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基于16S rRNA基因分析乐山市旅游区鸟类粪便微生物多样性 被引量：2
1
作者 王钰 刘方庆 +2 位作者 何清梅 廖骑龙 蒋增 《中南农业科技》 2024年第5期134-140,共7页
为探究旅游背景下鸟类粪便微生物的群落结构,对乐山市3个旅游区4种鸟类粪便内容物进行16S rRNA基因V3-V4高通量(Illumina MiSeq)测序,20份样品的分析结果表明,在门水平上,拟杆菌门(Bacteroidetes,33.70%)、变形菌门(Proteobacteria,29.8... 为探究旅游背景下鸟类粪便微生物的群落结构,对乐山市3个旅游区4种鸟类粪便内容物进行16S rRNA基因V3-V4高通量(Illumina MiSeq)测序,20份样品的分析结果表明,在门水平上,拟杆菌门(Bacteroidetes,33.70%)、变形菌门(Proteobacteria,29.86%)、厚壁菌门(Firmicutes,18.43%)为丰富度最高的3个门;在属水平上,相对丰富的属主要为拟杆菌属(Bacteroides,9.79%)、普氏菌9属(Prevotella_9,6.63%)、梭菌属(Fusobacterium,3.50%)。Alpha多样性分析结果表明,Group_C3丰富度和多样性均最高,揭示了乐山市旅游区鸟类粪便微生物中的优势细菌群落组成,为研究旅游地区鸟类肠道微生物多样性提供了新的视角。 展开更多
关键词 16sr RNA Illumina MiSeq测序 鸟类 微生物多样性 旅游区 乐山市
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一株野生细菌的16Sr DNA序列分析与系统发育树的构建 被引量：25
2
作者 张会敏 冯友军 《生物信息学》 2005年第1期1-4,18,共5页
以野生细菌F0 30 3的总DNA为模板 ,采用细菌 16SrDNA的通用引物 ,通过PCR的方法扩增到一条约 1.5Kb的 16SrDNA片段。连接到pGEM -T -easy克隆载体上 ,并用化学法转化E .coliDH5α。用EcoRI对 5个随机挑取的转化子进行的酶切分析表明这 ... 以野生细菌F0 30 3的总DNA为模板 ,采用细菌 16SrDNA的通用引物 ,通过PCR的方法扩增到一条约 1.5Kb的 16SrDNA片段。连接到pGEM -T -easy克隆载体上 ,并用化学法转化E .coliDH5α。用EcoRI对 5个随机挑取的转化子进行的酶切分析表明这 5个转化子皆为阳性。DNA测序表明该PCR扩增到的 16SrDNA片段长为 14 75核苷酸。与GenBank上已提交的16SrDNA进行的比对 (BLAST)表明野生细菌F0 30 3归属于沙雷氏属。由VectorNTISuite 6软件构建的系统发育树表明与深红色沙雷氏细菌 (Serratiarubidaea)亲源关系最近 ,在核苷酸水平有 97.8%的相似性。 展开更多
关键词 细菌 16sr DNA 序列分析 系统发育树 椰子果
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CXCL16/SR-PSOX与冠状动脉粥样硬化关系的研究进展 被引量：3
3
作者 任芳 吕树铮 《中国心血管病研究》 CAS 2008年第10期780-783,共4页
目前已有明确证据显示，氧化应激及炎症在冠状动脉粥样硬化性病变中扮演重要的角色，炎症细胞与血管内环境中的细胞、细胞因子、炎症介质等的相互作用极其复杂，而趋化因子则是联系炎症与动脉粥样硬化发生的枢纽。趋化因子是一组具有趋... 目前已有明确证据显示，氧化应激及炎症在冠状动脉粥样硬化性病变中扮演重要的角色，炎症细胞与血管内环境中的细胞、细胞因子、炎症介质等的相互作用极其复杂，而趋化因子则是联系炎症与动脉粥样硬化发生的枢纽。趋化因子是一组具有趋化作用的细胞因子，能吸引免疫细胞到免疫应答局部，参与免疫调节和免疫病理反应。 展开更多
关键词 冠状动脉粥样硬化 CXCL16 动脉粥样硬化性病变 炎症细胞 sr 免疫病理反应 细胞因子 趋化因子
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草珊瑚耐锌内生细菌分离及其16SrDNA鉴定 被引量：2
4
作者 刘希华 林碧瑜 《三明学院学报》 2017年第2期17-20,共4页
通过生理鉴定和分子鉴定的方法,对经2.0 mol·m L^(-1)锌溶液处理后的草珊瑚叶片的内生菌进行分离纯化,培养得到了草珊瑚内生细菌单菌落,对菌落的培养特征、革兰氏染色等生理生化结果,以及提取内生细菌的DNA,并通过PCR得到其16SrDN... 通过生理鉴定和分子鉴定的方法,对经2.0 mol·m L^(-1)锌溶液处理后的草珊瑚叶片的内生菌进行分离纯化,培养得到了草珊瑚内生细菌单菌落,对菌落的培养特征、革兰氏染色等生理生化结果,以及提取内生细菌的DNA,并通过PCR得到其16SrDNA序列,通过BLAST比对分析,利用MEGA软件建立发育树等分子鉴定手段,初步推断所分离得到的草珊瑚内生细菌为芽孢杆菌。 展开更多
关键词 草珊瑚 锌 内生细菌 16sr DNA鉴定
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CXCL16/SR-PSOX与动脉粥样硬化
5
作者 王梦非 孙建辉 《国际心血管病杂志》 2010年第4期200-202,共3页
过去几年对动脉粥样硬化研究发现了一个新的分子——CXCL16/SR-PSOX。这个新分子是集趋化因子、清道夫受体和黏附分子于一身的多功能分子,但血清CXCL16/SR-PSOX的水平与冠心病的存在和预后的联系,目前尚无定论。在该综述中,讨论CX-CL16/... 过去几年对动脉粥样硬化研究发现了一个新的分子——CXCL16/SR-PSOX。这个新分子是集趋化因子、清道夫受体和黏附分子于一身的多功能分子,但血清CXCL16/SR-PSOX的水平与冠心病的存在和预后的联系,目前尚无定论。在该综述中,讨论CX-CL16/SR-PSOX参与动脉粥样硬化的证据及在这一领域中未来可能的研究方向。 展开更多
关键词 CXCL16/sr—PSOX 动脉粥样硬化 生物学标志
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16SrDNA方法对新鲜番茄中细菌分布的调查 被引量：4
6
作者 代晓航 魏超 郭灵安 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第2期797-800,共4页
采用16Sr DNA分子检测方法对番茄中细菌分布进行调查研究,寻找可能存在于番茄中的危害因子。结果表明,5个属的细菌分别是克雷伯菌属,假单胞菌属,泛菌属、肠杆菌属和欧文菌属,其中多数为软腐类细菌,该菌类对番茄本身造成腐烂,同时软腐细... 采用16Sr DNA分子检测方法对番茄中细菌分布进行调查研究,寻找可能存在于番茄中的危害因子。结果表明,5个属的细菌分别是克雷伯菌属,假单胞菌属,泛菌属、肠杆菌属和欧文菌属,其中多数为软腐类细菌,该菌类对番茄本身造成腐烂,同时软腐细菌与人病原菌也存在协同作用。建议加强相关领域的研究并制定控制办法。 展开更多
关键词 16sr DNA 番茄 细菌 调查
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热压烧结制备Li_(3/8)Sr_(7/16)Ta_(3/4)Hf_(1/4)O_3钙钛矿型固体电解质 被引量：2
7
作者 罗江斌 李婷婷 +1 位作者 游维雄 钟盛文 《有色金属科学与工程》 CAS 2018年第4期66-69,共4页
采用热压烧结制备了Li_(3/8)Sr_(7/16)Ta_(3/4)Hf_(1/4)O_3钙钛矿型固体电解质,研究不同烧结方式对样品性能的影响.通过X射线衍射仪表征材料的晶体结构,扫描电子显微镜观察组织形貌,交流阻抗仪测试电化学性能.结果表明:样品为立方KTaO_3... 采用热压烧结制备了Li_(3/8)Sr_(7/16)Ta_(3/4)Hf_(1/4)O_3钙钛矿型固体电解质,研究不同烧结方式对样品性能的影响.通过X射线衍射仪表征材料的晶体结构,扫描电子显微镜观察组织形貌,交流阻抗仪测试电化学性能.结果表明:样品为立方KTaO_3相,热压烧结成功合成了钙钛矿结构固体电解质,相对于常压烧结,热压烧结制备的样品孔隙更少,晶粒之间结合更加紧密,致密度高达94.0%,离子电导率为4.33×10^(-4)S/cm(T=298 K). 展开更多
关键词 热压烧结 固体电解质 Li3/8sr7/16Ta3/4Hf1/4O3 离子电导率 致密度
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福建省常见尸食性蝇类的COⅠ及16S rDNA序列鉴定 被引量：3
8
作者 卓荦 毛佳雄 +4 位作者 陈建山 宋鹏 林澍 夏胜海 陈煌 《法医学杂志》 CAS CSCD 2020年第6期749-754,共6页
目的利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)以及16S核糖体脱氧核糖核酸(ribosomal deoxyribonucleic acid,rDNA)基因片段序列对福建省常见尸食性蝇类种属进行分子鉴定,探讨两种遗传标记的鉴别效力。方... 目的利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)以及16S核糖体脱氧核糖核酸(ribosomal deoxyribonucleic acid,rDNA)基因片段序列对福建省常见尸食性蝇类种属进行分子鉴定,探讨两种遗传标记的鉴别效力。方法收集福建9个地区案件现场捕获的常见尸食性蝇类样本22只,经形态学鉴定后提取DNA,扩增COⅠ及16S rDNA基因片段,测序后上传GeneBank数据库,使用BLAST、MEGA 10.0软件进行序列比对、同源性分析以及种内和种间遗传距离分析,并采用非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)分别构建福建省常见尸食性蝇类COⅠ及16S rDNA基因片段序列的系统发育树。结果经形态学鉴定,共收集到3科5属6种常见尸食性蝇类。基因序列分析结果显示,16S rDNA基因片段序列的种间遗传距离均数为1.8%~8.9%,种内遗传距离均数为0.0%~2.4%;COⅠ基因片段序列的种间遗传距离均数为7.2%~13.6%,种内遗传距离均数为0.0%~6.3%。结论COⅠ和16S rDNA基因片段序列均能够对不同蝇种的种属进行鉴别,16S rDNA对于福建省常见丽蝇科尸食性蝇类的种属鉴别价值更高。 展开更多
关键词 法医病理学 法医遗传学 法医昆虫学 尸食性蝇类 聚类分析 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ 16S核糖体脱氧核糖核酸 福建
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HPV分型、DNA倍体联合p16/Ki-67双染在宫颈癌筛查中的应用
9
作者 连健 吴志辉 《深圳中西医结合杂志》 2022年第1期92-94,共3页
目的:探讨人乳头瘤病毒(HPV)分型检测、脱氧核糖核酸(DNA)倍体分析联合p16/Ki–67双染在宫颈癌筛查中的应用价值。方法:选取2019年1月至2021年1月福建省妇幼保健院进行宫颈癌筛查的197例患者进行研究,观察并比较HPV分型检测、DNA倍体分... 目的:探讨人乳头瘤病毒(HPV)分型检测、脱氧核糖核酸(DNA)倍体分析联合p16/Ki–67双染在宫颈癌筛查中的应用价值。方法:选取2019年1月至2021年1月福建省妇幼保健院进行宫颈癌筛查的197例患者进行研究,观察并比较HPV分型检测、DNA倍体分析、p16/Ki–67双染三种检测方法单独及联合检测对宫颈阳性病变的诊断价值。结果:HPV分型检测、DNA倍体分析、p16/Ki–67双染三种检测方法单独检测结果均与病理活检结果的一致性计算结果分别为κ=0.658、0.622、0.570,P均<0.05;三者联合检测结果与病理活检结果具有较高一致性(κ=0.766,P<0.05);三者联合检测预测宫颈阳性病变的灵敏度和阴性预测值均高于HPV分型检测、DNA倍体分析和p16/Ki–67双染三种检测方法单独检测,准确度高于DNA倍体分析和p16/Ki–67双染2种单独检测,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论:HPV分型检测、DNA倍体分析以及p16/Ki–67双染无论是单独检测还是联合检测,都对宫颈阳性病变的诊断具有较高的检出率,而三者联合检测较单独检测更具优势,既能提高了宫颈癌的诊断效能,又能避免活检给患者带来的身体损伤。 展开更多
关键词 宫颈癌筛查 人乳头瘤病毒分型 脱氧核糖核酸倍体 p16/Ki–67双染
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基于高通量测序技术的2型糖尿病湿热困脾证患者肠道菌群结构特点与功能差异的研究 被引量：2
10
作者 邵鑫 冉颖卓 +8 位作者 胡钢 陆源源 李鸣 沈宝华 孔文文 官艳华 杨鑫 方家 刘晶 《辽宁中医药大学学报》 CAS 2023年第5期200-205,共6页
目的探讨2型糖尿病湿热困脾证与健康人群肠道菌群结构差异及功能变化。方法选择2019年1月—2020年1月就诊于南京市中医院2型糖尿病湿热困脾证患者30例,另选择同期健康体检者30例作为对照组,通过16Sr DNA高通量测序技术,获得样本的生物... 目的探讨2型糖尿病湿热困脾证与健康人群肠道菌群结构差异及功能变化。方法选择2019年1月—2020年1月就诊于南京市中医院2型糖尿病湿热困脾证患者30例,另选择同期健康体检者30例作为对照组,通过16Sr DNA高通量测序技术,获得样本的生物学信息,并进行两组间物种及功能注释的分析比较。结果两组共有OTUs为433个,组间比较对照组有83个,湿热困脾证有96个;门水平下,湿热困脾证患者拟杆菌门、变形门的相对丰度显著上升;纲水平下,湿热困脾证患者拟杆菌纲、β-变形菌纲的相对丰度显著上升;目水平下,湿热困脾证患者拟杆菌目、伯克氏菌目、脱硫弧菌目、食物谷菌目的相对丰度较对照组显著上升;科水平下,普氏菌科、产碱菌科、脱硫弧菌科在湿热困脾证患者中的相对丰度上升;属水平下湿热困脾证患者普氏菌属、梭杆菌属、萨特菌属相对丰度较对照组显著上升。基于NMDS、ANOSIM的β多样性分析和以shannon、simpson指数代表的α多样性分析,提示与正常人群相比,湿热困脾证患者肠道菌群多样性存在显著差异(P<0.01,或P<0.05);LEfSe分析可用以筛选湿热困脾证显著高丰度关键标志物为变形菌门、梭杆菌属、拟杆菌门、普雷沃氏菌科、普雷沃菌属等7种菌群;在KEGG数据库富集到湿热困脾证患者涉及的主要代谢通路有9个(P<0.05,或P<0.01),包括丙氨酸、天冬氨酸、谷氨酸代谢、丁酸代谢、三羧酸循环通路、脂肪酸生物合成、叶酸合成、嘌呤代谢、脂多糖生物合成等通路。结论与健康人群相比,2型糖尿病湿热困脾患者在肠道菌群多样性、菌群组成结构上及功能变异等方面存在显著差异,可为2型糖尿病中医辨证提供参考。 展开更多
关键词 2型糖尿病 湿热困脾证 肠道菌群 16sr DNA高通量测序
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口腔菌属特异性16S rRNA基因序列V1区的特征分析
11
作者 赵俊丽 周围 +3 位作者 李娜 杨帆 张红琳 周东蕊 《南京晓庄学院学报》 2018年第6期76-81,共6页
为了确定针对属特异性16S rRNA基因序列V1区设计的引物位点的特异性.基于人类口腔微生物菌群16S rRNA的基因库,对其进行属水平上序列的特征分析,得出其序列突变图谱,找出V1区引物设计位点,计算该引物位点在其分属中的覆盖率并与其通用... 为了确定针对属特异性16S rRNA基因序列V1区设计的引物位点的特异性.基于人类口腔微生物菌群16S rRNA的基因库,对其进行属水平上序列的特征分析,得出其序列突变图谱,找出V1区引物设计位点,计算该引物位点在其分属中的覆盖率并与其通用引物在各分属中的覆盖率进行比较.结果表明,17个菌属中有13个菌属的V1区引物位点在菌属中的覆盖率接近或超过90%,而4个通用引物在菌属中呈现低的覆盖率.由此得出结论,针对属特异性设计的引物位点比通用引物在各菌属中有着更好的覆盖率.该技术对于口腔和食品、肠道、环境等微生物菌群的菌种鉴定和评估方面有着重要的意义. 展开更多
关键词 16sr RNA GENE 属特异性引物 V1区
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干扰素诱导蛋白16-干扰素基因刺激因子通路在柯萨奇病毒A6型感染手足口病患儿的表达及其临床意义
12
作者 李亚萍 张萌 +6 位作者 李博驹 刘晨瑞 苟国娥 李嘉昕 张玉凤 席淼 邓慧玲 《中华实验和临床感染病杂志（电子版）》 CAS 2024年第3期135-141,共7页
目的探索干扰素诱导蛋白16(IFI16)和干扰素基因刺激因子(STING)在柯萨奇病毒A6型(CV-A6)感染手足口病(HFMD)患儿的表达及其临床意义。方法收集2023年5月至8月西安交通大学第二附属医院、西安市儿童医院和西安市中心医院收治的CV-A6感染H... 目的探索干扰素诱导蛋白16(IFI16)和干扰素基因刺激因子(STING)在柯萨奇病毒A6型(CV-A6)感染手足口病(HFMD)患儿的表达及其临床意义。方法收集2023年5月至8月西安交通大学第二附属医院、西安市儿童医院和西安市中心医院收治的CV-A6感染HFMD患儿外周血标本55例,同时匹配收集同期健康体检儿童血清20例作为对照。入组HMFD患儿根据疾病轻重程度分为轻症、重症患儿。采用酶联免疫吸附法(ELISA)检测不同严重程度、急性期与恢复期患儿IFI16、环化GMP-AMP合酶(cGAS)、STING、干扰素调节因子3(IRF-3)和α干扰素(IFN-α)的表达水平。结果与对照组相比,轻症CV-A6 HFMD患儿IFI16和STING的表达均升高,而在重症CV-A6 HFMD患儿中则表达下降[15.92(13.34,19.13)ng/ml vs.13.66(11.91,14.83)ng/ml:Z=-2.200、P=0.028;1345.45(991.55,1843.63)pg/ml vs.1072.26(947.25,1180.97)pg/ml:Z=-2.000、P=0.046],仅STING在重症CV-A6型HFMD患儿急性期与恢复期间表达差异具有统计学意义[1072.26(947.25,1180.97)vs.1665.29(1341.62,1961.83):Z=-3.237、P=0.001];与对照组相比,IFN-α在轻症CV-A6 HFMD患儿表达降低[864.47(721.41,952.89)pg/ml vs.715.08(575.41,896.69)pg/ml,Z=-2.054、P=0.040];但cGAS、IRF3在对照组、轻症和重症HFMD患儿间表达差异均无统计学意义(P均>0.05)。Sperman相关性分析显示,IFI16和STING表达具有正相关性(r=0.286、P=0.013)。临床特征方面,神经受累(病理反射阳性)患儿IFI16(Z=-3.307、P=0.001)和STING(Z=-2.702、P=0.007)水平均低于病理反射阴性患儿,有肢体抽动(Z=-2.489、P=0.013)、精神差(Z=2.542、P=0.011)和高血糖水平(Z=-2.828、P=0.005)患儿的IFI16水平也低于无以上特征的患儿,IFI16与血糖水平也具有负相关性(Sperman相关性分析:r=-0.427、P=0.001)。结论CV-A6感染可激活IFI16-STING通路。IFI16和STING的表达与CV-A6型HFMD的重症化相关联,其较高的表达水平可能是机体抵御重症化的保护因素。 展开更多
关键词 手足口病 脱氧核糖核酸感受器 干扰素诱导蛋白16 干扰素基因刺激因子
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血液透析和腹膜透析对终末期肾脏病患者肠道菌群的影响 被引量：11
13
作者 罗丹 张俊 +4 位作者 赵文波 林洪春 杨婕纶 李咏倢 彭晖 《新医学》 2019年第6期419-426,共8页
目的探讨血液透析和腹膜透析对终末期肾脏病(ESRD)患者肠道菌群的影响。方法选择健康对照者19名(健康对照组)、未透析的ESRD患者38例(未透析组)、持续腹膜透析的ESRD患者25例(PD组)、持续血液透析的ESRD患者27例(HD组),使用16S rDNA测... 目的探讨血液透析和腹膜透析对终末期肾脏病(ESRD)患者肠道菌群的影响。方法选择健康对照者19名(健康对照组)、未透析的ESRD患者38例(未透析组)、持续腹膜透析的ESRD患者25例(PD组)、持续血液透析的ESRD患者27例(HD组),使用16S rDNA测序分析研究对象的粪便样品中肠道微生物群的组成和功能。结果与健康对照组比较,未透析的ESRD患者α多样性中的Simpson指数升高(P<0.05),未透析组、PD组、HD患者肠道菌群的α多样性Observed species指数、Chao1指数和Simpson指数比较差异均无统计学意义(P均>0.05)。β多样性分析显示4组之间物种组成结构比较差异有统计学意义(P均<0.05)。健康对照组及未透析组肠道菌群以拟杆菌门和厚壁菌门为主。与未透析组相比,HD组肠道菌群拟杆菌门减少(P<0.01)。4组研究对象的肠道菌群在科水平分类中比较差异有统计学意义的菌科有8个(P均<0.05),其中PD组和HD组肠道中普雷沃特尔菌科比例均较低。与未透析组比较,HD组肠道中毛螺菌科比例增加、脱硫弧菌科和紫单胞菌科比例降低;HD组肠道中理研菌科减少(P均<0.05)。与健康对照组相比,未透析组肠道中紫单胞菌科比例增加(P<0.05)。丹毒丝菌科比例在未透析组、PD组、HD组肠道中均有所增加,产碱菌科和韦荣氏菌科比例在健康对照组、未透析组、PD组肠道中相近,但在HD组肠道中降低(P均<0.05)。结论血液透析和腹膜透析治疗未明显破坏肠道菌群的多样性,但改变了ESRD患者肠道菌群的种类和数量。 展开更多
关键词 肠道菌群 终末期肾脏病 透析 16sr脱氧核糖核酸测序
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梅花鹿瘤胃液中棒状杆菌的分离鉴定与系统发育树的构建 被引量：2
14
作者 刘晓颖 鲍坤 +2 位作者 刘晗璐 李光玉 冯卓 《特产研究》 2015年第4期1-4,共4页
营养琼脂平板上需氧、厌氧培养梅花鹿瘤胃液中的细菌,挑取菌落,纯化培养,观察个体和菌落形态特征,同时进行生理生化特征鉴定;对细菌16Sr DNA测序,建立系统发育树。结果表明,分离出18株棒状杆菌科棒状杆菌属菌株,其中11株与瘤胃棒状杆菌... 营养琼脂平板上需氧、厌氧培养梅花鹿瘤胃液中的细菌,挑取菌落,纯化培养,观察个体和菌落形态特征,同时进行生理生化特征鉴定;对细菌16Sr DNA测序,建立系统发育树。结果表明,分离出18株棒状杆菌科棒状杆菌属菌株,其中11株与瘤胃棒状杆菌同源性达99.93%以上,2株与嗜甘氨酸棒状杆菌同源性达99.71%,5株与极小棒状杆菌同源性为96.83%;结合生理生化鉴定结果,分离的18株细菌均为棒状杆菌科棒状杆菌属细菌。 展开更多
关键词 梅花鹿 瘤胃 棒状杆菌 16sr脱氧核糖核酸
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三株菲降解细菌的分离、鉴定及降解特性的研究 被引量：45
15
作者 周德平 夏颖 +1 位作者 韩如旸 闵航 《环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期124-128,共5页
从石油污染土壤中分离纯化到 3株能以菲为唯一碳源和能源生长的革兰氏阴性杆菌、好氧、不形成芽孢、端生或侧生单根鞭毛 ,分别命名为菌株ZX4、ZX6和EVA17.据部分片段长度的 16SrDNA序列比对分析和生理生化试验结果 ,确认此 3株菌均为鞘... 从石油污染土壤中分离纯化到 3株能以菲为唯一碳源和能源生长的革兰氏阴性杆菌、好氧、不形成芽孢、端生或侧生单根鞭毛 ,分别命名为菌株ZX4、ZX6和EVA17.据部分片段长度的 16SrDNA序列比对分析和生理生化试验结果 ,确认此 3株菌均为鞘氨醇单胞菌属 (Sphingomonas)细菌 ,菌株ZX4为少动鞘氨醇单胞菌 (S .paucimobilis) ,菌株ZX6为溶芳烃鞘氨醇单胞菌 (S .aromaticivorans) ,菌株EVA17尚不能确定 .分析了各菌株在系统发育中的分类地位 .菌株ZX4在 14d内对含量为 10 0 0mg·L-1的菲降解率可达 98 74%.不同底物实验结果表明 ,菌株EVA17可能同时拥有两条菲降解途径 . 展开更多
关键词 降解特性 菲 鞘氨醇单胞菌属 16sr DNA序列 系统发育 菌株分离 菌株鉴定 土壤污染
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产抗菌蛋白芽孢杆菌R21-4的鉴定及其抗菌谱研究 被引量：8
16
作者 郝华昆 贾洁 +1 位作者 韩俊华 牛天贵 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期54-58,共5页
筛选的芽孢杆菌R21-4对某些革兰氏阳性、革兰氏阴性细菌及真菌均有抑制作用,具有较广的抑菌谱,特别是对食品中的常见腐败菌,如蜡样芽孢杆菌、大肠杆菌、产气荚膜杆菌、产气肠杆菌、荧光假单胞菌等均有明显抗菌效果。在对其进行生理生化... 筛选的芽孢杆菌R21-4对某些革兰氏阳性、革兰氏阴性细菌及真菌均有抑制作用,具有较广的抑菌谱,特别是对食品中的常见腐败菌,如蜡样芽孢杆菌、大肠杆菌、产气荚膜杆菌、产气肠杆菌、荧光假单胞菌等均有明显抗菌效果。在对其进行生理生化以及16Sr RNA基因序列测定和聚类分析软件的分析后,鉴定菌株R21-4为枯草芽孢杆菌Bacillus subtilissp.R21-4,并采用琼脂块法和生长曲线法对其抗菌机理进行了研究。 展开更多
关键词 芽孢杆菌 抑菌谱 16sr RNA 抗菌机理
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婴幼儿配方乳粉中双歧杆菌的分子鉴定及标签相符性研究 被引量：4
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作者 段文锋 刘洋 +4 位作者 陈雯雯 张清平 俞漪 曲勤凤 赵渝 《中国乳品工业》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期16-20,共5页
完成了对我国市场常见益生菌婴幼儿配方乳粉标签标识情况的调查;利用16Sr RNA技术建立了基于双歧杆菌基因组序列的分子鉴定方法,对市场常见的19例益生菌乳粉中分离得到的28株双歧杆菌进行菌株分子鉴定和标签相符性分析,为该类产品的安... 完成了对我国市场常见益生菌婴幼儿配方乳粉标签标识情况的调查;利用16Sr RNA技术建立了基于双歧杆菌基因组序列的分子鉴定方法,对市场常见的19例益生菌乳粉中分离得到的28株双歧杆菌进行菌株分子鉴定和标签相符性分析,为该类产品的安全监管提供技术参考和建议。 展开更多
关键词 16sr RNA 双歧杆菌 分子鉴定 标签
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高通量测序分析结肠腺瘤患者肠道黏膜菌群的构成变化 被引量：14
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作者 陆颖影 曾悦 +1 位作者 胡国勇 王兴鹏 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期1156-1163,共8页
目的探讨结直肠癌发展早期肠道菌群的变化规律。方法通过结肠镜活检收集31例结肠腺瘤患者的腺瘤组织以及20例健康志愿者的肠道黏膜,提取基因组DNA,对细菌16SrRNA基因序列V_3~V_4高变区进行PCR扩增,lluminaMiSeq平台上高通量测序分析。... 目的探讨结直肠癌发展早期肠道菌群的变化规律。方法通过结肠镜活检收集31例结肠腺瘤患者的腺瘤组织以及20例健康志愿者的肠道黏膜,提取基因组DNA,对细菌16SrRNA基因序列V_3~V_4高变区进行PCR扩增,lluminaMiSeq平台上高通量测序分析。结果结肠腺瘤患者的肠道黏膜菌群多样性比健康对照人群显著增高(P<0.01),腺瘤组黏膜菌群结构和健康对照者相比差异显著。门水平上:结肠腺瘤组变形菌门明显增多(P<0.01),厚壁菌门/拟杆菌门比值下降。属水平上:结肠腺瘤组乳球菌属、链球菌属和假单胞菌属增多(P<0.01),而肠球菌属,杆菌属丰度明显下降(P<0.01)。不同病理类型腺瘤比较发现:结肠高级别和低级别上皮内瘤变组肠道黏膜菌群整体结构相似,埃希菌-志贺菌属在高级别上皮内瘤变组呈现上升趋势,但差异无统计学意义(P>0.05)。结论结肠腺瘤患者肠道菌群多样性和构成与正常健康人存在明显差异,腺瘤患者黏膜菌群结构发生明显失衡,形成了易于肿瘤生长的肠道微生态环境。 展开更多
关键词 结肠腺瘤 肠道菌群 结构失调 16sr RNA 高通量测序
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锰污染稻田土壤微生物群落结构和遗传多样性研究 被引量：8
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作者 刘云国 周海舟 +2 位作者 冯宝莹 樊霆 潘翠 《湖南文理学院学报（自然科学版）》 CAS 2007年第4期58-61,76,共5页
采集了湖南省湘潭市锰矿尾渣坝附近受不同程度锰污染的7个水稻田土壤样品,总锰浓度范围为114~4611mg/kg.提取土壤细菌总DNA,用通用引物对其中的16SrDNA进行扩增,然后进行变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis),分... 采集了湖南省湘潭市锰矿尾渣坝附近受不同程度锰污染的7个水稻田土壤样品,总锰浓度范围为114~4611mg/kg.提取土壤细菌总DNA,用通用引物对其中的16SrDNA进行扩增,然后进行变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis),分析长期受锰污染的水稻田土壤微生物群落结构和遗传多样性变化,存在于污染最严重样点中的细菌种群对锰有较高的耐受性,不同锰污染的样点群落结构发生变化并且有菌种的消亡和新菌种的产生.锰污染直接和间接地改变了水稻田土壤微生物群落结构和遗传多样性. 展开更多
关键词 锰 微生物群落 遗传多样性 16sr DNA DGGE
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一株拮抗姜瘟青枯假单胞杆菌的链霉菌的分离及鉴定 被引量：7
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作者 冉红艳 葛绍荣 +2 位作者 陶勇 金虹 刘世贵 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期325-328,共4页
从生姜田土中分离到一株对姜瘟青枯假单胞杆菌(PseudomonassolanacarumSmith)有强拮抗作用的链霉菌菌株SR 11,研究拮抗性表明,对革兰氏阳性细菌、革兰氏阴性细菌以及多种病原真菌均有很强的抑制作用。对该菌株进行形态特征、培养特征、... 从生姜田土中分离到一株对姜瘟青枯假单胞杆菌(PseudomonassolanacarumSmith)有强拮抗作用的链霉菌菌株SR 11,研究拮抗性表明,对革兰氏阳性细菌、革兰氏阴性细菌以及多种病原真菌均有很强的抑制作用。对该菌株进行形态特征、培养特征、生理生化、细胞壁组分分析及16SrDNA序列分析。基内菌丝无横隔、不断裂,气生菌丝多分枝;孢子丝波曲至螺旋形,孢子椭圆形,表面光滑。细胞壁化学组分Ⅰ型,糖型C。在培养成熟后,气丝变为灰色,可闻到浓烈的土味。以16SrDNA序列为基础构建了包括13株相关种属细菌在内的系统发育树,其中,与12个模式链霉菌株的16SrDNA序列的同源性为96 5 %～98 3%。 展开更多
关键词 链霉菌sr-11 鉴定 16S RDNA 青枯假单胞杆菌
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