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猪瘟病毒E2基因部分核苷酸序列的遗传进化关系的研究 被引量：6
1
作者 赵耘 王在时 +2 位作者 王琴 李博 丘惠深 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期157-164,共8页
本研究利用RT-PCR及测序获得了16株猪瘟病毒E2基因部分核苷酸序列。利用DNAStar软件对其6株已发表的猪瘟病毒毒株序列进行了比较和分析,构建了猪瘟病毒遗传发生树。结果可以看出所绘制的遗传发生树分为2个组群,每个组群分为3个亚组群。1... 本研究利用RT-PCR及测序获得了16株猪瘟病毒E2基因部分核苷酸序列。利用DNAStar软件对其6株已发表的猪瘟病毒毒株序列进行了比较和分析,构建了猪瘟病毒遗传发生树。结果可以看出所绘制的遗传发生树分为2个组群,每个组群分为3个亚组群。13株猪瘟流行毒在2个组群中均有分布,猪瘟石门系强毒和C株属于同一组群、同一亚组群。70～80年代分离的4株猪瘟病毒75％和Alfort株（法国）在同一组群,25％和Brescia株（意大利）是同一组群,90年代分离的9株猪瘟病毒33.3％和Alfort株（法国）在同一组群,66.7％和Brescia株（意大利）是同一组群。13株猪瘟流行毒株中7株和C株在同一组群,其中70～80年代的1株,90年代的6株。其余的6株猪瘟流行毒株均在另一组群。不同地区及不同材料C-株疫苗的E2基因的核苷酸序列有一定的差异,GPE株与中国的C株有较近的遗传进化关系,而法国的Thiverval株则与中国C株的遗传进化关系较远。本研究的结果对了解我国猪瘟分子流行病学的特点具有重要的意义。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 遗传发生树 基因组群 E2基因 核苷酸序列 遗传进化关系
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论我国兴安落叶松、长白落叶松及华北落叶松种间遗传进化关系(英文) 被引量：7
2
作者 胡新生 王笑山 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 1999年第3期84-96,共13页
兴安落叶松、长白落叶松及华北落叶松是我国重要的木材树种，然而由于采用不同的性状进行分类，它们种间关系问题一直在争论着。国外研究人员如ＯｓｔｅｎｆｅｌｄａｎｄＬａｒｓｅｎ（１９３０）等认为长白落叶松和华北落叶松为兴安落... 兴安落叶松、长白落叶松及华北落叶松是我国重要的木材树种，然而由于采用不同的性状进行分类，它们种间关系问题一直在争论着。国外研究人员如ＯｓｔｅｎｆｅｌｄａｎｄＬａｒｓｅｎ（１９３０）等认为长白落叶松和华北落叶松为兴安落叶松的２个变种，而我国科学家则把它们视为两个单独的种，并且还认为长白落叶松有３个变种存在，而华北落叶松有１个变种存在。因此用分子遗传学方法研究兴安落叶松、长白落叶松及华北落叶松３个种间遗传进化关系有着重要的实际意义，例如种间杂种优势的利用潜势预测。至今植物分类研究所采用的性状已包括有表型形态、生殖、生化、蛋白质（同功酶）到ＲＮＡ和ＤＮＡ的分子标记等，进行综合性状分类比较。由于这些变量所经受的环境影响和所包含的各种历史事件（如突变、选择、连锁等）不同，因此应用不同性状分类时，有可能导致不一致的结果。本文分别从形态性状，包括球果和木材解剖特征等、染色体核型分析、同功酶变异、ＲＡＰＤ分析、叶绿体ＤＮＡ的ＲＦＬＰ分析，以及叶绿体ＤＮＡ３个非编码碱基序列（１４５２ｂｐ）对这３个落叶松种的遗传进化关系进行了详细的探讨和评述。从表型和生态适应性状变异看，这３个落叶松种可以较容易的区别出来，它们有着不同的生态特? 展开更多
关键词 兴安落叶松 长白落叶松 华北落叶松 遗传进化关系
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貂源冠状病毒与2019新型冠状病毒的遗传进化关系 被引量：1
3
作者 杨艳玲 程世鹏 任林柱 《中国动物检疫》 CAS 2020年第4期21-26,共6页
为进一步明确貂源冠状病毒与新型人冠状病毒HCoV-19的遗传进化关系,比较了NCBI上公布的3株水貂冠状病毒、5株雪貂冠状病毒以及人冠状病毒HCoV-19和SARS-Cov的全基因组、ORF1a、ORF1ab和病毒表面蛋白Spike的序列同源性,分析了其遗传进化... 为进一步明确貂源冠状病毒与新型人冠状病毒HCoV-19的遗传进化关系,比较了NCBI上公布的3株水貂冠状病毒、5株雪貂冠状病毒以及人冠状病毒HCoV-19和SARS-Cov的全基因组、ORF1a、ORF1ab和病毒表面蛋白Spike的序列同源性,分析了其遗传进化关系,以及组成病毒的结构蛋白和非结构蛋白的种类、基因位置及氨基酸数量。结果显示:貂源冠状病毒与新型冠状病毒HCoV-19全基因组、ORF1a、ORF1ab、Spike蛋白的相似性分别为68%、46.96%、52.44%、47.36%;貂源冠状病毒与HCoV-19不属于同一分支,且亲缘关系较远;同时,貂源冠状病毒与HCoV-19全基因组在蛋白组成、氨基酸数量、基因位置上均存在显著差异。结果表明,貂源冠状病毒与新型冠状病毒HCoV-19不是同一种冠状病毒,此次在人群中流行的新型冠状病毒HCoV-19由貂源冠状病毒重组而成的可能性很小,因此可初步排除HCoV-19来源于水貂和雪貂的可能性。 展开更多
关键词 水貂冠状病毒 新型冠状病毒(HCoV-19) 基因组 遗传进化关系
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人新型冠状病毒与禽冠状病毒遗传进化关系简析 被引量：1
4
作者 刘武杰 邓均华 +5 位作者 张盼涛 谭菲菲 黄柏成 孙杰 薛景景 田克恭 《中国家禽》 北大核心 2020年第5期30-35,共6页
2019年底暴发的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情对全球人类健康构成了严重威胁。为研究其病原(SARS-Co V-2)与禽冠状病毒之间的关系,将两者进行了基因序列比对、遗传进化分析、蛋白结构比较及交叉血清学检测。结果显示:SARS-Co V-2与禽... 2019年底暴发的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情对全球人类健康构成了严重威胁。为研究其病原(SARS-Co V-2)与禽冠状病毒之间的关系,将两者进行了基因序列比对、遗传进化分析、蛋白结构比较及交叉血清学检测。结果显示:SARS-Co V-2与禽冠状病毒的基因组序列相似性仅为44.7%~50.7%,遗传进化距离较远;两者S蛋白空间结构相似度低;SARS-Co V-2 S蛋白与禽冠状病毒阳性血清无交叉反应。表明这两种病毒在基因和蛋白水平均存在较大差异。研究提示:这两种冠状病毒可能很难突破人类与禽类的种间屏障实现跨种传播,SARS-CoV-2通过感染家禽并进一步威胁公共卫生安全的风险甚小。 展开更多
关键词 OVID-19 禽冠状病毒 SARS-CoV-2 遗传进化关系
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基于线粒体基因的石珊瑚分子系统学研究 被引量：6
5
作者 刘丽 李晓娜 +1 位作者 陈育盛 刘楚吾 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期814-820,共7页
以广东徐闻地区常见的6科10属17种石珊瑚的21个样本为研究对象,对线粒体COⅠ、16SrRNA和mtSSU三基因片段数据进行了联合分析,并计算了属间和科间遗传距离;利用邻接法、最大简约法和最大似然法分别构建了分子系统树。序列分析结果显示,... 以广东徐闻地区常见的6科10属17种石珊瑚的21个样本为研究对象,对线粒体COⅠ、16SrRNA和mtSSU三基因片段数据进行了联合分析,并计算了属间和科间遗传距离;利用邻接法、最大简约法和最大似然法分别构建了分子系统树。序列分析结果显示,石珊瑚线粒体基因碱基构成同样具有AT偏倚特征;石珊瑚属间的遗传距离显著大于属内遗传距离,而所有石珊瑚与两个外类种群的距离均大于石珊瑚之间的遗传距离;在系统发育树中,分子系统分类结果与形态学分类阐述的遗传进化关系略有差别,暗示传统形态学分类可能受珊瑚骨骼生长可塑性限制。 展开更多
关键词 石珊瑚 联合分析 分子系统分类 遗传进化关系
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福建省2012-2018年布鲁氏菌分离株的MLST分型 被引量：3
6
作者 陈志平 韩腾伟 +5 位作者 林代华 周淑姮 刘维俊 刘菁 肖方震 邓艳琴 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期982-987,共6页
目的探讨2012-2018年福建省布鲁氏菌分离株种群结构及遗传进化关系。方法采用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)对43株布鲁氏菌分离株的9个基因位点的序列进行测定,与标准序列比对后确定菌株ST型,通过Bionumerics 6.6软... 目的探讨2012-2018年福建省布鲁氏菌分离株种群结构及遗传进化关系。方法采用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)对43株布鲁氏菌分离株的9个基因位点的序列进行测定,与标准序列比对后确定菌株ST型,通过Bionumerics 6.6软件对其进行聚类分析。结果 43株布鲁氏菌分离株中,38株为ST8型,5株为ST17型。结论福建省布鲁氏菌主要流行株为ST8型。MLST是研究布鲁氏菌遗传特征的重要方法。 展开更多
关键词 布鲁氏菌 多位点序列分型 遗传进化关系
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1株中国北方鸭H4N6亚型禽流感病毒的分子特征 被引量：3
7
作者 谭刘刚 鲁梅 +6 位作者 朱凤株 张秀美 杨少华 黄庆华 霍亚飞 赵孝民 许传田 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期207-212,共6页
2010年,从山东省水禽市场健康鸭体内分离鉴定了1株H4N6禽流感病毒,命名为A/duck/Shandong/1/2010(DK/SD/1/2010)。对该病毒进行全基因组测序,并与Gen Bank中相关序列进行遗传和进化分析。结果表明,DK/SD/1/2010的7个基因(PB2,PB1,PA,HA,... 2010年,从山东省水禽市场健康鸭体内分离鉴定了1株H4N6禽流感病毒,命名为A/duck/Shandong/1/2010(DK/SD/1/2010)。对该病毒进行全基因组测序,并与Gen Bank中相关序列进行遗传和进化分析。结果表明,DK/SD/1/2010的7个基因(PB2,PB1,PA,HA,NP,M和NS)来源于欧亚系,NA基因来自于欧亚系和北美系。DK/SD/1/2010 HA裂解位点氨基酸序列(PKKASR↓GLF)和低致病性禽流感的特征一致。动物接种试验表明该病毒不能在鸡和小鼠中复制。推测DK/SD/1/2010可能是不同来源的流感病毒在鸭体内重组和演变形成的重组病毒,该病毒对鸡和鸭无明显致病性。 展开更多
关键词 鸭 H4N6亚型禽流感 遗传进化关系
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藻类植物P450nor的生物信息学分析 被引量：1
8
作者 王群 肖璇 +2 位作者 邵一伦 孙浩 徐慧 《生态学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期2369-2375,共7页
氧化亚氮(N_2O)是一种重要温室气体,细菌、真菌、藻类和高等植物均可释放N_2O。细菌通过硝化与反硝化作用产生N_2O,真菌通过关键酶P450nor生成N_2O,但关于藻类和高等植物的N_2O产生机制迄今却鲜有报道。本研究以进化地位处于真菌和高等... 氧化亚氮(N_2O)是一种重要温室气体,细菌、真菌、藻类和高等植物均可释放N_2O。细菌通过硝化与反硝化作用产生N_2O,真菌通过关键酶P450nor生成N_2O,但关于藻类和高等植物的N_2O产生机制迄今却鲜有报道。本研究以进化地位处于真菌和高等植物中间的藻类为对象,从Gen Bank中筛选出来自3种藻类(莱茵衣藻、胸状盘藻和小球藻)的3条P450nor蛋白相似序列并进行预测和分析,其功能预测结果显示,三者均为定位于线粒体中的可溶性非分泌型亲水性蛋白,具有Pfam P450保守结构域和3个保守motif,由此推测藻类P450nor具有较高的保守性;其进化分析结果表明,藻类与真菌P450nor具有较高同源关系。因此,推测藻类P450nor具有与真菌相似的生物学功能。由于藻类特殊的进化地位,这将为探究藻类与高等植物的N_2O产生机制及全球N_2O源汇不平衡提供科学依据和线索。 展开更多
关键词 N2O 理化性质 保守结构域 晶体结构 遗传进化关系
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