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ERK1/2信号通路基因3'UTR多态性与非小细胞肺癌的相关性
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作者 洪超 向旭东 +6 位作者 李盈甫 曹杨 陈雪雅 李帅 邢安灏 林牧 马千里 《昆明医科大学学报》 CAS 2024年第3期7-17,共11页
目的探究4个ERK1/2信号通路的基因3'UTR区域的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点(MAPK1基因中的rs9340,NRAS基因中的rs14804,KRAS基因中的rs712和rs7973450)与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC... 目的探究4个ERK1/2信号通路的基因3'UTR区域的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点(MAPK1基因中的rs9340,NRAS基因中的rs14804,KRAS基因中的rs712和rs7973450)与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的相关性。方法纳入了478名NSCLC患者及480名健康对照者,利用TaqMan探针法对其进行基因分型检测,并分析上述4个SNP与NSCLC的相关性。结果rs9340位点的等位基因在对照组与非小细胞鳞状细胞癌组(squamous cell carcinoma,SCC)中分布频率的差异具有统计学意义(P=0.009),该结果表明rs9340位点的G等位基因可能是非小细胞肺鳞癌的保护性因素(OR=0.67,95%CI:0.50~0.91)。同时,在<50岁年龄组中,rs9340位点的等位基因在对照组和NSCLC组中的分布频率差异具有统计学意义(P=5.07×10^(-4)),该结果表明rs9340等位基因G可能是NSCLC的保护性因素(OR=0.46,95%CI:0.29~0.72)。结论MAPK1基因SNP位点rs9340可能与NSCLC的发生风险相关。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 ERK1/2信号通路 单核苷酸多态性 3'utr MAPK1
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伊比利亚猪和大白猪睾丸3'UTR组的比较分析
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作者 牟巧 杨雨薇 +2 位作者 陈璐 杜志强 杨彩侠 《湖南畜牧兽医》 2023年第5期23-29,共7页
真核生物信使RNA(message RNA,mRNA)的3'端非翻译区(3'untranslated region,3'UTR)在转录后水平调控转录本的稳定性、运输、亚细胞定位和翻译等。3'UTR序列的变异,可引起基因的异常表达,导致疾病发生。转录组测序(RNA-s... 真核生物信使RNA(message RNA,mRNA)的3'端非翻译区(3'untranslated region,3'UTR)在转录后水平调控转录本的稳定性、运输、亚细胞定位和翻译等。3'UTR序列的变异,可引起基因的异常表达,导致疾病发生。转录组测序(RNA-seq)极大地促进了对基因序列的理解,但缺乏对mRNA 3'UTR进行系统全面的分析。利用公开发表的伊比利亚猪和大白猪睾丸组织RNA-seq数据,通过DaPars软件分析了3'UTR有差异的mRNA并对其参与的信号通路进行了富集,对长度和测序短序列丰度差异大的mRNA 3'UTR进行了可视化分析,对显著差异mRNA 3'UTR中存在的胞质polyA成分(Cytoplasmic polyadenylation element,CPE)、polyA信号(polyadenylation signal,PAS)和microRNA结合位点的位置、个数和种类进行了预测分析。这些分析结果为进一步研究基于3'UTR的转录后基因表达调控提供了有价值的信息。 展开更多
关键词 RNA-SEQ MRNA 3'utr 转录后调控
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沙棘耐盐基因HrNHX1的克隆及3'UTR序列分析 被引量:3
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作者 郭长奎 罗淑萍 +1 位作者 沙依拉 于静 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期1031-1035,共5页
以沙棘(Hippophae rhamnoides L.)叶片为材料,用改良SDS法提取总RNA,反转录合成第一链cDNA作为模板,根据已公布NHX1家族同源序列保守区设计简并引物,扩增出沙棘中HrNHX1基因的中间序列,然后用快速扩增cDNA末端(rapid amplification of c... 以沙棘(Hippophae rhamnoides L.)叶片为材料,用改良SDS法提取总RNA,反转录合成第一链cDNA作为模板,根据已公布NHX1家族同源序列保守区设计简并引物,扩增出沙棘中HrNHX1基因的中间序列,然后用快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA end,RACE)方法,从沙棘中克隆到HrNHX13'cDNA序列。该序列(GenBank登录号:EU718492)长度为1373bp,与已知NHX1序列同源性最大为80%,其编码区1094bp,编码364个氨基酸,3'非翻译区(3'-untranslated region,3'UTR)长度为239 bp。3'UTR序列分析显示沙棘的3'UTR与陆地棉、葡萄柚和小盐芥的同源性分别为43.97%、45.63%和40.64%,明显低于编码区的同源性。结果表明,NHX1基因编码区具有较高的保守性,3'UTR序列的同源性较低,显示了非编码区在环境适应中的重要性,并为进一步研究沙棘对生境的适应分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 沙棘 3'RACE 3'utr HrNHX1基因 耐盐
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奶牛OLR1 3'UTR A223C多态的生物学信息分析 被引量:3
4
作者 张传生 耿立英 +3 位作者 尹春光 曹顶国 刘铮铸 付志新 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第1期75-77,共3页
[目的]探索氧化型低密度脂蛋白受体OLR1 3'UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制。[方法]用miRanda(1.0)软件装载牛microRNA数据库,预测OLR1 3'UTR潜在的microRNA。[结果]共预测16个microRNA靶标,OLR1 3'UTR A2... [目的]探索氧化型低密度脂蛋白受体OLR1 3'UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制。[方法]用miRanda(1.0)软件装载牛microRNA数据库,预测OLR1 3'UTR潜在的microRNA。[结果]共预测16个microRNA靶标,OLR1 3'UTR A223C突变定位于bta-miR-370靶标种子序列的互补区。[结论]由于OLR1 3'UTR A→C突变导致bta-miR-370靶标的消失,为OLR1 3'UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制深入研究提供依据。 展开更多
关键词 OLR1 3'utr mir-370 生物信息 MICRORNA
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人Bcl-6 3'UTR区报告质粒及其表达载体的构建和功能检测 被引量:2
5
作者 韩白玉 崔瀚之 +4 位作者 燕翔 黄鹏 黄华龙 范忠义 窦京涛 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期1451-1456,共6页
目的通过构建bcl-6基因野生型、突变体3'UTR区及其编码序列(CDS),观察miR-127对bcl-6的直接靶向调控作用及bcl-6表达载体回复miR-127抑制细胞周期和细胞生长的功能。方法利用PCR方法扩增bcl-6基因3'UTR区序列及其CDS,分别构建在... 目的通过构建bcl-6基因野生型、突变体3'UTR区及其编码序列(CDS),观察miR-127对bcl-6的直接靶向调控作用及bcl-6表达载体回复miR-127抑制细胞周期和细胞生长的功能。方法利用PCR方法扩增bcl-6基因3'UTR区序列及其CDS,分别构建在pc DNA3.0-Luc和pc DNA3.0-Flag载体上,在bcl-6基因3'UTR质粒基础上应用重组PCR方法构建miR-127结合位点突变的突变体报告基因质粒,应用荧光素酶报告基因系统检测miR-127对bcl-6的直接靶向调控作用,在肝癌细胞Hep G2中检测过表达及敲低miR-127引起bcl-6基因表达抑制后细胞周期和细胞生长的改变,同时应用表达载体回复bcl-6蛋白水平,检测bcl-6在miR-127调控细胞周期和细胞生长中的必要性。结果构建的重组质粒经酶切鉴定和测序证实构建正确,bcl-6 3'UTR野生型和突变体报告质粒与miR-127共转293T细胞和Hep G2细胞后荧光素酶报告基因检测显示miR-127明显降低野生型报告质粒的活性,但对突变体活性没有影响,miR-127可引起Hep G2细胞G2/M期阻滞并抑制细胞生长,bcl-6可以逆转miR-127对细胞周期和细胞生长的影响。结论成功构建bcl-6基因3'UTR区野生型、突变体报告质粒和bcl-6基因的表达载体,荧光素酶报告基因和回复实验证实均具有生物学功能。 展开更多
关键词 BCL-6基因 3'utr 荧光素酶报告基因 细胞周期
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猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒M蛋白/N蛋白间与N蛋白/3'UTR引入重复序列的反向遗传操作
6
作者 郑海红 孙竹筠 +3 位作者 丛雁方 张可煜 高飞 童光志 《湖北畜牧兽医》 2019年第3期10-13,共4页
为获得一种经全长cDNA突变体拯救出的、随着传代次数的增多而最终致死的突变病毒,以嵌合感染性克隆p7AX12为骨架,分别在猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)M蛋白与N蛋白间或(和)N... 为获得一种经全长cDNA突变体拯救出的、随着传代次数的增多而最终致死的突变病毒,以嵌合感染性克隆p7AX12为骨架,分别在猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)M蛋白与N蛋白间或(和)N蛋白/3'UTR之间插入32 nt,依次构建4个嵌合突变体pBJ327、pBJ732、pBJD32和pBJD32R,经DNA转染Marc-145细胞后4个嵌合突变体均能拯救出病毒,且拯救病毒中的突变或插入的碱基具有遗传稳定性。突变病毒传代5次,没有最终致死的原因还有待于进一步研究分析。获得的4个突变病毒也为研制PRRSV基因标识疫苗及PRRSV复制转录机制研究奠定了基础。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(Porcinerep roductive and RESPIRATORY syndrome virus PRRSV) M蛋白/N蛋白 N蛋白/3'utr 反向遗传操作
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法洛四联症患儿NOTCH2基因3'UTR区域突变分析 被引量:1
7
作者 冯超 唐宁 +3 位作者 方绍海 徐月娟 李奋 徐让 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期476-482,共7页
目的筛查法洛四联症(TOF)患儿中NOTCH2基因3'UTR区域存在的基因突变,探讨该区域突变影响NOTCH2基因表达的可能机制。方法选取152例诊断明确的TOF患儿(TOF组)为研究对象,107名健康儿童为对照组(CON组),PCR扩增NOTCH2基因3'UTR区... 目的筛查法洛四联症(TOF)患儿中NOTCH2基因3'UTR区域存在的基因突变,探讨该区域突变影响NOTCH2基因表达的可能机制。方法选取152例诊断明确的TOF患儿(TOF组)为研究对象,107名健康儿童为对照组(CON组),PCR扩增NOTCH2基因3'UTR区域序列,所有扩增片段均进行双向测序。将所测NOTCH2基因3'UTR区序列与Gen Bank中的已知序列(NG_008163.1)通过BLAST程序对比,检出可能存在的基因突变。采用Pic Tar和Target Scan在线预测软件预测可能与NOTCH2基因3'UTR区域结合的微小RNA(miRNA),分析NOTCH2基因3'UTR区域突变对miRNA调控NOTCH2基因表达的影响。结果检测出NOTCH2基因3'UTR区域1个新发突变和5个已报道的单核苷酸多态性(SNP),分别为2 672位(157020T>G)、rs368873082(156595C>T)、rs835576(156691A>G)、rs3795664(156937C>T)、rs699779(156967T>C)和rs699780(156836T>C);5个已报道的SNP在TOF组与CON组中的等位基因频率差异均无统计学意义(P>0.05)。预测结果显示34种miRNA能与NOTCH2基因3'UTR区域结合,该突变并不位于34种miRNA与NOTCH2 3'UTR的结合区域。结论 NOTCH2基因3'UTR区域存在新突变157020T>G,该突变有可能通过空间构象影响miRNA与NOTCH2基因3'UTR区的结合效率,进而影响NOTCH2基因的正常表达;而该区域的5个SNP与TOF易感性无明显关联。 展开更多
关键词 法洛四联症 NOTCH2基因 3'utr 基因突变 微小RNA 单核苷酸多态性
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IL8基因3'UTR SNPs与中国荷斯坦牛泌乳性状的关联分析 被引量:1
8
作者 方远洋 宋雪梅 +1 位作者 姜俊芳 蒋永清 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第3期338-342,共5页
为明确白细胞介素8基因(IL8)在浙江省内不同牛种群体间的遗传变异情况,应用PCR-SSCP技术检测了中国荷斯坦牛、温岭高峰牛和温州水牛IL8基因3'UTR的多态性。PCR-SSCP和测序结果表明,中国荷斯坦牛和温岭高峰牛在IL8基因3'非翻译... 为明确白细胞介素8基因(IL8)在浙江省内不同牛种群体间的遗传变异情况,应用PCR-SSCP技术检测了中国荷斯坦牛、温岭高峰牛和温州水牛IL8基因3'UTR的多态性。PCR-SSCP和测序结果表明,中国荷斯坦牛和温岭高峰牛在IL8基因3'非翻译区存在3个完全连锁的SNP(g.2831A/G,g.2904 T/C,g.3030 G/A)构成的单倍域,温州水牛在这些位点均表现为突变纯合型。利用一般线性模型分析IL8基因3'UTR的3个SNPs对中国荷斯坦牛305 d校正产奶量、乳脂量、乳蛋白率及体细胞评分的影响,发现这些SNPs可显著影响中国荷斯坦牛305 d校正产奶量(P<0.01)和乳脂率(P<0.05)。 展开更多
关键词 IL8 3'utr SNPS 中国荷斯坦牛 温岭高峰牛 温州水牛
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牛BBOX1基因3'UTR变异体的克隆及其多态性分析
9
作者 宋雨霏 郭彦 +2 位作者 辛友志 崔建伟 周国利 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2017年第2期120-123,共4页
为鉴定牛BBOX1基因选择性多聚腺苷酸化的不同变异体及其3'UTR的多态性,采用3'RACE的方法检测出BBOX1基因3个不同3'UTR全长的APA变异体,短APA变异体3'UTR长度为229 bp,长APA变异体3'UTR长度分别为664 bp和678 bp。利... 为鉴定牛BBOX1基因选择性多聚腺苷酸化的不同变异体及其3'UTR的多态性,采用3'RACE的方法检测出BBOX1基因3个不同3'UTR全长的APA变异体,短APA变异体3'UTR长度为229 bp,长APA变异体3'UTR长度分别为664 bp和678 bp。利用SSCP与测序相结合的方法,在BBOX1基因的3'UTR中检测到10个多态性,其中7个为SNP,分别为c.12T>C、c.100A>G、c.241T>C、c.480T>C、c.557T>C、c.606T>C和c.650T>C;3个为插入或缺失突变,分别为c.28_29ins C、c.434_435del GT和c.512_513ins TGC。SNP c.650T>C定位在Poly(A)加尾信号PAS3中,使加尾信号序列AAUAAA突变成AACAAA,导致3'UTR长度为678 bp的变异体出现。 展开更多
关键词 BBOX1基因 选择性多聚腺苷酸化 多态性 3'utr
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Gene expression profile favoring phenotypic reversion:a clue for mechanism of tumor suppression by NF-IL6 3'UTR 被引量:7
10
作者 DINGGANLIU QIUHONGJIANG +3 位作者 YUNYIWEI LISUN BEIBEIFU FUKUNZHAO 《Cell Research》 SCIE CAS CSCD 2003年第6期509-514,共6页
Transfection of cDNA in 3'untranslated region of human nuclear factor for interleukin-6(NF-IL6 3'UTR)induced tumor suppression in a human hepatoma cell line.cDNA array analysis was used to reveal changes in ge... Transfection of cDNA in 3'untranslated region of human nuclear factor for interleukin-6(NF-IL6 3'UTR)induced tumor suppression in a human hepatoma cell line.cDNA array analysis was used to reveal changes in gene expression profile leading to tumor suppression The results indicate that this suppression was not due to activation of dsRNA-dependent protein kinase,nor to inactivation ofoncogenes; rather,all the changes in expression of known genes,induced by NF-IL6 3'UTR cDNA may be ascribed to the suppression of cellular malignancy.Therefore,our results imply that this 3'untranslated region may have played role of a regulator of gene expression profile. 展开更多
关键词 NF-IL63'utr 基因表达 表型 返祖遗传 癌抑制
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CCL11和CCL26基因3'UTR真核表达载体的构建和意义 被引量:1
11
作者 温志红 代艳 何爽 《中国临床新医学》 2014年第1期5-7,共3页
目的构建CCL11、CCL26基因3'非翻译区(3'UTR)真核表达载体。方法多聚酶链式反应(PCR)扩增获得CCL11、CCL26基因3'UTR目的片段,双酶切目的基因片段及pMIR REPORT真核表达质粒后,将目的基因片段插入pMIR REPORT质粒,再将重组... 目的构建CCL11、CCL26基因3'非翻译区(3'UTR)真核表达载体。方法多聚酶链式反应(PCR)扩增获得CCL11、CCL26基因3'UTR目的片段,双酶切目的基因片段及pMIR REPORT真核表达质粒后,将目的基因片段插入pMIR REPORT质粒,再将重组质粒转化感受态DH5α菌株,筛选阳性克隆行双酶切鉴定及测序分析。结果成功构建CCL11、CCL26基因3'UTR真核表达载体。结论 CCL11、CCL26基因3'UTR真核表达载体成功建立,为进一步研究CCL11、CCL26基因与MicroRNAs的关系提供实验基础。 展开更多
关键词 CCL11基因 CCL26基因 3′非翻译区 真核表达载体
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HCV RNA复制过程中5'UTR与3'UTR作用的初步探讨
12
作者 吕欣 徐志凯 +6 位作者 薛小平 尹文 雷迎峰 杨敬 孙梦宁 韦三华 胡兴斌 《科学技术与工程》 2005年第14期935-938,共4页
构建具有不同类型和长度的5'非编码区(UTR)及3'UTR的丙型肝炎病毒(HCV)全长cDNA克隆,体外转录制备RNA,转染肝癌细胞HepG2,研究不同RNA转录体在细胞内的复制情况。通过RT-PCR与Westernblot等方法证明:蛋白编码区来源于1a基因型... 构建具有不同类型和长度的5'非编码区(UTR)及3'UTR的丙型肝炎病毒(HCV)全长cDNA克隆,体外转录制备RNA,转染肝癌细胞HepG2,研究不同RNA转录体在细胞内的复制情况。通过RT-PCR与Westernblot等方法证明:蛋白编码区来源于1a基因型并具有1b型5'UTR及3'UTR(全长或缺失98nt保守区)的2种嵌合型HCVRNA,都可以在病毒易感细胞中复制和表达;而以脑心肌炎病毒(EMCV)内核糖体进入位点(IRES)替代HCV5'UTR的嵌合型RNA转染细胞,检测不到病毒正、负链RNA与蛋白表达。以上结果说明HCV1b型5'UTR与3'UTR可以支持1a型病毒RNA的正常复制,3'UTR保守区的存在与否,对病毒复制影响不大。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒 嵌合体 5’非编码区3’非编码区 感染性RNA
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肉牛CAST基因5'UTR和3'UTR多态性分析
13
作者 刘振山 刘桂芬 +3 位作者 宋恩亮 刘晓牧 谭秀文 万发春 《山东农业科学》 2015年第3期108-112,共5页
钙蛋白酶抑制蛋白(Calpastatin,CAST)专一抑制钙蛋白酶(Calpain,CAPN)活性,参与调节牛肉的嫩化及肌内蛋白的水解,其编码基因是肉质性状的主要候选基因。本研究根据牛CAST基因5'UTR区(GenBank No.AY834771)和3'UTR区(Gen Bank No... 钙蛋白酶抑制蛋白(Calpastatin,CAST)专一抑制钙蛋白酶(Calpain,CAPN)活性,参与调节牛肉的嫩化及肌内蛋白的水解,其编码基因是肉质性状的主要候选基因。本研究根据牛CAST基因5'UTR区(GenBank No.AY834771)和3'UTR区(Gen Bank No.DQ991097)序列设计两对引物,用PCR-SSCP方法对鲁西黄牛和渤海黑牛共305个样本进行了单核苷酸多态性分析。结果显示,CAST基因5'UTR和3'UTR区存在PCR-SSCP多态,在5'UTR区存在6437(C/T)、6477(G/A)和6614(G/T)3个SNP位点,表现为AA、AB、BB、BC和AD 5种基因型;在3'UTR区存在359(T/C)和366(A/G)2个SNP位点,表现为EE、EF、FF和EG 4种基因型。经检验表明,鲁西黄牛和渤海黑牛均处于非Hardy-Weinberg平衡状态;群体遗传多态性分析表明这两种牛的多态信息含量均为中度多态。 展开更多
关键词 鲁西黄牛 渤海黑牛 CAST基因 5’utr 3utr 单核苷酸多态性
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心脏圆锥动脉干畸形患儿TBX1C基因3'UTR区域突变分析 被引量:2
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作者 方绍海 徐月娟 +2 位作者 曹瑞雪 陈笋 徐让 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期767-771,共5页
目的筛查心脏圆锥动脉干畸形(CTHD)患者中TBX1C基因3'UTR区域存在的基因突变,探讨该区域突变影响TBX1C基因表达的可能机制。方法选取无22q11.2区微缺失的52例CTHD患儿(CTHD组)和89名健康儿童(对照组)作为研究对象,PCR扩增TBX1C基因... 目的筛查心脏圆锥动脉干畸形(CTHD)患者中TBX1C基因3'UTR区域存在的基因突变,探讨该区域突变影响TBX1C基因表达的可能机制。方法选取无22q11.2区微缺失的52例CTHD患儿(CTHD组)和89名健康儿童(对照组)作为研究对象,PCR扩增TBX1C基因完整3'UTR区序列,所有扩增片段均进行双向测序;将测序结果与GenBank中TBX1C 3'UTR序列(NM 080647.1)进行比对,筛查出可能存在的基因突变;PicTar和TargetScan在线预测软件预测可能与TBX1C基因3'UTR区结合的微RNA(miRNA),分析TBX1C基因3'UTR区突变对miRNA调控TBX1C基因表达的影响。结果在CTHD组中发现1例突变c.*164_*165insC,即在距离终止密码子164位与165位核苷酸之间插入1个胞嘧啶;该突变在对照组中不存在,其他研究中未见报道,为新发突变;预测结果显示10种miRNA能与TBX1C基因3'UTR区结合,该突变并不位于10种miRNA与TBX1C3'UTR的结合区域。结论 TBX1C基因3'UTR区域存在新发突变c.*164_*165insC,该突变可能改变TBX1C3'UTR区域与miRNA结合的空间构象,进而影响miRNA对TBX1C基因表达的调控作用。 展开更多
关键词 圆锥动脉干畸形 TBX1基因 基因突变 3utr 微RNA
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健康人外周血中A20基因3'UTR突变与多态性分析 被引量:1
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作者 周玲玲 朱丽花 +4 位作者 陆帅 陈少华 杨力建 罗更新 李扬秋 《暨南大学学报(自然科学与医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期7-11,共5页
目的:建立检测NF-κB负调控因子A20基因3'非编码区(3'UTR)单核苷酸多态性(SNP)和突变的方法和rs77191406的检测方法.方法:利用PCR扩增99名健康人外周血单个核细胞(PBMCs)DNA的A20基因3'UTR全长片段,并对PCR产物进行核苷酸... 目的:建立检测NF-κB负调控因子A20基因3'非编码区(3'UTR)单核苷酸多态性(SNP)和突变的方法和rs77191406的检测方法.方法:利用PCR扩增99名健康人外周血单个核细胞(PBMCs)DNA的A20基因3'UTR全长片段,并对PCR产物进行核苷酸序列分析.将所测A20 3'UTR序列与Gen Bank中的序列(NM_006290.3)通过BLAST程序对比,检出可能存在的基因突变.利用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)检测A20基因SNP rs77191406位点多态性.结果:在A20 3'UTR mRNA 3080位点检测出C>T突变,该突变在基因库中已有作为SNP登记(rs77191406),该SNP在7例(7.07%)健康人样本中检测到,但并未发现其他突变和多态性.成功建立PCR-RFLP检测A20基因SNP(rs77191406)的方法.结论:首次报道中国健康人群中A20基因3'UTR存在rs77191406,其意义有待进一步明确. 展开更多
关键词 A20 3′非编码区 限制性片段长度多态性聚合酶链反应 单核苷酸多态性
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Laptm5 3'UTR对小鼠B细胞淋巴瘤38B9细胞增殖与凋亡的影响 被引量:2
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作者 张艳青 李艳 +4 位作者 朱明明 丁懿 庞磊 王继军 郁多男 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期237-241,共5页
目的:通过建立稳定过表达溶酶体相关穿膜蛋白5(lysosomal associated protein transmembrane 5,Laptm5)3'不翻译区(3'UTR)的B细胞淋巴瘤38B9细胞株,探讨Laptm5 3'UTR对小鼠B细胞淋巴瘤38B9细胞株增殖、凋亡的影响。方法:荧... 目的:通过建立稳定过表达溶酶体相关穿膜蛋白5(lysosomal associated protein transmembrane 5,Laptm5)3'不翻译区(3'UTR)的B细胞淋巴瘤38B9细胞株,探讨Laptm5 3'UTR对小鼠B细胞淋巴瘤38B9细胞株增殖、凋亡的影响。方法:荧光定量PCR及Western blotting检测小鼠B细胞及38B9细胞中Laptm5 miRNA及其蛋白质的表达水平;将小鼠Laptm5 3'UTR及其含有的microRNA结合位点突变的突变型基因片段构建入逆转录病毒表达载体p MSCV-PIG,包装成逆转录病毒,感染小鼠B细胞淋巴瘤细胞38B9,流式细胞术检测逆转录病毒感染率,细胞计数法及流式细胞术观察Laptm5 3'UTR或其突变型过表达后389B9细胞的增殖、凋亡情况。结果:相比小鼠B细胞,B细胞淋巴瘤细胞中Laptm5的miRNA及蛋白均显著降低(P<0.01)。成功获得稳定过表达Laptm5 3'UTR(突变型)的38B9细胞株。Laptm5 3'UTR细胞株比Laptm5 3'UTR突变型过表达细胞株的增殖能力显著减慢,凋亡率显著增加[(7.87±1.08)%vs(0.45±0.07)%,P<0.01]。结论:小鼠Laptm53'UTR具有抑制B细胞淋巴瘤增殖、促进其凋亡的作用,该作用可能与其影响相关microRNA的调控有关。 展开更多
关键词 溶酶体相关跨膜蛋白5 3'不翻译区 B细胞淋巴瘤细胞 3889株细胞
原文传递
严重急性呼吸综合征冠状病毒2膜蛋白对宿主细胞pre-mRNA 3'UTR加工的影响 被引量:1
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作者 欧阳歆 曾先燕 +7 位作者 谷斌 娄哲琦 黄进 谭正宗 于倩 车雨 钱昱舟 朱勇 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2022年第10期1866-1873,共8页
目的研究严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)膜蛋白对宿主细胞mRNA前体(pre-mRNA)3’非翻译区(UTR)加工的影响。方法本研究以人肺上皮细胞系A549为模型,利用瞬时转染在细胞内过表达SARS-CoV-2膜蛋白;利用RNA-Seq测序技术及生物信... 目的研究严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)膜蛋白对宿主细胞mRNA前体(pre-mRNA)3’非翻译区(UTR)加工的影响。方法本研究以人肺上皮细胞系A549为模型,利用瞬时转染在细胞内过表达SARS-CoV-2膜蛋白;利用RNA-Seq测序技术及生物信息学分析方法,系统性描绘宿主细胞选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)事件;Metascape数据库对发生显著APA变化的基因进行功能富集分析;RT-qPCR验证靶基因3’UTR长度变化;蛋白质免疫印迹(Western blot)检测目的蛋白表达水平。结果SARS-CoV-2膜蛋白外源表达后宿主细胞内共813个基因发生显著APA变化。GO和KEGG分析显示,差异APA基因广泛参与有丝分裂细胞周期、调节细胞应激等生物过程,涉及病毒感染和蛋白质加工等。从中进一步筛选出AKT1基因,在IGV软件中显示3’UTR延长;RT-qPCR验证AKT1基因的3’UTR长度变化趋势;Western blot结果显示AKT1蛋白磷酸化水平增加。结论SARS-CoV-2膜蛋白潜在影响宿主pre-mRNA的3’UTR加工,其中参与多种病毒性生物过程的AKT1基因3’UTR延长,且其编码的蛋白质功能在细胞内被激活。 展开更多
关键词 严重急性呼吸综合征冠状病毒2膜蛋白 选择性多聚腺苷酸化 PRE-MRNA 3’非翻译区
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狭缝引导配体13′UTR通过miR-34a-5p/SIRT1轴调节内皮细胞表型
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作者 欧涛 胡志琴 +5 位作者 高原 伍华燕 陈凯茵 徐金东 方咸宏 单志新 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期362-372,共11页
在高等生物的进化过程中,mRNA的3′非翻译区(3′untranslated region,3′UTR)序列显著增加,提示3′UTR在生物功能调节中可能发挥重要作用。我们发现狭缝引导配体1(slit guidance ligand 1,SLIT1)3′UTR在肥厚型心肌病(HCM)患者心肌中水... 在高等生物的进化过程中,mRNA的3′非翻译区(3′untranslated region,3′UTR)序列显著增加,提示3′UTR在生物功能调节中可能发挥重要作用。我们发现狭缝引导配体1(slit guidance ligand 1,SLIT1)3′UTR在肥厚型心肌病(HCM)患者心肌中水平降低,但其对肥厚心肌中血管功能调节的作用机制不清楚。利用腺病毒介导在主动脉内皮细胞(human aortic endothelial cells,HAECs)中过表达SLIT13′UTR,检测HAECs中一氧化氮合酶(endothelial nitric oxide synthases,eNOS)和血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor,VEGFA)表达。分别采用划痕实验和基于Matrigel胶的管腔形成实验检测HAECs的迁移和成管腔能力。结果发现,过表达SLIT13′UTR会升高HAECs中p-eNOS、eNOS和VEGFA水平(P<0.01),并促进HAECs迁移和成管腔能力(P<0.01)。生物信息学预测提示,SLIT13′UTR上有多个微RNA(miRNA)的潜在结合位点,反义RNA纯化技术(RNA antisense purification,RAP)筛选和利用Ago2抗体进行RNA结合蛋白质免疫沉淀(RNA binding protein immunoprecipitation,RIP)结果显示,SLIT13′UTR与miR-34a-5p存在结合作用,而过表达SLIT13′UTR的HAECs中miR-34a-5p水平显著降低(P<0.05)。Western印迹结果证实,miR-34a-5p可逆转过表达SLIT13′UTR对去乙酰化酶SIRT1的上调作用(P<0.05)。在HAECs中转染miR-34a-5p和si-SIRT1,可一致地抑制过表达SLIT13′UTR引起的p-eNOS、eNOS和VEGFA增加(P<0.05,P<0.01),及促进HAECs迁移和成管腔的能力(P<0.01,P<0.001)。因此,SLIT13′UTR可以特异性吸附miR-34a-5p,通过miR-34a-5p/SIRT1轴发挥促进内皮细胞迁移和管腔生成的作用。 展开更多
关键词 狭缝引导配体1 3′非翻译区 血管内皮细胞 微RNA
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关岭牛MSTN基因3'-UTR与bta-miR-27b的靶向验证
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作者 卢贤君 许厚强 +1 位作者 许家利 阮涌 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1235-1243,共9页
【目的】明确关岭牛bta-miR-27b与肌肉生长抑制素基因(MSTN)的结合位点及靶向调控关系,为通过调控miRNA改良关岭牛产肉量提供理论依据,也为贵州地方黄牛分子遗传改良工作提供新的切入点。【方法】通过TargetScan预测牛MSTN基因3'端... 【目的】明确关岭牛bta-miR-27b与肌肉生长抑制素基因(MSTN)的结合位点及靶向调控关系,为通过调控miRNA改良关岭牛产肉量提供理论依据,也为贵州地方黄牛分子遗传改良工作提供新的切入点。【方法】通过TargetScan预测牛MSTN基因3'端非翻译区(3'-UTR)的潜在miRNA结合区域及互作miRNA,对比关岭牛与不同关岭牛杂交品种的生理表型及MSTN基因和3'-UTR端miRNA表达差异,并分析bta-miR-27b在不同关岭牛杂交群体中的靶位点特异性。将MSTN基因3'-UTR序列野生型(WT)和3'-UTR序列突变型(MUT)分别克隆至pMIR-REPORT Luciferase(H306)载体构建重组双荧光素酶报告基因载体,与bta-miR-27b共转染293T细胞以验证bta-miR-27b与MSTN基因的作用关系,并利用实时荧光定量PCR验证bta-miR-27b对MSTN基因表达的影响。【结果】在牛MSTN基因3'-UTR端发现7个miRNA结合位点;关岭牛各系杂交品种的3个miRNA(bta-miR-27a-3p、bta-miR-27b和bta-miR-128)相对表达量均极显著高于关岭牛(P<0.01,下同),MSTN基因相对表达量极显著低于关岭牛,体质量、体高、体斜长、胸围等生长指标却明显优于关岭牛。关岭牛及其杂交牛MSTN基因3'-UTR端的bta-miR-27b结合区域均无突变、无缺失;MSTN-3'-UTR(WT)与bta-miR-27bmimics共转染293T细胞后其相对荧光值下降53.80%,极显著低于MSTN-3'-UTR(MUT)+bta-miR-27bmimics共转染;转染bta-miR-27b mimics后,bta-miR-27b在关岭牛原代成肌细胞株(N2)中成功超表达,而MSTN基因相对表达量呈极显著下调趋势,表明bta-miR-27b能抑制MSTN基因表达。【结论】bta-miR-27b与MSTN基因的结合区域位于3'-UTR端第62~69位碱基处,且靶位点保守性较高。bta-miR-27b对MSTN基因有很强的靶向调控作用,表现为bta-miR-27b能抑制MSTN基因表达。 展开更多
关键词 关岭牛 MSTN基因 3'端非翻译区(3'-utr) bta-miR-27b 双荧光靶向验证
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LGALS3BP 3’UTR荧光素酶报告基因载体构建及鉴定
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作者 刘翠华 邓林林 +8 位作者 赵方新 红梅 武建强 张烜 李奕君 温琪 郭冉 刘奕彤 马启豪 《中国比较医学杂志》 CAS 北大核心 2023年第5期8-14,共7页
目的构建LGALS3BP(lectin,galactoside-binding,soluble,3 binding protein,LGALS3BP)基因3’非编码区(3’-untranslated region,3’UTR)的野生型及突变型荧光素酶报告基因重组载体并进行鉴定,以备进一步研究miRNA对LGALS3BP基因的调控... 目的构建LGALS3BP(lectin,galactoside-binding,soluble,3 binding protein,LGALS3BP)基因3’非编码区(3’-untranslated region,3’UTR)的野生型及突变型荧光素酶报告基因重组载体并进行鉴定,以备进一步研究miRNA对LGALS3BP基因的调控。方法Targetscan软件预测LGALS3BP 3’UTR上的miRNA结合位点;以人肝癌细胞系SMMC-7721基因组DNA为模板,进行PCR扩增,获得野生型LGALS3BP基因3’UTR片段,经双酶切将目的片段定向插入报告基因载体pGL3-Control中,将克隆好的重组载体转化大肠埃希菌DH5α感受态细胞进行扩增,采用菌落PCR及测序监定重组子。设计位点突变型LGALS3BP 3’UTR扩增引物,以构建的野生型LGALS3BP 3’UTR重组质粒为模板,采用重叠PCR及定点突变PCR技术进行扩增分别构建单独位点及双位点突变型重组荧光素酶报告基因载体。结果野生型LGALS3BP 3’UTR重组质粒经菌落PCR鉴定,可见871 bp的目的基因片段,大小与预期相符;测序结果表明,插入序列与LGALS3BP 3’UTR序列完全一致且插入方向正确。Targetscan软件预测到LGALS3BP 3’UTR区有两个感兴趣的miRNA结合位点。突变型LGALS3BP 3’UTR重组质粒测序鉴定结果表明,单独位点及双位点突变型重组质粒中均成功引入结合位点突变。结论成功构建LGALS3BP的3’UTR野生型(pGL3-LGAL-W-3’UTR)、两个单独位点突变型(pGL3-LGAL-M1-3’UTR和pGL3-LGAL-M2-3’UTR)及双位点突变型(pGL3-LGAL-M-3’UTR)重组荧光素酶报告基因载体,为后续研究miRNA对LGALS3BP基因的调控奠定基础。 展开更多
关键词 LGALS3BP 3utr 报告基因载体构建 定点突变
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