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水稻抗稻瘟病近等基因系的cDNA微阵列分析 被引量：14
1
作者 饶志明 董海涛 +4 位作者 庄杰云 柴荣耀 樊叶杨 李德葆 郑康乐 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第10期887-893,共7页
应用cDNA微阵列对来源于中 15 6 /谷梅 2号重组自交系的水稻抗稻瘟病近等基因系G2 0 5和G71的稻瘟病菌胁迫基因表达谱进行了分析 ,发现有 3个cDNA克隆的表达仅在抗病基因系G2 0 5接种病原菌 12h后受到诱导 ,其中两个为功能已知基因 ,另... 应用cDNA微阵列对来源于中 15 6 /谷梅 2号重组自交系的水稻抗稻瘟病近等基因系G2 0 5和G71的稻瘟病菌胁迫基因表达谱进行了分析 ,发现有 3个cDNA克隆的表达仅在抗病基因系G2 0 5接种病原菌 12h后受到诱导 ,其中两个为功能已知基因 ,另一个为功能未知的新基因。另有 35个差异表达克隆在两个近等基因系中均检测到 ,其中 17个克隆的表达在G2 0 5和G71均受到病原菌的诱导 ,另外 18个克隆的表达则在G2 0 5和G71均受到病原菌的抑制。序列分析表明 ,这些稻瘟病菌应答基因分别与防卫反应、信号传递、逆境胁迫和光合作用及糖代谢等功能相关 ,为植物抗病机制提供了相关信息。另外 ,Northern还证实了编码富含甘氨酸蛋白基因 (GlycinerichproteinGrp)的表达受稻瘟病病原菌的诱导 ,是一个稻瘟病诱导相关基因。 展开更多
关键词 水稻 抗稻瘟病近等基因系 cdna微阵列分析 表达谱 抗病性
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用cDNA微阵列技术研究HBV X基因与AFB_1对HBVx转基因小鼠药物代谢酶基因表达谱的影响 被引量：6
2
作者 张豪 孙桂菊 +3 位作者 屠红 金晏 许丽 钱耕荪 《肿瘤》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期128-131,共4页
目的　研究乙型肝炎病毒X基因和黄曲霉毒素诱发小鼠肝癌过程中药物代谢酶基因表达谱的变化,探讨两因素协同致肝癌的机制。方法　用BiostarM 40s微阵列芯片比较研究HBVx组、AFB1 组和(AFB1+HBVx)组的肝组织基因表达谱与对照组的差异。结... 目的　研究乙型肝炎病毒X基因和黄曲霉毒素诱发小鼠肝癌过程中药物代谢酶基因表达谱的变化,探讨两因素协同致肝癌的机制。方法　用BiostarM 40s微阵列芯片比较研究HBVx组、AFB1 组和(AFB1+HBVx)组的肝组织基因表达谱与对照组的差异。结果　各实验组分别与对照组相比基因表达谱发生了明显的改变,各实验组上调与下调的基因数目分别为(AFB1+HBVx)组69项;AFB1 组101项;HBVx组35 项;其中与代谢酶相关的基因有18 项表达发生改变,分别为(AFB1 +HBVx)组13项(13/18,72%);HBVx组4项(4/18,22%);AFB1 组8项(8/18,44%)。结论　小鼠受到HBV X基因和AFB1双重攻击后,其体内的GST、EPHX和UDPGT等药物代谢酶基因表达水平明显低于HBVx组和AFB1 组。HBV与AFB1 协同致癌的分子机制很可能与两者引起药物代谢酶基因表达水平下调有关。 展开更多
关键词 cdna微阵列 酶类 肝 黄曲霉毒素B1 肝炎抗原 乙型 小鼠 转基因
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cDNA微阵列技术分析NAG7基因对鼻咽癌细胞基因表达谱的影响 被引量：6
3
作者 谭琛 李江 +4 位作者 彭聪 张秋红 唐珂 李小玲 李桂源 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第1期99-106,共8页
运用cDNA微阵列技术分析NAG7基因重表达对HNE1细胞基因表达谱的影响 .抽提HNE1细胞和pcDNA3 1(+) /NAG7/HNE1细胞总RNA ,分离 polyAmRNA ,将mRNA逆转录为cDNA ,并在逆转录过程中用33P dATP进行标记 ,与含有 16 15 0个基因和表达序列标签... 运用cDNA微阵列技术分析NAG7基因重表达对HNE1细胞基因表达谱的影响 .抽提HNE1细胞和pcDNA3 1(+) /NAG7/HNE1细胞总RNA ,分离 polyAmRNA ,将mRNA逆转录为cDNA ,并在逆转录过程中用33P dATP进行标记 ,与含有 16 15 0个基因和表达序列标签 (EST)的cDNA表达阵列膜杂交 ,获得基因表达图谱 .ArrayGauge软件分析NAG7基因的重表达所导致的鼻咽癌细胞HNE1基因表达谱改变 ,并用RNA印迹对微阵列杂交结果进行验证 .结果分析表明 ,2倍以上的差异表达基因或EST 179个 ,其中表达上调的 91个 ,表达下调的 88个 ;已明确基因表达产物的上调基因 2 9个 ,下调基因 37个 .在差异表达基因中 ,涉及基因转录调控、信号转导、细胞生长、细胞代谢和细胞凋亡等基因 .RNA印迹证实生长阻滞特异蛋白 1(gas 1)基因表达上调 .特别值得关注的是 ,先前的蛋白质组研究结果亦发现NAG7基因可导致生长阻滞特异蛋白 1表达上调 ,说明gas 1基因在NAG7重表达的HNE1细胞中具有重要作用 ,这为深入研究NAG7基因的作用环节和机理提供了重要的线索 . 展开更多
关键词 cdna微阵列 NAG7基因 gasl基因 鼻咽癌细胞 基因表达谱
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cDNA微阵列技术研究NaHCO_3胁迫下星星草基因表达谱 被引量：8
4
作者 刘桂丰 褚延广 +2 位作者 王玉成 杨传平 侯英杰 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期887-892,共6页
为研究NaHCO3胁迫下星星草基因的表达,分别将荧光染料Cy5-dCTP和Cy3-dCTP用反转录方法标记在处理和对照星星草cDNA上制成探针,并与载有星星草基因的cDNA芯片进行杂交。通过对芯片的杂交信号强度分析来研究基因的表达情况。分析结果显示... 为研究NaHCO3胁迫下星星草基因的表达,分别将荧光染料Cy5-dCTP和Cy3-dCTP用反转录方法标记在处理和对照星星草cDNA上制成探针,并与载有星星草基因的cDNA芯片进行杂交。通过对芯片的杂交信号强度分析来研究基因的表达情况。分析结果显示,共有25个基因在NaHCO3胁迫处理前后差异表达,其中17个基因在NaHCO3胁迫下表达下调,8个基因在NaHCO3胁迫下表达上调。生物信息学分析表明这些基因的功能涉及了信号传导与转录调控、细胞防御、细胞代谢等多个方面。从而获得了NaHCO3胁迫下星星草的基因表达谱,定量地阐述了NaHCO3胁迫和非胁迫条件下星星草基因的差异表达情况。 展开更多
关键词 星星草 cdna微阵列 NAHCO3胁迫
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应用cDNA微阵列芯片技术筛选猪蛔虫性别差异表达基因的研究 被引量：7
5
作者 邹丰才 吴绍强 +5 位作者 廖申权 林瑞庆 李明伟 宋慧群 黄翠琴 朱兴全 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期163-167,共5页
采用cDNA微阵列芯片技术,从所构建的猪蛔虫雌、雄成虫cDNA消减文库分别挑取1 044和1 119个克隆,PCR扩增其插入片段,经纯化后点样于预先处理好的基片上(双点杂交),制备成cDNA微阵列芯片。将分别标记荧光素Cy3-dUTP和Cy5-dUTP的雌虫和雄虫... 采用cDNA微阵列芯片技术,从所构建的猪蛔虫雌、雄成虫cDNA消减文库分别挑取1 044和1 119个克隆,PCR扩增其插入片段,经纯化后点样于预先处理好的基片上(双点杂交),制备成cDNA微阵列芯片。将分别标记荧光素Cy3-dUTP和Cy5-dUTP的雌虫和雄虫cDNA探针,与制备好的cDNA芯片杂交(平行进行反标杂交试验)。根据每个点杂交后的Ratio值,筛选出双点杂交和正反标中都同时具有表达差异的基因克隆共1 559个。将表达差异最明显的前831个克隆进行测序,获得720个有效序列,经生物信息学分析发现,雄虫特异表达的主要精子蛋白和雌虫特异表达的卵巢信息蛋白的基因序列多数与新杆属线虫存在同源性,有31个可能是新的ESTs。性别差异表达基因及其相关生物信息的获得为下一步研究基因功能奠定了基础。 展开更多
关键词 猪蛔虫cdna微阵列芯片 性别特异基因 表达谱分析
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采用cDNA微阵列杂交技术对垂体瘤基因表达谱的研究 被引量：5
6
作者 胡吉 王宣春 +9 位作者 沈烨 李士其 王镛斐 吴劲松 赵曜 徐斌 寿雪飞 张玉林 俞茂华 胡仁明 《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期565-570,共6页
目的应用cDNA微阵列杂交技术筛选垂体瘤组织差异表达基因,并初步讨论了差异表达基因在垂体瘤发病过程中的作用。方法用cDNA微阵列技术筛选垂体瘤组织差异表达基因,对于在3种垂体瘤中高差异表达基因用RTPCR和实时定量PCR进行初步验证。... 目的应用cDNA微阵列杂交技术筛选垂体瘤组织差异表达基因,并初步讨论了差异表达基因在垂体瘤发病过程中的作用。方法用cDNA微阵列技术筛选垂体瘤组织差异表达基因,对于在3种垂体瘤中高差异表达基因用RTPCR和实时定量PCR进行初步验证。结果用cDNA微阵列技术筛选垂体瘤组织差异表达基因按照基因功能分类,发现差异表达的基因主要与信号转导相关和发育、分化相关。PP4R2,GHRHR和clusterin分别在泌乳素瘤,生长激素瘤,无激素瘤中明显高表达,并经RTPCR,实时定量PCR等证实。结论PP4R2,GHRHR,clusterin可能分别在泌乳素瘤,生长激素瘤,无激素瘤的发生发展中发挥了重要作用。 展开更多
关键词 cdna微阵列杂交 垂体腺瘤 蛋白磷酸酶4 生长激素释放激素受体 丛生蛋白
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用高密度cDNA微阵列技术检测鼻咽癌差异表达基因 被引量：7
7
作者 张林杰 方嬿 +4 位作者 马英红 鄢践 张晓实 黄必军 曾益新 《癌症》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第6期588-592,共5页
背景与目的:鼻咽癌的发生与发展涉及多个步骤、多个因素的参与,对此目前尚缺乏了解。本研究试图通过大规模检测鼻咽癌的基因差异表达来揭示鼻咽癌的差异表达基因谱,以发现与鼻咽癌发生、发展相关的新的候选基因。方法:用由18000个基因... 背景与目的:鼻咽癌的发生与发展涉及多个步骤、多个因素的参与,对此目前尚缺乏了解。本研究试图通过大规模检测鼻咽癌的基因差异表达来揭示鼻咽癌的差异表达基因谱,以发现与鼻咽癌发生、发展相关的新的候选基因。方法:用由18000个基因构建的高密度cDNA微阵列对21例鼻咽癌分3个样本池分别检测并与鼻咽非癌组织作对比分析,随机选2个基因用半定量RT-PCR验证检测结果。结果:3个样本池鼻咽癌差异表达基因分别为186个、95个和36个,总数达317个,表达上调的277个,表达下调的40个;差异表达基因中2个样本池以上有共同差异表达的基因有23个,表达上调的16个,表达下调的7个;其中3个样本池表达均有差异者6个,5个上调、1个下调,5个上调的基因中2个是已知基因,3个是未知基因,1个下调的是未知基因。结论:本研究揭示了鼻咽癌的基因表达谱,为了解鼻咽癌发生、发展的分子机理提供了大量信息,为寻找鼻咽癌相关基因提供了重要线索。 展开更多
关键词 cdna微阵列技术 鼻咽癌 差异表达基因
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用cDNA微阵列研究K562/A02细胞多药耐药机制 被引量：10
8
作者 谭耀红 赵春华 杨纯正 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第3期272-272,共1页
关键词 多药耐药 cdna微阵列 肿瘤细胞株 肿瘤 药物疗法
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cDNA微阵列结合聚类分析探讨大鼠心肌缺血-再灌诱导的基因表达谱改变 被引量：4
9
作者 袁灿 赵震宇 +3 位作者 刘瑛 吕青兰 王秋鹏 肖献忠 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期252-256,共5页
目的 :探讨大鼠心肌缺血 再灌诱导的基因表达谱改变 ,为揭示心肌内源性保护的分子机制提供新的线索和思路。方法 :采用反复短时间结扎及松解左冠状动脉主支构建大鼠心肌缺血 再灌反应动物模型 ,运用含 4 0 97个大鼠基因点的cDNA芯片... 目的 :探讨大鼠心肌缺血 再灌诱导的基因表达谱改变 ,为揭示心肌内源性保护的分子机制提供新的线索和思路。方法 :采用反复短时间结扎及松解左冠状动脉主支构建大鼠心肌缺血 再灌反应动物模型 ,运用含 4 0 97个大鼠基因点的cDNA芯片检测大鼠心肌缺血 再灌处理后不同时间点 (1,3,6 ,12 ,2 4h)的基因表达情况 ,并采用SOM算法将具有相似表达模式的基因进行聚类。结果 :短时间缺血后再灌 1,3,6 ,12 ,2 4h分别有 75 ,779,2 0 5 ,15 5 ,16 6个基因表达发生改变。具有相同表达模式的基因被聚为 12类。结论 :心肌缺血 再灌可以诱导心肌的基因表达谱发生改变 ,具有相似表达模式的基因可能具有相似的功能或相似的表达调控机制。 展开更多
关键词 cdna微阵列 聚类分析 大鼠 心肌缺血 再灌诱导 基因表达谱 cdna芯片
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用cDNA微阵列研究内毒素休克小鼠肺组织基因表达谱的改变 被引量：4
10
作者 袁开宇 赵震宇 +5 位作者 刘瑛 邹江 刘梅冬 陈广文 尢家騄 肖献忠 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第3期402-406,共5页
利用cDNA微阵列检测了小鼠内毒素休克 2h及 2 0h肺组织基因表达谱的改变 .发现内毒素休克 2h有12 8个基因表达上调 ,3个基因下调 ;内毒素休克 2 0h有 5 1个基因表达上调 ,2 1个下调 .并用RT PCR进一步验证了结果的可靠性 .初步分析了基... 利用cDNA微阵列检测了小鼠内毒素休克 2h及 2 0h肺组织基因表达谱的改变 .发现内毒素休克 2h有12 8个基因表达上调 ,3个基因下调 ;内毒素休克 2 0h有 5 1个基因表达上调 ,2 1个下调 .并用RT PCR进一步验证了结果的可靠性 .初步分析了基因表达谱改变的意义 . 展开更多
关键词 cdna微阵列 内毒素休克 小鼠 肺组织 基因表达谱 改变
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用cDNA微阵列分析水稻防卫反应及信号传导相关基因 被引量：4
11
作者 裴雁曦 李德葆 +1 位作者 骆红梅 董海涛 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期399-401,共3页
应用cDNA微阵列技术分析了水稻受白叶枯菌侵染后一对近等基因系(中早14R、9S)的防卫信号传导途径.在mRNA水平,对检测到的相关基因(如病程相关蛋白、信号传导、转录因子等)间相互作用及信号传导途径的分析结果表明:白叶枯菌侵染下,乙烯(... 应用cDNA微阵列技术分析了水稻受白叶枯菌侵染后一对近等基因系(中早14R、9S)的防卫信号传导途径.在mRNA水平,对检测到的相关基因(如病程相关蛋白、信号传导、转录因子等)间相互作用及信号传导途径的分析结果表明:白叶枯菌侵染下,乙烯(ET)介导的信号传导途径在防卫反应中可能起着重要作用.核基因接受信号后改变了一些防卫反应相关基因的表达水平,来应答病原物的侵入.实验结果还提示,水稻的一些基因通过表达丰度的改变对乙烯信号途径产生反馈调节. 展开更多
关键词 cdna微阵列技术 水稻 防卫反应 信号传导 基因 乙烯反应元件结合蛋白 白叶枯菌
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利用cDNA微阵列分离津田芜菁花青素生物合成相关基因 被引量：17
12
作者 许志茹 李玉花 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第9期1101-1106,共6页
花色素苷是植物的重要次生代谢产物,在植物体内行使多种生理功能。利用UV-A处理48h后津田芜菁块根变红,以黑暗处理条件下的白色块根为对照,与削减文库特异基因片段制备的cDNA微阵列进行杂交。UV-A处理条件下津田芜菁中表达上调的基因为8... 花色素苷是植物的重要次生代谢产物,在植物体内行使多种生理功能。利用UV-A处理48h后津田芜菁块根变红,以黑暗处理条件下的白色块根为对照,与削减文库特异基因片段制备的cDNA微阵列进行杂交。UV-A处理条件下津田芜菁中表达上调的基因为81个,表达下调的基因为47个,表达上调的基因中包括与花青素生物合成直接相关的基因片段cytochromeP450,PAL,F3H,ANS,CHS,DFR和GST等。Northern杂交结果显示,UV-A处理48h的津田芜菁试材中,PAL、CHS、F3H、DFR和ANS基因的表达量明显高于黑暗条件下白色块根中这些基因的表达量,进一步验证了芯片杂交结果的可靠性。 展开更多
关键词 花色素苷 津田芜菁 块根 UV-A cdna微阵列 基因表达
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肠型胃癌基因表达的cDNA微阵列分析 被引量：6
13
作者 李新华 张万岱 +2 位作者 王波涛 肖冰 张振书 《世界华人消化杂志》 CAS 2004年第1期16-19,共4页
目的:研究肠型胃癌发生发展的基因表达变化. 方法:利用肠型胃癌和相应非癌组织的mRNA通过逆转录方法,将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两种cDNA上制成探针,然后与表达谱芯片(含4 096条基因)进行杂交后扫描,通过计算机辅助判别基因的差异表... 目的:研究肠型胃癌发生发展的基因表达变化. 方法:利用肠型胃癌和相应非癌组织的mRNA通过逆转录方法,将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两种cDNA上制成探针,然后与表达谱芯片(含4 096条基因)进行杂交后扫描,通过计算机辅助判别基因的差异表达. 结果:肠型胃癌和相应非癌组织组织中差异表达的基因有666条,上调表达333条,下调表达333条.参与细胞增生、凋亡、分化和转移调控的多种基因的表达水平发生了明显改变. 结论:高通量、高灵敏度的cDNA微阵列芯片技术提供了全面了解肠型胃癌基因表达谱的新思路,一些与肿瘤发生相关的差异表达基因有可能发展成为生物标记物或肿瘤早期诊断和治疗的靶点. 展开更多
关键词 肠型胃癌 基因表达 cdna微阵列 分析 逆转录
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鼻咽癌转移相关基因的比较基因组杂交和cDNA微阵列研究 被引量：4
14
作者 曾亮 关新元 +5 位作者 唐发清 赵燕 胡智 罗非君 顾唤华 曹亚 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期588-593,共6页
为筛选在鼻咽癌转移中起重要作用的基因 ,应用比较基因组杂交 (CGH)和cDNA微阵列方法研究成瘤和转移能力不同的鼻咽癌细胞株 6 10B和 5 8F .CGH结果显示 ,2种细胞株在 5p、7q、8p、9q、11p、12q和 17p的一定区域存在差异性扩增 ,在 2... 为筛选在鼻咽癌转移中起重要作用的基因 ,应用比较基因组杂交 (CGH)和cDNA微阵列方法研究成瘤和转移能力不同的鼻咽癌细胞株 6 10B和 5 8F .CGH结果显示 ,2种细胞株在 5p、7q、8p、9q、11p、12q和 17p的一定区域存在差异性扩增 ,在 2q存在差异性缺失 ;cDNA微阵列显示 ,相对于非转移性 6 10B细胞株 ,高转移性 5 8F细胞表现一些基因表达的上调及下调 。 展开更多
关键词 鼻咽癌 转移相关基因 比较基因组杂交 cdna微阵列
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胃癌癌变相关基因表达的cDNA微阵列研究 被引量：5
15
作者 谢海龙 周晓军 +3 位作者 陈洁宇 黄文斌 张丽华 李芳秋 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期137-141,共5页
目的　建立胃癌基因表达谱,筛选胃癌相关基因。方法　用含10 000个已知基因和7 000个ESTs(expressedsequencetags)的cDNA微阵列分析胃癌和癌旁正常胃黏膜基因表达谱的变化,半定量RT -PCR研究差异表达基因与胃癌的关系。结果　二倍以上... 目的　建立胃癌基因表达谱,筛选胃癌相关基因。方法　用含10 000个已知基因和7 000个ESTs(expressedsequencetags)的cDNA微阵列分析胃癌和癌旁正常胃黏膜基因表达谱的变化,半定量RT -PCR研究差异表达基因与胃癌的关系。结果　二倍以上的差异表达基因359个,其中在胃癌组织中表达上调271个,表达下调88个;二倍以上的差异表达ESTs28个,其中在胃癌组织中表达上调24个,下调4个。RT-PCR进一步证实碳酸酐酶Ⅱ在胃癌组织中存在表达下调,胰岛素样生长因子结合蛋白4在胃癌组织中存在表达上调。结论　发现碳酸酐酶Ⅱ、胰岛素样生长因子结合蛋白4可能与胃癌发生有关,为进一步寻找和克隆胃癌相关基因提供了重要的研究线索。 展开更多
关键词 胃肿瘤 cdna微阵列 基因表达
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cDNA微阵列制作的优化 被引量：3
16
作者 黄宝俊 赵雨杰 +4 位作者 徐惠绵 何群 张玉魁 徐莹莹 马佳明 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期591-595,共5页
为了优化筛检cDNA微阵列中靶基因的最适长度、浓度及点样溶液的种类,设计持家基因betaactin和GAPDHRT PCR3对引物,产物长度在189～1078bp之间,以乙肝病毒DNA片段为阴性对照,扩增纯化后分别溶于3×SSC、50%DMSO及0.5mol/L碳酸盐缓冲... 为了优化筛检cDNA微阵列中靶基因的最适长度、浓度及点样溶液的种类,设计持家基因betaactin和GAPDHRT PCR3对引物,产物长度在189～1078bp之间,以乙肝病毒DNA片段为阴性对照,扩增纯化后分别溶于3×SSC、50%DMSO及0.5mol/L碳酸盐缓冲液(pH=9.0)中,调整浓度分别为0.5μg/μL、1.0μg/μL和1.5μg/μL,比较上述不同条件的杂交结果。结果表明,杂交具有较好的特异性,阴性对照(乙肝病毒)和空白对照(点样溶液)均未见杂交信号;3种长度的同一靶基因杂交信号强度无明显差别(betaactinP=0.378;GAPDHP=0.866);3种点样溶液中以50%DMSO杂交信号最好,较强且均匀一致(P=0.0001),其余2种差异不显著(P=0.142);3种浓度靶基因杂交信号差异不显著(P=0.648),浓度高者信号略强。短片段靶基因(200bp左右)可获得与长片段靶基因(1000bp以上)一样较好的杂交信号,点样溶液以50%DMSO效果最好,靶基因浓度为0.5μg/μL时即可得到较好的杂交结果。 展开更多
关键词 cdna微阵列 靶基因 点样溶液 杂交
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肺癌变基因表达差异cDNA微阵列的研究 被引量：6
17
作者 彭再梅 唐发清 吴鄂生 《癌症》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第2期150-154,共5页
背景与目的:肺癌发病率和死亡率均较高,其发病的分子机制尚不清楚。本实验旨在研究人肺癌组织、癌旁组织、正常肺组织及淋巴结转移癌组织的基因差异表达情况,寻找肺癌组织中相对高表达基因,为肺癌的早期诊断和治疗提供可能的理论依据。... 背景与目的:肺癌发病率和死亡率均较高,其发病的分子机制尚不清楚。本实验旨在研究人肺癌组织、癌旁组织、正常肺组织及淋巴结转移癌组织的基因差异表达情况,寻找肺癌组织中相对高表达基因,为肺癌的早期诊断和治疗提供可能的理论依据。方法:将新鲜肺癌组织、癌旁组织、正常肺组织及淋巴结转移癌组织用液氮速冻,提取总的RNA后逆转录标记cDNA探针,与含588个基因的cDNA微阵列膜杂交,通过放射自显影、灰度扫描杂交信号强弱获得差异表达基因。结果:肺癌组织中差异表达的基因有40个,其中早期生长反应蛋白1(earlygrowthresponseprotein1,EGR1)、分泌性凋亡相关蛋白1(secretedapoptosisrelatedprotein1,SARP1)等36个基因表达上调,诱导骨髓白细胞分化蛋白1(myeloidcellleukemiaprotein1,MCL1)等4个基因表达下调,以癌基因/抑癌基因、细胞周期调节、生长因子及凋亡相关基因上调为主;癌旁组织有33个差异表达基因,基质金属蛋白酶-9(matrixmetalloproteinase-9,MMP-9)等20个基因上调,而下调的基因有MCL1、内皮素2(endothelin2,ET2)等13个;转移淋巴结组织有21个基因表达差异,CD40受体相关因子1(CD40receptor-associatedfactor1,CRAF1)等15个基因下调,而上调的基因仅有6个,主要以细胞粘附分子、基质金属蛋白酶。 展开更多
关键词 肺癌 cdna微阵列 基因表达 生长反应蛋白1 分泌性凋亡相关蛋白1 基质金属蛋白酶-9 血小板反应蛋白2
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条斑紫菜cDNA微阵列制备及其在世代差异基因表达检测中的应用 被引量：4
18
作者 周晓君 茅云翔 +3 位作者 王孟强 孔凡娜 隋正红 张学成 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第12期1300-1305,共6页
为了高通量研究不同世代条斑紫菜的基因表达情况，选择了467个包含诸多功能基因的条斑紫菜基因克隆，经PCR扩增纯化后，点样于多聚赖氨酸包被的基片上制备了条斑紫菜功能基因cDNA微阵列。采用Cy3-dCTP和Cy5-dCTP荧光分别标记条斑紫菜配... 为了高通量研究不同世代条斑紫菜的基因表达情况，选择了467个包含诸多功能基因的条斑紫菜基因克隆，经PCR扩增纯化后，点样于多聚赖氨酸包被的基片上制备了条斑紫菜功能基因cDNA微阵列。采用Cy3-dCTP和Cy5-dCTP荧光分别标记条斑紫菜配子体和孢子体cRNA，与阵列进行杂交后，获得了信号清晰、重复性良好的扫描图像。经对标准化处理后的467个基因的数据进行分析发现：在配子体中表达量上调的基因有55个，其中有21个基因与已知功能基因或推测功能基因相匹配；在孢子体中表达量上调的基因有86个，其中与已知功能或假定功能基因相匹配的基因有24个。实验证明，优化的cDNA微阵列制备技术用于条斑紫菜基因表达分析有较高的效率和可靠的实用性能。 展开更多
关键词 条斑紫菜 cdna微阵列 生物信息学 基因表达谱
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基于cDNA微阵列技术对激活蛋白处理水稻后信号传导及防卫反应相关基因的研究 被引量：3
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作者 顾成波 李学锋 +2 位作者 邱德文 刘峥 杨秀芬 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第11期1165-1169,共5页
为探讨激活蛋白对植物抗病防虫作用的机理，应用水稻10368条非冗余序列标签（ESTs）所制备的cDNA微阵列及荧光信号Cy3、Cy5杂交体系，对激活蛋白处理水稻后信号传导及防卫反应相关基因进行了研究，并利用半定量RT-PCR方法验证了相关基... 为探讨激活蛋白对植物抗病防虫作用的机理，应用水稻10368条非冗余序列标签（ESTs）所制备的cDNA微阵列及荧光信号Cy3、Cy5杂交体系，对激活蛋白处理水稻后信号传导及防卫反应相关基因进行了研究，并利用半定量RT-PCR方法验证了相关基因的表达。结果表明：激活蛋白处理水稻后1～5d内，诱导了NPR1和bZIP等信号传导相关基因的上调表达，同时对APX、GST、CHS及PR1α等防卫基因的表达也有促进作用。激活蛋白诱导水稻启动了水杨酸介导的系统获得抗性（systemic acquired resistance，SAR）反应。 展开更多
关键词 激活蛋白 水稻 cdna微阵列 信号传导 防卫反应
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水稻抗病性反应的cDNA微阵列分析及一个新基因OsBTB的发现 被引量：7
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作者 庄晓峰 董海涛 李德葆 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期221-228,共8页
利用含1106条水稻独立基因的cDNA微阵列,检测水稻近等基因系H7R/H7S受稻瘟病菌诱导8 h的表达谱差异.结果显示:基因表达谱变化明显,在980组有效数据中,共检测到170条基因的表达丰度发生显著变化,其中上调表达基因106条,下调表达基因64条... 利用含1106条水稻独立基因的cDNA微阵列,检测水稻近等基因系H7R/H7S受稻瘟病菌诱导8 h的表达谱差异.结果显示:基因表达谱变化明显,在980组有效数据中,共检测到170条基因的表达丰度发生显著变化,其中上调表达基因106条,下调表达基因64条.通过与NCBI水稻数据库进行BLASTn比对分析,发现这些差异表达基因包含β-1,3-葡聚糖酶、富甘氨酸蛋白在内的已知基因33条,未知基因137条.对10个未知基因进行生物信息学分析后,其中获得一个含全长基因并具有BTB/POZ结构域的克隆T007F02(http://www.estarray.org),该基因命名为OsBTB.该克隆的cDNA序列具有完整的ORF区,OsBTB上游具有典型的启动子区.结果经测序得到证实.高通量的RNA斑点杂交证实:在抗性供试水稻中,该基因在水稻接种稻瘟病菌早期(8～12 h)受诱导高表达;在感病品种中,该基因表达无明显改变.结果提示OsBTB基因在功能上可能与水稻抗瘟性过程密切相关. 展开更多
关键词 水稻 稻瘟病菌 cdna微阵列 基因表达谱检测
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