目的研究毗邻锌指结构域的溴结构域蛋白2A(bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2,BAZ2A)促进子宫颈癌和肝癌发展的共同机制。方法通过转录组测序获得子宫颈癌组和肝癌组的转录组数据。应用R语言的“limma”包分别筛选...目的研究毗邻锌指结构域的溴结构域蛋白2A(bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2,BAZ2A)促进子宫颈癌和肝癌发展的共同机制。方法通过转录组测序获得子宫颈癌组和肝癌组的转录组数据。应用R语言的“limma”包分别筛选子宫颈癌组DEGs和肝癌组DEGs,并取交集获得其共有DEGs。通过“ggplot2”和“clusterProfiler”包对DEGs进行GO和KEGG功能注释分析。应用STRING数据库在线工具构建子宫颈癌DEGs、肝癌DEGs和共有DEGs的PPI网络分析图。使用Cytoscape软件对PPI网络分析图进行进一步处理,鉴定出核心基因。结果对子宫颈癌DEGs、肝癌DEGs和共有DEGs分别进行KEGG富集,三者共有的通路涉及细胞凋亡、抗原加工与呈递、类固醇生物合成。对子宫颈癌DEGs、肝癌DEGs和共有DEGs分别进行GO富集,前两者共有的生物过程(biological process,BP)条目涉及凋亡信号通路、免疫反应、生物黏附,三者共有的BP条目为细胞-底物黏附。子宫颈癌DEGs的核心基因为EP300。EP300对癌症细胞凋亡、迁移有调控作用。肝癌DEGs的核心基因为HSP90AB1。HSP90AB1可介导细胞程序性死亡、炎症和自身免疫、迁移等过程。共有DEGs的核心基因为RPS3。RPS3是一种核糖体蛋白,可通过影响核糖体的生物发生而影响癌细胞的生长、增殖和转移。结论BAZ2A可通过调节细胞凋亡、免疫反应、细胞运动、迁移而影响子宫颈癌、肝癌的发展,这为癌症的靶向治疗提供了新思路。展开更多
目的:基于非标记定量蛋白质组学技术探索刮痧治疗冠心病痰浊瘀阻证的生物学机制。方法:随机选取5例冠心病稳定型心绞痛痰浊瘀阻证患者,刮痧治疗4周,将治疗前、后的血清分别标记成Ctrl组、Test组,应用非标记定量蛋白质组学技术进行差异...目的:基于非标记定量蛋白质组学技术探索刮痧治疗冠心病痰浊瘀阻证的生物学机制。方法:随机选取5例冠心病稳定型心绞痛痰浊瘀阻证患者,刮痧治疗4周,将治疗前、后的血清分别标记成Ctrl组、Test组,应用非标记定量蛋白质组学技术进行差异蛋白的分析和鉴定。结果:通过鉴定观察到蛋白总数为387,其中差异蛋白数有9个,包括上调的差异蛋白7个,下调的差异蛋白2个。上调的差异蛋白为APMAP、APOC1、APOM、SAA2-SAA4、RARRES2、P01714、P0DP04。下调的差异蛋白为CP、PROC。GO富集分析结果中所鉴定到的蛋白主要涉及生物过程(BP)、细胞组成(CC)、分子功能(MF)三方面。KEGG分析显示主要介导了ferroposis(铁死亡)、porphyrin metabolism(卟啉代谢)、complement and coagulation cascades(补体及凝血级联)等信号通路。结论:刮痧治疗冠心病痰浊瘀阻证患者的生物学机制主要是作用于APMAP等差异蛋白,影响患者动脉粥样硬化的进程和脂质代谢,同时在炎症调控、免疫调节中起到了积极的作用。刮痧可宏观上调控和影响脂蛋白的重塑、脂质代谢、芳香脂酶等活性,通过激活炎症调控、新陈代谢和免疫调节等信号通路,在整体上影响冠心病相关的病理变化。展开更多
目的:基于网络药理学和分子对接方法探讨甘草附子汤治疗类风湿性关节炎的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database,and analysis platform,TCMSP),根据口服生...目的:基于网络药理学和分子对接方法探讨甘草附子汤治疗类风湿性关节炎的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database,and analysis platform,TCMSP),根据口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%、类药性指数(drug-likeness,DL)≥0.18的筛选条件,获取甘草附子汤中4味药材的化学成分和作用靶点;通过Gene-Cards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank等数据库获取类风湿性关节炎相关靶点,药物靶点与疾病靶点取交集得到甘草附子汤治疗类风湿性关节炎的潜在作用靶点;采用STRING在线平台构建潜在靶点PPI网络并获得GO富集分析及KEGG通路数据,对其作用机制进行分析预测。运用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-核心靶点网络并对蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络进行拓扑分析。利用分子对接方法验证网络药理学分析甘草附子汤治疗RA结果的准确性。结果:活性成分-核心靶点网络分析结果显示有槲皮素、山柰酚、柚皮素、芒柄花素等99种化学成分,关键靶点有白细胞介素6(interleukin-6,IL-6)、JUN、TNF、MAPK14等。GO富集分析共得到1912条富集结果,主要涉及对细胞因子产生的正调控、对炎症反应的调节、对脂多糖的反应等。KEGG富集分析共得到131条通路富集结果,主要涉及细胞因子-细胞因子受体相互作用通路、类风湿性关节炎、TNF信号通路、破骨细胞分化通路等;分子对接结果显示,度值排名前4的槲皮素、山柰酚、柚皮素、芒柄花素对接关键靶点的蛋白结晶复合物构象合理。结论:该研究初步表明,甘草附子汤中多种活性成分通过作用于IL-6、JUN、MAPK14等关键靶点,调节多条信号通路,下调炎性因子表达,调节骨代谢,干预骨破坏,调节免疫功能,发挥治疗类风湿性关节炎的作用。展开更多
目的探究糖尿病性心肌病(diabetic cardiomyopathy,DCM)防治的潜在新靶点。方法取正常组和糖尿病组小鼠心肌组织用于蛋白质组学研究。利用R语言对GEO数据库GSE161931数据集进行分析,以P<0.05及|log_(2)FC|≥1为标准对芯片数据进行筛...目的探究糖尿病性心肌病(diabetic cardiomyopathy,DCM)防治的潜在新靶点。方法取正常组和糖尿病组小鼠心肌组织用于蛋白质组学研究。利用R语言对GEO数据库GSE161931数据集进行分析,以P<0.05及|log_(2)FC|≥1为标准对芯片数据进行筛选,得到相关差异基因。进一步采用R语言对差异基因进行基因本体论(gene ontology,GO)功能富集分析及京都基因与基因组(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析。最后,构建糖尿病模型小鼠并评估其心功能,初步验证上述差异表达基因分析结果,并研究差异蛋白作为潜在DCM治疗靶标的可能性。结果结果显示,糖尿病模型小鼠表现出DCM症状,模型组较正常组显著升高的蛋白19个、降低的蛋白35个,这些差异蛋白主要富集于脂代谢信号通路及细胞因子和炎性细胞通路。基于以上结果,通过STRING分析蛋白-蛋白相互作用筛选出11个靶标蛋白,结合实验发现了ACOT2的潜在靶标作用。验证实验结果显示,抑制ACOT2可以减轻糖尿病模型小鼠的DCM症状。结论通过应用蛋白组学与DCM转录组分析,ACOT2可能是DCM防治的潜在新靶点。展开更多
文摘目的研究毗邻锌指结构域的溴结构域蛋白2A(bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2,BAZ2A)促进子宫颈癌和肝癌发展的共同机制。方法通过转录组测序获得子宫颈癌组和肝癌组的转录组数据。应用R语言的“limma”包分别筛选子宫颈癌组DEGs和肝癌组DEGs,并取交集获得其共有DEGs。通过“ggplot2”和“clusterProfiler”包对DEGs进行GO和KEGG功能注释分析。应用STRING数据库在线工具构建子宫颈癌DEGs、肝癌DEGs和共有DEGs的PPI网络分析图。使用Cytoscape软件对PPI网络分析图进行进一步处理,鉴定出核心基因。结果对子宫颈癌DEGs、肝癌DEGs和共有DEGs分别进行KEGG富集,三者共有的通路涉及细胞凋亡、抗原加工与呈递、类固醇生物合成。对子宫颈癌DEGs、肝癌DEGs和共有DEGs分别进行GO富集,前两者共有的生物过程(biological process,BP)条目涉及凋亡信号通路、免疫反应、生物黏附,三者共有的BP条目为细胞-底物黏附。子宫颈癌DEGs的核心基因为EP300。EP300对癌症细胞凋亡、迁移有调控作用。肝癌DEGs的核心基因为HSP90AB1。HSP90AB1可介导细胞程序性死亡、炎症和自身免疫、迁移等过程。共有DEGs的核心基因为RPS3。RPS3是一种核糖体蛋白,可通过影响核糖体的生物发生而影响癌细胞的生长、增殖和转移。结论BAZ2A可通过调节细胞凋亡、免疫反应、细胞运动、迁移而影响子宫颈癌、肝癌的发展,这为癌症的靶向治疗提供了新思路。
文摘目的:基于非标记定量蛋白质组学技术探索刮痧治疗冠心病痰浊瘀阻证的生物学机制。方法:随机选取5例冠心病稳定型心绞痛痰浊瘀阻证患者,刮痧治疗4周,将治疗前、后的血清分别标记成Ctrl组、Test组,应用非标记定量蛋白质组学技术进行差异蛋白的分析和鉴定。结果:通过鉴定观察到蛋白总数为387,其中差异蛋白数有9个,包括上调的差异蛋白7个,下调的差异蛋白2个。上调的差异蛋白为APMAP、APOC1、APOM、SAA2-SAA4、RARRES2、P01714、P0DP04。下调的差异蛋白为CP、PROC。GO富集分析结果中所鉴定到的蛋白主要涉及生物过程(BP)、细胞组成(CC)、分子功能(MF)三方面。KEGG分析显示主要介导了ferroposis(铁死亡)、porphyrin metabolism(卟啉代谢)、complement and coagulation cascades(补体及凝血级联)等信号通路。结论:刮痧治疗冠心病痰浊瘀阻证患者的生物学机制主要是作用于APMAP等差异蛋白,影响患者动脉粥样硬化的进程和脂质代谢,同时在炎症调控、免疫调节中起到了积极的作用。刮痧可宏观上调控和影响脂蛋白的重塑、脂质代谢、芳香脂酶等活性,通过激活炎症调控、新陈代谢和免疫调节等信号通路,在整体上影响冠心病相关的病理变化。
文摘目的:基于网络药理学和分子对接方法探讨甘草附子汤治疗类风湿性关节炎的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database,and analysis platform,TCMSP),根据口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%、类药性指数(drug-likeness,DL)≥0.18的筛选条件,获取甘草附子汤中4味药材的化学成分和作用靶点;通过Gene-Cards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank等数据库获取类风湿性关节炎相关靶点,药物靶点与疾病靶点取交集得到甘草附子汤治疗类风湿性关节炎的潜在作用靶点;采用STRING在线平台构建潜在靶点PPI网络并获得GO富集分析及KEGG通路数据,对其作用机制进行分析预测。运用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-核心靶点网络并对蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络进行拓扑分析。利用分子对接方法验证网络药理学分析甘草附子汤治疗RA结果的准确性。结果:活性成分-核心靶点网络分析结果显示有槲皮素、山柰酚、柚皮素、芒柄花素等99种化学成分,关键靶点有白细胞介素6(interleukin-6,IL-6)、JUN、TNF、MAPK14等。GO富集分析共得到1912条富集结果,主要涉及对细胞因子产生的正调控、对炎症反应的调节、对脂多糖的反应等。KEGG富集分析共得到131条通路富集结果,主要涉及细胞因子-细胞因子受体相互作用通路、类风湿性关节炎、TNF信号通路、破骨细胞分化通路等;分子对接结果显示,度值排名前4的槲皮素、山柰酚、柚皮素、芒柄花素对接关键靶点的蛋白结晶复合物构象合理。结论:该研究初步表明,甘草附子汤中多种活性成分通过作用于IL-6、JUN、MAPK14等关键靶点,调节多条信号通路,下调炎性因子表达,调节骨代谢,干预骨破坏,调节免疫功能,发挥治疗类风湿性关节炎的作用。
文摘目的探究糖尿病性心肌病(diabetic cardiomyopathy,DCM)防治的潜在新靶点。方法取正常组和糖尿病组小鼠心肌组织用于蛋白质组学研究。利用R语言对GEO数据库GSE161931数据集进行分析,以P<0.05及|log_(2)FC|≥1为标准对芯片数据进行筛选,得到相关差异基因。进一步采用R语言对差异基因进行基因本体论(gene ontology,GO)功能富集分析及京都基因与基因组(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析。最后,构建糖尿病模型小鼠并评估其心功能,初步验证上述差异表达基因分析结果,并研究差异蛋白作为潜在DCM治疗靶标的可能性。结果结果显示,糖尿病模型小鼠表现出DCM症状,模型组较正常组显著升高的蛋白19个、降低的蛋白35个,这些差异蛋白主要富集于脂代谢信号通路及细胞因子和炎性细胞通路。基于以上结果,通过STRING分析蛋白-蛋白相互作用筛选出11个靶标蛋白,结合实验发现了ACOT2的潜在靶标作用。验证实验结果显示,抑制ACOT2可以减轻糖尿病模型小鼠的DCM症状。结论通过应用蛋白组学与DCM转录组分析,ACOT2可能是DCM防治的潜在新靶点。
