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基于质谱技术的计算蛋白质组学研究 被引量:16
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作者 孙瑞祥 付岩 +7 位作者 李德泉 张京芬 王晓彪 盛泉虎 曾嵘 陈益强 贺思敏 高文 《中国科学(E辑)》 CSCD 北大核心 2006年第2期222-234,共13页
蛋白质组是继人类基因组计划完成之后又一新兴的生命科学研究对象,蛋白质组学研究细胞或组织内所有表达的蛋白质.生物质谱技术已为蛋白质组学研究产生了大规模的质谱数据;而如何从这些数据中提取和发现有关蛋白质组的重要生物学知识为... 蛋白质组是继人类基因组计划完成之后又一新兴的生命科学研究对象,蛋白质组学研究细胞或组织内所有表达的蛋白质.生物质谱技术已为蛋白质组学研究产生了大规模的质谱数据;而如何从这些数据中提取和发现有关蛋白质组的重要生物学知识为计算蛋白质组学的研究提出了重大需求,如蛋白质鉴定、翻译后修饰、定量分析,以及疾病模式的发现等.本文研究了如何应用计算技术来解决蛋白质组学研究中质谱信息处理的这几个关键问题. 展开更多
关键词 计算蛋白质组学 质谱技术 蛋白质鉴定 算法 生物信息
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基于电子捕获裂解/电子转运裂解串联质谱技术的蛋白质组学研究 被引量:15
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作者 孙瑞祥 董梦秋 +5 位作者 迟浩 杨兵 秀丽蕴 王乐珩 付岩 贺思敏 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第1期94-102,共9页
蛋白质组学的兴起带动了质谱技术的快速发展,而质谱技术的进步则拓宽了蛋白质组学研究问题的广度.最近10年内,肽段或完整蛋白质在质谱仪中的裂解技术——电子捕获裂解(electron capture dissociation,ECD)与电子转运裂解(electron trans... 蛋白质组学的兴起带动了质谱技术的快速发展,而质谱技术的进步则拓宽了蛋白质组学研究问题的广度.最近10年内,肽段或完整蛋白质在质谱仪中的裂解技术——电子捕获裂解(electron capture dissociation,ECD)与电子转运裂解(electron transfer dissociation,ETD)逐渐发展起来.ECD和ETD在蛋白质组学中的应用,特别是在蛋白质的翻译后修饰鉴定和"自顶而下(Top-down)"的完整蛋白质裂解研究中已经展示出了诱人的前景.对ECD和ETD的基本原理、质谱特点、仪器实现、数据解析算法与软件开发,以及在蛋白质组学中的应用进展等方面进行了比较系统全面的阐述,并对当前的研究问题、面临的技术挑战与未来的发展趋势等方面作了深入剖析. 展开更多
关键词 电子捕获裂解 电子转运裂解 碰撞诱导裂解 串联质谱技术 计算蛋白质组学
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串联质谱图谱从头测序算法研究进展 被引量:9
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作者 孙汉昌 张纪阳 +5 位作者 刘辉 张伟 徐长明 马海滨 朱云平 谢红卫 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第12期1278-1288,共11页
近年来,基于质谱技术的高通量蛋白质组学研究发展迅速,利用串联质谱图谱鉴定蛋白质是其数据处理中一个基础而又重要的环节.由于不需要利用蛋白质序列数据库,从头测序方法能够分析新物种或者基因组未测序物种的串联质谱数据,具有数据库... 近年来,基于质谱技术的高通量蛋白质组学研究发展迅速,利用串联质谱图谱鉴定蛋白质是其数据处理中一个基础而又重要的环节.由于不需要利用蛋白质序列数据库,从头测序方法能够分析新物种或者基因组未测序物种的串联质谱数据,具有数据库搜索方法不可替代的优势.简要介绍高通量串联质谱图谱从头测序问题及其研究现状.归纳出几种典型的计算策略并分析了各种策略的优缺点.总结常用的从头测序算法和软件,介绍算法评估的各种指标和常用评估数据集,概括各种算法的特点,展望未来研究可能的发展方向. 展开更多
关键词 肽段 串联质谱 从头测序 算法研究 计算蛋白质组学
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会议信息
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《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1141-1141,1215,1220,1225,1231,共5页
会议名称(中文):第二届中国计算蛋白质组学研讨会会议名称(英文):The Second China Workshop on Computational Proteomics(CNCP-2012)所属学科:生物物理学、生物化学及分子生物学,细胞生物学。
关键词 会议名称 会议信息 中科院计算 计算蛋白质组学 开始日期 结束日期 孙瑞 生物物理 细胞生物 PROTEOMICS
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基于数据非依赖采集的以肽为中心分析算法和软件的研究进展 被引量:2
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作者 张莹莹 舒坤贤 常乘 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期3579-3593,共15页
数据非依赖采集(data-independent acquisition,DIA)是一种高通量、无偏性的质谱数据采集方法,具有定量结果重现性好,对低丰度蛋白质友好的特点,是近年来进行大队列蛋白质组研究的首选方法之一。由于DIA产生的二级谱是混合谱,包含了多... 数据非依赖采集(data-independent acquisition,DIA)是一种高通量、无偏性的质谱数据采集方法,具有定量结果重现性好,对低丰度蛋白质友好的特点,是近年来进行大队列蛋白质组研究的首选方法之一。由于DIA产生的二级谱是混合谱,包含了多个肽段的碎片离子信息,使得蛋白质鉴定和定量更加困难。目前,DIA数据分析方法分为两大类,即以肽为中心和以谱图为中心。其中,以肽为中心的分析方法鉴定更灵敏,定量更准确,已成为DIA数据解析的主流方法。其分析流程包括构建谱图库、提取色谱峰群、特征打分和结果质控4个关键步骤。本文综述了以肽为中心的DIA数据分析流程,介绍了基于此流程的数据分析软件及相关比较评估工作,进一步总结了已有的算法改进工作,最后对未来发展方向进行了展望。 展开更多
关键词 计算蛋白质组学 定量蛋白质 数据非依赖采集 以肽为中心
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