基于转录组学分析自然感染绵羊肺腺瘤病毒患羊肺肿瘤组织中转录差异基因及病毒致瘤机制的研究

1

作者 段续接 杨惠 +4 位作者 孙志伟 杜晓悦 张培 梁浚哲 刘淑英 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期185-194,共10页

绵羊肺腺瘤病(OPA)是由绵羊肺腺瘤病毒(JSRV)引起的绵羊传染性肺肿瘤疾病。为探究JSRV对绵羊肺脏的致瘤机制,本研究从自然感染JSRV的羊(OPA患羊)肺肿瘤组织和健康羊肺组织中提取总RNA,构建二者的cDNA文库后采用Illumina Hi Seq 4000高... 绵羊肺腺瘤病(OPA)是由绵羊肺腺瘤病毒(JSRV)引起的绵羊传染性肺肿瘤疾病。为探究JSRV对绵羊肺脏的致瘤机制,本研究从自然感染JSRV的羊(OPA患羊)肺肿瘤组织和健康羊肺组织中提取总RNA,构建二者的cDNA文库后采用Illumina Hi Seq 4000高通量测序平台进行转录组学测序(RNA-Seq),采用DESeqR筛选健康绵羊与患病绵羊肺组织中的转录差异基因,并以P<0.05和log2(Fold change)≥1筛选转录显著差异基因。通过GO和KEGG数据库对转录显著差异基因进行GO功能和KEGG信号通路的富集分析,并采用RT-qPCR对随机选择的10个转录显著差异基因进行验证。结果显示,与对照组相比,OPA羊肺肿瘤组织中共筛选到1 360个转录上调基因和783个转录下调基因,其中154个转录显著上调基因,212个转录显著下调基因。GO功能分析显示,转录显著差异基因显著富集在178个GO条目中,包括114个生物过程(BP)、19个细胞成分(CC)和45个分子功能(MF),主要涉及生长因子活性、复制后修复、NAD^(+)二磷酸酶活性、核苷代谢过程和鸟苷核苷酸交换因子活性等生物学功能。KEGG分析显示转录显著差异基因主要富集在细胞增殖、分化和肿瘤生成,如PI3K/Akt、MAPK和Hippo等信号通路。RT-qPCR结果显示,10个转录显著差异基因与RNA-Seq筛选结果均一致。本研究进一步通过RT-qPCR、western blot检测Hippo信号通路核心蛋白哺乳动物STE20样蛋白激酶1/2 (MST1/2)、大肿瘤抑制因子1/2 (LATS1/2)、YES相关蛋白1/2 (YAP1)在两组绵羊肺组织样品中的转录及表达水平和YAP1的磷酸化水平(p-YAP1);采用免疫组化试验(IHC)检测Hippo信号通路中上述核心蛋白在两组绵羊肺组织中的表达及定位。RT-qPCR结果显示,与对照组相比,OPA羊肺组织中MST1和YAP1 mRNA的转录水平均极显著上调(P<0.01、P<0.001),LATS1 mRNA的转录水平显著上调(P<0.05)。Western blot结果显示,MST1/2蛋白在59 ku、YAP1和p-YAP1蛋白在65 ku、LATS1/2蛋白在140 ku处分别出现特异性条带;与对照组相比,OPA绵羊肺肿瘤组织中MST1/2和p-YAP1的表达水平显著上调(P<0.05),LATS1/2和YAP1的表达水平极显著上调(P<0.01)。IHC结果显示,在OPA组和对照组羊肺组织中MST1/2、LATS1/2及p-YAP1均定位于肺组织细胞质中,且与对照组相比,OPA组羊肺组织中上述分子均呈强阳性表达。YAP1主要定位于对照组羊肺组织细胞的胞质中,而在OPA组中YAP1主要定位于细胞核中(少量定位于细胞质中)。上述结果表明,OPA组绵羊肺组织中存在转录显著差异基因,主要参与细胞增殖、肿瘤发生和转移等过程,且主要富集在PI3K/Akt、MAPK、Hippo等信号通路,尤其是Hippo信号通路中的YAP蛋白可能通过核异位促进肿瘤的发生与发展。本研究为JSRV致瘤机制提供了新的研究基础与研究思路和方向。 展开更多

关键词 绵羊肺腺瘤病 绵羊肺腺瘤病毒 转录组学分析 Hippo信号通路

下载PDF 职称材料

碘醚柳胺增强黏菌素对肺炎克雷伯菌抗菌活性机制的转录组学分析

2

作者 韩荣嘉 张俊锴 +4 位作者 刘佩仪 苗青青 翟亚军 胡功政 吴华 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2024年第9期13-17,115-117,共8页

为了了解碘醚柳胺(rafoxanide,RAF)增强黏菌素(colistin,COL)对肺炎克雷伯菌抗菌活性的分子机制,试验采用微量肉汤稀释法初步判断RAF和COL单独或联合后对肺炎克雷伯菌KP1的最小抑菌浓度(MIC)及两药联合的部分抑菌浓度(FIC)指数,然后应... 为了了解碘醚柳胺(rafoxanide,RAF)增强黏菌素(colistin,COL)对肺炎克雷伯菌抗菌活性的分子机制,试验采用微量肉汤稀释法初步判断RAF和COL单独或联合后对肺炎克雷伯菌KP1的最小抑菌浓度(MIC)及两药联合的部分抑菌浓度(FIC)指数,然后应用转录组学方法对RAF和COL联合作用4 h后的耐药基因聚类热图、差异表达基因火山图、KEGG通路富集、KEGG功能注释及小分子代谢和转运的差异表达基因进行分析。结果表明:COL对KP1的MIC为128μg/mL,与RAF联用后MIC降低至0.25μg/mL。RAF和COL具有协同作用,FIC指数为0.007 8~0.008 8。与单药COL比较,两药联合后耐药基因bla_(CTX-M)、bla_(SHV)、aac(3)-Ⅱd、aph3-Ⅰ、aac(6′)-Ⅰb、gyrA、gyrB和parC的表达量均下降;共下调了2 017个差异表达基因;下调基因中富集程度和基因数目较为显著的通路有氨酰基-tRNA合成、卟啉与叶绿素代谢、脂多糖生物合成、氧化磷酸化和核糖体;显著富集的通路主要有碳水化合物代谢、辅助因子和维生素代谢、膜转运、氨基酸代谢、能量代谢和信号转导;甘油代谢、核糖体转运、氧化磷酸化、三羧酸循环和抗氧化等与小分子代谢和转运有关的差异表达基因下调。说明RAF可能通过影响肺炎克雷伯菌的代谢和相关小分子的转运功能来增强COL的抗菌活性。 展开更多

关键词 碘醚柳胺 黏菌素 肺炎克雷伯菌 转录组学分析 机制

原文传递

基底膜相关基因在类风湿关节炎不同中医证型中的转录组学分析及药物预测

3

作者 刘源 渠源 +2 位作者 万雅坤 郭婧宇 姜萍 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第25期5486-5500,共15页

背景:基底膜基因与类风湿关节炎的发生发展密切相关,但不同中医证型下基底膜相关基因在其发病机制中的作用尚不明确。目的:基底膜基因联合转录组学分析探讨类风湿关节炎5种不同中医证型的发病机制差异,并进行潜在治疗药物预测。方法:基... 背景:基底膜基因与类风湿关节炎的发生发展密切相关,但不同中医证型下基底膜相关基因在其发病机制中的作用尚不明确。目的:基底膜基因联合转录组学分析探讨类风湿关节炎5种不同中医证型的发病机制差异,并进行潜在治疗药物预测。方法:基于GEO数据库整理类风湿关节炎相关中医证型芯片数据以及基底膜相关基因,利用R-limma包筛选差异表达基因,Mfuzz包进行表达趋势分析。借助STRING数据库构建PPI网络,UPset筛选关键基因,通过R-clusterProfiler包对差异表达基因进行GSEA及富集分析,同时绘制ROC曲线评估基底膜相关核心靶点对5种证型分别的诊断价值。基于CIBERSORT核心算法计算每种证型的免疫浸润情况。最后,利用SymMap和COREMINE数据库预测可靶向基底膜相关核心基因治疗类风湿关节炎不同证型的潜在中药及小分子药物。结果与结论:①在5种类风湿关节炎中医证型中(风湿痹阻证、寒湿痹阻证、肝肾亏虚证、气血两虚证及血瘀阻络证)分别筛选出67,47,59,57,55个基底膜相关差异表达基因,其中关键靶点分别为5,7,5,3,5个。③各证型中富集最多的为细胞基质黏附、免疫细胞迁移及胶原代谢等生物过程以及细胞外基质受体相互作用、PI3K-Akt、局灶性粘连和Rap1信号通路等。④药物预测结果显示,土茯苓、川乌、绵马贯众及黄精是通过影响基底膜基因治疗5种类风湿关节炎中医证型最具潜力的中药。⑤结果证实,基底膜相关基因的异常表达可能是通过调控细胞附着、免疫细胞迁移及炎症反应等多个途径影响类风湿关节炎的发生和发展,在不同证型中有着差异表现,其中ITGA6可作为5种类风湿关节炎证型中共同的诊断标志物。清热解毒类中药可能是类风湿关节炎不同证型治疗中可以贯穿始终的潜在有效药物。 展开更多

关键词 基底膜相关基因 证型 类风湿关节炎 中药 转录组学分析 GSEA分析 免疫浸润 分子对接 药物预测 机制研究

下载PDF 职称材料

动脉瘤性蛛网膜下腔出血后迟发性脑缺血的转录组学分析

4

作者 郝广志 韩雨薇 霍达 《神经解剖学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期341-346,共6页

目的:基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学的方法分析动脉瘤性蛛网膜下腔出血(aSAH)后发生迟发性脑缺血(DCI)患者的差异表达基因及相关功能和通路。方法:从GEO数据库中筛选符合条件的患者mRNA数据集,将数据分为aSAH后发生DCI的患者... 目的:基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学的方法分析动脉瘤性蛛网膜下腔出血(aSAH)后发生迟发性脑缺血(DCI)患者的差异表达基因及相关功能和通路。方法:从GEO数据库中筛选符合条件的患者mRNA数据集,将数据分为aSAH后发生DCI的患者组和未发生DCI的对照组,利用R软件进行差异表达基因(DEGs)分析、基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析以及基因集富集分析(GSEA),寻找关键基因及相关功能通路。结果:鉴定得到140个差异表达基因;KEGG分析显示,有10条差异有显著性的富集信号通路(P<0.05),主要与低氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、谷氨酸能突触、细胞粘附分子、趋化因子信号通路等相关;根据GO功能分析得到显著富集条目26个,涉及生物过程、细胞组分、分子功能3类条目;GSEA分析表明,细胞外基质受体相互作用以及过氧化物酶体两个通路在患者组与对照组之间具有显著的富集差异。结论:aSAH后DCI的发生涉及到COL17A1、RPL11、FCAMR、GNB2L1、HIF1A等多个基因,并可通过血管功能障碍、炎症反应、神经损伤、氧化应激等多种途径影响DCI的发生。 展开更多

关键词 GEO数据库 动脉瘤性蛛网膜下腔出血 迟发性脑缺血 转录组学分析

原文传递

基于转录组学分析ADORA3在牙周炎中的表达及调控

5

作者 冯梅婷 鲁嘉韦 罗礼君 《口腔医学研究》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期613-618,共6页

目的:探讨腺苷A3受体(adenosine A3 receptor,ADORA3)在牙周炎中的表达模式及调控作用。方法:构建牙周炎动物模型,micro-CT和HE染色观察各组小鼠牙槽骨丧失和牙周组织病理形态,并对结扎侧和对照侧牙龈组织进行转录组测序分析Adora3表达... 目的:探讨腺苷A3受体(adenosine A3 receptor,ADORA3)在牙周炎中的表达模式及调控作用。方法:构建牙周炎动物模型,micro-CT和HE染色观察各组小鼠牙槽骨丧失和牙周组织病理形态,并对结扎侧和对照侧牙龈组织进行转录组测序分析Adora3表达差异,RT-qPCR法检测ADORA3在人和小鼠牙龈组织及巨噬细胞中表达情况,转录组测序分析ADORA3与下游靶基因相关性并通过RT-qPCR法验证。结果:小鼠牙周炎模型构建成功,结扎侧牙龈组织中Adora3表达上调。牙周炎患者牙龈组织中ADORA3表达上调,炎症微环境下Adora3表达降低。转录组测序分析显示Adora3表达与下游靶基因抑制蛋白β-2(arrestin beta-2,ARRB2)呈正相关,且Arrb2基因敲除后Adora3表达下调。结论:基于转录组学分析及体外实验验证,ADORA3在不同来源牙龈组织及巨噬细胞中差异表达,且ADORA3表达水平与ARRB2呈正相关。 展开更多

关键词 转录组学分析 牙周炎 腺苷A3受体 抑制蛋白β-2

下载PDF 职称材料

禽网状内皮组织增生症病毒感染鸡胚成纤维细胞的转录组学分析 被引量：2

6

作者 王静 杨彦超 +9 位作者 李凯 高立 王永强 张艳萍 崔红玉 刘长军 祁小乐 高玉龙 潘青 王笑梅 《中国家禽》 北大核心 2018年第14期19-24,共6页

为了更好地揭示禽网状内皮组织增生症病毒(REV)感染致瘤及免疫抑制的机制,利用Illumina HiSeq^(TM)技术对REV感染鸡胚成纤维细胞(CEF)后宿主细胞的转录组学进行了全面分析,鉴定REV感染24 h宿主差异表达基因1 147个,感染120 h差异表达基... 为了更好地揭示禽网状内皮组织增生症病毒(REV)感染致瘤及免疫抑制的机制,利用Illumina HiSeq^(TM)技术对REV感染鸡胚成纤维细胞(CEF)后宿主细胞的转录组学进行了全面分析,鉴定REV感染24 h宿主差异表达基因1 147个,感染120 h差异表达基因2 254个。通过差异表达基因GO分析和KEGG分析,发现TLRs、NLRs、RLRs等模式识别受体信号通路、WNT信号通路、JAK-STAT信号通路等在REV的致瘤及免疫调控机制中发挥重要作用,而且REV感染后可以诱发宿主的炎症反应,进一步加强REV的致病性及与其他病原的混合感染。结果对揭示REV的致病、致瘤及免疫抑制的分子机制提供了新的信息具有重要意义。 展开更多

关键词 REV CEF 致瘤 免疫抑制 转录组学分析

原文传递

大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)单核巨噬细胞低氧胁迫比较转录组学分析 被引量：5

7

作者 朱婷芳 管峰 +2 位作者 苗亮 史雨红 陈炯 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期335-344,共10页

低氧是鱼类在水生环境中的关键压力之一。而大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris,mudskipper)可能是少数能在低氧中自然呼吸的脊椎动物。本研究中,我们分析了低氧胁迫8h后大弹涂鱼头肾源单核巨噬细胞(monocytes/macrophages,MO/MΦ... 低氧是鱼类在水生环境中的关键压力之一。而大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris,mudskipper)可能是少数能在低氧中自然呼吸的脊椎动物。本研究中,我们分析了低氧胁迫8h后大弹涂鱼头肾源单核巨噬细胞(monocytes/macrophages,MO/MΦ)转录组变化。采用Illumina Hiseq 4000平台进行高通量测序,获得了大弹涂鱼MO/MΦ短时低氧胁迫相关的转录组数据,并将获得的原始数据上传至NCBI获得ID号:SRR9771486-SRR9771491(Bioproject PRJNA543702)。分析结果显示,P<0.05和|log2(fold change)|≥1条件下进行差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)筛选,低氧处理组中共获得4487个DEGs,包括2507个上调DEGs,1980个下调DEGs。其中低氧诱导因子(hypoxia-inducible factors,HIF)转录本的表达无显著变化,而血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor-A.VEGF-A)和3-磷酸甘油醛脱氢酶(glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)基因转录本表达上调。基因本体(Gene Ontology,GO)注释以及京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析揭示了糖酵解/糖异生和氧化磷酸化可能在MO/MΦ应对短时低氧胁迫中具有重要作用。随机选择10个DEGs进行实时荧光定量PCR验证,上述基因表达变化趋势与转录组数据一致。本研究揭示了在短时低氧胁迫下大弹涂鱼MO/MΦ基因表达及信号通路调控机制。 展开更多

关键词 低氧胁迫 基因表达 信号通路 比较转录组学分析 大弹涂鱼

下载PDF 职称材料

裂殖壶菌诱变株高产DHA机理的转录组学分析 被引量：2

8

作者 胡爱云 龚定芳 李莎 《中国油脂》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期120-126,共7页

利用RNA-seq技术对裂殖壶菌SR21的原始菌株和ARTP诱变所获取的DHA高产菌株NA2进行转录组分析。对基因进行功能注释和代谢通路的分类,寻找差异表达基因,并将这些基因归类到相关的代谢途径中,揭示诱变菌NA2中DHA产量提高的分子机理。结果... 利用RNA-seq技术对裂殖壶菌SR21的原始菌株和ARTP诱变所获取的DHA高产菌株NA2进行转录组分析。对基因进行功能注释和代谢通路的分类,寻找差异表达基因,并将这些基因归类到相关的代谢途径中,揭示诱变菌NA2中DHA产量提高的分子机理。结果表明:与原始菌株比较,诱变菌NA2中有314个基因上调,3个基因下调;上调的基因主要参与氨基酸代谢和能量代谢,为多不饱和脂肪酸的积累供应更多的乙酰辅酶A(乙酰-CoA)和还原型辅酶Ⅱ(NADPH)。利用荧光定量PCR验证基因的差异表达情况,结果与转录组分析一致。 展开更多

关键词 裂殖壶菌 DHA 转录组学分析 荧光定量PCR

下载PDF 职称材料

阿奇霉素及其杂质J对斑马鱼毒性的转录组学分析 被引量：1

9

作者 陈宁 黄权华 +2 位作者 苏军权 张苗青 张靖溥 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期241-244,共4页

目的 阿奇霉素在酸中的主要降解产物为3’-去克拉定糖阿奇霉素(杂质J)。本研究旨在利用模式动物斑马鱼,比较阿奇霉素及其杂质J体内诱导的毒性反应差异。方法 斑马鱼幼鱼(3 dpf)给予不同浓度的阿奇霉素和杂质J,3 d后,计算并比较两种化合... 目的 阿奇霉素在酸中的主要降解产物为3’-去克拉定糖阿奇霉素(杂质J)。本研究旨在利用模式动物斑马鱼,比较阿奇霉素及其杂质J体内诱导的毒性反应差异。方法 斑马鱼幼鱼(3 dpf)给予不同浓度的阿奇霉素和杂质J,3 d后,计算并比较两种化合物的LD;和LD;利用转录组学分析,比较阿奇霉素和杂质J导致机体表达谱的变化,并寻找显著性差异基因(DEGs);通过基因本体(GO)数据库对显著性差异基因进行功能归类分析,比较两种化合物对体内生物过程影响的可能差异。结果 阿奇霉素和杂质J对斑马鱼的致死作用相似;二者均可导致幼鱼基因表达谱发生明显改变,但在转录水平可调节的DEGs个数不同;阿奇霉素单独调节的DEGs(ctsc、gnpda、gck和tmem127),在显著差异性GO生物过程(变化倍数> 3,P<0.05)中,主要归类于调控与代谢相关和细胞生长相关的生物过程,而杂质J单独调节的DEGs(cxcl8b.1)在显著差异性GO生物过程中,归类于与免疫调控相关的生物过程;qRT-PCR结果显示验证了阿奇霉素单独调节的ctsc、gnpda、gck和tmem127基因以及杂质J单独调节的cxcl8b.1基因的表达变化与RNA-seq测序结果相似。结论 阿奇霉素和杂质J诱导斑马鱼幼鱼毒性反应的作用机制可能有所不同,为进一步探讨阿奇霉素在临床应用中产生不良反应的机制明确了方向。 展开更多

关键词 阿奇霉素 杂质J 斑马鱼 毒性 转录组学分析

下载PDF 职称材料

产2,3-丁二醇高木糖耐性肺炎克雷伯氏菌转录组学分析与发酵优化 被引量：2

10

作者 郭学武 张玉 +4 位作者 关翔宇 倪晓丰 汪庆 陈叶福 肖冬光 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期159-169,共11页

选育高木糖耐性肺炎克雷伯氏菌并对其进行转录组学分析与产2,3-丁二醇发酵条件的优化。首先通过适应性进化定向筛选出了具有高木糖耐受能力和2,3-丁二醇产量提高的肺炎克雷伯氏菌(KP2),然后对其进行转录组学分析与发酵条件优化。结果显... 选育高木糖耐性肺炎克雷伯氏菌并对其进行转录组学分析与产2,3-丁二醇发酵条件的优化。首先通过适应性进化定向筛选出了具有高木糖耐受能力和2,3-丁二醇产量提高的肺炎克雷伯氏菌(KP2),然后对其进行转录组学分析与发酵条件优化。结果显示,筛选出的高木糖耐性的肺炎克雷伯氏菌木糖的转化率提高了174.5%,2,3-丁二醇的产量提高了227%。转录组分析结果表明亲本菌株KPG和KP2菌株差异表达基因中有242个基因上调和263个基因下调。Pathway分析表明,转录水平的变化主要表现在信号转导、碳水化合物代谢、能量代谢和其它物质代谢等。在1L反应器中,初始木糖浓度120 g/L时最优发酵条件为:温度35℃,转速230 r/min,通气量0.7 L/min,最适pH值5.9。在最优条件下,2,3-丁二醇产量达43.75 g/L,相比优化前提高了32.7%。本研究获得了高效利用木糖生产2,3-丁二醇的菌株,对表型变化产生的机理在分子水平上进行阐述,并得到了最优的发酵条件,结果可以为2,3-丁二醇的生物转化提供参考,对2,3-丁二醇的生物法生产具有一定的指导意义。 展开更多

关键词 适应性进化 肺炎克雷伯氏菌 转录组学分析 响应面优化 2 3-丁二醇

下载PDF 职称材料

人呼吸道合胞病毒北京地区A亚型ON1基因型地方株感染A549细胞转录组学分析

11

作者 王凤杰 江明礼 +4 位作者 郭琪 李晓芸 孙宇 朱汝南 赵林清 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期128-133,共6页

目的应用转录组测序方法,分析北京地区人呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)A亚型优势流行基因型ON1地方株感染A549细胞后差异表达基因,为RSV防治提供潜在靶点。方法选用已经过全基因组测序确定为RSV A亚型ON1基因型的地... 目的应用转录组测序方法,分析北京地区人呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)A亚型优势流行基因型ON1地方株感染A549细胞后差异表达基因,为RSV防治提供潜在靶点。方法选用已经过全基因组测序确定为RSV A亚型ON1基因型的地方株(61397-ON1)感染A549细胞,提取总mRNA,通过转录组测序筛选出与未感染的A549细胞为对照的差异表达基因,对其进行GO分析、KEGG通路分析,同时随机选择6个差异表达倍数大于2倍的基因进行qRT-PCR验证。结果以未感染的A549细胞为对照,筛选出1632个差异表达基因,其中807个基因表达上调,825个基因表达下调。差异基因主要参与细胞因子反应以及MAPK级联反应正向调控等免疫应答相关生物过程,并在MAPK信号通路、NOD样受体信号通路、p53信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路及NF-κB信号通路发生了富集。选择的6个差异表达基因qRT-PCR验证结果与转录组数据趋势一致。结论RSV A亚型ON1基因型毒株感染A549细胞后的差异表达基因主要参与细胞因子应答及免疫相关信号通路,为RSV致病的分子机制及防治策略研究提供基础资料。 展开更多

关键词 呼吸道合胞病毒 地方株 ON1基因型 转录组学分析 差异表达基因

原文传递

双荧光标记的人高骨转移肺腺癌细胞株的建立及其转录组学特征分析

12

作者 陆悦 仇荣 +2 位作者 邓妍 刘星羽 杜玉珍 《中国肺癌杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期257-265,共9页

背景与目的骨是肺腺癌常见的转移部位,但肺腺癌骨转移的机制尚不明确。目前肺腺癌骨转移机制研究缺乏易于示踪且稳定高骨转移的肺腺癌细胞模型,因此,本研究旨在建立绿色荧光蛋白(green f luorescent protein,GFP)和萤火虫荧光素酶(firef... 背景与目的骨是肺腺癌常见的转移部位,但肺腺癌骨转移的机制尚不明确。目前肺腺癌骨转移机制研究缺乏易于示踪且稳定高骨转移的肺腺癌细胞模型,因此,本研究旨在建立绿色荧光蛋白(green f luorescent protein,GFP)和萤火虫荧光素酶(firefly luciferase,LUC)双标记的人高骨转移肺腺癌细胞株,为肺腺癌骨转移的研究提供新的实验工具。方法人肺腺癌细胞系A549-GFP-LUC经左心室注射至裸鼠体内构建骨转移模型,经连续3次体内驯化,获取人高骨转移肺腺癌细胞株A549-GFP-LUC-BM3;CCK-8(cell counting kit-8)、克隆形成实验比较A549-GFP-LUC-BM3细胞株和亲本细胞的体外增殖能力,划痕实验、Transwell实验以及Western blot比较迁移和侵袭能力;并进一步将A549-GFP-LUC-BM3细胞和亲本细胞行测序转录组学分析。结果成功建立人高骨转移肺腺癌细胞A549-GFP-LUC-BM3,相较于亲本细胞,该细胞骨转移发生率显著提高,且体外增殖、迁移和侵袭能力显著增强。转录组学测序结果显示,相较于亲本细胞,A549-GFP-LUC-BM3细胞中共筛选到差异基因2954个,其中1021个基因上调,1933个基因下调;基因本体(Gene Ontology,GO)功能富集显示差异基因主要定位于细胞外周、质膜以及细胞外基质等细胞组分,分子功能主要富集在信号受体结合、钙离子结合和细胞外基质结构成分等,生物过程富集在细胞黏附和生物黏附等;京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析显示差异基因在细胞色素P450(cytochrome P450,CYP)对外源性物质的代谢、视黄醇代谢、细胞黏附分子、CYP对药物代谢、类固醇激素的生物合成以及核因子κB(nuclear factor kappa B,NF-κB)信号通路上显著富集。结论成功建立GFP和LUC双标记的人高骨转移肺腺癌细胞株,该细胞株在生物学行为水平和转录组测序水平均提示具有高骨转移潜能。 展开更多

关键词 肺肿瘤 骨转移 动物模型 细胞株 转录组学分析

下载PDF 职称材料

两种小鼠主动脉夹层模型的转录组学特征比较研究

13

作者 刘燕 周梅 +3 位作者 俞锫杰 齐斐然 高诗娟 杜杰 《心肺血管病杂志》 CAS 2024年第8期882-888,共7页

目的:比较β-氨基丙腈(β-aminoacetonitrile,BAPN)和BAPN联合血管紧张素Ⅱ(angiotensinⅡ,AngⅡ)诱导的两种小鼠主动脉夹层(aortic dissection,AD)模型的转录组学特征。方法:3周龄,雄性,30只C57BL/6J小鼠,随机分为两组:对照组(Ctrl-1)1... 目的:比较β-氨基丙腈(β-aminoacetonitrile,BAPN)和BAPN联合血管紧张素Ⅱ(angiotensinⅡ,AngⅡ)诱导的两种小鼠主动脉夹层(aortic dissection,AD)模型的转录组学特征。方法:3周龄,雄性,30只C57BL/6J小鼠,随机分为两组:对照组(Ctrl-1)10只,BAPN诱导的AD模型组(BAPN)20只,模型组饲喂含0.4%BAPN的鼠粮3周。8~10周龄小鼠30只随机分为两组:对照组(Ctrl-2)10只,BAPN联合Ang II诱导的AD模型组(BAPN+AngⅡ)20只,模型组给予Ang Ⅱ(1 000 ng·kg^(-1)·min^(-1))持续灌注4周,前2周饲喂含0.15%BAPN的鼠粮。两种模型分别采集主动脉大体图像分析AD形成部位,主动脉切片进行弹力纤维(elastic Verhoeff’s Van Gieson,EVG)染色评估弹力纤维紊乱。主动脉组织进行转录组测序,并对与对照组相比的差异基因进行KEGG Pathway和GO功能富集分析;分析两种模型中共同的差异基因及其功能。结果:BAPN诱导的AD主要发生在胸主动脉,BAPN+AngⅡ诱导的AD主要在腹主动脉,胸主动脉基本都有扩张,部分有夹层,EVG染色显示两种模型主动脉都存在弹力纤维的降解、断裂以及壁内血栓。转录组分析结果显示,两个模型中的上调基因均可富集出炎症、成骨细胞分化和细胞外基质等相关功能条目;2个模型中表达下调基因差异较大,BAPN组主要集中于免疫与脂质代谢方面,而BAPN+AngⅡ组则以平滑肌细胞收缩相关基因富集最为显著。结论:两种AD模型的主动脉瘤和夹层形成部位存在差异,上调基因功能比较相似,下调基因差异较大,两种模型各有特点,可在应用中互补。 展开更多

关键词 主动脉夹层 小鼠模型 转录组学分析 炎症 平滑肌细胞

下载PDF 职称材料

基于转录组学分析多发性硬化相关的铁死亡基因及其免疫浸润

14

作者 张少如 郑志鹏 +1 位作者 沙敏 卢慧敏 《泰州职业技术学院学报》 2024年第6期70-74,共5页

目的通过转录组学分析探讨多发性硬化(MS)中铁死亡基因免疫浸润及综合网络调控。方法采用转录组学分析方法鉴定MS中相关铁死亡基因表达,通过GO和KEGG进行富集分析。运用LASSO和SVM-RFE算法识别MS中的关键铁死亡基因,采用ROC曲线分析评... 目的通过转录组学分析探讨多发性硬化(MS)中铁死亡基因免疫浸润及综合网络调控。方法采用转录组学分析方法鉴定MS中相关铁死亡基因表达,通过GO和KEGG进行富集分析。运用LASSO和SVM-RFE算法识别MS中的关键铁死亡基因,采用ROC曲线分析评价其诊断效能。构建MS小鼠模型通过qRT-PCR验证其表达。CIBERSORT算法探索关键铁死亡基因与免疫细胞浸润的相关性。利用在线数据库和Cytoscape分别预测候选小分子化合物/药物、转录因子和miRNA。结果筛选出MS中39个为铁死亡基因,与氧化应激相关。确定了BRD7、MTDH和SMAD7为MS关键铁死亡基因,三者的诊断效能高,在MS小鼠模型中表达均较对照组升高;且与免疫浸润高度相关。结论MS中铁死亡基因BRD7、MTDH及SMAD7与免疫浸润密切相关。 展开更多

关键词 多发性硬化 铁死亡 转录组学分析 免疫浸润

下载PDF 职称材料

香芹酚胁迫下酿酒酵母的生理特性和转录组分析

15

作者 牛力源 孙晓诚 +3 位作者 刘静飞 吴梓浩 白艳红 张志坚 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第9期75-83,共9页

本研究以果蔬产品中常见的致腐菌酿酒酵母为对象,探究香芹酚胁迫对酿酒酵母生理特性和转录组的影响。结果表明:香芹酚对酿酒酵母的最小抑菌浓度为160μg/mL;随着环境温度的升高(20~40℃),香芹酚(160μg/mL)对酿酒酵母的抑制作用逐渐增强... 本研究以果蔬产品中常见的致腐菌酿酒酵母为对象,探究香芹酚胁迫对酿酒酵母生理特性和转录组的影响。结果表明:香芹酚对酿酒酵母的最小抑菌浓度为160μg/mL;随着环境温度的升高(20~40℃),香芹酚(160μg/mL)对酿酒酵母的抑制作用逐渐增强,环境pH 3~4.5对香芹酚的抗菌效果没有明显影响,然而果糖的添加(20~80 g/L)可显著降低其抑菌活性;经香芹酚处理后,酿酒酵母细胞壁膜结构受损,细胞膜通透性增加并发生去极化,胞内物质泄漏,线粒体膜电位降低,胞内Ca^(2+)稳态失衡、ATP水平下降;通过转录组测序分析发现,香芹酚胁迫抑制线粒体呼吸链复合体、ATP合成酶以及线粒体核糖体结构蛋白的生物合成,阻碍呼吸链电子传递和干扰线粒体核糖体相关的生命活动。 展开更多

关键词 香芹酚 酿酒酵母 生理特性 转录组学分析 抑菌机制

下载PDF 职称材料

脊髓康促进脊髓损伤修复的机制研究及其转录组学分析 被引量：1

16

作者 汪国澎 邵阳 +6 位作者 吴毛 李绍烁 王浩阗 王善付 吴明达 戎毅 王建伟 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1837-1840,共4页

目的实验研究中药脊髓康对脊髓损伤大鼠星形胶质细胞活化的影响及基于转录组学探讨其机制。方法将SD大鼠随机分为模型组、假手术组、治疗组。治疗组和模型组均运用改良Allen法构建脊髓损伤模型,于术后开始分别给予等量脊髓康药液或生理... 目的实验研究中药脊髓康对脊髓损伤大鼠星形胶质细胞活化的影响及基于转录组学探讨其机制。方法将SD大鼠随机分为模型组、假手术组、治疗组。治疗组和模型组均运用改良Allen法构建脊髓损伤模型,于术后开始分别给予等量脊髓康药液或生理盐水灌胃。应用斜板实验和BBB评分法来评价造模前1天,造模后第7、14、21天各组大鼠脊髓损伤的严重程度。收集上述造模后时间段三组大鼠的脊髓组织,免疫组化法观察星形胶质细胞GFAP的表达。应用RNA-Seq对术后第21d的模型组与治疗组大鼠脊髓组织进行转录组学测序寻找显著性差异基因(DEGs),并进一步GO和KEGG富集分析筛选脊髓康发挥脊髓修复作用的可能通路,并使用Western blot法进行验证。结果在造模后,治疗组大鼠斜板实验和BBB评分明显优于模型组,差异具有统计学意义(P<0.05)。免疫组化结果显示,治疗组的反应性星形胶质细胞数量较模型组的少,形态结构也更清。差异基因表达结果显示模型组与治疗组共有525个差异基因,其中71个上调基因,下调基因454个。GO富集分析结果显示,在生物过程中差异基因表达表现在肿瘤坏死因子产物的正调控、细胞迁移的正调控、血管生成、免疫应答等。KEGG通路分析多富集于蛋白质的消化和吸收、癌症中的蛋白聚糖等调控细胞和癌症的通路。Western blot检测结果显示HIPPO-YAP信号通路相关蛋白YAP表达上调,MST1、LATS1表达下调。结论脊髓康通过HIPPO-YAP信号通路抑制星形胶质细胞活化从而促进大鼠神经功能的恢复。 展开更多

关键词 脊髓康 脊髓损伤 星形胶质细胞 转录组学分析 HIPPO-YAP通路

原文传递

基于转录组学分析探究半夏白术天麻汤撤药治疗的氨基酸代谢特征 被引量：1

17

作者 杨欣 何佳忆 +1 位作者 郭向鑫 田茸 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期2512-2521,共10页

该研究基于转录组学分析方法,结合氯化锂-匹罗卡品诱导的癫痫大鼠模型,明确半夏白术天麻汤撤药治疗方案的有效性,探究半夏白术天麻汤撤药治疗与氨基酸代谢的关系。构建氯化锂-匹罗卡品癫痫大鼠模型,设置对照组(control group,Ctrl)、模... 该研究基于转录组学分析方法,结合氯化锂-匹罗卡品诱导的癫痫大鼠模型,明确半夏白术天麻汤撤药治疗方案的有效性,探究半夏白术天麻汤撤药治疗与氨基酸代谢的关系。构建氯化锂-匹罗卡品癫痫大鼠模型,设置对照组(control group,Ctrl)、模型组(epilepsy group,Ep)、中西药结合治疗组(Banxia Baizhu Tianma Decoction&antiepileptic drug integrative group,BADIG)、撤药治疗组(antiepileptic drug withdrawal group,ADWG)。Ctrl和Ep以超纯水灌胃12周;BADIG灌胃半夏白术天麻汤浸膏和卡马西平溶液12周;ADWG前6周灌胃半夏白术天麻汤浸膏和卡马西平溶液,后6周仅灌胃半夏白术天麻汤浸膏。通过大鼠行为学、脑电图和神经元细胞病理变化评估疗效。高通量测序获取海马组织中氨基酸代谢相关差异基因,采用qRT-PCR验证各组海马组织中mRNA的表达,构建蛋白-蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络筛选核心基因,并对其进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。针对ADWG vs BADIG分别构建circRNA-miRNA-mRNA和lncRNA-miRNA-mRNA 2组ceRNA网络。结果显示,与Ep比较,ADWG大鼠在行为学、脑电图以及神经元病理形态学上均得到显著改善。转录组学分析共筛选出34个氨基酸代谢相关基因,并通过qRT-PCR实验对测序结果进行验证,构建PPI网络获取8个核心基因,涉及多条氨基酸代谢相关生物学过程、分子功能以及信号通路。根据氨基酸代谢相关基因,在ADWG vs BADIG中构建了由17个circRNA、5个miRNA和2个mRNA构成的circRNA-miRNA-mRNA三元转录网络,以及由10个lncRNA、5个miRNA和2个mRNA构成的lncRNA-miRNAmRNA三元转录网络。综上所述,半夏白术天麻汤能有效实现抗癫痫药物的撤药,其机制可能与氨基酸代谢的转录组学调控有关。 展开更多

关键词 抗癫痫药物撤药 氨基酸代谢 半夏白术天麻汤 海马 癫痫 转录组学分析

原文传递

N-甲基-D-天冬氨酸诱导的视网膜兴奋性毒性大鼠模型中5-甲基胞嘧啶的表观转录组学分析

18

作者 王森楠 李亚红 +1 位作者 刘勋 张琰 《中华眼底病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期836-843,共8页

目的分析和验证N-甲基-D-天冬氨酸(NMDA)诱导的视网膜兴奋性毒性大鼠模型中经5-甲基胞嘧啶(m5C)甲基化修饰的转录本的差异性表达。方法7~8周龄雄性Sprague Dawley大鼠65只,随机分为正常对照组、NMDA组。NMDA组大鼠右眼(模型眼)玻璃体腔... 目的分析和验证N-甲基-D-天冬氨酸(NMDA)诱导的视网膜兴奋性毒性大鼠模型中经5-甲基胞嘧啶(m5C)甲基化修饰的转录本的差异性表达。方法7~8周龄雄性Sprague Dawley大鼠65只,随机分为正常对照组、NMDA组。NMDA组大鼠右眼(模型眼)玻璃体腔注射浓度为50.0 mmol/L的NMDA 3μl,正常对照组大鼠右眼玻璃体腔注射等体积生理盐水。建模后7 d,采用视觉诱发电位检测大鼠视神经传导功能;苏木精-伊红染色观察大鼠视网膜整体结构,检测视网膜各层厚度以及视网膜神经节细胞层的细胞数量;视网膜铺片免疫荧光染色检测β3微管蛋白免疫荧光染色阳性细胞个数。收集正常对照组、NMDA组大鼠视网膜,提取总RNA,进行高通量m5C修饰RNA测序,并进行生物信息学分析;实时定量聚合酶链反应检测视网膜中SLFN3、PLXNB3、CD36、HIC2 mRNA相对表达量。组间比较行非配对t检验。结果正常对照组、NMDA组P1波潜伏期分别为(117.86±6.48)、(148.46±3.78)ms,振幅分别为(42.57±2.41)、(8.68±0.63)μV;与正常对照组比较,NMDA组潜伏期延长,振幅显著下降,差异均有统计学意义(P<0.001)。正常对照组大鼠视网膜神经节细胞(RGC)排列均匀,细胞核大而圆;NMDA组大鼠视网膜RGC体积萎缩,数量减少,细胞核固缩。正常对照组、NMDA组视网膜总厚度分别为(207.51±12.76)、(187.51±12.54)μm;β3微管蛋白阳性细胞数分别为(79.86±6.56)、(29.36±2.16)个。与正常对照组比较,NMDA组视网膜总厚度、β3微管蛋白阳性细胞数均降低,差异有统计学意义(P<0.01)。与正常对照组比较,NMDA组筛选出差异表达m5C mRNA 576个,其中上调、下调基因分别为230、346个。生物信息分析结果显示,与正常对照组比较,NMDA组表达上调的m5C mRNA主要参与感知力、细胞-细胞黏附等生物过程,主要富集于细胞因子-细胞因子受体的相互作用、神经活性配体-受体相互作用通路中;表达下调的m5C mRNA参与的生物过程主要包括G蛋白偶联受体信号传导途径、细胞通信等,主要富集于原发性免疫缺陷通路、神经活性配体-受体相互作用等通路中。实时定量聚合酶链反应检测结果显示,相对于正常对照组,NMDA组大鼠视网膜中SLFN3、PLXNB3 mRNA相对表达量明显升高,CD36、HIC2 mRNA相对表达量明显降低,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论NMDA诱导的视网膜兴奋性毒性大鼠模型中,经m5C修饰的视网膜转录组存在异常表达。 展开更多

关键词 N-甲基-D-天冬氨酸 5-甲基胞嘧啶 视网膜兴奋性毒性 转录组学分析 动物实验

原文传递

采后黄瓜在冷驯化处理过程中的转录组变化

19

作者 王斌 杨盼迪 +1 位作者 王玉昆 蒋园园 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期256-270,共15页

采后黄瓜是冷敏性果菜类蔬菜,在低温贮藏时易发生冷害。前期研究结果表明,冷驯化处理通过诱导采后黄瓜耐冷性,减少冷害发生。为探究冷驯化处理诱导的转录组学变化,以采后黄瓜为试材,分析冷驯化处理期间的转录组变化。与贮藏前(0 h)相比... 采后黄瓜是冷敏性果菜类蔬菜,在低温贮藏时易发生冷害。前期研究结果表明,冷驯化处理通过诱导采后黄瓜耐冷性,减少冷害发生。为探究冷驯化处理诱导的转录组学变化,以采后黄瓜为试材,分析冷驯化处理期间的转录组变化。与贮藏前(0 h)相比,在冷驯化处理12 h和72 h时,分别鉴定到1 870和3 550个差异表达基因。基因表达验证结果表明,RT-qPCR和转录组结果高度一致,证明转录组测序数据的准确性和可靠性。GO富集分析结果显示,冷驯化处理诱导的差异表达基因主要富集在氧化还原过程、细胞膜组分和转录因子活性3个GO途径中,表明冷驯化处理通过调节细胞膜组分、细胞内氧化还原状态,增强冷藏黄瓜耐冷性。进一步分析发现,104个转录因子基因响应冷驯化低温,差异表达的转录因子主要是ERF、bZIP、WRKY和HSF家族,表明转录因子介导的转录调控在冷驯化诱导的耐冷性中发挥重要作用。研究结果为采后黄瓜诱导耐冷性提供了新见解,有助于加深对冷驯化诱导耐冷性分子机理的认识,为耐冷黄瓜培育提供了重要基因资源。 展开更多

关键词 采后黄瓜 耐冷性 冷驯化 转录组学分析 转录因子

下载PDF 职称材料

“低甲醇浓度-高溶解氧浓度”策略诱导毕赤酵母高效表达HSA-GCSF^m及其转录组学机理分析 被引量：2

20

作者 涂庭勇 贾禄强 +2 位作者 孙佼文 陈珊珊 史仲平 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期1-8,共8页

甲醇/山梨醇共混诱导毕赤酵母(Mut^+,GS115)表达人血清白蛋白-人粒细胞集落刺激因子突变体融合蛋白(HSA-GCSFm)的过程中,甲醇消耗与O_2消耗相互偶联,难以将甲醇浓度和溶解氧浓度(DO)同时维持在高水平。该文研究探讨了"低甲醇浓度-... 甲醇/山梨醇共混诱导毕赤酵母(Mut^+,GS115)表达人血清白蛋白-人粒细胞集落刺激因子突变体融合蛋白(HSA-GCSFm)的过程中,甲醇消耗与O_2消耗相互偶联,难以将甲醇浓度和溶解氧浓度(DO)同时维持在高水平。该文研究探讨了"低甲醇浓度-高DO"和"高甲醇浓度-低DO"诱导策略下HSA-GCSFm的表达性能。结果表明,"低甲醇浓度-高DO"诱导策略策略下的HSA-GCSF^m浓度达到587.5 mg/L,而"高甲醇浓度-低DO"诱导策略下的HSA-GCSF^m浓度仅达到106 mg/L。利用转录组学技术分析上述2种诱导策略引起HSA-GCSF^m表达水平差异的分子机制,结果表明:"低甲醇浓度-高DO"条件下甲醇代谢途径、TCA循环和过氧化物酶体相关的部分基因上调,而与蛋白水解作用相关的部分基因下调,表明该条件下甲醇和山梨醇的代谢活性更高,细胞抗高DO冲击的能力更强,错误折叠的蛋白减少。 展开更多

关键词 毕赤酵母 甲醇浓度 溶解氧浓度 转录组学分析

下载PDF 职称材料