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2001—2022年鸽圆环病毒的遗传变异分析
1
作者 郎雯 陈煜杰 +3 位作者 吴敏慧 苏梦容 阮莲 吕其壮 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2024年第1期109-116,共8页
鸽圆环病毒(Pigeon circovirus,PiCV)是近几年发现的一种能引起感染鸽免疫抑制的病毒,属于圆环病毒科圆环病毒属。为研究PiCV的流行特征和遗传进化规律,试验从GenBank中选取208株PiCV全基因组序列,利用生物信息学软件,通过构建PiCV全基... 鸽圆环病毒(Pigeon circovirus,PiCV)是近几年发现的一种能引起感染鸽免疫抑制的病毒,属于圆环病毒科圆环病毒属。为研究PiCV的流行特征和遗传进化规律,试验从GenBank中选取208株PiCV全基因组序列,利用生物信息学软件,通过构建PiCV全基因组系统发育树,进行核苷酸同源性比较、氨基酸序列比对分析、抗原表位分析和基因重组等方式对其进行遗传变异分析。结果表明:基于构建的系统发育树可将208株PiCV毒株分为A(54.81%,114/208)和B(45.19%,94/208)两个基因型,其中A基因型可进一步分为A-1、A-2、A-3、A-4、A-55个不同的亚群,B基因型可进一步分为B-1、B-2、B-3、B-44个不同的亚群。208株PiCV全基因组序列的相似性为83.8%~100%。PiCV Cap蛋白氨基酸序列上存在氨基酸的点突变、缺失和插入等情况。208株PiCV全基因组序列中存在大量重组事件(44个),涉及A基因型序列中所包含的遗传物质的直接交换及ORF C1基因小片段的转移。说明PiCV的变异具有多样性。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒(PiCV) 遗传变异分析 重组分析 系统发育树 氨基酸序列分析
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广西壮族自治区1株类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)GP5基因的遗传变异分析
2
作者 周明旭 黄张玲 +9 位作者 黄胜斌 周庆安 胡丽萍 莫胜兰 韩银华 蓝惠华 颜健华 韦海娜 熊毅 何奇松 《畜牧与饲料科学》 2024年第3期100-106,共7页
[目的]了解广西壮族自治区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的分子流行病学特征并揭示其遗传变异情况。[方法]利用PRRSV实时荧光RT-PCR试剂盒(通用型)对采集自广西壮族自治区某猪场... [目的]了解广西壮族自治区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的分子流行病学特征并揭示其遗传变异情况。[方法]利用PRRSV实时荧光RT-PCR试剂盒(通用型)对采集自广西壮族自治区某猪场临床发病猪只的肺脏组织样本进行PRRSV检测;利用PRRSV美洲型经典株与类NADC30 PRRSV毒株双重实时荧光RT-PCR试剂盒对样本进行进一步鉴定;采用PCR法扩增GP5基因,将测序获得的核苷酸序列与GenBank数据库中下载的国内外PRRSV参考株GP5基因核苷酸序列进行同源性比对,并构建系统遗传进化树;对GP5基因推导的氨基酸序列进行比对分析。[结果]经鉴定,该份样本呈类NADC30 PRRSV阳性,命名为GXYL株;GP5基因核苷酸序列同源性分析显示,GXYL株与国内外PRRSV参考株同源性为61.9%~93.2%,与美国NADC30毒株的同源性最高,与欧洲型LV毒株的同源性最低;遗传进化树分析显示,GXYL株与美国NADC30毒株以及中国类NADC30毒株位于同一分支,亲缘关系较近,与其他美洲型毒株同处一个大的分支;GP5基因推导的氨基酸比对分析显示,GXYL株共有7个位点发生变异,其中,2个突变位点位于A表位处,1个突变位点位于B表位处,4个突变位点位于信号肽区域,未发现有氨基酸的插入及缺失。[结论]GXYL株为类NADC30 PRRSV毒株,提示该地区应加强对PRRSV流行及变异情况的监控。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 GP5基因 遗传变异分析
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猪流行性腹泻病毒TaqMan检测方法的建立及基于S基因的遗传变异分析 被引量：3
3
作者 翟刚 顾文源 +4 位作者 刘涛 刘莹 张帅 范京惠 左玉柱 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期847-854,共8页
旨在建立一种能快速、高效且灵敏的检测出猪流行性腹泻病毒(PEDV)的通用型TaqMan qPCR检测方法,并进一步了解河北省PEDV的遗传变异情况。本研究参考PEDV变异株AJ1102的M基因的保守区域设计特异性引物及探针,对引物浓度、退火温度等条件... 旨在建立一种能快速、高效且灵敏的检测出猪流行性腹泻病毒(PEDV)的通用型TaqMan qPCR检测方法,并进一步了解河北省PEDV的遗传变异情况。本研究参考PEDV变异株AJ1102的M基因的保守区域设计特异性引物及探针,对引物浓度、退火温度等条件进行优化,建立了一种应用于猪场筛查PEDV的qPCR方法,并对筛查出的阳性样品S基因扩增测序后进行遗传进化分析。结果显示:该方法的特异性强,与猪圆环病毒2型(PCV2)、猪瘟病毒(CSFV)及传染型胃肠炎病毒(TGEV)等猪病常见病原均无交叉反应;建立的检测方法对pMD19T-PEDV标准品的最低检测下限为1.09×101拷贝·μL^(-1),比普通PCR灵敏约100倍,敏感性高;组内和组间的变异系数均小于1%,重复性良好。基于S全基因成功克隆出的9条序列分布于GⅡ的两个亚群,克隆的9条序列的核苷酸相似性为96.6%~99.1%;氨基酸的相似性为94.6%~98.7%。结果表明:本研究得到的PEDV流行株与近年来国内分离株的关系较为密切,而与中国目前使用的疫苗株以及欧洲株亲缘关系较远,这表明河北部分地区PEDV当前流行毒株比较复杂且有变异的趋势,提示持续检测PEDV流行毒株变异动态的必要性。本研究不仅为PEDV的临床诊断提供了技术支持,更为进一步掌握PEDV遗传进化规律提供了参考依据。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 qPCR S基因 遗传变异分析
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豫南地区犬细小病毒流行株遗传变异分析 被引量：1
4
作者 鲁绍芳 武娴 +8 位作者 郭晓秋 董丽娜 余文静 张玮 扶晓 冉梦媛 刘涛 赵云焕 曲哲会 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2023年第17期91-97,共7页
为了了解豫南地区犬细小病毒(canine Parvovirus,CPV)流行株的遗传变异特征,试验利用PCR方法从临床采集的CPV阳性犬的粪便中扩增CPV的VP2和NS1基因,并测定核苷酸序列,利用软件Meglign 7.0推导VP2和NS1基因的氨基酸序列并构建进化树,进... 为了了解豫南地区犬细小病毒(canine Parvovirus,CPV)流行株的遗传变异特征,试验利用PCR方法从临床采集的CPV阳性犬的粪便中扩增CPV的VP2和NS1基因,并测定核苷酸序列,利用软件Meglign 7.0推导VP2和NS1基因的氨基酸序列并构建进化树,进行同源性和氨基酸变异分析。结果表明:从8份粪便样品中分离得到8株CPV流行株,分别命名为CH-XY-1~CH-XY-8。基于VP2基因推导的氨基酸序列,豫南地区流行株CH-XY-7和CH-XY-8为New CPV-2a亚型,CH-XY-5为New CPV-2b亚型,CH-XY-1、CH-XY-2、CH-XY-3、CH-XY-4和CH-XY-6为CPV-2c亚型,CH-XY-3和CH-XY-6分别存在1个(G299R)和2个(V84E和V153A)新的氨基酸变异。基于NS1基因推导的氨基酸序列,流行株CH-XY-5、CH-XY-6、CH-XY-7和CH-XY-8分布在GroupⅠ群,其中CH-XY-6和CH-XY-8分别存在1个新的氨基酸变异位点,分别为N356K和E583K;CH-XY-1、CH-XY-2、CH-XY-3和CH-XY-4分布在GroupⅡ群,CH-XY-3存在5个新的氨基酸变异,分别为N23S、F30L、N38D、R61G和Q307H。说明豫南地区流行的CPV出现CPV-2型多种亚型并存的情况,且已经发生变异。 展开更多
关键词 犬细小病毒 VP2基因 NS1基因 遗传变异分析 豫南地区
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浙江省猪圆环病毒2型流行株遗传变异分析
5
作者 张璐 安慧婷 +8 位作者 王雅婷 黄靖 张红丽 董建斐 孙仁杰 刘霞 赵灵燕 徐辉 谢荣辉 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2023年第9期24-31,共8页
为了解浙江省猪圆环病毒2型(PCV2)基因型和遗传变异情况,本试验对2021年采自浙江省不同地区的27份PCV2阳性病料进行PCV2全基因组扩增、克隆和测序,并将其全基因组、ORF 2基因核苷酸序列及其推导的Cap蛋白氨基酸序列与不同国家和地区的... 为了解浙江省猪圆环病毒2型(PCV2)基因型和遗传变异情况,本试验对2021年采自浙江省不同地区的27份PCV2阳性病料进行PCV2全基因组扩增、克隆和测序,并将其全基因组、ORF 2基因核苷酸序列及其推导的Cap蛋白氨基酸序列与不同国家和地区的流行株进行遗传变异分析。结果显示,27株PCV2流行株之间全基因组和ORF 2基因核苷酸序列同源性分别为91.0%~99.9%和81.7%~99.9%,与不同国家和地区的PCV2参考株之间全基因组和ORF 2基因核苷酸序列同源性为90.7%~99.9%和81.8%~100%。遗传进化树分析显示,27株PCV2流行株分别处于4个分支,其中8株为PCV2a基因型,6株为PCV2b基因型,12株为PCV2d基因型,1株为PCV2e基因型。27株PCV2流行株Cap蛋白的糖基化位点和核定位信号区氨基酸序列呈高度保守,B细胞抗原表位和T细胞抗原表位存在多个氨基酸突变。结果表明,浙江省多种基因型PCV2共存,以PCV2d基因型流行为主。本试验结果对于了解浙江省PCV2流行毒株的基因型和变异状况具有重要的意义。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 基因型 遗传变异分析
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四川省绵阳市猪细小病毒2型病原检测及遗传变异分析
6
作者 尹苗 扶星星 +4 位作者 陈希文 王聪 谢作杰 董鹏宇 邓永涛 《中国动物检疫》 CAS 2023年第10期21-26,共6页
猪细小病毒2型(porcine parvovirus type 2,PPV2)是2001年首次在缅甸发现的新型病毒。为深入了解四川省绵阳市PPV2感染及遗传变异情况,使用普通PCR对采自4个地区10个规模化猪场的296份临床病猪血清样本进行了核酸检测,并对其中1份阳性... 猪细小病毒2型(porcine parvovirus type 2,PPV2)是2001年首次在缅甸发现的新型病毒。为深入了解四川省绵阳市PPV2感染及遗传变异情况,使用普通PCR对采自4个地区10个规模化猪场的296份临床病猪血清样本进行了核酸检测,并对其中1份阳性样品进行了全基因组测序和遗传变异分析。结果显示:PPV2检出率为1.69%(5/296);阳性样品(PPV2-11-MY)全基因组长度为5506 bp,与12个PPV2参考毒株的核苷酸同源性为93.96%~99.30%,氨基酸同源性为52.50%~73.80%;存在3处氨基酸高变区域,分别位于91~218 aa、513~626 aa和776~1065 aa;该毒株同源性最接近我国江苏省毒株MW853949.1。本研究不仅丰富了PPV2流行病学数据,为后续疫苗研究提供了理论依据,同时也为进一步研究PPV2致病机理及毒力奠定了基础。 展开更多
关键词 猪细小病毒2型(PPV2) 流行 全基因组 遗传变异分析
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栉孔扇贝种群的遗传变异分析 被引量：21
7
作者 李太武 孙修勤 +1 位作者 刘艳 张进兴 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2001年第4期25-27,共3页
采用不连续聚丙烯酰胺凝胶电泳技术研究了中国栉孔扇贝和日本栉孔扇贝两个天然种群的六种同工酶。结果表明 ,两个种群具有基本相同的基因位点控制同工酶的表达 ,二者都具有居群内的个体差异。中国和日本的两个种群的多态位点比例 (P .99... 采用不连续聚丙烯酰胺凝胶电泳技术研究了中国栉孔扇贝和日本栉孔扇贝两个天然种群的六种同工酶。结果表明 ,两个种群具有基本相同的基因位点控制同工酶的表达 ,二者都具有居群内的个体差异。中国和日本的两个种群的多态位点比例 (P .99)分别为 41 .1 8%和 45.45% ,平均杂合度观测值 (Ho)分别为 0 .1 2 95和 0 .1 531 ,平均杂合度预期值 (He)分别为 0 .1 695和 0 .2 331 ,各位点平均等位基因数 (Ne)分别为 1 .52 94和 1 .6363。日本栉孔扇贝自然种群的遗传变异明显高于中国栉孔扇贝自然种群。 展开更多
关键词 栉孔扇贝 同工酶 基因位点 人工养殖 种群 遗传变异分析
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鸭茅杂交种的SSR分子标记鉴定及其遗传变异分析 被引量：30
8
作者 谢文刚 张新全 陈永霞 《草业学报》 CSCD 北大核心 2010年第2期212-217,共6页
以140个鸭茅杂交种单株及其亲本(01996、YA02-103)为材料,用SSR分子标记技术研究杂种与其亲本间扩增谱带的多态性,以甄别真假杂种。SSR标记在供试材料中的扩增带型表现为互补型、父本型及其他型。利用3对特异引物A01G20、A03N16、A03K2... 以140个鸭茅杂交种单株及其亲本(01996、YA02-103)为材料,用SSR分子标记技术研究杂种与其亲本间扩增谱带的多态性,以甄别真假杂种。SSR标记在供试材料中的扩增带型表现为互补型、父本型及其他型。利用3对特异引物A01G20、A03N16、A03K22可快速准确地鉴定出杂交种111份。试验所用的100对SSR引物中有13对引物分别在杂种和双亲之间存在扩增多态性。13对引物在供试材料中共扩增出多态性条带76条,平均每对引物扩增出6条,多态性百分率为84.24%。供试材料具有丰富的遗传变异,利用SSR进行鸭茅杂种鉴定及遗传变异分析是可行的。 展开更多
关键词 鸭茅 SSR标记 杂种鉴定 遗传变异分析
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高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒分离鉴定及其体外传代遗传变异分析 被引量：14
9
作者 刘长明 危艳武 +2 位作者 张朝霞 袁婧 黄立平 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期329-334,共6页
从临床"高热综合征"病例分离到高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)变异株,经细胞传代和蚀斑克隆,培育成功增殖性能稳定的新毒株,命名为PRRSV-HBR。该毒株接种细胞后能够产生细胞病变(CPE),随传代次数增加毒价显著提升,第4... 从临床"高热综合征"病例分离到高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)变异株,经细胞传代和蚀斑克隆,培育成功增殖性能稳定的新毒株,命名为PRRSV-HBR。该毒株接种细胞后能够产生细胞病变(CPE),随传代次数增加毒价显著提升,第45～60代毒价测定达107.5TCID50/mL。采用免疫过氧化物酶单层细胞试验(IPMA)检测病毒抗原分布在细胞浆中;电镜观察到的病毒粒子呈圆形,直径约50nm～55nm。分离株Nsp2基因序列中第483位和535～563位氨基酸存在缺失,属PRRSV变异株。该毒株Nsp2基因序列比较发现,经细胞传40代后第3115位核苷酸处插入12个碱基序列(GAGATCGCCTTT)。用该毒株第5代培养物滴鼻接种试验猪(1.0×104.5TCID50),临床表现为持续高热(≥40.5℃,9d～12d)、食欲下降、精神萎靡、消瘦、眼睑水肿、体表淋巴结肿大等,发病率为100%(10/10),死亡率为30%(3/10)。研究表明,PRRSV-HBR分离株对靶动物具有高致病力,培育的细胞适应毒株体外繁殖能力稳定,并产生了标志性基因突变,为该病毒致病机理、遗传变异规律、疫苗免疫等研究奠定了基础。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 高致病性 遗传变异分析
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广西伪狂犬病毒流行株的分离鉴定及遗传变异分析 被引量：8
10
作者 林俊 陈冰 +6 位作者 覃绍敏 曹颖颖 刘金凤 石永胜 白安斌 赵武 吴健敏 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2016年第1期142-150,共9页
为了更好防控广西伪狂犬病,本研究采集广西北海发生疑似伪狂犬病疫情（AD）猪场的犬和猪样品进行病毒分离,通过动物接种试验、电镜观察及核酸检测,证实分离到2株PRV毒株。2毒株与GenBank上登录的参考毒株gE和gC基因核苷酸序列同源性为97... 为了更好防控广西伪狂犬病,本研究采集广西北海发生疑似伪狂犬病疫情（AD）猪场的犬和猪样品进行病毒分离,通过动物接种试验、电镜观察及核酸检测,证实分离到2株PRV毒株。2毒株与GenBank上登录的参考毒株gE和gC基因核苷酸序列同源性为97.4%~100.0%和91.3%~99.8%;氨基酸序列同源性为95.1%~100.0%和86.6%~99.5%。基于gE基因和gC基因的进化分析显示,2株分离毒与国内不同时期的毒株在进化树上共同构成一个进化分支,与欧洲和美洲的毒株亲缘关系较远。对氨基酸序列的分析结果显示,2株分离毒的gE基因决定毒力的关键位点未发生突变。基于gE蛋白质与gC蛋白质的分析结果显示,虽然与国外毒株（Rice和Bartha）相比存在多个氨基酸位点的变异,但与国内的分离毒,尤其是2011年后的流行毒株,变异情况基本一致。 展开更多
关键词 伪狂犬病毒 分离鉴定 GE基因 GC基因 遗传变异分析
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浙江地区猪圆环病毒2型检测及遗传变异分析 被引量：8
11
作者 徐丽华 蓝胜芝 +5 位作者 余斌 李军星 张鹏超 李宝臣 苏菲 袁秀芳 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第11期1970-1977,共8页
为了掌握浙江地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)流行病学特点和遗传变异情况,应用PCR检测方法,对2018年浙江地区猪场采集的临床疑似病料进行PCV2检测,并对部分阳性病料进行全基因扩增、克隆、序列测定和ORF 2遗传进化... 为了掌握浙江地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)流行病学特点和遗传变异情况,应用PCR检测方法,对2018年浙江地区猪场采集的临床疑似病料进行PCV2检测,并对部分阳性病料进行全基因扩增、克隆、序列测定和ORF 2遗传进化树分析。结果显示:329份临床疑似样品中,PCV2阳性率27.4%(90/329),其中宁波地区阳性率最高,为52%;保育猪和肥育猪阳性率最高,分别为38.8%(64/165)和68.8%(11/16)。选取7份病料进行全基因组扩增,每个毒株随机挑选3个或4个阳性克隆进行序列测定,共得到22个毒株进行遗传变异分析。22株病株同源性为93.3%~99.8%,与16个参考毒株同源性为93.5%~99.8%。根据遗传进化树分析,22个毒株分别处于3个分支,其中6株PCV2a,6株PCV2b,10株PCV2d,说明目前浙江地区PCV2d是优势毒株。ORF 2遗传进化树分析显示,ORF 2核苷酸同源性较全基因组核苷酸同源性低,3个分支分别处于PCV2b、PCV2d和PCV2e,预示浙江地区流行毒株可能在向PCV2e转变。本研究掌握了PCV2在浙江地区的流行动态,为浙江省PCV2疫苗株的选择和疫苗研发提供了理论依据。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型(PCV2) 全基因组 ORF 2基因 流行病学调查 遗传变异分析
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猪输血传播病毒(TTV)与猪圆环病毒混合感染的检测及TTV遗传变异分析 被引量：6
12
作者 刘建波 郭龙军 +3 位作者 危艳武 黄立平 吴洪丽 刘长明 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期6-10,共5页
为了解我国猪群中猪输血传播病毒(TTV)与猪圆环病毒(PCV)混合感染情况,本研究采用PCR方法对采自14个省280份病料样品进行检测,结果显示,TTV1和TTV2阳性检出率分别为51.8%和28.2%,TTV1与TTV2混合感染率为18.2%;PCV1和PCV2阳性率分别为41... 为了解我国猪群中猪输血传播病毒(TTV)与猪圆环病毒(PCV)混合感染情况,本研究采用PCR方法对采自14个省280份病料样品进行检测,结果显示,TTV1和TTV2阳性检出率分别为51.8%和28.2%,TTV1与TTV2混合感染率为18.2%;PCV1和PCV2阳性率分别为41.1%和37.5%,PCV1与PCV2混合感染率为19.6%;PCV2阳性样品中TTV1和TTV2混合感染率达75.0%。此外,对2株TTV1基因组进行测序,与GenBank中登录的6个TTV1序列比对,相似性结果为67.3%～95.1%;对4株TTV2基因组测序,与GenBank登录的4条TTV2序列比对,相似性为84.7%～90.4%;将TTV1与TTV2进行序列比对,相似性仅为44.0%。TTV1和TTV2基因高变区分别位于520 nt～2 594 nt和720 nt～2 170 nt;TTV1基因保守区位于1 nt～520 nt和2 595 nt～2 800 nt;而TTV2基因保守区位于1 nt～719 nt和2 171 nt～2 800 nt。以上结果表明,我国猪群中存在TTV与PCV2的混合感染,并且两种病毒混合感染引起的相关疾病可能存在协同致病性;TTV1和TTV2基因型差异较大,具有遗传变异多样性的特点。 展开更多
关键词 猪输血传播病毒 猪圆环病毒 混合感染 遗传变异分析
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猪线粒体DNA D-loop的遗传变异分析 被引量：9
13
作者 赵兴波 李宁 吴常信 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 1997年第S1期23-26,共4页
猪线粒体ＤＮＡＤ－ｌｏｏｐ的遗传变异分析赵兴波１李宁２吴常信１（１．中国农业大学动物科技学院，北京１０００９４）（２．中国农业大学农业生物技术国家重点实验室，北京１０００９４）ＶａｒｉａｔｉｏｎＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＰ... 猪线粒体ＤＮＡＤ－ｌｏｏｐ的遗传变异分析赵兴波１李宁２吴常信１（１．中国农业大学动物科技学院，北京１０００９４）（２．中国农业大学农业生物技术国家重点实验室，北京１０００９４）ＶａｒｉａｔｉｏｎＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＰｏｒｃｉｎｅＭｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉ... 展开更多
关键词 线粒体DNA 遗传变异分析 D-LOOP 酶切图谱 大约克猪 长白猪 重复序列 酶切位点数 五指山猪 太湖猪
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河北省小豆品种资源主要农艺性状的遗传变异分析 被引量：14
14
作者 田静 范保杰 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期17-20,共4页
以河北省小豆品种资源中 82份代表样本为材料 ,对资源各性状的平均表现、遗传变异、遗传力及预期遗传进度进行了分析。结果表明 :河北省小豆资源生育期类型比较丰富 ,株型偏大 ,产量性状较好 ,子粒大小中等偏上 ;株高、主茎分枝、单株... 以河北省小豆品种资源中 82份代表样本为材料 ,对资源各性状的平均表现、遗传变异、遗传力及预期遗传进度进行了分析。结果表明 :河北省小豆资源生育期类型比较丰富 ,株型偏大 ,产量性状较好 ,子粒大小中等偏上 ;株高、主茎分枝、单株粒重、单株荚数、生育前期、小区产量、百粒重及单荚粒数等性状 ,具有中等以上的遗传变异系数和遗传进度 ,对其选择有一定效果 ;在选择效果明显的性状中 ,生育期、主茎分枝、百粒重遗传力较高 ,可在早代选择 ,小区产量遗传力中等 ,可在遗传基础相对稳定的较高世代选择 ;而株高、单株荚数、单株粒重的遗传力较低 。 展开更多
关键词 河北 小豆 品种资源 农艺性状 遗传变异分析
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猪繁殖与呼吸综合征病毒GD-ZQ变异株的分离及遗传变异分析 被引量：5
15
作者 高诗敏 王敏功 +2 位作者 邓瑞林 姚晓辉 王林川 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第5期121-125,共5页
用RT-PCR方法从某猪场病猪体内分离到1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV),命名为PRRSV GD-ZQ株,可致Marc-145细胞病变。细胞分离培育病毒至增殖性能稳定后,分别扩增分离病毒的Nsp2... 用RT-PCR方法从某猪场病猪体内分离到1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV),命名为PRRSV GD-ZQ株,可致Marc-145细胞病变。细胞分离培育病毒至增殖性能稳定后,分别扩增分离病毒的Nsp2、ORF3、ORF5基因并测序,绘制进化树比较分析遗传进化。结果显示分离毒株的Nsp2、ORF3、ORF5基因序列与美洲型VR-2332、CH-1a等毒株核苷酸序列相似性在89.0%～95.8%之间,与欧洲毒株LV的相似性在48.2%～49.3%之间,遗传进化分析显示该毒株与CH-1a株处于同一分支,分离毒株的Nsp2序列与以HEB1为代表的PRRSV变异株相似性在98.3%～99.4%之间。该病毒在细胞盲传5代能产生稳定规律细胞病变(CPE),且第5代病毒TCID50达10-5.6/0.1 mL。进化分析结果显示GD-ZQ分离株是PRRSV变异株,具有"高热病"PRRSV毒株的变异特点,为了解PRRSV在时间上和分子水平上的遗传变异规律、变异幅度和变异范围奠定基础。 展开更多
关键词 PRRSV GD-ZQ变异株 遗传变异分析 NSP2基因 ORF3基因 ORF5基因
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猪繁殖与呼吸综合征病毒JX0708株的分离鉴定及其Nsp2基因的遗传变异分析 被引量：3
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作者 贾怀杰 陈国华 +5 位作者 房永祥 王晓霞 李小庆 莫斯科 瞿惠玲 景志忠 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2010年第10期58-63,共6页
采集江西省某猪场疑似猪繁殖与呼吸综合征病料,RT-PCR检测可扩增出PRRSV ORF7特异性片段,序列分析发现其与美洲型毒株序列一致性达93.9%以上,与欧洲型毒株仅为69.8%。将采集的脑和肺脏处理后接种Marc-145细胞盲传,在盲传的细胞中可扩增... 采集江西省某猪场疑似猪繁殖与呼吸综合征病料,RT-PCR检测可扩增出PRRSV ORF7特异性片段,序列分析发现其与美洲型毒株序列一致性达93.9%以上,与欧洲型毒株仅为69.8%。将采集的脑和肺脏处理后接种Marc-145细胞盲传,在盲传的细胞中可扩增到PRRSV ORF7特异性片段,传至第6代时出现明显的细胞病变;将该毒株NSP2非结构蛋白基因测序分析,发现其编码的氨基酸与国内近年来分离的高致病性PRRSV毒株有较高的同源性,与美洲型代表株VR-2332相比缺失第482位和533-561位共30个氨基酸;纯化病毒并进行电镜观察,可见典型的PRRSV病毒粒子。第8代的细胞毒回归30日龄仔猪,可观察到猪繁殖与呼吸综合征典型症状和病理变化。这表明已成功地分离到1株美洲型PRRSV变异株,命名为JX0708株。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 JX0708株 分离鉴定 NSP2基因 遗传变异分析
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四倍体苜蓿家系的建立及遗传变异分析 被引量：2
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作者 苏东 于林清 +3 位作者 周延林 孙娟娟 王富贵 乌日娜 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期657-662,共6页
以内蒙古锡盟黄花苜蓿(Medicago falcateXimeng)为母本、塔什库尔干紫花苜蓿(M.sativaTashenkuergan)为父本杂交,F1杂交种自交得到89株F2分离群体,对此四倍体家系的形态性状、农艺性状及营养成分含量进行分析,以期了解该家系内各性状遗... 以内蒙古锡盟黄花苜蓿(Medicago falcateXimeng)为母本、塔什库尔干紫花苜蓿(M.sativaTashenkuergan)为父本杂交,F1杂交种自交得到89株F2分离群体,对此四倍体家系的形态性状、农艺性状及营养成分含量进行分析,以期了解该家系内各性状遗传变异并探讨其遗传规律。结果表明:其中F2代杂花36株,黄花33株,紫花20株,所占比例分别是40.45%,37.08%和22.47%,株型分为直立型32株(35.96%),匍匐型12株(13.48%),半直立型45株(50.56%);农艺性状变异排前3位的为鲜重>干重>分枝数,变异系数均达到了80%以上;变异系数最小的是节间数,只有19%;营养成分含量变异排前3位的为脂肪>Ca元素>P元素。F2群体的形态性状、农艺性状及营养成分含量各性状都存在不同差异,是数量性状的遗传特点,可为后续的图谱构建和QTL定位提供一定的基础。 展开更多
关键词 四倍体 苜蓿家系 形态性状 农艺性状 营养成分含量 遗传变异分析
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H9N2禽流感病毒陕西分离株HA基因的遗传变异分析 被引量：2
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作者 温肖会 王晶钰 +2 位作者 王学艳 熊浩山 刘红彦 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2009年第4期13-18,共6页
【目的】对H9N2禽流感病毒HA基因全序列进行分析,了解H9N2禽流感分离毒株HA基因的遗传变异情况。【方法】根据GenBank已发表的H9N2毒株的基因序列,设计了2对H9N2禽流感病毒HA基因特异性引物,运用RT-PCR方法对XL、LF和WN分离株进行了扩增... 【目的】对H9N2禽流感病毒HA基因全序列进行分析,了解H9N2禽流感分离毒株HA基因的遗传变异情况。【方法】根据GenBank已发表的H9N2毒株的基因序列,设计了2对H9N2禽流感病毒HA基因特异性引物,运用RT-PCR方法对XL、LF和WN分离株进行了扩增,然后将PCR产物送出进行测序,用DNAstar 5.0软件对测序结果进行了分析。【结果】XL、LF和WN 3株H9N2分离株间HA基因的核苷酸同源性为99.7%-99.9%,推导氨基酸的同源性为99.1%-99.6%;分离株与参考毒株HA基因核苷酸的同源性为96.2%-99.0%,推导氨基酸的同源性为96.2%-98.6%。通过对3个H9N2分离株间HA基因核苷酸序列的比较,发现共有5个位点的核苷酸发生突变,其中4个位点核苷酸的改变导致相应的氨基酸发生突变。HA蛋白的7个受体结合位点比较保守,但是其在551-553位缺失了潜在的糖基化位点。【结论】3株H9N2分离株裂解位点氨基酸序列完全符合低致病性禽流感的特征RSSR↓G,但是LF裂解位点附近333位脯氨酸（Pro）突变为组氨酸（His）,即非极性氨基酸向极性带正电氨基酸（碱性氨基酸）转变,裂解位点的变化可能是H9N2禽流感病毒生物学特性改变的分子基础。 展开更多
关键词 禽流感病毒 H9N2 HA基因 遗传变异分析
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河北北部地区PCV4流行株的遗传变异分析 被引量：4
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作者 芮萍 王妍瑾 +4 位作者 严世杰 宋涛 马增军 刘谢荣 张倩 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期1219-1222,共4页
为了解河北省猪圆环病毒4型(PCV4)分子流行病学特点和遗传进化规律,本研究对2016年以来收集自河北北部地区395份临床猪血清、肺脏、脾脏等样品,采用PCR技术进行PCV4检测,并对9株PCV4的全基因组进行了扩增、克隆和测序,利用Megalign等软... 为了解河北省猪圆环病毒4型(PCV4)分子流行病学特点和遗传进化规律,本研究对2016年以来收集自河北北部地区395份临床猪血清、肺脏、脾脏等样品,采用PCR技术进行PCV4检测,并对9株PCV4的全基因组进行了扩增、克隆和测序,利用Megalign等软件分析其与参考株全基因组的遗传进化关系。结果显示,395份样品中,86份检测为PCV4阳性,阳性率21.8%,9株分离株与当前流行的PCV4参考株序列同源性高达98.1%~99.8%,与PCV1/2/3参考株相应序列同源性为42.0%~52.2%,与狐圆环病毒(Fox CV)、蝙蝠圆环病毒(Bat CV)和水貂圆环病毒(Mink CV)全基因组序列同源性分别为52.6%~52.9%,39.3%~39.5%和67.9%~68.7%。从遗传进化关系上,9株PCV4株与Mink CV属于同一分支,亲缘关系最近。本研究首次对河北北部地区进行了PCV4分子流行病学调查,证实河北地区存在PCV4流行,丰富了河北乃至我国PCV4的流行病学数据,为PCV4感染的防控提供了重要的参考价值。 展开更多
关键词 猪圆环病毒4型 流行病学调查 遗传变异分析
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四川省兔出血症病毒2型流行病学调查及遗传变异分析 被引量：3
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作者 李丽 陈弟诗 +5 位作者 陈斌 张毅 邓飞 邵靓 周莉媛 任永军 《中国动物检疫》 CAS 2022年第5期42-48,共7页
为了解四川省兔出血症病毒2型(rabbit hemorrhagic disease virus type 2,RHDV2)的流行情况及分子遗传变异特征,采集全省范围内的7525份样品,其中发病兔场肝脏组织样品117份、环境拭子样品243份,受监测兔场血液样品3340份、环境拭子样品... 为了解四川省兔出血症病毒2型(rabbit hemorrhagic disease virus type 2,RHDV2)的流行情况及分子遗传变异特征,采集全省范围内的7525份样品,其中发病兔场肝脏组织样品117份、环境拭子样品243份,受监测兔场血液样品3340份、环境拭子样品3825份,采用商品化荧光RT-PCR试剂盒,对以上样品进行RHDV2检测;对筛选出的12份肝组织阳性样品进行RHDV2 VP60基因RT-PCR扩增、测序和遗传进化分析。结果显示:RHDV2流行无明显季节性,各养殖品系家兔均有RHDV2感染,哺乳仔兔、幼兔、怀孕哺乳母兔死亡率分别为25%~60%、18%~45%、9%~30%。发病兔场肝脏样品RHDV2阳性检出率为88.89%(104/117),环境样品为46.09%(112/243);受监测兔场全血样品RHDV2阳性检出率为25.99%(868/3340),环境样品为16.29%(623/3825)。12份阳性样品的RHDV2 VP60基因序列长度均为1740 bp,核苷酸序列同源性为98.4%~100%,在系统发生进化树上独成一簇;与国内外参照毒株的VP60基因序列核苷酸同源性为93.7%~100%,编码的氨基酸序列同源性为95.7%~99.8%。结果表明:RHDV2已开始在四川省流行,需要加强检疫,重视饲养管理工作;其VP60基因序列出现了一定程度的变异,但遗传演化相对稳定。本研究补充了国内RHDV2的分子流行病学信息,也为该病的相关防控研究和控制对策制定提供了参考。 展开更多
关键词 兔出血症病毒2型(RHDV2) 流行病学调查 遗传变异分析 四川省
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