研究了刺参消化道中蛭弧菌类生物多样性。用刺参肠道内容物提取微生物总DNA,分别使用蛭弧菌类生物特异性引物Bd、Bac扩增获得16S r DNA目的片段,连接p MD19-T载体,转化到大肠埃希菌DH5α感受态细胞,经蓝白斑筛选及阳性克隆筛选,通过核糖...研究了刺参消化道中蛭弧菌类生物多样性。用刺参肠道内容物提取微生物总DNA,分别使用蛭弧菌类生物特异性引物Bd、Bac扩增获得16S r DNA目的片段,连接p MD19-T载体,转化到大肠埃希菌DH5α感受态细胞,经蓝白斑筛选及阳性克隆筛选,通过核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析(ARDAR)对阳性克隆进行分型,使用HaeⅢ和MspⅠ双酶切各60个阳性克隆,选取不同ARDAR型的阳性克隆测序,并进行生物学分析。结果显示:引物Bd、Bac的16S r DNA扩增产物分别分离获得3个和2个差异性序列,各属于一个类群,分属于蛭弧菌属(Bdellovibrio)和噬菌弧菌属(Bacteriovorax)。这些序列与数据库中相应菌株序列的最大相似性均为95.0%,这5个序列的菌株可能为潜在的新种。展开更多
A 1.4Kb DNA fragment containing 3’ flanking sequence of fibroin gene of silkworm, Antheraea pernyi, was obtained from the silk gland’s mRNA of 5 th larva. Analysis of this sequence with another A.pernyi fibroin prot...A 1.4Kb DNA fragment containing 3’ flanking sequence of fibroin gene of silkworm, Antheraea pernyi, was obtained from the silk gland’s mRNA of 5 th larva. Analysis of this sequence with another A.pernyi fibroin protein (accession No. D83241) revealed that it consists of a completely open reading frame (ORF), which includes 14 polyalanine-containing units (motifs) and 100bp 3’-UTR. The sequence of the predicted amino acid reveals the highest level of overall identity (90%) with D83241. It was found that it loses a repeat region at the upstream of TAA codon and some mutations. A putative polyadenylation signal AATAAA tail was found in position 1300, which follows the termination codon.展开更多
【目的】研究刺参养殖环境中蛭弧菌类微生物的多样性及其组成特征。【方法】对刺参养殖用水进行过滤,获得微生物并提取其总DNA,分别采用两对特异性引物Per和Bac扩增蛭弧菌类微生物相应的16S r RNA基因目的片段。通过核糖体DNA扩增片段...【目的】研究刺参养殖环境中蛭弧菌类微生物的多样性及其组成特征。【方法】对刺参养殖用水进行过滤,获得微生物并提取其总DNA,分别采用两对特异性引物Per和Bac扩增蛭弧菌类微生物相应的16S r RNA基因目的片段。通过核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析(ARDRA)方法,使用HaeⅢ和MspⅠ,双酶切各60个目的基因的单克隆,选不同条带克隆进行测序并对测序结果的多重序列分析比对。【结果】确定两对引物分别存在8和9种碱基差异序列,均属于噬菌弧菌属,分属于3个类群中。类群Ⅰ、Ⅱ为优势类群,且均为已知类群,类群Ⅲ为潜在的新类群;Per1(KP214541)和Bac44(KP214551)代表菌株分别为优势种。【结论】刺参养殖环境中蛭弧菌具有较高的多样性,包括已知类型和未知类型的蛭弧菌;可进一步进行蛭弧菌的分离、培养,用于刺参养殖中病害防治研究。展开更多
文摘研究了刺参消化道中蛭弧菌类生物多样性。用刺参肠道内容物提取微生物总DNA,分别使用蛭弧菌类生物特异性引物Bd、Bac扩增获得16S r DNA目的片段,连接p MD19-T载体,转化到大肠埃希菌DH5α感受态细胞,经蓝白斑筛选及阳性克隆筛选,通过核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析(ARDAR)对阳性克隆进行分型,使用HaeⅢ和MspⅠ双酶切各60个阳性克隆,选取不同ARDAR型的阳性克隆测序,并进行生物学分析。结果显示:引物Bd、Bac的16S r DNA扩增产物分别分离获得3个和2个差异性序列,各属于一个类群,分属于蛭弧菌属(Bdellovibrio)和噬菌弧菌属(Bacteriovorax)。这些序列与数据库中相应菌株序列的最大相似性均为95.0%,这5个序列的菌株可能为潜在的新种。
文摘A 1.4Kb DNA fragment containing 3’ flanking sequence of fibroin gene of silkworm, Antheraea pernyi, was obtained from the silk gland’s mRNA of 5 th larva. Analysis of this sequence with another A.pernyi fibroin protein (accession No. D83241) revealed that it consists of a completely open reading frame (ORF), which includes 14 polyalanine-containing units (motifs) and 100bp 3’-UTR. The sequence of the predicted amino acid reveals the highest level of overall identity (90%) with D83241. It was found that it loses a repeat region at the upstream of TAA codon and some mutations. A putative polyadenylation signal AATAAA tail was found in position 1300, which follows the termination codon.
文摘【目的】研究刺参养殖环境中蛭弧菌类微生物的多样性及其组成特征。【方法】对刺参养殖用水进行过滤,获得微生物并提取其总DNA,分别采用两对特异性引物Per和Bac扩增蛭弧菌类微生物相应的16S r RNA基因目的片段。通过核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析(ARDRA)方法,使用HaeⅢ和MspⅠ,双酶切各60个目的基因的单克隆,选不同条带克隆进行测序并对测序结果的多重序列分析比对。【结果】确定两对引物分别存在8和9种碱基差异序列,均属于噬菌弧菌属,分属于3个类群中。类群Ⅰ、Ⅱ为优势类群,且均为已知类群,类群Ⅲ为潜在的新类群;Per1(KP214541)和Bac44(KP214551)代表菌株分别为优势种。【结论】刺参养殖环境中蛭弧菌具有较高的多样性,包括已知类型和未知类型的蛭弧菌;可进一步进行蛭弧菌的分离、培养,用于刺参养殖中病害防治研究。
