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基于cDNA微阵列数据对乳酸菌生长及应激代谢转录组特征的研究 被引量：1
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作者 李家鹏 任琳 +1 位作者 田寒友 乔晓玲 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第23期370-376,共7页
应用本实验室编写的perl程序包将GEO数据库中乳酸菌生长、应激代谢相关实验数据和相应的基因组数据整合,构建易于本地查询和访问的MySQL数据库,利用该数据库研究乳酸菌在生长、衰亡及应对不利环境(如胆盐、过氧化氢、碳氮源饥饿)时的转... 应用本实验室编写的perl程序包将GEO数据库中乳酸菌生长、应激代谢相关实验数据和相应的基因组数据整合,构建易于本地查询和访问的MySQL数据库,利用该数据库研究乳酸菌在生长、衰亡及应对不利环境(如胆盐、过氧化氢、碳氮源饥饿)时的转录组特征,并利用MEME软件寻找到了各种情况下部分协同表达基因前导序列的共有motif,即潜在的调控蛋白作用位点。结果表明:除了胆汁和草酸铵对嗜酸乳杆菌细胞代谢特征的影响具有较高的一致性外,面对其他压力环境乳酸菌细胞的应激模式具有较大的差异,有着各自受到特异性诱导表达或抑制的基因群,但在各种情况下翻译(J)、脂类运输和代谢(I)、细胞内运输和分泌(U)相关因的转录水平变化都比较显著,特别是蛋白质翻译相关基因变化最为明显,说明细胞主要通过调控蛋白质翻译相关基因的种类和表达量来对细胞的状态进行调整。 展开更多
关键词 乳酸菌 CDNA微阵列 应激代谢 转录组特征
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碱胁迫下“鲟龙1号”(Huso dauricus♀×Acipenser schrenckii♂)鳃组织结构变化及转录表达特征 被引量：3
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作者 杨合霖 张颖 +2 位作者 王念民 徐伟 吕伟华 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2022年第4期40-46,共7页
为探究碱胁迫下杂交鲟“鲟龙1号”(Huso dauricus♀×Acipenser schrenckii♂)的响应机制,本研究设置了淡水组(3.13~3.20 mmol/L)与胁迫组(14.4~16.67 mmol/L),采集鳃进行了组织病理分析,并利用转录组测序技术,进一步分析转录组表... 为探究碱胁迫下杂交鲟“鲟龙1号”(Huso dauricus♀×Acipenser schrenckii♂)的响应机制,本研究设置了淡水组(3.13~3.20 mmol/L)与胁迫组(14.4~16.67 mmol/L),采集鳃进行了组织病理分析,并利用转录组测序技术,进一步分析转录组表达特征。结果显示:高碱胁迫下“鲟龙1号”鳃组织出现明显损伤,鳃小片末端发生肿胀、卷曲和融合,鳃上细胞出现增生和膨大。转录组测序共获得80422条Unigene,富集到GO数据库的差异表达基因为371个,其中87个基因表达上调,284个基因表达下调,富集到KEGG的代谢通路主要为矿物吸收、近曲小管碳酸氢盐重吸收和胃酸分泌等通路,其中近曲小管碳酸氢盐重吸收为主效应途径,该途径的Nhe3、Atp1a、Atp1b和Gdha基因显著表达下调。综上所述,碱度为14.4~16.67 mmol/L的条件下,“鲟龙1号”幼鱼已发生鳃组织损伤,且矿物质重吸收、钾/钠离子转运与排氨等功能受到影响。 展开更多
关键词 碱胁迫 “鲟龙1号”(Huso dauricus♀×Acipenser schrenckii♂) 鳃 组织病理 转录组特征
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基于转录组特征基因反向匹配方法发现抗流感病毒化合物BIX02189
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作者 吴悠 陈姝冰 +1 位作者 唐克 郭颖 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期3002-3010,共9页
流感病毒是RNA病毒,分甲、乙、丙、丁4型,其中甲型流感病毒和乙型流感病毒可引发人类急性呼吸道疾病,全球每年约30万患者死于流感感染。流感病毒的生命周期高度依赖宿主,靶向宿主因子已经成为抗病毒药物研究的重要策略。本研究通过转录... 流感病毒是RNA病毒,分甲、乙、丙、丁4型,其中甲型流感病毒和乙型流感病毒可引发人类急性呼吸道疾病,全球每年约30万患者死于流感感染。流感病毒的生命周期高度依赖宿主,靶向宿主因子已经成为抗病毒药物研究的重要策略。本研究通过转录组特征基因反向匹配(transcriptome signature reversion,TSR)方法,计算获得干预多宿主因子的抗流感病毒化合物列表,评价列表中化合物体外抗流感病毒活性,最终获得活性化合物BIX02189。结果显示,BIX02189具有广谱抗流感病毒活性,抗甲流病毒H1N1(A/Puerto Rico/8/1934)和乙流病毒(B/江西新建/BV/39/2008)的半数有效浓度(half maximal effective concentration,EC_(50))分别为17.1和9.4μmol·L^(-1),其中抗甲流活性优于利巴韦林(97.9μmol·L^(-1))。转录组间无监督学习相似性成簇分析显示,BIX02189的抗流感病毒主要机制可能通过干预Raf/MEK/ERK通路,实现对流感病毒颗粒的生成和释放的阻断。 展开更多
关键词 流感病毒 宿主因子 化合物扰动细胞转录特征基因 转录组特征基因反向匹配 BIX02189
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基于外周血转录组定性特征的活动性结核识别标志构建
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作者 马赛君 陈坤 +3 位作者 刘晟 林添钰 张胜行 陈湖星 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1651-1658,共8页
目的基于单个样本内基因表达值的相对高低秩序关系(REOs)构建识别活动性结核的基因对标志。方法以来自4 个数据集的75 例活动性结核及69 例潜伏感染者的外周全血样本为训练集, 分别提取上述两类样本基因表达谱中高度稳定的REOs模式;然... 目的基于单个样本内基因表达值的相对高低秩序关系(REOs)构建识别活动性结核的基因对标志。方法以来自4 个数据集的75 例活动性结核及69 例潜伏感染者的外周全血样本为训练集, 分别提取上述两类样本基因表达谱中高度稳定的REOs模式;然后筛选出二者间REOs模式发生逆转的基因对集合, 并根据每个基因对在两类样本间发生逆转的程度将其降序排列;最后选取分类准确率最高的前k 个基因对作为标志, 进行独立数据集验证。结果在训练集中筛选出一个由7对基因组成的标志, 即7-GPS;该标志应用多数投票规则区分活动性结核与潜伏感染样本的准确率为88.89%, 区分活动性结核与正常样本的准确率为90.09%;在来自不同检测平台的混合验证数据中, 其区分活动性结核与潜伏感染样本的受试者工作特征曲线下面积(AUC)为0.914(95%CI:0.881~0.948), 区分活动性结核与正常样本的AUC为0.934(95%CI:0.904~0.964);另外, 该标志中的4 个基因ETV7、BATF2、ANKRD22与CARD17P倾向于在活动性结核外周血样本中高表达, 且其表达值与临床抗结核治疗时间显著相关。结论 7-GPS标志的分类效能良好, 适合对单个外周血样本进行个体化分析, 具有一定的应用潜力。 展开更多
关键词 活动性结核 潜伏性结核 外周血 基因表达值的相对高低秩序关系 转录组定性特征
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