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基于CP基因的云南烟草花叶病毒RT-LAMP快速检测体系的构建 被引量：1
1
作者 赵正婷 盖晓彤 +3 位作者 张俊蕾 卢灿华 姜宁 刘雅婷 《山东农业科学》 北大核心 2024年第5期154-162,共9页
为快速检测云南烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV),本研究根据来自云南烟草TMV分离物的外壳蛋白(CP)基因保守核苷酸序列,设计了5组引物进行筛选,并采用单一变量法对反应的温度、时间、甜菜碱浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度及内、外引... 为快速检测云南烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV),本研究根据来自云南烟草TMV分离物的外壳蛋白(CP)基因保守核苷酸序列,设计了5组引物进行筛选,并采用单一变量法对反应的温度、时间、甜菜碱浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度及内、外引物浓度比等进行逐一优化,建立了云南烟草TMV逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测体系。结果表明,最佳引物组为第4组,最适反应温度为60℃,甜菜碱、dNTPs、Mg^(2+)的最佳反应浓度分别为0.6、0.4、2.0 mmol/L,最佳内、外引物浓度比为4∶1,最佳反应时间40 min。优化后的RT-LAMP经SYBR Green I染色可肉眼判断结果,特异性高,灵敏度是常规RT-PCR的10倍。RT-LAMP检测体系的建立为云南烟草TMV的检测提供了一种便捷、高效、可靠的方法。 展开更多
关键词 烟草花叶病毒 CP基因 rt-lamp 特异性 灵敏度
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二重荧光RT-LAMP鉴别检测禽呼肠孤病毒和鸡滑液囊支原体
2
作者 曾婷婷 谢芝勋 +9 位作者 谢丽基 王盛 谢志勤 黄娇玲 万丽军 任红玉 张艳芳 张民秀 范晴 邓显文 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2023年第9期66-75,共10页
本研究旨在建立一套通过添加荧光探针FD,反应后可使用成像仪直接观测结果的鉴别检测禽呼肠孤病毒(ARV)和鸡滑液囊支原体(MS)的二重荧光RT-LAMP检测方法。根据ARV和MS的保守基因片段,设计了2套LAMP引物,并各添加1条FD荧光探针,2条FD探针... 本研究旨在建立一套通过添加荧光探针FD,反应后可使用成像仪直接观测结果的鉴别检测禽呼肠孤病毒(ARV)和鸡滑液囊支原体(MS)的二重荧光RT-LAMP检测方法。根据ARV和MS的保守基因片段,设计了2套LAMP引物,并各添加1条FD荧光探针,2条FD探针分别标记CY5和6-FAM荧光基团。结果:ARV阳性对照在成像仪下发出红色荧光,MS阳性对照发出绿色荧光,双重模板经过图像融合后为黄色荧光;特异性结果显示,该二重荧光RT-LAMP检测方法仅能扩增ARV和MS两种病原,对其他常见病原如鸡毒支原体(MG)、禽流感病毒(AIV)、新城疫病毒(NDV)等无扩增反应;敏感性结果显示,该二重荧光RT-LAMP检测方法对ARV和MS的最低检测量分别为1.7×10^(2)copies和1.9×10^(2)copies;使用该方法检测40份临床样品,检出率与本实验室前期建立的二重荧光RT-PCR检测结果相同。综上,该二重荧光RT-LAMP检测方法可特异、敏感地鉴别检测ARV和MS,通过添加FD荧光探针和成像仪观测结果,为不同条件的实验室提供了新的检测手段。 展开更多
关键词 FD荧光探针 二重荧光rt-lamp 禽呼肠孤病毒 鸡滑液囊支原体
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辣椒轻斑驳病毒RT-LAMP快速检测方法的建立 被引量：1
3
作者 邵煜尊 张万红 +6 位作者 王惠 王玉洁 苗圃 申莉莉 李莹 焦裕冰 杨金广 《中国蔬菜》 北大核心 2023年第12期42-48,共7页
辣椒轻斑驳病毒(pepper mild mottle virus,PMMo V)是发生在辣椒上的一种重要病毒病。通过逆转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP),以PMMo V外壳蛋白CP序列为靶标基因,设计F3/B3、FIP/BIP 4条引物,构建了基于RT-LAMP技术的PMMo V快速检测方... 辣椒轻斑驳病毒(pepper mild mottle virus,PMMo V)是发生在辣椒上的一种重要病毒病。通过逆转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP),以PMMo V外壳蛋白CP序列为靶标基因,设计F3/B3、FIP/BIP 4条引物,构建了基于RT-LAMP技术的PMMo V快速检测方法。结果表明,该方法在60 min内便可完成对PMMo V的特异性检测,灵敏度比传统RT-PCR技术高10倍,检测过程中与其他相关病毒无交叉反应。本试验建立的PMMo V RT-LAMP检测方法操作简便、特异性强、灵敏度高,可用于田间生产中对PMMo V的快速检测。 展开更多
关键词 辣椒轻斑驳病毒 rt-lamp检测 快速检测
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猪流行性腹泻病毒可视化RT-LAMP检测方法的建立与初步应用 被引量：6
4
作者 李林岳 李任峰 +6 位作者 袁嘉康 秦保亮 庞俊增 蔡琳琳 赵晓会 范国英 王自良 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期814-821,828,共9页
为建立猪流行性腹泻病毒(PEDV)可视化反转录-环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法,本研究根据PEDV ORF1a/b基因的保守序列,设计了8组特异性引物,以PEDC cDNA为模板,采用试剂盒推荐的各反应条件经LAMP扩增,根据LAMP反应产物琼脂糖凝胶电泳... 为建立猪流行性腹泻病毒(PEDV)可视化反转录-环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法,本研究根据PEDV ORF1a/b基因的保守序列,设计了8组特异性引物,以PEDC cDNA为模板,采用试剂盒推荐的各反应条件经LAMP扩增,根据LAMP反应产物琼脂糖凝胶电泳结果筛选最佳引物组。以筛选的外引物PE2 F3/B3经PCR从PEDV cDNA中扩增ORF1a/b基因,构建重组质粒pPE-ORF1-2并分别经PCR和测序鉴定。结果显示,2号引物组(内引物PE2 FIP/PE2 BIP,外引物PE2 F3/PE2 B3)为最佳引物。PCR和测序鉴定结果表明重组质粒正确构建,经计算其浓度为1.56×1011拷贝/μL,将其稀释1000倍后作为质粒标准品。为建立检测PEDV的RT-LAMP方法,本研究对该方法的反应时间、反应温度、Mg2+浓度、内、外引物及dNTP浓度进行了优化,结果显示,RT-LAMP反应体系为:60℃反应50 min,Mg2+浓度80 mmol/L,内外引物终浓度分别为32μmol/L和5μmol/L,dNTP浓度10 mmol/L;通过在上述体系中加入甲酚红指示剂,初步建立了可视化RT-LAMP检测方法。特异性试验结果显示,该方法仅能检出PEDV,与猪德尔塔冠状病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪传染性胃肠炎病毒均无交叉反应,且阳性管体系颜色由紫红色变为黄色,阴性反应管体系颜色保持紫红色,特异性较强;将重组质粒标准品pPE-ORF1-210倍倍比稀释(1.65×100拷贝/μL~1.65×108拷贝/μL)后作为模板,采用本研究建立的可视化RT-LAMP方法进行敏感性试验,结果显示,该方法对pPE-ORF1-2检测限为10拷贝/μL,比以重组质粒pPE-M-GB为模板,以引物PEGBF/PEGBR的PEDV国标RT-PCR方法的敏感性高1个数量级,敏感性较高;重复性试验结果显示,该方法对不同浓度质粒标准品的批内和批间重复性试验的变异系数均小于5%,重复性较好。对53份临床样品检测结果显示,RT-LAMP和RT-PCR对PEDV的检出率分别为32.1%(17/53)和28.3%(15/53)。二者的总符合率为96.2%(51/53)。本研究建立的PEDV RT-LAMP检测方法具有特异性强、敏感性高、重复性好、操作简便、结果可视化等优点,为PEDV的现场快速检测提供了新的技术支持。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 rt-lamp 快速检测 可视化
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葡萄卷叶伴随病毒-3 RT-LAMP检测体系的建立与应用 被引量：1
5
作者 张强强 王雯雯 +3 位作者 闫思远 李玲 王若彤 顾沛雯 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期2166-2174,共9页
为实现葡萄生产中对葡萄卷叶伴随病毒-3(GLRaV-3)的快速检测。本研究以GLRaV-3的CP基因序列(GenBank登录号:KC477128.1)为靶序列设计并合成了3对逆转录环介导恒温扩增技术(RTLAMP)引物,建立并优化GLRaV-3的RT-LAMP检测方法。结果表明,... 为实现葡萄生产中对葡萄卷叶伴随病毒-3(GLRaV-3)的快速检测。本研究以GLRaV-3的CP基因序列(GenBank登录号:KC477128.1)为靶序列设计并合成了3对逆转录环介导恒温扩增技术(RTLAMP)引物,建立并优化GLRaV-3的RT-LAMP检测方法。结果表明,该方法能够实现在恒温64℃下反应1 h完成对GLRaV-3的检测,引物GLRaV3-LAMP-Ⅰ特异性高,不与GLRaV-1~2、葡萄扇叶病毒、沙地葡萄茎痘相关病毒、葡萄病毒A、灰皮诺葡萄病毒和葡萄浆果内坏死病毒等7种葡萄常见病毒发生交叉反应;RNA最低检测限为10 pg·μL^(-1),灵敏度是逆转录PCR(RT-PCR)的10倍。田间样品检测验证结果表明,该方法与常规RT-PCR法检测一致率为100%。综上,本研究建立的GLRaV-3 RT-LAMP检测体系具有高特异性、高灵敏度和实用性强等特点,可应用于田间葡萄卷叶病样的检测。 展开更多
关键词 葡萄卷叶伴随病毒3 rt-lamp 引物筛选 反应条件优化 田间检测
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朱顶红褪绿环斑病毒RT-LAMP快速检测体系的建立
6
作者 赵正婷 盖晓彤 +3 位作者 张俊蕾 夏振远 姜宁 刘雅婷 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2023年第3期39-46,共8页
为快速检测朱顶红褪绿环斑病毒(hippeastrum chlorotic ringspot virus, HCRV),根据HCRV的核壳体(N)蛋白基因保守核苷酸序列,设计了5组引物进行筛选,并采用单一变量法对RT-LAMP体系反应温度、时间、甜菜碱浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度、... 为快速检测朱顶红褪绿环斑病毒(hippeastrum chlorotic ringspot virus, HCRV),根据HCRV的核壳体(N)蛋白基因保守核苷酸序列,设计了5组引物进行筛选,并采用单一变量法对RT-LAMP体系反应温度、时间、甜菜碱浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度、内外引物浓度比等进行逐一优化,建立了HCRV逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测体系。结果表明,最佳引物组为P1,最适反应温度为64℃,Betaine、dNTPs、Mg2+的最佳终浓度分别为0.8、0.2、6 mmol/L,最佳内外引物浓度比为5∶1,最佳反应时间50 min。检测结果显示优化后的RT-LAMP经SYBR Green I染色可通过肉眼直接判断结果,具有高度特异性,且灵敏度是常规RT-PCR的100倍。本研究为HCRV的检测提供了一种便捷、高效、可靠的方法。 展开更多
关键词 朱顶红褪绿环斑病毒 rt-lamp 特异性 灵敏度
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番茄环纹斑点病毒核衣壳蛋白N的RT-LAMP检测方法的建立
7
作者 罗海燕 李恒 +3 位作者 陆承聪 魏辉 郑雪 陈勇 《山东农业科学》 北大核心 2023年第11期176-180,共5页
番茄环纹斑点病毒(Tomato zonate spot virus,TZSV)属正番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus),严重影响番茄、辣椒等作物的产量及经济价值。本研究根据TZSV的核衣壳蛋白N的基因序列设计逆转录环介导等温扩增(reverse transcription loop-med... 番茄环纹斑点病毒(Tomato zonate spot virus,TZSV)属正番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus),严重影响番茄、辣椒等作物的产量及经济价值。本研究根据TZSV的核衣壳蛋白N的基因序列设计逆转录环介导等温扩增(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)反应引物,建立了TZSV的RT-LAMP检测方法。结果显示,该方法能够特异扩增TZSV,与侵染辣椒的番茄斑萎病毒和烟草花叶病毒不发生反应;RNA最低检测限为0.01 pg/μL,灵敏度为普通逆转录PCR(RT-PCR)的10倍;田间样品检测应用结果表明,RT-LAMP扩增和可视化检测结果与RT-PCR一致。综上,本研究建立的RT-LAMP快速检测方法可有效应用于TZSV的田间检测。 展开更多
关键词 番茄环纹斑点病毒 核衣壳蛋白N 逆转录环介导等温扩增技术 检测
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基于免核酸提取可视化RT-LAMP快速检测黄瓜绿斑驳花叶病毒
8
作者 尹新颖 曹际娟 +2 位作者 李鑫 杨莉莉 朴永哲 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期264-271,共8页
本文基于逆转录环介导恒温扩增(RT-LAMP)技术建立葫芦科作物中黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)免核酸提取的可视化快速检测方法。根据CGMMV全基因组序列,筛选保守区域并设计特异性RT-LAMP检测引物。通过荧光扩增方法(加SYTO-9)和可视化方法(... 本文基于逆转录环介导恒温扩增(RT-LAMP)技术建立葫芦科作物中黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)免核酸提取的可视化快速检测方法。根据CGMMV全基因组序列,筛选保守区域并设计特异性RT-LAMP检测引物。通过荧光扩增方法(加SYTO-9)和可视化方法(加钙黄绿素),开展RT-LMAP特异性、灵敏度和重现性试验分析。结果表明,优化筛选的引物组可以特异性地检测CGMMV,检测灵敏度达到4.21×10^(3) fg/μL,组内和组间变异系数均小于5%,重现性好。对瓜类作物田间种苗、植株叶片及市售种子等103份样品进行检测及一致性分析,表明该方法与基于RNA提取RT-LAMP、荧光RT-qPCR及免疫测试条检测结果之间的Kappa值均为1.0(1~1,95%置信区间),具有很好的一致性。基于免核酸提取的可视化RT-LAMP快检方法成为适合现场快速检测的理想选择,对于CGMMV危害葫芦科作物的田间监测以及疫情防控具有广泛的推广应用前景。 展开更多
关键词 黄瓜绿斑驳花叶病毒 逆转录环介导恒温扩增(rt-lamp) 可视化 免核酸提取
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H9亚型禽流感病毒RT-LAMP可视化检测方法的建立 被引量：33
9
作者 彭宜 谢芝勋 +5 位作者 刘加波 庞耀珊 邓显文 谢志勤 谢丽基 范晴 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期19-22,28,共5页
目的根据环介导等温扩增技术(LAMP),建立了一种适用于H9亚型禽流感病毒(AIV)的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)快速检测方法。方法根据GenBank中的H9亚型AIV血凝素(HA)基因序列,在保守区设计了一套针对HA基因8个区域的6条特异性引物,并... 目的根据环介导等温扩增技术(LAMP),建立了一种适用于H9亚型禽流感病毒(AIV)的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)快速检测方法。方法根据GenBank中的H9亚型AIV血凝素(HA)基因序列,在保守区设计了一套针对HA基因8个区域的6条特异性引物,并对反应条件进行优化。结果结果表明该方法对H3、H5、H7亚型AIV及其它禽呼吸道病原体均无扩增反应,并可通过反应液是否有沉淀或向反应液中加入荧光染料来对结果进行可视化观察;扩增反应只需要在常规水浴锅中进行,50min之内可完成反应;该方法对H9亚型AIV RNA的最小检测限为0.01pg,灵敏度是一步法RT-PCR方法的1 000倍。结论本研究建立的RT-LAMP方法简便、快速、灵敏、特异,适合在基层进行H9亚型AIV的快速检测。 展开更多
关键词 H9亚型禽流感病毒 逆转录环介导等温扩增 检测 优化
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柑橘衰退病毒RT-LAMP快速检测方法的建立 被引量：23
10
作者 王永江 周彦 +4 位作者 李中安 苏华楠 黄爱军 唐科志 周常勇 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期517-524,共8页
【目的】建立一种反转录环介导等温扩增(reverse transcription loop-mediated isothermalamplification,RT-LAMP)检测柑橘衰退病毒(Ctrus tristeza virus,CTV)的一步法检测技术。【方法】根据CTV保守的p25设计2对特异性引物,对RT-LAMP... 【目的】建立一种反转录环介导等温扩增(reverse transcription loop-mediated isothermalamplification,RT-LAMP)检测柑橘衰退病毒(Ctrus tristeza virus,CTV)的一步法检测技术。【方法】根据CTV保守的p25设计2对特异性引物,对RT-LAMP体系的最佳反应条件、特异性、灵敏度等进行研究。【结果】建立了一种特异性检测CTV的RT-LAMP方法,该方法的灵敏度比RT-PCR方法高100倍,产物通过Acc I酶切得到验证,而且反应产物中加入SYBR Green I可直接观察样品是否感染CTV。【结论】RT-LAMP法检测CTV,其成本低、准确且快速,可满足基层、科研单位等对该病害检测的需要。 展开更多
关键词 反转录环介导等温扩增技术 柑橘衰退病毒 反转录聚合酶链式扩增技术 检测
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猪呼吸与繁殖综合症病毒RT-LAMP检测方法的建立 被引量：21
11
作者 鑫婷 侯绍华 +5 位作者 贾红 郭晓宇 丁家波 李延鹏 丁敏 朱鸿飞 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期185-191,共7页
【目的】建立一种适用于猪繁殖与呼吸综合症病毒的快速、灵敏、特异性检测方法,即一步反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP)。【方法】设计3对针对PRRSVN基因的8个位点的特异性引物,用优化后的反应体系检测RT-LAMP的特异性、灵敏性并对临... 【目的】建立一种适用于猪繁殖与呼吸综合症病毒的快速、灵敏、特异性检测方法,即一步反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP)。【方法】设计3对针对PRRSVN基因的8个位点的特异性引物,用优化后的反应体系检测RT-LAMP的特异性、灵敏性并对临床样本进行检测。【结果】RT-LAMP检测方法从核酸抽提到检测仅需要70min,肉眼即可观察检测结果,该方法具有良好的特异性,灵敏度是RT-PCR的10000倍,在对50份猪血液样本RNA的检测中,该方法与传统的RT-PCR检测方法具有很好的统一性(κ=0.83)。【结论】RT-LAMP检测方法可快速、灵敏、特异的检测PRRSV,并适用基层和现场检测。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 rt-lamp 检测
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快速检测小反刍兽疫病毒RT-LAMP方法的建立 被引量：23
12
作者 李伟 李刚 +4 位作者 范晓娟 张坤 贾风琴 史利军 Hermann Unger 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期374-378,共5页
本研究采用一步法反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP)建立了一种快速、灵敏、高度特异的检测小反刍兽疫病毒(PPRV)的方法。针对PPRV-N基因保守区域设计4条引物,在Bst大片段聚合酶的作用下,可以实现DNA的梯状等温扩增。优化RT-LAMP的反... 本研究采用一步法反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP)建立了一种快速、灵敏、高度特异的检测小反刍兽疫病毒(PPRV)的方法。针对PPRV-N基因保守区域设计4条引物,在Bst大片段聚合酶的作用下,可以实现DNA的梯状等温扩增。优化RT-LAMP的反应体系,并检验其灵敏性、特异性。一步法RT-LAMP检测方法从核酸抽提到检测结果出现仅需70 min,该方法具有良好的特异性,与同属的犬瘟热病毒无交叉反应,灵敏度是RT-PCR的1 000倍,是巢式RT-PCR的100倍。结果证明,RT-LAMP方法可快速、灵敏、特异、经济地检测PPRV,在基层和实验室都具有良好的应用前景。 展开更多
关键词 小反刍兽疫病毒 RT—LAMP 核酸检测
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草莓轻型黄边病毒RT-LAMP检测方法的建立 被引量：25
13
作者 陈柳 尚巧霞 +5 位作者 陈笑瑜 邢冬梅 冉策 魏艳敏 赵晓燕 刘正坪 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期613-620,共8页
【目的】草莓轻型黄边病毒(Strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)是侵染草莓的重要病毒,严重影响草莓果实的产量和品质。研究旨在建立利用反转录等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LA... 【目的】草莓轻型黄边病毒(Strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)是侵染草莓的重要病毒,严重影响草莓果实的产量和品质。研究旨在建立利用反转录等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)检测SMYEV的方法。【方法】根据SMYEV外壳蛋白基因3′端保守序列设计4个特异性引物SMYEV-FIP(5′-CAGATCAGCGACAATTTGGACTCCTGAGGAACTTGCTGCT-3′)、SMYEV-BIP(5′-GCTTTGTC GGGGATCCTGGGAAGGCTAAGTCGAAGAGACC-3′)、SMYEV-F3(5′-TCAAGTTGGTGACCCTTTCC-3′)和SMYEV-B3(5′-CGAGGAAC CAATGTCGTAGC-3′)。对RT-LAMP检测体系中的条件进行优化,设置反应温度为60、61、62、63、64、65℃,反应时间为30、45、60、75 min,分别设置引物SMYEV-FIP/BIP浓度为1.0、1.2、1.4、1.6、1.8μmol·L-1,引物SMYEV-F3/B3浓度0.1、0.15、0.2、0.25、0.3μmol·L-1,设置Mg2+浓度为2、4、6、8、10 mmol·L-1,d NTPs浓度为0、0.4、0.8、1.2、1.6、2.0 mmol·L-1,betaine浓度为0、0.4、0.8、1.0、1.2、1.4 mol·L-1,DTT浓度为2.0、2.4、2.8、3.2、3.6、4.0μmol·L-1等,并对以上不同反应条件进行检测,确定优化后的RT-LAMP检测体系。选用其他常见的草莓病毒以及健康草莓植株叶片中的RNA作为模板,对RT-LAMP体系的特异性进行测定;将SMYEV的RNA进行10倍梯度逐级稀释,分别获得RNA原液、10-1、10-2、10-3、10-4、10-5、10-6和10-7不同稀释液作为模板,比较RT-LAMP和RT-PCR的检测灵敏度。RT-LAMP反应产物可以进行电泳和紫外成像检测,阳性样品出现瀑布状条带,阴性样品无条带,或者在反应产物中加入SYBR green I核酸染料,直接观察检测,阳性样品为绿色,阴性样品为橙色。【结果】建立了一种特异性检测SMYEV的RT-LAMP方法,经过各反应条件优化后的检测体系为1.0μmol·L-1SMYEV-FIP/BIP、0.1μmol·L-1 SMYEV-F3/B3、4 mmol·L-1 Mg2+、1.6 mmol·L-1 d NTPs、0.4 mol·L-1 betaine、2.0μmol·L-1DTT,60℃反应45 min。选用SMYEV、草莓镶脉病毒(Strawberry vein banding virus,SVBV)、草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus,SMo V)和草莓皱缩病毒(Strawberry crinkle virus,SCV)的RNA以及健康草莓植株叶片中的RNA作为模板进行RT-LAMP的特异性检测,结果显示仅有SMYEV的RNA能够扩增出瀑布型条带,建立的RT-LAMP检测体系有很好的特异性。将SMYEV的RNA原液、10-1、10-2、10-3稀释液作为模板进行RT-PCR反应后,检测结果为阳性,随着模板稀释倍数的增加,电泳检测不能观察到RT-PCR的扩增产物。而进行SMYEV的RT-LAMP检测时,RNA原液、10-1、10-2、10-3、10-4和10-5稀释液作为模板时,均可以观察到阳性结果。RT-LAMP检测SMYEV比RT-PCR方法检测的灵敏度高100倍,并且比RT-PCR节省时间,检测结果容易判定。【结论】RT-LAMP方法能快速、简便、特异地检测SMYEV,供科研部门和基层生产单位使用,在种苗繁育、田间调查和海关检疫的过程中进行快速检测。 展开更多
关键词 草莓轻型黄边病毒 反转录等温扩增技术 检测
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口蹄疫病毒RT-LAMP检测方法的建立 被引量：50
14
作者 秦智锋 曾少灵 +7 位作者 阮周曦 陈兵 曹琛福 花群义 吕建强 叶奕优 范万红 毕英佐 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期375-378,共4页
为了建立检测口蹄疫的快速实用分子生物学技术,本研究借助新兴的环介导等温扩增技术,建立了一种灵敏、特异、快速的分子生物学检测方法-体外等温扩增检测方法。设计了6条针对FMDV3D基因的8个位点的特异性引物,建立了一套从核酸抽提到检... 为了建立检测口蹄疫的快速实用分子生物学技术,本研究借助新兴的环介导等温扩增技术,建立了一种灵敏、特异、快速的分子生物学检测方法-体外等温扩增检测方法。设计了6条针对FMDV3D基因的8个位点的特异性引物,建立了一套从核酸抽提到检测仅需要75min的快速检测技术。所建立的检测方法灵敏,与实时荧光RT-PCR灵敏度相当;且具有特异性,对其他水泡性疾病病原体检测均为阴性;而且简单,不需要复杂的仪器,常规水浴锅在63.5℃即可进行,肉眼可直接观察检测结果。该方法是适合基层和现场检测而无需送至中心实验室的快速灵敏实用的分子生物学检测方法。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 环介导等温扩增技术
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环介导逆转录等温扩增技术(RT-LAMP)在丙型肝炎病毒基因检测中的应用 被引量：55
15
作者 李启明 马学军 +4 位作者 周蕊 彭夫望 高寒春 匡治州 侯云德 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期334-338,共5页
该文介绍了一种便捷、灵敏而又特异的环介导逆转录等温扩增基因检测技术，该技术分别使用特异对应于靶序列中8个基因区段的3对特殊引物，并在反转录酶和Bst-DNA聚合酶的作用下对靶序列进行等温核酸扩增反应，整个检测反应只需1～2h。利... 该文介绍了一种便捷、灵敏而又特异的环介导逆转录等温扩增基因检测技术，该技术分别使用特异对应于靶序列中8个基因区段的3对特殊引物，并在反转录酶和Bst-DNA聚合酶的作用下对靶序列进行等温核酸扩增反应，整个检测反应只需1～2h。利用这种技术成功检测了丙型肝炎病毒基因，对60份经Real-timePCR或RT—-PCR验证阳性的血清样品检测，阳性符合率为98％。同时，对扩增终产物进一步进行酶切分析，并与HIV、HBV和不同亚型流感病毒RNA进行交叉反应和特异性测试，均与预期结果吻合。将Real-timePCR定量后的RNA系列稀释后对检测方法的灵敏度进行了测试。结果显示，该技术的检测灵敏度在理论上可达到10个拷贝的RNA分子。以上结果证明，RT-LAMP扩增技术是一种检测程序简单、灵敏度和特异性较高的基因检测手段，在丙型肝炎病毒的快速检测方面具有一定的开发潜力。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒 环介导逆转录等温扩增 实时监控聚合酶链反应
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甘薯羽状斑驳病毒RT-LAMP快速检测方法的建立 被引量：15
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作者 姜珊珊 冯佳 +4 位作者 张眉 王升吉 辛志梅 吴斌 辛相启 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期1294-1302,共9页
【目的】甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)侵染甘薯造成重要危害,本研究旨在利用反转录环介导等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)建立一种快速、高效检测... 【目的】甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)侵染甘薯造成重要危害,本研究旨在利用反转录环介导等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)建立一种快速、高效检测SPFMV的方法。【方法】从Gen Bank上获得SPFMV外壳蛋白(coat protein,CP)基因的核苷酸序列,利用Primer Explorer V4设计4条RT-LAMP特异性引物SPFMV-FIP(5′-TAAGCGCGGCTGCC TTCATC-CATTCAACCACCCCTGCA-3′)、SPFMV-BIP(5′-TCGGTTGTTTGGTTTGGACGGA-ATCAGTTGTCGTGTGCCTC-3′)、SPFMV-F3(5′-GAGTCTTGCGCGATATGCA-3′)和SPFMV-B3(5′-ACCCCTCATTCCTAAGAGGT-3′),同时设计2条反转录聚合酶链反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)的特异性引物SPFMV-F(5′-TCTAATGAGAACACTGAA TT-3′)和SPFMV-R(5′-TTGCACACCCCTCATTCCTAAG-3′)。分别设置F3/B3﹕FIP/BIP引物浓度比(1﹕1、1﹕2、1﹕4、1﹕6、1﹕8和1﹕10),d NTPs浓度梯度(0.025、0.125、0.225、0.325、0.425、0.525、0.625、0.725和0.825mmol·L-1),Betaine浓度梯度(0.4、0.7、1.0、1.3和1.6 mol·L-1),反应温度(59、61、63、65、67和69℃)和反应时间(20、30、40、50、60、70、80和90 min),对RT-LAMP反应体系各条件进行优化,确定最佳反应体系。通过测序及酶切对RT-LAMP产物进行鉴定。以携带SPFMV、甘薯C病毒(Sweet potato virus C,SPVC)、甘薯褪绿矮化病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)、甘薯病毒2(Sweet potato virus 2,SPV2)、甘薯潜隐病毒(Sweet potato latent virus,SPLV)、甘薯G病毒(Sweet potato virus G,SPVG)、甘薯褪绿斑病毒(Sweet potato chlorotic fleck virus,SPCFV)和健康甘薯叶片的总RNA为模板,分别进行RT-LAMP和RT-PCR特异性检测;带有SPFMV的甘薯总RNA进行10倍梯度稀释,以RNA原液、10-1、10-2、10-3、10-4、10-5、10-6和10-7稀释液为模板进行RT-LAMP和RT-PCR灵敏度测定。最后利用优化的RT-LAMP体系对山东省多地采集的SPFMV疑似病样进行检测,加入SYBR green I进行可视化检测。【结果】建立了SPFMV的RT-LAMP快速特异性检测方法,优化的反应体系:引物SPFMV-FIP/SPFMV-BIP为0.8μmol·L-1,SPFMV-F3/SPFMV-B3为0.2μmol·L-1,d NTPs为0.325mmol·L-1,Betaine为1 mol·L-1;65℃反应70 min。特异性试验显示本研究建立的RT-LAMP只对携带SPFMV的RNA能够扩增出典型的梯状条带。RT-LAMP最低可检测的RNA浓度为121.6×10-4 ng·μL-1,而RT-PCR最低能检测的RNA浓度为121.6×10-3 ng·μL-1,表明RT-LAMP的灵敏度比RT-PCR高10倍。田间样品检测,RT-LAMP扩增结果与可视化检测结果一致,表明本研究建立的RT-LAMP快速检测方法可有效应用到SPFMV的田间检测。【结论】建立的RT-LAMP快速检测方法灵敏度高、特异性好,适用于SPFMV的田间快速检测。 展开更多
关键词 甘薯 甘薯羽状斑驳病毒 反转录环介导等温扩增技术 检测
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水稻黑条矮缩病毒RT-LAMP快速检测方法的建立 被引量：25
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作者 周彤 杜琳琳 +1 位作者 范永坚 周益军 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1285-1292,共8页
【目的】建立一种快速、灵敏的逆转录环介导等温扩增方法(RT-LAMP)检测寄主植物和传毒介体体内的水稻黑条矮缩病毒(Rice black-streaked dwarf virus,RBSDV)。【方法】合成4条针对RBSDV S10核苷酸序列6个位点的特异性引物。分别对引物... 【目的】建立一种快速、灵敏的逆转录环介导等温扩增方法(RT-LAMP)检测寄主植物和传毒介体体内的水稻黑条矮缩病毒(Rice black-streaked dwarf virus,RBSDV)。【方法】合成4条针对RBSDV S10核苷酸序列6个位点的特异性引物。分别对引物浓度、MgSO4浓度、反应温度和时间进行优化。将感病水稻总RNA梯度稀释后进行灵敏性检验并与RT-PCR比较分析。选择RBSDV和南方水稻黑条矮缩病毒(SRBSDV)验证该方法的特异性。用本RT-LAMP方法检测田间病株。【结果】RT-LAMP检测方法可排除SRBSDV的干扰而特异地检测植物和飞虱体内的RBSDV,与RT-PCR灵敏性基本一致。检测结果易于判定。【结论】RT-LAMP检测方法适合寄主植物和介体体内RBSDV的快速检测。 展开更多
关键词 水稻黑条矮缩病毒 rt-lamp 检测
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二重荧光RT-LAMP方法鉴别检测口蹄疫病毒和水泡性口炎病毒 被引量：13
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作者 范晴 谢芝勋 +8 位作者 谢志勤 谢丽基 黄娇玲 张艳芳 曾婷婷 王盛 罗思思 邓显文 刘加波 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期996-1004,共9页
口蹄疫和水泡性口炎是牛常见高度急性病毒传染病,在全球范围内广泛存在。本研究旨在建立一种可同时鉴别口蹄疫病毒和水泡性口炎病毒的二重荧光RT-LAMP检测方法。根据口蹄疫病毒(FMDV)3D基因和水泡性口炎病毒(VSV)N基因的保守序列,设计了... 口蹄疫和水泡性口炎是牛常见高度急性病毒传染病,在全球范围内广泛存在。本研究旨在建立一种可同时鉴别口蹄疫病毒和水泡性口炎病毒的二重荧光RT-LAMP检测方法。根据口蹄疫病毒(FMDV)3D基因和水泡性口炎病毒(VSV)N基因的保守序列,设计了2套特异性引物,在每条内引物的5′端标记荧光基团,通过扩增产物颜色判断检测结果。优化反应条件,建立了可同时检测口蹄疫病毒和水泡性口炎病毒的二重荧光RT-LAMP方法。结果显示,该方法灵敏性高,每个反应最低能够检测到100个拷贝混合模板;特异性好,能在同一个反应管里检测到两种病毒,对其他牛病原体无扩增;干扰性小,扩增效率不受模板浓度影响。本研究建立的口蹄疫病毒和水泡性口炎病毒二重荧光RT-LAMP方法具有简便、快速、特异、敏感等优点,可用于FMDV和VSV的临床检测和流行病学调查。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 水泡性口炎病毒 二重荧光rt-lamp 检测
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H5亚型禽流感病毒RT-LAMP快速检测方法的建立 被引量：27
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作者 侯佳蕾 罗开健 +5 位作者 樊惠英 焦培荣 亓文宝 曹伟胜 廖明 任涛 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第12期1070-1074,共5页
根据GenBank中登录的H5亚型禽流感病毒(H5-AIV)血凝素基因序列,设计了1套特异识别HA基因序列中6个不同区段的环介导恒等温扩增(LAMP)引物,并以此套引物建立了一种基于LAMP技术的H5亚型禽流感病毒诊断方法。结果表明,该方法对H5-AIV RNA... 根据GenBank中登录的H5亚型禽流感病毒(H5-AIV)血凝素基因序列,设计了1套特异识别HA基因序列中6个不同区段的环介导恒等温扩增(LAMP)引物,并以此套引物建立了一种基于LAMP技术的H5亚型禽流感病毒诊断方法。结果表明,该方法对H5-AIV RNA的最小检测限为10-6,灵敏性高于一步RT-PCR方法;全部反应可在1.5 h内完成;在反应体系中添加SYBR GREENⅠ染料后,可通过肉眼观察有无荧光直接判定结果。灵敏性及特异性试验证明,该方法灵敏度高、特异性好,能够作为H5亚型禽流感病毒的快速诊断方法。 展开更多
关键词 H5亚型禽流感病毒 逆转录环介导恒等温扩增 快速检测
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鱼类传染性造血器官坏死病毒RT-LAMP检测方法的建立及应用 被引量：7
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作者 刘淼 徐黎明 +6 位作者 卢彤岩 赵景壮 曹永生 刘红柏 尹家胜 张金凤 冯剑 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期1065-1071,共7页
将逆转录环介导的等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)引入到鱼类的传染性造血器官坏死病病毒(infectious haematopoietic necrosis virus,IHNV)检测中,建立了简单、快速、灵敏的IHNV... 将逆转录环介导的等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)引入到鱼类的传染性造血器官坏死病病毒(infectious haematopoietic necrosis virus,IHNV)检测中,建立了简单、快速、灵敏的IHNV检测方法。针对IHNV的聚合酶蛋白基因(polymerase protein,L)设计特异性引物,以IHNV基因组RNA为模板,在反转录酶和Bst DNA聚合酶的作用下进行RT-LAMP,反应产物添加SYBR Green I荧光染料后,肉眼观察阳性样本表现为荧光绿色,阴性样本表现为红棕色。2%琼脂糖凝胶电泳检测结果与可视化检测结果一致。该方法实现了检测结果的可视化。特异性分析显示该方法不与传染性胰脏坏死病毒(infectious pancreatic necrosis virus,IPNV)及病毒性出血性败血症病毒(viral haemorrhagic septicaemia virus,VHSV)发生交叉反应,并且可检测不低于10 pfu的IHNV RNA。本研究所建立的IHNV RT-LAMP可视化检测方法具有灵敏度高、特异性好、成本低、不依赖任何专门的仪器设备的优点,其检测结果直观可视化,可实现现场高通量快速检测。 展开更多
关键词 传染性造血器官坏死病毒(IHNV) 聚合酶蛋白 rt-lamp 可视化检测
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