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基于网络药理学与GEO差异基因芯片数据探讨芦丁治疗脊髓损伤的作用机制
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作者 周亚净 段春胜 +3 位作者 何润之 程芳 吴黎莉 刘建敏 《天津师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第3期19-27,共9页
为了探究芦丁治疗脊髓损伤的作用机制,基于网络药理学和GEO差异基因芯片数据分析,结合体内实验,筛选芦丁对脊髓损伤的作用靶点.首先通过TCMSP、Swiss Target Prediction和SuperPred数据库获得芦丁的作用靶点,同时采用GEO差异基因、CTD、... 为了探究芦丁治疗脊髓损伤的作用机制,基于网络药理学和GEO差异基因芯片数据分析,结合体内实验,筛选芦丁对脊髓损伤的作用靶点.首先通过TCMSP、Swiss Target Prediction和SuperPred数据库获得芦丁的作用靶点,同时采用GEO差异基因、CTD、OMIM、PharmGkb疾病数据库获取脊髓损伤的疾病靶点;然后应用Cytoscape软件采用蛋白互作的方式筛选芦丁治疗脊髓损伤的核心靶点,并采用R语言对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析;最后采用Rutgers MASCIS脊髓损伤撞击器建立大鼠急性脊髓损伤模型,芦丁干预3 d后采用BBB运动评分法对大鼠后肢运动功能进行评价,采用酶联免疫吸附测定法检测脊髓中炎症因子TNF-α、IL-6、IL-1β和NF-κB的表达水平以及ROS和MDA含量.结果发现:(1)芦丁共有56个对应的蛋白靶点,脊髓损伤筛选到4 624个疾病靶点,合并后得到5个核心靶点,即CASP3、ESR1、GSK3B、IL-6、MTOR;(2) GO功能主要集中在对氧化应激的反应、活性氧代谢过程、NF-κB结合等,KEGG通路分析显示,芦丁治疗脊髓损伤相关的通路包括PI3K-Akt信号通路、AMPK信号通路、HIF-1信号通路等;(3)分子对接实验和分子动力学模拟表明,芦丁与5个核心靶点均有良好且稳定的结合;(4)体内实验结果显示,脊髓损伤后使用芦丁进行药物干预处理可以降低脊髓的含水量,减少炎性因子和氧化应激因子的产生.上述结果证实,芦丁可以通过多个靶点以及多条通路在治疗脊髓损伤中发挥抗炎和抗氧化作用. 展开更多
关键词 网络药理学 geo差异基因芯片 芦丁 脊髓损伤 分子对接 体内实验
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基于GEO数据库联合网络药理学研究川芎-赤芍药对治疗动脉粥样硬化的药理过程及分子机制
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作者 陈启庭 林洪 +4 位作者 陈利捷 卓超林 岳双冰 金宇 张淼 《中国医院用药评价与分析》 2024年第6期655-661,共7页
目的:探讨活血化瘀中药药对川芎-赤芍拮抗动脉粥样硬化的潜在分子机制及药理过程。方法:使用R语言Limma包分析GEO数据库GSE43292数据集,对有表达差异的动脉粥样硬化基因进行筛选和提取。川芎-赤芍药对所含的化学活性组分及靶点通过中药... 目的:探讨活血化瘀中药药对川芎-赤芍拮抗动脉粥样硬化的潜在分子机制及药理过程。方法:使用R语言Limma包分析GEO数据库GSE43292数据集,对有表达差异的动脉粥样硬化基因进行筛选和提取。川芎-赤芍药对所含的化学活性组分及靶点通过中药系统药理学数据库与分析平台检索。合并差异基因和药物作用靶点以获得共同的靶点。利用在线分析工具STRING和Cytoscape构建药物和靶点的调控网络以及靶点间的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。然后利用R语言注释靶点基因的基因本体(GO)功能,分析京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路,再进行基因集富集分析(GSEA)以验证KEGG的通路和富集的情况,确定靶点基因的调控功能和参与基因调控功能的信号转导通道。结果:共筛选出动脉粥样硬化差异基因1244个,川芎-赤芍药对含36个生物活性成分,其中靶点为环加氧酶1、肾上腺素受体、过氧化物酶体增殖物激活受体-γ、激酶插入域受体、孕激素受体、基质金属蛋白酶9、CXC趋化因子配体8、蛋白激酶Cβ、白细胞介素6、CD14、二肽基肽酶-4、PIK3CG、肾上腺素受体α1B、微管相关蛋白2、尿激酶纤溶酶原激活剂和单胺氧化酶B。靶点在GO中主要富集在合成DNA过程的调控、DNA生物合成的过程、含胶原的细胞外基质、细胞外基质、蛋白酶结合、细胞迁移、血管形成过程、膜筏结构、转录的调节等与动脉粥样硬化炎症、脂肪代谢及血管生成相关的生物学注释。脂质与动脉粥样硬化通路和核因子κB信号通路与动脉粥样硬化关系最为密切,并且在KEGG信号通路和GSEA均显示出富集。结论:川芎-赤芍药对通过潜在的13个活性成分作用于可能的16个靶点调控相关信号转导通路,通过抗炎、调脂和保护血管等方式产生抗动脉粥样硬化的作用。 展开更多
关键词 川芎-赤芍药对 动脉粥样硬化 geo数据库联合网络药理学 信号通路
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基于GEO数据库分析脓毒症相关性死亡的潜在差异表达基因和微小RNAs
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作者 吕卓辰 罗士元 +2 位作者 童尧 周瑶 王颖 《临床麻醉学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1184-1191,共8页
目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学筛选与脓毒症相关性死亡相关的潜在差异表达基因和微小RNAs(miRNAs)。方法从GEO数据库下载人类血液样本基因表达谱芯片数据集GSE48080和GSE54514,选择两个时点(诊断脓毒症时、脓毒症病程中),... 目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学筛选与脓毒症相关性死亡相关的潜在差异表达基因和微小RNAs(miRNAs)。方法从GEO数据库下载人类血液样本基因表达谱芯片数据集GSE48080和GSE54514,选择两个时点(诊断脓毒症时、脓毒症病程中),使用GEO2R在线工具对脓毒症存活患者和非存活患者进行差异表达基因(DEGs)筛选。通过基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究脓毒症相关性死亡DEGs涉及的病理生理过程和潜在信号通路。使用STRING在线工具构建DEGs蛋白-蛋白相互作用(PPI),使用Cytoscape软件构建PPI网络拓扑,使用CytoHubba工具筛选枢纽(Hub)基因。使用NetworkAnalyst构建Hub基因的目标miRNAs,使用RT-qPCR验证本院脓毒症存活患者和非存活患者相关基因表达变化。结果在脓毒症病程中,脓毒症存活患者和非存活患者基因表达呈现异质性,共筛选出15个DEGs。KEGG通路富集分析显示,金黄色葡萄球菌感染、NOD样受体信号通路、硫代谢和集管酸分泌四个途径存在显著富集。PPI和CytoHubba分析筛选出10个Hub基因(SLC4A1、EPB42、LTF、LCN2、DEFA4、HBM、HBG1、GMPR、CAMP、OLFM4)。NetworkAnalyst分析预测了10个关键miRNAs。RT-qPCR验证结果显示,5个Hub基因(SLC4A1、EPB42、LCN2、DEFA4、OLFM4)与上述分析中的趋势一致。结论基于GEO数据库的生物信息学分析,脓毒症存活患者和非存活患者在脓毒症病程中存在差异表达基因,为探索脓毒症相关性死亡的生物标志物提供了数据支持。 展开更多
关键词 geo数据库 脓毒症相关性死亡 差异表达基因 微小RNAS
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基于GEO芯片和网络药理学探讨康力欣胶囊治疗乳腺癌的作用机制
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作者 柯昌虎 严慧 +1 位作者 吴亚晴 黄慧敏 《湖北医药学院学报》 CAS 2024年第2期169-178,共10页
目的:利用GEO芯片和网络药理学探讨康力欣胶囊治疗乳腺癌的分子机制。方法:通过TCMSP、HERB、Batman-TCM数据库检索药物的化学成分,借助Swiss Target Prediction数据库获取药物成分对应的相关靶点;在GEO数据库中检索乳腺癌的相关靶点;利... 目的:利用GEO芯片和网络药理学探讨康力欣胶囊治疗乳腺癌的分子机制。方法:通过TCMSP、HERB、Batman-TCM数据库检索药物的化学成分,借助Swiss Target Prediction数据库获取药物成分对应的相关靶点;在GEO数据库中检索乳腺癌的相关靶点;利用Venny 2.1.0在线软件获取药物与疾病的共同靶点;由Cytoscape 3.8.2绘制药物-成分-靶点-疾病网络;STRING数据库构建PPI网络;借助DAVID数据库进行GO功能富集和KEGG通路富集分析;运用AutoDock软件对关键的活性成分和靶点进行分子对接验证。结果:康力欣胶囊中59个有效成分通过调控106个靶点和43条通路对乳腺癌产生作用,法尼斯淝醇A、多胶阿魏素、宽叶阿魏酮、山奈酚、法尼斯淝醇B、泽兰黄醇素、槲皮素、宽叶阿魏醇、啤酒甾醇、阿魏种素等成分可以通过EGFR、JUN、PPARG、PTGS2、CCNA2、CHEK1、CDK1、CDK2、MMP9、TOP2A等关键靶点介导癌症的中枢碳代谢、细胞周期、代谢途径、癌症途径、AMPK、松弛素、FoxO、IL-17、Ras、HIF-1、MAPK、钙、胰岛素等信号通路来治疗乳腺癌。分子对接分析发现10个靶点蛋白与10个活性成分具有较好的结合能力。结论:康力欣胶囊可以通过多成分、多靶点、多途径参与乳腺癌的治疗,为其临床应用及治疗乳腺癌的机制深入研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 康力欣胶囊 乳腺癌 geo芯片 网络药理学 分子对接 作用机制
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北斗系统GEO卫星伪距多路径误差改正
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作者 李卫锋 《北京测绘》 2024年第7期1053-1057,共5页
北斗系统地球静止轨道(GEO)卫星因相对于地面近似静止,其多路径误差相对于其他类型较为严重,且表现出系统波动现象。为提升定位精度,本文在GEO卫星伪距多路径误差特征研究的基础上,采用奇异谱分析方法对其进行修正,并通过伪距单点定位(S... 北斗系统地球静止轨道(GEO)卫星因相对于地面近似静止,其多路径误差相对于其他类型较为严重,且表现出系统波动现象。为提升定位精度,本文在GEO卫星伪距多路径误差特征研究的基础上,采用奇异谱分析方法对其进行修正,并通过伪距单点定位(SPP)验证伪距多路径误差修正效果。选取测站CUT0连续10d的静态观测数据进行修正试验。研究发现,GEO卫星伪距多路径误差序列表现出较强的天重复性,且多路径误差中的系统误差项越大,重复性也越强;在运用奇异谱分析方法修正GEO卫星伪距多路径误差各系统误差项后,多路径组合(MP)观测值和SPP的定位精度均有一定程度提升。 展开更多
关键词 北斗系统 北斗系统地球静止轨道(geo)卫星 伪距多路径误差 奇异谱分析 伪距单点定位(SPP) 定位精度
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基于GEO芯片和分子对接探讨小檗碱治疗溃疡性结肠炎活动期的机制
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作者 王喜霞 刘金响 +4 位作者 马小兵 史英 张桥 高二鹏 张益珊 《中国中医急症》 2024年第9期1508-1511,1534,共5页
目的通过GEO芯片数据和分子对接探寻小檗碱治疗溃疡性结肠炎(UC)活动期的潜在机制。方法利用PharmMapper获取小檗碱分子靶点;检索GEO数据库中UC相关芯片数据,借助R语言分析差异基因;对小檗碱分子靶标与UC差异基因进行富集分析;将小檗碱... 目的通过GEO芯片数据和分子对接探寻小檗碱治疗溃疡性结肠炎(UC)活动期的潜在机制。方法利用PharmMapper获取小檗碱分子靶点;检索GEO数据库中UC相关芯片数据,借助R语言分析差异基因;对小檗碱分子靶标与UC差异基因进行富集分析;将小檗碱分子靶点与UC差异基因的交集作为关键基因,通过Cytoscape软件寻找潜在基因蛋白;利用分子对接技术分析小檗碱分子与UC关键基因、潜在基因蛋白的结合情况。结果筛选出小檗碱分子靶点255个;对GEO数据库的GSE107499芯片分析,筛选出860个差异基因,包括545个上调基因和315个下调基因;比对UC差异基因与小檗碱靶点KEGG富集分析,推测小檗碱治疗UC与调节趋化因子信号通路、T细胞受体信号通路及PPAR信号通路关系密切;对小檗碱治疗UC的关键基因网络拓扑分析,筛选出11个小檗碱治疗UC潜在基因蛋白,分子对接验证表明配体与受体具有较好的结合活性。结论小檗碱通过多靶点、多途径发挥对UC的治疗作用,其机制可能与调节T细胞免疫和炎症因子水平有关。 展开更多
关键词 溃疡性结肠炎 小檗碱 geo数据挖掘 分子对接 作用机制
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基于CEI测量的GEO目标快速轨道恢复
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作者 黄俊迦 杜兰 +3 位作者 刘泽军 张中凯 周佩元 刘隆迪 《天文学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期67-75,共9页
连线干涉测量(Connected Element Interferometry,CEI)是一种全天时全天候的被动测角技术,已用于空间目标的跟踪监视.地球静止轨道(Geostationary Earth Orbit,GEO)卫星需要频繁机动以保持轨位或完成其他任务,其机动后的快速轨道恢复能... 连线干涉测量(Connected Element Interferometry,CEI)是一种全天时全天候的被动测角技术,已用于空间目标的跟踪监视.地球静止轨道(Geostationary Earth Orbit,GEO)卫星需要频繁机动以保持轨位或完成其他任务,其机动后的快速轨道恢复能力对于监视预警极为重要.针对基于CEI的GEO短弧定轨和预报,分析了定轨算法的形亏和数亏,在附加先验轨道约束的短弧定轨基础上,提出了轨道半长轴初值的自适应优化方法.利用亚太七号卫星的CEI仿真和实测数据进行了短弧定轨和预报,实验结果表明,采用优化后的半长轴初值,30min短弧定轨和10min预报的卫星位置分量精度均优于4km,能够满足非合作GEO目标机动后快速轨道恢复的需求. 展开更多
关键词 geo卫星 非合作目标 CEI 快速轨道恢复
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基于碰撞概率的GEO业务卫星空间安全规避策略
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作者 王宁 郭建新 《空间控制技术与应用》 CSCD 北大核心 2024年第2期12-22,共11页
针对GEO业务卫星空间规避问题,提出一种基于碰撞概率优化的GEO卫星空间规避策略.建立脉冲推力控制下的位保模型,解释碰撞概率的假设条件与计算原理,针对GEO卫星对原有碰撞概率计算方法进行改进,提出了一种考虑了速度误差的碰撞概率计算... 针对GEO业务卫星空间规避问题,提出一种基于碰撞概率优化的GEO卫星空间规避策略.建立脉冲推力控制下的位保模型,解释碰撞概率的假设条件与计算原理,针对GEO卫星对原有碰撞概率计算方法进行改进,提出了一种考虑了速度误差的碰撞概率计算方法,以脉冲速度大小为变量,以消耗速度冲量最小和碰撞概率最小为优化目标,基于非支配排序多目标遗传算法(NSGA-Ⅱ)进行多目标优化,对碰撞概率较大的问题求出其帕累托最优解.考虑GEO卫星定点保持的业务要求,得到满足其位保精度的空间规避策略,并进行仿真验证了空间规避策略的有效性.研究结果可为在轨业务卫星实现满足位保要求的空间安全规避提供思路. 展开更多
关键词 geo卫星 碰撞概率 多目标遗传算法 定点保持 空间规避
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基于网络药理学与GEO数据库探讨心瘅方治疗病毒性心肌炎的机制
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作者 张平安 高娜 +2 位作者 姚涛 王国斌 车志英 《西部中医药》 2024年第5期101-109,共9页
目的:基于网络药理学与GEO数据库探讨心瘅方治疗病毒性心肌炎的microRNA-mRNA调控机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选心瘅... 目的:基于网络药理学与GEO数据库探讨心瘅方治疗病毒性心肌炎的microRNA-mRNA调控机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选心瘅方中药物活性成分及其靶基因;利用GEO数据库筛选病毒性心肌炎与健康人的差异microRNA;利用FunRich3.1.3对差异microRNA进行mRNA富集,并与药物靶基因取交集基因;通过蛋白-蛋白互作网络(protein-protein interactions,PPI)以及cytoNCA筛选出核心基因;运用R软件对核心基因进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。结果:心瘅方中药物活性成分共199个,潜在作用靶点490个,GEO数据库Series GSE148153符合要求,通过筛选得到差异microRNA 438个,50个microRNA与核心基因有对应关系,上调基因45个,下调基因5个;筛选得到交集基因207个,其中33个为核心基因;GO功能注释主要富集在肌细胞增殖、MAP激酶活性等生物学过程,并且主要富集在PI3K/Akt、人巨细胞病毒感染、白细胞介素17等信号通路。结论:心瘅方调控microRNA-mRNA过程治疗病毒性心肌炎与中药成分干预肌细胞增殖、MAP激酶活性等生物学过程和PI3K/Akt、人巨细胞病毒感染、肿瘤坏死因子信号通路等有关,此过程可能涉及hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p等外泌体的表达。 展开更多
关键词 病毒性心肌炎 网络药理学 geo数据库 靶基因 MICRORNA 心瘅方
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一种基于CEI的GEO目标滑窗式机动探测方法
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作者 黄俊迦 杜兰 +3 位作者 刘泽军 张中凯 周佩元 刘隆迪 《导航定位学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期79-84,共6页
为了进一步提升地面跟踪站的监视预警能力,提出一种基于连线相位干涉测量(CEI)的地球静止轨道(GEO)目标滑窗式机动探测方法:立足于CEI的GEO短弧段定轨和预报,基于GEO卫星位保机动的持续小推力和轨道缓慢渐变特性,提出一种针对GEO目标尤... 为了进一步提升地面跟踪站的监视预警能力,提出一种基于连线相位干涉测量(CEI)的地球静止轨道(GEO)目标滑窗式机动探测方法:立足于CEI的GEO短弧段定轨和预报,基于GEO卫星位保机动的持续小推力和轨道缓慢渐变特性,提出一种针对GEO目标尤其是非合作GEO目标的滑窗式准实时机动探测方法;并利用亚太七号和中星十号卫星的CEI仿真和实测数据进行机动探测。结果表明,东西机动和南北机动捕获与卫星发动机的点火时刻基本保持一致,机动探测延迟量均小于10 min;能够实现GEO目标的准实时机动告警。 展开更多
关键词 地球静止轨道(geo)目标 连线相位干涉测量(CEI) 滑动窗口 机动探测
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基于GEO数据库和生物信息学方法分析水蛭治疗心肌梗死的差异靶基因和信号通路
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作者 卢丽颖 郑景辉 +2 位作者 徐文华 杨文娜 李丽娟 《西部中医药》 2024年第3期60-66,共7页
目的:探讨水蛭治疗心肌梗死(myocardial infarction,MI)的差异靶基因和信号通路。方法:从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中检索与MI有关的数据芯片,利用GEO2R工具对数据芯片进行在线分析,筛选出MI差异表达的靶基因;... 目的:探讨水蛭治疗心肌梗死(myocardial infarction,MI)的差异靶基因和信号通路。方法:从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中检索与MI有关的数据芯片,利用GEO2R工具对数据芯片进行在线分析,筛选出MI差异表达的靶基因;利用中医药综合数据库(traditional Chinese medicine integrated database,TCMID)、比较毒理基因组学数据库(comparative toxicogenomics database,CTD)、BATMAN、SwissTargetPrediction数据库筛选与水蛭相关的靶点;利用STRING数据库和核心靶基因导入基因功能注释数据库(the database for annotation visualization and integrated discovery,DAVID),对水蛭治疗MI的差异靶基因进行基因本体论(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析。结果:利用GEO2R工具筛选出794个与MI有关的差异靶基因,包括386个下调基因,408个上调基因;利用TCMID数据库得到518个与水蛭相关的靶点;最终筛选出28个水蛭治疗MI的差异靶基因,10个关键基因;经GO和KEGG富集分析得到P<0.05的生物过程(biological process,BP)25个、细胞组分(cell component,CC)5个、分子功能(molecular function,MF)27个,信号通路22条。结论:水蛭治疗MI的差异靶基因包括VEGFA、AREG、EGFR等基因,其作用机制可能与水蛭调控Rap1、PI3K-Akt、Ras、MAPK、HIF-1等信号通路有关。 展开更多
关键词 心肌梗死 水蛭 差异基因 geo数据库
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基于GEO数据库奶牛乳房炎致病菌差异表达基因的生物信息学分析
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作者 张雅昆 王亭亭 +3 位作者 谭晶 杨敏 曾艳荣 谭承建 《中国奶牛》 2024年第5期21-25,共5页
试验旨在筛选与奶牛乳房炎致病菌相关的差异表达基因(DEGs),分析其作用机理。在基因表达数据库(GEO)中筛选得到与奶牛乳房炎致病菌密切相关的基因芯片数据集GSE25413进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。联合Strin... 试验旨在筛选与奶牛乳房炎致病菌相关的差异表达基因(DEGs),分析其作用机理。在基因表达数据库(GEO)中筛选得到与奶牛乳房炎致病菌密切相关的基因芯片数据集GSE25413进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。联合String数据库在Cytoscape软件中构建出蛋白质互作网络(PPI)并筛选出主要的关键基因。结果显示,在GSE25413数据集中共筛选得到127个差异表达基因,其中上调表达基因49个,下调表达基因78个。GO分析共得到450条功能注释,主要涉及炎症反应、缺氧反应等;KEGG通路富集共得到446条信号通路,主要涉及癌症途径、肿瘤坏死因子等信号通路。PPI互作网络共筛选得到IL-6、IL-1B、VEGFA、CXCL8等10个关键基因。经筛选获得的关键基因可作为潜在的分子标志物用于奶牛乳房炎的早期诊断和临床治疗靶点的选择,为奶牛乳房炎的防治提供参考。 展开更多
关键词 奶牛乳房炎 差异表达基因 geo数据库
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基于GEO数据库结合网络药理学及分子对接逆向挖掘干预肝癌的中药
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作者 魏泽坤 杨雨洁 +3 位作者 刘双 王燕 董红敬 刘春梅 《山东科学》 CAS 2024年第3期39-47,共9页
基于GEO(gene expression omnibus)数据库结合网络药理学及分子对接,从分子水平逆向挖掘具有抗肝癌活性的中药。通过GEO、GeneCards、OMIM和TTD等疾病靶点数据库获取肝癌的重要靶点。利用STRING平台获取核心靶点,结合TCMIP(integrative ... 基于GEO(gene expression omnibus)数据库结合网络药理学及分子对接,从分子水平逆向挖掘具有抗肝癌活性的中药。通过GEO、GeneCards、OMIM和TTD等疾病靶点数据库获取肝癌的重要靶点。利用STRING平台获取核心靶点,结合TCMIP(integrative pharmacology-based research platform of traditonal Chinese medicine)和TCMID(traditional Chinese medicine integraive database)数据库筛选核心成分,采用TCMSP(traditonal Chinese medicine system pharmacology database and analysis platform)数据库筛选核心中药,通过分子对接和细胞实验验证筛选结果。从疾病靶点数据库得到398个肝癌的重要靶点,进一步筛选出8个核心靶点、11个核心成分和1味核心中药葛根;分子对接结果表明葛根的3个核心成分(槲皮素、黄岑素、豆甾醇)可以与部分核心靶点(CDK1、CDC20)自发地结合;细胞实验结果表明葛根提取物可以有效抑制肝癌细胞HepG2的增殖。该结果可以为葛根的研究与开发提供参考,为葛根抗肝癌活性成分的挖掘提供理论依据。 展开更多
关键词 葛根 抗肝癌活性成分 网络药理学 分子对接 geo数据库
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GEO轨道太阳帆热致干扰力矩分析
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作者 王杰 余晔 张涛 《中国空间科学技术(中英文)》 CSCD 北大核心 2024年第3期167-173,共7页
太阳帆由轻质伸展臂张拉大面积柔性薄膜结构组成。当太阳帆经历空间高低温环境时,温度场突变以及材料热膨胀系数的不一致将激起伸展臂的变形和振动,对太阳帆的姿态产生干扰力矩,影响控制系统的稳定性。提出了太阳帆热致干扰力矩分析方法... 太阳帆由轻质伸展臂张拉大面积柔性薄膜结构组成。当太阳帆经历空间高低温环境时,温度场突变以及材料热膨胀系数的不一致将激起伸展臂的变形和振动,对太阳帆的姿态产生干扰力矩,影响控制系统的稳定性。提出了太阳帆热致干扰力矩分析方法,以豆荚杆式伸展臂支撑的太阳帆为仿真对象,建立了热-结构分析模型,分析了太阳帆在进出地影时结构的瞬态温度场分布,进一步计算了突变温度场下结构的动态响应,最后获取了热致动力学响应对中心星体的干扰力矩。数值仿真结果表明,热致变形和进出地影时伸展臂的热致振动将会对太阳帆中心星体造成不可忽视的干扰,干扰力矩幅值达10-3 N·m。提出的方法可对太阳帆在轨热扰动响应进行精确预示,对工程设计具有理论指导意义。 展开更多
关键词 太阳帆 热致动力学响应 geo 温度场 干扰力矩
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基于GEO数据库和转录因子调控网络的结核病药物作用靶点筛选及其作用机制
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作者 赵悦含 杨悦 徐广宇 《北华大学学报(自然科学版)》 CAS 2024年第3期346-353,共8页
目的基于GEO数据库和转录因子调控网络筛选抗结核病药物及药物作用靶点。方法通过NCBI的GEO数据库,筛选结核病患者和健康者之间差异表达的基因;通过AnimalTFDB 3.0数据库预测差异表达基因中的转录因子,并构建转录因子调控网络;通过调控... 目的基于GEO数据库和转录因子调控网络筛选抗结核病药物及药物作用靶点。方法通过NCBI的GEO数据库,筛选结核病患者和健康者之间差异表达的基因;通过AnimalTFDB 3.0数据库预测差异表达基因中的转录因子,并构建转录因子调控网络;通过调控网络中的关键基因筛选相关miRNA,并筛选关键节点,初步阐明结核病致病的分子机制。结果通过GEO数据库检索,筛选出的差异表达基因为784个;通过AnimalTFDB 3.0数据库筛选出23个转录因子和对应的790个靶基因,构建了转录因子-靶基因的调控网络;通过TargetScanHuman 7.2查询到关键节点对应的miRNA,构建“转录因子-靶基因-miRNA”调控网络,筛选出4个结核病药物靶点(EP300,CREBBP,ELAVL1,HSP90AA1),阐明了其与转录因子和miRNA之间的调控机制。结论通过构建结核“转录因子-靶基因-miRNA”网络,筛选出结核病新的潜在药物作用靶点——EP300、CREBBP、ELAVL1、HSP90AA1;同时发现,EP300、CREBBP、HSP90AA1通过激活转录因子STAT2,导致机体内炎症因子TNF-α水平增高,进而抑制了miR-9-5p的表达;而基因ELAVL1直接抑制miR-9-5p的表达,并且与NOD-like receptor signaling pathay通路密切相关,导致结核病的发生发展。 展开更多
关键词 结核病 药物靶点 geo数据库 转录因子 调控网络
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BDS GEO卫星的电离层VTEC反演性能评估
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作者 朱屹 李剑锋 黄丁发 《导航定位学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期43-50,共8页
北斗卫星导航系统(BDS)的地球同步轨道(GEO)卫星可以对固定穿刺点总电子含量(TEC)进行连续观测,可为电离层模型精化提供约束,但BDS GEO卫星探测范围包含了20000 km以上的稀薄等离子体,为了进一步研究其对TEC反演造成的影响,提出一种性... 北斗卫星导航系统(BDS)的地球同步轨道(GEO)卫星可以对固定穿刺点总电子含量(TEC)进行连续观测,可为电离层模型精化提供约束,但BDS GEO卫星探测范围包含了20000 km以上的稀薄等离子体,为了进一步研究其对TEC反演造成的影响,提出一种性能评估方法:利用BDS GEO卫星双频观测数据提取电离层穿刺点处的垂向电子总含量(VTEC);然后分析穿刺点处VTEC变化特性,并与全球电离层图、相邻中圆轨道(MEO)卫星反演VTEC比较;最后以经验电子模型为参考,评估2种卫星探测的等离子体层总电子含量。结果表明:研究区域内GEO-VTEC与全球电离层图有较好的一致性;在不同的地磁条件下,GEO-VTEC与MEO-VTEC偏差的均方根值接近,最大不超过2.46个总电子含量单位;GEO与MEO卫星探测的等离子体层TEC值接近,20000 km以上的等离子体对于TEC的影响可以忽略。说明GEO-VTEC与常用电离层产品以及MEO-VTEC的性能一致。 展开更多
关键词 地球同步轨道卫星(geo) 电离层探测 全球电离层图(GIM) 地磁风暴 性能评估
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基于区块链的GEO/LEO卫星网络安全认证技术研究
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作者 李雪晴 邹德财 《时间频率学报》 CSCD 2024年第3期219-228,共10页
由于卫星网络高暴露、高时延的特点,不同系统星座组网进行遥控指令发布及遥测信息回传时,容易受到其他卫星恶意接入导致信息泄露。卫星网络安全认证成为天基测控实现过程中必须解决的技术问题。面向高轨和低轨双层卫星网络场景下的安全... 由于卫星网络高暴露、高时延的特点,不同系统星座组网进行遥控指令发布及遥测信息回传时,容易受到其他卫星恶意接入导致信息泄露。卫星网络安全认证成为天基测控实现过程中必须解决的技术问题。面向高轨和低轨双层卫星网络场景下的安全组网需求,提出了一种基于区块链的星间组网认证技术,该技术包括基于区块链的卫星身份认证和星间消息认证。研究设计将卫星临时身份登记上区块链,通过比对链上信息完成卫星的身份认证。为进一步增强消息传输安全性,采用椭圆曲线数字签名算法对星间消息进行签名验证。通过仿真分析,验证了所提技术能够以较小的时间开销满足卫星在组网认证阶段的多种安全需求。 展开更多
关键词 区块链 geo/LEO卫星网络 身份认证 消息认证 椭圆曲线数字签名算法
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基于GEO基因数据集的酒精性肝炎差异表达基因生物信息学分析
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作者 杨润萌 于盈盈 +1 位作者 赵美怡 吕文良 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2024年第10期1291-1298,共8页
目的利用数据库挖掘寻找调控酒精性肝炎的靶点基因以及基因的调控网络,以期探索酒精性肝炎治疗新方向,对减轻疾病负担提供新思路。方法检索GEO数据库,从中获取酒精性肝炎相关表达数据集GSE143318和GSE167308,筛选两个数据集共有的差异... 目的利用数据库挖掘寻找调控酒精性肝炎的靶点基因以及基因的调控网络,以期探索酒精性肝炎治疗新方向,对减轻疾病负担提供新思路。方法检索GEO数据库,从中获取酒精性肝炎相关表达数据集GSE143318和GSE167308,筛选两个数据集共有的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并用GSE28619基因芯片进行验证。利用生物信息学方法,对DEGs进行分析,研究调控DEGs的非编码RNAs。结果两组数据集筛查出DEGs共261个,GO功能分析主要在类固醇代谢、炎症反应、脂质代谢等7个生物学过程,细胞膜及细胞外基质的6个细胞组分,还有与肝素结合、生长因子、蛋白酶抑制剂、金属蛋白酶、氧化还原酶等11个分子功能。KEGG显示,这些DEGs主要富集在类固醇激素生物合成、视黄醇代谢、细胞色素P450的代谢、细胞外基质受体的相互作用、胆固醇代谢及PPAR信号通路。通过在PPI网络中运用不同算法以及GSE28619芯片验证,共筛选出6个核心差异基因,分别为SPP1、THBS2、CYP1A1、EPCAM、CXCL8、KRT19。miR-466表现出与DEGs密切的相关性。结论酒精性肝炎中的DEGs与疾病的发生发展相关,生物信息学技术的方法为更深入研究酒精性肝炎的发病机制和治疗靶点提供新的思路。 展开更多
关键词 酒精性肝炎 差异表达基因 geo数据库
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基于GEO数据库鉴定ADIPOQ为脂肪肉瘤预后良好的生物标志物
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作者 赵欢欢 张国川 《数理医药学杂志》 CAS 2024年第5期341-348,共8页
目的探寻脂肪肉瘤的预后生物标志物,以作为其潜在的治疗靶点。方法从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载GSE21122、GSE159659及GSE30929数据集,采用R语言limma包鉴定脂肪肉瘤与正常脂肪组织间的显著差异基因,利用gg... 目的探寻脂肪肉瘤的预后生物标志物,以作为其潜在的治疗靶点。方法从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载GSE21122、GSE159659及GSE30929数据集,采用R语言limma包鉴定脂肪肉瘤与正常脂肪组织间的显著差异基因,利用ggvenn包获得共同差异基因。利用survival和survminer包进行Cox回归分析和Kaplan-Meier生存分析。采用corr.text函数分析ADIPOQ与多种免疫检查点分子的相关性。利用clusterProfiler包对高低表达ADIPOQ脂肪肉瘤之间的差异表达基因进行功能富集分析。结果在GSE21122和GSE159659数据集中,分别鉴定出155个和39个显著差异基因。Venn图显示存在25个共同差异基因。多因素Cox回归分析结果显示,ADIPOQ可作为脂肪肉瘤预后良好的独立因素[HR=0.68,95%CI(0.49,0.94),P=0.022]。与正常脂肪组织相比,ADIPOQ在脂肪肉瘤组织中显著低表达(P<0.001)。Kaplan-Meier生存分析结果显示,高表达ADIPOQ脂肪肉瘤患者的无远处复发生存期(distant recurrence free survival,DRFS)显著高于低表达组(P<0.001)。Spearman相关性分析结果显示,ADIPOQ与ICOS、TNFSF9、LAG3、CTLA4、CD47、CD200、CD86、PDCD1LG2等免疫检查点分子量呈负相关关系(P<0.05)。基因本体(GeneOntology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes,KEGG)分析结果显示,高低表达ADIPOQ脂肪肉瘤之间的上调基因在营养物质代谢及相关通路中富集,下调基因在细胞分裂、细胞周期等生物学功能中富集。结论ADIPOQ可作为脂肪肉瘤患者预后良好的生物标志物,其可能具有抑制多种免疫检查点表达的作用,从而改善脂肪肉瘤患者的预后。 展开更多
关键词 脂肪肉瘤 ADIPOQ geo数据库 预后 生物标志物
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基于Geo-Studio的露天采场边坡稳定性研究 被引量:4
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作者 杜志锦 黄宁 +3 位作者 苏杰 张茂微 邵金虎 张晓悟 《中国钼业》 2024年第1期15-19,共5页
以卓成矿业石港矿区为工程背景,通过现场勘察和开采现状图选取最典型的边坡剖面,采用模拟软件Geo-Studio中的HH-Slope/W专业模块对边坡剖面进行极限平衡分析,得出了2个典型剖面在正常采动、爆破振动和爆破振动+地震力耦合作用等3种不同... 以卓成矿业石港矿区为工程背景,通过现场勘察和开采现状图选取最典型的边坡剖面,采用模拟软件Geo-Studio中的HH-Slope/W专业模块对边坡剖面进行极限平衡分析,得出了2个典型剖面在正常采动、爆破振动和爆破振动+地震力耦合作用等3种不同工况下的最危险滑移面位置和边坡安全系数。研究结果表明:(1)当东、西分区采场边帮采用Morgensern-price法计算时,在爆破振动和地震力耦合作用下安全系数分别为1.217和1.078,符合规范要求,边坡稳定性较高,且前者计算的安全系数比后者稍大;(2)随着工况荷载的增大,危险滑移面表现出向深部扩展的行为,稳定性逐步向临界失稳状态扩展。 展开更多
关键词 露天边坡 geo-Studio 安全系数 HH-Slope/W 滑移面
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