筛选能高效提取烟丝DNA,并能获取其微生物群落多样性较高的试剂盒。选择3种不同的试剂盒提取烟丝DNA,比较DNA的纯度和浓度,并将提取的DNA进行原核生物16S rRNA基因V3~V4区和真菌ITS2区的PCR扩增及高通量扩增子测序,进而比较烟丝样品微...筛选能高效提取烟丝DNA,并能获取其微生物群落多样性较高的试剂盒。选择3种不同的试剂盒提取烟丝DNA,比较DNA的纯度和浓度,并将提取的DNA进行原核生物16S rRNA基因V3~V4区和真菌ITS2区的PCR扩增及高通量扩增子测序,进而比较烟丝样品微生物群落多样性和结构差异。结果表明:(1)DNeasy■PowerPlant■Pro Kit植物基因组提取试剂盒(P)提取的烟丝DNA浓度为(103.67±1.7)ng/μL,显著高于其他试剂盒(P<0.01),且3种试剂盒提取的DNA纯度均达到合格水平。(2)3种试剂盒提取的DNA样本均能反映样本中原核生物群落多样性与结构,从门分类水平看,试剂盒P检测到11个门类,E.Z.N.A.TM HP Plant DNA Kit植物基因组提取试剂盒(M)检测到8个门类,DNeasy■PowerSoil■Kit土壤基因组提取试剂盒(S)检测到5个门类;从属分类水平看,试剂盒P检测到83个属,试剂盒S检测到71个属,试剂盒M检测到69个属。(3)3种试剂盒均能检测到Unclassified类群、子囊菌门Ascomycota、接合菌门Zygomycota和Others等4个真菌门类,但试剂盒P检测到的类群比例最高;在属分类水平上,试剂盒P检测出30个属,试剂盒S检测出20个属,试剂盒M检测出11个属。DNeasy■PowerPlant■Pro Kit植物基因组提取试剂盒(P)能有效提取烟丝及其所含微生物的总DNA,并能检测出更高的烟丝微生物群落多样性,推荐该试剂盒用于烟丝样品中微生物群落多样性与结构的分析。展开更多
文摘筛选能高效提取烟丝DNA,并能获取其微生物群落多样性较高的试剂盒。选择3种不同的试剂盒提取烟丝DNA,比较DNA的纯度和浓度,并将提取的DNA进行原核生物16S rRNA基因V3~V4区和真菌ITS2区的PCR扩增及高通量扩增子测序,进而比较烟丝样品微生物群落多样性和结构差异。结果表明:(1)DNeasy■PowerPlant■Pro Kit植物基因组提取试剂盒(P)提取的烟丝DNA浓度为(103.67±1.7)ng/μL,显著高于其他试剂盒(P<0.01),且3种试剂盒提取的DNA纯度均达到合格水平。(2)3种试剂盒提取的DNA样本均能反映样本中原核生物群落多样性与结构,从门分类水平看,试剂盒P检测到11个门类,E.Z.N.A.TM HP Plant DNA Kit植物基因组提取试剂盒(M)检测到8个门类,DNeasy■PowerSoil■Kit土壤基因组提取试剂盒(S)检测到5个门类;从属分类水平看,试剂盒P检测到83个属,试剂盒S检测到71个属,试剂盒M检测到69个属。(3)3种试剂盒均能检测到Unclassified类群、子囊菌门Ascomycota、接合菌门Zygomycota和Others等4个真菌门类,但试剂盒P检测到的类群比例最高;在属分类水平上,试剂盒P检测出30个属,试剂盒S检测出20个属,试剂盒M检测出11个属。DNeasy■PowerPlant■Pro Kit植物基因组提取试剂盒(P)能有效提取烟丝及其所含微生物的总DNA,并能检测出更高的烟丝微生物群落多样性,推荐该试剂盒用于烟丝样品中微生物群落多样性与结构的分析。
