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基于高通量测序技术分析不同窖龄窖泥真菌群落多样性与空间异质性
1
作者 任海伟 李志娟 +7 位作者 刘美琪 蔡早宁 孙一帆 郭晓鹏 范文广 张丙云 李彦涛 尉军强 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第2期178-187,共10页
利用Illumina NovaSeq高通量测序、冗余分析和FUNGuild等方法对甘肃金徽酒10a和50a窖龄窖池及其不同空间位置窖泥的真菌群落结构、真菌菌群与理化因子之间的关系以及真菌功能预测等进行研究。结果表明,随着窖池深度的增加,10 a窖池窖泥... 利用Illumina NovaSeq高通量测序、冗余分析和FUNGuild等方法对甘肃金徽酒10a和50a窖龄窖池及其不同空间位置窖泥的真菌群落结构、真菌菌群与理化因子之间的关系以及真菌功能预测等进行研究。结果表明,随着窖池深度的增加,10 a窖池窖泥的多样性和丰富度呈现降低趋势,50 a窖池窖泥的多样性整体呈现升高趋势,而丰富度则呈现先降低后升高趋势,其中10a窖池窖壁上层的多样性和丰富度均显著高于其他位置(P<0.05),而50a窖池窖底层的多样性和丰富度均显著高于其他位置(P<0.05)。10a窖池窖壁层的多样性和丰富度显著高于50a窖池(P<0.05),而50a窖底层的多样性和丰富度明显高于10a窖池(P<0.05)。所有窖泥样品共检测到21个真菌门和520个真菌属,其中子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、被孢霉门(Mortierellomycota)和罗兹菌门(Rozellomycota)4个优势真菌门以及曲霉属(Aspergillus)和哈萨克斯坦酵母属(Kazachstania)等多数优势真菌属的相对丰度随窖池窖龄和空间位置的变化差异显著(P<0.05)。镰刀霉属(Fusarium)、Aspergillus、Kazachstania和红曲霉属(Monascus)与水分、腐殖质、K^(+)和Ca^(2+)含量呈正相关,枝孢菌属(Cladosporium)、维希尼克氏酵母属(Vishniacozyma)与pH值呈正相关。窖泥真菌营养类型主要有腐生营养型和病理-腐生-共生营养型等7种,功能类群包括4个单一功能群和7个混合功能群。通过系统分析不同窖龄窖池和空间位置的窖泥真菌群落多样性,为明确甘肃金徽酒窖泥的真菌群落结构及空间分布规律奠定了理论基础。 展开更多
关键词 窖泥 高通量测序 真菌群落 冗余分析 功能预测
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基于高通量测序技术的9种铁线莲属药材混合粉末分子鉴定
2
作者 呼和 莫日根 +5 位作者 乌雅汉 乌日汗 额尔敦呼 白明君 包桂花 许亮 《药学研究》 CAS 2024年第1期30-34,共5页
目的建立基于高通量测序技术的9种铁线莲属混合粉末分子鉴定方法。方法采用高通量测序技术,对9种铁线莲属药材混合粉末样品中的总DNA经提取,对ITS2片段进行PCR扩增,利用Illumina MiSeq平台对DNA片段进行双端测序,最后采用FLASH、QIIME、... 目的建立基于高通量测序技术的9种铁线莲属混合粉末分子鉴定方法。方法采用高通量测序技术,对9种铁线莲属药材混合粉末样品中的总DNA经提取,对ITS2片段进行PCR扩增,利用Illumina MiSeq平台对DNA片段进行双端测序,最后采用FLASH、QIIME、GraPhlAn及MEGA 7.0软件对序列进行整理并聚类分析,鉴定混合粉末中的物种。结果混合粉末样品中得到高质量的ITS2序列共496条,铁线莲属物种含有序列72条,比对出棉团铁线莲、女萎铁线莲、短尾铁线莲、灌木铁线莲、单叶铁线莲、黄花铁线莲、粗齿铁线莲等7个物种,未能比对出东北铁线莲和芹叶铁线莲。结论以ITS2作为DNA条形码,采用高通量测序技术,可以鉴定出铁线莲属药材混合样品中的7个物种,为混合药材的鉴定提供依据。 展开更多
关键词 高通量测序技术 ITS2 铁线莲属 药材 混合粉末 分子鉴定
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高通量测序技术在低频突变检测中的应用
3
作者 栾洋 尤馨悦 杨劲 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期126-139,共14页
体细胞突变的累积与衰老、肿瘤及多种疾病的发生密切相关。在正常组织细胞中,基因组中自发突变和诱发突变的变异等位基因频率极低,对这类低频突变的检测一直面临挑战。第二代和第三代高通量测序(next-generation sequencing,NGS)技术的... 体细胞突变的累积与衰老、肿瘤及多种疾病的发生密切相关。在正常组织细胞中,基因组中自发突变和诱发突变的变异等位基因频率极低,对这类低频突变的检测一直面临挑战。第二代和第三代高通量测序(next-generation sequencing,NGS)技术的出现,可以实现任意物种全基因组上变异的直接检测,克服传统突变检测技术的诸多局限性。但是常规NGS由于测序错误率较高从而限制了其在低频突变检测上的应用,基于分子一致性测序策略进行错误矫正的高准确性NGS测序技术作为有效的低频突变检测工具,有望在环境诱变剂的评价与研究、细胞与基因治疗药物风险评估、人群健康风险监测和生命科学基础研究领域发挥重要作用。本文对比经典突变检测方法,对基于NGS的低频突变检测技术研究进展进行综述,并对应用前景进行展望,以期为该技术的进一步开发、研究和在相关领域的应用提供参考。 展开更多
关键词 高通量测序技术 低频突变 分子一致性测序 致突变 风险评估
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X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良家系TRAPPC2基因缺失突变的高通量测序分析
4
作者 刘宇 王环环 +1 位作者 肖冰 唐利芳 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期407-411,共5页
目的·研究一个X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良(spondyloepiphyseal dysplasia tarda,SEDT)家系的致病基因及突变类型。方法·提取一个SEDT家系6名成员外周血基因组DNA。应用Clearseq遗传性疾病试剂盒靶向捕获先证者基因组样本中... 目的·研究一个X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良(spondyloepiphyseal dysplasia tarda,SEDT)家系的致病基因及突变类型。方法·提取一个SEDT家系6名成员外周血基因组DNA。应用Clearseq遗传性疾病试剂盒靶向捕获先证者基因组样本中与罕见遗传性疾病相关的致病区域,并进行高通量测序,过滤去除高频突变。采用外显子组隐马尔科夫模型(exome hidden Markov model,XHMM)分析拷贝数变异(copy number variant,CNV),并进一步对6名家系成员基因缺失片段的拷贝数进行实时定量PCR分析。结果·高通量测序分析结果显示,先证者X染色体存在2.5 kb缺失(chrX:13732385~13734927),该区域覆盖转运蛋白复合体亚单位2(transport protein particle complex subunit 2,TRAPPC2)基因的第4~6个外显子。定量PCR结果证实先证者及其表哥均存在该缺失,先证者母亲为杂合缺失,先证者父亲、姐姐和表型正常的舅舅拷贝数均正常。结论·TRAPPC2基因第4~6个外显子片段的缺失为SEDT的致病性突变;同时高通量测序分析中运用XHMM算法可检测到致病基因多个外显子的缺失。 展开更多
关键词 迟发性脊椎骨骺发育不良 高通量测序 转运蛋白复合体亚单位2基因
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基于高通量测序的营养不良儿童肠道菌群多样性研究
5
作者 吴慧丹 黄峥 +3 位作者 阳丽君 江美花 李扬帆 梅桂斌 《中国现代药物应用》 2024年第1期175-180,共6页
目的 使用高通量测序模式和方法 ,对比分析营养不良儿童和正常儿童中肠道菌群物种存在的多样性和实际组成特点存在的差异。方法 选取20例营养不良患儿作为A组,选择20例身体正常的儿童作为B组,采集分析粪便样本,提取细菌中的核糖体DNA(RD... 目的 使用高通量测序模式和方法 ,对比分析营养不良儿童和正常儿童中肠道菌群物种存在的多样性和实际组成特点存在的差异。方法 选取20例营养不良患儿作为A组,选择20例身体正常的儿童作为B组,采集分析粪便样本,提取细菌中的核糖体DNA(RDNA),通过两组聚合酶链式反应(PCR)模式和方法 ,增加V4~V5区域实现高通量的测序设计,并进行生物信息学的分析研究;构建相应的稀释曲线,使用MOTHUR软件实现APLHA的多样化的计算分析,通过R语言实现热图(HEAT MAP)分析研究,实现典型关联分析(CCA),之后分别在样本的门和属两个列表中实现数据的整合和归纳,进行统计分析。结果 两组年龄、性别、分娩方式等一般资料比较,差异无统计学意义(P>0.05)。两组生物多样性比较差异无统计学意义(P>0.05)。两组生物多样性比较差异无统计学意义(P>0.05)。两组样本中共发现微生物154种。A组肠道菌群的操作性分类单元(OTU)为320, B组大肠产甲烷菌群的OTU为348,以及其共同OTU为290,两组肠细菌群门的细菌中共检出14个。为更好地展现检测结果 ,本研究依托柱状图优势,将各个样品进行分类学层面的比较和研究。A组硬壁菌门及未分级菌(乳酸菌)的OTU少于B组,拟杆菌(多形状杆菌、罗斯菌)的OTU多于B组,差异有统计学意义(P<0.05)。除A组含有的菌群外, B组还独有厌氧弧菌属、厌氧螺菌属等19种,远超A组体内的菌群种类和丰度。两组体内多形杆状菌、隐秘杆菌属等5种菌群丰度相同,差异无统计学意义(P>0.05),其他菌群丰度比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论 营养不良儿童肠道菌群中硬壁菌的数量较少,其中多形杆状菌和罗斯菌的浓度较高,为保持菌群的稳定性与均衡,必须利用不同菌属的实际特性做好菌落的调节,确保儿童有良好的消化吸收与身体生长发育。 展开更多
关键词 高通量测序 营养不良 儿童肠道 菌群多样性
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高通量测序在新生儿遗传代谢病筛查中的应用研究
6
作者 尹欢 雷菊芳 +1 位作者 陈小林 程红斌 《国际医药卫生导报》 2024年第1期47-52,共6页
目的分析高通量测序(NGS)在新生儿遗传代谢病筛查中的应用价值。方法采用前瞻性研究方式,选取2021年1月至2023年6月黄石市妇幼保健院新生儿重症监护病房(NICU)住院的不明原因的酸中毒、脑病等185例危重新生儿病例为研究对象,其中男95例... 目的分析高通量测序(NGS)在新生儿遗传代谢病筛查中的应用价值。方法采用前瞻性研究方式,选取2021年1月至2023年6月黄石市妇幼保健院新生儿重症监护病房(NICU)住院的不明原因的酸中毒、脑病等185例危重新生儿病例为研究对象,其中男95例、女90例。所有受试者均采集足跟血,实施生化筛查(串联质谱技术、时间分辨免疫荧光法)、NGS筛查。NGS筛查设计与遗传代谢相关的202个基因捕获探针,依据相关指南进行变异致病判读,对阳性异位点采用Sanger测序验证。结果185例新生儿中,早产儿占7.57%(14/185),辅助生殖占8.11%(15/185);生化筛查初筛阳性者15例(8.10%),召回复测后阳性者5例(2.70%),其中5例复查阳性者分别为存在葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)降低1例、17α-羟孕酮(17α-OHP)升高1例、促甲状腺素(TSH)升高1例、苯丙氨酸(Phe)升高2例。NGS阳性筛查率为3.24%(6/185),分别为DOUX2、MATIA、G6PD、CYP21A2复合杂合突变各1例,PAH基因复合杂合突变2例。此外,除阳性者外,存在隐性遗传病变异携带的新生儿有45例(24.32%),阴性新生儿140例(72.43%)。两种筛查结果一致有5例,不一致有1例,6例患者中3例得到确诊,分别为高苯丙氨酸血症1例、21-羟化酶缺乏性先天性肾上腺皮质增生症1例、先天性甲腺功能减退症1例。以临床诊断为参考,将待确诊病例纳入真阳性中,生化筛查灵敏度为83.3%,特异度为100.0%,阳性预测值为100.0%;NGS筛查灵敏度为100.0%,特异度为100.0%,阳性预测值为100.0%。结论NGS筛查准确度较高,可较为全面的诊断新生儿遗传代谢病。 展开更多
关键词 高通量测序 新生儿 遗传筛查 代谢 灵敏度
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基于高通量测序技术分析蒙古族传统奶酪微生物菌群多样性
7
作者 刘敏 林佳卫 +1 位作者 焦昱玮 杜浩月 《中国酿造》 CAS 北大核心 2024年第3期116-120,共5页
以内蒙古牧区蒙古族传统木桶自然发酵生产奶酪为研究对象,采用Illumina Mi Seq高通量测序技术分析发酵凝乳及不同成熟阶段奶酪样品的微生物菌群多样性。结果表明,发酵凝乳中细菌菌群多样性最高,奶酪成熟10 d时细菌菌群丰富度及真菌菌群... 以内蒙古牧区蒙古族传统木桶自然发酵生产奶酪为研究对象,采用Illumina Mi Seq高通量测序技术分析发酵凝乳及不同成熟阶段奶酪样品的微生物菌群多样性。结果表明,发酵凝乳中细菌菌群多样性最高,奶酪成熟10 d时细菌菌群丰富度及真菌菌群多样性最高,成熟30 d时真菌菌群丰富度最高。发酵凝乳及奶酪成熟过程中优势细菌属(平均相对丰度>1%)为乳球菌属(Lactococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、醋酸杆菌属(Acetobacter)、拉乌尔菌属(Raoultella)、葡萄糖杆菌属(Gluconobacter)、链球菌属(Streptococcus);优势真菌属为地霉属(Geotrichum)、伊萨酵母属(Issatchenkia)、克鲁维酵母属(Kluyveromyces)、未分类双足囊菌科(unclassified_f_Dipodascaceae)、毕赤酵母属(Pichia)、孢圆酵母属(Torulaspora)、德克酵母属(Dekkera)。主坐标分析(PCoA)结果表明,发酵凝乳和奶酪成熟0 d时细菌群落结构差异较大,真菌群落结构较为相似;奶酪成熟10 d、20 d和30 d时细菌群落结构较为相似,真菌群落结构差异较大。综上,奶酪成熟过程中微生物丰富,且成熟过程对微生物群落结构具有明显影响。 展开更多
关键词 蒙古族奶酪 高通量测序 微生物群落 多样性 优势菌群
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高通量测序技术对杀菌型益生菌含乳饮料菌群结构分析
8
作者 俞漪 庄孝飞 《食品安全质量检测学报》 CAS 2024年第2期243-250,共8页
目的分析杀菌型益生菌含乳饮料中菌群组成结构,并探究宣称添加益生菌的真实性和合规性。方法本研究以高通量测序技术为基础,从市售11批次杀菌型益生菌含乳饮料中全基因组提取,进行V3/V4变异区序列的聚合酶链式反应(polymerase chain rea... 目的分析杀菌型益生菌含乳饮料中菌群组成结构,并探究宣称添加益生菌的真实性和合规性。方法本研究以高通量测序技术为基础,从市售11批次杀菌型益生菌含乳饮料中全基因组提取,进行V3/V4变异区序列的聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增后,整理及统计样品测序序列数目,操作分类单元(operational taxonomic unit,OUT)归类,生成稀释曲线、Alpha多样性、聚类、丰度分布曲线与分析菌群结构和菌种标示合规性。结果共得到39231条优质序列,分布在210~518 bp范围内;共注解到16个门、37个纲、71个目、129个科、265个属;从门分类水平主要为厚壁菌门(Firmicutes 91.66%),从纲的分类水平主要为芽孢杆菌纲(Bacill 90.43%),从目的分类水平主要为乳杆菌目(Lactobacillales 82.74%);优势菌种为德氏乳杆菌保加利亚亚种、嗜热链球菌;同时产品有检出携带致病性非益生菌菌群。11种产品标签标示与实际检测到菌株完全一致的仅有1批次。结论本研究建立的高通量测序技术能准确、快速地探究杀菌型益生菌含乳饮料中微生物菌群多样性和潜在的致病性,市售产品益生菌种类丰富,但同质化程度较高,产品间菌群分布均匀度差异大。 展开更多
关键词 益生菌 杀菌型 高通量测序技术 菌群结构
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基于高通量测序的鸡粪堆肥过程细菌群落结构分析
9
作者 张慧 林戎斌 +3 位作者 林陈强 贾宪波 苏光秋 陈济琛 《安徽农学通报》 2024年第2期83-87,共5页
为通过相关功能微生物的应用,提高鸡粪堆肥效率及产品质量,本研究以鸡粪和菌渣进行好氧堆肥35 d,利用16S rRNA基因高通量测序技术分析鸡粪堆肥过程中细菌的群落结构动态变化。结果表明,在细菌门分类水平上,鸡粪堆肥过程中主要有厚壁菌... 为通过相关功能微生物的应用,提高鸡粪堆肥效率及产品质量,本研究以鸡粪和菌渣进行好氧堆肥35 d,利用16S rRNA基因高通量测序技术分析鸡粪堆肥过程中细菌的群落结构动态变化。结果表明,在细菌门分类水平上,鸡粪堆肥过程中主要有厚壁菌门、拟杆菌门和盐厌氧菌门,其中厚壁菌门的相对丰度在鸡粪堆肥各时期均占主导地位,腐熟期相对丰度最高,拟杆菌门在腐熟期相对丰度最低,盐厌氧菌门在降温期相对丰度最高;在细菌纲分类水平上,鸡粪堆肥过程中主要有梭菌纲、芽孢杆菌纲和拟杆菌纲;α多样性相关分析表明,高温期堆肥中细菌菌群丰富度最高,群落多样性最大。综上,在鸡粪堆肥期间,细菌群落结构发生了明显变化。 展开更多
关键词 鸡粪 菌渣 好氧堆肥 高通量测序 细菌群落
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串联质谱联合高通量测序技术在新生儿遗传代谢病(IEM)筛查诊断中的应用价值
10
作者 张磊 《中外女性健康研究》 2024年第2期37-40,共4页
目的:探讨串联质谱联合高通量测序技术在新生儿遗传代谢病(IEM)筛查诊断中的应用价值。方法:回顾性分析本院2023年1月至2023年10月接收的3625例接受IEM筛查的新生儿的临床资料,对IEM患儿与正常新生儿的基本资料进行比较,并分析IEM新生... 目的:探讨串联质谱联合高通量测序技术在新生儿遗传代谢病(IEM)筛查诊断中的应用价值。方法:回顾性分析本院2023年1月至2023年10月接收的3625例接受IEM筛查的新生儿的临床资料,对IEM患儿与正常新生儿的基本资料进行比较,并分析IEM新生儿的变异情况。结果:本组新生儿中基因变异共15例;IEM患儿与正常新生儿的基本资料差异无统计学意义(P>0.05);IEM相关基因变异的15例新生儿中,ACAD8基因复合杂合变异1例,SLC22A5基因变异携带者1例,前者被诊断为异丁酰辅酶A脱氢酶缺乏症,后者被诊断为原发性肉碱缺乏症;3例SLC22A5变异新生儿的游离肉碱水平(7.80±1.26)μmol/L明显低于3622例SLC22A5未变异新生儿的游离肉碱水平(18.95±3.25)μmol/L(P<0.05);4例MCC1/MCC2变异新生儿的丁二酰肉碱+3-羟基异戊酰基碱水平(0.48±0.08)μmol/L明显高于3621例MCC1/MCC2无变异新生儿的丁二酰肉碱+3-羟基异戊酰基碱水平(0.17±0.03)μmol/L(P<0.05)。结论:新生儿IEM筛查诊断中串联质谱联合高通量测序技术可取得确切的应用效果,对于存在基因变异携带的患者,要与其临床症状结合来开展诊断工作,避免出现漏诊的情况。 展开更多
关键词 新生儿 遗传代谢病 串联质谱 高通量测序技术
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高通量测序解析契达奶酪在加工过程中菌群结构多样性变化
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作者 孙蒙 刘璐 +4 位作者 谭心 王众 王永顺 李晓东 张秀秀 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2024年第6期161-168,共8页
为明确契达奶酪加工过程中的菌群结构,本研究采用高通量测序技术分析契达奶酪在加工过程中(巴氏杀菌后、凝乳和成熟0、30、60和90 d)三个阶段的菌群结构。结果表明,契达奶酪加工过程中各阶段微生物群落结构差异较大。巴氏杀菌后,微生物... 为明确契达奶酪加工过程中的菌群结构,本研究采用高通量测序技术分析契达奶酪在加工过程中(巴氏杀菌后、凝乳和成熟0、30、60和90 d)三个阶段的菌群结构。结果表明,契达奶酪加工过程中各阶段微生物群落结构差异较大。巴氏杀菌后,微生物群落多样性和丰度均为最高(Chao1和Shannon指数平均值分别为6.09和1415.78);在属水平上,巴氏杀菌后的优势菌群为寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,21.04%),在凝乳和成熟阶段菌群结构比较相似,乳球菌属(Lactococcus)为两阶段的绝对优势菌群,丰度平均值达85%以上;在成熟期内,乳球菌属的相对丰度呈先上升后下降的趋势;巴氏杀菌后的奶酪体系中菌群结构与其他组相比差异较大,并且随着成熟期的延长,各组菌群结构变化较小。该研究为明确契达奶酪菌群结构提供依据,对契达奶酪的微生物组信息扩充具有参考价值。 展开更多
关键词 契达奶酪 加工 高通量测序 菌群结构
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6个不同品种荔枝果肉内生细菌群落多样性的高通量测序分析
12
作者 史发超 蔡长河 +5 位作者 严倩 姜永华 刘海伦 文英杰 欧良喜 陈洁珍 《广东农业科学》 CAS 2024年第2期29-38,共10页
【目的】内生菌在植物生长发育中发挥重要作用,分析不同品种荔枝果肉内生细菌群落结构及多样性,挖掘和利用潜在荔枝内生菌种资源,为进一步研究荔枝与内生菌互作关系提供参考依据。【方法】以6个不同品种荔枝的果肉组织为材料,PCR扩增16S... 【目的】内生菌在植物生长发育中发挥重要作用,分析不同品种荔枝果肉内生细菌群落结构及多样性,挖掘和利用潜在荔枝内生菌种资源,为进一步研究荔枝与内生菌互作关系提供参考依据。【方法】以6个不同品种荔枝的果肉组织为材料,PCR扩增16SrDNA的V3~V4区,利用MiSeq高通量测序技术分析果肉组织内生细菌在门、科、属和种分类水平上的群落组成及优势菌群,结合Alpha多样性分析评估内生细菌群落多样性。【结果】对6个品种荔枝果肉内生细菌16S rDNA的V3~V4区进行扩增,共获得2139086条序列,其平均长度为376 bp。不同品种荔枝果肉内生细菌群落在相对丰度和多样性上无显著差异。在门分类水平,变形菌门为主要优势细菌门类,其次为放线菌门。在科、属和种分类水平上,不同品种荔枝内生菌群落结构相似,但相对丰度占比不同。差异菌群分析结果显示,假单胞菌属(Pseudomonas)、果胶杆菌属(Pectobacterium)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)和迪基氏菌属(Dickeya)在优良品种‘鹅蛋荔’‘糯米糍’和‘观音绿’中显著富集,根瘤菌属(Bradyrhizobium)和变形菌属(Snodgrassella)只在‘鹅蛋荔’中富集。根据菌群相对丰度进行聚类分析,‘观音绿’‘糯米糍’和‘鹅蛋荔’的相似性更高。Alpha多样性分析结果表明,6种荔枝果肉内生菌群仅在丰度和多样性上存在差异,但未达到显著水平。【结论】该研究首次分析了6个不同品种荔枝果肉内生细菌的群落结构,并在优良荔枝品种中发现特有的微生物类群富集现象,可为后续提升荔枝品质、开发利用内生菌提供理论依据和重要参考。 展开更多
关键词 荔枝果肉 内生细菌 群落结构 微生物多样性 优势菌群 高通量测序
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基于高通量测序技术分析菌草酒发酵过程中的真菌群落变化
13
作者 范锦琳 王诗宇 +2 位作者 易超 林冬梅 林占熺 《广东农业科学》 CAS 2024年第1期116-126,共11页
【目的】菌草酒是采用菌草为原料酿造的白酒,了解菌草酒不同发酵时期的真菌群落演变规律和优势真菌群落,为建立菌草酒微生物信息数据库、探究菌草酒的发酵机理、提升菌草酒的品质提供理论基础和科学依据。【方法】采用Illumina MiSeq高... 【目的】菌草酒是采用菌草为原料酿造的白酒,了解菌草酒不同发酵时期的真菌群落演变规律和优势真菌群落,为建立菌草酒微生物信息数据库、探究菌草酒的发酵机理、提升菌草酒的品质提供理论基础和科学依据。【方法】采用Illumina MiSeq高通量测序技术对菌草酒酿造过程中不同发酵时期的酒醅样本进行测序分析,揭示菌草酒发酵过程中真菌群落的分布和演替规律。【结果】在菌草酒发酵过程中,真菌群落的分布在不同发酵时期不断调整和平衡,共注释到8个门、22个纲、50个目、110个科、243个属。在门水平上分析,优势真菌门包括子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)和接合菌门(Zygomycota),平均相对丰度分别为92.32%、4.88%和1.34%,其中子囊菌门是整个发酵过程中的核心优势菌门。在属水平上分析,优势真菌属包括未分类属、酵母属(Saccharomyces)、曲霉属(Aspergillus)、青霉属(Penicillium)、木耳属(Auricularia)、被孢霉属(Mortierella)和镰刀菌属(Fusarium),平均相对丰度分别为45.53%、35.11%、2.72%、2.06%、1.60%、1.25%和1.00%,其中未分类属和酵母属在发酵过程中发挥重要作用。主成分分析(Principal component analysis,PCA)结果显示,发酵前和发酵后样本真菌群落的遗传距离均较远。【结论】菌草酒酿造过程不同发酵时期的酒醅中真菌群落的组成和多样性存在较大差异,而发酵前和发酵后的群落结构差异最为显著。 展开更多
关键词 菌草酒 高通量测序 发酵 酒醅 真菌群落结构 主成分分析
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宏基因组高通量测序诊断假体周围关节感染Meta分析
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作者 闫亚芳 周子博 +1 位作者 郑岩 宋燕华 《检验医学》 CAS 2024年第4期400-403,共4页
目的 系统评价高通量测序(mNGS)对假体周围关节感染(PJI)的诊断价值。方法 检索PubMed等7个数据库所有评估mNGS对PJI诊断价值的研究,截至2022年3月。采用QUADAS-2工具评估研究质量,采用RevMan 5.3软件和Meta-Disc 1.4软件进行Meta分析... 目的 系统评价高通量测序(mNGS)对假体周围关节感染(PJI)的诊断价值。方法 检索PubMed等7个数据库所有评估mNGS对PJI诊断价值的研究,截至2022年3月。采用QUADAS-2工具评估研究质量,采用RevMan 5.3软件和Meta-Disc 1.4软件进行Meta分析。结果 共纳入8项研究,涉及402例PJI患者。mNGS诊断PJI的合并敏感性(SEN)、合并特异性(SPE)、诊断比值比(DOR)、阳性似然比(+LR)、阴性似然比(-LR)和受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)分别为0.93、0.90、10.19、0.07、109.20和0.971 4。结论 mNGS诊断PJI效能较高。 展开更多
关键词 高通量测序 假体周围关节感染 诊断 META分析
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高通量测序分析褐飞虱circRNA表达谱及其潜在功能
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作者 于鑫滢 赵哲奇 闸雯俊 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期431-442,共12页
【目的】探究褐飞虱Nilaparvata lugens如何适应抗性水稻品种YHY15,并为研究环状RNA(circular RNA, circRNA)在褐飞虱对抗性水稻适应机制中的作用奠定基础。【方法】利用高通量测序技术鉴定生物型1和生物型Y(能致害抗性水稻YHY15的生物... 【目的】探究褐飞虱Nilaparvata lugens如何适应抗性水稻品种YHY15,并为研究环状RNA(circular RNA, circRNA)在褐飞虱对抗性水稻适应机制中的作用奠定基础。【方法】利用高通量测序技术鉴定生物型1和生物型Y(能致害抗性水稻YHY15的生物型)褐飞虱的circRNA,并统计其类型和分布。分析生物型1和生物型Y褐飞虱间circRNA表达差异,并对circRNA来源基因进行GO功能注释和KEGG富集分析。【结果】生物型1和生物型Y褐飞虱共鉴定到19个circRNA,分布在9条染色体上,其中17个circRNA由剪接位点之间的外显子构成,2个circRNA由剪接位点之间的所有碱基构成,17个circRNA长度在200~800 bp。生物型Y褐飞虱的circRNA表达丰度与表达量比生物型1褐飞虱的更高。分析结果表明,在生物型1褐飞虱克服抗性水稻YHY15形成新的生物型Y的过程中,在自然选择压力下,circRNA的表达出现变化,推测这种变化影响了褐飞虱新生物型的形成。KEGG分析结果表明,鉴定到的生物型1和生物型Y褐飞虱circRNA来源基因主要富集到自噬相关通路上。【结论】褐飞虱长期取食抗性水稻,导致褐飞虱消化、解毒和代谢能力进化,能降解抗性水稻为抵御褐飞虱而产生的次生代谢物。鉴定到的生物型1和生物型Y褐飞虱的circRNA来源基因与细胞自噬相关,表明褐飞虱通过细胞自噬过程应答抗虫水稻,这种应答反应促进褐飞虱适应抗虫水稻,致害性增强和生物型形成。 展开更多
关键词 褐飞虱 circRNA 细胞自噬 抗虫水稻 高通量测序
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基于高通量测序山西老陈醋和怀仁醋酒精发酵初期酒醅真菌菌群研究
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作者 杨玲 彭佳伟 +5 位作者 郭旭凯 段冰 邵强 郭睿 温贤将 王琪 《中国酿造》 CAS 北大核心 2024年第4期109-114,共6页
该研究利用高通量测序技术分析比较山西老陈醋工艺(S)和怀仁醋酿造工艺(X)酒精发酵初期酒醅样品真菌菌群多样性,考察不同酿造工艺对酒醅真菌菌群的影响。结果表明,X酒醅样品真菌菌群的多样性及丰富度更高。两种工艺酒醅样品的真菌菌群... 该研究利用高通量测序技术分析比较山西老陈醋工艺(S)和怀仁醋酿造工艺(X)酒精发酵初期酒醅样品真菌菌群多样性,考察不同酿造工艺对酒醅真菌菌群的影响。结果表明,X酒醅样品真菌菌群的多样性及丰富度更高。两种工艺酒醅样品的真菌菌群组成在属水平差别较大;S酒醅样品的真菌绝大部分是待确定分类地位类群(Unclassified)(82.82%),少部分为维克汉姆酵母属(Wickerhamomyces)(7.40%)、红曲霉属(Monascus)(3.12%)等;而X酒醅样品的绝对优势真菌属为哈萨克斯坦酵母属(Kazachstania)(75.08%),其次为Unclassifed(14.21%)、曲霉属(Aspergillus)(3.48%)等。造成两种工艺酒醅样品真菌菌群差异的菌属为Unclassifed、毕赤酵母属(Pichia)、哈萨克斯坦酵母属、Cystofilobasidium、枝孢霉属(Cladosporium)和被孢霉属(Mortierella)。与其他物种联系密切的菌属为Cystofilobasidium、绿僵菌属(Metarhizium)、柯达酵母属(Kodamaea)、Pseduallescheria和根毛霉属(Rhizomucor)。 展开更多
关键词 山西老陈醋工艺 怀仁醋酿造工艺 酒精发酵 真菌菌群 高通量测序
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桑褐斑病病原菌的分离鉴定及高通量测序分析
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作者 张兴楠 罗龙辉 +1 位作者 黄裕鑫 刘吉平 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期9-16,共8页
桑褐斑病是一种发生较为普遍的真菌性病害。从陕西安康蚕桑主产区收集桑褐斑病病样,结合科赫氏法则,采用形态学及分子生物学的方法对桑褐斑病病原菌进行分离鉴定;使用高通量测序技术,确定桑褐斑病病原菌的主要类群;通过水合氯醛透明反... 桑褐斑病是一种发生较为普遍的真菌性病害。从陕西安康蚕桑主产区收集桑褐斑病病样,结合科赫氏法则,采用形态学及分子生物学的方法对桑褐斑病病原菌进行分离鉴定;使用高通量测序技术,确定桑褐斑病病原菌的主要类群;通过水合氯醛透明反应观察桑褐斑病病原菌在宿主桑树叶片中的定植状态。结果表明,侵染陕西安康桑树的桑褐斑病病原菌为桑新褐斑壳丰孢Neophloeospora maculans;病原菌在PDA培养基上呈白色,生长速度缓慢,分生孢子为透明圆柱形,两端逐渐变细,有隔膜;菌丝主要寄生在桑叶的气孔与叶脉周边;病原菌rDNA序列全长5512 bp,GC含量51.16%。上述结果确定了侵染陕西安康蚕桑主产区桑褐斑病病原菌的种类,为桑褐斑病的防治提供了理论依据。 展开更多
关键词 桑树真菌病 桑褐斑病 桑新褐斑壳丰孢 高通量测序
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高通量测序标准物质的研究进展
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作者 刘杨 苏照中 +2 位作者 曾凡俊 袁惠君 张永卓 《计量学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期128-134,共7页
高通量测序技术的出现使基因序列得到了广泛研究。由于遗传物质的复杂性以及在样品准备、测序和分析过程中引入的技术错误和不同测序平台之间的系统偏差,导致高通量测序结果在准确性和各平台一致性方面受到影响。而在测序流程中使用标... 高通量测序技术的出现使基因序列得到了广泛研究。由于遗传物质的复杂性以及在样品准备、测序和分析过程中引入的技术错误和不同测序平台之间的系统偏差,导致高通量测序结果在准确性和各平台一致性方面受到影响。而在测序流程中使用标准物质可以很好地解决这些问题。高通量测序标准物质通常是具有良好特征的遗传物质或合成的添加对照物和模拟的电子数据集,高通量测序标准物质的应用将有助于校准高通量测序的测量结果和评估仪器性能,对确保测序结果的准确性、一致性至关重要。 展开更多
关键词 生物计量 高通量测序 标准物质 质量控制
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基于高通量测序技术开发酱卤鸡爪复配抑菌剂
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作者 张硕 张建梅 +2 位作者 李双 厉建军 尹淑涛 《食品研究与开发》 CAS 2024年第1期123-130,共8页
为开发一款延长酱卤鸡爪货架期的天然复配抑菌剂,采用基于Illumina MiSeq PE300平台的高通量测序技术,以酱卤鸡爪为研究对象,对其15℃贮藏期内微生物菌群结构进行研究,确定优势腐败菌,并选择乳酸链球菌素、ε-聚赖氨酸和茶多酚3种天然... 为开发一款延长酱卤鸡爪货架期的天然复配抑菌剂,采用基于Illumina MiSeq PE300平台的高通量测序技术,以酱卤鸡爪为研究对象,对其15℃贮藏期内微生物菌群结构进行研究,确定优势腐败菌,并选择乳酸链球菌素、ε-聚赖氨酸和茶多酚3种天然抑菌剂,以优势腐败菌抑菌圈直径为指标,采用单因素试验和响应面试验确定最优复配配方,并对最终产品进行理化指标、菌落总数和感官评价的验证。结果表明,酱卤鸡爪腐败优势菌为食窦魏斯氏菌(Weissella cibaria)和乳明串珠菌(Leuconostoc lactis)。抑制优势菌最佳天然复配抑菌剂配方:乳酸链球菌素浓度0.34 g/kg、ε-聚赖氨酸浓度0.13 g/kg、茶多酚浓度0.20 g/kg。在15℃下添加复配抑菌剂的酱卤鸡爪品质劣变速度明显减缓,且从微生物指标角度,货架期延长48 h。 展开更多
关键词 酱卤鸡爪 高通量测序 优势腐败菌 天然抑菌剂 食窦魏斯氏菌
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基于Illumina MiSeq高通量测序技术解析六堡茶产品中真菌群落特征
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作者 梁剑锋 李亚 +2 位作者 宾月景 奚广生 陈金辉 《中国食品添加剂》 CAS 2024年第4期74-80,共7页
试验采用Illumina MiSeq高通量测序技术对七份不同发酵工艺六堡茶样品的真菌菌落结构及多样性进行解析,扩增真菌的ITS序列。试验结果表明,样品中真菌多样性测序共获得532,864条序列,125,975,232碱基,97操作分类单(operational taxonomic... 试验采用Illumina MiSeq高通量测序技术对七份不同发酵工艺六堡茶样品的真菌菌落结构及多样性进行解析,扩增真菌的ITS序列。试验结果表明,样品中真菌多样性测序共获得532,864条序列,125,975,232碱基,97操作分类单(operational taxonomic units,OUT),可以归为3个门、11个纲、23个目、34个科、44个属、60个种,其中在门水平上子囊菌属门(Ascomycota)为优势菌门,相对丰度90.61%~99.24%。在属水平上曲霉属(Aspergillus)为优势菌,相对丰度5.74%~99.89%。通过主坐标分析显示茶果(CG)、老茶婆(LCP)与其他五份样本之间真菌结构差异较大,两个主坐标叠加解释度达到73.73%;经过属水平热图分析显示老茶婆(LCP)和社前茶(SQC)两个样本具有较相似的物种组成。本文为六堡茶后发酵工艺开发与研究提供理论依据。 展开更多
关键词 高通量测序 六堡茶 真菌群落多样性 茶果
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