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Effect of Azoxystrobin on Oxygen Consumption and cyt b Gene Expression of Colletotrichum capsici from Chilli Fruits 被引量:2
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作者 CHEN Yu JIN Li-hua ZHOU Ming-guo 《Agricultural Sciences in China》 CAS CSCD 2009年第5期628-631,共4页
Azoxystrobin acts as an inhibitor of electron transport by binding to the Qo center of cytochrome b (cyt b). Resistance to azoxystrobin was usually caused by the point mutation of cyt b gene or by the induction of alt... Azoxystrobin acts as an inhibitor of electron transport by binding to the Qo center of cytochrome b (cyt b). Resistance to azoxystrobin was usually caused by the point mutation of cyt b gene or by the induction of alternative respiration. Oxygen consumption test for mycelia of Colletotrichum capsici showed that azoxystrobin inhibited mycelial respiration within 12 h; however, as time went on, the respiration of the mycelia recovered when the mycelia were treated with azoxystrobin and salicylhydroxamic acid (SHAM, a known inhibitor of alternative respiration), and the oxygen consumption of the mycelia could not be inhibited. Meanwhile, cytochrome b (cyt b) gene expression increased with the recovery of mycelial respiration. The increased cyt b gene expression might play a role in the development of resistance to azoxystrobin in C. capsici. 展开更多
关键词 细胞色素b基因 辣椒炭疽病 辣椒果实 嘧菌酯 cyt 耗氧 菌丝体 电子传递
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基于线粒体Cyt b基因序列的4个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析
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作者 刘士力 陈大伟 +7 位作者 朱鹏灿 郑建波 夏冯博 程顺 蒋文枰 迟美丽 杭小英 李飞 《江苏农业学报》 CSCD 2024年第2期342-347,共6页
黄尾鲴(Xenocypris davidi)是浙江省自然水域增殖放流的主要鱼类,为了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,利用线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)对4个养殖群体的遗传多样性进行研究,旨在为黄尾鲴增殖放流策略制定和实施提供基础数据。结... 黄尾鲴(Xenocypris davidi)是浙江省自然水域增殖放流的主要鱼类,为了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,利用线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)对4个养殖群体的遗传多样性进行研究,旨在为黄尾鲴增殖放流策略制定和实施提供基础数据。结果显示,在编码Cyt b的1 140 bp序列中,检测到157个变异位点,界定了21种单倍型,其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为10个、11个、7个和2个,单倍型多样性介于0.226~0.794,核苷酸多样性介于0.006 14~0.023 86。除醴陵群体遗传多样性较低外,其余3个养殖群体的遗传多样性具有高单倍型数和高核苷酸多样性的特点。4个黄尾鲴养殖群体间的遗传距离为0.018 74~0.092 74,遗传分化指数为0.808 63(P<0.01),其中长兴和八里店群体的分化程度较低,双浦和醴陵群体的分化程度较高,且遗传变异主要发生在群体间。本研究结果可从分子水平为黄尾鲴的资源保护和人工增殖放流提供参考依据。 展开更多
关键词 黄尾鲴 养殖群体 cyt b基因 遗传多样性
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基于cyt b基因分析河南省4大水系红鳍原鲌种群的遗传多样性
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作者 吕海敏 冯慧敏 +4 位作者 汤永涛 刘如垚 丁琪琪 聂国兴 周传江 《四川动物》 2024年第2期163-171,共9页
选用长江、黄河、淮河、海河4大水系的红鳍原鲌Cultrichthys erythropterus样本共100尾,基于cyt b基因分析其种群的遗传多样性、遗传结构及种群历史动态等。结果显示:河南省4大水系红鳍原鲌种群整体单倍型多态性为0.909,整体核苷酸多样... 选用长江、黄河、淮河、海河4大水系的红鳍原鲌Cultrichthys erythropterus样本共100尾,基于cyt b基因分析其种群的遗传多样性、遗传结构及种群历史动态等。结果显示:河南省4大水系红鳍原鲌种群整体单倍型多态性为0.909,整体核苷酸多样性为0.004 88,具有较高的遗传多样性;4个水系均有特有单倍型,这表明红鳍原鲌种群的遗传分化数值较大,遗传分化程度较高;通过构建和分析系统发育树、贝叶斯系统发生树和单倍型网络图,发现河南省4大水系红鳍原鲌种群间谱系分化不明显,且无明显的地理结构;AMOVA分析显示,种群内的变异占72.11%,组间的变异占4.63%,表明变异主要发生在种群内;Tajima’s D和Fu’s F_S分析结果表明,河南省红鳍原鲌种群近期未发生过种群扩张事件。本文研究和分析了河南省境内红鳍原鲌种群遗传多样性和遗传结构,为河南省红鳍原鲌种质资源的保护和合理开发利用提供了参考。 展开更多
关键词 红鳍原鲌 cyt b基因 遗传多样性 遗传结构
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线粒体Cyt b基因在鲑科品种鉴定中的可靠性分析
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作者 费延堻 薛晗玥 +2 位作者 王诗慧 熊雄 熊晓辉 《生物加工过程》 CAS 2024年第2期219-228,共10页
为探究Cyt b基因在鲑科鱼类品种鉴定中的可靠性,本研究从GenBank数据库中下载9种鲑科鱼类品种的Cyt b基因序列共997条。以Cyt b全基因和文献报道的两组Cyt b基因短片段(359和200 bp)为研究对象,对其序列变异和分子系统进化树进行分析,... 为探究Cyt b基因在鲑科鱼类品种鉴定中的可靠性,本研究从GenBank数据库中下载9种鲑科鱼类品种的Cyt b基因序列共997条。以Cyt b全基因和文献报道的两组Cyt b基因短片段(359和200 bp)为研究对象,对其序列变异和分子系统进化树进行分析,并筛选鲑科鱼类品种的微型DNA条形码。结果表明,仅当选用200 bp片段时,银鲑的最大种内遗传距离大于最小种间遗传距离,不存在条形码间隙(barcode gap)。同时,根据分子系统进化树分析,同一品种在基于不同Cyt b基因片段的邻接树中均聚为单系,且每一个分支的结点置信度均大于70%。因此,Cyt b可以作为条形码基因用于鲑科鱼类品种鉴定。本研究筛选获得的微型DNA条形码对鲑科鱼类品种具有良好的特异性。 展开更多
关键词 DNA条形码 鲑科鱼类 细胞色素b基因 系统进化树 遗传距离 食品安全
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基于线粒体Cyt b基因序列的浙江省3个马口鱼群体遗传多样性分析 被引量:1
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作者 刘士力 练青平 +7 位作者 贾永义 迟美丽 李飞 姜建湖 刘一诺 郑建波 程顺 顾志敏 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第2期293-300,共8页
为进一步了解浙江省马口鱼的种质资源现状和人工繁殖对群体遗传多样性的影响,通过对瓯江(OJ)和钱塘江(QT)的野生群体以及八里店(BL)养殖群体的线粒体Cyt b基因进行扩增和测定,获得了编码Cyt b基因的1140 bp序列与GenBank中已有的236个... 为进一步了解浙江省马口鱼的种质资源现状和人工繁殖对群体遗传多样性的影响,通过对瓯江(OJ)和钱塘江(QT)的野生群体以及八里店(BL)养殖群体的线粒体Cyt b基因进行扩增和测定,获得了编码Cyt b基因的1140 bp序列与GenBank中已有的236个个体的序列进行综合分析,共检测出288个变异位点,界定了136种单倍型,其中瓯江、钱塘江和八里店群体单倍型数目分别为1、10和6。钱塘江群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716和0.01616,八里店群体分别为0.607和0.01205。分子方差分析(AMOVA)显示,遗传变异主要来源于群体间(55.06%),少数来自群体内(44.94%),群体间遗传分化均达到显著水平(P<0.05)。八里店群体亲本源于钱塘江,但经过数代人工繁殖后其遗传多样性有所降低。基于邻接法构建的系统发育树显示,钱塘江群体可以分为3支,1支与长江水系湖南采集的单倍型聚为一支,63.64%的钱塘江个体属于这一支;1支与珠江水系广西采集的单倍型聚为一支,9.38%的个体属于这一支,剩下的样本和浙江瓯江采集的样本聚为一支。这说明钱塘江群体的祖先来源有一定的复杂性。本研究结果可为马口鱼种质资源的保护和利用提供数据支持。 展开更多
关键词 马口鱼 cyt b基因 遗传多样性
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基于Cyt b基因和形态学探讨大麝鼩的亚种分化
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作者 刘铸 钱洪安 +7 位作者 王再山 韩美凤 蔡赫 张春凤 时艳菁 金志民 陈欢 张隽晟 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期422-429,共8页
为了进一步探讨大麝鼩(Crocidura lasiura)的亚种分化问题,在中国东北地区采集大麝鼩标本13号,结合已报道的大麝鼩形态学数据和Cyt b基因序列一并进行分析。形态学结果显示:在绝大多数个体中,分布于中国东北—俄罗斯远东的大麝鼩体型大... 为了进一步探讨大麝鼩(Crocidura lasiura)的亚种分化问题,在中国东北地区采集大麝鼩标本13号,结合已报道的大麝鼩形态学数据和Cyt b基因序列一并进行分析。形态学结果显示:在绝大多数个体中,分布于中国东北—俄罗斯远东的大麝鼩体型大于分布于韩国的个体(体长:> 82 mm vs.<82 mm,尾长:> 39 mm vs.<39 mm,颅基长:> 20 mm vs.<20 mm);中国东北—俄罗斯远东种群体背毛色更黑,韩国种群体背毛色更灰;中国东部种群尾较长,绝大多数超过体长之半;而分布于中国东北—俄罗斯远东、韩国的大麝鼩种群尾长绝大多数不及体长之半。基于Cyt b基因的遗传距离、系统发育关系和中介网络分析,都显示大麝鼩样本可分为3个地理谱系:中国东北—俄罗斯远东谱系、韩国谱系、中国东部谱系。研究结果支持大麝鼩分为3个亚种:东北亚种(C. l. lasiura)分布于中国东北和俄罗斯远东,韩国亚种(C. l. thomasi)分布于韩国,华东亚种(C. l. campus-lincolnensis)分布于中国东部。 展开更多
关键词 麝鼩属 大麝鼩 亚种 cyt b基因 形态学
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基于线粒体Cyt b基因的洪泽湖翘嘴鲌群体遗传多样性分析
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作者 李大命 杨子萍 +3 位作者 刘燕山 谷先坤 唐晟凯 杨家新 《水产科技情报》 2023年第6期341-348,共8页
为全面了解洪泽湖翘嘴鲌的种质资源遗传状况,采用Cyt b基因(线粒体细胞色素b基因),分析了洪泽湖6个群体共计210尾翘嘴鲌的遗传多样性及遗传结构。结果显示,Cyt b基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(56.0%)大于G+C的含量(44.0%)。试验... 为全面了解洪泽湖翘嘴鲌的种质资源遗传状况,采用Cyt b基因(线粒体细胞色素b基因),分析了洪泽湖6个群体共计210尾翘嘴鲌的遗传多样性及遗传结构。结果显示,Cyt b基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(56.0%)大于G+C的含量(44.0%)。试验共检测到31个变异位点,定义26个单倍型,平均单倍型多样性(H d)和核苷酸多样性(P i)分别为0.735±0.032和0.0019±0.0001;6个群体的单倍型多样性(H d)为(0.618±0.096)~(0.788±0.064),核苷酸多样性(P i)为(0.0015±0.0003)~(0.0021±0.0002);翘嘴鲌的遗传多样性属于高H d低P i类型,暗示其遗传多样性较低。分子方差分析显示,遗传差异主要来源于群体内部,群体间的遗传分化指数F st为-0.0177~0.0182,P>0.05,表明群体间没有显著的遗传分化。单倍型邻接关系树和单倍型网络结构图显示,所有单倍型聚为1个分支,6个群体未形成特定的地理遗传结构。Tajima’s D和Fu’s F s中性检验均为负值,且具有显著性差异,核苷酸错配分布曲线呈现明显的单峰分布,均表明翘嘴鲌在历史上经历了显著的群体扩张事件。研究结果表明,洪泽湖翘嘴鲌6个群体间没有显著的遗传分化,应作为1个整体进行管理和保护。洪泽湖翘嘴鲌资源遗传多样性较低,需要采取措施增加翘嘴鲌种群数量,提高其遗传多样性。 展开更多
关键词 洪泽湖 翘嘴鲌 cyt b基因 遗传多样性 群体历史动态
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马鹿mtDNA Cyt b基因的生物信息学分析
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作者 田新民 宋雅祺 《牡丹江师范学院学报(自然科学版)》 2023年第1期33-40,共8页
基于NCBI数据库获取马鹿(Cervus elaphus)Cyt b基因序列,应用生物信息学方法对马鹿Cyt b基因编码的蛋白质进行理化性质、结构和相关功能的预测分析,了解马鹿mtDNA Cyt b基因的结构、功能和表达特性.结果表明:马鹿Cyt b编码的蛋白质为疏... 基于NCBI数据库获取马鹿(Cervus elaphus)Cyt b基因序列,应用生物信息学方法对马鹿Cyt b基因编码的蛋白质进行理化性质、结构和相关功能的预测分析,了解马鹿mtDNA Cyt b基因的结构、功能和表达特性.结果表明:马鹿Cyt b编码的蛋白质为疏水性蛋白质,推测相互作用的蛋白质包括LOC100524873,UQCRC1,UQCRQ,ND1,MT-ND2,COX1,COX2,COX3,ND4H和CYC,功能与电子运输、耦合质子运输以及泛醌-细胞色素c还原酶活性有关;二级结构主要为无规则卷曲,有2个潜在的N-糖基化位点和34个磷酸化位点,9个跨膜螺旋结构域,定位于内质网和细胞质膜;马鹿与梅花鹿(Cervus nippon)的亲缘关系较近.这对于马鹿种质鉴定分子标记的筛选及其与梅花鹿的渐渗杂交具有理论意义. 展开更多
关键词 马鹿 mtDNA cyt b基因 生物信息学
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荔波樟江野生斑鳜线粒体Cyt b基因序列多态性分析 被引量:1
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作者 麻智芳 余科 +4 位作者 安苗 黄胜 潘秋芝 李珊 何孝宽 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期21-29,共9页
为探明贵州省荔波樟江野生斑鳜(简称荔波野生斑鳜)的遗传多样性水平和种质资源现状,科学保护和开发野生斑鳜种质资源,以线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因作为分子标记,对野生斑鳜群体遗传多样性进行分析。研究结果显示,共获得75条长度为11... 为探明贵州省荔波樟江野生斑鳜(简称荔波野生斑鳜)的遗传多样性水平和种质资源现状,科学保护和开发野生斑鳜种质资源,以线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因作为分子标记,对野生斑鳜群体遗传多样性进行分析。研究结果显示,共获得75条长度为1141 bp的Cyt b基因同源序列,其碱基A、T、G和C的平均含量分别为24.4%、27.2%、15.5%和32.9%,A+T的含量(51.6%)略高于G+C(48.4%)的含量。共检测到17个变异位点,其中8个为简约信息位点,9个为单一信息位点。共定义15个单倍型,单倍型之间的平均遗传距离为0.003,邻接法构建的分子系统发育树显示,所有的单倍型均聚成一支;单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.613±0.064和0.00172±0.00021,平均核苷酸差异数为1.968。中性检验Tajima′s D值为-1.37917,差异不显著(P>0.10)。荔波漳江流域的野生斑鳜群体呈现高单倍型多样性和低核苷酸多样性,遗传多样性低,无种群扩张史,且与长江中上流的支流陆水河和洞庭湖水系的斑鳜群体有较高的亲缘性。研究结果可为当地斑鳜种质资源的保护和开发利用提供依据。 展开更多
关键词 斑鳜 细胞色素b基因(cyt b) 樟江 遗传多样性
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B亚型新等位基因803delC的分子生物学研究
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作者 王立萍 于晓梅 +4 位作者 李书杰 李希 冀宝军 李新菊 孙福廷 《中国输血杂志》 CAS 2024年第3期344-347,共4页
目的分析研究1例新的B亚型等位基因血清学特点和分子生物学机制。方法应用血清学方法检测患者ABO血型。应用序列特异性引物-聚合酶链反应(PCR-SSP)检测ABO血型基因。应用Sanger基因序列分析检测ABO基因1~7外显子编码区域,确定基因突变... 目的分析研究1例新的B亚型等位基因血清学特点和分子生物学机制。方法应用血清学方法检测患者ABO血型。应用序列特异性引物-聚合酶链反应(PCR-SSP)检测ABO血型基因。应用Sanger基因序列分析检测ABO基因1~7外显子编码区域,确定基因突变位点。结果血清学鉴定患者正定型为O型,反定型为B型。PCR-SSP基因分型结果为A/O型,存在A基因,与血清学结果不符。进一步Sanger双链测序结果显示该标本在ABO^(*)B.01/ABO^(*)O.01.01的基础上,第7外显子803位置缺失C碱基。该突变最终导致多肽链上发生p.Ala268Gly和p.Phe269Ser的氨基酸替换,并且从269位置开始产生新的开放阅读框,新的开放阅读框第20号氨基酸为终止密码子,导致B基因表达终止。进一步ABO基因克隆测序证明该突变点位于ABO*B.01基因上,该突变已提交NCBI数据库,收录编号为OR343908。结论在中国人群中发现1种新的导致B变异型的ABO等位基因,基因检测方法可辅助鉴定血清学正、反定型不符的疑难血型。 展开更多
关键词 b亚型 新等位基因 基因序列分析 血清学 疑难血型
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基于cyt b基因的黄河上游高原鳅复合体的物种鉴定 被引量:1
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作者 伊日贵 高强 +5 位作者 刘丹 聂苗苗 晁燕 张存芳 祁得林 朱世海 《四川动物》 北大核心 2023年第3期271-279,共9页
高原鳅属Triplophysa是青藏高原鱼类区系的主要类群之一。本研究以cyt b基因为分子标记,对黄河上游干流及支流湟水河流域高原鳅进行物种鉴定。高原鳅复合体95尾个体均获得cyt b基因全序列(1140 bp),共定义46个单倍型。联合BLAST在线同... 高原鳅属Triplophysa是青藏高原鱼类区系的主要类群之一。本研究以cyt b基因为分子标记,对黄河上游干流及支流湟水河流域高原鳅进行物种鉴定。高原鳅复合体95尾个体均获得cyt b基因全序列(1140 bp),共定义46个单倍型。联合BLAST在线同源性比对、系统发育分析、ABGD划分和遗传距离计算分析,并结合形态学鉴定,共鉴定6个物种:东方高原鳅T.orientalis、隆头高原鳅T.alticeps、斯氏高原鳅T.stoliczkae、粗壮高原鳅T.robusta、硬刺高原鳅T.scleroptera和拟鲶高原鳅T.siluroides。对于同域分布、形态趋同的高原鳅属幼鱼群体,利用cyt b基因可有效解决物种鉴定问题,该结果为黄河上游高原鳅物种分类、组成研究提供了科学依据,为黄河上游高原鳅物种多样性评估与保护奠定了一定的基础。 展开更多
关键词 高原鳅复合体 黄河上游 MTDNA cyt b 物种鉴定
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缩骨鲫Cyt b基因和控制区序列克隆及系统进化分析
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作者 李强 郑鹏 +5 位作者 黄文炜 彭苏汉 周江伟 詹华伟 蓝昭军 桂林 《湖南农业科学》 2023年第10期7-10,25,共5页
研究通过Sanger测序法对天然雌核发育的缩骨鲫(Carassius auratus var. Suogu)线粒体DNA的Cyt b基因和控制区进行扩增和测序,并与已发表的其他鲫属鱼类的Cyt b基因进行系统进化分析,探讨缩骨鲫与其他鲫属鱼类的系统进化关系。结果表明:... 研究通过Sanger测序法对天然雌核发育的缩骨鲫(Carassius auratus var. Suogu)线粒体DNA的Cyt b基因和控制区进行扩增和测序,并与已发表的其他鲫属鱼类的Cyt b基因进行系统进化分析,探讨缩骨鲫与其他鲫属鱼类的系统进化关系。结果表明:缩骨鲫线粒体DNA中Cyt b基因和控制区全序列分别长1 141和924 bp;其中,Cyt b基因的碱基含量为29.1%(T)、27.9%(C)、28.7%(A)和14.3%(G),控制区序列的碱基含量为32.6%(T)、20.7%(C)、32.6%(A)和14.1%(G);2种序列中G+C含量均明显低于A+T含量,且G含量偏低,显示了与其他脊椎动物线粒体核苷酸碱基含量相似的特征;控制区序列可以分为终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域,均识别到了对应的保守序列;基于邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建缩骨鲫与其他鲫属鱼类Cyt b基因的系统进化树表明,缩骨鲫与红鲫和淇河鲫的亲缘关系最近,而缩骨鲫与野鲫、淇河鲫和红鲫分布在同一个姐妹支系,进一步说明缩骨鲫可能起源于野鲫,是野鲫的一个地方种群。 展开更多
关键词 缩骨鲫 细胞色素b基因 控制区 系统进化分析
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湖州河川沙塘鳢群体线粒体DNA cyt b基因序列的遗传多样性分析 被引量:1
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作者 卞玉玲 刘士力 +6 位作者 刘一诺 贾永义 李飞 迟美丽 郑建波 程顺 顾志敏 《水产学杂志》 CAS 北大核心 2023年第1期22-28,35,共8页
河川沙塘鳢具有肉鲜味美,细嫩可口的特点,营养价值与经济价值颇高,是一种极具发展潜力的水产养殖品种,对野生和人工繁育河川沙塘鳢的遗传结构进行检测分析,可为选育和种质保护提供参考资料。本文对湖州河川沙塘鳢(钟管野生群体及八里店... 河川沙塘鳢具有肉鲜味美,细嫩可口的特点,营养价值与经济价值颇高,是一种极具发展潜力的水产养殖品种,对野生和人工繁育河川沙塘鳢的遗传结构进行检测分析,可为选育和种质保护提供参考资料。本文对湖州河川沙塘鳢(钟管野生群体及八里店养殖群体)的线粒体细胞色素b(cyt b)基因全长进行扩增和测序,并应用生物信息学软件与Gen Bank中太湖、鄱阳湖和巢湖3个群体的数据进行比较。河川沙塘鳢cyt b基因全长1141 bp,4种碱基在所得序列中平均含量为A(26.8%)、G(13.8%)、T(28.0%)、C(31.4%),序列分析显示,cyt b基因序列中变异位点378个,占分析位点的44.26%,含有241个简约信息位点,平均转颠换比值(TS/TV)为0.76。在5个群体138个个体中共检测到75个单倍型,平均单倍型多样性为0.869~1.000,核苷酸多样性为0.01431~0.03848。各群体间遗传距离差异较大(0.01493~0.05868),其中八里店与钟管群体的遗传距离最小(0.01493),而鄱阳湖与巢湖群体的遗传距离最大(0.05868),与构建的聚类图分析结果一致。群体中性检验显示八里店、钟管和太湖的Tajima’s D和Fu’s Fs值为正值;鄱阳湖和巢湖群体为负值,5个群体Tajima’s D和Fu’s Fs检验均不显著(P>0.01)。总体上,5个群体间具有较高程度的遗传分化。除了湖州的八里店与钟管群体共享6种单倍型外,其他群体间基本不共享单倍型,这可能是八里店养殖群体亲本来源于钟管野生群体的原因。应用cyt b基因可以明确地将湖州、太湖、鄱阳湖和巢湖群体之间区分开来。 展开更多
关键词 河川沙塘鳢 线粒体DNA 细胞色素b基因 遗传分化
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基于cyt b基因序列的我国西部地区马麝遗传多样性
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作者 张玉珍 向姣 +3 位作者 张晋东 郑维超 杨志松 齐桂兰 《四川动物》 北大核心 2023年第2期133-140,共8页
为了解我国西部地区马麝Moschus chrysogaster的遗传多样性及其系统发育关系,对来自四川省、甘肃省、西藏自治区及重庆市的88份组织样品的cyt b基因序列进行分析。研究发现,马麝cyt b基因序列长1032 bp,共定义了54个单倍型。A+T的平均... 为了解我国西部地区马麝Moschus chrysogaster的遗传多样性及其系统发育关系,对来自四川省、甘肃省、西藏自治区及重庆市的88份组织样品的cyt b基因序列进行分析。研究发现,马麝cyt b基因序列长1032 bp,共定义了54个单倍型。A+T的平均含量为59.9%,存在明显的A、T偏倚;平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性水平都较高,分别为0.9741和0.02488。基于单倍型和遗传距离分别构建的邻接树结果一致,各支系的聚类不存在明显的地理界限,各种群均无扩张现象。我国西部地区马麝的遗传多样性水平总体较高,但张掖市和阿坝县种群的遗传多样性水平略低。本文为马麝的遗传多样性研究与种质资源保护提供了分子基础资料。 展开更多
关键词 马麝 cyt b基因 遗传多样性
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基于mtDNA Cyt b序列变异探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景
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作者 杨秋蕾 魏旭东 +3 位作者 马志杰 陈生梅 晁生玉 乌兰巴特尔 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第2期285-292,共8页
为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体,通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列,使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源,进而在分子水平上揭示其母系... 为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体,通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列,使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源,进而在分子水平上揭示其母系遗传多样性水平、分化程度及母系遗传背景。结果表明:柴达木黄牛Cyt b基因核苷酸序列长度为1140 bp,比对分析共检测到29个核苷酸多态位点,其中单一多态位点4个,简约信息位点25个;依据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型,其中优势单倍型为H2,品种单倍型多样度为0.5882±0.0300,核苷酸多样度为0.0040±0.0022,表明柴达木黄牛具有较丰富的母系遗传多样性。柴达木黄牛品种内5个群体间分化指数Fst值在-0.0104~0.1618,提示品种内群体间分化程度存在差异,其中格尔木群体与乌兰群体间分化程度最大(Fst=0.1618),大柴旦群体和茫崖群体间的分化程度最小(Fst=-0.0104)。基于UPGMA法的品种内群体间聚类关系表明,柴达木黄牛品种内5个群体可聚为2类,其中格尔木群体与都兰群体最先聚在一起,大柴旦群体与茫崖群体也最先聚为一起,随后它们再聚为1类,而乌兰群体单独为另一类,2类最后聚为一大类。系统发育分析表明,柴达木黄牛由普通牛和瘤牛2个母系遗传支系组成,表明柴达木黄牛有普通牛和瘤牛2个母系起源且以普通牛起源为主。此外,研究发现,茫崖、乌兰、都兰各群体均有1个个体为牦牛mtDNA Cyt b单倍型序列类型,占总头数的1.12%,提示柴达木黄牛品种中存在一定程度的牦牛基因渗入。 展开更多
关键词 柴达木黄牛 MTDNA cyt b 遗传多样性 分化 母系起源
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基于Cyt b序列的太湖和洪泽湖翘嘴鲌遗传多样性和遗传结构分析 被引量:1
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作者 杨子萍 李大命 +1 位作者 刘燕山 杨家新 《渔业研究》 2023年第1期1-7,共7页
翘嘴鲌具有很高的营养价值、经济价值和生态价值,近年来其野生资源趋于枯竭,因而掌握翘嘴鲌遗传多样性对于科学保护其种质资源具有重要意义。为了解太湖和洪泽湖翘嘴鲌种质资源遗传状况,通过线粒体Cyt b基因序列测定,分析了其群体的遗... 翘嘴鲌具有很高的营养价值、经济价值和生态价值,近年来其野生资源趋于枯竭,因而掌握翘嘴鲌遗传多样性对于科学保护其种质资源具有重要意义。为了解太湖和洪泽湖翘嘴鲌种质资源遗传状况,通过线粒体Cyt b基因序列测定,分析了其群体的遗传多样性和遗传结构。结果显示,翘嘴鲌Cyt b基因全序列长度为1141 bp,碱基A+T含量明显高于G+C含量。98条Cyt b序列共检测出29个变异位点,共定义29种单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.923和0.00274,平均核苷酸差异数(K)为3.127。太湖和洪泽湖群体的Hd分别为0.927和0.816,Pi分别为0.00285和0.00220,遗传多样性表现出高Hd、低Pi的特点。分子方差分析结果显示,群体内分子变异占比为15.01%,群体间分子变异占比为84.99%,两群体间遗传分化系数(Fst)为0.15015(P<0.01),表明两群体间有显著性遗传分化。Tajima′s D中性检验结果为不显著性负值,Fu′s Fs中性检验结果为显著性负值,且歧点分布曲线为单峰型,表明翘嘴鲌在进化过程中经历过群体扩张事件。本研究结果为太湖和洪泽湖翘嘴鲌种质资源管理保护提供了数据资料。 展开更多
关键词 翘嘴鲌 cyt b基因 遗传多样性 遗传结构
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基于Cyt b序列分析黄沙鳖和日本鳖及其杂交子一代的遗传多样性
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作者 肖何威 胡亚洲 +4 位作者 秦溱 徐大建 梁艺馨 刘小燕 王晓清 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期486-490,共5页
为了解中华鳖(Pelodiscus sinensis)中黄沙鳖和日本鳖及其杂交子一代的遗传特性,分别对它们的线粒体Cytb基因测序,并进行遗传多样性分析。结果表明:PCR扩增测序黄沙鳖和日本鳖及其杂交子一代3个群体共获得90条序列,18种单倍型;90个个体... 为了解中华鳖(Pelodiscus sinensis)中黄沙鳖和日本鳖及其杂交子一代的遗传特性,分别对它们的线粒体Cytb基因测序,并进行遗传多样性分析。结果表明:PCR扩增测序黄沙鳖和日本鳖及其杂交子一代3个群体共获得90条序列,18种单倍型;90个个体的Cytb基因碱基A、T、C、G平均含量分别为35.4%、26.0%、27.9%、10.7%,表现出明显的反G偏倚;日本鳖、黄沙鳖和杂交鳖分别有5、6、10种单倍型,日本鳖与杂交子代有共享的单倍型Hap 8、Hap 9和Hap 16;3个群体的变异主要存在于群体内部,变异比例为60.8%;3个群体的单倍型多样性为0.747~0.867,平均核苷酸差异数为12.922~16.262,核苷酸多样性为0.00913~0.01151;杂交子一代的单倍型数、单倍型多样性、平均核苷酸差异数、核苷酸多样性均最高,日本鳖的均最低,黄沙鳖、杂交子一代、日本鳖的多态位点数依次降低。可见,杂交子代遗传多样性较高,杂交可提高中华鳖的遗传多样性。 展开更多
关键词 黄沙鳖 日本鳖 cyt b基因 遗传多样性 单倍型 多态位点
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基于形态学特征和线粒体Cyt b序列的横带髭鲷野生与养殖群体比较
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作者 刘灏宇 宋日雨 +4 位作者 郑昀亚 冯啉晓 刘璐 杨天燕 高天翔 《安徽农业科学》 CAS 2023年第5期70-73,共4页
对横带髭鲷形态特征以及野生群体和养殖群体的遗传差异进行了分析。共测定94尾横带髭鲷的19项生物学特征。结果表明,野生群体和养殖群体间形态差异不明显。同时,扩增了野生群体和养殖群体的线粒体Cyt b基因片段,22尾横带髭鲷个体共检测... 对横带髭鲷形态特征以及野生群体和养殖群体的遗传差异进行了分析。共测定94尾横带髭鲷的19项生物学特征。结果表明,野生群体和养殖群体间形态差异不明显。同时,扩增了野生群体和养殖群体的线粒体Cyt b基因片段,22尾横带髭鲷个体共检测到5种单倍型,其中养殖群体仅有1种单倍型,野生群体具有5种单倍型,且养殖群体的单倍型多样度及核苷酸多样度均低于野生群体。基于横带髭鲷线粒体Cyt b片段构建的单倍型网络图及系统发育树未发现该物种存在明显的谱系结构。综上所述,相较于野生群体,横带髭鲷养殖群体的遗传多样性水平较低,因此有必要采取科学的人工繁育技术与方法,提高养殖群体的遗传多样性水平,以保护横带髭鲷的种质资源。 展开更多
关键词 横带髭鲷 形态学 cyt b基因 野生群体 养殖群体
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蓝莓B-box型锌指蛋白基因家族的鉴定及其在果实发育期的表达模式
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作者 黄巧玉 杨珺菲 +6 位作者 汪旭祥 陆晓莹 李晓谊 李永强 徐丽珊 宗宇 郭卫东 《浙江师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2024年第2期185-195,共11页
B-box(BBX)基因家族成员在植物生长发育中起重要作用.为探究BBX在蓝莓果实成熟发育过程中的作用,通过生物信息学的方法鉴定BBX基因家族成员,并对其进行染色体定位、系统进化关系、基因结构、启动子顺式作用元件及表达模式分析.结果表明... B-box(BBX)基因家族成员在植物生长发育中起重要作用.为探究BBX在蓝莓果实成熟发育过程中的作用,通过生物信息学的方法鉴定BBX基因家族成员,并对其进行染色体定位、系统进化关系、基因结构、启动子顺式作用元件及表达模式分析.结果表明:在蓝莓基因组中鉴定出38个BBX基因成员,基因结构保守,外显子平均个数为3.13,这些基因可分成Ⅰ~Ⅲ3个亚族,不均匀分布于23条染色体;BBX基因的启动子序列中存在光响应、植物激素响应、胁迫响应和植物生长发育等4类顺式作用元件;VcBBX基因成员在‘Star’和‘O’Neal’蓝莓果实发育过程中存在显著性差异表达,VcBBX9,VcBBX16,VcBBX25和VcBBX20在S8表达量最高,VcBBX26在S6表达量最高,VcBBX30在S3表达量最高.研究结果将为进一步探究BBX型锌指蛋白在蓝莓果实发育过程中的功能奠定基础. 展开更多
关键词 蓝莓 b-box 基因家族 果实硬度 基因结构 基因表达量
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An Investigation of the Effects of B7-H4 Gene rs10754339 and miR-125a Gene rs12976445 on Cancer Susceptibility
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作者 JIN Yu Chen DONG Li Juan +6 位作者 YANG Qin Yue XIONG Wei Ning WANG Wei Yi FENG Xian Hong YU Wei HUANG Wei CHEN Bi Feng 《Biomedical and Environmental Sciences》 SCIE CAS CSCD 2023年第9期814-825,共12页
Objective To investigate the effects of the B7-H4 gene rs10754339 and miR-125a gene rs12976445 on cancer susceptibility through a case-control study and meta-analysis.Methods A total of 1,490 cancer patients(lung/gast... Objective To investigate the effects of the B7-H4 gene rs10754339 and miR-125a gene rs12976445 on cancer susceptibility through a case-control study and meta-analysis.Methods A total of 1,490 cancer patients(lung/gastric/liver/:550/460/480)and 800 controls were recruited in this case-control study.The meta-analysis was performed by pooling the data from previous related studies and the present study.Results The results of this study showed that in the Hubei Han Chinese population,the rs10754339gene was significantly associated with the risk of lung and gastric cancer but not liver cancer,and the rs12976445 gene was significantly associated with the risk of lung cancer but not liver or gastric cancer.The meta-analysis results indicated that rs10754339 and rs12976445 contributed to cancer susceptibility in the Chinese population and also revealed a significant association between rs10754339and breast cancer risk,as well as between rs12976445 and lung cancer risk.Conclusion The B7-H4 gene rs10754339 and miR-125a gene rs12976445 may be the potential genetic markers for cancer susceptibility in the Chinese population,which should be validated in future studies with larger sample sizes in other ethnic populations. 展开更多
关键词 b7-H4 gene miR-125a gene rs10754339 rs12976445 Cancer susceptibility
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