目的为了探知宁夏枸杞Lycium barbarum花药发育过程及挖掘花药发育相关基因。方法以单双核花粉时期和成熟花粉时期的花药为研究材料,通过高通量Illumina HiSeq2500测序平台进行转录组分析。结果组装共获得128151条Unigene,将Unigene与N...目的为了探知宁夏枸杞Lycium barbarum花药发育过程及挖掘花药发育相关基因。方法以单双核花粉时期和成熟花粉时期的花药为研究材料,通过高通量Illumina HiSeq2500测序平台进行转录组分析。结果组装共获得128151条Unigene,将Unigene与NCBI的非冗余蛋白质数据库(non-redundant protein databasse,NR)、去冗余的蛋白序列数据库(Swiss prot protein database,Swiss-Prot)、基因本体数据库(gene ontology,GO)、直源同源群集数据库(clusters of orthologous groups,COG)、真核同源群数据库(euKaryotic orthologous groups,KOG)、基因功能和代谢途径数据库(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)数据库比对,共有40140条得到注释。在错误发现率(false discovery rate,FDR)<0.05且差异倍数(fold change,FC)≥2的条件下,单双核花粉时期与成熟花粉时期的差异表达基因共有46个。KEGG注释发现有4个差异表达基因参与甘油酯代谢、亚油酸代谢、苯丙氨酸代谢和苯丙烷类生物合成4个途径中。富含亮氨酸重复蛋白、细胞周期蛋白、类受体蛋白激酶、E3泛素蛋白连接酶等11个差异表达基因参与了花药发育过程。随机选取其中5个差异表达基因进行qRT-PCR验证,表达结果与转录组数据基本一致,表明其数据真实可靠。结论为进一步解释宁夏枸杞花药发育的相关分子机制奠定了基础,也为后续研究宁夏枸杞花药发育的生物学特征提供了有益的基因资源。展开更多
文摘目的为了探知宁夏枸杞Lycium barbarum花药发育过程及挖掘花药发育相关基因。方法以单双核花粉时期和成熟花粉时期的花药为研究材料,通过高通量Illumina HiSeq2500测序平台进行转录组分析。结果组装共获得128151条Unigene,将Unigene与NCBI的非冗余蛋白质数据库(non-redundant protein databasse,NR)、去冗余的蛋白序列数据库(Swiss prot protein database,Swiss-Prot)、基因本体数据库(gene ontology,GO)、直源同源群集数据库(clusters of orthologous groups,COG)、真核同源群数据库(euKaryotic orthologous groups,KOG)、基因功能和代谢途径数据库(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)数据库比对,共有40140条得到注释。在错误发现率(false discovery rate,FDR)<0.05且差异倍数(fold change,FC)≥2的条件下,单双核花粉时期与成熟花粉时期的差异表达基因共有46个。KEGG注释发现有4个差异表达基因参与甘油酯代谢、亚油酸代谢、苯丙氨酸代谢和苯丙烷类生物合成4个途径中。富含亮氨酸重复蛋白、细胞周期蛋白、类受体蛋白激酶、E3泛素蛋白连接酶等11个差异表达基因参与了花药发育过程。随机选取其中5个差异表达基因进行qRT-PCR验证,表达结果与转录组数据基本一致,表明其数据真实可靠。结论为进一步解释宁夏枸杞花药发育的相关分子机制奠定了基础,也为后续研究宁夏枸杞花药发育的生物学特征提供了有益的基因资源。
