水稻组蛋白H1三突变体的创建和转录组学分析

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作者 杨淇 魏子迪 +6 位作者 宋娟 童堃 杨柳 王佳涵 刘海燕 栾维江 马轩 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期85-96,共12页

【目的】组蛋白H1对于染色质高级结构的维持和稳定具有重要作用,研究水稻H1对基因表达的影响,为深入理解水稻H1的生物学调控功能提供依据。【方法】通过半定量RT-PCR与RT-qPCR对水稻4个H1基因进行表达分析,利用CRISPR技术创建水稻H1基... 【目的】组蛋白H1对于染色质高级结构的维持和稳定具有重要作用,研究水稻H1对基因表达的影响,为深入理解水稻H1的生物学调控功能提供依据。【方法】通过半定量RT-PCR与RT-qPCR对水稻4个H1基因进行表达分析,利用CRISPR技术创建水稻H1基因编辑植株,鉴定突变体表型,对突变体进行转录组学分析。【结果】水稻4个H1基因的表达比较广谱,在根中的表达较低;在T_(0)代CRISPR突变体筛选过程中发现H1.1-H1.4发生多种突变;在T_(1)代筛选到一株Osh1.1 Osh1.3 Osh1.4纯合三突变体,该三突变体具有多种发育缺陷,成为转录组分析的材料;进一步在T_(2)代得到三突和四突群体,该群体约25%为白化苗,植株生长迟缓,在响应干旱胁迫方面发生缺陷;对三突变体进行转录组学分析,鉴定到1055个差异表达基因,显著上调的基因约为下调基因的2.5倍,说明H1可能具有抑制基因表达的功能。【结论】在突变体中,光合作用、胁迫响应、氨基酸代谢和RNA代谢等多种途径均发生调控紊乱;其中,核糖体蛋白和光合作用相关基因显著上调,与干旱胁迫相关的脱氢酶基因显著下调。核糖体途径基因过量表达可能造成蛋白质稳态失调,导致植物发育缺陷。 展开更多

关键词 水稻 组蛋白h1 CRISPR 转录组测序 RT-QPCR

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基于生物信息学方法和动物实验方法获取多房棘球蚴病组蛋白H3K4ME1的生物学功能和信号通路信息

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作者 朱鑫琳 陈佳昕 任利 《中国高原医学与生物学杂志》 CAS 2024年第2期124-130,共7页

目的基于生物信息学方法和动物实验方法获取多房棘球蚴病组蛋白H3K4ME1的生物学功能和信号通路信息。方法1.提取冻存组织细胞核。2.构建cut&tag文库。3.分析生物信息:1)评估多房棘球蚴病组蛋白H3K4ME1的测序数据;2)确定reads在基因... 目的基于生物信息学方法和动物实验方法获取多房棘球蚴病组蛋白H3K4ME1的生物学功能和信号通路信息。方法1.提取冻存组织细胞核。2.构建cut&tag文库。3.分析生物信息:1)评估多房棘球蚴病组蛋白H3K4ME1的测序数据;2)确定reads在基因组上的分布;3)分析单个样本富集区间信息;4)分析peak转录因子;5)分析与Peak关联基因的GO功能富集、KEGG通路富集情况;6)分析差异关联基因基本情况;7)分析差异关联基因的GO功能富集情况;8)分析差异关联基因的KEGG通路富集情况。结果1.提取冻存组织细胞核:在显微镜下观察到细胞核计数>100000,表示细胞核提取成功。2.测序文库构建后,用qubit软件检查测序文库,结果显示合格。3.生物信息分析结果:1)实验组与参考基因库之间的数据相似程度>98%(测序数据良好),可进行下一步检测;2)多房棘球蚴病组和健康小鼠组的reads在TSS明显起峰;3)通过单个样本的富集,筛选出显著性Peak;4)与peak关联的转录因子主要集中在zf-C2H2、Homeobox和BHLH等;5)与Peak关联基因的GO功能主要富集在细胞蛋白大分子定位、细胞发育调节、解剖结构形态调控等生物学过程,与peak关联基因的KEGG通路主要富集在MAPK、cGMP-PKG、Hippo等信号通路;6)多房棘球蚴病组与健康小鼠组的组蛋白H3K4ME1存在5547个差异关联基因,其中上调基因2556个、下调基因2929个;7)组蛋白H3K4ME1差异关联基因GO功能富集分析的生物过程主要有细胞投射组织的正向调节、GTPase的活性调节等,细胞组分主要有细胞投影膜、突触等,分子功能主要有肌动蛋白结合、细胞黏附分子结合等;8)组蛋白H3K4ME1差异关联基因KEGG通路富集分析主要分布在MAPK、Wnt、Rap1等信号通路上。结论获得了多房棘球蚴病组蛋白H3K4ME1的生物学功能和信号通路信息。 展开更多

关键词 多房棘球蚴病 组蛋白h3K4ME1 生物学 信号通路

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金鱼H 1组蛋白基因及其N端片段的克隆、表达及抗菌活性 被引量：2

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作者 魏泉德 余新炳 +1 位作者 Lim Ho Sung Cha Hyung Joon 《生物医学工程学杂志》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第3期609-614,共6页

用RT-PCR方法从金鱼体内成功分离得到编码H 1组蛋白的基因,基因登录号AY 184811。该基因与来源于大西洋鲑鱼的抗菌蛋白-H 1组蛋白有极高的同源性(78%)。将全长基因及其N端(2-38氨基酸)序列成功克隆于毕赤酵母分泌表达载体pP IC 9K并表达... 用RT-PCR方法从金鱼体内成功分离得到编码H 1组蛋白的基因,基因登录号AY 184811。该基因与来源于大西洋鲑鱼的抗菌蛋白-H 1组蛋白有极高的同源性(78%)。将全长基因及其N端(2-38氨基酸)序列成功克隆于毕赤酵母分泌表达载体pP IC 9K并表达;表达产物初步检测有抗菌活性。结果表明,金鱼H 1组蛋白为一种新发现的抗菌蛋白,其N端来源肽(AEVAPAA SAPPAKAPKKK SAAKA KKAGPAVGDL IVKA)为抗微生物肽。金鱼H 1组蛋白及其来源肽在金鱼先天免疫防御中发挥作用。 展开更多

关键词 抗微生物肽 h1组蛋白 金鱼 毕赤酵母 RT—PCR

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人组蛋白H1基因的原核表达、纯化及其活性检测 被引量：8

4

作者 徐小洁 范忠义 +4 位作者 王凌雪 张浩 丁丽华 杜楠 叶棋浓 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期843-845,共3页

目的:克隆人组蛋白H1全长编码区基因,获得其原核表达产物,并对融合蛋白进行纯化以及活性检测。方法:采用PCR技术从人乳腺文库中扩增出人组蛋白H1全长编码区基因,将其克隆到pGEX-KG载体中,在大肠杆菌Rossate中表达后,利用GST-Sepharose 4... 目的:克隆人组蛋白H1全长编码区基因,获得其原核表达产物,并对融合蛋白进行纯化以及活性检测。方法:采用PCR技术从人乳腺文库中扩增出人组蛋白H1全长编码区基因,将其克隆到pGEX-KG载体中,在大肠杆菌Rossate中表达后,利用GST-Sepharose 4B亲和珠对原核表达产物进行纯化,以SDS-PAGE和Western blot鉴定表达与纯化产物。结果:从人乳腺文库中扩增获得约650 bp的DNA片段,并成功克隆至pGEX-KG载体上,经测序与目的序列完全一致;在Rossate菌中诱导表达出相对分子质量(Mr)约为52 000的目的蛋白,经纯化后获得了纯度较高的重组蛋白GST-H1,激酶实验证明该蛋白活性良好。结论:成功获得了活性良好的重组蛋白GST-H1,为后续研究细胞周期蛋白调控奠定了实验基础。 展开更多

关键词 人组蛋白h1 原核表达 纯化

原文传递

菲咯啉铜配合物与组蛋白H1的相互作用 被引量：1

5

作者 蔡小强 潘逆娜 +1 位作者 郑忠亮 邹国林 《武汉大学学报（理学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期443-446,共4页

用IAsys光学生物传感器与荧光淬灭法研究了菲咯啉铜配合物与组蛋白H1的相互作用,得出了在25℃和pH 7.4条件下两者的结合常数和结合位点数.结果表明,菲咯啉铜配合物与组蛋白H1具有较强的相互作用,其结合常数数量级可达到105,两者相互作... 用IAsys光学生物传感器与荧光淬灭法研究了菲咯啉铜配合物与组蛋白H1的相互作用,得出了在25℃和pH 7.4条件下两者的结合常数和结合位点数.结果表明,菲咯啉铜配合物与组蛋白H1具有较强的相互作用,其结合常数数量级可达到105,两者相互作用时只有一个结合位点,菲咯啉铜配合物与组蛋白H1的结合常数是单独的菲咯啉配体的6倍.推测菲咯啉铜配合物在诱导细胞凋亡的过程中在与组蛋白H1结合处切割核小体上的DNA,从而产生凋亡所特有的DNA片段化阶梯现象. 展开更多

关键词 菲咯啉铜配合物 组蛋白h1 相互作用

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质谱法分析大鼠精子发生过程中组蛋白H1变异体的多样性

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作者 鲁爽 程露阳 +4 位作者 汪卓群 李欣 石心泉 贾孟春 马旭 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 2009年第5期335-340,共6页

目的为探究连接组蛋白H1在精子发生过程染色体重构中的功能,了解一共有多少种连接组蛋白H1参与各期生精细胞的染色体的构建。方法分离高纯度的SD大鼠的各期生精细胞,提取组蛋白,应用SDS-PAGE分离组蛋白的各组分,组蛋白(H1)经过蛋白酶(Gl... 目的为探究连接组蛋白H1在精子发生过程染色体重构中的功能,了解一共有多少种连接组蛋白H1参与各期生精细胞的染色体的构建。方法分离高纯度的SD大鼠的各期生精细胞,提取组蛋白,应用SDS-PAGE分离组蛋白的各组分,组蛋白(H1)经过蛋白酶(Glu-c和Arg-c)酶切,应用质谱进行检测。结果鉴定了组蛋白H1的体细胞亚型(H1.1-H1.5)和睾丸特异的连接组蛋白亚型(H1t)。组蛋白H1t分别表达在精原细胞,精母细胞和圆形精子细胞中。结论大鼠精子发生过程中,其主要连接组蛋白H1的种类是:H1.1-H1.5和H1t。 展开更多

关键词 精子发生 组蛋白h1的亚型种类 液质联用

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小麦组蛋白H1基因保守序列原核载体的构建及表达

7

作者 宋红肖 谭广云 +3 位作者 王春艳 张瑞兴 朱乾琨 孙浩然 《吉林农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期39-42,共4页

采用PCR技术扩增TAT-H1bs融合基因,并通过基因操作构建了融合基因的原核重组载体pET-28a-TAT-Hlbs。将阳性重组质粒转化至受体菌Rosseta(DE3)感受态细胞中,以IPTG诱导表达,表达产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳检测和Western-blot检测。结果表... 采用PCR技术扩增TAT-H1bs融合基因,并通过基因操作构建了融合基因的原核重组载体pET-28a-TAT-Hlbs。将阳性重组质粒转化至受体菌Rosseta(DE3)感受态细胞中,以IPTG诱导表达,表达产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳检测和Western-blot检测。结果表明:重组菌能够表达目的蛋白,软件分析结果表明表达蛋白约占菌体蛋白的40%,上清表达量约为20%。上清蛋白经纯化后,Western-blot结果显示,His-Tag单克隆抗体可以很好地与所表达的蛋白带特异性结合。所获得的融合蛋白以高效胞质可溶形式表达。 展开更多

关键词 小麦组蛋白h1 融合蛋白 可溶性表达 穿膜肽TAT

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应用光学生物传感器测定DNA与组蛋白H1的结合常数

8

作者 汤凯 胡兴 邹国林 《武汉大学学报（理学版）》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期753-756,共4页

用一种新的基于共振镜技术(resonant mirror)的IAsys光生物传感器分别测定了小牛胸腺DNA(ctDNA),鲑鱼精DNA(hsDNA),pUC-18质粒DNA与组蛋白H1相互作用的结合和解离的动力学速率常数(ka,kd)和解离平衡常数(KD).结果表明ctDNA与H1的结合作... 用一种新的基于共振镜技术(resonant mirror)的IAsys光生物传感器分别测定了小牛胸腺DNA(ctDNA),鲑鱼精DNA(hsDNA),pUC-18质粒DNA与组蛋白H1相互作用的结合和解离的动力学速率常数(ka,kd)和解离平衡常数(KD).结果表明ctDNA与H1的结合作用最强,其KD值为5.44×10-7mol.L-1,hsDNA,pUC-18质粒DNA与组蛋白H1的KD值分别为73.34×10-7,67.93×10-7mol.L-1. 展开更多

关键词 结合常数 DNA 组蛋白h1 光牛物传感器

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组蛋白H1的研究进展 被引量：2

9

作者 马佳琦 刘鹏 《江苏农业科学》 2020年第13期34-40,共7页

核小体是染色质的基本结构单位,DNA缠绕在组蛋白八聚体外侧形成核小体。核小体的串珠结构在组蛋白H1的存在下形成紧密的30 nm染色质纤维。多种H1亚型的存在及其不同翻译后修饰揭示组蛋白H1功能的复杂性。本文综述了组蛋白H1的生物学功能... 核小体是染色质的基本结构单位,DNA缠绕在组蛋白八聚体外侧形成核小体。核小体的串珠结构在组蛋白H1的存在下形成紧密的30 nm染色质纤维。多种H1亚型的存在及其不同翻译后修饰揭示组蛋白H1功能的复杂性。本文综述了组蛋白H1的生物学功能,H1在表观修饰、基因转录和DNA复制方面的调控机制,并概括了H1翻译后修饰及其功能调控的研究进展,为H1的研究工作提供了参考。 展开更多

关键词 组蛋白h1 表观遗传修饰 基因转录 翻译后修饰

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hil-1基因通过饮食限制通路调节秀丽隐杆线虫寿命

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作者 成慧 方菲 +4 位作者 石嘉豪 杨桦 张梦杰 杨平 费俭 《实验动物与比较医学》 CAS 2023年第3期271-281,共11页

目的揭示H1连接子组蛋白基因(H1 linker histone gene,hil-1)的生理学功能,以及其调控线虫寿命的分子机制。方法以秀丽隐杆线虫为模式生物,采用RNA干扰菌喂食、hil-1(gk229)突变体回交纯化以及过表达质粒显微注射技术来敲降、敲除以及... 目的揭示H1连接子组蛋白基因(H1 linker histone gene,hil-1)的生理学功能,以及其调控线虫寿命的分子机制。方法以秀丽隐杆线虫为模式生物,采用RNA干扰菌喂食、hil-1(gk229)突变体回交纯化以及过表达质粒显微注射技术来敲降、敲除以及过表达hil-1基因,然后观察线虫存活寿命及产卵情况,通过热耐受实验、百草枯应激实验和重金属Cr6+应激实验评价hil-1(gk229)突变体的抗逆性,利用实时荧光定量PCR实验以及构建双突变体线虫进一步确定hil-1调控寿命所关联的信号通路和作用靶点。结果与野生型N2线虫相比,RNA干扰后的线虫寿命以及hil-1(gk229)突变体线虫寿命明显缩短(P<0.001),而hil-1全身性过表达后线虫寿命延长(P<0.05)。与野生型N2线虫相比,hil-1(gk229)突变体线虫对热压力和氧化压力的耐受性明显降低(P<0.001,P<0.05),而对重金属的耐受能力无差异(P>0.05)。并且,相比于野生型N2线虫,hil-1(gk229)突变体线虫的发育周期缩短(P<0.001),产卵提前(P<0.001),但产卵总量没有显著变化(P>0.05)。给eat-2(ad465)突变体线虫喂食hil-1 RNA干扰菌后,hil-1表达下调不影响eat-2(ad465)突变体线虫的寿命(P>0.05)。相较于野生型N2线虫,hil-1(gk229)突变体线虫中daf-16表达水平明显下调(P<0.001),其下游基因mtl-1和ctl-1表达也下调(P<0.05,P<0.001)。与daf-2(e1370)突变体相比,daf-2(e1370),hil-1(gk229)双突变体线虫的寿命无明显变化(P>0.05),而与daf-16(mu 86)突变体相比,daf-16(mu86),hil-1(gk229)双突变线虫的寿命明显缩短(P<0.001)。与对照组相比,在表皮和肠道中RNA干扰hil-1基因表达后线虫寿命明显缩短(P<0.001)。结论hil-1基因缺失明显缩短线虫寿命,同时使线虫对热压力和氧化压力的耐受性降低。hil-1基因可能通过饮食限制信号通路调控秀丽隐杆线虫的寿命,且该作用主要在表皮和肠道。 展开更多

关键词 秀丽隐杆线虫 h1连接子组蛋白基因 衰老 寿命 饮食限制通路

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接种S180肉瘤的小鼠肿瘤组织和器官中组蛋白与正常小鼠的比较研究 被引量：1

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作者 李俊燕 周克夫 何晶 《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2006年第B05期146-148,共3页

采用酸抽提法分别提取接种S180肉瘤的小鼠肿瘤组织以及肝、脾、肾等器官的组蛋白和正常小鼠相应组织和器官的组蛋白,并采用SDS-PAGE方法进行检测.结果表明,正常小鼠的肝、脾、肾等器官提取的组蛋白在检测中可以看到组蛋白H1的亚带,而接... 采用酸抽提法分别提取接种S180肉瘤的小鼠肿瘤组织以及肝、脾、肾等器官的组蛋白和正常小鼠相应组织和器官的组蛋白,并采用SDS-PAGE方法进行检测.结果表明,正常小鼠的肝、脾、肾等器官提取的组蛋白在检测中可以看到组蛋白H1的亚带,而接种了S180肉瘤的小鼠的肿瘤组织以及肝、脾、肾等器官的组蛋白在检测中基本无明显的条带.这说明发生在小鼠身上的S180肿瘤组织对小鼠的肝、脾、肾组织中的组蛋白产生一定影响. 展开更多

关键词 组蛋白h1 S180肉瘤 酸抽提 SDS-PAGE

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水蛭素对小鼠H22肝癌细胞Histone H1表达的影响

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作者 贾爱明 张红 +3 位作者 鲍发臻 王朝晖 刘耘 姚娓 《中国医院用药评价与分析》 2011年第11期1008-1010,共3页

目的:观察水蛭素对H22荷瘤小鼠的抑瘤作用,并探讨其作用机制。方法:接种H22肝癌细胞于小鼠右腋下,形成实体瘤模型。将40只小鼠随机抽样分为4组,盐水对照组(A组)、氟尿嘧啶(5-Fu)组(B组)、水蛭素高剂量组(C组)、水蛭素低剂量组(D组),每... 目的:观察水蛭素对H22荷瘤小鼠的抑瘤作用,并探讨其作用机制。方法:接种H22肝癌细胞于小鼠右腋下,形成实体瘤模型。将40只小鼠随机抽样分为4组,盐水对照组(A组)、氟尿嘧啶(5-Fu)组(B组)、水蛭素高剂量组(C组)、水蛭素低剂量组(D组),每组10只。连续用药14 d,次日处死取瘤称重,计算抑瘤率,免疫组化技术检测Histone H1的表达。结果:B、C组对小鼠肝癌细胞的生长抑制率分别为52.4%、37.98%。Histone H1在B、C、D组中均呈阳性表达,与对照组比较差异有统计学意义(P<0.01)。结论:水蛭素对肝癌细胞有抑制作用,其作用机制可能与影响Histone H1参与调控基因表达有关。 展开更多

关键词 水蛭素 肝癌 组蛋白h1

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HIST1H1E基因突变致Rahman综合征1例并文献复习

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作者 李燕 罗燕飞 +3 位作者 孙光辉 热衣兰木·包尔汉 迪丽胡麻·居来提 米热古丽·买买提 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期347-350,共4页

目的探讨HIST1H1E基因突变致Rahman综合征的临床及遗传学特点。方法回顾性分析2018年6月收治的1例Rahman综合征患儿的临床资料。以Rahman综合征、HIST1H1E基因、组蛋白H1、突变、Rahman syndrome、HIST1H1E gene、Histone H1为检索词,... 目的探讨HIST1H1E基因突变致Rahman综合征的临床及遗传学特点。方法回顾性分析2018年6月收治的1例Rahman综合征患儿的临床资料。以Rahman综合征、HIST1H1E基因、组蛋白H1、突变、Rahman syndrome、HIST1H1E gene、Histone H1为检索词,检索建库至2019年12月中国知网、万方数据库、维普期刊服务平台及PubMed的相关文献进行文献复习。结果患儿,男,2岁8个月,身高98 cm、体质量19 kg、头围54 cm,面容特殊(脸颊丰满,发际线高,眦距增宽,眼睑裂狭窄),严重龋齿,隐睾。血氨基酸及肉碱谱检测示羟异戊酰肉碱增高,乙酰肉碱增高,鸟氨酸降低。骨龄相当于5.5岁。儿童发育筛查(DST)异常。全外显子组基因测序提示患儿HIST1H1E基因存在c.446dupA,p.Ser150Glufs*46杂合突变(新发变异),未在HGMD及gnomAD等数据库中收录,根据美国ACMG变异分类指南评级为致病性变异。检索到英文文献4篇,共31例Rahman综合征患儿,男13例、女18例;包括14种HIST1H1E基因突变型,均位于其C末端结构域94个碱基对的区域中,为移码突变,形成相同的具有38个氨基酸羧基末端的突变蛋白。结论HIST1H1E基因突变导致的Rahman综合征为罕见的常染色体显性遗传病,临床表现为轻度至重度智力障碍,发育落后和不同程度的躯体过度生长,全外显子基因检测可协助诊断。 展开更多

关键词 Rahman综合征 hIST1h1E基因 组蛋白h1 基因突变

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H1foo在哺乳动物卵子发生和早期胚胎发育中的表达及功能研究进展

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作者 莫显红 郭成 +2 位作者 赵冰 李冰 徐振军 《黑龙江动物繁殖》 2021年第2期16-22,共7页

H1连接组蛋白(H1 linker histone,H1)是染色质结构和功能的关键调节因子。在相邻的核小体之间,H1与连接体DNA(linker DNA)结合构成染色质的念珠状结构,以稳定染色质的高级结构、调节基因表达。研究发现一种H1亚型,命名为卵母细胞特异性... H1连接组蛋白(H1 linker histone,H1)是染色质结构和功能的关键调节因子。在相邻的核小体之间,H1与连接体DNA(linker DNA)结合构成染色质的念珠状结构,以稳定染色质的高级结构、调节基因表达。研究发现一种H1亚型,命名为卵母细胞特异性连接组蛋白(oocytespecific linker histone,H1foo),在哺乳动物卵母细胞中特异性表达。文章主要针对H1foo在卵巢卵泡、卵母细胞及早期胚胎发育中的表达分布模式,H1foo在卵母细胞减数分裂恢复和早期胚胎发育中的作用,H1foo在卵母细胞受精和体细胞核移植过程中与其他成分置换、实现基因组的完全重编程、恢复全能性中的重要作用进行综述,以期为相关机制研究提供参考。 展开更多

关键词 卵子特异连接组蛋白h1foo 卵子发生 早期胚胎发育 核小体 连接组蛋白

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猪产肠毒素大肠杆菌987P蛋白受体的鉴定

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作者 朱国强 王建业 朱晓芳 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期363-367,共5页

产肠毒素大肠杆菌(ETEC)定植于仔猪肠道的第一步是通过987P菌毛与小肠上皮细胞表面刷状缘大分子(BBV)结合。对分离的BBV进行SDS-PAGE和Ligand blot分析表明,在32～35KDa区域内有一条带能被987P菌毛探针所识别和结合,所结合的条带经胰蛋... 产肠毒素大肠杆菌(ETEC)定植于仔猪肠道的第一步是通过987P菌毛与小肠上皮细胞表面刷状缘大分子(BBV)结合。对分离的BBV进行SDS-PAGE和Ligand blot分析表明,在32～35KDa区域内有一条带能被987P菌毛探针所识别和结合,所结合的条带经胰蛋白酶消化后,通过微内径反相高效液相色谱(RP-HPLC)分离出多条主要峰带蛋白峰带,采用衬质辅助激光解吸与电离质谱法(MALDI-MS)对主要峰带进行分析,结合多肽氨基酸测序和Blast同源性比较,得到3个氨基酸基序(AETAP、ALAAAGYDVEK和LGLK),其序列与人和鼠源的组蛋白H1高度同源;来源于仔猪小肠上皮细胞BBV的H1蛋白与BBV一样都能特异性结合纯化的987P菌毛蛋白。上述结果表明,仔猪小肠上皮细胞BBV的组蛋白H1是987P菌毛蛋白的受体。 展开更多

关键词 产肠毒素大肠杆菌 987P BBV 组蛋白h1 受体

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综述:核小体液-液相分离中早期形核过程的分子结构

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作者 张蒙 薛涵 +1 位作者 刘建方 任罡 《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期114-127,共14页

研究揭示,核小体阵列在体外具有液-液相分离(liquid⁃liquid phase separation,LLPS)的内在特性,被认为在体内引导染色质区域的结构变化。然而,对于形成的异质凝聚物在分子水平的结构研究,长期以来受到技术限制,从而阻碍了研究人员对核... 研究揭示,核小体阵列在体外具有液-液相分离(liquid⁃liquid phase separation,LLPS)的内在特性,被认为在体内引导染色质区域的结构变化。然而,对于形成的异质凝聚物在分子水平的结构研究,长期以来受到技术限制,从而阻碍了研究人员对核小体液-液相分离的深入理解。为了解决这一难题,张蒙等运用先进的冷冻电子断层扫描技术(Cryo⁃electron tomography,Cryo⁃ET)、结合单分子电子断层重构(individual⁃particle electron tomography,IPET)和基于深度学习的分割技术,确定了液-液相分离在不同阶段的凝聚物的分子组织结构。该研究揭示,核小体的液-液相分离过程涉及到两个主要步骤:首先,旋节分解形成不规则的凝聚物;然后,这些凝聚物经过一个不稳定的过渡阶段,转化为更紧凑的球状核,进一步通过聚集更多旋节材料或与其它球状凝聚物的融合,逐渐形成更大的球状聚集体。此外,连接组蛋白H1催化旋节向球状凝聚物转变的速率,比旋节分解速度快出十倍以上。因此,推测这种转变可能涉及到核小体疏水表面的暴露,进而改变了核小体之间的相互作用。这些发现为染色质从间期结构向中期结构转变提供了新的物理机制线索。 展开更多

关键词 核小体 核小体阵列 液-液相分离 凝聚物 旋节分解 成核和生长 组蛋白h1 染色质 非平均的单分子结构测定 冷冻电子断层扫描 单分子结构重构法

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马氏珠母贝组蛋白H1基因家族的鉴定及功能分析 被引量：1

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作者 梁雪茹 曹艳飞 +2 位作者 杨帅 焦钰 杜晓东 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期472-481,共10页

组蛋白H1参与高级染色质结构的形成,除结构作用外,组蛋白H1还通过翻译后修饰或特定变体等影响染色质功能和动力学,并具有参与生物免疫反应以及控制细胞增殖等功能。本研究通过构建系统进化树和多序列比对等方法比较分析了马氏珠母贝(Pin... 组蛋白H1参与高级染色质结构的形成,除结构作用外,组蛋白H1还通过翻译后修饰或特定变体等影响染色质功能和动力学,并具有参与生物免疫反应以及控制细胞增殖等功能。本研究通过构建系统进化树和多序列比对等方法比较分析了马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)、长牡蛎(Crassostrea gigas)和人(Homo sapiens)等9个物种的组蛋白H1基因家族,分析了马氏珠母贝中的组蛋白H1基因在不同发育阶段以及植核后不同时间血细胞转录组中的表达变化,旨在揭示马氏珠母贝中组蛋白H1基因家族的分子进化和功能。结果表明,马氏珠母贝基因组包含23个组蛋白H1基因变体,呈现了该生物的特异性扩张。对马氏珠母贝、长牡蛎和人的组蛋白H1的氨基酸序列进行多序列比对,结果显示,组蛋白H1在物种间的保守性较高。在马氏珠母贝不同发育阶段的转录组中检测到12个组蛋白H1基因转录本,3个组蛋白H1基因在原肠胚期、早期担轮幼虫期、D型幼虫期、担轮幼虫、D型幼虫、投饵前D型幼虫、早期壳顶幼虫期、眼点期、变态后时期和稚贝期表达量升高,1个组蛋白H1基因在卵期和受精卵期显著性高表达,说明组蛋白H1在发育过程中形成了不同的表达机制,产生功能分化,在不同的发育阶段由不同H1基因发挥不同的功能。在血细胞转录组中表达了11个组蛋白H1基因,在植核后3~6 d有9个组蛋白H1基因的表达量有明显增加,在植核后6~12 h,有2个组蛋白H1基因显著性高表达,在植核后12 d其组蛋白H1基因的表达量都基本恢复到植核前水平,进一步证实不同的组蛋白H1基因的功能分化特征。上述结果表明组蛋白H1基因在马氏珠母贝基因组中产生了特异性扩张并形成功能分化,参与调控马氏珠母贝的发育和植核免疫过程。本研究为进一步探究组蛋白H1基因在马氏珠母贝中的功能提供理论基础。 展开更多

关键词 马氏珠母贝 组蛋白h1 基因家族 转录组分析 基因组分析

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基于大样本转录组学数据分析组蛋白1H2BH在脑胶质瘤中的表达及生物学功能 被引量：1

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作者 曾凡 马文平 +1 位作者 张莹 常渊浩 《中华神经外科杂志》 CSCD 北大核心 2021年第9期942-948,共7页

目的探讨影响脑胶质瘤恶性进展、患者生存预后的关键基因及其在脑胶质瘤中的表达特征和临床意义。方法回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)RNA测序数据库310例、癌症基因组图谱(TCGA)RNA测序数据库699例、GSE16011 mRNA芯片数据库26... 目的探讨影响脑胶质瘤恶性进展、患者生存预后的关键基因及其在脑胶质瘤中的表达特征和临床意义。方法回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)RNA测序数据库310例、癌症基因组图谱(TCGA)RNA测序数据库699例、GSE16011 mRNA芯片数据库268例和REMBRANDT mRNA芯片数据库中317例脑胶质瘤患者的临床资料及其脑胶质瘤样本的测序数据,筛选出与患者预后相关的共同差异基因,通过文献检索确定目标基因。在上述4个数据库中评价该目标基因的表达特征。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线及单因素和多因素Cox回归分析法评价该目标基因对脑胶质瘤患者预后的作用。通过Pearson相关检验,筛选出CGGA和TCGA数据库中与目标基因表达呈正相关(r>0.5且P<0.05)的基因,进一步利用在线软件DAVID对其进行生物功能聚集分析。采用实时荧光定量聚合酶联链式反应(qRT-PCR)检测星形细胞株和脑胶质瘤细胞株中该基因的表达量。采用细胞免疫荧光染色法检测经药物处理后脑胶质瘤细胞株(U87、U251和LN229)中γ-H2AX蛋白的表达情况。结果经筛选,组蛋白1H2BH(HIST1H2BH)为目标基因。在上述4个数据库中,HIST1H2BH的表达量在世界卫生组织(WH0)Ⅱ、Ⅲ及Ⅳ级间的差异均有统计学意义(均P<0.01),其中在Ⅳ级中最高,Ⅱ级中最低;且HIST1H2BH在异柠檬酸脱氢酶(IDH)野生型脑胶质瘤中的表达量均高于IDH突变型(均P<0.001)。在CGGA和TCGA数据库中,全级别脑胶质瘤和胶质母细胞瘤患者,HIST1H2BH高表达组的总体生存率均低于低表达组(均P<0.05)。多因素Cox回归分析结果显示,HIST1H2BH表达量高是影响脑胶质瘤患者总生存期的危险因素(HR=1.275,95%CI:1.040~1.563,P<0.05)。生物功能富集分析结果显示,与HIST1 H2BH表达量呈正相关的基因主要参与细胞增殖、DNA损伤修复和细胞外基质调控。qRT-PCR结果显示,HIST1 H2BH在HA、U87、U251和LN229细胞株中相对表达量的差异有统计学意义(分别为1.03±0.03、1.62±0.08、3.41±0.27、2.86±0.20,P<0.05)。细胞免疫荧光结果显示,经替莫唑胺处理后,U87细胞株的γ-H2AX蛋白的表达水平较U251和LN229细胞株增加(P<0.05)。结论HIST1 H2BH在脑胶质瘤中的表达随病理学级别的升高而增加,是影响脑胶质瘤患者生存期的危险因素,可能与其参与DNA损伤修复从而引起肿瘤细胞耐药有关。 展开更多

关键词 神经胶质瘤 基因表达 预后 组蛋白1h2Bh

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HMGA2的结构、功能及调控机制

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作者 刘泽宇 《厦门科技》 2022年第2期26-33,共8页

前言.核小体是染色质的基本单位,由DNA和核心组蛋白八聚体(H2A、H2B、H3和H4各两分子)组成,并由不同的蛋白质[包括组蛋白H1和高迁移率组(HMG)蛋白]组成高级结构。在组蛋白之后,HMG蛋白是第二丰富的染色体蛋白,通过调节染色质的组装、重... 前言.核小体是染色质的基本单位,由DNA和核心组蛋白八聚体(H2A、H2B、H3和H4各两分子)组成,并由不同的蛋白质[包括组蛋白H1和高迁移率组(HMG)蛋白]组成高级结构。在组蛋白之后,HMG蛋白是第二丰富的染色体蛋白,通过调节染色质的组装、重塑,DNA结构的扭曲、弯曲以调控高等真核细胞中的基因转录。 展开更多

关键词 hMGA2 DNA结构 组蛋白h1 核小体 高等真核细胞 高迁移率 基因转录 染色质

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