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Sr^(2+)和Ba^(2+)水分子体系结构和结合能的从头算和ABEEM/MM研究 被引量:11
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作者 刘燕 王芳芳 +3 位作者 于春阳 刘翠 宫利东 杨忠志 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第2期379-387,共9页
应用从头算方法和ABEEM/MM浮动电荷分子力场,研究了水合碱土离子团簇Sr2+/Ba2+(H2O)n(n=1-6),构建了离子-水相互作用的ABEEM/MM势能函数,获得了水合离子团簇的稳定结构,计算了结合能.计算结果表明,ABEEM/MM方法的结果和从头算方法的结... 应用从头算方法和ABEEM/MM浮动电荷分子力场,研究了水合碱土离子团簇Sr2+/Ba2+(H2O)n(n=1-6),构建了离子-水相互作用的ABEEM/MM势能函数,获得了水合离子团簇的稳定结构,计算了结合能.计算结果表明,ABEEM/MM方法的结果和从头算方法的结果有很好的一致性.进一步应用ABEEM/MM对Sr2+和Ba2+水溶液进行了分子动力学模拟.对Sr2+水溶液,得到的Sr2+-水中氧原子的径向分布函数的第一和第二最高峰分别位于0.257和0.464nm处,第一和第二水合层的配位水分子数分别为9.2和11.4;对Ba2+水溶液,得到的Ba2+与水中氧原子的径向分布函数的第一和第二最高峰分别位于0.269和0.467nm处,第一和第二水合层的配位水分子数分别为9.9和12.4.这与实验值或其它理论模拟结果有较好的一致性.对比外层的水分子,金属离子的极化作用使得溶液中第一水合层中水分子的O―H键长增长,HOH键角减小. 展开更多
关键词 水合金属离子团簇 离子溶剂化 从头算方法 abeem/mm浮动电荷分子力场 相互作用能
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血红素近轴侧基氢键的ABEEM/MM分子动力学模拟 被引量:11
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作者 杨忠志 崔宝秋 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第9期1332-1336,共5页
应用ABEEM/MM浮动电荷力场对鲸鱼肌红蛋白及突变体进行了分子动力学模拟.结果表明,血红素近轴侧基不存在稳定的双氢键,该氢键对轴配体咪唑的取向不起决定性作用,而咪唑的取向与键联的组氨酸有密切联系.同时表明,血红素轴配体的柔性与其... 应用ABEEM/MM浮动电荷力场对鲸鱼肌红蛋白及突变体进行了分子动力学模拟.结果表明,血红素近轴侧基不存在稳定的双氢键,该氢键对轴配体咪唑的取向不起决定性作用,而咪唑的取向与键联的组氨酸有密切联系.同时表明,血红素轴配体的柔性与其邻近的氨基酸和咪唑体积有关. 展开更多
关键词 abeem/mm力场 动力学模拟 血红素 咪唑基 氢键
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微过氧化物酶水溶液的ABEEM/MM动力学模拟 被引量:5
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作者 崔宝秋 宫利东 赵东霞 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第6期1035-1040,共6页
应用原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对微过氧化物酶水溶液进行了分子动力学模拟.研究了水溶液对微过氧化物酶的结构,血红素的皱裂构象以及轴配体咪唑基的取向的影响.结果表明,在水溶液中微过氧化物酶的骨架氨基酸是稳定... 应用原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对微过氧化物酶水溶液进行了分子动力学模拟.研究了水溶液对微过氧化物酶的结构,血红素的皱裂构象以及轴配体咪唑基的取向的影响.结果表明,在水溶液中微过氧化物酶的骨架氨基酸是稳定的,而血红素的皱裂构象在水分子的作用下趋于平面.与血红素轴配体咪唑基键连的组氨酸决定着咪唑基的空间取向,而咪唑基与血红素侧链的丙酸基的静电作用对其取向仅起次要作用. 展开更多
关键词 abeem/mm浮动电荷分子力场 微过氧化物酶 血红素 构象 分子动力学模拟
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应用ABEEM/MM模型研究水分子团簇(H_2O)_n(n=11~16)的性质 被引量:9
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作者 钱萍 杨忠志 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第5期561-568,共8页
应用ABEEM/MM模型计算了较大的水分子团簇(H2O)n(n=11 ̄16)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度,增加的团簇结合能等.结果表明,从立方体结构到笼状结构的过渡... 应用ABEEM/MM模型计算了较大的水分子团簇(H2O)n(n=11 ̄16)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度,增加的团簇结合能等.结果表明,从立方体结构到笼状结构的过渡出现在n=12的水分子团簇中,随着类似于笼状结构特点的不断增强,五元环的富集程度有所增加. 展开更多
关键词 abeem/mm模型 原子-键电负性均衡方法 分子力场 水分子团簇
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应用ABEEM/MM方法研究尿素与缬氨酸二肽间的相互作用 被引量:6
5
作者 赵丹 宫利东 邢永恒 《北华大学学报(自然科学版)》 CAS 2008年第3期213-216,共4页
对尿素与二肽的相互作用的研究可为探讨尿素致蛋白质变性的机理提供基础.应用ABEEM/MM方法,对尿素和缬氨酸二肽间的相互作用进行了理论研究.结果表明,尿素对缬氨酸二肽的几何结构影响很大,使其骨架二面角发生了明显的扭转.此外... 对尿素与二肽的相互作用的研究可为探讨尿素致蛋白质变性的机理提供基础.应用ABEEM/MM方法,对尿素和缬氨酸二肽间的相互作用进行了理论研究.结果表明,尿素对缬氨酸二肽的几何结构影响很大,使其骨架二面角发生了明显的扭转.此外,用该方法计算的电荷分布和键长、键角、二面角等结构参数,都与从头算的结果有很好的一致性. 展开更多
关键词 abeem/mm浮动电荷分子力场 尿素 缬氨酸二肽 电荷分布
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精密从头算与ABEEM/MM模型对水团簇(H_2O)_(11)9种低能结构的计算 被引量:3
6
作者 杨忠志 刘永军 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第5期928-934,共7页
用精密从头算方法研究了(H2O)11的9种低能异构体的性质,包括优化的几何结构、结合能、偶极矩和氢键个数等,并且得出了515-a是(H2O)11的全局最低能结构.同时,也用ABEEM/MM(atom bond electronegativity equalization method/mole cular m... 用精密从头算方法研究了(H2O)11的9种低能异构体的性质,包括优化的几何结构、结合能、偶极矩和氢键个数等,并且得出了515-a是(H2O)11的全局最低能结构.同时,也用ABEEM/MM(atom bond electronegativity equalization method/mole cular mechanics)模型研究了这些性质,与从头算的结果进行了比较,得到了相符合的结果.这显示了ABEEM/MM模型在描述中等大小的水分子团簇结构上是成功的. 展开更多
关键词 从头算方法 abeem/mm 最低能结构 结合能 水分子团簇
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应用ABEEM/MM模型研究异亮氨酸与水的氢键作用 被引量:3
7
作者 杨忠志 金子琳 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2011年第1期54-58,共5页
应用ABEEM/MM模型构建了异亮氨酸(Isoleucine)-水相互作用的势能函数,并将其运用到异亮氨酸与水组成的二聚体的研究中.在B3LYP/6-311++G(d,p)水平上,首先研究了异亮氨酸单体的几何构型,结果表明最稳定的构型是异亮氨酸的顺式结构,并用AB... 应用ABEEM/MM模型构建了异亮氨酸(Isoleucine)-水相互作用的势能函数,并将其运用到异亮氨酸与水组成的二聚体的研究中.在B3LYP/6-311++G(d,p)水平上,首先研究了异亮氨酸单体的几何构型,结果表明最稳定的构型是异亮氨酸的顺式结构,并用ABEEM/MM模型对其进行优化和电荷分布分析;其次研究了异亮氨酸与1个水的相互作用,通过分析氢键作用区域得到4种稳定构象,用ABEEM/MM和从头算方法计算稳定二聚体的结合能.数据表明,ABEEM/MM模型与从头算方法得到的结果有很好的一致性. 展开更多
关键词 abeem/mm 异亮氨酸 氢键作用 从头算 结合能
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应用ABEEM/MM蛋白质力场模型研究半胱氨酸二肽构象的性质 被引量:3
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作者 卢丽男 杨忠志 《分子科学学报》 CAS CSCD 2006年第2期89-95,共7页
ABEEM/MM蛋白质力场模型是应用于蛋白质体系的原子-键电负性均衡方法(ABEEM)与力场(MM)相结合的浮动电荷模型.该模型能够准确地描述分子在环境变化时的静电极化,并能快速计算气态和溶液多肽的结构和能量.首次应用ABEEM/MM蛋白质力场模... ABEEM/MM蛋白质力场模型是应用于蛋白质体系的原子-键电负性均衡方法(ABEEM)与力场(MM)相结合的浮动电荷模型.该模型能够准确地描述分子在环境变化时的静电极化,并能快速计算气态和溶液多肽的结构和能量.首次应用ABEEM/MM蛋白质力场模型研究半胱氨酸二肽构象的性质,如构象能、氢键等.此外,应用从头计算HF/6-31G**方法对其性质进行计算.ABEEM/MM蛋白质力场模型可以快速准确地得到半胱氨酸二肽分子不同稳定构象的性质,其结果可以和从头计算相媲美.以上研究有助于加深对半胱氨酸二肽构象性质的了解,从而也为进一步验证ABEEM/MM蛋白质力场模型的正确性以及参数的合理性提供可靠的依据. 展开更多
关键词 abeem/mm蛋白质力场模型 浮动电荷 半胱氨酸二肽构象
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用从头算和ABEEM/MM法研究水分子团簇增长方式 被引量:2
9
作者 金彦 杨忠志 《河南科技大学学报(自然科学版)》 CAS 2007年第2期96-101,共6页
应用从头计算方法和ABEEM/MM模型,模拟了以单环(H2O)n(n=3-6)为片段的水分子团簇初步增长的各种可能方式,得到该系列团簇的稳定结构。总结了结合能、氢键强度、电荷分布、氢键几何参数等性质在团簇增长过程中的变化趋势。ABEEM... 应用从头计算方法和ABEEM/MM模型,模拟了以单环(H2O)n(n=3-6)为片段的水分子团簇初步增长的各种可能方式,得到该系列团簇的稳定结构。总结了结合能、氢键强度、电荷分布、氢键几何参数等性质在团簇增长过程中的变化趋势。ABEEM/MM方法的几何构型优化结果、氢键几何参数与从头算方法在数值上符合较好;在氢键强度和氧原子所带电荷数的平均值方面,与从头算方法所得变化趋势完全一致。 展开更多
关键词 abeem/mm方法 水分子团簇 氢键
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利用ABEEM/MM模型对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象的研究
10
作者 张霞 张强 杨忠志 《渤海大学学报(自然科学版)》 CAS 2006年第4期295-299,共5页
应用ABEEM/MM浮动电荷模型(原子-键电负性均衡方法融合进分子力场)对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象进行了初步的研究,与经典的力场模型相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加... 应用ABEEM/MM浮动电荷模型(原子-键电负性均衡方法融合进分子力场)对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象进行了初步的研究,与经典的力场模型相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等非原子中心电荷位点,合理的体现了分子中的电荷分布。相对其他极化力场模型,该模型具有计算量较小的特点。结果表明:我们模型计算的两种二肽分子的构象能和关键二面角结构与从头计算结果符合得很好,优于其他力场模型。 展开更多
关键词 丝氨酸残基二肽 苏氨酸残基二肽 原子-键电负性均衡方法融合进分子力场 (abeem/mm)构象 极化力场
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应用ABEEM/MM方法对生物小分子CH_3CONH_2(H_2O)_n(n=1~3)团簇的理论研究
11
作者 杨忠志 刘鸿雁 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2007年第1期61-64,共4页
应用ABEEM/MM方法对由乙酰胺结合1-3个水分子形成的9种团簇进行研究,并把由该方法计算出的结果同从头算的结果进行比较.得出:在CH3CONH2(H2O)n(n=1-3)团簇中,氢键作用是主要的;随着水分子数的增加,团簇的稳定性随之增强;同时,对于结合... 应用ABEEM/MM方法对由乙酰胺结合1-3个水分子形成的9种团簇进行研究,并把由该方法计算出的结果同从头算的结果进行比较.得出:在CH3CONH2(H2O)n(n=1-3)团簇中,氢键作用是主要的;随着水分子数的增加,团簇的稳定性随之增强;同时,对于结合相同水分子数的团簇而言,其稳定性也随着形成氢键的类型及数目的不同而有所差别.另外,ABEEM/MM方法在几何构型优化和相互作用能计算方面,也与从头算方法得到了较好的吻合. 展开更多
关键词 乙酰胺 团簇 分子间相互作用 氢键Iabeem/mm方法
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应用ABEEM/MM模型研究甘氨酸与水的氢键作用 被引量:6
12
作者 杨忠志 马艳伟 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2009年第2期185-189,共5页
应用原子-键电负性均衡方法中的浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),我们构建了1个新的甘氨酸(Glycine)-水势能函数,并将其应用到甘氨酸与水组成的二聚体的研究中.首先研究了甘氨酸单体的几何构型,构型结果与可获得的实验数据显示了很好的一致... 应用原子-键电负性均衡方法中的浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),我们构建了1个新的甘氨酸(Glycine)-水势能函数,并将其应用到甘氨酸与水组成的二聚体的研究中.首先研究了甘氨酸单体的几何构型,构型结果与可获得的实验数据显示了很好的一致性;根据对甘氨酸中氮原子和氧原子的孤对电子电荷分布的ABEEM/MM方法分析,可以解释水与作用点形成氢键的强弱;进而研究了甘氨酸与1个水作用的结合能,ABEEM/MM模型与从头计算方法得到的结果显示了很好的一致性.表明我们势能函数的合理性以及参数的正确性. 展开更多
关键词 原子-键电负性均衡方法中的浮动电荷分子力场 甘氨酸 氢键作用 结合能
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原子-键电负性均衡方法融合进分子力场(ABEEM/MM)应用于蛋白质分子(Crambin)模拟 被引量:9
13
作者 张强 杨忠志 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2005年第12期2345-2347,共3页
建立应用于多肽和蛋白质模拟的ABEEM/MM浮动电荷力场.利用该模型和参数,对实际蛋白质分子Cramb in(植物种子中的一种小的蛋白质)进行模拟,得到了满意的结果,为其更广泛的应用开辟了道路.
关键词 原子-键电负性均衡方法 分子力场 CRAMBIN
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应用ABEEM/MM研究Al(Ⅲ)离子水分子体系
14
作者 彭楠 宫利东 《当代化工》 CAS 2012年第9期922-923,929,共3页
采用高水平的从头算方法,对铝离子水分子团簇Al3+-(H2O)n(n=1-6)在MP2/6-31++G(d,p)水平下进行了结构的研究。采用了BSSE校正且在MP2/6-311++G(2d,2p)水平下对能量进行了计算,并运用原子-键电负性均衡浮动电荷模型(ABEEM/MM),确定了Al3+... 采用高水平的从头算方法,对铝离子水分子团簇Al3+-(H2O)n(n=1-6)在MP2/6-31++G(d,p)水平下进行了结构的研究。采用了BSSE校正且在MP2/6-311++G(2d,2p)水平下对能量进行了计算,并运用原子-键电负性均衡浮动电荷模型(ABEEM/MM),确定了Al3+-H2O的参数,将Al3+-H2O参数应用于Al3+-(H2O)n(n=1-6)体系中,计算内容包括结合能和连续结合能等,所得结果和从头算的结果符合较好。 展开更多
关键词 铝离子水分子团簇 abeem/mm模型 结构优化计算
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An investigation of crambin and BPTI based on ABEEM/MM model 被引量:1
15
作者 Qing Mei Guan Dong Xia Zhao Zhong Zhi Yang 《Chinese Chemical Letters》 SCIE CAS CSCD 2007年第12期1554-1556,共3页
Molecular dynamics simulation studies on crambin, BPTI (298 K, in vacuo) have been performed by ABEEM/MM method. Some structural properties were discussed. The results show fair consistency with those from X-ray exp... Molecular dynamics simulation studies on crambin, BPTI (298 K, in vacuo) have been performed by ABEEM/MM method. Some structural properties were discussed. The results show fair consistency with those from X-ray experiment. Moreover, ABEEM/MM model can properly describe the interactions of hydrogen bond of protein systems. 展开更多
关键词 abeem/mm method CRAMBIN BPTI Molecular dynamics simulations
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应用ABEEM/MM力场探究Na^+与氮-甲基乙酰胺及水的相互作用
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作者 潘一鸣 张静 +4 位作者 田博 姚菁菁 宫利东 刘翠 杨忠志 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2018年第11期2468-2476,共9页
应用量子化学方法 MP2/6-311++G(d,p)//B3LYP/6-31+G(d,p)和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对[Na(H_2O)n]+(n=3~8),[Na(NMA)n]+(n=3~8)和[Na(NMA)n(H_2O)m]+(n+m=4,6)(NMA=氮-甲基乙酰胺)体系的结构、结合能和电荷分... 应用量子化学方法 MP2/6-311++G(d,p)//B3LYP/6-31+G(d,p)和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对[Na(H_2O)n]+(n=3~8),[Na(NMA)n]+(n=3~8)和[Na(NMA)n(H_2O)m]+(n+m=4,6)(NMA=氮-甲基乙酰胺)体系的结构、结合能和电荷分布进行研究.在计算结果的基础上,构建上述体系的ABEEM/MM可极化势能函数,优选并确定相关参数.结果表明,ABEEM/MM的计算结果与量子化学的计算结果相符:Na+与配体间距离的平均绝对偏差(AAD)小于0. 007 nm,相对均方根偏差(RRMSD)小于3. 5%,夹角的AAD小于2. 4°,RRMSD小于2. 0%,结合能的AAD小于8. 9 k J/mol,RRMSD小于12. 4%;ABEEM/MM电荷分布与量子力学(QM)电荷分布的线性相关系数在0. 97以上. 展开更多
关键词 原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场 钠离子 氮-甲基乙酰胺 可极化力场
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发展尿素与丙氨酸二肽相互作用的ABEEM/MM可极化力场
17
作者 胡端羽 刘林林 +1 位作者 宫利东 杨忠志 《分子科学学报》 CAS 北大核心 2023年第6期491-500,共10页
基于ABEEM/MM浮动电荷模型,尝试建立了一个新的可合理描述尿素-丙氨酸二肽-水分子之间相互作用的可极化力场.采用量子力学(QM)ωB97X-D/6-311++G(3df, 2p)//MP2/aug-cc-pVTZ方法对(Urea)(Ala)2的结构、电荷分布及结合能进行计算,以及HF/... 基于ABEEM/MM浮动电荷模型,尝试建立了一个新的可合理描述尿素-丙氨酸二肽-水分子之间相互作用的可极化力场.采用量子力学(QM)ωB97X-D/6-311++G(3df, 2p)//MP2/aug-cc-pVTZ方法对(Urea)(Ala)2的结构、电荷分布及结合能进行计算,以及HF/STO-3G方法计算电荷分布.构建尿素-丙氨酸二肽-水体系的ABEEM/MM势能函数,基于QM计算结果,优选确定相关参数.结果表明,与QM相比,ABEEM/MM获得的(Urea)(Ala)_(2)的键长、键角、二面角和结合能的AAD(平均绝对偏差),RMSD(均方根偏差)和RRMSD(相对均方根偏差)分别为0.000 8 nm, 0.001 4 nm, 1.2%;1.36°,1.72°,1.5%;4.10°,5.56°,5.0%;6.07 kJ·mol^(-1),6.82 kJ·mol^(-1)和10.2%,电荷分布的线性相关系数为0.988.将上述势能函数应用于(Ala)2(Urea)2(H2O)6体系,以检验势能函数的合理性和参数的可转移性.与QM相比,ABEEM/MM获得的键长、键角、二面角和结合能的AAD,RMSD,RRMSD分别为0.001 0 nm, 0.001 5 nm, 1.3%;1.23°,1.67°,1.5%;1.74°,2.37°,5.5%;9.33 kJ·mol^(-1),10.63 kJ·mol^(-1)和2.7%,电荷分布的线性相关系数为0.984.这表明ABEEM/MM和QM的结果有很好的一致性.所建立的ABEEM/MM势能函数可以合理描述尿素-丙氨酸二肽-水体系的结构、能量和电荷分布,为进一步建立尿素致蛋白质变性微观机制的ABEEM/MM浮动电荷力场打下基础. 展开更多
关键词 abeem/mm 丙氨酸二肽 尿素 蛋白质变性
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ABEEM/MM浮动电荷力场应用于血红素结构的研究 被引量:6
18
作者 崔宝秋 管清梅 +2 位作者 宫利东 赵东霞 杨忠志 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第3期585-590,共6页
运用拟合的参数,应用ABEEM/MM浮动电荷力场对血红素分子结构进行了模拟.结果表明,该力场与CHARMM力场相比,能更好地模拟晶体结构.计算的ruffing构象能与B3LYP/6-31G*计算结果的线性相关系数在0.98以上,同时表明血红素分子中twist-angle... 运用拟合的参数,应用ABEEM/MM浮动电荷力场对血红素分子结构进行了模拟.结果表明,该力场与CHARMM力场相比,能更好地模拟晶体结构.计算的ruffing构象能与B3LYP/6-31G*计算结果的线性相关系数在0.98以上,同时表明血红素分子中twist-angle对ruffing构象具有明显影响.ABEEM/MM力场计算的细胞色素c552中血红素分子的电荷分布与CHARMM固定电荷力场的比较,更准确地反映了血红素分子的电荷分布以及极化现象. 展开更多
关键词 abeem/mm力场 血红素 几何结构 构象能 电荷分布
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水合氢离子团簇从头算和ABEEM/MM的理论研究 被引量:6
19
作者 杨忠志 孟祥凤 +1 位作者 赵东霞 宫利东 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第18期2074-2080,共7页
应用高水平的从头计算方法和ABEEM/MM模型,研究了水合氢离子团簇H3O+(H2O)n(n=1~6),优化得到了低能构象,探讨了其结合能和稳定性,显示出H3O+(H2O)3局域结构的优势存在.对H3O+(H2O)6VIa团簇的ABEEM电荷分布进行分析,表明第一水合层水分... 应用高水平的从头计算方法和ABEEM/MM模型,研究了水合氢离子团簇H3O+(H2O)n(n=1~6),优化得到了低能构象,探讨了其结合能和稳定性,显示出H3O+(H2O)3局域结构的优势存在.对H3O+(H2O)6VIa团簇的ABEEM电荷分布进行分析,表明第一水合层水分子与水合氢离子之间的氢键相互作用要明显强于与第二水层水分子的氢键相互作用.研究结果表明,ABEEM/MM方法计算的结果和从头算得到的结果存在很好的一致性. 展开更多
关键词 水合氢离子 从头计算方法 abeem/mm模型
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原子-键电负性均衡方法融合进分子力场(ABEEM/MM)应用于蛋白质BPTI水溶液的分子动力学模拟 被引量:4
20
作者 管清梅 崔宝秋 +2 位作者 赵东霞 宫利东 杨忠志 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第15期1739-1742,共4页
利用ABEEM/MM浮动电荷模型对蛋白质BPTI分子的水溶液进行了分子动力学模拟,验证了模拟参数(包括ABEEM参数和力场参数)的正确性以及可转移性.结果表明,对蛋白质BPTI水溶液模拟所得的蛋白质中各类非氢原子的位置与实验晶体结构相比的均方... 利用ABEEM/MM浮动电荷模型对蛋白质BPTI分子的水溶液进行了分子动力学模拟,验证了模拟参数(包括ABEEM参数和力场参数)的正确性以及可转移性.结果表明,对蛋白质BPTI水溶液模拟所得的蛋白质中各类非氢原子的位置与实验晶体结构相比的均方根位移偏差较小,即模拟所得的BPTI结构与实验晶体结构具有较好的一致性;计算得到的径向分布函数表明,ABEEM/MM模型很好地体现了蛋白质和周围水分子的静电极化,并且溶质与溶剂之间强烈的氢键作用使溶液中BPTI分子的体积变大. 展开更多
关键词 abeem/mm 浮动电荷模型 BPTI水溶液 均方根位移偏差 径向分布函数
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