目的改进以测序为基础(sequencing based typing,SBT)的HLA-DRB1基因分型方法,从而降低其分型成本和工作量。方法根据序列比对结果将DRB1基因分为6个簇(cluster),并设计6对簇特异引物(cluster specific primer,CSP),依据其对应的等位基...目的改进以测序为基础(sequencing based typing,SBT)的HLA-DRB1基因分型方法,从而降低其分型成本和工作量。方法根据序列比对结果将DRB1基因分为6个簇(cluster),并设计6对簇特异引物(cluster specific primer,CSP),依据其对应的等位基因簇在人群中的频率高低,利用巢式PCR和CSPs渐进式地扩增,PCR产物纯化后进行测序分型。我们将此方法命名为以频率为基础的CSP-SBT法(Frequency based-CSP-SBT,FB-CSP-SBT)。结果用FB-CSP-SBT法对224个中国南方汉族冠心病患者临床样本进行HLA-DRB1等位基因分型,总共鉴定出31个等位基因型,覆盖了所有的HLA-DRB1等位基因谱系。其中,4个在人群中频率最高的簇依次为DR52(47.99%,包含DRB1*03、DRB1*08、DRB1*11、DRB1*12、DRB1*13和DRB1*14等6个DRB1等位基因谱系)、DR15(19.20%,包括DRB1*15和DRB1*16)、DR79(18.53%,包括DRB1*07和DRB1*09)和DR04(12.72%),占整个人群的98%以上。观察到的杂合性(heterozygosity)为0.9107,与前人报道的HLA-DRB1基因位点的杂合性相似,基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(P=0.3517)。对于每个样本,利用此方法对DRB1基因进行测序分型比传统的SBT至少减少6～8个PCR反应,同时还减少了测序反应的数目。结论用FB-CSP-SBT法可以准确地对HLA-DRB1基因进行分型,比传统的SBT法减少了工作量并降低了分型成本。展开更多
文摘目的改进以测序为基础(sequencing based typing,SBT)的HLA-DRB1基因分型方法,从而降低其分型成本和工作量。方法根据序列比对结果将DRB1基因分为6个簇(cluster),并设计6对簇特异引物(cluster specific primer,CSP),依据其对应的等位基因簇在人群中的频率高低,利用巢式PCR和CSPs渐进式地扩增,PCR产物纯化后进行测序分型。我们将此方法命名为以频率为基础的CSP-SBT法(Frequency based-CSP-SBT,FB-CSP-SBT)。结果用FB-CSP-SBT法对224个中国南方汉族冠心病患者临床样本进行HLA-DRB1等位基因分型,总共鉴定出31个等位基因型,覆盖了所有的HLA-DRB1等位基因谱系。其中,4个在人群中频率最高的簇依次为DR52(47.99%,包含DRB1*03、DRB1*08、DRB1*11、DRB1*12、DRB1*13和DRB1*14等6个DRB1等位基因谱系)、DR15(19.20%,包括DRB1*15和DRB1*16)、DR79(18.53%,包括DRB1*07和DRB1*09)和DR04(12.72%),占整个人群的98%以上。观察到的杂合性(heterozygosity)为0.9107,与前人报道的HLA-DRB1基因位点的杂合性相似,基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(P=0.3517)。对于每个样本,利用此方法对DRB1基因进行测序分型比传统的SBT至少减少6～8个PCR反应,同时还减少了测序反应的数目。结论用FB-CSP-SBT法可以准确地对HLA-DRB1基因进行分型,比传统的SBT法减少了工作量并降低了分型成本。
