附属肿瘤医院泌尿外科手术治疗并经术后病理证实的ccRCC及癌旁组织样本30例,利用非标记定量蛋白质组学及磷酸化修饰组学技术,分析差异表达的蛋白质及磷酸化修饰位点。生物信息学分析关键蛋白激酶、磷酸化位点以及信号通路。结果:组学联合分析策略共鉴定到2552个差异总蛋白、3024个差异表达的磷酸化位点及与之对应的1572个磷酸化蛋白。功能富集和聚类分析表明差异磷酸化蛋白主要涉及ErbB信号传导途径、VEGF信号传导通路和细胞黏附通路等重要信号通路,其中PDHK1、NDR1、NDR2及MST1可能成为新型候选标志物和药物作用靶点。结论:ccRCC与癌旁正常组织的总蛋白及磷酸化蛋白表达水平存在显著差异,有望成为肾透明细胞癌精准诊疗潜在的研究应用方向。 展开更多
关键词 蛋白质组学 磷酸化蛋白质组学 肾透明细胞癌 生物信息学分析
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基于蛋白质组学探析针灸治疗哮喘的作用机制
3
作者 方芳 刘新颖 +5 位作者 顾媛媛 蒙艳丽 郭玉岩 左军 龙宇 郭媛琦 《针灸临床杂志》 2024年第2期81-84,共4页
哮喘为一种慢性气道炎症性疾病,临床上常用针灸治疗哮喘患者,针灸疗法可以控制哮喘发生、发作,减轻发作程度,减少激素用量,降低激素不良反应,提高患者的生活质量。然而,针灸治疗哮喘的发病机制尚不明确。本研究基于蛋白质组学探讨针灸... 哮喘为一种慢性气道炎症性疾病,临床上常用针灸治疗哮喘患者,针灸疗法可以控制哮喘发生、发作,减轻发作程度,减少激素用量,降低激素不良反应,提高患者的生活质量。然而,针灸治疗哮喘的发病机制尚不明确。本研究基于蛋白质组学探讨针灸治疗在哮喘发病机制气道炎症,气道高反应性以及气道重塑中的作用,从而为哮喘的诊疗以及针灸的作用机制提供科学有效的研究思路。 展开更多
关键词 哮喘 针灸 蛋白质组学
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补肾和脉方对老年自发性高血压大鼠下丘脑蛋白质组学的影响
4
作者 史琳 杨传华 《中国中医急症》 2024年第2期209-214,239,共7页
目的探寻补肾和脉方治疗老年自发性高血压病的可能分子机制。方法选取16月龄雄性自发性高血压大鼠(SHR),采用随机数字表法随机分为2组:补肾和脉方组[10只,补肾和脉方生药浓度14.22 g/(kg·d)]和模型组(10只,生理盐水2 mL/d),以10只... 目的探寻补肾和脉方治疗老年自发性高血压病的可能分子机制。方法选取16月龄雄性自发性高血压大鼠(SHR),采用随机数字表法随机分为2组:补肾和脉方组[10只,补肾和脉方生药浓度14.22 g/(kg·d)]和模型组(10只,生理盐水2 mL/d),以10只同龄雄性WKY大鼠作为正常对照组(生理盐水2 mL/d),共灌胃干预8周。定期观察并监测记录大鼠的收缩压和舒张压。干预结束后,取各组大鼠血清、下丘脑。ELISA法检测血清中神经肽(NPY)、去甲肾上腺素(NE)、C反应蛋白(CRP)和血管紧张素Ⅱ(AngⅡ)的含量。Label-free定量蛋白组学测序分析方法筛选下丘脑蛋白质表达谱的变化,通过生物信息学对差异蛋白进行GO富集分析,并对差异蛋白的分子功能、细胞成分和生物学途径3个方面进行功能方面的注释;对差异蛋白进行KEGG通路分析得到补肾和脉方靶蛋白及其涉及的信号通路;同时建立差异蛋白的互作网络综合分析补肾和脉方的药理机制,进而为研究老年自发性高血压寻找新的药物标志蛋白提供理论和思路。结果1)补肾和脉方能够稳步降低老年自发性高血压大鼠的收缩压、舒张压、脉压差和平均动脉压;降低大鼠血清NPY、NE、CRP、AngⅡ的水平,在一定程度上改善高血压的血管重塑。2)与模型组相比,应用补肾和脉方干预后的大鼠下丘脑中共检出2753个差异蛋白点,其中316个蛋白有统计学差异(P<0.05),201个蛋白表达升高,115个蛋白表达降低;差异蛋白主要富集于转运酶活性和离子通道活性方面。3)补肾和脉方干预老年SHR下丘脑的节点蛋白Cdc42、SIRT2、Ptk2b的表达与蛋白组学一致。结论补肾和脉方治疗老年自发性高血压的分子机制可能与其促进神经元细胞活力,维持动脉血管的稳定性等有关。 展开更多
关键词 老年自发性高血压病 补肾和脉方 下丘脑 蛋白质组学 大鼠
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基于免疫蛋白质组学的单增李斯特菌强免疫原性蛋白挖掘
5
作者 张颖 吴诗 +4 位作者 古其会 叶青华 张菊梅 陈谋通 吴清平 《现代食品科技》 CAS 北大核心 2024年第3期301-308,共8页
该研究采用高毒力持留基因型单增李斯特菌819-2菌株全菌蛋白免疫SPF级Balb/C小鼠制备抗血清,利用免疫蛋白质组学对菌株胞外蛋白质组进行分析,旨在挖掘筛选单增李斯特菌强免疫原性蛋白作为特异性抗体制备的候选抗原。超声法提取819-2菌... 该研究采用高毒力持留基因型单增李斯特菌819-2菌株全菌蛋白免疫SPF级Balb/C小鼠制备抗血清,利用免疫蛋白质组学对菌株胞外蛋白质组进行分析,旨在挖掘筛选单增李斯特菌强免疫原性蛋白作为特异性抗体制备的候选抗原。超声法提取819-2菌株全菌蛋白免疫SPF级Balb/C小鼠制备抗血清,四次免疫后经间接ELISA测定效价达1:512000。脱氧胆酸钠(DOC)-10%(m/V)TCA沉淀法提取单增李斯特菌819-2菌株胞外蛋白,利用免疫蛋白质组学和LC-MS/MS技术挖掘并鉴定具有强免疫反应的蛋白点,结果表明双向电泳图谱成功获得85个蛋白点,并成功鉴定了P60、InlC、MltG、Enolase和假定蛋白YxeA family protein等5个强免疫原性蛋白,研究结果为基于强免疫原性蛋白制备特异性抗体用于食品及其加工环境中单增李斯特菌富集及快速检测技术研制提供了数据基础。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 免疫蛋白质组学 抗血清 免疫印迹
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基于数据非依赖性采集定量蛋白质组学分析的原发性干燥综合征潜在唾液生物标志物研究
6
作者 田艺超 郭春岚 +7 位作者 李珍 尤欣 刘晓燕 苏金梅 赵斯佳 穆月 孙伟 李倩 《Chinese Medical Sciences Journal》 CAS CSCD 2024年第1期19-28,I0003,共11页
目的唾液腺是原发性干燥综合征(pSS)的主要靶器官,因此唾液被认为是腺体病理生理学和疾病状态的镜子。本研究旨在说明pSS患者的唾液蛋白质组学特征,并鉴定可能辅助诊断的潜在生物标志物。方法发现集包含49个样本[24个来自pSS,25个来自... 目的唾液腺是原发性干燥综合征(pSS)的主要靶器官,因此唾液被认为是腺体病理生理学和疾病状态的镜子。本研究旨在说明pSS患者的唾液蛋白质组学特征,并鉴定可能辅助诊断的潜在生物标志物。方法发现集包含49个样本[24个来自pSS,25个来自年龄和性别匹配的健康对照(HCs)],验证集包括25个样本(12个来自pSS,13个来自HCs)。36例pSS患者和38例健康对照者以2:1的比例集中随机分配至Discovery组或验证组。在2D LC-HRMS/MS平台上使用数据非依赖性采集(DIA)策略分析来自pSS患者和健康对照组的未刺激性全唾液样本,以揭示差异蛋白。根据基因本体(GO)分析和国际药学文摘(IPA)分析的蛋白质注释,使用DIA分析验证了关键蛋白质。随机森林用于建立SS的预测模型。结果共发现1,963个蛋白,其中136个蛋白在pSS患者中表现出差异性。生物信息学研究表明这些蛋白质主要与免疫功能、新陈代谢和炎症有关。一组19个蛋白质生物标志物通过基于P值和随机森林的排序顺序进行鉴定,并验证为具有特殊曲线下面积(AUC)值(发现集:0.817;验证集:0.882)的潜在生物标志物,可用于鉴别pSS患者和健康对照人群。结论新发现的候选蛋白组合可能有助于pSS的诊断。唾液蛋白质组学分析是一种很有前途的无创方法,可用于对pSS患者进行预后评估以及早期和精确治疗。DIA具备最佳的时间效率和数据可靠性,可望成为未来唾液蛋白质组研究的合适选择。 展开更多
关键词 原发性干燥综合征 唾液 蛋白质组学分析 质谱 诊断
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基于蛋白质组学分析蛋白酶体对宰后秦川牛肉贮藏期间品质变化的影响
7
作者 胡丽筠 王金霞 +4 位作者 李荣 张倩 陈雪妍 李亚蕾 罗瑞明 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第5期86-93,共8页
本研究以宰后4℃条件下不同贮藏期的秦川牛背最长肌为研究对象,测定品质指标、能量水平、蛋白酶体活性变化,鉴定与蛋白酶体相关的差异蛋白质(differentially expressed proteins,DEPs),利用生物信息学方法分析蛋白酶体对宰后牛肉品质及... 本研究以宰后4℃条件下不同贮藏期的秦川牛背最长肌为研究对象,测定品质指标、能量水平、蛋白酶体活性变化,鉴定与蛋白酶体相关的差异蛋白质(differentially expressed proteins,DEPs),利用生物信息学方法分析蛋白酶体对宰后牛肉品质及能量代谢的响应机制,结果如下:随贮藏时间的延长,pH值呈先降低后升高趋势;b^(*)值和肌原纤维小片化指数(myofibrillar fragmentation index,MFI)呈上升趋势;L^(*)值、a^(*)值、离心损失、蒸煮损失、剪切力呈先上升后下降趋势;能量基本物质ATP、ADP、AMP含量呈下降趋势;20S蛋白酶体相对活性显著降低(P<0.05);相关性分析结果显示:20S蛋白酶体活性与b^(*)值呈显著负相关(P<0.05),与ADP含量呈显著正相关(P<0.05),与AMP含量呈极显著正相关(P<0.01),与MFI呈极显著负相关(P<0.01),表明蛋白酶体活性与能量代谢及品质间存在密切联系。结合4D-非标定量蛋白质组学技术,鉴定出8种差异表达的蛋白酶体亚基,及27种相关DEPs;基因本体注释分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析发现,这些蛋白酶体亚基及其相关的DEPs具有内肽酶活性、肌动蛋白结合、微丝运动活性等分子功能,参与泛素依赖性蛋白质分解代谢、骨骼肌收缩、肌肉收缩、糖酵解等生物过程,引起秦川牛肉品质变化;宰后初期蛋白酶体通过消耗能量物质分解代谢蛋白调控生物途径,后期能量物质耗尽,蛋白酶体可能通过糖酵解提供的能量以及非ATP依赖型蛋白酶体亚基,实现对宰后蛋白质的分解代谢,最终影响秦川牛肉的品质。 展开更多
关键词 秦川牛 蛋白酶体 4D-非标蛋白质组学 肉品质
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运动改善ASMT基因敲除小鼠抑郁行为的海马蛋白质组学机制
8
作者 章森 刘文彬 +5 位作者 夏杰 李玲侠 黄卓淳 邹勇 漆正堂 刘微娜 《上海体育大学学报》 北大核心 2024年第3期36-48,共13页
目的利用定量蛋白质组学技术探究N-乙酰基-5-羟色胺-甲基转移酶(N-acetyl-5-hydroxytryptamine-methyltransferase,ASMT)基因敲除及运动干预对小鼠抑郁行为及海马蛋白质组的影响。方法将雄性ASMT基因敲除小鼠及野生型小鼠随机分为安静... 目的利用定量蛋白质组学技术探究N-乙酰基-5-羟色胺-甲基转移酶(N-acetyl-5-hydroxytryptamine-methyltransferase,ASMT)基因敲除及运动干预对小鼠抑郁行为及海马蛋白质组的影响。方法将雄性ASMT基因敲除小鼠及野生型小鼠随机分为安静组和运动组。5周的游泳运动干预结束后全部进行抑郁行为学检测。行为学结束后进行麻醉处死取海马组织。采用TMT标记定量蛋白质组学技术检测海马组织中的蛋白表达情况,并运用生物信息学方法分析。结果ASMT基因敲除后小鼠具有显著的抑郁行为表型,游泳运动干预后可以显著改善。筛选出的差异蛋白功能集中在突触信号通路、突触化学传递的调控、突触囊泡循环、神经发生、神经系统发育的调控、长时程突触增强、SNARE复合体聚集等。结论ASMT基因敲除可能会通过海马突触前膜的SNARE家族蛋白过度表达诱导谷氨酸的过度释放并产生神经毒性,进而产生抑郁行为;游泳运动可能通过调节突触转运相关蛋白SNAP25维持神经递质稳态,促进神经发生水平和突触可塑性,进而使ASMT基因敲除小鼠抑郁行为得到改善。 展开更多
关键词 N-乙酰基-5-羟色胺-甲基转移酶 游泳运动 抑郁行为 海马 蛋白质组学
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定量磷酸化蛋白质组解析17β-雌二醇致死效应的细胞调控过程
9
作者 李亚楠 刘晓艳 +3 位作者 王䶮 刘震 叶明亮 汪海林 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期333-344,共12页
17β-雌二醇(E2)是人体内一种重要的内分泌激素,在生理浓度下(0.2~1.0 nmol/L)对生殖系统、乳腺等靶器官的生长发育起着重要的调节作用。但很多研究表明,高剂量(μmol/L~mmol/L)的E2能够诱导肿瘤组织消退和细胞凋亡,其具体调控机制尚不... 17β-雌二醇(E2)是人体内一种重要的内分泌激素,在生理浓度下(0.2~1.0 nmol/L)对生殖系统、乳腺等靶器官的生长发育起着重要的调节作用。但很多研究表明,高剂量(μmol/L~mmol/L)的E2能够诱导肿瘤组织消退和细胞凋亡,其具体调控机制尚不明确。本工作聚焦于高剂量(μmol/L)的E2致死效应,首先分析了μmol/L水平的E2对HeLa细胞表型的影响,发现在1~10μmol/L下E2以浓度依赖的形式抑制HeLa细胞增殖,并诱导HeLa细胞发生死亡,其中,用5μmol/L E2处理2天后可使约74%的HeLa细胞增殖受到抑制,并引起约50%的HeLa细胞死亡。在此基础上,为了探究高剂量E2诱导细胞死亡的内在调控过程,将基于固相萃取(SPE)的固定化钛离子亲和色谱技术(Ti 4+-IMAC)与基于数据非依赖采集模式(DIA)的蛋白质组定量技术结合,用于筛选HeLa细胞内参与高剂量(μmol/L)E2致死效应调控过程的磷酸化位点。最终,在5μmol/L E2和二甲基亚砜(DMSO)处理的HeLa细胞中共鉴定到超过10000个磷酸化位点;t检验分析发现,在E2处理后,有924个磷酸化位点(对应599个蛋白质)的丰度发生了显著变化(显著性水平(p)<0.01,|log 2(倍数变化)|≥1),推测其可能参与调控E2致死效应过程。此外,有453个磷酸化位点(对应325个蛋白质)仅单独发生在E2或DMSO处理后的HeLa细胞样品中,表明这些磷酸化位点在E2处理后发生了磷酸化或去磷酸化,也可能参与E2致死效应的调控过程。分别对以上两种方式筛选的E2调控的磷酸化蛋白质进行富集分析,发现这些磷酸化蛋白质主要参与细胞分裂、核糖体/核质转运、信使核糖核酸(mRNA)加工/剪接及转录等过程,表明高剂量的E2可能通过调控核糖体及mRNA加工等过程影响蛋白质转录,进而诱导细胞发生死亡。此外,我们发现表皮生长因子受体(EGFR)和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)家族蛋白(包括MAPK1、MAPK4和MAPK14)上多个磷酸化位点的修饰水平在高剂量E2处理后发生了明显变化,表明EGFR和MAPK信号通路可能在雌激素诱导的细胞死亡中起着重要调控作用。本实验得到的磷酸化蛋白质组定量结果有助于进一步了解高剂量E2的内在调控过程,为后续解析高剂量E2的作用机制及疾病的治疗提供了参考。 展开更多
关键词 液相色谱-串联质谱 固定化钛离子亲和色谱 数据非依赖采集 磷酸化蛋白质组 17Β-雌二醇 雌激素 致死效应
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基于TMT技术的牦牛妊娠期血清蛋白质组学分析
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作者 姚颖 周应聪 +7 位作者 杜培岩 李一娟 钱文洁 李柳杨 余志鹏 崔燕 余四九 樊江峰 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期192-206,共15页
为了探究妊娠期内牦牛血清的蛋白质组特征,筛选并分析差异表达蛋白质(DEPs)在牦牛妊娠维持中的作用。本研究选择9头4岁半至6岁龄健康状况良好且当年未产犊的自然发情母牦牛进行人工授精(AI)。在AI后第30、60及90天采集其血清样品,并对... 为了探究妊娠期内牦牛血清的蛋白质组特征,筛选并分析差异表达蛋白质(DEPs)在牦牛妊娠维持中的作用。本研究选择9头4岁半至6岁龄健康状况良好且当年未产犊的自然发情母牦牛进行人工授精(AI)。在AI后第30、60及90天采集其血清样品,并对授配母牦牛进行妊娠诊断。依据诊断结果将采集的样品进行回顾性分组,即妊娠第1、2、3月组及未妊娠组(未妊娠组样品来自AI后90天经妊娠诊断确诊为未孕的牦牛个体),每组样品3个生物学重复。利用串联质谱标签(TMT)技术对牦牛血清样品的蛋白表达情况进行定量分析,筛选差异表达蛋白,并对其进行GO功能富集和KEGG通路等生物信息学分析,进一步筛选与牦牛妊娠维持相关的潜在蛋白。结果显示,在4组牦牛血清蛋白样品中共获得497个蛋白,以差异倍数≥1.2或≤0.83,且P<0.05为条件筛选,共筛选到68个差异蛋白。GO功能富集和KEGG通路分析显示,这些DEPs在代谢、免疫系统、粘附、生物调节等生物学过程以及补体与凝血级联、金黄色葡萄球菌感染等与炎症和免疫途径相关的通路有明显富集。值得注意的是,妊娠期各组间差异蛋白富集通路中均包含有PI3K-Akt、Rap1、MAPK等与生殖相关的信号通路。DEPs中IGFBP2、FGG、B2M、PDIA4、AZGP1的表达具有随妊娠时间的延长而连续上调的趋势,且这些蛋白在妊娠第3月表达量显著高于未妊娠状态。研究结果表明,牦牛妊娠早期存在明显的血清蛋白组的变化。这些DEPs分别在促进细胞粘附与增殖、母胎血管生成、维持母体代谢与免疫平衡等过程中起到重要作用。尤其是IGFBP2、FGG、B2M、PDIA4、AZGP1可能通过参与调节胎盘生长发育、免疫应答和脂质代谢等过程,在牦牛妊娠维持中发挥着重要作用。研究结果为进一步探明牦牛维持妊娠过程的调控机制提供了基础资料。 展开更多
关键词 TMT 蛋白质组学 牦牛 血清 差异表达蛋白 妊娠维持
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基于TMT标记定量蛋白质组学技术研究老龄肾阳虚证患者血浆差异蛋白的变化及意义
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作者 管亚男 丛培玮 +2 位作者 赵丹玉 任路 王旭 《中医药学报》 2024年第1期70-76,共7页
目的:基于TMT标记定量蛋白质组学技术挖掘老龄肾阳虚患者的血浆差异性表达蛋白的变化及意义。方法:收集8例符合中医辨证的老龄肾阳虚证患者及8例同年龄段健康者的血浆样品,分别在两组中随机挑选3例血浆样品,通过TMT蛋白质组学技术进行... 目的:基于TMT标记定量蛋白质组学技术挖掘老龄肾阳虚患者的血浆差异性表达蛋白的变化及意义。方法:收集8例符合中医辨证的老龄肾阳虚证患者及8例同年龄段健康者的血浆样品,分别在两组中随机挑选3例血浆样品,通过TMT蛋白质组学技术进行蛋白质定量分析并筛选出差异表达蛋白,对差异表达蛋白进行GO富集和KEGG富集分析,通过蛋白互作网络分析筛选出差异表达蛋白中的重要蛋白,然后将其中与阿尔茨海默病(AD)具有相互作用的蛋白在另外5例老龄肾阳虚患者和5例同年龄段健康人中进行ELISA验证。结果:老龄肾阳虚患者组与同年龄段健康人组对照共得到83个差异表达蛋白,其中73个上调,10个下调。差异表达蛋白涉及糖酵解、蛋白折叠等生物过程,胞浆、胞外空间等细胞成分,钙黏蛋白结合、蛋白结合等分子功能;涉及丙酮酸盐代谢、AD、雌激素信号通路、胰高血糖素信号通路等。与AD发生发展可能相关的蛋白验证表明,老年肾阳虚患者血浆中钙蛋白酶-1(Calpain1)、α-突触核蛋白(α-synuclein)表达显著高于对照组(P<0.05)。结论:老龄肾阳虚患者与同年龄段健康者血浆之间存在差异性蛋白表达,其中Calpain1和α-synuclein与AD的发生发展有关,为探索老年肾阳虚易患AD提供分子机制,在中医治未病中发挥重要作用。 展开更多
关键词 肾阳虚 蛋白质组学 衰老 阿尔茨海默病
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蛋白质组学技术在干眼研究及针刺治疗干眼中的应用
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作者 韦庆波 丁宁 +5 位作者 杨小存 吴霞 沈乎醒 高卫萍 吴云川 姜志欣 《国际眼科杂志》 2024年第1期58-61,共4页
干眼是指由泪液的质、量和动力学异常等原因导致的泪膜稳定性下降或眼表微环境失衡,造成多种眼部不适甚至视功能障碍。其发病机制复杂,目前治疗尚局限于缓解症状,保护视功能。针刺治疗干眼有效,但作用机制尚未完全明确。蛋白质组学技术... 干眼是指由泪液的质、量和动力学异常等原因导致的泪膜稳定性下降或眼表微环境失衡,造成多种眼部不适甚至视功能障碍。其发病机制复杂,目前治疗尚局限于缓解症状,保护视功能。针刺治疗干眼有效,但作用机制尚未完全明确。蛋白质组学技术能系统全面反映蛋白质的功能、结构以及相互作用关系,将蛋白质组学技术应用于针刺治疗干眼的研究,不仅可从不同病因病程揭示干眼蛋白质水平的动态变化,寻找潜在生物标志物,还能系统挖掘针刺治疗干眼的调控机制,为针刺治疗的理论研究和针刺作用的基础研究提供依据。本文旨在探讨蛋白质组学在干眼临床和基础研究中的潜在应用价值,为干眼的诊疗及针刺机制研究提供科学有效的思路。 展开更多
关键词 干眼 针刺 蛋白质组学
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基于4D-DIA蛋白质组学分析肺腺癌骨转移与非骨转移患者的血清差异蛋白
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作者 李茂琛 来学婷 +3 位作者 张红霞 王布 张志华 张秀珑 《现代肿瘤医学》 CAS 2024年第10期1824-1831,共8页
目的:基于深度血液4D-DIA蛋白质组学分析,寻找肺腺癌骨转移组与非骨转移组的差异蛋白,为肺腺癌骨转移诊断治疗提供新线索。方法:采用4D-DIA蛋白质组学技术,纳入6例肺腺癌非骨转移(lung adenocarcinoma non-bone metastases, LUADNBM)及... 目的:基于深度血液4D-DIA蛋白质组学分析,寻找肺腺癌骨转移组与非骨转移组的差异蛋白,为肺腺癌骨转移诊断治疗提供新线索。方法:采用4D-DIA蛋白质组学技术,纳入6例肺腺癌非骨转移(lung adenocarcinoma non-bone metastases, LUADNBM)及6例肺腺癌骨转移(lung adenocarcinoma bone metastasis, LUADBM)患者进行血清蛋白质组学分析。以表达倍数(fold change, FC)>1.5倍(上调大于1.5倍或下调小于0.67倍)且P值<0.05(T-test或其他)为标准,得到比较组间的上调、下调蛋白质数目。对两组间的可定量蛋白进行基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)。应用String网站和R语言对差异蛋白进行主成分分析(principal component analysis,PCA)、基因本体论(gene ontology,GO)分析和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路数据库分析。结果:LUADNBM组与LUADBM组间比较发现2 585个可定量蛋白,其中18个差异蛋白。GSEA结果显示,可定量蛋白主要富集在真核翻译延伸阶段、SARS-CoV-2主要翻译机制通路(P<0.05)。PCA结果显示,差异蛋白可明显区分LUADNBM与LUADBM患者。GO分析结果表明,差异蛋白主要富集在高尔基管腔和细胞外基质,在皮肤硫酸盐蛋白聚糖的生物合成和代谢过程以及硫酸软骨素的分解代谢和生物合成中发挥重要作用;KEGG结果表明:上调蛋白主要富集在近端小管碳酸氢盐回收、胆汁分泌、N-聚糖生物合成、胰岛素分泌、醛固酮的合成和分泌等通路;下调蛋白主要富集在神经退行性疾病的途径,如阿尔茨海默病、亨廷顿病、帕金森病、脊髓小脑性共济失调等。结论:肺腺癌骨转移组与非骨转移组蛋白存在明显差异,通过发现新型蛋白标志物为早期筛查诊断骨转移提供新线索。 展开更多
关键词 肺腺癌 骨转移 蛋白质组学 新型蛋白标志物
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蛋白质组学分析揭示水稻地上部对缺铁和高铁胁迫的响应
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作者 张欣 王若男 +1 位作者 沈仁芳 兰平 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期118-128,共11页
铁在矿质土壤中含量丰富,但在中性和碱性土壤中大多以不易被植物吸收利用的氧化物或氢氧化物形式存在;稻田土壤在淹水条件时氧化还原电位较低,大量铁以易被植物吸收利用的亚铁形式存在。土壤中铁的生物有效性过低或过高均会导致植物的... 铁在矿质土壤中含量丰富,但在中性和碱性土壤中大多以不易被植物吸收利用的氧化物或氢氧化物形式存在;稻田土壤在淹水条件时氧化还原电位较低,大量铁以易被植物吸收利用的亚铁形式存在。土壤中铁的生物有效性过低或过高均会导致植物的生长发育受阻。本研究对缺铁(0μmol·L^(-1))、铁充足(40μmol·L^(-1))和高铁(350和500μmol·L^(-1))条件生长的水稻地上部进行了非标记蛋白质组学分析。结果显示,与铁充足条件相比,缺铁和两种浓度的高铁胁迫水稻中分别有130、157和118个蛋白质的丰度发生显著变化。基因本体富集分析显示,缺铁和高铁胁迫下的差异蛋白在初级代谢过程、有机氮化合物代谢过程、蛋白质代谢过程和细胞成分组织或生物发生等生物学过程均显著富集;差异蛋白还参与核糖体、光合作用和氧化磷酸化等代谢途径。缺铁胁迫显著影响参与苯丙烷类物质和辅助因子生物合成的蛋白质丰度,而高铁胁迫则引起氨基酸生物合成过程的蛋白质丰度发生显著变化。本研究发掘到一系列可用于水稻铁高效育种工作的候选蛋白,还发现了一些功能未知的差异蛋白可作为后续水稻铁胁迫响应的研究目标,同时为理解植物应对铁胁迫的完整响应网络提供了补充信息。 展开更多
关键词 铁胁迫 蛋白质组 光合作用 核糖体 氧化胁迫 氨基酸的生物合成
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蛋白质组学在类风湿关节炎中发病机制及诊疗研究中的最新研究进展
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作者 刘晨旭 郜娜 《中国现代医学杂志》 CAS 2024年第7期49-54,共6页
对近年来蛋白质组学在类风湿关节炎领域的相关研究进行综述,以期为类风湿关节炎今后更深入的研究提供思路。综合国内外文献报道,分析和总结蛋白质组学在类风湿关节炎中的应用研究进展。蛋白质组学已经成为类风湿关节炎研究的重要工具,... 对近年来蛋白质组学在类风湿关节炎领域的相关研究进行综述,以期为类风湿关节炎今后更深入的研究提供思路。综合国内外文献报道,分析和总结蛋白质组学在类风湿关节炎中的应用研究进展。蛋白质组学已经成为类风湿关节炎研究的重要工具,未来有希望能进一步推动对类风湿关节炎的理解。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 质谱 生物标志物 蛋白质组学
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定量蛋白质组学技术在口腔鳞细胞癌中的应用进展
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作者 麦晓群 王涛 +1 位作者 温琦涛 冼海瑜 《广西医科大学学报》 CAS 2024年第4期608-612,共5页
口腔鳞状细胞癌(OSCC)是最常见的头颈部恶性肿瘤之一,已经逐渐成为全球性的公共卫生问题,预防及早期诊断是减轻其负担的主要目标。定量蛋白质组学技术可用于定量细胞、组织或生物体的总体蛋白质含量,近年来被用于探索OSCC特异性的生物... 口腔鳞状细胞癌(OSCC)是最常见的头颈部恶性肿瘤之一,已经逐渐成为全球性的公共卫生问题,预防及早期诊断是减轻其负担的主要目标。定量蛋白质组学技术可用于定量细胞、组织或生物体的总体蛋白质含量,近年来被用于探索OSCC特异性的生物学标志物,研究其发病机制,寻找特异性治疗靶点等,为OSCC的早期诊断及治疗提供新思路。 展开更多
关键词 定量蛋白质组学 口腔鳞状细胞癌 生物学标志物
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盐碱胁迫对棉花叶片蛋白质组的影响及差异性分析
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作者 郭家鑫 叶扬 +1 位作者 郭慧娟 闵伟 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期219-236,共18页
盐胁迫和碱胁迫是严重影响农业生产的2种不同非生物胁迫,探讨棉花耐受盐胁迫和碱胁迫的差异,可为不同类型盐碱地的棉花栽培提供一定的理论基础。本试验设置对照(CK)、盐胁迫(NaCl,CS)和碱胁迫(NaHCO3+Na2CO3,AS)3个处理,通过蛋白质组学... 盐胁迫和碱胁迫是严重影响农业生产的2种不同非生物胁迫,探讨棉花耐受盐胁迫和碱胁迫的差异,可为不同类型盐碱地的棉花栽培提供一定的理论基础。本试验设置对照(CK)、盐胁迫(NaCl,CS)和碱胁迫(NaHCO3+Na2CO3,AS)3个处理,通过蛋白质组学分析和生理指标进行验证,揭示棉花对盐胁迫和碱胁迫的耐受机制。与CK相比,CS和AS的棉花生物量分别降低51.1%和50.9%,CS棉花叶片的叶绿素含量和净光合速率分别降低53.9%和57.2%,CS棉花叶片中己糖激酶、磷酸果糖激酶、丙酮酸激酶、柠檬酸合酶、谷氨酸脱氢酶和谷草转氨酶活性分别增加13.8%、14.4%、4.7%、4.5%、36.6%和12.9%;AS棉花叶片中己糖激酶、磷酸果糖激酶、丙酮酸激酶、苹果酸脱氢酶、柠檬酸合酶、谷氨酸脱氢酶和谷草转氨酶活性分别增加4.8%、38.8%、15.1%、4.3%、3.4%、15.2%和21.1%。基于TMT蛋白质组学分析,在CS和AS叶片中分别鉴定出458个和140个差异表达蛋白质。这些蛋白参与了光合作用、糖代谢、2-氧羧酸代谢以及氨基酸合成和代谢等生命过程。表明盐胁迫和碱胁迫均抑制棉花生长。盐胁迫下,与光合作用相关的蛋白表达减少,光合作用被显著抑制,同时碳水和能量代谢加强,更多的光合产物用于能量代谢;而碱胁迫对棉花光合作用无显著影响,更多的光合产物可能运往根部分泌有机酸。 展开更多
关键词 盐胁迫 碱胁迫 棉花 蛋白质组 光合作用
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肝细胞癌复发进程中DNA修复调节的蛋白质组学分析及验证
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作者 常凯 王艳艳 +7 位作者 江忠勇 孙巍 刘晨霞 那琬琳 许宏宣 谢静 刘媛 陈敏 《临床肝胆病杂志》 CAS 北大核心 2024年第2期319-326,共8页
目的分析肝细胞癌(HCC)复发进程中DNA修复调节的作用及机制。方法串联质量标签(TMT)标记的定量蛋白质组学方法分析HCC 2年内复发和5年预后良好的肝癌组织样本,分析富集在DNA复制、错配修复、碱基切除修复、核苷酸切除修复4条通路的蛋白... 目的分析肝细胞癌(HCC)复发进程中DNA修复调节的作用及机制。方法串联质量标签(TMT)标记的定量蛋白质组学方法分析HCC 2年内复发和5年预后良好的肝癌组织样本,分析富集在DNA复制、错配修复、碱基切除修复、核苷酸切除修复4条通路的蛋白表达差异,分析在HCC复发进程中起主要作用的调控通路及靶点,预测可能的调控机制。计量资料2组间比较采用成组t检验;多组间比较采用单因素方差分析,进一步两两比较采用LSD-t检验。结果真核生物复制复合体通路MCM2(P=0.018)、MCM3(P=0.047)、MCM4(P=0.014)、MCM5(P=0.008)、MCM6(P=0.006)、MCM7(P=0.007)、PCNA(P=0.019)、RFC4(P=0.002)、RFC5(P<0.001)、LIG1(P=0.042)蛋白表达均显著降低;核苷酸切除修复通路中PCNA(P=0.019)、RFC4(P=0.002)、RFC5(P<0.001)、LIG1(P=0.042)共4个蛋白表达水平均显著减少;碱基切除修复通路PCNA(P=0.019)和LIG1(P=0.042)在HCC复发组中均显著降低;错配修复富集通路中MSH2(P=0.026)、MSH6(P=0.006)、RFC4(P=0.002)、RFC5(P<0.001)、PCNA(P=0.019)、LIG1(P=0.042)共6个蛋白在肝癌复发组织中均显著减少。差异蛋白涉及MCM复合体、DNA聚合酶复合体ε、连接酶LIG1、长补丁碱基剪切修复复合体(long patch BER)、DNA错配修复蛋白复合体的重要组分。对DNA修复调节的重要差异蛋白进行临床样本验证分析,结果表明复发组中除MCM6表现出下降趋势外,MCM5(P=0.008)、MCM7(P=0.007)、RCF4(P=0.002)、RCF5(P<0.001)和MSH6(P=0.006)蛋白相对表达量均显著降低。结论HCC复发过程中,DNA修复进程中多个复合体蛋白组分存在显著减少或缺失。 展开更多
关键词 癌 肝细胞 肿瘤复发 局部 DNA修复 蛋白质组学
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中国荷斯坦公牛不同耐冻性精子的蛋白质组学分析
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作者 曹晋康 张纯 +6 位作者 王佳瑶 李晓彤 王鹏宇 方颖妍 张昱 丁宁 姜力 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期1052-1061,共10页
在以冷冻精液和人工授精为主导技术的奶牛繁育体系中,公牛精液的冻后活力备受关注。精子的耐冻性是影响精液冻后活力的关键。已有研究发现解冻后的精子活力在不同公牛之间存在显著差异。因此,迫切需要从遗传水平挖掘影响精子耐冻性的关... 在以冷冻精液和人工授精为主导技术的奶牛繁育体系中,公牛精液的冻后活力备受关注。精子的耐冻性是影响精液冻后活力的关键。已有研究发现解冻后的精子活力在不同公牛之间存在显著差异。因此,迫切需要从遗传水平挖掘影响精子耐冻性的关键基因和分子标记,为提高我国种公牛的精子耐冻性提供理论依据。本研究筛选了精子高耐冻组公牛9头(鲜精活力>0.65,冻后活力>0.40)和精子低耐冻组公牛6头(鲜精活力>0.65,冻后活力≤0.27),使用Label-free蛋白质组学技术对15头公牛的精子细胞进行定量蛋白质组学分析和生物信息学分析。结果显示,在高、低耐冻组间共检测到432个差异表达蛋白,主要富集在“代谢途径”和“氧化磷酸化”等与精子能量供应密切相关的生物学过程。差异表达蛋白互作网络分析显示与能量代谢相关的蛋白之间具有强相互作用。与QTL数据库比对,发现9个差异表达蛋白与已定位到的冻后活精子百分比性状关联基因重叠。最终筛选到HSPA1A、BSP3、ACSL4等重要候选蛋白可作为公牛精子耐冻性的潜在生物标志物。本研究揭示了具有不同耐冻性公牛精子的蛋白质组特征,这些发现为我国种公牛冻后精液品质的分子选育提供了重要信息。 展开更多
关键词 精子 耐冻性 中国荷斯坦公牛 蛋白质组 功能基因
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针刺治疗腹泻型肠易激综合征模型大鼠结肠黏膜差异蛋白质组学分析 被引量：1
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作者 刘婧 梁芳园 +1 位作者 李佳 王华 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第26期4129-4136,共8页
背景:肠易激综合征作为临床常见的消化功能紊乱性疾病,已成为针灸治疗的优势病种,但其作用机制尚未明确。组学技术的方法学特点与针灸作用多靶点、多层次的特点不谋而合,为揭示针灸治疗疾病的作用原理提供可能。目的:基于蛋白质组学研... 背景:肠易激综合征作为临床常见的消化功能紊乱性疾病,已成为针灸治疗的优势病种,但其作用机制尚未明确。组学技术的方法学特点与针灸作用多靶点、多层次的特点不谋而合,为揭示针灸治疗疾病的作用原理提供可能。目的:基于蛋白质组学研究腹泻型肠易激综合征(diarrhea-irritable bowel syndrome,IBS-D)的发病机制及“标本配穴”针刺对其的治疗作用机制。方法:12只3月龄SPF级SD大鼠随机分为正常组、模型组、“标本配穴”针刺组,后2组采用急性应激与慢性应激相结合的方法制备IBS-D大鼠模型;造模成功后针刺组选取双侧足三里穴、双侧内关穴及关元穴进行针刺治疗,频率为120次/min,每隔4 min行针1 min,留针15 min,每隔6 d休息1 d,共持续28 d。正常对照组和模型组大鼠不给予任何干预。通过检测大鼠腹部回撤反射(AWR)压力阈值评价大鼠内脏敏感性;使用基于高效液相色谱-串联质谱联用平台(LC-MS/MS)的非标记蛋白质组学方法进行大鼠结肠黏膜蛋白质组的测定分析;运用MaxQuant、Perseus软件和DAVID、KOBAS、VENNY、STRING在线分析工具进行蛋白质搜库、差异蛋白搜索及其他生物信息学分析;采用网络可视化软件Cytoscape3.7.1构建关联网络图。结果与结论:①IBS-D组与正常组相比有47个差异表达蛋白;差异蛋白功能分析显示,IBS-D的致病机制与能量代谢的异常加剧、结肠运动功能失衡、内脏敏感性的增加等有关;与IBS-D疾病相关的重要靶标蛋白包括:Atp5a1、Atp5c1、Idh3b、Atp2a3、Pdhb、Ppp1ca及Mapk3。②“标本配穴”针刺组与模型组相比较有61个差异表达蛋白,其中针刺逆转了IBS-D 9个差异表达蛋白的上调和9个差异表达蛋白的下调。③生物信息学分析结果表明“标本配穴”针刺对IBS-D的干预效应具有多靶点、多途径、多通路的特点,能够逆转IBS-D对正常能量代谢的损伤,同时能发挥抗氧化应激保护及抗炎的作用而达到缓痛、调节肠道失衡及肠屏障功能的治疗效果;与“标本配穴”针刺干预机制相关的重要靶点为Atp5a1、Atp5c1、Pdhb、Sars、Uqcrc2、Prdx2、Prdx4、Ppp1ca、Manf和Tmsb4x3。④该研究从整体蛋白质表达的角度初步明确了IBS-D致病的分子机制及“标本配穴”针刺对IBS-D的潜在作用机制,为“标本配穴”选穴配伍奠定了基础。 展开更多
关键词 腹泻型肠易激综合征 IBS-D 标本配穴 针刺 蛋白质组学 生物信息学分析
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