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冷却滩羊肉的转录组学分析
1
作者 陈雪妍 杨波 +4 位作者 罗瑞明 张倩 王金霞 李荣 胡丽筠 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第1期50-57,共8页
为揭示动物宰后机体糖酵解影响肉质性状差异的分子机理,推进冷却滩羊肉品质变化预报技术研发及加工贮运技术改进,本实验选用盐池滩羊后腿肉为实验对象,采用高通量测序技术分别对贮藏0、4、8d的冷却滩羊肉的转录组进行测序和分析。结果表... 为揭示动物宰后机体糖酵解影响肉质性状差异的分子机理,推进冷却滩羊肉品质变化预报技术研发及加工贮运技术改进,本实验选用盐池滩羊后腿肉为实验对象,采用高通量测序技术分别对贮藏0、4、8d的冷却滩羊肉的转录组进行测序和分析。结果表明:差异表达基因(differential expression genes,DEGs)主要富集于细胞酰胺代谢、ATP代谢、骨骼肌收缩和核糖体中,参与糖酵解、核糖体和p53信号通路代谢,这些DEGs构成了肌肉细胞功能的关键部分。磷酸果糖激酶基因PFKM、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因GAPDH、磷酸甘油酸变位酶2基因PGAM2、烯醇化酶3基因ENO3和丙酮酸激酶M1/2基因PKM等为滩羊肉糖酵解代谢的核心基因,主要通过影响肌纤维结构、结构蛋白的降解程度、糖酵解酶活性、ATP的产生和复合物活性等改变肉品质。 展开更多
关键词 转录组学 糖酵解 滩羊肉 品质
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基于转录组学分析PI3K/AKT通路对冷却滩羊肉贮藏期间肌肉代谢稳态的影响
2
作者 张倩 杨波 +6 位作者 罗瑞明 胡晓磊 毕永昭 陈雪妍 王金霞 李荣 胡丽筠 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第3期16-24,共9页
为揭示磷脂酰肌醇3-激酶(phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,AKT)信号通路在冷却滩羊肉贮藏期间代谢调控中的作用,采用高通量测序技术研究冷却滩羊肉经PI3K抑制剂LY294002注射处理后分别在贮藏期为0、4、... 为揭示磷脂酰肌醇3-激酶(phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,AKT)信号通路在冷却滩羊肉贮藏期间代谢调控中的作用,采用高通量测序技术研究冷却滩羊肉经PI3K抑制剂LY294002注射处理后分别在贮藏期为0、4、8 d时转录组的变化。在对照组和LY294002处理组之间,0、4、8 d时被鉴定为显著差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)数分别为474、96、13。功能富集分析表明,DEGs主要与代谢稳态有关,如氨基酸的生物合成、糖酵解/糖异生、甘油脂类代谢过程。此外,组织切片分析显示,与对照组相比,LY294002组肌纤维间距增加,肌纤维直径显著减小,表明肌肉发生萎缩。结果表明,PI3K/AKT信号通路在维持滩羊肉贮藏过程中代谢平衡方面起着至关重要的作用,反过来又确保了肌肉的正常生长。研究为进一步阐明冷却滩羊肉贮藏中PI3K/AKT信号代谢稳态的分子机制提供了方向。 展开更多
关键词 转录组学 PI3K/AKT通路 滩羊肉 代谢
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心肌梗死后心肌纤维化小鼠心肌线粒体功能和能量代谢重塑相关性的转录组学分析
3
作者 王梓凝 杨明 +3 位作者 李双磊 迟海涛 王军惠 肖苍松 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期666-674,共9页
目的探究心肌梗死小鼠心肌纤维化过程中线粒体呼吸功能的变化,阐述其与糖酵解通量增加的相关性。方法选取40只C57BL/6N小鼠,随机分为实验组(心肌梗死组)和对照组(假手术组),20只/组。实验组采用结扎冠状动脉左前降支的方法构建小鼠心肌... 目的探究心肌梗死小鼠心肌纤维化过程中线粒体呼吸功能的变化,阐述其与糖酵解通量增加的相关性。方法选取40只C57BL/6N小鼠,随机分为实验组(心肌梗死组)和对照组(假手术组),20只/组。实验组采用结扎冠状动脉左前降支的方法构建小鼠心肌梗死模型,对照组除不对左前降支进行结扎外,其他操作均与实验组相同。选取心肌梗死后28d和假手术组小鼠各5只进行安乐死取材,取左心室组织样本进行转录组学测序,采用FPKM法计算基因表达量,寻找差异表达基因。并通过GO和KEGG数据库对差异基因进行富集分析,寻找影响疾病进程的相关通路。通过绘制热图,展示富集分析中显示的通路和相关基因的表达差异,并对体外培养的小鼠原代CFs通过促纤维化激动剂TGF-β1或溶剂对照干预,通过Seahorse实验检测其线粒体呼吸和糖酵解水平。结果通过心脏大体图和心脏超声验证心梗模型构建成功,心肌梗死组舒张期左心室内径增加(P<0.05),收缩期左心室内径增加更为显著(P<0.001),左心室射血分数明显下降,差异有统计学意义(P<0.0001)。与假手术组相比,心肌梗死组上调基因124个,下调基因106个。GO和KEGG富集分析显示差异表达基因显著富集在脂肪酸代谢、细胞器等代谢通路和线粒体中。基因表达热图显示脂肪酸β氧化和线粒体功能障碍,相反糖酵解水平增加。Seahorse实验中,与溶剂对照组(Vehicle组)相比,TGF-β1干预组心肌成纤维细胞基础和最大呼吸水平明显降低,基础和最大糖酵解水平升高,差异均有统计学意义(P<0.0001)。结论在心肌纤维化过程中,心肌成纤维细胞能量代谢重塑,线粒体功能下降,相反更倾向于通过糖酵解产生能量。 展开更多
关键词 转录组学 心肌梗死 心肌纤维化 线粒体 糖酵解 心肌成纤维细胞
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基于转录组学分析酿酒酵母PY01高密度培养的氧化胁迫应答机制
4
作者 沈东旭 翁佩芳 +2 位作者 吴祖芳 刘亚楠 燕囯梁 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第3期27-35,共9页
为探究酿酒酵母PY01高密度培养过程中响应氧化胁迫的机制,对酿酒酵母PY01氧化处理(6 mmol/L H_(2)O_(2))2 h后进行转录组学分析。结果表明:共鉴定出393个差异表达基因(DEGs);基于GO注释与KEGG富集分析,已鉴定的DEGs参与了代谢(如氨基酸... 为探究酿酒酵母PY01高密度培养过程中响应氧化胁迫的机制,对酿酒酵母PY01氧化处理(6 mmol/L H_(2)O_(2))2 h后进行转录组学分析。结果表明:共鉴定出393个差异表达基因(DEGs);基于GO注释与KEGG富集分析,已鉴定的DEGs参与了代谢(如氨基酸代谢、碳水化合物代谢和能量代谢等)、遗传信息和细胞过程(过氧化物酶体)等通路。在氧化胁迫下,酵母菌通过增强一些抗氧化酶,如SOD2、SRX1等来清除ROS;酵母菌还通过增强糖酵解和TCA循环产生更多的能量,以适应氧化胁迫、修复损伤的蛋白质以及DNA或维持金属离子的转运。与此同时,还上调了与一般应激反应相关的分子伴侣和蛋白水解酶。这表明酿酒酵母PY01响应氧化胁迫的过程,是一个复杂的综合调控网络。酿酒酵母PY01应对氧化应激机制的发现,为设计酵母菌高效培养的控制策略,提高菌株的抗逆性和促进现代果酒等发酵工业及其它生物制品生产中利用活性酵母菌奠定了理论基础。 展开更多
关键词 酿酒酵母PY01 发酵 氧化胁迫 转录组学 机制
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转录组学分析空气对泡菜“生花”酵母菌的影响机制
5
作者 罗思洋 练银银 +5 位作者 杨宇航 谭兆涛 潘玉龙 索化夷 宋佳佳 张玉 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期36-42,共7页
泡菜坛/池的密封性是影响泡菜“生花”的关键因素,为了明确空气对“生花”酵母菌的影响,运用转录组学和生物信息学分析探索影响酵母菌“生花”的关键基因。研究结果表明,有和无空气条件下培养的“生花”酵母菌共筛选到183个差异基因,其... 泡菜坛/池的密封性是影响泡菜“生花”的关键因素,为了明确空气对“生花”酵母菌的影响,运用转录组学和生物信息学分析探索影响酵母菌“生花”的关键基因。研究结果表明,有和无空气条件下培养的“生花”酵母菌共筛选到183个差异基因,其中42个基因显著上调,141个基因显著下调(P<0.05)。差异表达基因主要富集在葡萄糖苷酶活性、阿拉伯糖脱氢酶活性和核糖体亚基等功能。差异基因富集到34个通路,其中核糖体通路是差异最显著的通路,包含RPL4、RPL10、RPSA等19个基因上调和RPS2、RPS15基因下调。脂肪酸合成通路和不饱和脂肪酸合成通路中差异基因FAD 2上调,FAS1、FAS2、SCD等6个基因下调。经实时荧光定量PCR实验验证,在有空气培养条件下,关键基因FAD2、RPL4和RPL10较无空气培养显著上调(P<0.05),与转录组预测结果一致。该研究结果能够为泡菜“生花”酵母菌的“生花”机理以及泡菜品质控制提供理论基础。 展开更多
关键词 泡菜 “生花”酵母菌 转录组学 品质控制 空气
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基于转录组学分析自然感染绵羊肺腺瘤病毒患羊肺肿瘤组织中转录差异基因及病毒致瘤机制的研究
6
作者 段续接 杨惠 +4 位作者 孙志伟 杜晓悦 张培 梁浚哲 刘淑英 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期185-194,共10页
绵羊肺腺瘤病(OPA)是由绵羊肺腺瘤病毒(JSRV)引起的绵羊传染性肺肿瘤疾病。为探究JSRV对绵羊肺脏的致瘤机制,本研究从自然感染JSRV的羊(OPA患羊)肺肿瘤组织和健康羊肺组织中提取总RNA,构建二者的cDNA文库后采用Illumina Hi Seq 4000高... 绵羊肺腺瘤病(OPA)是由绵羊肺腺瘤病毒(JSRV)引起的绵羊传染性肺肿瘤疾病。为探究JSRV对绵羊肺脏的致瘤机制,本研究从自然感染JSRV的羊(OPA患羊)肺肿瘤组织和健康羊肺组织中提取总RNA,构建二者的cDNA文库后采用Illumina Hi Seq 4000高通量测序平台进行转录组学测序(RNA-Seq),采用DESeqR筛选健康绵羊与患病绵羊肺组织中的转录差异基因,并以P<0.05和log2(Fold change)≥1筛选转录显著差异基因。通过GO和KEGG数据库对转录显著差异基因进行GO功能和KEGG信号通路的富集分析,并采用RT-qPCR对随机选择的10个转录显著差异基因进行验证。结果显示,与对照组相比,OPA羊肺肿瘤组织中共筛选到1 360个转录上调基因和783个转录下调基因,其中154个转录显著上调基因,212个转录显著下调基因。GO功能分析显示,转录显著差异基因显著富集在178个GO条目中,包括114个生物过程(BP)、19个细胞成分(CC)和45个分子功能(MF),主要涉及生长因子活性、复制后修复、NAD^(+)二磷酸酶活性、核苷代谢过程和鸟苷核苷酸交换因子活性等生物学功能。KEGG分析显示转录显著差异基因主要富集在细胞增殖、分化和肿瘤生成,如PI3K/Akt、MAPK和Hippo等信号通路。RT-qPCR结果显示,10个转录显著差异基因与RNA-Seq筛选结果均一致。本研究进一步通过RT-qPCR、western blot检测Hippo信号通路核心蛋白哺乳动物STE20样蛋白激酶1/2 (MST1/2)、大肿瘤抑制因子1/2 (LATS1/2)、YES相关蛋白1/2 (YAP1)在两组绵羊肺组织样品中的转录及表达水平和YAP1的磷酸化水平(p-YAP1);采用免疫组化试验(IHC)检测Hippo信号通路中上述核心蛋白在两组绵羊肺组织中的表达及定位。RT-qPCR结果显示,与对照组相比,OPA羊肺组织中MST1和YAP1 mRNA的转录水平均极显著上调(P<0.01、P<0.001),LATS1 mRNA的转录水平显著上调(P<0.05)。Western blot结果显示,MST1/2蛋白在59 ku、YAP1和p-YAP1蛋白在65 ku、LATS1/2蛋白在140 ku处分别出现特异性条带;与对照组相比,OPA绵羊肺肿瘤组织中MST1/2和p-YAP1的表达水平显著上调(P<0.05),LATS1/2和YAP1的表达水平极显著上调(P<0.01)。IHC结果显示,在OPA组和对照组羊肺组织中MST1/2、LATS1/2及p-YAP1均定位于肺组织细胞质中,且与对照组相比,OPA组羊肺组织中上述分子均呈强阳性表达。YAP1主要定位于对照组羊肺组织细胞的胞质中,而在OPA组中YAP1主要定位于细胞核中(少量定位于细胞质中)。上述结果表明,OPA组绵羊肺组织中存在转录显著差异基因,主要参与细胞增殖、肿瘤发生和转移等过程,且主要富集在PI3K/Akt、MAPK、Hippo等信号通路,尤其是Hippo信号通路中的YAP蛋白可能通过核异位促进肿瘤的发生与发展。本研究为JSRV致瘤机制提供了新的研究基础与研究思路和方向。 展开更多
关键词 绵羊肺腺瘤病 绵羊肺腺瘤病毒 转录组学分析 Hippo信号通路
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灵宝护心丹治疗动脉粥样硬化的转录组学机制研究
7
作者 芦瑞霞 林文勇 +1 位作者 靳琪鹏 王肖龙 《中西医结合心脑血管病杂志》 2024年第8期1395-1402,共8页
目的:研究灵宝护心丹改善动脉粥样硬化的疗效和潜在作用机制。方法:C57BL/6小鼠喂以正常饮食,载脂蛋白E基因敲除(ApoE^(-/-))小鼠喂养高脂饮食诱导动脉粥样硬化模型,12周后随机分为模型组、灵宝护心丹低剂量组、灵宝护心丹中剂量组、灵... 目的:研究灵宝护心丹改善动脉粥样硬化的疗效和潜在作用机制。方法:C57BL/6小鼠喂以正常饮食,载脂蛋白E基因敲除(ApoE^(-/-))小鼠喂养高脂饮食诱导动脉粥样硬化模型,12周后随机分为模型组、灵宝护心丹低剂量组、灵宝护心丹中剂量组、灵宝护心丹高剂量组和他汀组。给予药物8周后,检测血清总胆固醇(TC)、三酰甘油(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)和高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平;通过油红O染色、Masson染色、苏木素-伊红(HE)染色观察主动脉根部的病理变化。通过转录组学测序分析灵宝护心丹减轻动脉粥样硬化的机制。结果:与模型组相比,灵宝护心丹组的斑块及TC、TG、LDL-C水平明显降低,斑块的胶原面积明显增多,炎性细胞浸润减少。转录组学测序结果显示,灵宝护心丹组和模型组相比筛选出733个差异基因,富集到的通路包括脂肪酸生物合成、胶原蛋白形成、炎症信号通路等。结论:灵宝护心丹对动脉粥样硬化有显著改善作用,机制可能涉及脂质代谢和炎症反应的关键通路。 展开更多
关键词 动脉粥样硬化 灵宝护心丹 转录组学 血脂 实验研究
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桃果实冷害形成过程关键代谢途径的转录组学研究
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作者 王露凡 杨晓涵 +4 位作者 王雨萱 戴冰儿 杜习杰 郑小林 宦晨 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期66-75,共10页
桃子在低温贮藏过程中易产生冷害(chilling index, CI),严重影响其商品性。为探究桃果实冷害形成过程中各类代谢途径的变化规律,用转录组学技术分析了‘湖景蜜露’桃果实在低温和常温货架期贮藏过程中的转录水平变化。结果表明,在桃果... 桃子在低温贮藏过程中易产生冷害(chilling index, CI),严重影响其商品性。为探究桃果实冷害形成过程中各类代谢途径的变化规律,用转录组学技术分析了‘湖景蜜露’桃果实在低温和常温货架期贮藏过程中的转录水平变化。结果表明,在桃果实贮藏过程中共鉴定出125条代谢途径发生变化。通过对其中5条关键代谢途径的分析发现,在桃果实冷害形成过程中伴随着氧化/还原型谷胱甘肽转化途径、蔗糖合成分解途径、果胶降解途径的激活,以及淀粉合成途径、茉莉酸合成和信号转导途径的抑制。这些代谢途径的变化可能涉及桃果实受到低温胁迫的响应机制,该结果为进一步探究桃果实冷害的调控机理提供理论依据。 展开更多
关键词 桃果实 低温胁迫 转录组学 代谢途径 分子机制
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基于转录组学分析1-MCP与EBR联合处理对鲜黄花菜采后衰老的影响
9
作者 李可昕 韩晨瑞 +1 位作者 孙敏敏 曹建康 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第4期279-288,共10页
利用不同剂量1-甲基环丙烯(1-methylcyclopropene,1-MCP)、2,4-表油菜素内酯(2,4-epibrassionolide,EBR)及其联合处理鲜黄花菜并进行为期15 d的贮藏实验(贮藏温度-1~1℃),通过测定理化指标并进行转录组学分析,研究1-MCP与EBR及其联合处... 利用不同剂量1-甲基环丙烯(1-methylcyclopropene,1-MCP)、2,4-表油菜素内酯(2,4-epibrassionolide,EBR)及其联合处理鲜黄花菜并进行为期15 d的贮藏实验(贮藏温度-1~1℃),通过测定理化指标并进行转录组学分析,研究1-MCP与EBR及其联合处理对鲜黄花菜采后衰老的影响。结果表明,采后使用1μL/L 1-MCP与1 mg/L EBR联合处理能够比单独处理更有效地延缓鲜黄花菜的黄化、伸长、软化、开散、质量损失、叶绿素降解等不良变化,从而极大地维持黄花菜花蕾的贮藏品质。转录组学分析表明,1-MCP与EBR联合处理调控了黄花菜衰老进程相关基因的转录水平,显著抑制了乙烯的生物合成和信号转导途径相关基因的转录,激活了油菜素内酯的生物合成和信号转导途径相关基因的转录,从而改变了黄花菜体内衰老类和生长类植物激素的代谢平衡。1-MCP与EBR联合处理抑制了叶绿素降解途径相关基因转录,有利于保持鲜黄花菜品质;联合处理也抑制了与衰老密切相关的E3泛素连接酶基因的转录,从而延缓细胞中蛋白质降解,推迟鲜黄花菜采后衰老的生理进程。研究结果可为延缓鲜黄花菜花蕾的采后衰老和保持贮藏品质提供理论依据和实践参考。 展开更多
关键词 鲜黄花菜 1-甲基环丙烯 2 4-表油菜素内酯 联合处理 采后衰老 转录组学
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基于整合药理学和转录组学的肝细胞癌和胆管癌共同差异miRNA调控网络构建及相关中药预测分析
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作者 施金虎 吴波 +5 位作者 蓝晓红 王玥坤 杨阳 易剑峰 魏玮 高茗 《中国医院用药评价与分析》 2024年第2期147-152,156,共7页
目的:利用整合药理学和转录组学方法,构建肝细胞癌与胆管癌共同差异微RNA(miRNA)调控网络,并对关键靶点进行中药预测分析。方法:从GEO数据库获取肝细胞癌、胆管癌芯片数据集,借助在线分析工具GEO_(2)R分析出差异表达miRNA(DEMs)并对其... 目的:利用整合药理学和转录组学方法,构建肝细胞癌与胆管癌共同差异微RNA(miRNA)调控网络,并对关键靶点进行中药预测分析。方法:从GEO数据库获取肝细胞癌、胆管癌芯片数据集,借助在线分析工具GEO_(2)R分析出差异表达miRNA(DEMs)并对其取交集,得到共同DEMs,分别运用FunRich和miRNet软件预测上游转录因子及下游靶基因,并利用DAVID数据库对靶基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。借助STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件筛选关键基因(hubGenes)并构建miRNA-hubGenes网络。运用UALCAN、Kaplan Meier-plotter和Coremin Medical数据库对关键基因进行差异表达、总体生存率及相关中药预测分析。结果:肝细胞癌筛选出14个DEMs,胆管癌筛选出104个DEMs, miR-199a-5p为两者共同DEMs,涉及28个上调转录因子,166个下游靶基因;富集分析结果显示,这些靶基因参与肿瘤细胞凋亡、增殖、间质转变和迁移等生物过程,主要通过癌症通路、FoxO信号通路、丝裂原激活的蛋白激酶信号通路以及磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路发挥作用;核心靶点关联中药性味偏微寒,主归肝经,关联最为密切的中药为丹参。结论:miR-199a-5p是肝细胞癌与胆管癌之间重要调控miRNA,丹参干预关键基因出现频次较多,与研究报道基本相符,可为后续肝胆癌机制研究和临床应用提供依据与参考。 展开更多
关键词 肝细胞癌 胆管癌 MIRNA 中药预测 转录组学
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基于转录组学探讨益肾清利活血方对马兜铃酸Ⅰ诱导肾损伤的作用机制
11
作者 赵思 何伟明 +3 位作者 张傲雪 温开智 顾丽娜 贺怡宁 《中医药信息》 2024年第3期1-8,共8页
目的:益肾清利活血方是邹燕勤国医大师以“肾虚湿瘀”为基本病机的临床验方,本研究旨在通过动物实验与转录组测序分析探讨其作用机制与靶点。方法:48只雄性C57BL/6小鼠随机分为正常对照组、模型组、低剂量组和高剂量组,每组各12只。除... 目的:益肾清利活血方是邹燕勤国医大师以“肾虚湿瘀”为基本病机的临床验方,本研究旨在通过动物实验与转录组测序分析探讨其作用机制与靶点。方法:48只雄性C57BL/6小鼠随机分为正常对照组、模型组、低剂量组和高剂量组,每组各12只。除正常对照组外,其余各组小鼠均腹腔注射马兜铃酸Ⅰ(AAⅠ)0.1 mL[5 mg/(kg·3d),AAⅠ溶解在0.5%羧甲基纤维素钠中]造模,低剂量组灌胃给予益肾清利活血方冻干粉11 g/(kg·d),高剂量组给予益肾清利活血方冻干粉22 g/(kg·d),正常对照组和模型组每天灌胃0.3 mL含0.5%羧甲基纤维素钠的PBS溶液,均灌胃30 d。实验结束后留取小鼠血尿和双侧肾脏,测定小鼠血肌酐、尿酸、尿蛋白的水平,进行HE、Masson肾组织染色。正常对照组、模型组和低剂量组各取4只肾脏,通过转录组谱分析其作用机制与靶点,最后通过qPCR对核心靶点进行验证。结果:益肾清利活血方各剂量组可以降低AAⅠ小鼠的尿酸、尿蛋白、血肌酐水平;病理染色结果显示,AAⅠ诱导小鼠存在大量的炎症细胞的浸润,胶原沉积增多,经益肾清利活血方干预后有明显改善作用。转录组学分析结果显示,模型组与低剂量组分析得到的368个差异基因,功能富集分析发现与炎症密切相关,KEGG富集分析显示其主要参与PPAR、谷胱甘肽代谢、脂肪酸降解、IL-17等信号通路,枢纽基因为Ppara、Fabp1、Apoa2、Acox1和Hspa5等37个,qPCR法验证前8个核心基因显示各组之间有统计学差异。结论:益肾清利活血方可以保护肾功能,降低肾脏组织中炎症和胶原沉积,转录组分析发现其与脂肪酸代谢、铁死亡、IL-17信号通路等密切相关。 展开更多
关键词 益肾清利活血方 慢性肾脏病 转录组学 实验验证 治疗机制
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基于网络药理学和转录组学方法探究博普总碱散改善蛋鸡肠道炎症的机制
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作者 罗丹 曾晨峰 +5 位作者 李明哲 杨扬 江素娟 刘华 曾建国 柳亦松 《湖南畜牧兽医》 2024年第1期46-55,共10页
为探究博普总碱散改善蛋鸡肠道炎症的作用机制,将试验鸡分为对照(Control)组和博普总碱散(BP)组,结合qRT-PCR检测十二指肠、空肠和回肠的TNF-α、IL-1β、NF-κB、IL-8和IL-10基因相对表达量,并结合网络药理学和转录组学联合分析。试验... 为探究博普总碱散改善蛋鸡肠道炎症的作用机制,将试验鸡分为对照(Control)组和博普总碱散(BP)组,结合qRT-PCR检测十二指肠、空肠和回肠的TNF-α、IL-1β、NF-κB、IL-8和IL-10基因相对表达量,并结合网络药理学和转录组学联合分析。试验发现:BP组产蛋率显著升高(P<0.05),料蛋比显著下降(P<0.05);BP组十二指肠IL-8相对表达量显著下降(P<0.05),TNF-α、IL-1β、和NF-κB基因相对表达量极显著下降(P<0.01),IL-10基因相对表达量显著升高(P<0.05),空肠NF-κB基因相对表达量显著下降(P<0.05),TNF-α、IL-1β和IL-8基因相对表达量极显著下降(P<0.01),回肠IL-1β基因相对表达量显著下降(P<0.05),TNF-α、IL-8基因相对表达量极显著下降(P<0.01);十二指肠网络药理学和转录组学的KEGG通路富集结果均包含PI3K-Akt信号通路。结果表明:博普总碱散可通过抑制PI3K-Akt信号通路,改变肠道炎症因子的表达量从而改善蛋鸡肠道炎症。该研究可为博普总碱散在畜禽业的应用提供指导。 展开更多
关键词 蛋鸡 肠道炎症 博普总碱散 网络药理学 转录组学 PI3K-AKT
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转录组学在干眼研究中的应用
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作者 罗丹 李凯 高卫萍 《眼科新进展》 CAS 北大核心 2024年第4期329-332,共4页
干眼是眼科常见的慢性眼表疾病,其发病机制至今仍未完全明确,目前尚无有效的防治措施。近年来,随着基因芯片技术、转录组测序技术等分子生物学技术的蓬勃发展,干眼的转录组学研究也取得了一定的进展。本文就转录组学在干眼研究中的应用... 干眼是眼科常见的慢性眼表疾病,其发病机制至今仍未完全明确,目前尚无有效的防治措施。近年来,随着基因芯片技术、转录组测序技术等分子生物学技术的蓬勃发展,干眼的转录组学研究也取得了一定的进展。本文就转录组学在干眼研究中的应用展开综述,探讨干眼的发病机制,以期为临床上干眼的治疗提供新思路,为干眼新药的研发提供潜在靶点。 展开更多
关键词 干眼 转录组学 测序技术
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转录组学技术在肺动脉高压发生发展及诊治中的应用进展
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作者 孟英 肖根发 《山东医药》 CAS 2024年第11期90-93,共4页
肺动脉高压(PAH)是一种慢性进行性疾病,具有高病死率,以肺血管阻力增加、肺血管重构、肺动脉压力升高,最终导致右心衰竭和死亡为临床特点,其中肺血管重构涉及肺血管内皮细胞(PVECs)增生、肺动脉平滑肌细胞(PASMCs)过度增殖和迁移、外膜... 肺动脉高压(PAH)是一种慢性进行性疾病,具有高病死率,以肺血管阻力增加、肺血管重构、肺动脉压力升高,最终导致右心衰竭和死亡为临床特点,其中肺血管重构涉及肺血管内皮细胞(PVECs)增生、肺动脉平滑肌细胞(PASMCs)过度增殖和迁移、外膜成纤维细胞增生以及细胞外基质沉积等。转录组是细胞在特定发育阶段或生理条件下的全部转录本及其数量总和,转录组学能够揭示基因在特定生理或病理状态下的表达水平和模式,从而深入了解基因在生物体内的功能和调控机制,其研究方法包括基于杂交技术的基因芯片和基于测序技术的转录组测序等。目前,已有关于PVECs、PASMCs、肺组织炎症免疫及PAH导致右心功能衰竭的转录组学研究,对此进行总结可以为揭示PAH发生发展的相关机制提供依据。此外,转录组学还可以为PAH的诊治提供新的特异性诊断标志物和潜在治疗靶点,对提高患者的生存质量以及改善患者预后具有重要意义。 展开更多
关键词 转录组学 肺动脉高压 肺动脉平滑肌 内皮细胞
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油莎豆耐盐性评估及盐胁迫下幼苗根系转录组学分析 被引量：1
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作者 王会伟 张向歌 +5 位作者 李春鑫 许欣然 胡海燕 朱雅婧 王艳 张新友 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期1882-1894,共13页
油莎豆是一种综合利用价值高的新型经济作物,抗逆性极强,具有在盐渍化土壤上种植发展的潜力。为明确其耐盐特性,本研究设置5个NaCl浓度(0、0.3%、0.6%、0.9%和1.2%),分析了NaCl胁迫对油莎豆茎豆萌发和幼苗生长过程中形态和生理指标的影... 油莎豆是一种综合利用价值高的新型经济作物,抗逆性极强,具有在盐渍化土壤上种植发展的潜力。为明确其耐盐特性,本研究设置5个NaCl浓度(0、0.3%、0.6%、0.9%和1.2%),分析了NaCl胁迫对油莎豆茎豆萌发和幼苗生长过程中形态和生理指标的影响。结果表明,在0.3%和0.6%NaCl胁迫下,茎豆发芽率、幼苗根长和苗高受影响程度较小;根系中膜受损程度指标物丙二醛(MDA)和氧化胁迫物过氧化氢(H2O2)的含量增加不显著,而渗透调节物甜菜碱(GB)、脯氨酸(Pro)的含量和抗氧化酶超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)、过氧化氢酶(CAT)的活性显著提高,整体上受到的盐胁迫伤害较小。而在0.9%和1.2%NaCl胁迫下,盐胁迫伤害十分明显,茎豆萌发和幼苗生长受到严重的抑制。为进一步鉴定油莎豆耐盐相关基因,利用RNA-seq技术检测了0、0.3%和0.6%NaCl胁迫下油莎豆根系的基因表达情况。通过基因差异表达分析、加权基因共表达网络分析(WGCNA)以及GO富集分析发现,24个主要与氧化还原、跨膜转运、几丁质水解相关的GOterms显著富集,涉及了15个显著上调表达基因。其中,DN23985_c0_g1、DN2960_c0_g1、DN8384_c1_g1分别编码玉米黄质环氧酶、L-抗坏血酸过氧化物酶、谷胱甘肽转移酶,具有抗氧化作用,参与抗氧化调节;DN21785_c1_g1和DN6596_c0_g1二者均编码氨基酸转运蛋白,可能通过积累氨基酸类小分子(如Pro)而增强渗透调节;DN14393_c0_g1编码几丁质酶,能够水解几丁质而促进植物应对胁迫响应。本研究明确了油莎豆在0.6%及以下浓度NaCl胁迫时具有较好的耐盐性,并进一步筛选出耐盐相关基因,为油莎豆在盐渍化土壤的种植和耐盐品种的培育提供了重要的参考。 展开更多
关键词 油莎豆 耐盐性 NACL胁迫 转录组学 耐盐相关基因
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生酮饮食导致小鼠骨质疏松的转录组学 被引量：1
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作者 吴秀华 范应静 +6 位作者 叶永浓 李萍 朱青安 陈泽森 李博 王文 郑磊 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1440-1446,F0003,共8页
目的通过转录组学分析探讨生酮饮食(KD)导致骨质疏松的分子机制。方法16只8周龄雌性C57BL/6J小鼠分为喂养生酮饲料的KD组和给予普通饲料的正常饮食(Sham)组,喂养3个月。每两周监测体质量、血糖和血酮。采用Micro-CT测量小鼠股骨远端松... 目的通过转录组学分析探讨生酮饮食(KD)导致骨质疏松的分子机制。方法16只8周龄雌性C57BL/6J小鼠分为喂养生酮饲料的KD组和给予普通饲料的正常饮食(Sham)组,喂养3个月。每两周监测体质量、血糖和血酮。采用Micro-CT测量小鼠股骨远端松质骨的骨微结构。提取小鼠骨髓细胞中的RNA,行转录组学检测及生物信息学分析。RT-qPCR验证显著差异基因的表达水平。结果KD弱化小鼠松质骨的骨微结构。与Sham组相比,KD组有165个差异基因(上调91个,下调74个),包括Acot1、Mpig6b、Gp9、Ppbp、Slc2a9等基因。KEGG通路富集分析显示以Apelin信号通路、PI3K-Akt信号通路、ECM受体互作通路的富集程度和差异基因数较高。qPCR结果显示转录组学筛选的5个差异基因在KD组均显著上调,其中Acot1、Mpig6b、Ppbp上调倍数大于2,上调倍数分别为2.49±0.665倍、2.58±0.470倍和2.59±0.611倍,可能与KD导致的骨质疏松相关。结论基于KD小鼠的转录组学分析及RT-qPCR验证表明Acot1、Mpig6b和Ppbp等基因有差异表达。KEGG通路富集分析提示以Apelin信号通路、PI3K-Akt信号通路、ECM受体互作通路的富集程度和差异基因数较高,为研究KD导致骨质疏松的分子机制奠定基础,进而为预防KD导致骨质疏松提供思路。 展开更多
关键词 生酮饮食 骨质疏松 转录组学
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P53凋亡刺激蛋白2介导酒精性肝病脂代谢相关基因的转录组学分析 被引量：1
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作者 张莹 刘超楠 +3 位作者 时红林 刘芳 陈德喜 时红波 《首都医科大学学报》 CAS 北大核心 2023年第1期85-92,共8页
目的应用转录组学测序探讨P53凋亡刺激蛋白2(apoptosis stimulating protein 2,ASPP2)对酒精性肝病脂代谢相关基因表达的影响。方法首先用慢病毒转染人肝细胞HL-7702细胞系,构建7702 Control-shRNA和7702 ASPP2-shRNA细胞模型。然后,两... 目的应用转录组学测序探讨P53凋亡刺激蛋白2(apoptosis stimulating protein 2,ASPP2)对酒精性肝病脂代谢相关基因表达的影响。方法首先用慢病毒转染人肝细胞HL-7702细胞系,构建7702 Control-shRNA和7702 ASPP2-shRNA细胞模型。然后,两组细胞均用400 mmol/L乙醇处理24 h,构建7702 Control-shRNA和7702 ASPP2-shRNA酒精肝模型。Illumina测序平台筛选差异表达基因,并进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和互作分析。结果高通量测序以P<0.05且|log 2(foldchange)|>1的筛选标准获得150个差异表达的基因,其中上调的差异基因有58个,下调92个。其中,与脂代谢相关的上调差异基因有8个,下调差异基因有7个。GO富集分析发现4个脂代谢相关的细胞组分,包括高密度脂蛋白粒子,血浆脂蛋白粒子,脂蛋白粒子以及蛋白-脂质复合物。结论本研究发现15种脂代谢相关差异基因,这些基因可能参与ASPP2介导的酒精性肝病脂代谢,为进一步研究ASPP2在酒精性肝病脂代谢中的调控机制奠定了基础。 展开更多
关键词 凋亡刺激蛋白2 酒精性肝病 脂代谢 转录组学 生物信息学
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基于转录组学探讨气阴两虚型2型糖尿病病证结合大鼠模型证候表现与差异表达基因的关系
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作者 黄晓巍 张思琪 +6 位作者 张译心 刘博 王鑫 纪凤兰 杨润泽 徐惠波 丁涛 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期625-633,共9页
目的:利用转录组学测序筛选2型糖尿病模型大鼠差异表达基因,初步探讨其与气阴两虚型证候表现的关联性。方法:随机选取雄性SD大鼠18只作为空白组,其余大鼠采用高糖高脂饲料喂养和腹腔注射链脲佐菌素(STZ)方法制备2型糖尿病大鼠模型。于第... 目的:利用转录组学测序筛选2型糖尿病模型大鼠差异表达基因,初步探讨其与气阴两虚型证候表现的关联性。方法:随机选取雄性SD大鼠18只作为空白组,其余大鼠采用高糖高脂饲料喂养和腹腔注射链脲佐菌素(STZ)方法制备2型糖尿病大鼠模型。于第6周根据血糖和体质量均衡原则将造模成功的31只大鼠分为模型组14只和药物佐证组17只,模型组大鼠继续高糖高脂饲料喂养,药物佐证组大鼠灌胃消渴灵2.2 g·kg^(-1)·d^(-1),实验持续至第21周。模型制备期间定期检测大鼠体质量、进食量、饮水量、精神状态评分、运动评分、足温、抓力、脉搏幅度、呼吸频率和舌象积分,评价大鼠生理体征,血糖仪检测各组大鼠空腹血糖(FBG)水平。末次给药后,麻醉大鼠,采血,分离血清,氧化酶法检测各组大鼠血清中甘油三酯(TG)和总胆固醇(TC)水平,直接法检测各组大鼠血清中低密度脂蛋白胆固醇(LDL-c)和高密度脂蛋白胆固醇(HDL-c)和水平,酶联免疫吸附测定(ELISA)法检测各组大鼠血清中CD4、CD8、环磷酸腺苷(cAMP)和环磷酸鸟苷(cGMP)水平。取大鼠肝组织,采用转录组学测序,筛选模型组与空白组和模型组与药物佐证组的差异表达基因。结果:与空白组比较,模型组大鼠生理体征基本符合气阴两虚的证候表现;与模型组比较,药物佐证组大鼠部分气阴两虚的生理体征明显改善。与空白组比较,模型组大鼠FBG水平和血清中TC、TG及LDL-c水平明显升高(P<0.01),HDL-c水平差异无统计学意义(P>0.05);与模型组比较,药物佐证组大鼠上述指标差异无统计学意义(P>0.05)。ELISA法检测,与空白组比较,模型组大鼠血清中CD4水平及CD4/CD8比值明显降低(P<0.01),CD8水平差异无统计学意义(P>0.05),cAMP水平及cAMP/cGMP比值明显升高(P<0.01),cGMP水平明显降低(P<0.01);与模型组比较,药物佐证组大鼠血清中CD4水平和CD4/CD8比值明显升高(P<0.01),cGMP水平明显升高(P<0.01),cAMP/cGMP比值明显降低(P<0.01)。与空白组比较,模型组大鼠上调表达基因主要包括早期生长应答因子2(Egr2)、胰岛素样生长因子结合蛋白1(Igfbp1)和血小板反应蛋白解整合素金属肽酶4(Adamts4);下调表达基因主要为G_(0)/G_(1)开关2(G0s2)、中线1相互作用蛋白1(Mid1ip1)和螺旋-环-螺旋家族成员e40(Bhlhe40);与模型组比较,药物佐证组大鼠上述差异表达基因水平呈现相反的变化趋势。结论:气阴两虚型2型糖尿病病证结合大鼠模型证候表现可能与Egr2、Igfbp1和Adamts4基因上调及G0s2、Mid1ip1和Bhlhe40基因下调有关联。 展开更多
关键词 转录组学 2型糖尿病 气阴两虚证 证候表现 差异表达基因
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中药作用靶点及分子机制的转录组学研究思路与方法
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作者 董艳 李军 +2 位作者 张振鹏 高嘉良 王阶 《世界中医药》 CAS 2023年第14期2081-2087,2091,共8页
中医药是我国的传统和特色医学,一直以来为人们的健康保驾护航,但随着现代医学的发展,它逐渐面临着如何实现客观化、精确化和靶向化的难题。转录组学是连接基因与表型的桥梁,决定遗传物质表达与否,受外源和内源因素的共同调控,能反映内... 中医药是我国的传统和特色医学,一直以来为人们的健康保驾护航,但随着现代医学的发展,它逐渐面临着如何实现客观化、精确化和靶向化的难题。转录组学是连接基因与表型的桥梁,决定遗传物质表达与否,受外源和内源因素的共同调控,能反映内部基因组与外部物理特征的整体网络动态联系,该特点与中医整体观理论相合,符合中药多靶点、多层次整体网络治疗的特性。因此,越来越多的学者从转录组学层面研究中药作用靶点和分子机制,以探索中医药的精准医疗。相关研究已如雨后春笋,相应检测技术也从传统的基因芯片、RNA测序,向单分子测序、单细胞测序及空间转录组发展,但转录组学作为一个相对年轻的领域,在中医药的应用仍需不断探索和完善,才能成为挖掘中医药宝藏的有力武器。有鉴于此,本文系统梳理了当前转录组学在中药研究中的现状、转录组学研究常用的检测技术,以及基于基因芯片、RNA测序、单细胞测序、空间转录组和RNA干扰技术等的转录组学研究思路与方法,并指出现有研究可能存在的问题,以期为中药在转录组层面的靶点和机制研究提供方法学基础。 展开更多
关键词 中医药 靶点 分子机制 转录组学 单细胞测序 空间转录组 多组学 研究方法
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视网膜损伤:外泌体转录组学的研究进展
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作者 张妍 邵正波 《眼科新进展》 CAS 北大核心 2023年第2期165-168,共4页
衰老、缺氧、高糖刺激等多种因素导致的视网膜损伤过程中,外泌体发挥着重要作用。外泌体是一种纳米级的细胞外囊泡,包含微小RNA、环状RNA等多种转录产物,广泛参与视网膜色素上皮细胞损伤、新生血管形成、视网膜神经节细胞和光感受器细... 衰老、缺氧、高糖刺激等多种因素导致的视网膜损伤过程中,外泌体发挥着重要作用。外泌体是一种纳米级的细胞外囊泡,包含微小RNA、环状RNA等多种转录产物,广泛参与视网膜色素上皮细胞损伤、新生血管形成、视网膜神经节细胞和光感受器细胞凋亡等过程。通过转录组学分析外泌体对视网膜损伤及修复的调控机制,识别糖尿病视网膜病变、青光眼等眼科疾病相关分子生物标志物,寻找新的治疗靶点,已成为视网膜研究的热点。因此,本文对外泌体转录组学在视网膜损伤中的研究进展进行综述。 展开更多
关键词 转录组学 外泌体 视网膜损伤 视网膜细胞 视网膜血管
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