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应用GeneSifter软件分析范可尼贫血基因表达谱的报告
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作者 陈霞 马文丽 +2 位作者 梁爽 向征 郑文岭 《现代生物医学进展》 CAS 2007年第10期1474-1476,共3页
目的:探讨范可尼贫血(Fanconi anemia,FA)发病的分子机制。方法:用GeneSifter软件对FA转录子协会公布的FA基因芯片表达数据进行统计学分析,结合Gene Ontologe和KEGG通路分析。结果:从FA细胞中筛选出690个差异表达基因,涉及DNA损伤与修... 目的:探讨范可尼贫血(Fanconi anemia,FA)发病的分子机制。方法:用GeneSifter软件对FA转录子协会公布的FA基因芯片表达数据进行统计学分析,结合Gene Ontologe和KEGG通路分析。结果:从FA细胞中筛选出690个差异表达基因,涉及DNA损伤与修复等多种生物过程及多条通路,发现了TOP2A、MCM2、PCNA等多个与FA发病相关基因。结论:FA发病的分子机制主要与DNA损伤和修复过程中的解螺旋相关,RAD-6通路可能是其损伤后的重要修复通路,其次亦与钙离子信号通路等密切联系。 展开更多
关键词 范可尼贫血 genesifter软件 基因表达谱 差异基因
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GeneSifter在基因表达谱芯片数据挖掘中的应用 被引量:5
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作者 廖之君 马文丽 +1 位作者 梁爽 郑文岭 《医学信息(西安上半月)》 2007年第11期1882-1887,共6页
介绍一款基因芯片数据分析工具──GeneSifter软件,具有快速、直观、便捷等特点,尤其适用于基因表达谱的数据挖掘。芯片数据一般以格式化文本文档形式上载,根据实验目的、设计不同,总共有4种上载向导工具,数据分析从控制台Analysis项目... 介绍一款基因芯片数据分析工具──GeneSifter软件,具有快速、直观、便捷等特点,尤其适用于基因表达谱的数据挖掘。芯片数据一般以格式化文本文档形式上载,根据实验目的、设计不同,总共有4种上载向导工具,数据分析从控制台Analysis项目下的Pairwise或Projects进入,需要设置滤过、阈值和统计分析等参数,Pairwise可获得的结果有:差异显著性基因列表、基因本体报告和KEGG通路报告等,Projects有更为强大的功能,可获取聚类等6种结果。GeneSifter独特的一站式单击设置,可获得相关基因的11个数据库最新链接。GeneSifter适用于基因芯片数据挖掘的生物研究人员。 展开更多
关键词 genesifter软件 数据挖掘 基因本体术语 KEGG通路 聚类
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使用GeneSifter对小鼠肺钩虫感染基因表达谱的分析
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作者 刘华 马文丽 +2 位作者 柯杰兵 丁大鹏 郑文岭 《现代预防医学》 CAS 北大核心 2008年第19期3787-3789,共3页
[目的]从基因水平探索肌萎缩侧索硬化(ALS)其发病机制并发现治疗ALS的新靶点。[方法]通过GeneSifter软件对野生型(WT)和重度联合免疫缺陷型(SCID)小鼠肺组织钩虫感染的微阵列表达谱进行分析,使用two-way ANOVA的统计学方法对数据聚类,... [目的]从基因水平探索肌萎缩侧索硬化(ALS)其发病机制并发现治疗ALS的新靶点。[方法]通过GeneSifter软件对野生型(WT)和重度联合免疫缺陷型(SCID)小鼠肺组织钩虫感染的微阵列表达谱进行分析,使用two-way ANOVA的统计学方法对数据聚类,并结合Gene Ontology和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)生物学通路,深入分析具有种系效应的517个差异基因(P﹤0.001)。[结果]显示ALS的信号转导通路在两组小鼠间差异有统计学意义(Z﹥2),与Th2反应相关的多个基因对ALS的代谢异常具有保护作用。[结论]筛选出的3个特异基因,可作为治疗肌萎缩侧索硬化的新候选基因。 展开更多
关键词 genesifter软件 基因表达谱 肌萎缩侧索硬化
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