为了探讨5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,m5C)相关基因在三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)患者治疗及预后中的潜在价值,构建了基于m5C相关基因的预后预测模型,用于评估TNBC患者的预后和生存状况。从基因表达总库(gene ...为了探讨5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,m5C)相关基因在三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)患者治疗及预后中的潜在价值,构建了基于m5C相关基因的预后预测模型,用于评估TNBC患者的预后和生存状况。从基因表达总库(gene expression omnibus,GEO)数据库和癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中下载TNBC基因表达谱和相应的临床数据。通过Pearson分析确定了99个m5C相关基因,进一步采用单因素Cox分析鉴定出5个与预后有关的m5C相关基因(SLC6A14、BCL11A、UGT8、LMO4、PSAT1)并构建了风险评分(risk score)预测模型,根据风险评分中位值将患者划分为高风险组和低风险组。使用Kaplan-Meier(K-M)生存分析、受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线、多变量Cox回归分析、构建列线图和校准曲线评估了模型的预测效能。训练集和验证集的K-M生存曲线、受试者工作特征曲线下面积(area under the curve,AUC)分析均验证了模型具有良好的预测能力。多变量Cox回归分析显示,风险评分可作为独立的预后生物标志物。使用ssGSEA、免疫评分分析和化疗药物对高低风险组患者的半最大抑制浓度(half maximal inhibitory concentration,IC50)值差异分析显示,免疫细胞和免疫检查点基因以及大多数化疗药物的IC50值在不同风险组之间的表达存在显著差异。研究结果构建了基于5个m5C相关基因的风险评分预后预测模型,这将有助于阐明TNBC中m5C相关基因的作用机制,进而提供更有价值的预后及诊断的生物标志物和潜在的治疗靶点,为TNBC患者临床个性化治疗提供理论指导。展开更多
目的建立并验证食管鳞状细胞癌患者根治术后生存预后预测模型与风险分级标准,为术后最优辅助治疗方案的确定提供真实世界证据。方法分别收集2011年5月31日至2018年7月31日在河南省安阳市肿瘤医院(安阳中心)和2009年8月1日至2018年12月3...目的建立并验证食管鳞状细胞癌患者根治术后生存预后预测模型与风险分级标准,为术后最优辅助治疗方案的确定提供真实世界证据。方法分别收集2011年5月31日至2018年7月31日在河南省安阳市肿瘤医院(安阳中心)和2009年8月1日至2018年12月31日在广东省汕头大学医学院附属肿瘤医院(汕头中心)连续就诊的食管鳞状细胞癌患者的临床数据和生存随访数据。以安阳中心数据集为建模集,采用基于多因素Cox比例风险回归逐步后退法和AIC准则(Akaike information criterion)的“两步法”构建总生存预测模型。通过Bootstrap重抽样1000次对模型进行内部统计验证,在汕头中心数据集进行外部验证。根据列线图得分构建预后风险分级标准。结果建模队列和验证队列分别纳入4171例和1895例食管鳞状细胞癌患者。模型由年龄、性别、肿瘤原发位置、T分期、N分期、淋巴结清扫数、肿瘤大小、辅助治疗方案和术前血红蛋白水平9个变量组成。其中,N分期与辅助治疗方案存在显著交互作用(P<0.001),即与单纯手术相比,N+期患者可能从辅助治疗中获益,但辅助治疗无法改善N0期患者的预后。建模队列的模型一致性指数(C-index)为0.728(95%CI:0.713~0.742),经Bootstrap内部验证后为0.722(95%CI:0.711~0.739),验证队列的模型C-index为0.679(95%CI:0.662~0.697)。校准图提示模型预测生存率与观测生存率一致性良好。在两个队列中模型准确性均显著高于第7版AJCC(American Joint Committee on Cancer)TNM分期系统(P<0.05)。此外,在各TNM分期内部,该模型仍可实现理想的预后风险分层效果。结论本研究为我国食管鳞状细胞癌患者根治术后总生存提供了个体化预测模型,并揭示N分期可能是制订食管鳞状细胞癌患者术后辅助治疗方案的重要决定因素。展开更多
文摘为了探讨5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,m5C)相关基因在三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)患者治疗及预后中的潜在价值,构建了基于m5C相关基因的预后预测模型,用于评估TNBC患者的预后和生存状况。从基因表达总库(gene expression omnibus,GEO)数据库和癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中下载TNBC基因表达谱和相应的临床数据。通过Pearson分析确定了99个m5C相关基因,进一步采用单因素Cox分析鉴定出5个与预后有关的m5C相关基因(SLC6A14、BCL11A、UGT8、LMO4、PSAT1)并构建了风险评分(risk score)预测模型,根据风险评分中位值将患者划分为高风险组和低风险组。使用Kaplan-Meier(K-M)生存分析、受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线、多变量Cox回归分析、构建列线图和校准曲线评估了模型的预测效能。训练集和验证集的K-M生存曲线、受试者工作特征曲线下面积(area under the curve,AUC)分析均验证了模型具有良好的预测能力。多变量Cox回归分析显示,风险评分可作为独立的预后生物标志物。使用ssGSEA、免疫评分分析和化疗药物对高低风险组患者的半最大抑制浓度(half maximal inhibitory concentration,IC50)值差异分析显示,免疫细胞和免疫检查点基因以及大多数化疗药物的IC50值在不同风险组之间的表达存在显著差异。研究结果构建了基于5个m5C相关基因的风险评分预后预测模型,这将有助于阐明TNBC中m5C相关基因的作用机制,进而提供更有价值的预后及诊断的生物标志物和潜在的治疗靶点,为TNBC患者临床个性化治疗提供理论指导。
文摘目的建立并验证食管鳞状细胞癌患者根治术后生存预后预测模型与风险分级标准,为术后最优辅助治疗方案的确定提供真实世界证据。方法分别收集2011年5月31日至2018年7月31日在河南省安阳市肿瘤医院(安阳中心)和2009年8月1日至2018年12月31日在广东省汕头大学医学院附属肿瘤医院(汕头中心)连续就诊的食管鳞状细胞癌患者的临床数据和生存随访数据。以安阳中心数据集为建模集,采用基于多因素Cox比例风险回归逐步后退法和AIC准则(Akaike information criterion)的“两步法”构建总生存预测模型。通过Bootstrap重抽样1000次对模型进行内部统计验证,在汕头中心数据集进行外部验证。根据列线图得分构建预后风险分级标准。结果建模队列和验证队列分别纳入4171例和1895例食管鳞状细胞癌患者。模型由年龄、性别、肿瘤原发位置、T分期、N分期、淋巴结清扫数、肿瘤大小、辅助治疗方案和术前血红蛋白水平9个变量组成。其中,N分期与辅助治疗方案存在显著交互作用(P<0.001),即与单纯手术相比,N+期患者可能从辅助治疗中获益,但辅助治疗无法改善N0期患者的预后。建模队列的模型一致性指数(C-index)为0.728(95%CI:0.713~0.742),经Bootstrap内部验证后为0.722(95%CI:0.711~0.739),验证队列的模型C-index为0.679(95%CI:0.662~0.697)。校准图提示模型预测生存率与观测生存率一致性良好。在两个队列中模型准确性均显著高于第7版AJCC(American Joint Committee on Cancer)TNM分期系统(P<0.05)。此外,在各TNM分期内部,该模型仍可实现理想的预后风险分层效果。结论本研究为我国食管鳞状细胞癌患者根治术后总生存提供了个体化预测模型,并揭示N分期可能是制订食管鳞状细胞癌患者术后辅助治疗方案的重要决定因素。
