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家蚕浓核病毒BmDNV-3(中国株)VD_1基因组结构与转录分析 被引量：7
1
作者 王永杰 姚勤 +1 位作者 陈克平 韩序 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期707-712,共6页
为了进一步认识家蚕浓核病毒BmDNV-3(中国株)VD1基因组的结构和功能,VD1被分离、纯化、克隆到pUC119载体上,完成了基因组全序列的测定。序列分析显示VD1基因组全长为6543个核苷酸,末端拥有224个核苷酸反向重复序列(ITRs)。VD1基因组正... 为了进一步认识家蚕浓核病毒BmDNV-3(中国株)VD1基因组的结构和功能,VD1被分离、纯化、克隆到pUC119载体上,完成了基因组全序列的测定。序列分析显示VD1基因组全长为6543个核苷酸,末端拥有224个核苷酸反向重复序列(ITRs)。VD1基因组正链含有3个大的开放阅读框(ORF1-3),负链含有1个大的开放阅读框(ORF4)。比较BmDNV-3的VD1和BmDNV-2(Yamanashiisolate)的VD1基因组全序列,两者同源性为98.4%,并且有107个碱基的替代和1个碱基插入,氨基酸突变集中在VD1ORF3和VD1ORF4。Northern杂交结果显示VD1的左边正链上有1.1kb和1.5kb两个转录本,右边的负链上有一个3.3kb转录本。3′和5′-RACE结果显示1.1kb转录本开始于nt290,结束于nt1437;1.5kb转录本开始于nt1423,结束于nt2931;3.3kb转录本开始于nt6287,结束于nt2922。正链上1.5kb转录本和负链上3.3kb转录本拥有10个核苷酸的3′端的共同序列。研究结果显示该病毒基因转录与已报道的其它浓核病毒存在较大的差异性。 展开更多
关键词 家蚕浓核病毒 序列分析 转录分析
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家蚕丝氨酸蛋白酶基因BmSP25转录分析及其免疫响应 被引量：3
2
作者 张永红 朱峰 +2 位作者 唐芬芬 邵榆岚 白兴荣 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期1093-1098,共6页
【目的】分析家蚕丝氨酸蛋白酶(SP)基因序列BmSP25及转录情况,明确其表达规律对防御家蚕核型多角体病毒(BmNPV)入侵的免疫应答机制,为揭示BmSPs在家蚕免疫应答方面的功能作用提供理论依据。【方法】克隆BmSP25基因序列,对该基因编码蛋... 【目的】分析家蚕丝氨酸蛋白酶(SP)基因序列BmSP25及转录情况,明确其表达规律对防御家蚕核型多角体病毒(BmNPV)入侵的免疫应答机制,为揭示BmSPs在家蚕免疫应答方面的功能作用提供理论依据。【方法】克隆BmSP25基因序列,对该基因编码蛋白的氨基酸序列、分子量、结构域等进行生物信息学分析;利用Gene Doc和MEGA5.0对BmSP25氨基酸序列进行多序列比对及系统发育进化树分析,采用半定量RT-PCR对家蚕不同组织和发育时期的BmSP25基因转录情况进行分析,并以实时荧光定量PCR检测BmSP25基因在BmNPV感染家蚕中肠组织中的转录水平。【结果】BmSP25基因的ORF全长885 bp,编码294个氨基酸,其中第1~17位氨基酸为信号肽,去信号肽的分子量为29.1 kD,理论等电点为7.8。BmSP25蛋白由4个α螺旋、15个β折叠和一些无规则卷曲构成;其氨基酸序列同源性比对分析发现,BmSP25(BGIBMGA008514-PA)与蓓带夜蛾SP序列(Gen Bank登录号ADM35105)的同源性最高,为62.1%。BmSP25基因在家蚕中肠组织中特异表达,且在整个幼虫时期呈持续性表达。BmSP25基因在家蚕感染BmNPV后发生明显变化,至感染6 h时呈下调趋势,而在感染3、12和24 h时均呈明显上调表达。【结论】BmSP25在防御BmNPV入侵家蚕的免疫应答过程中发挥重要作用。鉴于昆虫SP具有高度保守的底物特异性位点,因此可利用底物类似物、基因定点突变等方式来预防农林害虫。 展开更多
关键词 家蚕 丝氨酸蛋白酶(SP)基因 表达 BmNPV感染 转录分析
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猪圆环病毒2型SD2分离株ORF3基因转录分析 被引量：2
3
作者 丁鹏 李俊 +3 位作者 于周 程凯慧 吴家强 王金宝 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2009年第8期128-130,共3页
对PCV2 SD2株(DQ478947)进行了序列分析发现,其含有11个开放阅读框,与以往分离株开放阅读框有较大差异。根据GenBank发表的PCV2序列设计特异性引物,扩增ORF3基因,预计扩增片段大小为209 bp。分别在接毒后12、24、364、8 h,用Trizol法自... 对PCV2 SD2株(DQ478947)进行了序列分析发现,其含有11个开放阅读框,与以往分离株开放阅读框有较大差异。根据GenBank发表的PCV2序列设计特异性引物,扩增ORF3基因,预计扩增片段大小为209 bp。分别在接毒后12、24、364、8 h,用Trizol法自病毒细胞裂解液提取总RNA,然后用DNase I处理,除去残留的病毒DNA,利用醋酸纤维素分离mR-NA,用上述引物进行RT-PCR扩增。在接毒24 h后扩增出的目的片段大小与预计扩增片段大小相符合,测序结果表明扩增片段与PCV2 SD2(DQ478947)ORF3基因序列相符。由此证实,PCV2山东分离株ORF3基因可在接毒24 h后于转录水平表达,为ORF3基因的深入研究打下了基础。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 ORF3基因 转录分析
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柞蚕核多角体病毒lef-12基因序列及转录分析(英文)
4
作者 石生林 潘敏慧 +1 位作者 王强 鲁成 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期772-776,共5页
为加强柞蚕核多角体病毒(Anthraea pernyinucleopolyhedrovirus,ApNPV)的分子基础研究,对ApNPVlef-12基因进行序列及转录分析。ApNPVlef-12基因长516个核苷酸,编码171个氨基酸,预测分子质量19.0 kD。Ap-NPVlef-12基因5′端非编码区含有... 为加强柞蚕核多角体病毒(Anthraea pernyinucleopolyhedrovirus,ApNPV)的分子基础研究,对ApNPVlef-12基因进行序列及转录分析。ApNPVlef-12基因长516个核苷酸,编码171个氨基酸,预测分子质量19.0 kD。Ap-NPVlef-12基因5′端非编码区含有杆状病毒晚期基因启动子模序(ATAAG),但终止密码子(TAG)下游没有典型的多聚腺苷酸信号(AATAAA)。PSI-BLAST表明18种鳞翅目NPV编码ApNPV LEF-12同源蛋白;ApNPV LEF-12蛋白与类群ⅠNPVLEF-12的氨基酸一致性高于其与类群ⅡNPVLEF-12的氨基酸一致性。ApNPVLEF-12蛋白及与其关系较近的同源蛋白的有效密码子数较低。转录分析表明,ApNPVlef-12基因属晚期表达基因。 展开更多
关键词 柞蚕 lef-12基因 核多角体病毒 转录分析
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柞蚕核型多角体病毒ptp-1、ptp-2基因序列比较及转录分析(英文)
5
作者 石生林 潘敏慧 鲁成 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期307-310,共4页
柞蚕核型多角体病毒(Antheraea pernyinucleopoly hedrovirus,ApNPV)是柞蚕脓病病原,有关ApNPV的分子生物学研究可为病害综合防治提供理论依据。对ApNPVptp-1、ptp-2基因序列特性进行计算机辅助分析,并就其转录特性进行RT-PCR分析。结... 柞蚕核型多角体病毒(Antheraea pernyinucleopoly hedrovirus,ApNPV)是柞蚕脓病病原,有关ApNPV的分子生物学研究可为病害综合防治提供理论依据。对ApNPVptp-1、ptp-2基因序列特性进行计算机辅助分析,并就其转录特性进行RT-PCR分析。结果表明:ApNPVptp-1、ptp-2基因均具有早期基因序列特性,但在柞蚕蛹体内这2个基因分别于感染后72、96 h开始转录,属于杆状病毒晚期基因家族。只有部分鳞翅目杆状病毒编码ptp-1、ptp-2基因同源区,非鳞翅目杆状病毒不编码ptp-1、ptp-2基因同源区,而ApNPV为鳞翅目杆状病毒,同时编码ptp-1、ptp-2基因同源区。PTP-1、PTP-2蛋白氨基酸序列中均含有双特异性蛋白磷酸酶(DSPc)结构域和酪氨酸特异性蛋白磷酸酶结构域,但在杆状病毒生命周期中,这2个蛋白是否具有相同的功能尚不清楚。 展开更多
关键词 柞蚕 核型多角体病毒 ptp基因 转录分析
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家蚕δ-鸟氨酸转氨酶基因Bmoat转录分析及对免疫的响应
6
作者 张永红 朱峰 +2 位作者 唐芬芬 邵榆岚 白兴荣 《江苏农业科学》 2018年第17期178-182,共5页
分析家蚕δ-鸟氨酸转氨酶基因Bmoat序列信息,明确其组织转录规律,结合家蚕感染BmNPV对其表达的影响,初步探索该基因功能。克隆家蚕δ-鸟氨酸转氨酶基因Bmoat ORF序列,对该基因编码区的氨基酸序列、分子量、结构域等进行生物信息学分析;... 分析家蚕δ-鸟氨酸转氨酶基因Bmoat序列信息,明确其组织转录规律,结合家蚕感染BmNPV对其表达的影响,初步探索该基因功能。克隆家蚕δ-鸟氨酸转氨酶基因Bmoat ORF序列,对该基因编码区的氨基酸序列、分子量、结构域等进行生物信息学分析;利用Gene Doc与MEGA 5.0软件对Bm OAT与其他物种δ-鸟氨酸转氨酶进行多序列比对和系统进化分析;利用半定量RT-PCR对其组织和时期转录情况进行分析;实时荧光定量PCR检测家蚕添食BmNPV后Bmoat的表达情况。Bmoat编码407个氨基酸,属非分泌型蛋白,预测分子量为44.7 ku,等电点为6.36。氨基酸序列同源性比较发现,Bm OAT与棉铃虫转氨酶同源性最高,为84.3%。组织和时期转录特征分析表明,该基因在家蚕幼虫的各个组织均表达,且在家蚕整个幼虫时期持续性表达。Bmoat在家蚕感染BmNPV 3 h表达量基因明显上调,而在12、24 h呈现下调,表明Bmoat的表达受到BmNPV感染的诱导。家蚕δ-鸟氨酸转氨酶Bmoat在家蚕感染BmNPV后发生响应,推测该基因参与家蚕免疫应答,进而形成一定的机体能量补偿机制。 展开更多
关键词 家蚕 鸟氨酸氨基转移酶(Bmoat)基因 表达 BmNPV感染 转录分析
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猪圆环病毒2型体外刺激猪髋动脉血管内皮细胞的炎症相关细胞因子mRNA转录分析
7
作者 汪伟 胡屹屹 +4 位作者 何孔旺 温立斌 倪艳秀 王小敏 刘传敏 《江苏农业科学》 北大核心 2017年第21期32-34,共3页
通过PCV2病毒感染猪髋动脉血管内皮细胞(PIEC)后炎症相关细胞因子mRNA转录水平变化,探讨PCV2感染诱导炎症产生的免疫机制。将PCV2病毒体外接种PIEC,感染不同时间后,收集样品,荧光定量PCR方法检测细胞因子IL-1β、IL-8及IL-18 mRNA转录... 通过PCV2病毒感染猪髋动脉血管内皮细胞(PIEC)后炎症相关细胞因子mRNA转录水平变化,探讨PCV2感染诱导炎症产生的免疫机制。将PCV2病毒体外接种PIEC,感染不同时间后,收集样品,荧光定量PCR方法检测细胞因子IL-1β、IL-8及IL-18 mRNA转录水平的变化。结果显示,PCV2感染PIEC后,对促炎症细胞因子IL-1β、IL-18及趋化因子IL-8主要起上调表达作用。由此推测细胞因子在体内的综合效应会导致PCV2感染早期机体产生过度炎症反应,并趋化中性粒细胞,引发机体免疫抑制,影响机体特异性免疫应答的正常运转,为PCVD的发病创造条件。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 猪髋动脉血管内皮细胞 炎症相关细胞因子 荧光定量PCR mRNA转录分析 免疫机制 促炎症细胞因子
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鼠疫菌PH6抗原基因的转录分析
8
作者 白瑛 《预防医学情报杂志》 CAS 1996年第2期98-100,共3页
鼠疫菌ＰＨ６抗原基因的转录分析白瑛译董兴齐校鼠疫菌是引起啮齿类及人类鼠疫的病原，其几种毒力因子已得到证实，这些毒力决定子的一个共同特征是它们对环境信号的应答。毒力决定子之──ＰＨ６杭原（ＰｓａＡ），Ｂｎｅ－Ｅｆｔａｉ... 鼠疫菌ＰＨ６抗原基因的转录分析白瑛译董兴齐校鼠疫菌是引起啮齿类及人类鼠疫的病原，其几种毒力因子已得到证实，这些毒力决定子的一个共同特征是它们对环境信号的应答。毒力决定子之──ＰＨ６杭原（ＰｓａＡ），Ｂｎｅ－Ｅｆｔａｉｍ及其同事于１９６１年首次对其特征... 展开更多
关键词 鼠疫苗 PH6抗原基因 转录分析
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衣藻的核基因组转化及外源基因转录分析 被引量：4
9
作者 王双辉 刘芮均 兰利琼 《四川大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期695-699,共5页
通过珠磨法将衣藻表达载体pSP108转入到莱茵衣藻细胞壁缺陷型CC-400藻株中,经抗性筛选及PCR鉴定,获得了24个转化藻株.在抗性基因ble编码序列的中间部位和末端部位分别设计两对不同的探针引物,运用实时荧光定量PCR对转基因藻株进行外源... 通过珠磨法将衣藻表达载体pSP108转入到莱茵衣藻细胞壁缺陷型CC-400藻株中,经抗性筛选及PCR鉴定,获得了24个转化藻株.在抗性基因ble编码序列的中间部位和末端部位分别设计两对不同的探针引物,运用实时荧光定量PCR对转基因藻株进行外源基因转录水平的分析.结果发现:不同转化藻株外源基因的转录水平有明显差异;同一转化藻株两对探针引物,外源基因的转录水平也存在差异.说明莱茵衣藻在转化过程中,外源基因整合到基因组上的片段数量及片段长度和完整性具有不确定性. 展开更多
关键词 莱茵衣藻 珠磨法 外源基因ble 转录分析
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棉铃虫核多角体病毒p10基因的序列及转录分析 被引量：7
10
作者 王华林 陈新文 +1 位作者 Vlak.J.M 胡志红 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第1期81-86,共6页
为了利用棉铃虫核多角体病毒 (HaSNPV) p10基因的启动子构建重组病毒杀虫剂及表达系统 ,应用末端测序法和引物步移法测定了 p10基因的序列 ,并应用Northern杂交和引物延伸实验对该基因进行了深入的转录特性分析。HaSNPV p10基因被定位... 为了利用棉铃虫核多角体病毒 (HaSNPV) p10基因的启动子构建重组病毒杀虫剂及表达系统 ,应用末端测序法和引物步移法测定了 p10基因的序列 ,并应用Northern杂交和引物延伸实验对该基因进行了深入的转录特性分析。HaSNPV p10基因被定位于基因组DNA的 115 4kb～ 115 6kb处 ,转录方向与多角体基因相反 ,在其上下游分别发现了 p2 6和 p74基因。转录分析结果确定了 p10基因是个极晚期基因 ,其转录从杆状病毒晚期转录保守序列GTAAG的第二个A开始 ,转录产物大小约为 430nt。HaSNPVp10基因最早可检测到的转录是在病毒感染后的 2 0h ,随后其转录产物量迅速放大 ,到感染后 72h达到非常高的水平。转录时相分析同时还检测到一个大小为130 0nt的产物 ,推测该产物为 p2 6和 p10通读的转录产物。对HaSNPVP10蛋白序列的分析表明 ,该蛋白第 6～44位及第 5 1～ 6 5位氨基酸序列处含多个典型的卷曲螺旋七聚体重复结构 ,两片段间相隔 6个氨基酸残基 ,在该蛋白序列的第 2 0～ 34位与第 5 1～ 6 5位存在L -X(2 ) -L -X(10 ) -L的亮氨酸重复。Helicalnet分析表明 ,HaSNPVP10的疏水氨式酸分布为两个集簇区 ,两者互为 180度转角。 展开更多
关键词 中国 棉铃虫 核多角体病毒 p10 转录时相分析 引物延伸实验
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猕猴桃BBX基因家族成员鉴定与转录特征分析
11
作者 路喻丹 刘晓驰 +2 位作者 冯新 陈桂信 陈义挺 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期172-182,共11页
【目的】BBX(B-Box)作为锌指转录因子亚家族之一,广泛参与植物的生长发育过程。本研究旨在揭示猕猴桃BBX家族的基因特征和潜在功能。【方法】从全基因组水平对猕猴桃BBX基因家族进行鉴定,分析其蛋白质理化性质、亚细胞定位、系统发育特... 【目的】BBX(B-Box)作为锌指转录因子亚家族之一,广泛参与植物的生长发育过程。本研究旨在揭示猕猴桃BBX家族的基因特征和潜在功能。【方法】从全基因组水平对猕猴桃BBX基因家族进行鉴定,分析其蛋白质理化性质、亚细胞定位、系统发育特征、蛋白质保守结构域以及同源特性等,同时研究它们在不同组织部位和果实贮藏过程的表达模式。【结果】48个AcBBX不均匀地分布于22条染色体上,编码的氨基酸长度126-515 aa,蛋白分子量14172.09-57905.84 Da,预测有4种亚细胞定位;家族成员有0-4个内含子;启动子含有光反应、植物激素调控、逆境胁迫调控、生长发育调控等多种顺式作用元件。结合进化树及保守结构域被聚为5个组,基因串联重复和片段复制是家族成员扩张的主要原因。AcBBXs在猕猴桃不同器官中的表达量有差异,7个成员在成熟果中表达量较其他部位高,3个成员在幼果中表达较高,7个成员在叶中表达量较高,3个成员在花中表达量较高;果实采后贮藏过程中,3个成员受果实外源激素调控影响表达上调且高于其他处理组,6个成员在果实室温贮藏一周后表达上调且高于其他处理组。在果实4℃低温贮藏过程中,10个成员的表达随时间增加而上调,5个成员的表达随时间增加而下调。【结论】揭示了BBX家族不同成员在猕猴桃生长发育和果实采后贮藏期间的转录特征,为后续猕猴桃BBX基因功能验证奠定基础。 展开更多
关键词 猕猴桃 BBX转录因子 全基因组鉴定 不同组织部位 果实贮藏 转录分析
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苏丹草和高丹草转录组测序及其差异基因表达分析
12
作者 洪森荣 刘佳凝 +4 位作者 袁昕 曾芷仪 木也赛尔·吐鲁洪 杨开泰 谢欣 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期714-725,共12页
为了初步探明苏丹草[Sorghum sudanense(Piper) Stapf.]和高丹草[Sorghum bicolor(Linn.) Moench.×Sorghum sudanense(Piper) Stapf.]相关差异基因的表达,本研究对两者进行转录组测序,并对分蘖调控以及粗蛋白和木质素合成关联基因... 为了初步探明苏丹草[Sorghum sudanense(Piper) Stapf.]和高丹草[Sorghum bicolor(Linn.) Moench.×Sorghum sudanense(Piper) Stapf.]相关差异基因的表达,本研究对两者进行转录组测序,并对分蘖调控以及粗蛋白和木质素合成关联基因的差异表达进行分析。结果表明:与苏丹草相比,高丹草的单株分蘖数显著降低,粗蛋白、木质素和独角金内酯含量以及果糖激酶、苯丙氨酸解氨酶、多酚氧化酶、反肉桂酸4-单加氧酶活性显著提高,己糖激酶-3(HXK3)、果糖激酶2(FRK2)、天冬氨酸转氨酶(ASPAT)、S-腺苷甲硫氨酸合成酶1(SAMS1)、多酚氧化酶II(PPOII)、双功能天冬氨酸激酶/高丝氨酸脱氢酶2(AKI/DHI2)、苯丙氨酸解氨酶(PAL)、反-肉桂酸4-单加氧酶(C4H)基因表达上调,独角金内酯酯酶D14(SLsE D14)基因表达下调。本研究为苏丹草和高丹草相关功能基因的克隆、分子标记开发等工作奠定了基础。 展开更多
关键词 苏丹草 高丹草 转录组分析 分蘖调控 粗蛋白合成 木质素合成
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转录组结合区域关联分析挖掘油菜含油量积累的候选基因
13
作者 曹松 姚敏 +8 位作者 任睿 贾元 向星汝 李文 何昕 刘忠松 官春云 钱论文 熊兴华 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1136-1146,共11页
油菜(Brassica napus L.)是中国食用植物油的主要来源,提高种子含油量是增加菜籽油供应最为有效的方法。本研究利用4个油菜自交系授粉后25 d、35 d、45 d的种子转录组数据分析,筛选出43个与油脂合成相关基因,其中33个基因持续上调表达,1... 油菜(Brassica napus L.)是中国食用植物油的主要来源,提高种子含油量是增加菜籽油供应最为有效的方法。本研究利用4个油菜自交系授粉后25 d、35 d、45 d的种子转录组数据分析,筛选出43个与油脂合成相关基因,其中33个基因持续上调表达,10个基因持续下调表达,主要基因包括BnLEC1、BnABI5、BnOLEO4和BnOBAP1a等。同时,结合50份半冬性甘蓝型油菜重测序数据,检测到与含油量显著相关3个SNP、9个SNP分别定位到BnOBAP1a-A10和BnABI5-A05,其中BnOBAP1a-A10_Hap1对应材料含油量显著高于Hap2,BnABI5-A05_Hap1对应材料含油量显著高于Hap3。此外,利用WGCNA构建基因共表达网络发现,BnOBAP1a与BnABI5通过3个转录因子LEC1、HMGB3、HTA11间接相连,形成了潜在调控的分子网络,影响种子油脂积累。这些结果有利于我们开发单体型功能标记进一步提高油菜籽含油量。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 含油量 转录组分析 共表达分析 区域关联分析
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鸡胚免疫新城疫疫苗后宿主法氏囊转录组学分析
14
作者 蒋立人 冯贺龙 +9 位作者 姜鑫瑞 王梓晨 张高峰 商雨 曾哲 姚伦 汪宏才 罗青平 田光明 温国元 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1632-1641,共10页
【目的】通过转录组学分析鸡胚免疫新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)TS09-C株后宿主法氏囊内免疫关键基因及信号通路分子转录差异,探究免疫后宿主法氏囊内免疫相关分子的调控反应。【方法】将60只18胚龄SPF鸡胚随机分为免疫组... 【目的】通过转录组学分析鸡胚免疫新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)TS09-C株后宿主法氏囊内免疫关键基因及信号通路分子转录差异,探究免疫后宿主法氏囊内免疫相关分子的调控反应。【方法】将60只18胚龄SPF鸡胚随机分为免疫组和对照组,30枚/组,免疫组将NDV TS09-C株通过羊膜腔接种鸡胚,剂量为103.0 EID 50/枚,注射体积为0.1 mL,对照组以同样的方法接种等体积PBS。检测免疫后不同时间点肺脏、胸腺、脾脏和法氏囊组织的病毒载量。选取病毒载量最高的法氏囊组织进行转录组学测序后,筛选免疫相关差异表达基因并分析其参与的主要功能及通路。【结果】免疫后1 d法氏囊组织中即可监测到病毒,免疫后3 d病毒载量达到最高。将免疫后3 d的法氏囊进行转录组学分析,与对照组相比,免疫组有453个基因上调、98个基因下调,其中免疫相关基因有36个上调、10个下调。免疫相关差异表达基因主要富集于自噬和细胞因子-细胞因子受体相互作用的免疫相关通路。差异表达基因蛋白互作分析显示,自噬通路中富集的BCL2与其他免疫相关基因有较多互作关系,且在B细胞活化、分化、免疫系统发育等功能注释中均有参与。【结论】本研究结果揭示了鸡胚免疫NDV TS09-C株后法氏囊内调控B细胞活化、分化的潜在靶向基因及通路,为进一步研究该毒株鸡胚免疫后B淋巴细胞调控的分子机制提供新的信息。 展开更多
关键词 新城疫病毒(NDV) TS09-C株 鸡胚免疫 法氏囊 转录组分析
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玉米木质素合成途径基因ZmCCoAOMT1功能研究及转录组分析
15
作者 徐佳睿 王逸茹 +2 位作者 赵绍赓 李坤 郑军 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期30-43,共14页
青贮玉米是一种优良的饲料作物,是畜牧业的优质粗饲料来源。咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶(caffeoyl-CoA-O-methyltransferase,CCoAOMT)是木质素合成途径中的关键甲基转移酶。从玉米自交系B73的EMS突变体库获得了ZmCCoAOMT1基因的单碱基突变... 青贮玉米是一种优良的饲料作物,是畜牧业的优质粗饲料来源。咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶(caffeoyl-CoA-O-methyltransferase,CCoAOMT)是木质素合成途径中的关键甲基转移酶。从玉米自交系B73的EMS突变体库获得了ZmCCoAOMT1基因的单碱基突变体,通过表型分析、生理生化分析、基因表达分析验证了ZmCCoAOMT1的功能。研究发现,ZmCCoAOMT1突变造成茎秆木质化程度降低、木质素含量显著减少、G型木质素(guaiacyl lignin)和S型木质素(syringa lignin)含量下降、体外干物质消化率提高。此外,突变体茎秆中ZmCCoAOMT1的表达量也显著低于野生型。转录组分析表明,ZmCCoAOMT1基因的突变可能调控苯丙烷代谢途径中相关基因的表达,进而引起木质素含量和单体组成发生变化。因此,ZmCCoAOMT1基因是培育高消化率优质青贮玉米品种的重要基因资源,研究结果为木质素合成代谢途径遗传机理研究提供了重要理论依据。 展开更多
关键词 青贮玉米 木质素 转录组分析 ZmCCoAOMT1
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绿豆窄叶突变体vrnl9基因的精细定位与转录组分析
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作者 叶卫军 吴泽江 +3 位作者 田东丰 张阴 张玲玲 周斌 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第2期203-212,共10页
叶片是绿豆最重要的光合作用场所,其形态结构影响光合作用、群体结构和产量。筛选和鉴定绿豆叶形突变体材料,为探究叶片发育的分子调控机理和叶形遗传改良奠定基础。在皖科绿3号EMS(Ethyl methyl sulphonate)诱变突变体库中鉴定出1个窄... 叶片是绿豆最重要的光合作用场所,其形态结构影响光合作用、群体结构和产量。筛选和鉴定绿豆叶形突变体材料,为探究叶片发育的分子调控机理和叶形遗传改良奠定基础。在皖科绿3号EMS(Ethyl methyl sulphonate)诱变突变体库中鉴定出1个窄叶突变体vrnl9,并对该突变体进行表型鉴定、基因定位和转录组分析。表型分析发现,窄叶突变体vrnl9叶片宽较野生型皖科绿3号显著减小,叶面积和叶柄长也显著缩减;突变体主茎退化,生育期延长10 d。在突变位点的定位中,本研究利用苏绿16-10与突变体vrnl9杂交构建的F2群体进行遗传分析和基因精细定位。结果表明,窄叶突变体vrnl9的窄叶表型受单个隐性核基因控制(χ^(2)=1.40)。BSA测序分析将突变位点定位在第9染色体上0~3.1 Mb的区间内,结合图位克隆的方法,本研究将窄叶基因vrnl9定位在标记NL-15和NL-28之间354.6 kb的区间内。转录组学分析发现,与野生型皖科绿3号相比,突变体vrnl9中有182个基因的表达量发生显著改变,其中86个上调、96个下调。KEGG分析结果表明,差异表达基因显著富集在植物激素信号传导、萜类骨架的生物合成、玉米素的生物合成等代谢通路。这些研究结果为克隆窄叶基因vrnl9和解析绿豆叶片生长发育的分子调控机理提供理论依据。 展开更多
关键词 绿豆 窄叶 vrnl9基因 基因定位 转录组分析
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化学杀雄剂CH1诱导的小麦雄性不育花药转录组学及相关基因表达的分析
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作者 吴倩 郭皓昱 +4 位作者 席甜甜 李煜 杨建光 马守才 王军卫 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期289-298,共10页
为了揭示化学杀雄剂CH1诱导雄性不育的作用机理,以小麦品种普冰151为试验材料,利用测序技术对化杀不育系(FHS)和正常可育系(FZC,对照)的花药RNA进行转录组学分析,筛选差异表达基因,并进行GO、KEGG富集分析及实时荧光定量PCR分析。结果表... 为了揭示化学杀雄剂CH1诱导雄性不育的作用机理,以小麦品种普冰151为试验材料,利用测序技术对化杀不育系(FHS)和正常可育系(FZC,对照)的花药RNA进行转录组学分析,筛选差异表达基因,并进行GO、KEGG富集分析及实时荧光定量PCR分析。结果表明,FHS和FZC之间筛选出差异表达基因共3 895个,其中上调表达基因1 334个,下调表达基因2 561个,主要富集在碳水化合物代谢、多糖代谢、外部结构组织、细胞壁组织等;经KEGG分析,差异基因主要集中在戊糖和葡萄糖醛酸转化、淀粉和蔗糖代谢利用等通路中。利用实时定量PCR技术对转录组数据中所筛选出的5个表达差异较大的基因进行验证,在花药发育的单核期,处理与对照相比,这5个基因表现出不同的上下调趋势;而在二核期和三核期,这5个基因都表现出明显的下调趋势,推测这5个基因的下调表达有可能与化杀不育系花粉的败育有关。 展开更多
关键词 化学杀雄剂 转录组分析 GO富集 KEGG富集 荧光定量PCR
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贝莱斯芽孢杆菌F85拮抗烟草炭疽菌的转录组学分析
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作者 刘涵斐 李锡宏 +4 位作者 徐婷婷 许汝冰 郑露 黄俊斌 黎妍妍 《中国烟草学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期72-82,共11页
【目的】为探索烟草炭疽菌响应贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)F85拮抗的分子机制。【方法】以引起烟草炭疽病的Colletotrichum fructicola为研究对象,设置经F85无菌发酵液处理后的C. fructicola菌株(T)和正常生长的C. fructicola... 【目的】为探索烟草炭疽菌响应贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)F85拮抗的分子机制。【方法】以引起烟草炭疽病的Colletotrichum fructicola为研究对象,设置经F85无菌发酵液处理后的C. fructicola菌株(T)和正常生长的C. fructicola菌株(CK),利用转录组测序探究贝莱斯芽孢杆菌拮抗条件下烟草炭疽菌菌丝的差异表达基因(Differential Expressed Genes, DEGs)和代谢通路富集情况。【结果】B. velezensis无菌发酵液处理的C. fructicola菌株(T)与对照(CK)相比,共有2870个DEGs,其中1524个基因上调表达,1346个基因下调表达。KEGG富集分析结果表明,DEGs主要富集在苯丙氨酸代谢(Phenylalanine metabolism)、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解(Valine, leucine and isoleucine degradation)等通路上,编码过氧化物酶体(KatGs)、醛脱氢酶(ALDH)、甲基丙二酸半醛脱氢酶(MoMsdh)等的基因显著下调表达。【结论】在贝莱斯芽孢杆菌F85拮抗下,烟草炭疽菌菌丝转录组特征发生显著变化,F85主要影响C. fructicola菌丝过氧化物酶体调控以及菌丝能量形成过程等。 展开更多
关键词 贝莱斯芽孢杆菌 烟草炭疽菌 转录组分析 生物防治
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服用非那雄胺的前列腺增生患者前列腺转录组景观特征分析
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作者 周朗 刘可 +4 位作者 陆敏 毕海 霍霄 马潞林 刘承 《现代泌尿外科杂志》 CAS 2024年第2期101-107,153,共8页
目的通过转录组分析从基因表达方面探讨非那雄胺对良性前列腺增生(BPH)患者的影响。方法收集2020年10月—2021年10月于北京大学第三医院接受前列腺电切术的患者,根据患者术前是否长期(>6个月)服用非那雄胺分为用药组和非用药组,两组... 目的通过转录组分析从基因表达方面探讨非那雄胺对良性前列腺增生(BPH)患者的影响。方法收集2020年10月—2021年10月于北京大学第三医院接受前列腺电切术的患者,根据患者术前是否长期(>6个月)服用非那雄胺分为用药组和非用药组,两组各8例。对两组患者的前列腺组织标本进行转录组测序分析,定量聚合酶链式反应(qPCR)及免疫组化分析验证其结果。结果用药组与非用药组相比,上调基因857个,下调基因806个。通路富集分析显示,非那雄胺导致焦点粘附通路中血管内皮生长因子D型(VEGFD)表达下调;组间网络分析提示钙信号通路为整个过程的关键通路;进一步对其进行基因集富集分析(GSEA)发现分化簇38(CD38)基因表达上调。qPCR及免疫组化验证支持上述转录组结果,同时发现雄激素受体表达升高。结论非那雄胺通过下调焦点粘附通路中VEGFD的表达减少前列腺微血管生成,进而降低BPH手术出血的风险,长期服用非那雄胺导致钙信号通路中CD38表达上调,可能与非那雄胺抵抗有关。 展开更多
关键词 良性前列腺增生 非那雄胺 转录组分析 血管内皮生长因子D型 分化簇38 雄激素受体
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基于转录组学分析自然感染绵羊肺腺瘤病毒患羊肺肿瘤组织中转录差异基因及病毒致瘤机制的研究
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作者 段续接 杨惠 +4 位作者 孙志伟 杜晓悦 张培 梁浚哲 刘淑英 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期185-194,共10页
绵羊肺腺瘤病(OPA)是由绵羊肺腺瘤病毒(JSRV)引起的绵羊传染性肺肿瘤疾病。为探究JSRV对绵羊肺脏的致瘤机制,本研究从自然感染JSRV的羊(OPA患羊)肺肿瘤组织和健康羊肺组织中提取总RNA,构建二者的cDNA文库后采用Illumina Hi Seq 4000高... 绵羊肺腺瘤病(OPA)是由绵羊肺腺瘤病毒(JSRV)引起的绵羊传染性肺肿瘤疾病。为探究JSRV对绵羊肺脏的致瘤机制,本研究从自然感染JSRV的羊(OPA患羊)肺肿瘤组织和健康羊肺组织中提取总RNA,构建二者的cDNA文库后采用Illumina Hi Seq 4000高通量测序平台进行转录组学测序(RNA-Seq),采用DESeqR筛选健康绵羊与患病绵羊肺组织中的转录差异基因,并以P<0.05和log2(Fold change)≥1筛选转录显著差异基因。通过GO和KEGG数据库对转录显著差异基因进行GO功能和KEGG信号通路的富集分析,并采用RT-qPCR对随机选择的10个转录显著差异基因进行验证。结果显示,与对照组相比,OPA羊肺肿瘤组织中共筛选到1 360个转录上调基因和783个转录下调基因,其中154个转录显著上调基因,212个转录显著下调基因。GO功能分析显示,转录显著差异基因显著富集在178个GO条目中,包括114个生物过程(BP)、19个细胞成分(CC)和45个分子功能(MF),主要涉及生长因子活性、复制后修复、NAD^(+)二磷酸酶活性、核苷代谢过程和鸟苷核苷酸交换因子活性等生物学功能。KEGG分析显示转录显著差异基因主要富集在细胞增殖、分化和肿瘤生成,如PI3K/Akt、MAPK和Hippo等信号通路。RT-qPCR结果显示,10个转录显著差异基因与RNA-Seq筛选结果均一致。本研究进一步通过RT-qPCR、western blot检测Hippo信号通路核心蛋白哺乳动物STE20样蛋白激酶1/2 (MST1/2)、大肿瘤抑制因子1/2 (LATS1/2)、YES相关蛋白1/2 (YAP1)在两组绵羊肺组织样品中的转录及表达水平和YAP1的磷酸化水平(p-YAP1);采用免疫组化试验(IHC)检测Hippo信号通路中上述核心蛋白在两组绵羊肺组织中的表达及定位。RT-qPCR结果显示,与对照组相比,OPA羊肺组织中MST1和YAP1 mRNA的转录水平均极显著上调(P<0.01、P<0.001),LATS1 mRNA的转录水平显著上调(P<0.05)。Western blot结果显示,MST1/2蛋白在59 ku、YAP1和p-YAP1蛋白在65 ku、LATS1/2蛋白在140 ku处分别出现特异性条带;与对照组相比,OPA绵羊肺肿瘤组织中MST1/2和p-YAP1的表达水平显著上调(P<0.05),LATS1/2和YAP1的表达水平极显著上调(P<0.01)。IHC结果显示,在OPA组和对照组羊肺组织中MST1/2、LATS1/2及p-YAP1均定位于肺组织细胞质中,且与对照组相比,OPA组羊肺组织中上述分子均呈强阳性表达。YAP1主要定位于对照组羊肺组织细胞的胞质中,而在OPA组中YAP1主要定位于细胞核中(少量定位于细胞质中)。上述结果表明,OPA组绵羊肺组织中存在转录显著差异基因,主要参与细胞增殖、肿瘤发生和转移等过程,且主要富集在PI3K/Akt、MAPK、Hippo等信号通路,尤其是Hippo信号通路中的YAP蛋白可能通过核异位促进肿瘤的发生与发展。本研究为JSRV致瘤机制提供了新的研究基础与研究思路和方向。 展开更多
关键词 绵羊肺腺瘤病 绵羊肺腺瘤病毒 转录组学分析 Hippo信号通路
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