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应用ABEEM极化力场研究核酸碱基和氨基酸侧链的相互作用
1
作者 卢丽男 杨忠志 赵东霞 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2023年第1期56-63,共8页
对ABEEM极化力场(ABEEM PFF)对核酸碱基、氨基酸侧链以及它们之间的相互作用进行研究.ABEEM PFF将体系的电荷密度分解到了原子区域、σ键区域、π键区域和孤对电子区域,各个区域的电荷可以随着体系结构的变化以及周围环境不同而浮动,很... 对ABEEM极化力场(ABEEM PFF)对核酸碱基、氨基酸侧链以及它们之间的相互作用进行研究.ABEEM PFF将体系的电荷密度分解到了原子区域、σ键区域、π键区域和孤对电子区域,各个区域的电荷可以随着体系结构的变化以及周围环境不同而浮动,很好体现了体系极化效应.在碱基和氨基酸之间的相互作用中氢键起到了很重要的关键作用.ABEEMPFF通过氢键拟合函数对氢键相互作用区域进行特殊的考虑和处理.研究结果表明,应用ABEEM电荷模型计算得到4个碱基模型、5个氨基酸侧链模型和20个相互作用模型的电荷分布以及偶极矩,计算结果与量子力学方法(QM)相媲美.应用ABEEMPFF对29个模型分子进行结构的优化得到稳定结构,与QM计算的结果以及实验的构象有很好的一致性.应用ABEEMPFF和QM方法计算20个碱基和氨基酸相互作用模型的相互作用能,计算结果表明带电的氨基酸侧链与碱基的相互作用能大于不带电氨基酸侧链.氨基酸侧链与碱基的相互作用能的顺序为:Lys>Asp/Glu>Arg>Asn/Gln>Ser/Thr.ABEEMPFF研究碱基和氨基酸侧链的相互作用,为研究和揭示蛋白质和核酸的相互识别机理奠定了良好的基础. 展开更多
关键词 abeem极化力场 电荷分布 氢键 碱基和氨基酸侧链相互作用
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Sr^(2+)和Ba^(2+)水分子体系结构和结合能的从头算和ABEEM/MM研究 被引量：11
2
作者 刘燕 王芳芳 +3 位作者 于春阳 刘翠 宫利东 杨忠志 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第2期379-387,共9页
应用从头算方法和ABEEM/MM浮动电荷分子力场,研究了水合碱土离子团簇Sr2+/Ba2+(H2O)n(n=1-6),构建了离子-水相互作用的ABEEM/MM势能函数,获得了水合离子团簇的稳定结构,计算了结合能.计算结果表明,ABEEM/MM方法的结果和从头算方法的结... 应用从头算方法和ABEEM/MM浮动电荷分子力场,研究了水合碱土离子团簇Sr2+/Ba2+(H2O)n(n=1-6),构建了离子-水相互作用的ABEEM/MM势能函数,获得了水合离子团簇的稳定结构,计算了结合能.计算结果表明,ABEEM/MM方法的结果和从头算方法的结果有很好的一致性.进一步应用ABEEM/MM对Sr2+和Ba2+水溶液进行了分子动力学模拟.对Sr2+水溶液,得到的Sr2+-水中氧原子的径向分布函数的第一和第二最高峰分别位于0.257和0.464nm处,第一和第二水合层的配位水分子数分别为9.2和11.4;对Ba2+水溶液,得到的Ba2+与水中氧原子的径向分布函数的第一和第二最高峰分别位于0.269和0.467nm处,第一和第二水合层的配位水分子数分别为9.9和12.4.这与实验值或其它理论模拟结果有较好的一致性.对比外层的水分子,金属离子的极化作用使得溶液中第一水合层中水分子的O―H键长增长,HOH键角减小. 展开更多
关键词 水合金属离子团簇 离子溶剂化 从头算方法 abeem/MM浮动电荷分子力场 相互作用能
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ABEEM／MM浮动电荷力场应用于血红素结构的研究 被引量：6
3
作者 崔宝秋 管清梅 +2 位作者 宫利东 赵东霞 杨忠志 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第3期585-590,共6页
运用拟合的参数,应用ABEEM/MM浮动电荷力场对血红素分子结构进行了模拟.结果表明,该力场与CHARMM力场相比,能更好地模拟晶体结构.计算的ruffing构象能与B3LYP/6-31G*计算结果的线性相关系数在0.98以上,同时表明血红素分子中twist-angle... 运用拟合的参数,应用ABEEM/MM浮动电荷力场对血红素分子结构进行了模拟.结果表明,该力场与CHARMM力场相比,能更好地模拟晶体结构.计算的ruffing构象能与B3LYP/6-31G*计算结果的线性相关系数在0.98以上,同时表明血红素分子中twist-angle对ruffing构象具有明显影响.ABEEM/MM力场计算的细胞色素c552中血红素分子的电荷分布与CHARMM固定电荷力场的比较,更准确地反映了血红素分子的电荷分布以及极化现象. 展开更多
关键词 abeem/MM力场 血红素 几何结构 构象能 电荷分布
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并行程序实现ABEEM σπ模型电荷分布计算 被引量：5
4
作者 杨忠志 刘娇 +2 位作者 宫利东 刘青昆 马丽 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2008年第2期177-180,共4页
对以密度泛函理论和电负性均衡原理为基础发展的原子-键电负性均衡方法中的σπ模型(ABEEM σπ模型)进行分析得出,利用该模型计算分子体系的电荷分布时,最耗费时间的部分是求解线性方程组.根据解线性方程组的串行程序,我们提出在并行... 对以密度泛函理论和电负性均衡原理为基础发展的原子-键电负性均衡方法中的σπ模型(ABEEM σπ模型)进行分析得出,利用该模型计算分子体系的电荷分布时,最耗费时间的部分是求解线性方程组.根据解线性方程组的串行程序,我们提出在并行环境下不带平方根的Cholesky分解方法.结果表明,利用改编后的并行程序能快速而准确地计算分子的电荷分布,算法随着矩阵规模的增大,并行效率也随之增高,即分子体系越大结果越理想.因此本算法适用于大规模问题的计算. 展开更多
关键词 abeem σπ模型 电荷分布 并行计算 CHOLESKY分解
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血红素近轴侧基氢键的ABEEM/MM分子动力学模拟 被引量：11
5
作者 杨忠志 崔宝秋 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第9期1332-1336,共5页
应用ABEEM/MM浮动电荷力场对鲸鱼肌红蛋白及突变体进行了分子动力学模拟.结果表明,血红素近轴侧基不存在稳定的双氢键,该氢键对轴配体咪唑的取向不起决定性作用,而咪唑的取向与键联的组氨酸有密切联系.同时表明,血红素轴配体的柔性与其... 应用ABEEM/MM浮动电荷力场对鲸鱼肌红蛋白及突变体进行了分子动力学模拟.结果表明,血红素近轴侧基不存在稳定的双氢键,该氢键对轴配体咪唑的取向不起决定性作用,而咪唑的取向与键联的组氨酸有密切联系.同时表明,血红素轴配体的柔性与其邻近的氨基酸和咪唑体积有关. 展开更多
关键词 abeem/MM力场 动力学模拟 血红素 咪唑基 氢键
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应用ABEEM σπ模型研究鸟嘌呤异构体的电荷分布和偶极矩 被引量：5
6
作者 杨忠志 齐世飞 王笑楠 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2007年第3期322-324,共3页
以密度泛函和电负性均衡原理为基础发展的原子-键电负性均衡方法的σπ模型(ABEECσπ).并结合自编程序,计算了鸟嘌呤五种异构体的电荷分布和偶极矩,计算结果表明,所计算出的电荷分布可以和从头算结果很好地关联.所计算的偶极矩与其它... 以密度泛函和电负性均衡原理为基础发展的原子-键电负性均衡方法的σπ模型(ABEECσπ).并结合自编程序,计算了鸟嘌呤五种异构体的电荷分布和偶极矩,计算结果表明,所计算出的电荷分布可以和从头算结果很好地关联.所计算的偶极矩与其它从头计算方法和力场方法相比总体趋势相同,进一步说明了ABEEMσπ模型的合理性. 展开更多
关键词 abeemΣΠ模型 鸟嘌呤 电荷分布 偶极矩
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微过氧化物酶水溶液的ABEEM/MM动力学模拟 被引量：5
7
作者 崔宝秋 宫利东 赵东霞 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第6期1035-1040,共6页
应用原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对微过氧化物酶水溶液进行了分子动力学模拟.研究了水溶液对微过氧化物酶的结构,血红素的皱裂构象以及轴配体咪唑基的取向的影响.结果表明,在水溶液中微过氧化物酶的骨架氨基酸是稳定... 应用原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对微过氧化物酶水溶液进行了分子动力学模拟.研究了水溶液对微过氧化物酶的结构,血红素的皱裂构象以及轴配体咪唑基的取向的影响.结果表明,在水溶液中微过氧化物酶的骨架氨基酸是稳定的,而血红素的皱裂构象在水分子的作用下趋于平面.与血红素轴配体咪唑基键连的组氨酸决定着咪唑基的空间取向,而咪唑基与血红素侧链的丙酸基的静电作用对其取向仅起次要作用. 展开更多
关键词 abeem/MM浮动电荷分子力场 微过氧化物酶 血红素 构象 分子动力学模拟
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应用ABEEM/MM模型研究水分子团簇(H_2O)_n(n=11～16)的性质 被引量：9
8
作者 钱萍 杨忠志 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第5期561-568,共8页
应用ABEEM/MM模型计算了较大的水分子团簇(H2O)n(n=11￣16)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度,增加的团簇结合能等.结果表明,从立方体结构到笼状结构的过渡... 应用ABEEM/MM模型计算了较大的水分子团簇(H2O)n(n=11￣16)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度,增加的团簇结合能等.结果表明,从立方体结构到笼状结构的过渡出现在n=12的水分子团簇中,随着类似于笼状结构特点的不断增强,五元环的富集程度有所增加. 展开更多
关键词 abeem/MM模型 原子-键电负性均衡方法 分子力场 水分子团簇
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应用ABEEM/MM方法研究尿素与缬氨酸二肽间的相互作用 被引量：6
9
作者 赵丹 宫利东 邢永恒 《北华大学学报（自然科学版）》 CAS 2008年第3期213-216,共4页
对尿素与二肽的相互作用的研究可为探讨尿素致蛋白质变性的机理提供基础．应用ABEEM／MM方法，对尿素和缬氨酸二肽间的相互作用进行了理论研究．结果表明，尿素对缬氨酸二肽的几何结构影响很大，使其骨架二面角发生了明显的扭转．此外... 对尿素与二肽的相互作用的研究可为探讨尿素致蛋白质变性的机理提供基础．应用ABEEM／MM方法，对尿素和缬氨酸二肽间的相互作用进行了理论研究．结果表明，尿素对缬氨酸二肽的几何结构影响很大，使其骨架二面角发生了明显的扭转．此外，用该方法计算的电荷分布和键长、键角、二面角等结构参数，都与从头算的结果有很好的一致性． 展开更多
关键词 abeem/MM浮动电荷分子力场 尿素 缬氨酸二肽 电荷分布
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应用ABEEM方法计算烷烃的分子能量 被引量：3
10
作者 杨忠志 崔宗慧 赵东霞 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2010年第1期46-50,共5页
将分子力场中的能量项加入到原子-键电负性均衡方法(ABEEM)的能量表达式中,获得了计算烷烃分子能量的方法.选取13个简单烷烃分子CnH2n+2(n=1～6)作为模型分子,调节分子中不同类型的碳和氢原子的价态能量参数.应用这些价态能量参数计算... 将分子力场中的能量项加入到原子-键电负性均衡方法(ABEEM)的能量表达式中,获得了计算烷烃分子能量的方法.选取13个简单烷烃分子CnH2n+2(n=1～6)作为模型分子,调节分子中不同类型的碳和氢原子的价态能量参数.应用这些价态能量参数计算了55个烷烃分子CnH2n+2(n=7～12)的能量.所计算的能量与用MP2/6-311+G(d,p)方法下得到的68个烷烃分子能量相比较,它们的绝对偏差在0.0004～2kcal/mol之间,相对偏差在0.0058×10-6%～9.9795×10-6%之间.也可以计算直链烷烃分子CnH2n+2(n=4～6)不同构象的分子能量和构象能,ABEEM方法可以很好的重复MP2方法的结果.验证了利用ABEEM方法计算分子能量是精确的和可靠的,参数具有一定的可转移性和一致性.另外,使用该方法能非常快速地计算分子能量.使用MP2方法计算正十二烷的能量,需要4334s,而使用ABEEM方法仅用0.1093s,计算速度比MP2方法大约快4万倍.ABEEM方法能精确和快速地计算分子能量,为计算其他分子能量,如二肽,多肽等有机生物分子提供了1种方法. 展开更多
关键词 abeem方法 烷烃 分子能量 构象能
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ABEEM方法预测响应函数 被引量：7
11
作者 王长生 杨忠志 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2000年第11期1723-1726,共4页
在密度泛函理论和原子 -键电负性均衡模型基础上 ,定义了与化学键有关的响应函数以及化学键区域的 Fukui函数 ,建立了一套快速确定分子中各区域 (包括原子区域和化学键区域 )响应函数的新方法 .对大量分子的响应函数的计算结果表明 ,该... 在密度泛函理论和原子 -键电负性均衡模型基础上 ,定义了与化学键有关的响应函数以及化学键区域的 Fukui函数 ,建立了一套快速确定分子中各区域 (包括原子区域和化学键区域 )响应函数的新方法 .对大量分子的响应函数的计算结果表明 ,该方法得到的响应函数可以较好地预测分子中各点的反应活性 ,并更加快捷省时 ,展示了原子 -键电负性均衡模型的广阔应用前景 . 展开更多
关键词 响应函数 化学键 abeem 密度泛函 分子反应性
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ABEEMσπ/MM模型对蛋白质G_A88/G_B88水溶液动力学性质的研究 被引量：4
12
作者 杨忠志 王晶晶 刘翠 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2012年第4期493-498,共6页
应用ABEEMσπ/MM(σπ水平的原子与键电负性均衡方法融合进分子力学)浮动电荷模型以及显性ABEEM-7P水模型,对GA88和GB88两个蛋白质分子进行了分子动力学模拟.分析了2个蛋白质的动力学性质,包括蛋白质的回旋半径、疏水表面积和亲水表面... 应用ABEEMσπ/MM(σπ水平的原子与键电负性均衡方法融合进分子力学)浮动电荷模型以及显性ABEEM-7P水模型,对GA88和GB88两个蛋白质分子进行了分子动力学模拟.分析了2个蛋白质的动力学性质,包括蛋白质的回旋半径、疏水表面积和亲水表面积、各类原子位置的均方根偏差以及氢键分布.通过对比水溶液和真空下2个蛋白质的回旋半径,表明该模型很好地体现了蛋白质的"电致紧缩"现象;对疏水表面积和亲水表面积的计算表明,GB88中残基与溶剂的相互作用更强一些;非氢原子位置的均方根偏差及氢键分布情况与实验结构相比较表明,ABEEMσπ/MM浮动电荷模型模拟的GA88和GB88的结构与实验结构有很好的一致性,进而说明该模型的合理性和参数的可转移性. 展开更多
关键词 分子动力学模拟 浮动电荷力场 abeemσπ MM GA88 GB88 回旋半径 氢键分布
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精密从头算与ABEEM/MM模型对水团簇(H_2O)_(11)9种低能结构的计算 被引量：3
13
作者 杨忠志 刘永军 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第5期928-934,共7页
用精密从头算方法研究了(H2O)11的9种低能异构体的性质,包括优化的几何结构、结合能、偶极矩和氢键个数等,并且得出了515-a是(H2O)11的全局最低能结构.同时,也用ABEEM/MM(atom bond electronegativity equalization method/mole cular m... 用精密从头算方法研究了(H2O)11的9种低能异构体的性质,包括优化的几何结构、结合能、偶极矩和氢键个数等,并且得出了515-a是(H2O)11的全局最低能结构.同时,也用ABEEM/MM(atom bond electronegativity equalization method/mole cular mechanics)模型研究了这些性质,与从头算的结果进行了比较,得到了相符合的结果.这显示了ABEEM/MM模型在描述中等大小的水分子团簇结构上是成功的. 展开更多
关键词 从头算方法 abeem/MM 最低能结构 结合能 水分子团簇
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应用ABEEM/MM模型研究异亮氨酸与水的氢键作用 被引量：3
14
作者 杨忠志 金子琳 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2011年第1期54-58,共5页
应用ABEEM/MM模型构建了异亮氨酸(Isoleucine)-水相互作用的势能函数,并将其运用到异亮氨酸与水组成的二聚体的研究中.在B3LYP/6-311++G(d,p)水平上,首先研究了异亮氨酸单体的几何构型,结果表明最稳定的构型是异亮氨酸的顺式结构,并用AB... 应用ABEEM/MM模型构建了异亮氨酸(Isoleucine)-水相互作用的势能函数,并将其运用到异亮氨酸与水组成的二聚体的研究中.在B3LYP/6-311++G(d,p)水平上,首先研究了异亮氨酸单体的几何构型,结果表明最稳定的构型是异亮氨酸的顺式结构,并用ABEEM/MM模型对其进行优化和电荷分布分析;其次研究了异亮氨酸与1个水的相互作用,通过分析氢键作用区域得到4种稳定构象,用ABEEM/MM和从头算方法计算稳定二聚体的结合能.数据表明,ABEEM/MM模型与从头算方法得到的结果有很好的一致性. 展开更多
关键词 abeem/MM 异亮氨酸 氢键作用 从头算 结合能
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应用ABEEMσπ/MM方法计算小分子肽的总能量 被引量：7
15
作者 杨忠志 赵洪伟 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2011年第3期325-329,共5页
把分子力场（MM）和原子-键电负性均衡方法（ABEEMσπ）协调融合在一起,采用ABEEMσπ/MM方法的分子能量计算方法,选取直链烷烃（n=1~10）、丙酮、丁酮、3-戊酮、N-甲基乙酰胺（NMA）、丙氨酸二肽和若干种氨基酸作为模型分子,计算模型... 把分子力场（MM）和原子-键电负性均衡方法（ABEEMσπ）协调融合在一起,采用ABEEMσπ/MM方法的分子能量计算方法,选取直链烷烃（n=1~10）、丙酮、丁酮、3-戊酮、N-甲基乙酰胺（NMA）、丙氨酸二肽和若干种氨基酸作为模型分子,计算模型分子能量,从而得到不同类型原子价态能量参数.应用这些原子价态能量参数,计算小分子肽的能量.把所得结果与从头算（MP2/6-311＋＋G（d,p））方法计算的结果相比,得出小分子肽能量的绝对偏差小于9.000 0 kcal/mol,相对偏差小于19.000 0×10-6,且均方根偏差3.450 0 kcal/mol,相对均方根偏差6.919 0×10-6.以上结果表明,ABEEMσπ/MM方法计算的分子能量结果与从头算（MP2/6-311＋＋G（d,p））方法计算的结果具有较好的一致性,此外,用ABEEMσπ/MM方法计算分子能量要远远快于从头算（MP2/6-311＋＋G（d,p））方法. 展开更多
关键词 abeemΣΠ/MM 从头算 小分子肽 分子能量 原子价态能量参数
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应用ABEEM／MM力场模型研究水分子团簇(H2O)n(n=7～35)的性质 被引量：2
16
作者 杨忠志 钱萍 赵东霞 《分子科学学报》 CAS CSCD 2008年第2期107-126,共20页
应用ABEEM/MM模型研究和计算了水分子团簇(H2O)n(n=7～35)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度、团簇的递增结合能等,并描述了六聚水区域中所反映的从二维结构... 应用ABEEM/MM模型研究和计算了水分子团簇(H2O)n(n=7～35)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度、团簇的递增结合能等,并描述了六聚水区域中所反映的从二维结构(从二聚水到五聚水)到三维结构(n>6的水分子团簇)的过渡,又进一步地预测了从立方体结构到笼状结构的过渡出现在n=12的水分子团簇中,随着类似于笼状结构特点的不断增强,五元环的富集程度有所增加.以上研究不仅系统研究和分析了水团簇的各种性质,而且对比Abini-tio研究和实验结果,进一步验证了ABEEM/MM模型的合理性以及参数的正确性和可转移性. 展开更多
关键词 水分子团簇 原子-键电负性均衡方法 abeem/MM模型 分子力场 Ab initio研究
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应用ABEEM σπ模型研究含氮杂环化合物的电荷分布 被引量：3
17
作者 宫利东 徐燕 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2008年第1期64-66,共3页
应用在密度泛函理论和电负性均衡原理基础上发展的原子-键电负性均衡方法的σπ模型(即ABEEM σπ模型),并结合自编程序,对5种典型的含氮杂环化合物的电荷分布进行了计算.计算结果表明,所得的电荷分布可以和从头计算结果有非常好的一致... 应用在密度泛函理论和电负性均衡原理基础上发展的原子-键电负性均衡方法的σπ模型(即ABEEM σπ模型),并结合自编程序,对5种典型的含氮杂环化合物的电荷分布进行了计算.计算结果表明,所得的电荷分布可以和从头计算结果有非常好的一致性,进一步验证了ABEEM 展开更多
关键词 abeemΣΠ模型 杂环化合物 电荷分布
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ABEEMσπ/MM模型下8种类型氢键的氢键拟合函数 被引量：4
18
作者 杨忠志 刘夏 《北华大学学报（自然科学版）》 CAS 2013年第4期403-408,共6页
在ABEEMσπ/MM浮动电荷模型下,为了防止电荷过度极化,提高力场的准确性,引入了氢键拟合函数klp,H(Rlp,H)在氢键相互作用区域代替总校正系数k来描述氢键相互作用.选取了8个模型小分子二聚体,通过拟合在氢键两个区域之间不同距离时从头... 在ABEEMσπ/MM浮动电荷模型下,为了防止电荷过度极化,提高力场的准确性,引入了氢键拟合函数klp,H(Rlp,H)在氢键相互作用区域代替总校正系数k来描述氢键相互作用.选取了8个模型小分子二聚体,通过拟合在氢键两个区域之间不同距离时从头计算结果的结合能,来拟合ABEEMσπ/MM方法下的氢键拟合函数.应用该氢键拟合函数在ABEEMσπ/MM方法下计算小分子二聚体的结合能,与从头算方法得到的结合能有很好的一致性.同时对具有同样类型氢键的其他二聚体的结合能进行了计算,与从头算结果相近,说明这些函数具有良好的可转移性. 展开更多
关键词 氢键拟合函数 abeemσπ MM 从头算 模型小分子二聚体 结合能
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应用PCM和ABEEM/GBr4-SA模型计算二肽的溶剂化自由能 被引量：2
19
作者 赵东霞 郭威威 马悦 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2015年第3期344-348,共5页
使用B3LYP/6-311++G(d,p)方法优化了极性的Gly、Ser、Cys、Asn、Gln和Thr二肽以及非极性的Ala、Pro、Val、Met、Leu、Ile、Phe和Trp二肽的结构,然后使用MP2/aug-cc-pvdz/PCM方法分别计算了这些二肽在水、四氢呋喃、氯仿和四氯化碳溶剂... 使用B3LYP/6-311++G(d,p)方法优化了极性的Gly、Ser、Cys、Asn、Gln和Thr二肽以及非极性的Ala、Pro、Val、Met、Leu、Ile、Phe和Trp二肽的结构,然后使用MP2/aug-cc-pvdz/PCM方法分别计算了这些二肽在水、四氢呋喃、氯仿和四氯化碳溶剂中的溶剂化自由能.应用ABEEMσπ浮动电荷极化分子力场,在298K、NVT系综下分别对这些二肽的水溶液进行分子动力学模拟.模拟了1ns后,计算骨架原子坐标与初始结构相比的均方根偏差.使用ABEEM/GBr4-SA模型计算这些二肽的溶剂可及表面积和溶剂化自由能.获得其溶剂可及表面积与自身原子数成正比.比较了ABEEM/GBr4-SA模型所计算的氨基酸二肽分子的溶剂化自由能与从头算所获得的结果,两者有很好的线性关系.说明该模型和力场参数是合理的,可应用到这些氨基酸多肽的溶剂化自由能的研究中. 展开更多
关键词 abeemσπ浮动电荷极化分子力场 二肽 分子动力学模拟 溶剂可及表面积 溶剂化自由能
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应用ABEEM/MM蛋白质力场模型研究半胱氨酸二肽构象的性质 被引量：3
20
作者 卢丽男 杨忠志 《分子科学学报》 CAS CSCD 2006年第2期89-95,共7页
ABEEM/MM蛋白质力场模型是应用于蛋白质体系的原子-键电负性均衡方法(ABEEM)与力场(MM)相结合的浮动电荷模型.该模型能够准确地描述分子在环境变化时的静电极化,并能快速计算气态和溶液多肽的结构和能量.首次应用ABEEM/MM蛋白质力场模... ABEEM/MM蛋白质力场模型是应用于蛋白质体系的原子-键电负性均衡方法(ABEEM)与力场(MM)相结合的浮动电荷模型.该模型能够准确地描述分子在环境变化时的静电极化,并能快速计算气态和溶液多肽的结构和能量.首次应用ABEEM/MM蛋白质力场模型研究半胱氨酸二肽构象的性质,如构象能、氢键等.此外,应用从头计算HF/6-31G**方法对其性质进行计算.ABEEM/MM蛋白质力场模型可以快速准确地得到半胱氨酸二肽分子不同稳定构象的性质,其结果可以和从头计算相媲美.以上研究有助于加深对半胱氨酸二肽构象性质的了解,从而也为进一步验证ABEEM/MM蛋白质力场模型的正确性以及参数的合理性提供可靠的依据. 展开更多
关键词 abeem/MM蛋白质力场模型 浮动电荷 半胱氨酸二肽构象
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