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比较蛋白质组学揭示茉莉酸甲酯诱导的雷公藤甲素生物合成
1
作者 张逸风 赵瑜君 +4 位作者 苏平 吴晓毅 夏梦 高伟 黄璐琦 《中国现代中药》 CAS 2024年第2期316-327,共12页
目的:探索雷公藤甲素生物合成途径,以提高其产量或用于合成生物学异源生产。方法:使用无标记(lable-free)比较蛋白质组学对茉莉酸甲酯(MeJA)诱导的雷公藤悬浮细胞进行测序,通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)、基因本体(GO)分析等方法... 目的:探索雷公藤甲素生物合成途径,以提高其产量或用于合成生物学异源生产。方法:使用无标记(lable-free)比较蛋白质组学对茉莉酸甲酯(MeJA)诱导的雷公藤悬浮细胞进行测序,通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)、基因本体(GO)分析等方法,结合基因转录表达分析和基因体内功能研究,逐步筛选参与雷公藤甲素生物合成的功能基因。结果:MeJA诱导不同时间的样品组鉴定得到376个差异蛋白质,包括8个细胞色素P450酶(CYP450)、3个转录因子(TF)和2-氧戊二酸依赖的双加氧酶(2ODD)。其中CYP71BE89、CYP82AQ2和Tw2ODD基因在MeJA诱导及植物不同组织部位中,均与已知参与雷公藤甲素母核环化的二萜合酶TwTPS7(v2)和TwTPS27(v2)基因具有相似的表达模式,表明其可能与雷公藤甲素生物合成相关。进一步利用植物细胞体内功能研究,验证了CYP71BE89、CYP82AQ2和Tw2ODD基因干扰使雷公藤甲素积累分别降低了24.1%、41.4%和71.4%,表明了3个基因与雷公藤甲素生物合成直接相关。结论:利用比较蛋白质组学技术揭示了几种与雷公藤甲素生物合成相关的蛋白,进一步表征了雷公藤甲素生物合成与外源激素刺激之间的关系,并为发掘中药活性成分生物合成途径提供了一种有效方法。 展开更多
关键词 雷公藤 比较蛋白质组学 雷公藤甲素 细胞色素P450酶 2-氧戊二酸依赖的双加氧酶
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肾透明细胞癌非标记定量蛋白质组学及磷酸化修饰组学分析
2
作者 古丽乃再尔·阿卜杜赛麦提 段霜霜 柳惠斌 《现代肿瘤医学》 CAS 2024年第4期617-622,共6页
目的:应用非标记定量蛋白质组学分析技术,筛选与肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)发病机制相关的蛋白质,发现ccRCC新的诊疗靶点。方法:选取2017年01月至2020年12月在新疆医科大学附属肿瘤医院泌尿外科手术治疗并经... 目的:应用非标记定量蛋白质组学分析技术,筛选与肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)发病机制相关的蛋白质,发现ccRCC新的诊疗靶点。方法:选取2017年01月至2020年12月在新疆医科大学附属肿瘤医院泌尿外科手术治疗并经术后病理证实的ccRCC及癌旁组织样本30例,利用非标记定量蛋白质组学及磷酸化修饰组学技术,分析差异表达的蛋白质及磷酸化修饰位点。生物信息学分析关键蛋白激酶、磷酸化位点以及信号通路。结果:组学联合分析策略共鉴定到2552个差异总蛋白、3024个差异表达的磷酸化位点及与之对应的1572个磷酸化蛋白。功能富集和聚类分析表明差异磷酸化蛋白主要涉及ErbB信号传导途径、VEGF信号传导通路和细胞黏附通路等重要信号通路,其中PDHK1、NDR1、NDR2及MST1可能成为新型候选标志物和药物作用靶点。结论:ccRCC与癌旁正常组织的总蛋白及磷酸化蛋白表达水平存在显著差异,有望成为肾透明细胞癌精准诊疗潜在的研究应用方向。 展开更多
关键词 蛋白质组学 磷酸化蛋白质组学 肾透明细胞癌 生物信息学分析
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基于蛋白质组学探析针灸治疗哮喘的作用机制
3
作者 方芳 刘新颖 +5 位作者 顾媛媛 蒙艳丽 郭玉岩 左军 龙宇 郭媛琦 《针灸临床杂志》 2024年第2期81-84,共4页
哮喘为一种慢性气道炎症性疾病,临床上常用针灸治疗哮喘患者,针灸疗法可以控制哮喘发生、发作,减轻发作程度,减少激素用量,降低激素不良反应,提高患者的生活质量。然而,针灸治疗哮喘的发病机制尚不明确。本研究基于蛋白质组学探讨针灸... 哮喘为一种慢性气道炎症性疾病,临床上常用针灸治疗哮喘患者,针灸疗法可以控制哮喘发生、发作,减轻发作程度,减少激素用量,降低激素不良反应,提高患者的生活质量。然而,针灸治疗哮喘的发病机制尚不明确。本研究基于蛋白质组学探讨针灸治疗在哮喘发病机制气道炎症,气道高反应性以及气道重塑中的作用,从而为哮喘的诊疗以及针灸的作用机制提供科学有效的研究思路。 展开更多
关键词 哮喘 针灸 蛋白质组学
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补肾和脉方对老年自发性高血压大鼠下丘脑蛋白质组学的影响
4
作者 史琳 杨传华 《中国中医急症》 2024年第2期209-214,239,共7页
目的探寻补肾和脉方治疗老年自发性高血压病的可能分子机制。方法选取16月龄雄性自发性高血压大鼠(SHR),采用随机数字表法随机分为2组:补肾和脉方组[10只,补肾和脉方生药浓度14.22 g/(kg·d)]和模型组(10只,生理盐水2 mL/d),以10只... 目的探寻补肾和脉方治疗老年自发性高血压病的可能分子机制。方法选取16月龄雄性自发性高血压大鼠(SHR),采用随机数字表法随机分为2组:补肾和脉方组[10只,补肾和脉方生药浓度14.22 g/(kg·d)]和模型组(10只,生理盐水2 mL/d),以10只同龄雄性WKY大鼠作为正常对照组(生理盐水2 mL/d),共灌胃干预8周。定期观察并监测记录大鼠的收缩压和舒张压。干预结束后,取各组大鼠血清、下丘脑。ELISA法检测血清中神经肽(NPY)、去甲肾上腺素(NE)、C反应蛋白(CRP)和血管紧张素Ⅱ(AngⅡ)的含量。Label-free定量蛋白组学测序分析方法筛选下丘脑蛋白质表达谱的变化,通过生物信息学对差异蛋白进行GO富集分析,并对差异蛋白的分子功能、细胞成分和生物学途径3个方面进行功能方面的注释;对差异蛋白进行KEGG通路分析得到补肾和脉方靶蛋白及其涉及的信号通路;同时建立差异蛋白的互作网络综合分析补肾和脉方的药理机制,进而为研究老年自发性高血压寻找新的药物标志蛋白提供理论和思路。结果1)补肾和脉方能够稳步降低老年自发性高血压大鼠的收缩压、舒张压、脉压差和平均动脉压;降低大鼠血清NPY、NE、CRP、AngⅡ的水平,在一定程度上改善高血压的血管重塑。2)与模型组相比,应用补肾和脉方干预后的大鼠下丘脑中共检出2753个差异蛋白点,其中316个蛋白有统计学差异(P<0.05),201个蛋白表达升高,115个蛋白表达降低;差异蛋白主要富集于转运酶活性和离子通道活性方面。3)补肾和脉方干预老年SHR下丘脑的节点蛋白Cdc42、SIRT2、Ptk2b的表达与蛋白组学一致。结论补肾和脉方治疗老年自发性高血压的分子机制可能与其促进神经元细胞活力,维持动脉血管的稳定性等有关。 展开更多
关键词 老年自发性高血压病 补肾和脉方 下丘脑 蛋白质组学 大鼠
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基于免疫蛋白质组学的单增李斯特菌强免疫原性蛋白挖掘
5
作者 张颖 吴诗 +4 位作者 古其会 叶青华 张菊梅 陈谋通 吴清平 《现代食品科技》 CAS 2024年第3期301-308,共8页
该研究采用高毒力持留基因型单增李斯特菌819-2菌株全菌蛋白免疫SPF级Balb/C小鼠制备抗血清,利用免疫蛋白质组学对菌株胞外蛋白质组进行分析,旨在挖掘筛选单增李斯特菌强免疫原性蛋白作为特异性抗体制备的候选抗原。超声法提取819-2菌... 该研究采用高毒力持留基因型单增李斯特菌819-2菌株全菌蛋白免疫SPF级Balb/C小鼠制备抗血清,利用免疫蛋白质组学对菌株胞外蛋白质组进行分析,旨在挖掘筛选单增李斯特菌强免疫原性蛋白作为特异性抗体制备的候选抗原。超声法提取819-2菌株全菌蛋白免疫SPF级Balb/C小鼠制备抗血清,四次免疫后经间接ELISA测定效价达1:512000。脱氧胆酸钠(DOC)-10%(m/V)TCA沉淀法提取单增李斯特菌819-2菌株胞外蛋白,利用免疫蛋白质组学和LC-MS/MS技术挖掘并鉴定具有强免疫反应的蛋白点,结果表明双向电泳图谱成功获得85个蛋白点,并成功鉴定了P60、InlC、MltG、Enolase和假定蛋白YxeA family protein等5个强免疫原性蛋白,研究结果为基于强免疫原性蛋白制备特异性抗体用于食品及其加工环境中单增李斯特菌富集及快速检测技术研制提供了数据基础。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 免疫蛋白质组学 抗血清 免疫印迹
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基于数据非依赖性采集定量蛋白质组学分析的原发性干燥综合征潜在唾液生物标志物研究
6
作者 田艺超 郭春岚 +7 位作者 李珍 尤欣 刘晓燕 苏金梅 赵斯佳 穆月 孙伟 李倩 《Chinese Medical Sciences Journal》 CAS CSCD 2024年第1期19-28,I0003,共11页
目的唾液腺是原发性干燥综合征(pSS)的主要靶器官,因此唾液被认为是腺体病理生理学和疾病状态的镜子。本研究旨在说明pSS患者的唾液蛋白质组学特征,并鉴定可能辅助诊断的潜在生物标志物。方法发现集包含49个样本[24个来自pSS,25个来自... 目的唾液腺是原发性干燥综合征(pSS)的主要靶器官,因此唾液被认为是腺体病理生理学和疾病状态的镜子。本研究旨在说明pSS患者的唾液蛋白质组学特征,并鉴定可能辅助诊断的潜在生物标志物。方法发现集包含49个样本[24个来自pSS,25个来自年龄和性别匹配的健康对照(HCs)],验证集包括25个样本(12个来自pSS,13个来自HCs)。36例pSS患者和38例健康对照者以2:1的比例集中随机分配至Discovery组或验证组。在2D LC-HRMS/MS平台上使用数据非依赖性采集(DIA)策略分析来自pSS患者和健康对照组的未刺激性全唾液样本,以揭示差异蛋白。根据基因本体(GO)分析和国际药学文摘(IPA)分析的蛋白质注释,使用DIA分析验证了关键蛋白质。随机森林用于建立SS的预测模型。结果共发现1,963个蛋白,其中136个蛋白在pSS患者中表现出差异性。生物信息学研究表明这些蛋白质主要与免疫功能、新陈代谢和炎症有关。一组19个蛋白质生物标志物通过基于P值和随机森林的排序顺序进行鉴定,并验证为具有特殊曲线下面积(AUC)值(发现集:0.817;验证集:0.882)的潜在生物标志物,可用于鉴别pSS患者和健康对照人群。结论新发现的候选蛋白组合可能有助于pSS的诊断。唾液蛋白质组学分析是一种很有前途的无创方法,可用于对pSS患者进行预后评估以及早期和精确治疗。DIA具备最佳的时间效率和数据可靠性,可望成为未来唾液蛋白质组研究的合适选择。 展开更多
关键词 原发性干燥综合征 唾液 蛋白质组学分析 质谱 诊断
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基于蛋白质组学分析蛋白酶体对宰后秦川牛肉贮藏期间品质变化的影响
7
作者 胡丽筠 王金霞 +4 位作者 李荣 张倩 陈雪妍 李亚蕾 罗瑞明 《食品科学》 EI CAS CSCD 2024年第5期86-93,共8页
本研究以宰后4℃条件下不同贮藏期的秦川牛背最长肌为研究对象,测定品质指标、能量水平、蛋白酶体活性变化,鉴定与蛋白酶体相关的差异蛋白质(differentially expressed proteins,DEPs),利用生物信息学方法分析蛋白酶体对宰后牛肉品质及... 本研究以宰后4℃条件下不同贮藏期的秦川牛背最长肌为研究对象,测定品质指标、能量水平、蛋白酶体活性变化,鉴定与蛋白酶体相关的差异蛋白质(differentially expressed proteins,DEPs),利用生物信息学方法分析蛋白酶体对宰后牛肉品质及能量代谢的响应机制,结果如下:随贮藏时间的延长,pH值呈先降低后升高趋势;b^(*)值和肌原纤维小片化指数(myofibrillar fragmentation index,MFI)呈上升趋势;L^(*)值、a^(*)值、离心损失、蒸煮损失、剪切力呈先上升后下降趋势;能量基本物质ATP、ADP、AMP含量呈下降趋势;20S蛋白酶体相对活性显著降低(P<0.05);相关性分析结果显示:20S蛋白酶体活性与b^(*)值呈显著负相关(P<0.05),与ADP含量呈显著正相关(P<0.05),与AMP含量呈极显著正相关(P<0.01),与MFI呈极显著负相关(P<0.01),表明蛋白酶体活性与能量代谢及品质间存在密切联系。结合4D-非标定量蛋白质组学技术,鉴定出8种差异表达的蛋白酶体亚基,及27种相关DEPs;基因本体注释分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析发现,这些蛋白酶体亚基及其相关的DEPs具有内肽酶活性、肌动蛋白结合、微丝运动活性等分子功能,参与泛素依赖性蛋白质分解代谢、骨骼肌收缩、肌肉收缩、糖酵解等生物过程,引起秦川牛肉品质变化;宰后初期蛋白酶体通过消耗能量物质分解代谢蛋白调控生物途径,后期能量物质耗尽,蛋白酶体可能通过糖酵解提供的能量以及非ATP依赖型蛋白酶体亚基,实现对宰后蛋白质的分解代谢,最终影响秦川牛肉的品质。 展开更多
关键词 秦川牛 蛋白酶体 4D-非标蛋白质组学 肉品质
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基于TMT技术的牦牛妊娠期血清蛋白质组学分析
8
作者 姚颖 周应聪 +7 位作者 杜培岩 李一娟 钱文洁 李柳杨 余志鹏 崔燕 余四九 樊江峰 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 2024年第1期192-206,共15页
为了探究妊娠期内牦牛血清的蛋白质组特征,筛选并分析差异表达蛋白质(DEPs)在牦牛妊娠维持中的作用。本研究选择9头4岁半至6岁龄健康状况良好且当年未产犊的自然发情母牦牛进行人工授精(AI)。在AI后第30、60及90天采集其血清样品,并对... 为了探究妊娠期内牦牛血清的蛋白质组特征,筛选并分析差异表达蛋白质(DEPs)在牦牛妊娠维持中的作用。本研究选择9头4岁半至6岁龄健康状况良好且当年未产犊的自然发情母牦牛进行人工授精(AI)。在AI后第30、60及90天采集其血清样品,并对授配母牦牛进行妊娠诊断。依据诊断结果将采集的样品进行回顾性分组,即妊娠第1、2、3月组及未妊娠组(未妊娠组样品来自AI后90天经妊娠诊断确诊为未孕的牦牛个体),每组样品3个生物学重复。利用串联质谱标签(TMT)技术对牦牛血清样品的蛋白表达情况进行定量分析,筛选差异表达蛋白,并对其进行GO功能富集和KEGG通路等生物信息学分析,进一步筛选与牦牛妊娠维持相关的潜在蛋白。结果显示,在4组牦牛血清蛋白样品中共获得497个蛋白,以差异倍数≥1.2或≤0.83,且P<0.05为条件筛选,共筛选到68个差异蛋白。GO功能富集和KEGG通路分析显示,这些DEPs在代谢、免疫系统、粘附、生物调节等生物学过程以及补体与凝血级联、金黄色葡萄球菌感染等与炎症和免疫途径相关的通路有明显富集。值得注意的是,妊娠期各组间差异蛋白富集通路中均包含有PI3K-Akt、Rap1、MAPK等与生殖相关的信号通路。DEPs中IGFBP2、FGG、B2M、PDIA4、AZGP1的表达具有随妊娠时间的延长而连续上调的趋势,且这些蛋白在妊娠第3月表达量显著高于未妊娠状态。研究结果表明,牦牛妊娠早期存在明显的血清蛋白组的变化。这些DEPs分别在促进细胞粘附与增殖、母胎血管生成、维持母体代谢与免疫平衡等过程中起到重要作用。尤其是IGFBP2、FGG、B2M、PDIA4、AZGP1可能通过参与调节胎盘生长发育、免疫应答和脂质代谢等过程,在牦牛妊娠维持中发挥着重要作用。研究结果为进一步探明牦牛维持妊娠过程的调控机制提供了基础资料。 展开更多
关键词 TMT 蛋白质组学 牦牛 血清 差异表达蛋白 妊娠维持
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运动改善ASMT基因敲除小鼠抑郁行为的海马蛋白质组学机制
9
作者 章森 刘文彬 +5 位作者 夏杰 李玲侠 黄卓淳 邹勇 漆正堂 刘微娜 《上海体育大学学报》 2024年第3期36-48,共13页
目的利用定量蛋白质组学技术探究N-乙酰基-5-羟色胺-甲基转移酶(N-acetyl-5-hydroxytryptamine-methyltransferase,ASMT)基因敲除及运动干预对小鼠抑郁行为及海马蛋白质组的影响。方法将雄性ASMT基因敲除小鼠及野生型小鼠随机分为安静... 目的利用定量蛋白质组学技术探究N-乙酰基-5-羟色胺-甲基转移酶(N-acetyl-5-hydroxytryptamine-methyltransferase,ASMT)基因敲除及运动干预对小鼠抑郁行为及海马蛋白质组的影响。方法将雄性ASMT基因敲除小鼠及野生型小鼠随机分为安静组和运动组。5周的游泳运动干预结束后全部进行抑郁行为学检测。行为学结束后进行麻醉处死取海马组织。采用TMT标记定量蛋白质组学技术检测海马组织中的蛋白表达情况,并运用生物信息学方法分析。结果ASMT基因敲除后小鼠具有显著的抑郁行为表型,游泳运动干预后可以显著改善。筛选出的差异蛋白功能集中在突触信号通路、突触化学传递的调控、突触囊泡循环、神经发生、神经系统发育的调控、长时程突触增强、SNARE复合体聚集等。结论ASMT基因敲除可能会通过海马突触前膜的SNARE家族蛋白过度表达诱导谷氨酸的过度释放并产生神经毒性,进而产生抑郁行为;游泳运动可能通过调节突触转运相关蛋白SNAP25维持神经递质稳态,促进神经发生水平和突触可塑性,进而使ASMT基因敲除小鼠抑郁行为得到改善。 展开更多
关键词 N-乙酰基-5-羟色胺-甲基转移酶 游泳运动 抑郁行为 海马 蛋白质组学
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基于TMT标记定量蛋白质组学技术研究老龄肾阳虚证患者血浆差异蛋白的变化及意义
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作者 管亚男 丛培玮 +2 位作者 赵丹玉 任路 王旭 《中医药学报》 2024年第1期70-76,共7页
目的:基于TMT标记定量蛋白质组学技术挖掘老龄肾阳虚患者的血浆差异性表达蛋白的变化及意义。方法:收集8例符合中医辨证的老龄肾阳虚证患者及8例同年龄段健康者的血浆样品,分别在两组中随机挑选3例血浆样品,通过TMT蛋白质组学技术进行... 目的:基于TMT标记定量蛋白质组学技术挖掘老龄肾阳虚患者的血浆差异性表达蛋白的变化及意义。方法:收集8例符合中医辨证的老龄肾阳虚证患者及8例同年龄段健康者的血浆样品,分别在两组中随机挑选3例血浆样品,通过TMT蛋白质组学技术进行蛋白质定量分析并筛选出差异表达蛋白,对差异表达蛋白进行GO富集和KEGG富集分析,通过蛋白互作网络分析筛选出差异表达蛋白中的重要蛋白,然后将其中与阿尔茨海默病(AD)具有相互作用的蛋白在另外5例老龄肾阳虚患者和5例同年龄段健康人中进行ELISA验证。结果:老龄肾阳虚患者组与同年龄段健康人组对照共得到83个差异表达蛋白,其中73个上调,10个下调。差异表达蛋白涉及糖酵解、蛋白折叠等生物过程,胞浆、胞外空间等细胞成分,钙黏蛋白结合、蛋白结合等分子功能;涉及丙酮酸盐代谢、AD、雌激素信号通路、胰高血糖素信号通路等。与AD发生发展可能相关的蛋白验证表明,老年肾阳虚患者血浆中钙蛋白酶-1(Calpain1)、α-突触核蛋白(α-synuclein)表达显著高于对照组(P<0.05)。结论:老龄肾阳虚患者与同年龄段健康者血浆之间存在差异性蛋白表达,其中Calpain1和α-synuclein与AD的发生发展有关,为探索老年肾阳虚易患AD提供分子机制,在中医治未病中发挥重要作用。 展开更多
关键词 肾阳虚 蛋白质组学 衰老 阿尔茨海默病
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蛋白质组学技术在干眼研究及针刺治疗干眼中的应用
11
作者 韦庆波 丁宁 +5 位作者 杨小存 吴霞 沈乎醒 高卫萍 吴云川 姜志欣 《国际眼科杂志》 2024年第1期58-61,共4页
干眼是指由泪液的质、量和动力学异常等原因导致的泪膜稳定性下降或眼表微环境失衡,造成多种眼部不适甚至视功能障碍。其发病机制复杂,目前治疗尚局限于缓解症状,保护视功能。针刺治疗干眼有效,但作用机制尚未完全明确。蛋白质组学技术... 干眼是指由泪液的质、量和动力学异常等原因导致的泪膜稳定性下降或眼表微环境失衡,造成多种眼部不适甚至视功能障碍。其发病机制复杂,目前治疗尚局限于缓解症状,保护视功能。针刺治疗干眼有效,但作用机制尚未完全明确。蛋白质组学技术能系统全面反映蛋白质的功能、结构以及相互作用关系,将蛋白质组学技术应用于针刺治疗干眼的研究,不仅可从不同病因病程揭示干眼蛋白质水平的动态变化,寻找潜在生物标志物,还能系统挖掘针刺治疗干眼的调控机制,为针刺治疗的理论研究和针刺作用的基础研究提供依据。本文旨在探讨蛋白质组学在干眼临床和基础研究中的潜在应用价值,为干眼的诊疗及针刺机制研究提供科学有效的思路。 展开更多
关键词 干眼 针刺 蛋白质组学
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蛋白质组学在类风湿关节炎中发病机制及诊疗研究中的最新研究进展
12
作者 刘晨旭 郜娜 《中国现代医学杂志》 CAS 2024年第7期49-54,共6页
对近年来蛋白质组学在类风湿关节炎领域的相关研究进行综述,以期为类风湿关节炎今后更深入的研究提供思路。综合国内外文献报道,分析和总结蛋白质组学在类风湿关节炎中的应用研究进展。蛋白质组学已经成为类风湿关节炎研究的重要工具,... 对近年来蛋白质组学在类风湿关节炎领域的相关研究进行综述,以期为类风湿关节炎今后更深入的研究提供思路。综合国内外文献报道,分析和总结蛋白质组学在类风湿关节炎中的应用研究进展。蛋白质组学已经成为类风湿关节炎研究的重要工具,未来有希望能进一步推动对类风湿关节炎的理解。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 质谱 生物标志物 蛋白质组学
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肝细胞癌复发进程中DNA修复调节的蛋白质组学分析及验证
13
作者 常凯 王艳艳 +7 位作者 江忠勇 孙巍 刘晨霞 那琬琳 许宏宣 谢静 刘媛 陈敏 《临床肝胆病杂志》 CAS 2024年第2期319-326,共8页
目的分析肝细胞癌(HCC)复发进程中DNA修复调节的作用及机制。方法串联质量标签(TMT)标记的定量蛋白质组学方法分析HCC 2年内复发和5年预后良好的肝癌组织样本,分析富集在DNA复制、错配修复、碱基切除修复、核苷酸切除修复4条通路的蛋白... 目的分析肝细胞癌(HCC)复发进程中DNA修复调节的作用及机制。方法串联质量标签(TMT)标记的定量蛋白质组学方法分析HCC 2年内复发和5年预后良好的肝癌组织样本,分析富集在DNA复制、错配修复、碱基切除修复、核苷酸切除修复4条通路的蛋白表达差异,分析在HCC复发进程中起主要作用的调控通路及靶点,预测可能的调控机制。计量资料2组间比较采用成组t检验;多组间比较采用单因素方差分析,进一步两两比较采用LSD-t检验。结果真核生物复制复合体通路MCM2(P=0.018)、MCM3(P=0.047)、MCM4(P=0.014)、MCM5(P=0.008)、MCM6(P=0.006)、MCM7(P=0.007)、PCNA(P=0.019)、RFC4(P=0.002)、RFC5(P<0.001)、LIG1(P=0.042)蛋白表达均显著降低;核苷酸切除修复通路中PCNA(P=0.019)、RFC4(P=0.002)、RFC5(P<0.001)、LIG1(P=0.042)共4个蛋白表达水平均显著减少;碱基切除修复通路PCNA(P=0.019)和LIG1(P=0.042)在HCC复发组中均显著降低;错配修复富集通路中MSH2(P=0.026)、MSH6(P=0.006)、RFC4(P=0.002)、RFC5(P<0.001)、PCNA(P=0.019)、LIG1(P=0.042)共6个蛋白在肝癌复发组织中均显著减少。差异蛋白涉及MCM复合体、DNA聚合酶复合体ε、连接酶LIG1、长补丁碱基剪切修复复合体(long patch BER)、DNA错配修复蛋白复合体的重要组分。对DNA修复调节的重要差异蛋白进行临床样本验证分析,结果表明复发组中除MCM6表现出下降趋势外,MCM5(P=0.008)、MCM7(P=0.007)、RCF4(P=0.002)、RCF5(P<0.001)和MSH6(P=0.006)蛋白相对表达量均显著降低。结论HCC复发过程中,DNA修复进程中多个复合体蛋白组分存在显著减少或缺失。 展开更多
关键词 癌 肝细胞 肿瘤复发 局部 DNA修复 蛋白质组学
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针刺治疗腹泻型肠易激综合征模型大鼠结肠黏膜差异蛋白质组学分析 被引量：1
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作者 刘婧 梁芳园 +1 位作者 李佳 王华 《中国组织工程研究》 CAS 2024年第26期4129-4136,共8页
背景:肠易激综合征作为临床常见的消化功能紊乱性疾病,已成为针灸治疗的优势病种,但其作用机制尚未明确。组学技术的方法学特点与针灸作用多靶点、多层次的特点不谋而合,为揭示针灸治疗疾病的作用原理提供可能。目的:基于蛋白质组学研... 背景:肠易激综合征作为临床常见的消化功能紊乱性疾病,已成为针灸治疗的优势病种,但其作用机制尚未明确。组学技术的方法学特点与针灸作用多靶点、多层次的特点不谋而合,为揭示针灸治疗疾病的作用原理提供可能。目的:基于蛋白质组学研究腹泻型肠易激综合征(diarrhea-irritable bowel syndrome,IBS-D)的发病机制及“标本配穴”针刺对其的治疗作用机制。方法:12只3月龄SPF级SD大鼠随机分为正常组、模型组、“标本配穴”针刺组,后2组采用急性应激与慢性应激相结合的方法制备IBS-D大鼠模型;造模成功后针刺组选取双侧足三里穴、双侧内关穴及关元穴进行针刺治疗,频率为120次/min,每隔4 min行针1 min,留针15 min,每隔6 d休息1 d,共持续28 d。正常对照组和模型组大鼠不给予任何干预。通过检测大鼠腹部回撤反射(AWR)压力阈值评价大鼠内脏敏感性;使用基于高效液相色谱-串联质谱联用平台(LC-MS/MS)的非标记蛋白质组学方法进行大鼠结肠黏膜蛋白质组的测定分析;运用MaxQuant、Perseus软件和DAVID、KOBAS、VENNY、STRING在线分析工具进行蛋白质搜库、差异蛋白搜索及其他生物信息学分析;采用网络可视化软件Cytoscape3.7.1构建关联网络图。结果与结论:①IBS-D组与正常组相比有47个差异表达蛋白;差异蛋白功能分析显示,IBS-D的致病机制与能量代谢的异常加剧、结肠运动功能失衡、内脏敏感性的增加等有关;与IBS-D疾病相关的重要靶标蛋白包括:Atp5a1、Atp5c1、Idh3b、Atp2a3、Pdhb、Ppp1ca及Mapk3。②“标本配穴”针刺组与模型组相比较有61个差异表达蛋白,其中针刺逆转了IBS-D 9个差异表达蛋白的上调和9个差异表达蛋白的下调。③生物信息学分析结果表明“标本配穴”针刺对IBS-D的干预效应具有多靶点、多途径、多通路的特点,能够逆转IBS-D对正常能量代谢的损伤,同时能发挥抗氧化应激保护及抗炎的作用而达到缓痛、调节肠道失衡及肠屏障功能的治疗效果;与“标本配穴”针刺干预机制相关的重要靶点为Atp5a1、Atp5c1、Pdhb、Sars、Uqcrc2、Prdx2、Prdx4、Ppp1ca、Manf和Tmsb4x3。④该研究从整体蛋白质表达的角度初步明确了IBS-D致病的分子机制及“标本配穴”针刺对IBS-D的潜在作用机制,为“标本配穴”选穴配伍奠定了基础。 展开更多
关键词 腹泻型肠易激综合征 IBS-D 标本配穴 针刺 蛋白质组学 生物信息学分析
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中医药防治冠心病的蛋白质组学研究进展
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作者 周媛 徐京育 +3 位作者 李启注 徐闯 李宗瑛 白丽 《世界中医药》 CAS 2024年第1期109-115,共7页
冠心病是临床常见的心血管疾病,危险因素多,发病率高,病死率高,其症状反复发作,严重影响患者的身心健康。中医药可通过“双心治疗”缓解冠心病患者的症状及焦虑情绪。冠心病属中医“胸痹心痛”范围,其发病机制复杂,临床证型多,包括心脉... 冠心病是临床常见的心血管疾病,危险因素多,发病率高,病死率高,其症状反复发作,严重影响患者的身心健康。中医药可通过“双心治疗”缓解冠心病患者的症状及焦虑情绪。冠心病属中医“胸痹心痛”范围,其发病机制复杂,临床证型多,包括心脉瘀阻证、痰浊闭阻证、气滞心胸证、寒凝心脉证、痰瘀互结证、气阴两虚证、心肾阴虚证及心肾阳虚证。针对不同证型,治疗方剂众多,但作用机制尚不明确。蛋白质组学技术是一种识别蛋白质和研究蛋白质表征的技术,能够全面认识疾病的发生发展,可用于探究具有诊断价值的生物标志物、研究不同中医证候的蛋白质差异、推断中医药治疗冠心病的作用机制。 展开更多
关键词 冠心病 蛋白质组学 诊断 证候分型 作用机制 中药复方 中成药 中药提取物
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蛋白质组学在食品和化妆品质量检测领域应用发展探究
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作者 王露露 孙姗姗 +2 位作者 丁波 罗娇依 曹进 《中国食品药品监管》 2024年第2期104-113,共10页
蛋白质组学研究是继基因组学研究兴起之后的又一新兴领域,为相关科学研究提供了全新的思路和技术,已在药品和生物制品领域得到了广泛应用。近年来,蛋白质组学技术开始逐渐被应用于食品和化妆品检测领域,有望为开展食品和化妆品安全、质... 蛋白质组学研究是继基因组学研究兴起之后的又一新兴领域,为相关科学研究提供了全新的思路和技术,已在药品和生物制品领域得到了广泛应用。近年来,蛋白质组学技术开始逐渐被应用于食品和化妆品检测领域,有望为开展食品和化妆品安全、质量控制等研究提供有力手段。本文主要综述了已应用蛋白质组学技术进行研究的食品和化妆品种类,并介绍其技术流程特点,对分析流程中亟待解决的技术难点进行了剖析。蛋白质组学技术具有其他传统方法不可取代的高准确性、高通量的检测优势,同时需要注意,其在食品和化妆品检测领域的方法回收率低、标准物质研制滞后等主要问题仍有待克服。 展开更多
关键词 蛋白质组学 食品 化妆品 高准确性 高通量
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基于头发蛋白质组学区分个人特质的方法学探究
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作者 吴晓淋 张涛 +2 位作者 徐平 张亚莉 张振鹏 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 2024年第1期230-240,共11页
目的头发是一类重要的皮肤附属物,主要由角蛋白和角蛋白相关蛋白等组成。不同种族及性别样本的头发蛋白质组成和占比存在差异,且目前缺乏高效率提取头发蛋白的方法。本文探究基于定量头发蛋白质组学方法,旨在探索该方法区分不同个体的... 目的头发是一类重要的皮肤附属物,主要由角蛋白和角蛋白相关蛋白等组成。不同种族及性别样本的头发蛋白质组成和占比存在差异,且目前缺乏高效率提取头发蛋白的方法。本文探究基于定量头发蛋白质组学方法,旨在探索该方法区分不同个体的可能性。方法以3例头发样本,对样品处理方法和裂解缓冲液进行探究,发展一种名为PLEE(PTM lab for protein extraction from hair with high efficiency)的稳定、高效的头发蛋白质提取方法,对7例人发样本,以PLEE法进行提取,结合胶内消化方法进行蛋白质组学实验,产出蛋白质组学数据,分析个体间的头发蛋白质组成及占比。结果共鉴定274种蛋白质,共有的蛋白质107种,非共有蛋白质种类在57~119,部分样本存在独特鉴定蛋白。使用共鉴定107种蛋白质进行定量蛋白质组分析,通过聚类和主成分分析,可将各样本进行区分,且技术重复样本可聚在一起,表明流程的稳定性。另外,筛选出10个关键蛋白(KRT33A、KRTAP9-6、KRT83、KRTAP7-1、KRT32、BLMH、KRT38、KRTAP11-1、NPAS1、KRTAP4-3)在不同个体之间差异比较大且在同个体中蛋白质鉴定稳定。结论不同个体的头发蛋白质组成存在差异,筛选出的10个蛋白质有望作为区分个体特质的关键蛋白,在个体识别、刑侦方面具有重大的应用潜力。 展开更多
关键词 头发 蛋白质组学 个人特质 PLEE
原文传递
1株引起食物中毒事件的肠炎沙门菌定量蛋白质组学分析
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作者 徐本锦 侯竹如 +6 位作者 刘玲 严荣荣 张金晶 杜淼 宣焱 李卓禧 范蕾 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 2024年第2期215-226,共12页
目的 基于蛋白质组学,深入揭示1株引起食物中毒事件的肠炎沙门菌21A的分子特征,从而更好地防控食源性疾病的发生。方法 利用定量蛋白质组学技术对肠炎沙门菌株21A进行分析,使用Tims TOF Pro仪器在数据非依赖采集模式下采集质谱数据,利用... 目的 基于蛋白质组学,深入揭示1株引起食物中毒事件的肠炎沙门菌21A的分子特征,从而更好地防控食源性疾病的发生。方法 利用定量蛋白质组学技术对肠炎沙门菌株21A进行分析,使用Tims TOF Pro仪器在数据非依赖采集模式下采集质谱数据,利用MSstats软件完成肽段与蛋白的定量以及差异蛋白统计,并对差异表达蛋白的生物学功能进行GO、KOG功能富集、KEGG通路富集分析与CAZY注释、互作分析。结果 菌株21A中共鉴定出3183种蛋白质,其中差异蛋白300种。GO分析表明,差异蛋白主要与催化、结合、细胞内过程和代谢有关;KOG和KEGG分析显示,差异蛋白主要富集在6种代谢通路中;CAZY分析发现,37.96%的蛋白质为糖苷水解酶。结论 本研究揭示了肠炎沙门菌株21A的蛋白质组学特征,该菌株在入侵和感染过程中采用多种生存策略,包括增强毒力因子表达,增加脂质降解和诱导铁获取等。对代谢相关蛋白质的深入分析,有助于深入了解该菌的传播与感染机制,更好地防控食源性疾病的发生。 展开更多
关键词 肠炎沙门菌 蛋白质组学 食物中毒 感染 代谢
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盐胁迫下基于TMT技术的罗布麻蛋白质组学分析
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作者 甄熙 刘旭洋 +1 位作者 张晓明 宛涛 《西北植物学报》 CAS CSCD 2024年第2期205-218,共14页
【目的】罗布麻(Apocynum venetum L.)是中国宝贵的野生植物种质资源,具有重要的药用价值、生态价值及经济价值。虽然罗布麻是耐盐性较高的植物,但随着生境遭到破坏及土壤盐渍化程度加重,罗布麻的野生种群数量逐渐缩减。因此,探究罗布... 【目的】罗布麻(Apocynum venetum L.)是中国宝贵的野生植物种质资源,具有重要的药用价值、生态价值及经济价值。虽然罗布麻是耐盐性较高的植物,但随着生境遭到破坏及土壤盐渍化程度加重,罗布麻的野生种群数量逐渐缩减。因此,探究罗布麻的耐盐性机制,对罗布麻野生种质资源的保护和利用具有重要意义。【方法】研究采用TMT技术对盐胁迫下罗布麻进行定量蛋白质组学研究,通过韦恩分析和蛋白网络互作分析方法筛选出共有差异蛋白和核心蛋白。【结果】(1)研究发现11个共有差异蛋白,主要富集在蛋白质-FAD连接、转运蛋白活性的负调控、离子跨膜转运蛋白活性的负调节、阴离子跨膜转运的负调控、阴离子通道活性的负调节和噻唑代谢过程等通路;(2)不同胁迫时间的差异蛋白网络互作所得的蛋白主要以核糖体蛋白为主,其中60S核糖体蛋白L3-2(TRINITY_DN13265_c0_g1_i1_9)在胁迫12 h和24 h的差异蛋白中均为核心蛋白,表明核糖体蛋白在罗布麻响应盐胁迫过程中发挥着重要作用。【结论】研究筛选出罗布麻响应盐胁迫的关键蛋白,拓展了罗布麻盐胁迫应答相关的分子资源,并为罗布麻天然抗逆种质的发掘与利用提供理论依据。 展开更多
关键词 罗布麻 蛋白质组学 盐胁迫 耐盐分子机制
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阿仑膦酸钠治疗骨质疏松模型大鼠机制的串联质量标签蛋白质组学分析
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作者 黄惠敏 谢冰颖 +4 位作者 黄景文 黄小彬 谢丽华 李生强 葛继荣 《中国组织工程研究》 CAS 2024年第16期2505-2511,共7页
背景:目前关于阿仑膦酸钠治疗骨质疏松症的作用机制及作用靶点,仍需深入研究。目的:探究阿仑膦酸钠调节骨质疏松模型大鼠骨代谢的作用机制,并进行差异表达蛋白生物信息学分析。方法:雌性SD大鼠随机分为模型组、阿仑膦酸钠组、假手术组,... 背景:目前关于阿仑膦酸钠治疗骨质疏松症的作用机制及作用靶点,仍需深入研究。目的:探究阿仑膦酸钠调节骨质疏松模型大鼠骨代谢的作用机制,并进行差异表达蛋白生物信息学分析。方法:雌性SD大鼠随机分为模型组、阿仑膦酸钠组、假手术组,每组12只,前两组均采用去卵巢法建立骨质疏松症模型,造模4周后阿仑膦酸钠组大鼠予阿仑膦酸钠灌胃;另外两组予等体积生理盐水。连续灌胃12周后测定胫骨骨密度,采用串联质量标签联合液相色谱-串联质谱法联用技术对大鼠腰椎进行蛋白质组学分析,筛选出差异表达蛋白,并进行基因本体、京都基因和基因组百科全书通路及蛋白相互作用网络分析。结果与结论:①筛选出阿仑膦酸钠组与模型组组间上调/下调差异表达蛋白分别为32个/51个;②基因本体富集分析结果显示,差异表达蛋白主要参与结合、催化活性等分子功能以及细胞过程、代谢过程等生物过程;③京都基因和基因组百科全书富集分析结果显示,阿仑膦酸钠组/模型组组间差异表达蛋白功能主要参与泛酸和辅酶A的生物合成过程;④蛋白相互作用分析结果表明,阿仑膦酸钠组/模型组组间共同差异表达蛋白中Hspa1l、Enpp3、Unc45a、Myh9、Cant1位于蛋白互作网络节点并与骨代谢密切相关;⑤结果显示,阿仑膦酸钠可能通过调控差异表达蛋白及泛酸和辅酶A生物合成过程来调节骨质疏松模型大鼠的骨代谢。 展开更多
关键词 阿仑膦酸钠 串联质量标签技术 骨质疏松 蛋白质组学 蛋白互作 差异表达蛋白 骨代谢
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