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随机单链DNA文库SELEX筛选寡核苷酸适配子方法的建立 被引量:18
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作者 詹林盛 邵宁生 +2 位作者 彭剑淳 孙红琰 王全立 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第1期151-155,共5页
指数富集配基的系统进化 (SELEX)技术是一种新的组合化学技术 .体外构建了一个长度为 81nt、含有35个随机序列的单链DNA (ssDNA)文库 ,优化了ssDNA文库扩增为双链DNA (dsDNA)文库的PCR反应条件 .通过对比不对称PCR和生物素 -链亲和素磁... 指数富集配基的系统进化 (SELEX)技术是一种新的组合化学技术 .体外构建了一个长度为 81nt、含有35个随机序列的单链DNA (ssDNA)文库 ,优化了ssDNA文库扩增为双链DNA (dsDNA)文库的PCR反应条件 .通过对比不对称PCR和生物素 -链亲和素磁珠分离方法制备ssDNA文库的效果 ,确定了以生物素 -链亲和素磁珠分离方法制备ssDNA .由于脱氧核糖核酸的疏水性导致ssDNA文库与硝酸纤维素滤膜的结合背景过高 ,因此选择以微孔板为介质 ,分离与靶蛋白结合的适配子 .经过 9轮循环筛选 ,随机ssDNA文库与丙型肝炎病毒(HCV)核心蛋白 (C蛋白 )的结合率从 0 . 5 %上升到 32 . 5 % . 展开更多
关键词 随机单链dna文库 SELEX技术 筛选 寡核苷酸适配子 丙型肝炎病毒核心蛋白
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SELEX技术中ssDNA文库PCR扩增条件的优化 被引量:5
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作者 曹立亭 许李丽 +2 位作者 万向 王秋菊 马跃 《安徽农业科学》 CAS 2012年第6期3241-3242,3297,共3页
[目的]对SELEX技术中ssDNA文库的PCR扩增条件进行优化。[方法]采用L16(45)正交试验设计在4个水平上对影响单链随机DNA文库PCR反应体系的Mg2+浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶含量、引物浓度和随机单链DNA文库量5个重要因素进行了优化,同时... [目的]对SELEX技术中ssDNA文库的PCR扩增条件进行优化。[方法]采用L16(45)正交试验设计在4个水平上对影响单链随机DNA文库PCR反应体系的Mg2+浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶含量、引物浓度和随机单链DNA文库量5个重要因素进行了优化,同时对PCR反应的退火温度和循环次数进行了优化,确立最优反应体系和扩增程序。[结果]20μlPCR反应体系及反应程序中各因素优化组合为:10×Buffer2.0μl,随机ssDNA文库0.5ng,Mg2+2.5mmol/L,dNTP Mixture0.25mmol/L,上下游引物各0.6μmol/L,Taq DNA聚合酶1.5U;退火温度为68℃,最佳循环数为12。此反应系统下,随机ssDNA文库PCR扩增谱带清晰、稳定、特异性高。[结论]为SELEX技术中筛选到特异性更强的适配子奠定了基础。 展开更多
关键词 随机单链dna文库 正交试验设计 PCR 体系优化
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Optimization of PCR Reaction System for Random Single-strand DNA Pool in SELEX Technology
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作者 曹立亭 许李丽 +2 位作者 万向 王秋菊 马跃 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2012年第2期273-275,329,共4页
[Objective] This study aimed to optimize the PCR amplification conditions for random ssDNA pool in SELEX technology. [Method] L16(45) orthogonal experimental design was adopted for optimization of five important fac... [Objective] This study aimed to optimize the PCR amplification conditions for random ssDNA pool in SELEX technology. [Method] L16(45) orthogonal experimental design was adopted for optimization of five important factors affecting PCR reaction system for random single-stranded DNA pool including Mg2+ concentration, dNTP concentration, amount of Taq DNA polymerase, primer concentration and amount of random single-stranded DNA pool at four levels. Meanwhile, the annealing temperature and number of PCR reaction cycles were optimized to establish the optimal reaction system and PCR procedure. [Result] The optimal combination of PCR reaction system for random ssDNA pool was obtained, with a total system volume of 20 μl containing 2.0 μl of 10 × Buffer, 0.5 ng of random ssDNA pool, 2.5 mmol/L Mg2+, 0.25 mmol/L dNTP Mixture, 0.6 μmol/L upstream and downstream primers and 1.5 U of Taq DNA polymerase; the optimal annealing temperature was 68 ℃ and the optimal number of cycles was 12. Under the above conditions, clear and stable bands with high specificity for random ssDNA pool were amplified. [Conclusion] This study laid the foundation for selection of parameters with higher specificity in SELEX technology. 展开更多
关键词 Random single-stranded dna pool Orthogonal experimental design Polymerase chain reaction System optimization
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采用毛细管电泳技术筛选特异识别蓖麻毒素适配子的研究 被引量:6
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作者 唐吉军 谢剑炜 +2 位作者 邵宁生 郭磊 闫妍 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2006年第10期1840-1843,共4页
采用指数富集配基的系统进化(SELEX)技术从随机寡核苷酸文库中筛选获得特异识别蓖麻毒素靶分子的适配子.将毛细管电泳技术作为分离手段引入到SELEX筛选中,利用毛细管电泳高效的分离能力使得筛选周期大大缩短.酶联免疫和斑点杂交实验结... 采用指数富集配基的系统进化(SELEX)技术从随机寡核苷酸文库中筛选获得特异识别蓖麻毒素靶分子的适配子.将毛细管电泳技术作为分离手段引入到SELEX筛选中,利用毛细管电泳高效的分离能力使得筛选周期大大缩短.酶联免疫和斑点杂交实验结果表明,仅经4轮筛选即可获得特异识别蓖麻毒素蛋白的寡核苷酸适配子. 展开更多
关键词 指数富集配基的系统进化 毛细管电泳 随机单链dna文库 蓖麻毒素
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早期胃腺癌原代细胞适配子的筛选与鉴定 被引量:2
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作者 郭鹏 习静 +8 位作者 张雪燕 姚海燕 马驰 马鑫 杨敏 冯慧婷 侯纯荣 徐先云 韩跃武 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期250-256,共7页
胃腺癌是消化道最常见的恶性肿瘤之一,由于没有针对早期胃腺癌有效的诊断方法,目前胃腺癌手术治疗还主要针对中晚期患者,预后差.本文应用cell-SELEX技术,筛选早期胃腺癌原代细胞的适配子,为早期胃腺癌的诊断提供新的思路.从早期胃腺癌... 胃腺癌是消化道最常见的恶性肿瘤之一,由于没有针对早期胃腺癌有效的诊断方法,目前胃腺癌手术治疗还主要针对中晚期患者,预后差.本文应用cell-SELEX技术,筛选早期胃腺癌原代细胞的适配子,为早期胃腺癌的诊断提供新的思路.从早期胃腺癌组织中分离得到早期胃腺癌原代细胞,应用体外合成全长88 bp中间含52 bp随机序列的单链DNA文库,通过对PCR扩增条件的优化,借助生物素-链霉亲和素磁珠系统,经cell-SELEX反复筛选,可获得针对早期胃腺癌原代细胞的特异性适配子.经12轮cell-SELEX筛选,ssDNA文库与早期胃腺癌原代细胞的亲和力由1 560上升到4 336,表明亲和力较高的适配子得到逐步富集.经克隆和测序,应用软件分析可知,30个克隆子中编号为C17和C27的2个序列完全一致,具同源性,二级结构预测可知单链DNA形成不同的茎环结构可能是适配子与早期胃腺癌原代细胞作用的结构基础.特异性分析显示,胃腺癌原代细胞组与正常胃粘膜上皮细胞、空白对照组之间荧光强度值差异非常显著(P<0.01);正常胃粘膜上皮细胞组与空白对照组之间差异不显著(P>0.05).经亲和力测定,各适配子与早期胃腺癌原代细胞的解离系数达到nmol/L,具有很高的亲和力.利用cell-SELEX技术成功筛选到早期胃腺癌原代细胞的适配子,为胃腺癌的早期诊断与治疗药物靶点方面的研究奠定了实验基础. 展开更多
关键词 胃肿瘤 腺癌 细胞-SELEX 适配子 随机单链dna文库
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