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基于高通量转录组测序的牦牛和犏牛附睾尾部差异表达基因分析 被引量:2
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作者 赵旺生 李柯锐 +5 位作者 张婷婷 潘美兰 王鹏 李春海 张鹏 张永德 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1273-1282,共10页
【目的】探明牦牛和犏牛的附睾尾部差异表达基因(DEGs),筛选出与精子成熟和贮存密切相关的功能基因,为揭示犏牛精子发生及其成熟过程的分子机制打下理论基础。【方法】以牦牛和犏牛的附睾尾部为研究对象,通过Illumina 127-HiSeq 2000平... 【目的】探明牦牛和犏牛的附睾尾部差异表达基因(DEGs),筛选出与精子成熟和贮存密切相关的功能基因,为揭示犏牛精子发生及其成熟过程的分子机制打下理论基础。【方法】以牦牛和犏牛的附睾尾部为研究对象,通过Illumina 127-HiSeq 2000平台完成高通量转录组测序,经过滤、质量控制及拼接组装后,依据FDR<0.05且|log_(2)Fold Change|>1的筛选标准,通过EBSeq筛选出DEGs,然后进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析,并以实时荧光定量PCR验证高通量转录组测序数据的准确性。【结果】在牦牛和犏牛的附睾尾部共筛选获得76个DEGs,其中43个DEGs上调、33个DEGs下调;76个DEGs在COG、GO、KEGG、KOG、Nr、Pfam、Swiss-Prot和eggNOG等数据库中均有注释信息,尤其在COG和Pfam数据库中的注释率最高(达88.16%)。GO功能注释分析结果显示,DEGs被注释到生物过程(Biological process)、细胞组分(Cellular component)和分子功能(Molecular function)三大功能类别上;KEGG信号通路富集分析发现76个DEGs主要显著富集在3条信号通路上,分别是胆汁分泌通路(ko04976:Bile secretion)、ABC转运器(ko02010:ABC transporters)和cAMP信号通路(ko04024:cAMP signaling pathway)。随机选择8个DEGs(SERPINA1、MMP7、ATP2C1、ABCC1、NMT1、NAT1、CFTR和PRX)进行实时荧光定量PCR检测验证,结果显示这8个DEGs的表达模式与高通量转录组测序的结果基本一致,表明转录组数据准确可靠。【结论】在牦牛和犏牛的附睾尾部存在76个DEGs(43个DEGs上调,33个DEGs下调),显著富集在胆汁分泌通路、ABC转运器及c AMP信号通路上,与精子获能相关的DEGs有MMP7、IGFBP2和ABCC4基因,且这3个基因在犏牛附睾尾部呈下调表达,即精子获能失败可能是导致犏牛雄性不育的主要原因。 展开更多
关键词 牦牛 犏牛 附睾尾部 差异表达基因(DEGs) 精子 雄性不育 高通量转录组测序
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高通量转录组测序技术在克罗诺杆菌毒力基因研究中的应用进展 被引量:1
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作者 李逍凡 陈沁 +1 位作者 钮冰 杨捷琳 《食品安全质量检测学报》 CAS 北大核心 2022年第21期6882-6888,共7页
克罗诺杆菌(Cronobacter)是一种兼性厌氧的革兰氏阴性菌,会引起婴幼儿脑膜炎等多种疾病,严重危害人类健康。高通量转录组测序技术是一种具体测定各基因表达量的测序方法,不仅可以全面研究全新的转录本,还能获得更准确、详细的研究结果... 克罗诺杆菌(Cronobacter)是一种兼性厌氧的革兰氏阴性菌,会引起婴幼儿脑膜炎等多种疾病,严重危害人类健康。高通量转录组测序技术是一种具体测定各基因表达量的测序方法,不仅可以全面研究全新的转录本,还能获得更准确、详细的研究结果。本文综述了近年来高通量转录组测序技术在克罗诺杆菌新毒力因子相关基因的发现、毒力基因表达量与菌株毒力间的变化关系,以及不同时间段上毒力基因表达量的差异方面的研究成果,并展望该技术在克罗诺杆菌毒力研究中的应用前景,以期为克罗诺杆菌的研究方法、防控防治提供意见和建议。 展开更多
关键词 高通量转录组测序技术 克罗诺杆菌 毒力因子 毒力基因
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钩苞大丁草高通量转录组测序及差异表达分析 被引量:4
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作者 陈菁 郑伟 +2 位作者 王谈笑 王炜 徐晓丹 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期470-477,共8页
该研究采用Illumina Hi-Seq2500高通量测序技术,对叶背有纤维和无纤维发育的两组钩苞大丁草(Gerbera delavayi Franch.)叶片样品的cDNA进行转录组测序,分析其叶背毡毛纤维发育机理。测序结果得到了108 694条单基因序列,进一步筛选得到了... 该研究采用Illumina Hi-Seq2500高通量测序技术,对叶背有纤维和无纤维发育的两组钩苞大丁草(Gerbera delavayi Franch.)叶片样品的cDNA进行转录组测序,分析其叶背毡毛纤维发育机理。测序结果得到了108 694条单基因序列,进一步筛选得到了1 605条差异表达基因,838条差异表达基因在GO数据库具有功能定义,512条差异表达基因在COG分类体系中具有详细的蛋白功能释义,315条差异表达基因注释到了KEGG数据库中。其中,氨基糖和核苷酸糖代谢途径中控制纤维素合成的相关基因,苯丙烷类生物合成途径中控制木质素合成的相关基因,以及激素信号转导途径中控制生长素信号转导的相关基因表达量下调;激素信号转导途径中控制细胞分裂素、脱落酸信号转导的相关基因表达量上调。研究结果在一定程度上丰富了钩苞大丁草的基因信息,并为后续的遗传改良提供了基础数据。 展开更多
关键词 钩苞大丁草 转录 高通量 差异表达基因 纤维发生
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高通量转录组测序研究过表达Ocstamp对MLE-12细胞基因表达的影响 被引量:1
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作者 李田 杨欣雨 +5 位作者 范宇杭 杨宏昊 杨方 李世峰 刘和亮 徐洪 《中国煤炭工业医学杂志》 2023年第1期1-6,共6页
目的 研究过表达Ocstamp对MLE-12细胞基因表达的影响。方法 构建稳定过表达Ocstamp和空载对照(NC)的MLE-12细胞并进行高通量转录组测序和生物信息学分析。蛋白免疫印迹法检测p-毛细血管扩张性共济失调突变激酶(ATM)、p-毛细血管扩张性... 目的 研究过表达Ocstamp对MLE-12细胞基因表达的影响。方法 构建稳定过表达Ocstamp和空载对照(NC)的MLE-12细胞并进行高通量转录组测序和生物信息学分析。蛋白免疫印迹法检测p-毛细血管扩张性共济失调突变激酶(ATM)、p-毛细血管扩张性共济失调(ATR)、p-p53、p21、p16、Ⅰ型胶原蛋白(Col Ⅰ)、Ⅲ型胶原蛋白(ColⅢ)、Ⅺ型胶原蛋白(Col Ⅺ)、己糖激酶2(HK2)、乳酸脱氢酶A(LDHA)、磷酸果糖激酶1(PFK1)、M2型丙酮酸激酶(PKM2)的表达,β半乳糖苷酶染色法检测细胞衰老。结果 高通量转录组测序结果显示,与NC组相比,过表达Ocstamp的MLE-12细胞中有2 794个差异基因,其中GO分析和KEGG分析显示衰老信号、糖酵解信号和胶原沉积信号出现了异常激活,蛋白免疫印迹结果显示,与NC组相比较,p-ATM、p-ATR、p-p53、p21、p16、Col Ⅰ、IColⅢ、Col Ⅺ、HK2、LDHA、PFK1、PKM2在Ocstamp过表达组中均上调(P<0.05),且β半乳糖苷酶染色阳性。结论 过表达Ocstamp能介导MLE-12细胞衰老信号、糖酵解信号和胶原沉积等异常活化。 展开更多
关键词 高通量转录组测序 破骨细胞刺激性跨膜蛋白 肺泡Ⅱ型上皮细胞
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基于转录组高通量测序分析白光对杜仲愈伤组织中绿原酸含量的影响 被引量:3
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作者 张俊娥 邓华锋 +3 位作者 郑文强 江京 金聪 赵夫凯 《江西师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2015年第6期570-574,共5页
利用Illumina Hi SeqTM2500平台对光暗培养的杜仲愈伤组织进行了转录组高通量测序,利用BLAST软件进行差异表达基因的功能注释和富集分析,就白光(光强为12 000 lux,16 h光照,8 h黑暗)对杜仲愈伤组织中绿原酸含量的影响进行了研究.结果表... 利用Illumina Hi SeqTM2500平台对光暗培养的杜仲愈伤组织进行了转录组高通量测序,利用BLAST软件进行差异表达基因的功能注释和富集分析,就白光(光强为12 000 lux,16 h光照,8 h黑暗)对杜仲愈伤组织中绿原酸含量的影响进行了研究.结果表明:通过Trinity软件合并组装后共获得62 030个Unigenes,通过BLASTX比对,共获得25 417(40.98%)个有注释信息的Unigenes.通过对KEGG通路进行深入分析表明,白光(光强为12 000 lux,16 h光照,8 h黑暗)培养杜仲愈伤组织18 d,与绿原酸合成相关的3种酶基因上调表达,它们分别为苯丙氨酸解氨酶(EC 4.3.1.24,phenylalanine ammonia-lyase,PAL)、肉桂酸-4-羟基化酶(EC 1.14.13.11,trans-cinnamate 4-monooxygenase,C4H)、奎宁酸羟基肉桂酰转移酶(EC 2.3.1.133,Shikimate o-hydroxyl-cinnamoyltransferase,HCT).由此推断,白光能促进杜仲愈伤组织中绿原酸的积累.研究结果为获取高产绿原酸资源和杜仲遗传分析提供有价值的资料. 展开更多
关键词 杜仲 愈伤 白光 绿原酸 转录高通量
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人参皂苷Rb1干预DSS诱导结肠炎模型小鼠转录组高通量测序及分析 被引量:1
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作者 董建一 李昶仪 +4 位作者 陈大朋 王亮 王福金 王靖宇 周子娟 《实验动物科学》 2021年第5期42-48,共7页
目的研究人参皂苷Rb1干预葡聚糖硫酸钠盐(Dextran Sulfate Sodium Salt,DSS)诱导结肠炎模型小鼠转录组学信息特征。方法C57BL/6雄性小鼠构建动物模型,将15只小鼠分为正常组、模型组和Rb1组,每组5只。模型组和Rb1组给予4%DSS并自由饮水,... 目的研究人参皂苷Rb1干预葡聚糖硫酸钠盐(Dextran Sulfate Sodium Salt,DSS)诱导结肠炎模型小鼠转录组学信息特征。方法C57BL/6雄性小鼠构建动物模型,将15只小鼠分为正常组、模型组和Rb1组,每组5只。模型组和Rb1组给予4%DSS并自由饮水,第2天给Rb1组40 mg/kg Rb1进行干预。持续9 d,处死小鼠后,取结肠组织。利用Illumina高通量测序平台分别对三组小鼠结肠组织进行转录组测序。利用测定的转录组学数据对Rb1组和模型组两两比较之后进行重叠分析,筛选差异基因进行GO和KEGG分析。结果Rb1干预后各项指标均有改善;GO富集后其有10450个有效差异表达基因得到GO注释,其中分子功能占13.5%,生物过程占68.73%,细胞组成占17.77%;富集最显著的前20个KEGG通路中与Rb1干预后密切相关的有钙离子信号通路、神经活动配体-受体相互作用通路以及c AMP信号通路。结论人参皂苷Rb1能够缓解DSS诱导结肠炎模型小鼠的症状。通过构建Rb1干预后DSS诱导结肠炎模型小鼠结肠组织转录组序列数据库,为以后Rb1功能基因的挖掘和参与代谢途径提供数据支撑,为临床应用提供新的思路。 展开更多
关键词 人参皂苷RB1 DSS诱导结肠炎小鼠模型 Illumina转录高通量
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子宫颈癌淋巴结转移全转录组表达谱的分析与验证
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作者 许星月 郭依琳 +3 位作者 王璐 李瑞 胡桂明 赵虎 《肿瘤基础与临床》 2024年第3期256-261,共6页
目的通过高通量测序及生信分析,挖掘子宫颈癌淋巴结转移调控机制。方法收集3例淋巴结转移、3例无淋巴结转移的子宫颈癌组织,全转录组高通量测序筛选差异表达信使RNA(mRNA)、微小RNA(miRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)(|log 2FC|≥1、P<0... 目的通过高通量测序及生信分析,挖掘子宫颈癌淋巴结转移调控机制。方法收集3例淋巴结转移、3例无淋巴结转移的子宫颈癌组织,全转录组高通量测序筛选差异表达信使RNA(mRNA)、微小RNA(miRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)(|log 2FC|≥1、P<0.05),构建竞争内源性RNA(ceRNA)网络,进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。癌症基因组图谱(TCGA)数据集转移相关mRNA与ceRNA网络中mRNA取交集,检测交集mRNA表达情况。结果高通量测序筛选出差异表达的118个mRNA(47个上调,71个下调)、5个miRNA(1个上调,4个下调)和64个lncRNA(35个上调,29个下调),构建22个mRNA、5个miRNA、13个lncRNA的ceRNA网络。GO分析发现22个mRNA主要富集在趋化因子调节、tRNA甲基转移酶活性等;KEGG通路分析发现22个mRNA主要富集于Wnt、Rap1、MAPK、TNF等信号通路。TCGA数据集筛选出1404个转移相关的mRNA,与22个mRNA取交集后得到TRMT9B、FRAS1、BEND7、SLC35G1,实时定量聚合酶链反应结果显示,相比于无淋巴结转移的子宫颈癌患者,淋巴结转移的子宫颈癌患者BEND7(Z=3.628,P<0.001)、FRAS1(Z=2.570,P=0.010)和TRMT9B(Z=3.024,P=0.002)mRNA相对表达量更低,SLC35G1(Z=1.965,P=0.049)mRNA相对表达量更高。免疫组化结果显示,BEND7表达与国际妇产科联合会分期、淋巴脉管间隙浸润和淋巴结转移有关(χ^(2)=17.500,P<0.001;χ^(2)=4.351,P=0.037;χ^(2)=17.500,P<0.001)。结论本研究描绘子宫颈癌淋巴结转移表达谱,构建ceRNA网络,筛选并验证4个子宫颈癌淋巴结转移相关分子,为深入研究子宫颈癌淋巴结转移分子机制提供了思路。 展开更多
关键词 子宫颈癌 转录高通量 淋巴结转移 竞争内源性RNA 表达谱
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基于转录组测序及韦恩分析探寻补气中药制剂发挥补气作用的靶基因及其生物学功能 被引量:5
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作者 黄丽萍 乔博灵 +6 位作者 颜雪珍 赵亭 纪昌春 杨峥 张晓霞 郭正萍 罗苓芝 《陕西中医》 CAS 2022年第1期28-32,共5页
目的:探寻益气复脉/参芪扶正注射液发挥补气作用的潜在靶基因及其生物学功能。方法:利用高通量转录组测序技术,考察气虚患者经益气复脉/参芪扶正注射液治疗后,其外周血单核细胞的差异表达基因、GO(Gene Ontotology)分析及KEGG(Kyoto enc... 目的:探寻益气复脉/参芪扶正注射液发挥补气作用的潜在靶基因及其生物学功能。方法:利用高通量转录组测序技术,考察气虚患者经益气复脉/参芪扶正注射液治疗后,其外周血单核细胞的差异表达基因、GO(Gene Ontotology)分析及KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)分析,并进一步进行韦恩分析,明确2个制剂治疗后共同的差异基因及生物学功能,最后利用一组临床队列样本,通过实时定量PCR,验证并明确与补气密切相关的基因。结果:两组共有的GO条目,包括生物过程的有32条,细胞组分的有2条,分子功能的有6条,生物通路有10条。共表达差异基因有6个,包括DUSP1、DUSP2、FKBP5、F8A2、C9orf129 EGR1。临床队列样本显示,FKBP5的下调有统计学差异(P=0.001)。结论:MAPK信号通路是益气复脉和参芪扶正发挥补气作用的核心通路,FKBP5基因水平下调是它们发挥补气作用的分子标志。 展开更多
关键词 补气 益气复脉 参芪扶正 高通量转录组测序 MAPK信号通路 FKBP5
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正常和帕金森病患者基底神经节的转录差异分析 被引量:1
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作者 俎高钰 李凤娇 +4 位作者 咸伟伟 郭旸洋 赵百成 李文生 尤琳雅 《解剖学报》 CAS CSCD 2024年第4期482-492,共11页
目的分析人基底神经节各核团的分子标志物以及不同核团间、不同性别、疾病相关的差异表达,探讨差异表达基因的生物学功能。方法针对来源于10具人尸脑45个基底神经节核团样本,按是否有神经疾病分为对照组和帕金森病组,对照组按性别分为... 目的分析人基底神经节各核团的分子标志物以及不同核团间、不同性别、疾病相关的差异表达,探讨差异表达基因的生物学功能。方法针对来源于10具人尸脑45个基底神经节核团样本,按是否有神经疾病分为对照组和帕金森病组,对照组按性别分为女性和男性组,提取各样本RNA进行高通量转录组测序。生物信息学分析鉴定对照组各核团的分子标志物、不同核团间、不同性别以及帕金森病相关的差异表达基因,并对差异表达基因进行基因富集分析和功能注释。结果测序分析发现,top差异表达基因包含尾状核的DRD1、FOXG1、FAM183A;黑质的SLC6A3、EN1、SLC18A2、TH;苍白球的MEPE、FGF10;底丘脑的SLC17A6、PMCH、SHOX2等。其中,壳核top差异表达基因与尾状核存在部分重叠,如DRD1、FOXG1等。对照组不同核团间鉴定出大量差异表达基因,尾状核与苍白球间存在数量最多的差异表达基因(9321),其次是壳核与苍白球间(6341),尾状核与黑质间(6054)。黑质与底丘脑间存在数量最少的差异表达基因(44)。基因富集分析发现,尾状核与苍白球间下调基因显著富集在神经元髓鞘形成、细胞迁移调节等;壳核与苍白球上调基因富集在化学突触传递、膜电位调节、金属离子转运、神经递质转运等,而下调基因富集在神经元髓鞘形成、细胞黏附等;尾状核与黑质上调基因富集在化学突触传递、轴突传导等,而下调基因富集在神经元髓鞘形成等。另外,尾状核、壳核、黑质、苍白球和底丘脑分别鉴定到性别差异上调基因468、548、1402、333和341个,以及下调基因756、988、2532、444和1372个。基因富集分析发现,上调基因大多富集在免疫反应相关通路,下调基因富集在化学突触传递等。最后,尾状核、壳核、黑质、苍白球和底丘脑分别鉴定出帕金森病特异上调基因709、852、276、507和416个,以及下调基因830、2014、1218、836和1730个。基因富集分析发现,上调基因大多富集在凋亡信号调节,下调基因大多富集在化学突触传递、动作电位调节等。结论我们发现并分析了人基底神经节不同核团的分子标志物、核团间差异、性别差异和帕金森病的相关差异。 展开更多
关键词 基底神经节 帕金森病 高通量转录组测序 差异表达分析
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不依赖于剪接位点信号的高精度转录组序列比对算法
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作者 张勇 徐云 《计算机系统应用》 2016年第12期138-142,共5页
高通量转录组测序技术已经发展成为分析不同细胞中选择性剪接事件的最有效方法,其测序数据处理的第一步是将数以百万的测序片段准确地比对到参考序列上,称之为转录组序列比对.现有的比对工具基本上都是依赖于经典的剪接位点信号,一定程... 高通量转录组测序技术已经发展成为分析不同细胞中选择性剪接事件的最有效方法,其测序数据处理的第一步是将数以百万的测序片段准确地比对到参考序列上,称之为转录组序列比对.现有的比对工具基本上都是依赖于经典的剪接位点信号,一定程度上限制了转录组测序技术发现全新剪接位点的能力.为此,我们设计了一种不依赖于剪接位点信号的转录组序列比对方法 RNAMap,该方法按照重叠种子方式划分测序片段,使用带有左右锚点的窗口扫描参考序列,找出种子中含有的剪接位点.计算实验表明,RNAMap精确度高达95%,召回率也明显优于其他算法. 展开更多
关键词 选择性剪接 高通量转录组测序 滑动窗口 剪接位点
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转录组及代谢组联合解析玉米响应花粒期高温胁迫机制 被引量:10
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作者 李川 乔江方 +4 位作者 黄璐 张美微 张盼盼 牛军 刘京宝 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2020年第1期8-21,共14页
为了探明我国玉米主要推广品种郑单958、先玉335花粒期高温胁迫下基因表达及代谢物差异,挖掘玉米响应高温胁迫的关键基因及代谢物,利用Illumina HiSeq^TM 2500高通量测序技术分别对郑单958、先玉335高温胁迫7,14 d的穗位叶及对照叶进行... 为了探明我国玉米主要推广品种郑单958、先玉335花粒期高温胁迫下基因表达及代谢物差异,挖掘玉米响应高温胁迫的关键基因及代谢物,利用Illumina HiSeq^TM 2500高通量测序技术分别对郑单958、先玉335高温胁迫7,14 d的穗位叶及对照叶进行高通量转录组测序,利用广泛靶向代谢组测序技术对样品进行高通量代谢物测序。转录组测序共获得214.81 Gb干净序列。郑单958高温胁迫7 d后检测到49个差异表达基因,其中24个为上调基因。继续高温胁迫14 d共检测到306个差异表达基因,其中130个为上调基因。高温胁迫7 d与高温胁迫14 d对比组中检测到1462个差异表达基因,其中647个为上调基因。先玉335高温胁迫7 d后共检测到381个差异表达基因,164个上调基因。继续高温胁迫14 d后共检测到299个差异表达基因,226个为上调基因。高温胁迫7 d与高温胁迫14 d对比组中共检测到2481个差异表达基因,其中1275个上调基因。在郑单958、先玉335高温胁迫7 d后对比组中检测到6646个差异表达基因,其中3253个上调基因。在郑单958、先玉335高温胁迫14 d对比组中检测到5958个差异表达基因,其中3110个上调基因。代谢物测序共检测到654个代谢物,郑单958高温胁迫7 d后共检测出28个差异代谢物,共注释到5个代谢通路中。高温胁迫14 d后共检测出54个差异代谢物,共注释到13个代谢通路中,其中9个差异代谢物呈上调表达。先玉335高温胁迫7 d后检测出98个差异代谢物,共注释到24个代谢通路中,其中43个差异代谢物呈上调表达。先玉335高温胁迫14 d后共检测出38个差异代谢物,共注释到13个代谢通路中,其中14个上调表达。郑单958高温胁迫7 d与先玉335高温胁迫7 d对比组共检测出144个差异代谢物,共注释到36个代谢通路中,其中81个差异代谢物呈上调表达。郑单958高温胁迫14 d与先玉335高温胁迫14 d对比组共检测出158个差异代谢物,共注释到40个代谢通路中,其中81个差异代谢物呈上调表达。 展开更多
关键词 玉米 高温胁迫 花粒期 高通量转录组测序 代谢学分析 差异表达基因
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转录组及代谢组联合解析郑单309响应花粒期高温胁迫的机制 被引量:4
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作者 李川 黄璐 +5 位作者 乔江方 张美微 张盼盼 牛军 刘京宝 王淑凤 《河南农业科学》 北大核心 2021年第2期19-31,共13页
利用Illumina HiSeqTM2500高通量转录组测序技术及广泛靶向代谢组测序技术对玉米新品种郑单309高温胁迫7、14 d及正常生长条件下材料的穗位叶进行高通量测序,从而分析高温胁迫相关差异表达基因、差异表达代谢物,以期发掘玉米响应高温胁... 利用Illumina HiSeqTM2500高通量转录组测序技术及广泛靶向代谢组测序技术对玉米新品种郑单309高温胁迫7、14 d及正常生长条件下材料的穗位叶进行高通量测序,从而分析高温胁迫相关差异表达基因、差异表达代谢物,以期发掘玉米响应高温胁迫的关键基因及代谢物。转录组测序结果显示,郑单309高温胁迫7 d与正常生长条件材料对比组中共检测到515个差异表达基因,其中75个为上调表达基因,440个为下调表达基因;高温胁迫14 d与正常生长条件材料对比组中共检测到506个差异表达基因,其中114个为上调表达基因,392个为下调表达基因;高温胁迫7 d与14 d对比组中检测到2050个差异表达基因,其中790个为上调表达基因,1260个为下调表达基因。郑单309高温胁迫7 d与正常生长条件材料对比组中差异表达基因主要富集于细胞外区、分子功能调控等GO分类。郑单309高温胁迫14 d与正常生长条件材料对比组中差异表达基因主要富集于节奏过程、细胞外区等GO分类。郑单309高温胁迫7 d与14 d对比组中差异表达基因主要富集于单个有机体进程、细胞成分等GO分类。郑单309高温胁迫7 d与正常生长条件材料对比组、高温胁迫14 d与正常生长条件材料对比组、高温胁迫7 d与14 d对比组中差异表达基因分别主要分布于5、7、15个KOG/COG分类,主要注释到6、7、20个KEGG代谢途经。代谢组学分析共检测到654个代谢物,郑单309高温胁迫7 d与正常生长条件材料对比组中检测到40个差异表达代谢物,其中8个上调表达,32个下调表达;郑单309高温胁迫14 d与正常生长条件材料对比组中检测到40个差异表达代谢物,其中4个上调表达,36个下调表达;郑单309高温胁迫7 d与14 d对比组中检测到46个差异表达代谢物,其中17个上调表达,29个下调表达。郑单309高温胁迫7 d与正常生长条件材料对比组中的40个差异表达代谢物主要富集于次生代谢产物生物合成、精氨酸及脯氨酸代谢等KEGG通路。郑单309高温胁迫14 d与正常生长条件材料对比组中的40个差异表达代谢物主要富集于次生代谢产物生物合成、类黄酮生物合成等KEGG通路。郑单309高温胁迫7 d与14 d对比组中的46个差异表达代谢物主要富集于氨酰tRNA生物合成,丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等KEGG通路。 展开更多
关键词 玉米 高温胁迫 花粒期 高通量转录组测序 代谢学分析 差异表达基因
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转录组解析外源ABA对玉米脱水速率的影响 被引量:1
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作者 李川 黄璐 +4 位作者 张美微 张盼盼 刘京宝 牛军 乔江方 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期15-26,共12页
为了探明迪卡517、郑单1002喷施外源ABA后脱水速率变化的分子机制,发掘影响脱水速率的关键差异表达基因及代谢通路,利用Illumina HiSeqTM2500测序仪分别对喷施ABA前后迪卡517(脱水速率较快)和郑单1002(脱水速率较慢)的穗位叶进行高通量... 为了探明迪卡517、郑单1002喷施外源ABA后脱水速率变化的分子机制,发掘影响脱水速率的关键差异表达基因及代谢通路,利用Illumina HiSeqTM2500测序仪分别对喷施ABA前后迪卡517(脱水速率较快)和郑单1002(脱水速率较慢)的穗位叶进行高通量转录组测序。原始序列经过质量控制、基因组比对、测序饱和度、基因覆盖度及冗余序列分析后进行基因功能注释。结果显示,迪卡517外源ABA处理与正常生长条件对比组检测到1732个差异表达基因,其中1251个为上调表达基因,481个为下调表达基因;郑单1002外源ABA处理与正常生长条件对比组检测到52个差异表达基因,其中24个为上调表达基因;迪卡517外源ABA处理与郑单1002外源ABA处理对比组检测到3867个差异表达基因,其中1946个为上调表达基因。不同对比组中筛选到差异表达基因GO分类情况、COG基因产物分类、KEGG代谢通路分析不同。转录因子分析共获得多个重要的转录因子家族,主要有AGC蛋白激酶家族、AP2/ERF转录因子家族、ARID转录因子、AUX/IAA转录因子家族、Alfin-like转录因子、Aur转录因子家族、B3转录因子家族、BBR-BPC转录因子家族、BES1转录因子、BUB转录因子、C2C2-CO-like转录因子等。Zm00001d035000、Zm00001d042063、Zm00001d045314等共同差异表达基因均在迪卡517和郑单1002中表达。对所有检测到的差异表达基因GO分类分析获得73个差异表达基因与水分代谢相关,推测这些基因作为外源ABA调控的下游基因起作用。 展开更多
关键词 玉米 穗位叶 外源ABA 高通量转录组测序 差异表达基因 脱水速率
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基于高通量RNA-Seq探讨针灸对骨髓抑制小鼠造血微环境的保护及修复作用
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作者 杜雪源 于冬冬 +4 位作者 黄正瑜 路玫 曹大明 滕迎春 张欢欢 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1521-1525,共5页
目的探讨针灸参与保护、修复造血微环境的可能作用机制。方法40只雄性KM种小鼠随机分为空白组(Con-trol)、模型组(CTX)、针刺干预组(Acu)、艾灸干预组(Mox),每组10只。CTX组、Acu组、Mox组腹腔注射环磷酰胺制备骨髓抑制模型,于造模后24... 目的探讨针灸参与保护、修复造血微环境的可能作用机制。方法40只雄性KM种小鼠随机分为空白组(Con-trol)、模型组(CTX)、针刺干预组(Acu)、艾灸干预组(Mox),每组10只。CTX组、Acu组、Mox组腹腔注射环磷酰胺制备骨髓抑制模型,于造模后24h开始Acu组予以针刺干预、Mox组予以艾灸干预,Control、CTX组陪同固定,1次/d,连续5d。取各组小鼠骨髓组织提取RNA,进行高通量转录组测序、分析及Real-time PCR实验验证。结果CTX vs Control、Acu vs CTX、Mox vs CTX这3组转录本的交集差异基因有64个,其中具有较高节点热度的中心基因为CXCL12、VEGFA与KDR。与Control组比,CTX组骨髓组织中CXCL12 mRNA表达水平显著降低(P<0.05),CXCR4(CXCL12的受体)、VEGF、VEG-FR-2 mRNA表达水平显著升高(P<0.05);与CTX组比,Acu组、Mox组骨髓组织中CXCL12 mRNA表达水平显著升高(P<0.05),CXCR4、VEGF、VEGFR-2 mRNA表达水平显著下降(P<0.05);与Acu组相比,Mox组CXCL12、CXCR4、VEGF及VEGFR-2 mRNA表达水平无明显差异(P>0.05)。结论针灸缓解骨髓抑制的作用机制,可能与血管新生、正向调节骨髓基质细胞增殖等缓解、修复造血微环境损伤的生物过程有关。 展开更多
关键词 针灸 环磷酰胺 骨髓抑制 造血微环境 高通量转录组测序
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铁过载对斑马鱼成骨影响的机制 被引量:5
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作者 姜宇 阎一林 +1 位作者 朱国兴 徐又佳 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期713-717,共5页
目的通过高通量转录组的方法测序高铁环境生存的斑马鱼与和野生型的斑马鱼,通过比较筛选出铁过载对于成骨影响的通道,通过在体以及离体的一系列实验证实铁过载对这些通道的作用。方法通过在斑马鱼高铁环境下生存,造成斑马鱼铁过载,在4... 目的通过高通量转录组的方法测序高铁环境生存的斑马鱼与和野生型的斑马鱼,通过比较筛选出铁过载对于成骨影响的通道,通过在体以及离体的一系列实验证实铁过载对这些通道的作用。方法通过在斑马鱼高铁环境下生存,造成斑马鱼铁过载,在4天后提取其RNA和野生型斑马鱼提取的RNA进行高通量转录组测序比较,筛选出成骨Bmp2通道,并用定量QPCR验证。在体实验中将Runx2a标记的转基因斑马鱼在高铁环境下与正常环境在第九天进行比较,观察其荧光的变化;离体实验中,用Bmp2a带标签的c DNA和Runx2a带标签的c DNA的细胞进行转染,进行荧光素酶报告基因实验,然后用铁干预,观察其变化。结果通过高通量转录组测序发现高铁对于Bmp2抑制,并用定量验证发现铁过载后Runx2a,Runx2b,sp7等成骨基因均下调,观察发现Runx2a标记的转基因斑马鱼高铁环境下与正常环境相比基因表达明显下调,在细胞转染实验中,荧光素酶报告基因Runx2a在Bmp2a转染下大幅升高,转染铁后Runx2a下降。结论通过高通量转录组测序,我们发现铁过载对于BMP2的抑制影响,运用在体以及离体的一系列实验证实铁过载对Bmp2的抑制作用从而导致成骨代谢的异常。 展开更多
关键词 高通量转录组测序 成骨基因 转基因鱼 骨形态发生蛋白2通道
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不同氮效率玉米品种响应氮肥减施的差异表达基因分析 被引量:1
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作者 李川 张盼盼 +4 位作者 张美微 牛军 赵霞 何冠华 乔江方 《河南农业科学》 北大核心 2022年第9期10-24,共15页
为了研究不同氮效率玉米品种伟科518(氮高效品种,WK518)、农大108(氮低效品种,ND108)在氮减施条件下的差异表达基因(Differently expressed genes,DEG)及其功能,在不同氮条件下[正常氮(225 kg/hm^(2),HN)、低氮(0 kg/hm^(2),LN)],对灌... 为了研究不同氮效率玉米品种伟科518(氮高效品种,WK518)、农大108(氮低效品种,ND108)在氮减施条件下的差异表达基因(Differently expressed genes,DEG)及其功能,在不同氮条件下[正常氮(225 kg/hm^(2),HN)、低氮(0 kg/hm^(2),LN)],对灌浆中期WK518和ND108穗位叶进行高通量转录组测序,筛选DEG,进行GO和KEGG富集分析,并对差异表达的转录因子进行分析。结果表明,低氮条件下,在WK518与ND108对比组中共检测到2065个上调表达基因、2319个下调表达基因。正常氮条件下,在WK518与ND108对比组中共检测到2368个上调表达基因、3780个下调表达基因。WK518在不同氮条件下共检测到1009个上调表达基因、2268个下调表达基因。ND108在不同氮条件下共检测到364个上调表达基因、510个下调表达基因。低氮条件下,WK518与ND108中的DEG主要富集于尿卟啉-ⅢC-甲基转移酶活性、甘露糖-6-磷酸异构酶活性、氧化-还原过程、线粒体组织、核染色质等GO条目,氨基糖及核苷酸糖新陈代谢,苯丙氨酸新陈代谢,类单萜生物合成,甘氨酸、丝氨酸及苏氨酸新陈代谢、碱基剪切修复等KEGG代谢通路。正常氮条件下,WK518与ND108中的DEG主要富集于气孔关闭、跨膜受体丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性、叶绿体基质、类囊体、叶绿体被膜等GO条目,光合作用生物体中碳固定、氨基糖及核苷酸糖新陈代谢、糖酵解/糖异生、丙氨酸新陈代谢、光合作用-天线蛋白等KEGG代谢通路。WK518在不同氮条件下的DEG主要富集于几丁质反应、蛋白质磷酸化、生物膜、吲哚硫代葡萄糖苷代谢过程、肌醇半乳糖苷-蔗糖半乳糖基转移酶等GO条目,光合作用生物体中碳固定、植物激素信号传导、内质网内蛋白质加工过程、植物-病原体相互作用、植物MAPK信号通路等KEGG代谢通路。ND108在不同氮条件下的DEG主要富集于干旱胁迫响应、毒素分解代谢过程、几丁质酶活性、海藻糖生物合成过程、海藻糖-磷酸酶活性等GO条目,乙醛酸及二羧酸盐新陈代谢、植物MAPK信号通路、灵菌素生物合成、玉米素生物合成、生物素新陈代谢等KEGG代谢通路。不同氮条件下,在WK518和ND108中共检测出58个差异表达转录因子家族,包括GRAS、bHLH、MYB相关、NAC、C_(3)H、ERF、C_(2)H_(2)、WRKY、FAR1等植物中重要的调控生长发育、生物及非生物胁迫响应的转录因子家族。 展开更多
关键词 玉米 氮肥减施 氮效率 高通量转录组测序 差异表达基因
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细粒棘球蚴原头节mRNA测序及生物信息学初步分析
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作者 朱明星 王娅娜 +3 位作者 巨艳 王志昇 朱佳佳 赵巍 《国际医学寄生虫病杂志》 CAS 2014年第2期83-89,共7页
目的 利用RNA-seq技术对细粒棘球蚴原头节的转录组进行测序并对测序数据进行生物信息学分析,以揭示细粒棘球蚴原头节mRNA所包含的信息. 方法 用Trizol法提取原头节总RNA,分离mRNA,利用Illumina公司的HiSeq2000高通量测序仪对mRNA序列进... 目的 利用RNA-seq技术对细粒棘球蚴原头节的转录组进行测序并对测序数据进行生物信息学分析,以揭示细粒棘球蚴原头节mRNA所包含的信息. 方法 用Trizol法提取原头节总RNA,分离mRNA,利用Illumina公司的HiSeq2000高通量测序仪对mRNA序列进行测序.参考英国桑格研究院(Wellcome Trust Sanger Institute)公布的细粒棘球绦虫基因组数据,对测序数据进行拼接组装,将获得的unigene与非冗余的蛋白序列数据库(non-redundant,Nr)、全球蛋白资源数据库(universal protein,UniProt)、基因本体数据库(gene ontology,GO)以及日本京都基因和基因组百科全书通路数据库(the kyotoencyclopedia of genes and genomes pathway,KEGG pathway)进行比对,获得该unigene的蛋白功能注释信息. 结果 测序后共获得132 007 609条读段(reads),经过组装共形成91 342条unigene,平均长度为419 bp.通过GO分类注释,共有36 552个unigene获得了注释信息,分别归入到了生物学过程、分子功能、细胞组分3大类共计48个功能组.通过KEGG pathway的注释,有6 664条unigene注释到了KEGG上,参与了6大类生物过程中34个小类的代谢,共有227个代谢通路. 结论 获得了细粒棘球蚴原头节转录组相关信息,为棘球蚴病的后续研究提供了研究数据,积累了研究资料. 展开更多
关键词 细粒棘球蚴原头节 转录 高通量转录组测序 生物信息学分析
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杜仲愈伤组织转录组分析及其类黄酮合成相关基因的qRT-PCR分析 被引量:2
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作者 张俊娥 邓华锋 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2018年第16期3912-3917,共6页
目的分析光、暗培养的杜仲愈伤组织转录组测序结果,验证杜仲愈伤组织转录组测序结果中与类黄酮合成相关基因的表达水平。方法利用Illumina Hi SeqTM 2500测序平台对光暗培养的2种杜仲愈伤组织进行转录组高通量测序,利用Trinity软件对测... 目的分析光、暗培养的杜仲愈伤组织转录组测序结果,验证杜仲愈伤组织转录组测序结果中与类黄酮合成相关基因的表达水平。方法利用Illumina Hi SeqTM 2500测序平台对光暗培养的2种杜仲愈伤组织进行转录组高通量测序,利用Trinity软件对测序结果进行De novo组装,使用BLAST软件将Unigenes序列与NR、Swiss-Prot、GO、COG、KOG、KEGG、Pfam等数据库比对,利用FPKM值估算基因表达丰度,利用qRT-PCR验证与类黄酮合成相关基因的表达水平。结果杜仲愈伤组织转录组测序共获得13.00 Gbp的clean data。De novo组装后共获得62 030条Unigenes,平均长度为736.40 bp。使用BLAST软件将Unigenes序列与相关数据库比对,共获得25 417条Unigenes的注释结果。其中,25 167条Unigenes注释到Nr。4 794条Unigenes和它们相关的酶(enzyme commission numbers)注释到82条KEGG通路。共获得差异表达基因1 986条。在白光(光强为12 000 lx,16 h光照,8 h黑暗)培养的愈伤组织中,有1 139条基因表达上调,847条基因表达下调。在KEGG富集分析中发现,有7个Unigenes与类黄酮合成相关,其中有6个Unigenes在白光培养的杜仲愈伤组织中上调表达,它们编码的酶分别为查耳酮异构酶(EC 5.5.1.6,chalcone isomerase,CHI),查耳酮合成酶(EC 2.3.1.74,chalcome synthase,CHS),类黄酮3′-羟化酶(EC 1.14.13.21,flavonoid3′-monooxygenase,F3’H),反肉桂酸4-单加氧酶(EC 1.14.13.11,trans-cinnamate 4-monooxygenase,CYP),黄酮醇合成酶(EC 1.14.11.23,flavonol synthase,FLS),莽草酸邻羟基肉桂转移酶(EC 2.3.1.133,shikimate-O-hydroxycinnamoyl transferase,HQT)。1个Unigene下调表达,它编码的酶为无色花青素加氧酶(EC 1.14.11.19,leucocyanidin oxygenase,LDOX)。qRT-PCR分析表明,与类黄酮合成相关的7个Unigenes的表达情况与转录组测序分析结果是一致的。结论白光条件(光强为12 000 lx,16 h光照,8 h黑暗)可以促进类黄酮代谢途径中相关化合物的积累。 展开更多
关键词 杜仲 愈伤 转录高通量 类黄酮生物合成 实时定量PCR
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长链非编码RNA的常用研究技术和方法 被引量:5
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作者 王卉 张玲玲 +5 位作者 王冰蕊 任思蕊 高洁 佟静媛 刘金花 石莉红 《中国细胞生物学学报》 CAS CSCD 2016年第8期1012-1019,共8页
长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)在胚胎发育、谱系分化、基因印迹、疾病发生等过程中都发挥着非常重要的调控作用,是转录调控的重要分支及热点。随着转录组学高通量测序技术的日臻完善,越来越多的lncRNA被发现。为了全面解析l... 长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)在胚胎发育、谱系分化、基因印迹、疾病发生等过程中都发挥着非常重要的调控作用,是转录调控的重要分支及热点。随着转录组学高通量测序技术的日臻完善,越来越多的lncRNA被发现。为了全面解析lncRNA的作用及调控机制,该综述从lncRNA的发现、表达、细胞定位、结构、功能、机制研究等不同方面总结了当前常用的研究技术、方法及它们的最新进展,为其深入研究提供了基础和线索。 展开更多
关键词 lncRNA 高通量转录组测序技术 CRISPR/Cas9技术 CHIRP 染色体构象捕获技术 lncRNA数据库
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