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基于GEPIA数据库分析胃癌和正常组织的差异表达基因及对预后影响 被引量:1
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作者 张紫涵 陈明明 +2 位作者 刘君 桑圣刚 张荣光 《海南医学院学报》 CAS 北大核心 2024年第8期591-596,共6页
目的:基于GEPIA数据库分析正常胃组织与胃癌组织差异表达基因及其对胃癌患者生存预后的影响。方法:利用GEPIA数据库来获取胃癌组织和正常组织的差异基因,然后在GEPIA平台上确认筛选出的基因并对其进行生存预后分析。结果:通过GEPIA数据... 目的:基于GEPIA数据库分析正常胃组织与胃癌组织差异表达基因及其对胃癌患者生存预后的影响。方法:利用GEPIA数据库来获取胃癌组织和正常组织的差异基因,然后在GEPIA平台上确认筛选出的基因并对其进行生存预后分析。结果:通过GEPIA数据库分析得到差异表达基因4644个,其中排在前10位的基因分别为:PRR11、CLDN7、TPX2、GNL3L、SKA3、ADHFE1、MTDH、CEP55、KIF11、KIF20B。其中ADHFE1基因与胃癌患者生存预后呈负相关,CEP55基因与胃癌患者生存预后呈正相关。结论:胃癌组织与正常组织之间存在差异表达基因,其中ADHFE1基因和CEP55基因对胃癌患者的生存预后推断具有重要价值。 展开更多
关键词 gepia数据库 胃癌 生存预后
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基于TCGA和GEPIA数据库分析CENPK基因在前列腺癌中的表达及临床意义 被引量:3
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作者 陆璐 谢光宇 +3 位作者 冯耀宁 谢正飞 丁启健 谢智彬 《检验医学与临床》 CAS 2023年第4期455-459,共5页
目的探讨着丝粒蛋白K基因(CENPK基因)在前列腺癌中的表达及其临床意义。方法通过下载癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达谱数据交互分析(GEPIA)数据库相关数据,获得498例前列腺癌患者的mRNA表达水平及临床信息,其中52例患者有配对的癌组织... 目的探讨着丝粒蛋白K基因(CENPK基因)在前列腺癌中的表达及其临床意义。方法通过下载癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达谱数据交互分析(GEPIA)数据库相关数据,获得498例前列腺癌患者的mRNA表达水平及临床信息,其中52例患者有配对的癌组织与癌旁组织。分析前列腺癌组织中CENPK基因mRNA表达水平,分析不同特征前列腺癌患者CENPK基因mRNA表达水平,比较CENPK基因高表达组与CENPK基因低表达组总体生存时间(OS)及无进展生存期(DFS),基因富集分析明确CENPK基因调控的相关信号通路。结果498例前列腺癌患者的癌组织和癌旁组织中CENPK基因mRNA的表达水平分别为3.9247±1.0929和3.4066±1.1545,差异有统计学意义(t=3.235,P=0.001)。52例配对的前列腺癌组织和癌旁组织中CENPK基因mRNA的表达水平分别为8.2071±0.2952和3.4066±1.1545,差异有统计学意义(t=28.309,P<0.001)。受试者工作特征(ROC)曲线分析显示CENPK基因可作为一个灵敏度和特异度较高的前列腺癌诊断指标(灵敏度为60.8%,特异度为63.5%,曲线下面积为0.625,95%CI为0.785~0.852)。有生化复发、PSA>4 ng/mL、Gleason评分>7分、有肿瘤残留、T分期为T3~T4期、有淋巴结转移的前列腺癌患者CENPK基因mRNA高表达率明显高于无生化复发、PSA≤4 ng/mL、Gleason评分≤7分、无肿瘤残留、T分期为T1~T2b期、无淋巴结转移的前列腺癌患者,差异有统计学意义(P<0.05)。CENPK基因高表达组OS及DFS明显短于CENPK基因低表达组,差异有统计学意义(P=0.045、0.003)。基因富集分析显示,CENPK基因可能通过碱基切除修复、核苷酸切除修复、基因复制、剪接体、错配修复等通路影响前列腺癌的发生、发展。结论CENPK基因在前列腺癌组织中呈高表达,且与临床特征及预后关系密切,可作为前列腺癌较好的诊断标志物。 展开更多
关键词 前列腺癌 着丝粒蛋白K基因 癌症基因组图谱 基因表达谱数据交互分析 生物信息学
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如何挖掘GEPIA数据库中研究数据并生成分析结果表达图 被引量:14
3
作者 闫小妮 田国祥 +3 位作者 潘振宇 杨津 柳青青 吕军 《中国循证心血管医学杂志》 2019年第5期521-525,共5页
GEPIA(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)即基因表达谱数据动态分析,是一个由中国人新开发的用于癌症和正常基因表达谱分析的公共数据库,填补了癌症基因组学大数据信息的缺口。GEPIA分析来自TCGA和GTEx项目的9736个肿瘤... GEPIA(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)即基因表达谱数据动态分析,是一个由中国人新开发的用于癌症和正常基因表达谱分析的公共数据库,填补了癌症基因组学大数据信息的缺口。GEPIA分析来自TCGA和GTEx项目的9736个肿瘤和8587个正常样本的RNA测序表达数据,TCGA和GTEx的表达量数据都是在同一个pipeline下重新算出来的,可以直接进行非常全面的表达分析。该数据库是一个开放的公共数据库,感兴趣的研究者可以申请其中的数据进行相关研究,本文旨在对GEPIA数据库的架构以及基因数据的提取、分析、结果表达制图方法进行介绍。 展开更多
关键词 基因表达谱 gepia数据库 数据分析 结果表达
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基于Oncomine和GEPIA数据库分析NFE2L3基因在胃癌组织中的表达及其临床意义
4
作者 张宗耀 郭正昌 +3 位作者 赵泽玉 周翔 周波 常家聪 《现代肿瘤医学》 CAS 北大核心 2021年第15期2652-2656,共5页
目的:通过数据库挖掘分析NFE2L3基因在胃癌组织中的表达水平及其临床意义。方法:通过Oncomine数据库和GEPIA网站分析NFE2L3基因在胃癌组织中的差异性表达及其与生存预后关系;胃癌与正常组织的表达采用t检验分析,采用单因素方差分析胃癌... 目的:通过数据库挖掘分析NFE2L3基因在胃癌组织中的表达水平及其临床意义。方法:通过Oncomine数据库和GEPIA网站分析NFE2L3基因在胃癌组织中的差异性表达及其与生存预后关系;胃癌与正常组织的表达采用t检验分析,采用单因素方差分析胃癌不同临床分期的表达差异,使用Pearson指数分析胃癌相关研究,使用Kaplan-Meier数据分析胃癌患者生存及预后情况,并通过String数据库分析NFE2L3基因上下游的蛋白相互作用及调控关系。结果:胃癌组织中NFE2L3 mRNA表达水平显著高于胃正常组织;GEPIA分析发现高表达的NFE2L3基因与错配修复基因MSH2、MSH6、PSM2有关(P<0.05),与错配修复基因PMLH1无明显意义(P>0.05),NFE2L3与胃癌临床分期无相关性,但是高表达的NFE2L3基因与低生存率及不良预后有关(P<0.05)。蛋白质分析网络显示NFE2L3可能与HCFC1、OSBPL3、OSBPL6、HNRNPA3、NFE2L2、MAFG、MAFF、MAFK、BACH1、NPRL3等蛋白相互作用。结论:通过多个数据库研究发现NFE2L3在胃癌组织中呈高表达、表达水平与胃癌患者生存与预后有关;NFE2L3可作为与胃癌预后相关的生物标志物及治疗靶点,参与肿瘤发生发展。 展开更多
关键词 胃癌 NFE2L3 数据挖掘 Oncomine gepia
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基于Oncomine及GEPIA数据库分析的EGR1基因在弥漫大B细胞淋巴瘤中的表达与预后研究 被引量:1
5
作者 温欣 祝俊鹏 +5 位作者 唐义盛 王靖 宋天旭 龚应霞 顾新生 李雯娟 《湖北医药学院学报》 CAS 2021年第4期327-331,337,共6页
目的:通过Oncomine数据库分析弥漫大B细胞淋巴瘤(Diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)中EGR1基因表达及意义,为DLBCL的治疗提供新的靶标。方法:在Oncomine及GEPIA数据库中分析EGR1的表达及其与DLBCL患者预后之间的关系。结果:与正常... 目的:通过Oncomine数据库分析弥漫大B细胞淋巴瘤(Diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)中EGR1基因表达及意义,为DLBCL的治疗提供新的靶标。方法:在Oncomine及GEPIA数据库中分析EGR1的表达及其与DLBCL患者预后之间的关系。结果:与正常样本中的表达相比,EGR1在DLBCL中高表达(P<0.05),且在ABC型DLBCL中的表达显著高于GCB中的表达(P<0.05)。GEPIA数据库中EGR1高表达患者120个月内生存率显著低于低表达患者(P<0.05)。结论:EGR1在DLBCL组织中高表达且与DLBCL患者预后有关,该研究可为DLBCL疾病及药物的开发提供理论依据。 展开更多
关键词 弥漫大B细胞淋巴瘤 EGR1 Oncomine gepia
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基于GEPIA数据库分析正常胰腺组织和胰腺癌组织中排名靠前的差异基因及其对患者生存预后的影响
6
作者 罗磊 《河南医学研究》 CAS 2022年第22期4068-4073,共6页
目的基于GEPIA数据库查找到胰腺癌组织与正常组织的差异基因,分析其对胰腺癌患者预后的影响。方法通过GEPIA数据库得到胰腺癌组织与正常组织排名靠前的差异基因,并在GEPIA网站验证所筛选的基因进行预后分析。结果通过分析,GEPIA数据库... 目的基于GEPIA数据库查找到胰腺癌组织与正常组织的差异基因,分析其对胰腺癌患者预后的影响。方法通过GEPIA数据库得到胰腺癌组织与正常组织排名靠前的差异基因,并在GEPIA网站验证所筛选的基因进行预后分析。结果通过分析,GEPIA数据库中共得到差异基因9219个。排前10名的差异基因分别为:RP11-40C6.2、S100P、TFF1、CTSE、CEACAM6、IGHG1、KRT17、MMP11、MSLN、C19orf33。其中MMP11、C19orf33、KRT17基因的表达会降低患者的总体生存期。结论胰腺癌组织与胰腺正常组织有差异基因,其中MMP11、C19orf33和KRT17基因对胰腺癌患者预后影响较大。 展开更多
关键词 胰腺癌 gepia数据库 基因 预后
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基于生物学信息分析POLE2在肺腺癌中的表达及临床意义
7
作者 王源 辛彩霞 +2 位作者 杨海英 陈丹 黄娜 《感染、炎症、修复》 2024年第2期130-135,共6页
目的:基于公共信息学信息数据库分析肺腺癌和癌旁组织中DNA聚合酶εB亚基(POLE2)表达情况,分析POLE2与肺腺癌患者临床病理特征、预后的关系,初步探讨POLE2参与肺腺癌的信号通路。方法:从TCGA数据库下载肺腺癌患者POLE2表达量和相关临床... 目的:基于公共信息学信息数据库分析肺腺癌和癌旁组织中DNA聚合酶εB亚基(POLE2)表达情况,分析POLE2与肺腺癌患者临床病理特征、预后的关系,初步探讨POLE2参与肺腺癌的信号通路。方法:从TCGA数据库下载肺腺癌患者POLE2表达量和相关临床资料,使用R3.6.3软件提取肺腺癌组织和癌旁组织中POLE2表达量数据,比较两组间的表达差异。将POLE2表达量按照中位数值分为POLE2高表达组和POLE2低表达组,分析POLE2表达水平与肺腺癌临床病理特征的关系。利用单因素和多因素COX回归探讨POLE2与肺腺癌预后的关系,使用Kaplan-Meier(KM)法绘制两组生存曲线,比较POLE2高、低表达组生存差异,并采用GEPIA、OncoLnc在线数据库验证,利用基因富集分析(GSEA)方法分析POLE2在肺腺癌中参与的信号通路。结果:肺腺癌组POLE2的表达量明显高于癌旁组,差异有统计学意义(P<0.05)。POLE2在肺腺癌患者中的表达与T分期(P<0.05)和年龄(P<0.05)有关。POLE2(HR=1.212,95%CI 1.019-1.440,P<0.05)是肺腺癌预后的独立影响因素。TCGA数据库KM生存曲线结果表明,POLE2高表达组的存活时间低于低表达组,差异有统计学意义(P<0.05),与GEPIA、OncoLnc结果一致。POLE2在肺腺癌中主要参与E2F蛋白家族、G2M检验点信号通路,与细胞周期调控有关。结论:肺腺癌患者中POLE2高表达,且POLE2表达水平与T分期、年龄有关,POLE2表达情况可以作为预测肺腺癌预后的指标之一,POLE2可能通过影响多种信号通路传导影响肺腺癌进展。 展开更多
关键词 肺腺癌 TCGA gepia 数据库 DNA聚合酶εB亚基
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基于数据分析CDKN2A基因在软组织肉瘤中的表达和意义
8
作者 齐江华 秦三利 +5 位作者 梁福东 刘利兵 潘东升 甘雨灵 李廷栋 梁鹏 《甘肃医药》 2023年第3期224-227,共4页
目的:分析挖掘CDKN2A基因与软组织肉瘤之间的关系。方法:利用GEPIA数据库、UALCAN数据库及String数据库中的数据资料,分析比较CDKN2A基因在软组织肉瘤中的表达及与临床生存期及相关上下游蛋白的关系。结果:CDKN2A基因在软组织肉瘤组织... 目的:分析挖掘CDKN2A基因与软组织肉瘤之间的关系。方法:利用GEPIA数据库、UALCAN数据库及String数据库中的数据资料,分析比较CDKN2A基因在软组织肉瘤中的表达及与临床生存期及相关上下游蛋白的关系。结果:CDKN2A基因在软组织肉瘤组织中高度表达,但其表达与临床预后无统计学差异,仅仅表现出相关性趋势。与CDKN2A基因关系紧密的上下游基因蛋白有11个,相互作用关系较为复杂。结论:CDKN2A基因表达与软组织肉瘤高度相关,并且在软组织肉瘤中参与多条细胞信号通路,所起的作用非常复杂,可作为研究软组织肉瘤病因及治疗的切入点。 展开更多
关键词 CDKN2A基因 软组织肉瘤 gepia数据库 UALCAN数据库 String数据库
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基于生物信息学方法分析SHCBP1基因在肺腺癌中的表达及临床意义
9
作者 连岩岩 万宇翔 +2 位作者 李丽玲 张春光 黄金昶(指导) 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期2606-2612,共7页
目的:分析SHC的SH2结构域结合蛋白1(SHCBP1)在肺腺癌(LUAD)中的表达及临床意义。方法:应用On⁃comine、TIMER、UALCAN、GEPIA、Kaplan-Meier plotter、STRING数据库探索SHCBP1对LUAD进展及免疫浸润的影响。结果:LUAD组织中SHCBP1 mRNA表... 目的:分析SHC的SH2结构域结合蛋白1(SHCBP1)在肺腺癌(LUAD)中的表达及临床意义。方法:应用On⁃comine、TIMER、UALCAN、GEPIA、Kaplan-Meier plotter、STRING数据库探索SHCBP1对LUAD进展及免疫浸润的影响。结果:LUAD组织中SHCBP1 mRNA表达显著高于正常肺组织(P<0.05)。有吸烟史、发生淋巴结转移、临床分期较晚、TP53突变的LUAD患者组织中SHCBP1 mRNA表达明显升高(P<0.05)。GEPIA和Kaplan-Meier plotter数据库进行的生存分析表明SHCBP1 mRNA高表达的LUAD患者总体生存率较低(P<0.05)。SHCBP1 mRNA与LUAD肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞标记物、免疫检查点表达相关。结论:SHCBP1高表达与LUAD患者的不良预后和肿瘤免疫浸润相关。 展开更多
关键词 SHCBP1 肺腺癌 免疫细胞浸润 gepia数据库 TIMER数据库
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基于数据挖掘分析INHBA基因在结肠腺癌中的表达及意义 被引量:3
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作者 朱晓芸 马如超 于红刚 《现代肿瘤医学》 CAS 2019年第19期3456-3460,共5页
目的:通过数据库数据分析INHBA基因在结肠腺癌中的表达及意义。方法:通过Oncomine数据库分析INHBA基因在结肠腺癌中的差异性表达,基于GEPIA网站分析INHBA基因表达与结肠腺癌患者生存周期的关系,MethHC数据库分析INHBA基因甲基化水平,通... 目的:通过数据库数据分析INHBA基因在结肠腺癌中的表达及意义。方法:通过Oncomine数据库分析INHBA基因在结肠腺癌中的差异性表达,基于GEPIA网站分析INHBA基因表达与结肠腺癌患者生存周期的关系,MethHC数据库分析INHBA基因甲基化水平,通过String数据库分析INHBA基因的蛋白相互作用及上下游调控关系。结果:结肠腺癌组织中INHBA的mRNA表达较正常对照组明显增高。Meta分析进一步证实INHBA基因的表达在结肠腺癌组织中明显增高。甲基化分析中发现INHBA启动子甲基化水平肿瘤组明显低于正常组。GEPIA分析发现高表达组患者生存周期明显短于低表达组。蛋白质网络分析发现,INHBA可能与ACVRL1、ACVR1C、ACVR1、ACVR1B、ACVR2A、ACVR2B、SMAD4、SMAD2、FSHB、FST等蛋白相互作用。结论:通过数据挖掘发现,INHBA在结肠腺癌组织中高表达,参与肿瘤的发生发展,可作为诊断和治疗的潜在靶点。 展开更多
关键词 结肠腺癌 INHBA 数据挖掘 Oncomine MethHC gepia STRING
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MYBL2在前列腺癌组织中的表达及其临床意义 被引量:2
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作者 侯燕 涂健 +3 位作者 杨天宇 刘加豪 杨爽 邓伟 《临床肿瘤学杂志》 CAS 2022年第7期590-594,共5页
目的探讨成髓细胞瘤转录因子第2亚型(MYBL2)在前列腺癌组织中的表达及其临床意义。方法收集2018年1月至2019年12月82例前列腺癌组织和29例良性前列腺组织。采用免疫组织化学法检测前列腺组织芯片中MYBL2的蛋白表达水平,并分析其表达水... 目的探讨成髓细胞瘤转录因子第2亚型(MYBL2)在前列腺癌组织中的表达及其临床意义。方法收集2018年1月至2019年12月82例前列腺癌组织和29例良性前列腺组织。采用免疫组织化学法检测前列腺组织芯片中MYBL2的蛋白表达水平,并分析其表达水平与临床病理特征的关系。采用实时荧光定量PCR(qPCR)法检测2019年20对前列腺癌组织及癌旁组织中MYBL2 mRNA的表达。采用GEPIA数据库分析MYBL2 mRNA在前列腺癌组织中的表达及与预后的关系。结果MYBL2蛋白在前列腺癌组织中的高表达率为92.7%(76/82),显著高于良性前列腺组织的48.3%(14/29),差异有统计学意义(P<0.001);qPCR检测结果显示,在前列腺癌组织中MYBL2 mRNA的相对表达量为1.71±0.24,在癌旁组织中为1.0±0.21,差异有统计学意义(P=0.035)。GEPIA数据库分析显示,MYBL2 mRNA在492例前列腺癌组织中的表达水平显著高于152例良性前列腺组织(P<0.05)。MYBL2蛋白表达与前列腺癌临床分期、WHO/ISUP分级分组、Gleason分级评分、淋巴结转移和脉管侵犯有关(P<0.05),与年龄和神经侵犯无关(P>0.05)。GEPIA数据库生存分析结果显示,MYBL2高表达前列腺癌患者的无病生存期明显缩短(P<0.001)。结论MYBL2在前列腺癌组织中表达显著上调,与肿瘤发生、进展、不良临床病理特征和预后有关。 展开更多
关键词 前列腺癌 成髓细胞瘤转录因子第2亚型 gepia数据库 预后
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肺腺癌中核黄素转运体2基因和蛋白表达及功能的生物信息学分析 被引量:1
12
作者 贾春丽 路鹏霏 +4 位作者 邱萍 沙娅·马哈提 杨颖 包永星 张华 《疑难病杂志》 CAS 2021年第6期579-583,共5页
目的探讨核黄素转运体2(RFT2)在肺腺癌中的表达、预后意义及其生物学功能。方法检索GEPIA数据库中有关肺腺癌的数据,分析肺腺癌组织与癌旁组织中RFT2 mRNA表达的差异。采用Kaplan-Meier方法分析RFT2高、低表达组肺腺癌患者总生存时间(OS... 目的探讨核黄素转运体2(RFT2)在肺腺癌中的表达、预后意义及其生物学功能。方法检索GEPIA数据库中有关肺腺癌的数据,分析肺腺癌组织与癌旁组织中RFT2 mRNA表达的差异。采用Kaplan-Meier方法分析RFT2高、低表达组肺腺癌患者总生存时间(OS)、无病进展生存时间(DFS)的差异。利用The Human Protein Atlas分析肺腺癌组织和正常肺组织中RFT2蛋白表达的差异。通过String和WebGestalt数据库分析与RFT2表达相关的蛋白及其生物学功能。结果肺腺癌组织中RFT2 mRNA的表达水平明显高于正常肺组织,差异有统计学意义(P<0.01)。不同分期肺腺癌组织中RFT2 mRNA表达比较差异无统计学意义(P>0.05)。RFT2 mRNA高表达患者OS缩短(HR=1.4,P<0.05),DFS无明显改变(HR=1.0,P>0.05)。The Human Brotein Atlas数据库分析显示,肺腺癌组织RFT2蛋白呈高表达。String及WebGestalt分析发现,与RFT2基因相关的蛋白主要位于细胞膜中,参与细胞的生物调节、代谢和蛋白、离子的结合过程。结论RFT2在肺腺癌组织中呈现高表达,与肺腺癌预后差相关,有可能成为肺腺癌重要治疗靶点。 展开更多
关键词 肺腺癌 核黄素转运体2 gepia数据库 生物信息分析
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MMPs基因家族在肺腺癌中的表达及临床意义 被引量:2
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作者 李珂 王娴 王小琦 《现代医药卫生》 2020年第16期2512-2517,共6页
目的研究基质金属蛋白酶(MMPs)基因家族在肺腺癌中的表达及临床意义。方法检索Oncomine,GEPIA及cBioPortal数据库中有关肺腺癌MMPs(MMP-1/9/11/12/14)的数据集,对数据集进行挖掘并结合文献资料进行荟萃分析。结果Oncomine数据库收集9项... 目的研究基质金属蛋白酶(MMPs)基因家族在肺腺癌中的表达及临床意义。方法检索Oncomine,GEPIA及cBioPortal数据库中有关肺腺癌MMPs(MMP-1/9/11/12/14)的数据集,对数据集进行挖掘并结合文献资料进行荟萃分析。结果Oncomine数据库收集9项研究,943例样本;GEPIA数据库收集830例样本。综合分析发现,肺腺癌组织中MMPs的表达显著高于正常肺组织,差异有统计学意义(P<0.05)。Kaplan-Meier Plotter生存分析表明,MMPs高表达的肺腺癌患者总体病死率高,预后较差,差异有统计学意义(P<0.05)。cBioPortal数据库显示,MMPs在肺腺癌中的突变发生率达39%,且互为正相关。结论MMPs在肺腺癌组织中呈高表达,并与肺腺癌的预后密切相关,有望成为肺腺癌治疗的重要靶点。 展开更多
关键词 肺腺癌 MMPs基因 Oncomine数据库 gepia数据库 cBioPortal数据库 Kaplan-Meier Plotter数据库
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TIM-3基因在上皮性卵巢癌中高表达并促进癌细胞的增殖和迁移 被引量:7
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作者 霍叶琳 王月 +1 位作者 安娜 杜雪 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期190-200,共11页
目的通过挖掘GEPIA数据库中的基因信息,分析T细胞免疫球蛋白黏蛋白分子3(TIM-3)基因在上皮性卵巢癌(EOC)中的表达及作用机制。方法采用GEPIA数据库在线分析TIM-3基因在EOC组织和正常卵巢组织中的表达水平。收集2018年6月~2019年12月在... 目的通过挖掘GEPIA数据库中的基因信息,分析T细胞免疫球蛋白黏蛋白分子3(TIM-3)基因在上皮性卵巢癌(EOC)中的表达及作用机制。方法采用GEPIA数据库在线分析TIM-3基因在EOC组织和正常卵巢组织中的表达水平。收集2018年6月~2019年12月在我院实施卵巢手术治疗的82例EOC癌变组织标本和18例正常卵巢组织标本,免疫组织化学法检测标本组织中TIM-3的表达水平,分析TIM-3表达与EOC临床病理参数的相关性;采用Kaplan-MeierPlotter分析TIM-3表达水平与EOC患者生存之间的关系。qRT-PCR法检测卵巢癌组织和正常组织标本TIM-3和Wnt1 mRNA表达水平及相关性。采用pMAGic 4.0质粒转染构建TIM-3沉默卵巢癌SKOV3细胞系,将细胞分为SKOV3组(未转染的SKOV3细胞系)、沉默阴性对照组(SKOV3+NCsiRNA组:转染pMAGic 4.0 NC siRNA质粒的SKOV3细胞系)和沉默TIM-3组(SKOV3+TIM-3 siRNA组:转染pMAGic 4.0 TIM-3 siRNA质粒的SKOV3细胞系);采用pcDNA3.1质粒转染构建TIM-3过表达卵巢癌SKOV3细胞系,将细胞分为SKOV3组、过表达阴性对照组(pcDNA NC组:转染pcDNA3.1质粒的SKOV3细胞系)和过表达TIM-3组(pcDNA TIM-3组:转染pcDNA3.1 TIM-3质粒的SKOV3细胞系)。MTT法检测细胞增殖能力,Annexin V-FITC/PI染色检测细胞凋亡能力,划痕实验和Transwell实验检测细胞迁移和侵袭能力,TOPflash/FOPflash双荧光素酶报告基因实验检测Wnt/β-catenin通路活性,qPCR检测Wnt/β-catenin信号通路中转录因子TCF-7、TCFL-2及靶基因CD44的mRNA水平,Westernblot检测SKOV3细胞中MMP-9,CD44、Wnt1、β-catenin及E-cad蛋白表达。结果TIM-3在正常卵巢组织中呈阴性表达,在EOC组织中呈阳性表达,EOC组织中TIM-3阳性表达率(84.14%)显著高于正常卵巢组织(16.67%,P<0.05)。TIM-3表达与FIGO分期、组织分化程度及淋巴结是否转移有关(P<0.05),与年龄、病理类型无关(P>0.05)。且TIM-3与Wnt1水平呈正相关(P<0.05)。沉默TIM-3基因后,Wnt/β-catenin通路活性受到抑制,SKOV3细胞增殖、迁移和侵袭能力显著降低(P<0.05),凋亡能力显著升高(P<0.05),转录因子TCF-7、TCFL-2及靶基因CD44的mRNA水平显著下调,细胞MMP-9,CD44、Wnt1、β-catenin蛋白水平均显著下调,EMT相关蛋白E-cad水平显著上调(P<0.05)。过表达TIM-3基因后,Wnt/β-catenin通路活性被激活,SKOV3细胞增殖、迁移和侵袭能力显著升高(P<0.05),凋亡能力显著降低(P<0.05),转录因子TCF-7、TCFL-2及靶基因CD44的mRNA水平显著上调,细胞MMP-9,CD44、Wnt1、β-catenin蛋白水平均显著上调,EMT相关蛋白E-cad水平显著下调(P<0.05)。结论TIM-3在EOC组织中高表达,可促进卵巢癌细胞的恶性生物学行为,其机制可能与Wnt/β-catenin信号通路的激活有关。 展开更多
关键词 gepia数据库 上皮性卵巢癌 TIM-3基因 生物学行为 WNT/Β-CATENIN信号通路
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基于公共数据库分析FABP5在肾透明细胞癌中表达及预后的意义 被引量:5
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作者 高鑫 张淑芳 +1 位作者 黄邓高 曹卉 《天津医药》 CAS 北大核心 2018年第11期1145-1150,共6页
目的探讨脂肪酸结合蛋白5(FABP5)基因在肾透明细胞癌中的表达及预后意义。方法提取Oncomine和GEO数据库中有关FABP5的信息并进行表达情况分析,通过DAVID数据库对差异基因进行功能注释,采用GEPIA进行预后分析。结果 Oncomine数据库中共找... 目的探讨脂肪酸结合蛋白5(FABP5)基因在肾透明细胞癌中的表达及预后意义。方法提取Oncomine和GEO数据库中有关FABP5的信息并进行表达情况分析,通过DAVID数据库对差异基因进行功能注释,采用GEPIA进行预后分析。结果 Oncomine数据库中共找到445项FABP5在不同肿瘤类型中的研究数据集,表达差异有统计学意义的结果中表达增高的有32项(肾癌5项),表达降低的有24项(肾癌0项)。肾癌中有4项涉及肾透明细胞癌和正常组织中FABP5的表达研究数据集。综合比较这4项数据集发现,FABP5在肾透明细胞癌中的表达量高于正常组织(P<0.05)。GEO数据库中GSE66271芯片数据分析结果发现差异基因FABP5在肾透明细胞癌中的表达量显著高于正常组织(P<0.01)。DAVID功能分析发现这些差异基因主要集中于影响细胞的转运蛋白活性和蛋白质的消化和吸收代谢功能。使用GEPIA分析来自TCGA数据库和GTEx项目的 516例患者预后发现FABP5高表达的患者总体死亡率较高,低表达FABP5的患者预后较好(P=0.001 1)。结论 FABP5在肾透明细胞癌组织中呈现高表达,并与肾透明细胞癌预后差相关,其有望成为抗肾透明细胞癌药物的重要治疗靶点。 展开更多
关键词 腺癌 透明细胞 自动数据处理 数据库管理系统 FABP5基因 肾透明细胞癌 Oncomine数据库 GEO数据库 DAVID数据库 gepia 数据挖掘
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卵巢上皮性癌组织中长链非编码RNA PURPL的表达及其意义 被引量:2
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作者 何婷婷 张瑞涛 +4 位作者 史惠蓉 曹媛 冯巍 王文文 张微微 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2021年第19期979-982,共4页
目的:检测长链非编码RNA PURPL(p53 upregulated regulator of p53 levels)在卵巢上皮性癌(epithelial ovarian cancer,EOC)组织中的表达情况,探讨其在卵巢癌发生发展中的作用。方法:选用开放医学数据库lncRNASNP2、GEPIA和Kaplan-Meier... 目的:检测长链非编码RNA PURPL(p53 upregulated regulator of p53 levels)在卵巢上皮性癌(epithelial ovarian cancer,EOC)组织中的表达情况,探讨其在卵巢癌发生发展中的作用。方法:选用开放医学数据库lncRNASNP2、GEPIA和Kaplan-Meier Plotter检索PURPL在EOC组织中的表达及其与预后的关系。收集2012年10月至2015年10月郑州大学第一附属医院105例患者的临床病理资料,其中包括正常卵巢组织20例、良性卵巢上皮性肿瘤组织20例、EOC组织65例,采用实时荧光定量PCR检测上述不同卵巢组织中的PURPL表达情况,分析EOC组织中PURPL表达与EOC临床病理指标的关系,Kaplan-Meier法分析PURPL表达对EOC患者生存的影响。结果:数据库检索显示,EOC组织中PURPL的表达显著高于正常卵巢组织,PURPL表达升高与EOC患者的总生存(overall survival,OS)率和无复发生存期(recurrence-free survival,RFS)缩短相关。实时荧光定量PCR检测显示,晚期EOC组织中的PURPL表达为0.530±0.004,显著高于正常卵巢组织的0.029±0.001、良性卵巢上皮性肿瘤组织的0.135±0.001和早期EOC组织的0.488±0.006的表达(P<0.0001)。临床分期越晚(χ2=10.785,P=0.001)、有淋巴结转移(χ2=4.481,P=0.034)的EOC组织中的PURPL高表达。PURPL表达水平相对较高的EOC患者的OS和RFS,明显短于PURPL表达水平相对较低的患者(P<0.05)。结论:PURPL高表达提示EOC患者预后不良,可作为EOC预后监测的潜在标记物。 展开更多
关键词 卵巢上皮性癌 医学数据库lncRNASNP2 gepia数据 Kaplan-Meier Plotter数据库 PURPL预后
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基于数据挖掘分析ERO1L在肺腺癌中的表达及临床意义 被引量:3
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作者 王晓飞 赵辉 +5 位作者 张国勇 廖天竺 曾大雄 雷伟 朱晔涵 黄建安 《临床肺科杂志》 2018年第12期2229-2233,共5页
目的探索内质网氧化还原1样蛋白(endoplasmic reticulum oxidoreductin-1-like protein,ERO1L)在肺腺癌中的表达及意义。方法利用c Bio Portal在线分析癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中586例肺腺癌样本中的RNA-Seq数... 目的探索内质网氧化还原1样蛋白(endoplasmic reticulum oxidoreductin-1-like protein,ERO1L)在肺腺癌中的表达及意义。方法利用c Bio Portal在线分析癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中586例肺腺癌样本中的RNA-Seq数据,并结合患者的完整生存时间信息,采用KaplanMeier法分析ERO1L变异与肺腺癌患者生存之间的关系。通过基因表达谱动态分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)数据库搜索ERO1L mRNA在正常肺组织与肺腺癌组织表达的情况,分析其在不同TNM分期中的表达情况。用MethHC数据库分析ERO1L基因在肺腺癌中的甲基化水平。String-DB数据库分析与ERO1L相互作用的蛋白。结果在230例肺腺癌样本中有18例发生ERO1L基因变异,变异率为8%。Kaplan-Meier生存曲线分析显示ERO1L变异组总体生存期(overall survival,OS)短于无变异组(P=0. 0268)。肺腺癌组织中ERO1L mRNA表达明显高于正常肺组织(P <0. 05),且其启动子甲基化水平显著减低(P <0. 005)。ERO1LB、ERP29、ERP44、GPX7、GPX8、INS、P4HB、PDIA4、PDIA6、TXNDC5等基因与ERO1L有明显的相互作用。结论通过肿瘤基因数据库信息挖掘表明,ERO1L在肺腺癌组织中呈高表达,且与患者预后不良相关,为深入研究ERO1L在肺腺癌发生发展中的作用提供重要理论依据。 展开更多
关键词 ERO1L 肺腺癌 TCGA cBioPortal gepia 数据分析 预后
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肺腺癌关键基因的表达及其预后意义 被引量:5
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作者 丁华杰 叶云 +2 位作者 安欢 高强 钟英英 《中国比较医学杂志》 CAS 北大核心 2019年第10期54-60,共7页
目的肺腺癌是肺癌的的一种常见类型。本文研究肺腺癌的发生发展机制,预测与肿瘤发生发展过程相关的关键基因,并对其预后意义进行研究。方法在本研究中,研究人员由基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)获取数据集(GSE18842,G... 目的肺腺癌是肺癌的的一种常见类型。本文研究肺腺癌的发生发展机制,预测与肿瘤发生发展过程相关的关键基因,并对其预后意义进行研究。方法在本研究中,研究人员由基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)获取数据集(GSE18842,GSE74706,GSE101929),差异表达基在DAVID数据库中进行GO基因功能注释以及KEGG信号通路富集,并在STRING构建的蛋白-蛋白网络模型中筛选关键基因,在Oncomine、GEPIA等数据库研究蛋白相互作用网络中关键基因在肺腺癌患者中的表达分布和预后意义等。结果候选基因为(BUB1B、CDCA8、CDC20、BUB1、KIF20A、AURKB),分析结果显示,与正常细胞相比,候选基因在肺腺癌细胞中表达明显偏高。结论这6个候选基因极有可能参与了肺腺癌的发生发展,作为癌症生物标志物与肺腺癌预后不良有关,希望这些发现为以后肺癌的研究提供参考。 展开更多
关键词 肺腺癌 生物标志物 gepia 预后分析
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肺腺癌中CDK1的生物信息学分析 被引量:1
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作者 马玉博 潘博 +1 位作者 赵若晗 任凤云 《包头医学院学报》 CAS 2022年第7期33-38,76,共7页
目的:分析基于生物信息学对CDK1在肺腺癌(LUAD)中的表达和临床意义。方法:通过GEPIA分析CDK1的表达,在UALCAN数据库中分析肺腺癌分期、淋巴结转移等临床特征与CDK1表达的关系,GEPIA分析CDK1表达与肺腺癌预后的关系,Oncomine数据库挖掘C... 目的:分析基于生物信息学对CDK1在肺腺癌(LUAD)中的表达和临床意义。方法:通过GEPIA分析CDK1的表达,在UALCAN数据库中分析肺腺癌分期、淋巴结转移等临床特征与CDK1表达的关系,GEPIA分析CDK1表达与肺腺癌预后的关系,Oncomine数据库挖掘CDK1的共表达基因,WebGestalt对共表达基因进行G0和KEGG通路富集分析。String数据库整合基因蛋白互作网络(PPI),并进行Cytoscape可视化分析,CytoHubba挑选核心基因。Kaplan-Meier plotter和GEPIA数据库对筛选出的hub基因进行了更多的分析和验证。结果:在肺腺癌中,CDK1表达明显高出正常组织(P<0.01)。UALCAN数据库分析表明肺腺癌患者的分期、性别等临床特征与CDK1的表达没有显著相关性。GEPIA分析显示,与CDK1高表达的肺腺癌患者相比,CDK1低表达患者的总生存率增加(P<0.05)。Oncomine数据库筛选出CDK1的共表达基因有TOP2A、MCM4等18个基因。GO分析显示,CDK1共表达基因主要与染色体定位、染色体凝集、ATP酶活性相关KEGG分析显示,CDK1共表达基因参与p53信号通路等进程。借助String、Cytoscape、CytoHubba,获得CDK1共表达基因的PPI网络,继而挑选hub基因,按Degree大小排列顺序选择5个hub基因,分别是CDC6、MAD2L1、TOP2A、KIAA0101、MCM4。最后,证实5个hub基因和肺腺癌患者的预后密切相关。结论:在肺腺癌患者中CDK1高表达,且与肺腺癌患者的预后息息相关,为肺腺癌的治疗及诊断提供重要指导。 展开更多
关键词 生物信息学 CDK1 肺腺癌 gepia
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ARL4C在睾丸生殖细胞肿瘤中的表达及临床意义 被引量:1
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作者 彭华红 肖龙飞 +3 位作者 王林 陈赛鹏 王嘉南 杨阔 《天津医科大学学报》 2020年第3期238-243,共6页
目的:探讨ADP-核糖基化因子-4C(ARL4C)在睾丸生殖细胞肿瘤(TGCT)中的表达及其临床意义。方法:收集GEPIA数据库及天津医科大学第二医院2015-2019年睾丸生殖细胞肿瘤病人临床及病理信息,探索ARL4C在睾丸生殖细胞肿瘤中的表达情况及其对预... 目的:探讨ADP-核糖基化因子-4C(ARL4C)在睾丸生殖细胞肿瘤(TGCT)中的表达及其临床意义。方法:收集GEPIA数据库及天津医科大学第二医院2015-2019年睾丸生殖细胞肿瘤病人临床及病理信息,探索ARL4C在睾丸生殖细胞肿瘤中的表达情况及其对预后的影响,免疫组化、RT-qPCR及Western验证,通过STRING数据库寻找其可能的作用机制。结果:与正常组织相比,ARL4C在胆管癌、多形性胶质母细胞瘤、肾透明细胞癌、急性髓系白血病、肺鳞状细胞癌、卵巢浆液性囊腺癌、胰腺癌、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤、胃腺癌、睾丸生殖细胞肿瘤、胸腺瘤、子宫内膜癌等多种恶性肿瘤中均呈现高表达状态(均P<0.05),在睾丸生殖细胞肿瘤中生存分析显示高表达ARL4C的患者生存时间减少(P<0.05),GEPIA数据库提示ARL4C与DIRAS1有相互作用,相关系数为0.45(P<0.05)。免疫组化验证DIRAS1在睾丸生殖细胞肿瘤中呈现低表达状态。结论:ARL4C在睾丸生殖细胞肿瘤中高表达,且其高表达与预后不良相关。 展开更多
关键词 睾丸生殖细胞肿瘤 ARL4C DIRAS1 gepia数据库
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