水稻抗白叶枯病基因Xa23的EST标记及其在分子育种上的利用 被引量：50

1

作者 王春连 戚华雄 +4 位作者 潘海军 李进波 樊颖伦 章琦 赵开军 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第10期1996-2001,共6页

用水稻抗白叶枯病基因Xa23的近等基因系CBB23与其感病轮回亲本JG30杂交,构建了包含2562个单株的F2作图群体。抗性鉴定表明,F2植株抗感分离比严格符合3∶1。根据日本水稻基因组计划RGP的数据,筛选并合成12个EST标记的引物,进行亲本间多... 用水稻抗白叶枯病基因Xa23的近等基因系CBB23与其感病轮回亲本JG30杂交,构建了包含2562个单株的F2作图群体。抗性鉴定表明,F2植株抗感分离比严格符合3∶1。根据日本水稻基因组计划RGP的数据,筛选并合成12个EST标记的引物,进行亲本间多态性检测,找到2个在CBB23与JG30间有多态性的EST标记,C189和CP02662。用该标记对F2群体中的571个感病单株进行分子检测和连锁分析,结果表明这两个EST标记位于Xa23基因的两侧,C189靠着丝粒一侧,与Xa23的遗传距离为0.8cM;CP02662靠端粒一侧,与Xa23的遗传距离为1.3cM。将C189成功用于水稻分子育种实践,标记辅助选择的正确率接近100%,已培育出3个将Xa23基因与高产、优质、抗褐飞虱等性状聚合的水稻恢复系。 展开更多

关键词 水稻 XA23 水稻白叶枯病 est标记 分子育种 标记辅助选择 近等基因系 日本水稻 抗白叶枯病 est

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簇毛麦6V染色体短臂特异性EST标记的开发及缺失定位 被引量：3

2

作者 陈升位 陈佩度 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期789-795,共7页

为了准确鉴定簇毛麦6VS易位染色体小片段的长度和断点位置,根据定位于小麦第6部分同源群染色体短臂不同区段的EST序列,利用PRIMER5.0软件设计PCR引物,成功开发出3个对6V染色体短臂特异的分子标记(CINAU89-740、CINAU90-730、CINAU91-390... 为了准确鉴定簇毛麦6VS易位染色体小片段的长度和断点位置,根据定位于小麦第6部分同源群染色体短臂不同区段的EST序列,利用PRIMER5.0软件设计PCR引物,成功开发出3个对6V染色体短臂特异的分子标记(CINAU89-740、CINAU90-730、CINAU91-390)。利用小麦和簇毛麦第六部分同源群染色体短臂的12个缺失系对簇毛麦6VS的8个特异性分子标记进行了定位。标记CINAU88-381、CINAU17-1086、CINAU15-902分别被定位在FL值为0.79~0.99、0.58~1.00、0.46~0.58的染色体区段,标记CI-NAU91-390、CINAU90-730、CINAU16-1650被定位在FL值为0.35~0.45的染色体区段,标记CINAU18-723、CINAU89-740被定位在FL值为0.00~0.45的染色体区段。利用这8个分子标记可以更准确地鉴定6VS小片段易位的断点和片段长度。 展开更多

关键词 小麦 簇毛麦 6V染色体短臂 est标记 缺失定位

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鲤鱼多态性EST标记的筛选与特性分析 被引量：5

3

作者 王春艳 俞小牧 童金苟 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期207-212,共6页

表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)标记在基因组作图和分子标记辅助育种研究中具有重要价值。筛选和开发可用于遗传作图的鲤鱼多态性EST标记,对研究鲤鱼的基因组结构、遗传多样性研究和遗传育种有重要意义。本研究根据GenBank... 表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)标记在基因组作图和分子标记辅助育种研究中具有重要价值。筛选和开发可用于遗传作图的鲤鱼多态性EST标记,对研究鲤鱼的基因组结构、遗传多样性研究和遗传育种有重要意义。本研究根据GenBank数据库中鲤鱼EST序列设计了67对EST引物,有47对在鲤鱼基因组DNA中成功扩增得到稳定的特异性条带,经单链构象多态性(SSCP)分析,12对(25.5%)引物扩增的EST在1个鲤鱼回交家系中具有多态性,其中6个为鲤鱼功能基因,5个与斑马鱼(Danio rerio)功能基因具较高相似性,1个与斑点叉尾(Ictaluruspunctatus)功能基因具较高相似性。这些多态性的EST在鲤鱼二倍体家系和单倍体群体中的等位基因分离均符合孟德尔规律(1∶1或3∶1),单倍体中的SSCP条带数目为二倍体的二分之一。选用其中4对多态性的EST引物对洞庭湖鲤鱼进行初步群体遗传分析,结果显示基因多样性(H)为0.437,远低于微卫星标记所揭示的该群体基因多样性(接近于1)。结果表明,多态性的EST-SSCP标记尽管遗传变异性较低,但是作为来源于编码区的Ⅰ型遗传标记,在遗传作图和种群遗传适应性等研究中有较好的应用潜力。 展开更多

关键词 鲤鱼 est标记 遗传图谱 单链构象多态性(SSCP)

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小麦品种周8425B抗叶锈病基因LrZH84的EST标记 被引量：1

4

作者 闫媛媛 潘阳 +3 位作者 李星 李在峰 姜谓 刘大群 《分子植物育种》 CAS CSCD 2010年第3期473-477,共5页

本研究利用周8425B与中国春杂交获得的F2和F3群体,采用分离群体分组分析法(BSA),获得了与LrZH84紧密连锁的EST分子标记BF482555,并在F2和F3群体中检测的连锁距离分别为3.8cM和4.5cM,该标记在抗感品种间扩增出了共显性的多态性片段。这... 本研究利用周8425B与中国春杂交获得的F2和F3群体,采用分离群体分组分析法(BSA),获得了与LrZH84紧密连锁的EST分子标记BF482555,并在F2和F3群体中检测的连锁距离分别为3.8cM和4.5cM,该标记在抗感品种间扩增出了共显性的多态性片段。这些研究结果证明,通过EST建立小麦抗叶锈病基因的分子标记是可行的,同时为周8425B抗叶锈病基因的分子标记辅助育种奠定了基础。 展开更多

关键词 小麦 抗叶锈病基因 est标记

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小麦背景下冰草6P染色体特异EST标记的开发 被引量：3

5

作者 代程 张锦鹏 +5 位作者 武晓阳 杨欣明 李秀全 刘伟华 高爱农 李立会 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第10期1791-1801,共11页

小麦-冰草[Agropyroncristatum(L.)Gaertn.]6P附加系普冰4844-12具有多粒等可用于小麦改良的优异基因。为高效率检测由小麦-冰草6P附加系衍生的易位系和渐渗系,以普冰4844-12及其亲本普通小麦Fukuhokomugi和冰草Z559(2n=4x=28,PPPP)为材... 小麦-冰草[Agropyroncristatum(L.)Gaertn.]6P附加系普冰4844-12具有多粒等可用于小麦改良的优异基因。为高效率检测由小麦-冰草6P附加系衍生的易位系和渐渗系,以普冰4844-12及其亲本普通小麦Fukuhokomugi和冰草Z559(2n=4x=28,PPPP)为材料,通过对冰草转录组测序获得的EST序列设计的P基因组EST分子标记引物,筛选在普通小麦背景下的6P染色体特异分子标记。结果从1453对P基因组EST引物中筛选出130对小麦-冰草6P附加系特异标记引物。进而将这些特异标记与NCBInr蛋白质数据库及小麦EST序列进行了比对,发现4条冰草EST序列的功能注释与抗病、抗逆相关;36条冰草EST与已经定位的小麦EST具有较高的相似性,其中33条(91.67%)位于小麦第6部分同源群染色体。为了进一步验证这些标记的特异性,分别对其中4个具有功能注释的EST标记在中国春等7个普通小麦背景下和随机选择的5个标记在小麦-冰草6P易位系背景下进行了检测,结果证明其确实可用于检测6P染色体。这些冰草6P染色体特异标记的开发为大规模地鉴定小麦-冰草衍生后代中P染色质成分奠定了基础。 展开更多

关键词 小麦 冰草 P基因组 小麦-冰草6P附加系 est特异分子标记

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思茅松EST-SSR标记在几种松属植物中的通用性分析 被引量：9

6

作者 蔡年辉 许玉兰 +2 位作者 王大玮 唐红燕 李根前 《西南林业大学学报（自然科学）》 CAS 北大核心 2017年第4期8-14,共7页

为验证思茅松EST-SSR标记在松属植物中的通用性,利用已获得的18对EST-SSR标记对其近缘种进行扩增。结果表明:思茅松EST-SSR标记对马尾松、高山松、油松和云南松的通用率为88.89%,多态性百分比率分别为81.25%、81.25%、75.00%和93.75%。... 为验证思茅松EST-SSR标记在松属植物中的通用性,利用已获得的18对EST-SSR标记对其近缘种进行扩增。结果表明:思茅松EST-SSR标记对马尾松、高山松、油松和云南松的通用率为88.89%,多态性百分比率分别为81.25%、81.25%、75.00%和93.75%。因此,基于思茅松转录组序列SSR标记开发是可行的,思茅松EST-SSR标记对近缘种具有较高的通用性和多态性,这些引物可用于分析思茅松及其近缘种间的遗传关系。 展开更多

关键词 思茅松 松属 est—SSR标记 通用性 遗传

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花苜蓿抗旱耐盐EST-SSR标记筛选 被引量：7

7

作者 刘洁 胡蝶 +2 位作者 楚海家 闫娟 李建强 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期493-499,共7页

为了给花苜蓿(Medicago ruthenica Trautv.)抗旱耐盐的生态适应性研究提供特异的遗传标记,在已公布的70对鹰嘴豆抗旱耐盐EST-SSR标记中筛选出稳定性好、多态性高的8对引物,并用这8对引物对挑选出的11个居群的286个个体进行扩增,获得111... 为了给花苜蓿(Medicago ruthenica Trautv.)抗旱耐盐的生态适应性研究提供特异的遗传标记,在已公布的70对鹰嘴豆抗旱耐盐EST-SSR标记中筛选出稳定性好、多态性高的8对引物,并用这8对引物对挑选出的11个居群的286个个体进行扩增,获得111个等位基因。平均等位基因数为13.88;平均观察杂合度为0.497;平均预期杂合度为0.687;多态信息含量从0.313到0.883不等,平均值为0.649。以上结果表明,筛选出来的8个EST-SSR标记可以用于花苜蓿的遗传多样性分析,而且遗传多样性处于较高水平。多态性丰富的EST-SSR引物适用于花苜蓿生态适应性进化分析,对揭示花苜蓿抗旱耐盐基因型的遗传变异和地理分布格局以及探讨花苜蓿抗旱耐盐的适应性分化机制有重要意义。 展开更多

关键词 花苜蓿 est—SSR标记 抗旱耐盐 引物筛选

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基于10个棉花腺体相关材料转录组的EST-SSR标记开发 被引量：5

8

作者 程海亮 陆才瑞 +6 位作者 邹长松 余道乾 姜鹏飞 杨文翠 张友平 王巧连 宋国立 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2015年第1期1-8,共8页

棉花是重要的经济作物,但有毒棉酚的存在,使棉子得不到充分的利用,所以低酚棉育种是棉花育种的重要内容之一。色素腺体是棉酚的储存器官,开发功能型分子标记,加密棉花遗传图谱对色素腺体和其他重要性状相关基因的研究具有重要作用。本... 棉花是重要的经济作物,但有毒棉酚的存在,使棉子得不到充分的利用,所以低酚棉育种是棉花育种的重要内容之一。色素腺体是棉酚的储存器官,开发功能型分子标记,加密棉花遗传图谱对色素腺体和其他重要性状相关基因的研究具有重要作用。本试验以10个有腺体和无腺体材料转录组信息为基础开发EST-SSR标记,在12895条1 kb以上的Unigene中共搜索到1546个SSR位点,发生频率和平均距离分别是11.99%和15.99 kb。得到的EST-SSR中,二碱基和三碱基重复是主要的重复类型,分别占30.85%和48.97%,AT/TA和GAA/CTT分别是二碱基和三碱基的优势重复类型。对长度≥20 bp的SSR共设计合成了56对引物,在这10个材料中进行检测,能扩增出清晰条带的有38对,占67.86%,其中呈多态性的有9对,占23.68%,并对其所在的Unigene功能和表达量进行了初步分析。本研究进一步证明了棉花EST-SSR标记开发的可行性,并且为棉花高密度遗传图谱和腺体相关基因的研究奠定了基础。 展开更多

关键词 棉花 est.SSR标记 多态性 色素腺体

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利用EST-SSR标记鉴定大白菜杂交种纯度的研究 被引量：14

9

作者 张庶 周新成 +5 位作者 李利斌 刘立锋 李化银 宋梅芳 高建伟 高玲 《天津农业科学》 CAS 2010年第6期1-4,共4页

利用EST-SSR分子标记技术,选用自主开发的3对EST-SSR引物,对13个大白菜品种的总DNA进行了PCR扩增。结果表明:EST-SSR标记可以体现品种内的一致性、亲本间以及品种间的多态性,具有共显性、稳定性和可重复性的特点;EST-SSR标记可以快速、... 利用EST-SSR分子标记技术,选用自主开发的3对EST-SSR引物,对13个大白菜品种的总DNA进行了PCR扩增。结果表明:EST-SSR标记可以体现品种内的一致性、亲本间以及品种间的多态性,具有共显性、稳定性和可重复性的特点;EST-SSR标记可以快速、准确地鉴别大白菜品种的真实性和杂交种纯度,为大白菜种子质量的高效检测提供科学依据。 展开更多

关键词 大白菜 种子纯度 鉴定 est—SSR标记

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基于白木香ESTs的沉香属SSR分子标记引物筛选 被引量：4

10

作者 杨云 张争 +1 位作者 陈波 孟慧 《江西农业学报》 CAS 2014年第5期76-79,共4页

通过对白木香样品的454GS FLX Titanium高通量测序,获取了大量白木香EST序列,从中搜索出956个SSR,根据引物设计标准,设计了44对EST-SSR引物。在合适的PCR反应体系下,以海南白木香样品的DNA为模板,对设计的EST-SSR引物进行筛选,发现有22... 通过对白木香样品的454GS FLX Titanium高通量测序,获取了大量白木香EST序列,从中搜索出956个SSR,根据引物设计标准,设计了44对EST-SSR引物。在合适的PCR反应体系下,以海南白木香样品的DNA为模板,对设计的EST-SSR引物进行筛选,发现有22对EST-SSR引物能较好地扩增出产物。在沉香属3个种9份样品中进一步对这些可扩增的引物进行多态性初步验证,所筛选引物均可在所有沉香属样品中使用,为后续白木香居群及沉香属植物遗传多样性分析奠定基础。 展开更多

关键词 白木香 est—SSR标记 多态性引物 筛选

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甘蓝型油菜EST分子标记技术体系的建立 被引量：1

11

作者 杨畅 郑普英 +3 位作者 张学昆 邹崇顺 程勇 李桂英 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期17-24,共8页

根据从NCBI上随机选取的67条油菜和拟南芥等植物的表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)设计EST标记,以14个不同地理来源或亲缘关系的甘蓝型油菜作为验证对象,系统研究油菜EST分子标记技术体系及其在分析油菜遗传多样性和构建指纹... 根据从NCBI上随机选取的67条油菜和拟南芥等植物的表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)设计EST标记,以14个不同地理来源或亲缘关系的甘蓝型油菜作为验证对象,系统研究油菜EST分子标记技术体系及其在分析油菜遗传多样性和构建指纹图谱中的可行性。在67对EST引物中,有63对扩增出DNA片段,其中48对具有多态性,占总引物的71.6%。用聚丙烯酰胺凝胶电泳共检测出392条带,其中293条带具有多态性,多态率达74.7%,平均每对引物获得8.2条带,多态性带6.1条。聚类分析表明,这些EST标记可较准确地反映14个材料间的不同亲缘关系或地理关系,并且其中2对多态性较好的EST引物(ESTP36和ESTP37)可用于构建14个甘蓝型油菜的指纹图谱。研究结果表明,EST作为一种新型的分子标记,具有信息量大、多态性和重复性好、设计简便等优点,可以应用于油菜遗传多样性鉴定和构建指纹图谱。 展开更多

关键词 甘蓝型油菜 est分子标记 遗传多样性 指纹图谱

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假俭草抗寒性状与低温胁迫响应EST分子标记的关联分析

12

作者 王鹏良 王海燕 +1 位作者 刘建秀 王秀娥 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1301-1307,共7页

为深入研究抗寒分子机理以及为分子标记辅助育种奠定基础,以具有代表性的96份种源为材料,利用假俭草(Eremochloa ophiuroides)抗寒品种TifBlair低温诱导后所得的EST及其近缘种高粱NCBI中低温胁迫响应的EST开发分子标记,对假俭草抗寒指标... 为深入研究抗寒分子机理以及为分子标记辅助育种奠定基础,以具有代表性的96份种源为材料,利用假俭草(Eremochloa ophiuroides)抗寒品种TifBlair低温诱导后所得的EST及其近缘种高粱NCBI中低温胁迫响应的EST开发分子标记,对假俭草抗寒指标LT50观测值和EST分子标记位点进行关联分析。结果表明:开发的17对引物在假俭草群体共扫描到46个多态遗传位点,其中CINAU114-900,CINAU115-1500和CINAU116-400位点与抗寒指标LT50有显著关联,其表型变异的解释率分别为5.10%,4.04%和4.59%;其LT50表型效应分别为0.2518℃,-0.3121℃和0.2449℃。CINAU114-900和CINAU116-400位点提高假俭草对低温的敏感性,而CINAU115-1500位点可提高其抗寒性。 展开更多

关键词 假俭草 抗寒性状 est分子标记 关联分析

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野生二粒小麦导入普通小麦抗白粉病基因的分子标记 被引量：3

13

作者 沈红霞 辛明明 +4 位作者 梁荣奇 解超杰 杨作民 刘志勇 孙其信 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2012年第4期7-11,共5页

普通小麦的抗病品种(系)7K65对当前流行的小麦白粉菌E09生理小种具有较好的抗性,遗传分析表明,其抗性由一个显性基因控制,命名为Ml7K65。利用SSR,EST-STS标记对该基因进行检测,共筛选到7个与之连锁的标记位点,它们在遗传图谱上的顺序为:... 普通小麦的抗病品种(系)7K65对当前流行的小麦白粉菌E09生理小种具有较好的抗性,遗传分析表明,其抗性由一个显性基因控制,命名为Ml7K65。利用SSR,EST-STS标记对该基因进行检测,共筛选到7个与之连锁的标记位点,它们在遗传图谱上的顺序为:Xcfa2086-XEST83-XEST89-Xksum193-Xmag633-Xcfd50-Ml7K65,各位点之间的遗传距离依次为5.4,2.8,0.4,2.4,0.4,2.0 cM。其中,Xcfd50为离Ml7K65距离最近的标记,图距为2.0 cM,最远标记Xcfa2086与Ml7K65图距为13.4 cM。进一步利用中国春缺四体材料对该基因进行染色体定位,结果表明,Ml7K65基因位于小麦染色体2A上。 展开更多

关键词 普通小麦 抗白粉病基因 分子标记 SSR标记 est标记

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水稻抗白叶枯病基因Xa23群体的MAS育种研究 被引量：9

14

作者 于洁 王耀雯 +5 位作者 马文清 王建岭 王育荣 赵开军 王春连 刘丕庆 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期1-5,共5页

将野生稻中发现的抗白叶枯病基因Xa23转入3个优良恢复系中,为培育新的抗白叶枯病品种奠定基础.采用分子标记辅助育种(MAS)和人工剪叶接种方法快速选育抗白叶枯病新品系.选取前期所得的材料进行P6菌接种鉴定,利用Xa23基因连锁的EST标记C... 将野生稻中发现的抗白叶枯病基因Xa23转入3个优良恢复系中,为培育新的抗白叶枯病品种奠定基础.采用分子标记辅助育种(MAS)和人工剪叶接种方法快速选育抗白叶枯病新品系.选取前期所得的材料进行P6菌接种鉴定,利用Xa23基因连锁的EST标记C189对接种所得的272份接种鉴定表现有抗性的材料进行标记检测,共得到含有Xa23基因的材料254份,研究发现所得到的材料已经基本稳定,可选取最优品系参加新品种的区试. 展开更多

关键词 水稻 水稻白叶枯病 est标记 Xa23基因 MAS

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甘蓝型油菜一个代表性核心种质的遴选 被引量：11

15

作者 任丽平 倪西源 +3 位作者 黄吉祥 雷伟侠 曹明富 赵坚义 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期3521-3531,共11页

【目的】分析甘蓝型油菜的遗传多样性,遴选核心种质。【方法】将来自欧洲、亚洲、加拿大、澳大利亚和中国几个不同地区的甘蓝型油菜500余份,按照其品质特点、地理位置、生长习性分组并按比例取样,建立由87个品种组成的预选核心种质。采... 【目的】分析甘蓝型油菜的遗传多样性,遴选核心种质。【方法】将来自欧洲、亚洲、加拿大、澳大利亚和中国几个不同地区的甘蓝型油菜500余份,按照其品质特点、地理位置、生长习性分组并按比例取样,建立由87个品种组成的预选核心种质。采用EST-STS标记和SSR标记对其进行分析,剔除遗传冗余,选出代表该500余份资源的核心种质并进行分子标记多样性评价和表型特征分析。【结果】在相同的选择背景下,EST-STS和SSR标记的多态性检出率相仿(39%～40%),每对EST引物与SSR引物产生的多态性条带相近。聚类分析在遗传相似系数0.65处把87个品种分成中国和国外油菜两个类群,进一步在约0.70处类群Ⅰ和类群Ⅱ又分别产生中国"双低"、中国"双高"以及欧洲冬油菜和欧洲春油菜各两个亚组。根据遗传多样性分析,剔除遗传相似系数大于或等于0.85的遗传冗余,获得78个品种的核心种质。【结论】EST-STS是一种经济、有效具有功能信息的分子标记,功效与普通SSR标记相仿;遗传多样性和聚类分析结果为甘蓝型油菜4个组的划分提供了依据;78个品种组成的核心种质保留了预选核心种质的遗传多样性和结构,可作为本研究中500余份品种资源的核心种质加以利用和保存。 展开更多

关键词 甘蓝型油菜 est标记 遗传多样性 核心种质

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小麦品种潍麦8号2AS染色体上的抗叶锈病QTL定位 被引量：2

16

作者 朱琳 王佳真 +3 位作者 师令智 任志宽 李星 刘大群 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期145-149,共5页

为了解小麦品种潍麦8号抗叶锈基因在染色体上的位置,利用EST标记对潍麦8号2AS染色体上的抗叶锈病QTL进行检测和分子作图。2011-2013年,对抗病品种潍麦8号×感病品种郑州5389杂交得到的179个F2:3家系及其亲本进行成株期抗叶锈病鉴定... 为了解小麦品种潍麦8号抗叶锈基因在染色体上的位置,利用EST标记对潍麦8号2AS染色体上的抗叶锈病QTL进行检测和分子作图。2011-2013年,对抗病品种潍麦8号×感病品种郑州5389杂交得到的179个F2:3家系及其亲本进行成株期抗叶锈病鉴定,得到表型数据。前期研究已利用SSR标记在潍麦8号2AS染色体上检测到一个主效QTL,为了寻找与该QTL距离更近的标记,本试验通过35个位于2AS染色体上的EST标记检测亲本及其F2:3家系,结果表明,4个EST标记与抗叶锈病QTL连锁,该QTL位点被定位在BE444541和CD452782之间,区间距离为11.3cM,3年解释的遗传变异分别为63.59%、62.48%和62.43%。 展开更多

关键词 小麦 叶锈病 est标记 QTL作图

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基于高通量测序的红豆杉EST-SSRs标记研究 被引量：12

17

作者 吴琼 段小群 +1 位作者 陈旭 肖培根 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第24期3728-3733,共6页

目的:利用高通量测序,对红豆杉Taxus cuspidata转录组进行EST-SSRs发掘和研究。方法:提取红豆杉叶片cDNA,应用454 GS FLX Titanium测序,采用Newbler Assembler Software软件对序列(high-quality sequences)进行从头拼接,获得一致性序列(... 目的:利用高通量测序,对红豆杉Taxus cuspidata转录组进行EST-SSRs发掘和研究。方法:提取红豆杉叶片cDNA,应用454 GS FLX Titanium测序,采用Newbler Assembler Software软件对序列(high-quality sequences)进行从头拼接,获得一致性序列(unique sequences)。用Simple Sequence Repeat Identification Tool(Perl Script)对一致性序列进行分析,检索SSRs模体;采用PRIMER3设计扩增引物。结果:高通量测序获得红豆杉81 148条ESTs,经拼接得到20 557条unique se-quences,从中发现了753个EST-SSRs。依据其邻近序列设计引物,共有519条EST-SSRs获得了扩增引物。在红豆杉EST-SSRs中随机挑选序列构建小样本,克隆测序结果表明87.5%的序列与Sanger测序结果一致。结论:首次获得了红豆杉属EST-SSRs,为红豆杉的种质资源培育、功能基因及基因组差异研究奠定了基础。 展开更多

关键词 东北红豆杉 est—SSRs标记 高通量测序 表达序列标签

原文传递

蒺藜苜蓿种子产量相关性状的遗传分析 被引量：5

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作者 雷艳芳 魏臻武 +2 位作者 杨占花 盖钧镒 王仪明 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期337-342,共6页

通过对蒺藜苜蓿(Medicago truncatula Gaertn.)种子产量相关性状的田间调查,解析影响蒺藜苜蓿种子产量的主要构成因素。结果表明:搜集的38份蒺藜苜蓿种质资源在种子产量方面存在显著差异(P<0.05),选系J1.12单株平均种子产量明显高于... 通过对蒺藜苜蓿(Medicago truncatula Gaertn.)种子产量相关性状的田间调查,解析影响蒺藜苜蓿种子产量的主要构成因素。结果表明:搜集的38份蒺藜苜蓿种质资源在种子产量方面存在显著差异(P<0.05),选系J1.12单株平均种子产量明显高于其他材料;不同种质在分枝数、伸展长度、小花数、结荚数和百荚重等构成因素上存在显著差异(P<0.05);对蒺藜苜蓿种质种子产量与其构成因素间的相关性进行分析发现,伸展长度与种子产量相关性最大,相关系数为0.719,每荚种子数与种子产量相关性最小。通过系统聚类,参试蒺藜苜蓿种质可分为3个类群,并从中筛选6份种子产量特性差异大的蒺藜苜蓿种质作为杂交亲本,利用SSR、EST-SSR和SRAP引物检测亲本的多态性,发现6份亲本多态性差异明显;通过应用主基因+多基因遗传模型发现蒺藜苜蓿A17×A20组合的RILs群体种子产量性状的最佳遗传模型是2对加性-上位性主基因模型,该组合群体种子产量遗传以主基因为主,多基因遗传率较低,第二对主基因的加性效应值高于第一对主基因的加性效应值。 展开更多

关键词 蒺藜苜蓿 种子产量 主基因+多基因遗传分析 est—SSR标记 SRAP标记

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EST-SSR标记应用于麦冬类植物遗传多样性研究 被引量：3

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作者 王月 刘晓庆 +1 位作者 李昊 董学会 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期12-20,共9页

为研究麦冬类植物材料的遗传多样性,利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,用8对EST-SSR引物在32份麦冬类植物材料进行扩增检测,并对样本进行聚类分析。结果表明:8对引物的PIC(Polymorphic information content)位于0~0.869,平均值0.567,引... 为研究麦冬类植物材料的遗传多样性,利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,用8对EST-SSR引物在32份麦冬类植物材料进行扩增检测,并对样本进行聚类分析。结果表明:8对引物的PIC(Polymorphic information content)位于0~0.869,平均值0.567,引物1扩增出最多的等位基因数,占总值的20.41%;遗传距离矩阵研究发现,个体1和个体23间的遗传距离最大为2.48,说明二者遗传分化程度最大,个体18和个体23地理来源虽然不同,但二者间遗传距离最小,表明二者间有一定程度的基因交流现象;同时,居群c(野生杭麦冬)内的平均遗传距离最小为0.03,居群d(阔叶山麦冬)内的平均遗传距离最大为0.93。在聚类分析中,32份材料被分为2大类,在主坐标分析中,32份材料被分为3大类,2种分析结果具有相似性。研究表明EST-SSR标记可以很好地对麦冬类植物材料进行划分。 展开更多

关键词 麦冬 est—SSR标记 遗传多样性

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粗皮侧耳栽培种EST-SSR分子标记的开发应用及初级核心种质库的构建 被引量：4

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作者 张雪梅 姚强 +7 位作者 宫志远 高兴喜 李瑾 刘晓 韩建东 任鹏飞 万鲁长 任海霞 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期64-80,共17页

根据已知的粗皮侧耳、灵芝、香菇EST序列开发出9条粗皮侧耳EST-SSR引物、58条灵芝EST-SSR引物和35条香菇EST-SSR引物,从中筛选出4条多态性好、条带清晰的引物,对选取的185株粗皮侧耳栽培种进行扩增分析。共扩增得到59条带,每个引物扩增... 根据已知的粗皮侧耳、灵芝、香菇EST序列开发出9条粗皮侧耳EST-SSR引物、58条灵芝EST-SSR引物和35条香菇EST-SSR引物,从中筛选出4条多态性好、条带清晰的引物,对选取的185株粗皮侧耳栽培种进行扩增分析。共扩增得到59条带,每个引物扩增条带数为12–19条,扩增片段在100–1,100bp之间。根据扩增结果构建了一个含47株粗皮侧耳栽培种的初级核心种质库P-core47。分析得出P-core47占原群体样品数25%,占资源库的13%,有效等位基因数和多态性位点占有率与原群体一致,多样性指数均值比原群体高0.12747,在原群体的低频率等位基因有所增强。P-core47内菌株来源广泛,基本已覆盖各个栽培地区,统计的质量性状和数量性状均可在其中找到代表性菌株。表明了用EST-SSR分子标记构建粗皮侧耳栽培种初级核心种质库的可行性。 展开更多

关键词 粗皮侧耳 est—SSR分子标记 初级核心种质库 有效等位基因 多态性位点

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