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不同DNA序列映射对频谱3-周期性的影响
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作者 邵建峰 邵伟 +1 位作者 严晓华 赵剑 《南京工业大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2012年第5期128-132,共5页
DNA符号序列经过数值映射后其数字序列所具有的频谱3-周期性被认为是用来区分编码区和非编码区的一个重要特征。将常见映射分为4类,讨论了各类映射之间的关系;使用Parzen窗口密度估计法确定不同映射下的3-周期信噪比阈值,并利用在该阈... DNA符号序列经过数值映射后其数字序列所具有的频谱3-周期性被认为是用来区分编码区和非编码区的一个重要特征。将常见映射分为4类,讨论了各类映射之间的关系;使用Parzen窗口密度估计法确定不同映射下的3-周期信噪比阈值,并利用在该阈值下的分类正确率指标对不同映射进行了评价;依据移动序列信噪比曲线给出敏感性、非震荡性2种指标,比较了不同映射在利用3-周期性进行基因编码区域识别上的优劣性。 展开更多
关键词 3-周期性 序列映射 基因识别 信噪比阈值 分类正确率 敏感性 非震荡性
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基于3-周期性的基因预测
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作者 胡连果 李强 +3 位作者 张瑾 张良云 杨涛 骈聪 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期351-357,共7页
基因预测是DNA序列分析的一项重要任务,真核生物基因外显子序列的识别是生物信息学中的难点,本研究提出一种基于3-周期性小鼠基因的预测方法。基于碱基幅角的功率谱,使小鼠外显子序列的频谱图具有更显著的3-周期性,且内含子的频谱图更... 基因预测是DNA序列分析的一项重要任务,真核生物基因外显子序列的识别是生物信息学中的难点,本研究提出一种基于3-周期性小鼠基因的预测方法。基于碱基幅角的功率谱,使小鼠外显子序列的频谱图具有更显著的3-周期性,且内含子的频谱图更加平稳,从而增大了序列中外显子与内含子的信噪比的区分度,使小鼠基因序列的预测获得更好的效果,在平均值法阈值R2下预测准确率达94.53%;在分布图法阈值R1下,准确率达94.50%,敏感性达99.45%。 展开更多
关键词 功率谱 3-周期性 幅角 信噪比 阈值
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不具有3-碱基周期性的编码序列初探 被引量:7
3
作者 张静 石秀凡 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第2期267-272,共6页
对 12 0个较短编码序列 (<12 0 0bp)的Fourier频谱进行分析表明 ,3 碱基周期性在短编码序列中并不是绝对存在的 .统计分析提示 ,编码序列有无 3 碱基周期性与序列的碱基组成和分布、所编码蛋白质氨基酸的选用和顺序以及同义密码子的... 对 12 0个较短编码序列 (<12 0 0bp)的Fourier频谱进行分析表明 ,3 碱基周期性在短编码序列中并不是绝对存在的 .统计分析提示 ,编码序列有无 3 碱基周期性与序列的碱基组成和分布、所编码蛋白质氨基酸的选用和顺序以及同义密码子的使用都有一定的关系 .一般地 ,非周期 3序列中A +U含量高于G +C含量 ,周期 3序列的情况则相反 ;非周期 3序列中碱基在密码子三个位点上的分布比周期 3序列中的分布均匀 ;非周期 3序列密码子和氨基酸的使用偏向没有周期 3序列的大 .在利用Fourier分析方法预测DNA序列中的基因和外显子时 。 展开更多
关键词 编码序列 FOURIER分析 3-碱基周期性 3-碱基周期性
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一种基于Voss映射下计算DNA序列3-周期特性的快速算法
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作者 黄绿娥 鄢化彪 《江西理工大学学报》 CAS 2014年第1期98-101,共4页
DNA序列信号频谱3-周期特性被认为是用来区分编码区和非编码区的一个重要特征,传统的DNA序列分析中频谱计算量大占用了大量计算时间,使得分析效率极低.为提高DNA序列分析效率,针对传统频谱计算量大的问题,从3-周期特性原理出发,推导出... DNA序列信号频谱3-周期特性被认为是用来区分编码区和非编码区的一个重要特征,传统的DNA序列分析中频谱计算量大占用了大量计算时间,使得分析效率极低.为提高DNA序列分析效率,针对传统频谱计算量大的问题,从3-周期特性原理出发,推导出了一种基于Voss映射下快速计算DNA序列3-周期频谱的方法.该方法有效避开计算离散傅立叶变换(DFT),从序列本身直接得到信噪比.实验结果表明快速算法计算效率是DFT方法的百倍之上,极大减小基因的信噪比计算时间,提高DNA序列识别中信噪比的计算效率. 展开更多
关键词 DNA序列 Voss 映射 外显子 3-周期性 信噪比
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Periodical attenuation of Al(OH)_3 particles from seed precipitation in seeded sodium aluminate solution 被引量:5
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作者 吴玉胜 张迪 +2 位作者 李明春 毕诗文 杨毅宏 《Transactions of Nonferrous Metals Society of China》 SCIE EI CAS CSCD 2010年第3期528-532,共5页
Periodical attenuation of particles,which interferes seriously the normal alumina production,exists in Bayer process.In order to solve this problem,the rule of periodical attenuation of Al(OH) 3 particles was investig... Periodical attenuation of particles,which interferes seriously the normal alumina production,exists in Bayer process.In order to solve this problem,the rule of periodical attenuation of Al(OH) 3 particles was investigated by laboratory experiments under simulated industrial conditions.The results show that at higher temperature the variation period of particle size is shortened,while prolongs with more solid content.Particle size fluctuation amplitude reduces with the temperature rising but increases with the solid content increasing.Particle size distribution becomes more uniform by replenishing fine seeds,enabling the periodical fluctuation of Al(OH)3 particle size to be attenuated.Combining properly the additives with controlling the seed size is able to reduce the amplitude of periodical fluctuation and shorten the attenuation time.With unbalance of particle size distribution,the particles gradually become bigger,even inducing the decrease of the specific surface area of seeds,which is the major reason causing explosive attenuation of Al(OH)3 particles in seed precipitation process. 展开更多
关键词 Bayer process sodium aluminate solution periodical attenuation ADDITIVE seed precipitation
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基于信噪比和频谱特征改进的基因预测方法研究
6
作者 段汕 赵淑珍 +1 位作者 冯光琼 钱磊 《中南民族大学学报(自然科学版)》 CAS 2014年第2期106-110,共5页
指出了正确识别定位DNA序列中外显子区间是当前生物信息学最基础的问题之一.通过介绍DNA序列的3-周期性、信噪比等概念,引入了固定长度滑动窗口和移动信噪比曲线识别两种基因识别算法,在综合两种算法的复杂度和准确性优势的基础上,提出... 指出了正确识别定位DNA序列中外显子区间是当前生物信息学最基础的问题之一.通过介绍DNA序列的3-周期性、信噪比等概念,引入了固定长度滑动窗口和移动信噪比曲线识别两种基因识别算法,在综合两种算法的复杂度和准确性优势的基础上,提出了基于信噪比特征的基因识别改进算法,并通过实验验证了该算法的有效性与准确性. 展开更多
关键词 基因预测 3-周期性 信噪比
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基于全相位频谱分析的基因识别算法研究 被引量:1
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作者 王飞宇 郑紫微 杨任尔 《宁波大学学报(理工版)》 CAS 2016年第2期37-42,共6页
为对未知基因序列的编码区进行预测,利用基因编码区存在的频谱3-周期性质,在传统的固定窗口长度滑动窗算法的基础上,提出了一种改进型的基因识别算法.新算法将全相位谱分析技术与多采样率数字信号处理技术相结合,有效地降低了传统滑动... 为对未知基因序列的编码区进行预测,利用基因编码区存在的频谱3-周期性质,在传统的固定窗口长度滑动窗算法的基础上,提出了一种改进型的基因识别算法.新算法将全相位谱分析技术与多采样率数字信号处理技术相结合,有效地降低了传统滑动窗算法中存在的截断效应,减少了计算量并且可实现流水线操作.最后通过计算机仿真将该算法所得结果与其他识别算法所得结果相比较,结果表明该算法在核苷酸水平上有较高的预测准确性. 展开更多
关键词 基因识别 3-周期性 全相位FFT谱分析 截断效应
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DNA序列数值映射方法的研究 被引量:10
8
作者 饶妮妮 邱丽君 《生物医学工程学杂志》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第4期681-685,共5页
DNA序列的数值映射是用数学方法、物理方法和数字信号处理方法分析生物分子序列首先要解决的问题。本文分析了现有8种DNA序列数值映射方法的特点和适应性。在此基础上,提出了一种基于DNA序列中碱基出现概率的数值映射方法。大多数蛋白... DNA序列的数值映射是用数学方法、物理方法和数字信号处理方法分析生物分子序列首先要解决的问题。本文分析了现有8种DNA序列数值映射方法的特点和适应性。在此基础上,提出了一种基于DNA序列中碱基出现概率的数值映射方法。大多数蛋白编码序列具有3-碱基周期特性(周期-3性质)。借助于具有周期-3性质的DNA序列的频谱分析,比较了8种数值映射方法的优劣,并证实了新方法的有效性。计算机仿真结果表明,基于复域的映射方法无论从携带原有生物分子序列的信息量,还是数值映射后所得功率谱的效果均优于其它7种映射方法,而DNA序列新数值映射方法能够获得与复域法几乎相同的识别率。 展开更多
关键词 DNA序列 数值映射 3-碱基周期性 频谱分析 映射 数值 数字信号处理 分子序列 计算机仿真 数学方法
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外显子周期性探究及自适应识别快速算法研究
9
作者 佟庆英 熊小峰 刘松华 《数学的实践与认识》 北大核心 2015年第4期204-212,共9页
外显子的3-周期性已被广泛的应用到基因识别中,而通过大量的实验表明并不是所有的已知外显子都表现出3-周期性,探究不同变换下外显子3-周期性的表现,得到自相关傅里叶变换可以增强外显子的3-周期性质;同时研究了不同数值映射之间在计算... 外显子的3-周期性已被广泛的应用到基因识别中,而通过大量的实验表明并不是所有的已知外显子都表现出3-周期性,探究不同变换下外显子3-周期性的表现,得到自相关傅里叶变换可以增强外显子的3-周期性质;同时研究了不同数值映射之间在计算平均功率谱,N/3处功率谱和信噪比的关联,通过理论推导得到关联结果,进行仿真实验,并且结合Voss映射下的快速算法提出Z-curve映射下的快速算法,模拟不同DNA序列分别按照Z-curve映射下原始计算方法和快速算法计算相应的公式,实验结果证明快速算法的有效性和快速性,最后给出自适应窗口平移法识别外显子,利用评价指标,证明算法的实用性和可行性. 展开更多
关键词 频谱3-周期性 功率谱 外显子 快速算法 数值映射
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一种基于Z-Curve映射下DNA序列信噪比的快速算法研究
10
作者 鄢化彪 熊小峰 《生物数学学报》 2015年第1期99-104,共6页
DNA序列信号频谱3-周期特性被认为是用来区分编码区和非编码区的一个重要特征.针对信噪比计算量大的问题,给出基于Z-Curve映射下快速计算信噪比的方法,该方法有效避开计算离散傅立叶变换(DFT),从序列本身直接得到信噪比.实验结果表明,... DNA序列信号频谱3-周期特性被认为是用来区分编码区和非编码区的一个重要特征.针对信噪比计算量大的问题,给出基于Z-Curve映射下快速计算信噪比的方法,该方法有效避开计算离散傅立叶变换(DFT),从序列本身直接得到信噪比.实验结果表明,快速算法计算效率是DFT方法的百倍之上,极大减小基因的信噪比计算时间. 展开更多
关键词 DNA序列 Z-Curve映射 外显子 3-周期性 信噪比
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基因识别问题及其算法实现 被引量:1
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作者 乔凤才 黄生俊 沈大勇 《数学的实践与认识》 CSCD 北大核心 2013年第14期105-113,共9页
从大量的DNA序列中获取丰富的生物信息具有重要的理论意义和应用价值.计算得到了Z-curve与Voss两种映射下功率谱与信噪比的理论关系,而且通过核苷酸频数分布快速计算实数映射时的信噪比;提出了4种阈值确定方法和三个评价准则对不同的物... 从大量的DNA序列中获取丰富的生物信息具有重要的理论意义和应用价值.计算得到了Z-curve与Voss两种映射下功率谱与信噪比的理论关系,而且通过核苷酸频数分布快速计算实数映射时的信噪比;提出了4种阈值确定方法和三个评价准则对不同的物种基因阈值进行了分析,累积概率分布交叉阈值法较其他方法最优;分析了固定长度窗口滑动法由于存在"毛刺"问题而造成预测精度下降,在此基础上提出了变步长阶梯平滑滑动法,与固定长度窗口滑动法相比较预测准确率提高了12.16%达到83%,同时还预测了6个未知序列的编码区域. 展开更多
关键词 功率谱 基因预测 3-周期性 信噪比 分类阈值
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2012年研究生数模竞赛A题综述 被引量:1
12
作者 邵建峰 许丙胜 《数学的实践与认识》 CSCD 北大核心 2013年第14期141-146,共6页
21世纪是生物学的世纪.生物科学与技术也是我国赶超世界发达国家生产力水平,实现国力后发优势和经济快速发展最有前景和希望的领域.第九届全国研究生数学建模竞赛A题:基因识别问题及其算法实现,是生物信息学结构基因组研究中的一个基本... 21世纪是生物学的世纪.生物科学与技术也是我国赶超世界发达国家生产力水平,实现国力后发优势和经济快速发展最有前景和希望的领域.第九届全国研究生数学建模竞赛A题:基因识别问题及其算法实现,是生物信息学结构基因组研究中的一个基本问题.虽然该类问题的研究已经历了十多年时间,但由于基因问题的复杂性,问题的研究远远没有结束.除了基因的统计特征识别方法外,频谱特征识别正受到人们的重视.如果通过该赛题的研究,使得研究生们更加了解生物信息学相关研究课题的重要性,对生物信息学领域产生更大的兴趣,启发大家把数学,物理学以及计算机与信息处理等其它学科的方法引入到生物信息学问题的研究中来,引导研究生们从数学建模走向解决实际问题,那么赛题命题的目的就基本达到了. 展开更多
关键词 基因识别算法 3-周期性 数字序列映射 去噪 基因突变
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双特征参数基因识别算法实现
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作者 徐娅 葛成伟 +2 位作者 赵礼翔 饶凤 程浩 《数学的实践与认识》 CSCD 北大核心 2013年第14期85-93,共9页
基因识别问题首要的工作是对数字化后的基因序列利用离散傅里叶变换(DFT)进行频谱分析.对于很长的DNA序列,功率谱或信噪比计算量很大,推导出了DNA序列在Voss映射、Z-curve映射和实数映射下的信噪比快速算法,以及在Voss映射与Z-curve映... 基因识别问题首要的工作是对数字化后的基因序列利用离散傅里叶变换(DFT)进行频谱分析.对于很长的DNA序列,功率谱或信噪比计算量很大,推导出了DNA序列在Voss映射、Z-curve映射和实数映射下的信噪比快速算法,以及在Voss映射与Z-curve映射下的信噪比的关系.针对阈值确定的问题提出了基于滑动窗口的局部阈值的算法,在分类时达到了很好的效果.另外,实现了基于移动序列信噪比曲线的基因识别方法.最后,由于DNA序列的3-周期性实际上反映了核苷酸在基因序列的三个子序列上分布的"非均衡性",因此引入"方差均值"特征来衡量该非均衡性,提出了基于方差均值的单因素基因识别方法及以信噪比和方差均值作为特征向量,并设计多项式分类器的基因识别算法. 展开更多
关键词 基因识别 3-周期性 局部阈值 移动序列信噪比曲线 方差均值
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原核生物全基因组中16S rRNA基因的识别
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作者 闫文凯 许明敏 +4 位作者 张广乐 乔宁 徐炜娜 陈园园 张良云 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期1493-1503,共11页
【目的】识别原核生物全基因组中的16S rRNA基因。【方法】本文依据基因序列的GC碱基含量、碱基3-周期性和马尔可夫链3个方面的特性,构建了识别原核生物全基因组中16S rRNA基因的三层过滤模型。【结果】经检验,模型的特异性、敏感性和... 【目的】识别原核生物全基因组中的16S rRNA基因。【方法】本文依据基因序列的GC碱基含量、碱基3-周期性和马尔可夫链3个方面的特性,构建了识别原核生物全基因组中16S rRNA基因的三层过滤模型。【结果】经检验,模型的特异性、敏感性和马修斯相关系数分别为99.58%、91.60%和91.49%。【结论】结果表明,本文所提出的方法可以高效、准确地识别出16S rRNA基因。 展开更多
关键词 16S RRNA基因 GC碱基含量 碱基3-周期性 马尔可夫链
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