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二维HP格点模型中的紧密高分子链构象及其热力学性质的研究
被引量：
10
1
作者
章林溪
金进生
+2 位作者
王向红
叶高翔
赵得禄
《高分子学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2002年第4期515-519,共5页
采用二维HP模型用精确计数法和MonteCarlo方法研究了链长为N(≤ 2 2 )的紧密高分子链的构象和热力学性质 .发现不同HP序列的紧密高分子链的平均自由能和平均配分函数与链长N存在关系 :〈F〉=aN+b , ln〈Z〉=a′N +b′ .同时发现对于可...
采用二维HP模型用精确计数法和MonteCarlo方法研究了链长为N(≤ 2 2 )的紧密高分子链的构象和热力学性质 .发现不同HP序列的紧密高分子链的平均自由能和平均配分函数与链长N存在关系 :〈F〉=aN+b , ln〈Z〉=a′N +b′ .同时发现对于可折叠成基态且简并度为 1的紧密高分子链 ,其平均自由能和平均配分函数与链长N也存在相似的关系 .在HP模型中对于链长为N的紧密高分子链 ,存在着 2 N + 1 个不同的HP序列 .我们发现可以折叠成基态且简并度为 1的蛋白质分子的HP序列数目NS 为NS =a× 2 N+ 1 (a =0 0 2 5 ) ,对应的HP序列中 ,疏水基团 (H)数目的含量为 4 0 %～ 6 0 %的序列出现的几率最大 .同时在这些紧密高分子链中有些具有相同的结构 ,发现结构的‘简并度’为 3 3～ 4 0 (10≤N≤ 16 ) .在紧密高分子链折叠过程中 ,折叠的初期能量下降比较快 ,折叠的中期能量下降比较缓慢 。
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关键词
二维
hp格点模型
构象
热力学性质
紧密高分子链
二维
hp
模型
精确计数法
MONTE
CARLO方法
折叠
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职称材料
二维蛋白质模型分子在折叠过程中的构象研究
被引量：
9
2
作者
陈进
董志君
+2 位作者
章林溪
姜舟婷
赵得禄
《高分子学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2003年第4期577-580,共4页
蛋白质在折叠过程中其构象要发生明显变化 .采用精确计数法 ,计算了在蛋白质折叠的不同阶段其尺寸大小及其分布情况 .发现在折叠的初期 ,分子的尺寸比较大 ,其分布也比较宽 .在折叠的后期 ,分子的尺寸比较小 ,其分布比较窄 .不同的氨基...
蛋白质在折叠过程中其构象要发生明显变化 .采用精确计数法 ,计算了在蛋白质折叠的不同阶段其尺寸大小及其分布情况 .发现在折叠的初期 ,分子的尺寸比较大 ,其分布也比较宽 .在折叠的后期 ,分子的尺寸比较小 ,其分布比较窄 .不同的氨基酸序列 ,其分子尺寸的分布也不同 .对于可折叠的氨基酸序列 ,在平均尺寸大小附近出现的几率特别大 .同时还计算了比值SN DN.这里SN 为可设计序列数目 (Thenumberofdesigningsequences) ,DN 为可设计构象数目 (Thenumberofdesignableconformations) ,并有关系- 1 6 8 4 +0 32 5 5N≤SN DN ≤- 0 86 6 4 +0 312 5N (N ≥ 13)
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关键词
二维蛋白质
模型
分子
折叠过程
构象
hp格点模型
精确计数法
分布函数
氨基酸
均方迴转半径
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职称材料
求解蛋白质折叠构形预测问题的PERM改进算法
被引量：
1
3
作者
黄文奇
崔茂林
《微计算机应用》
2004年第3期268-273,共6页
PERM算法用来求解蛋白质折叠构形预测问题具有非常高的效率。本文介绍了PERM算法的思想 ,并详细介绍了一种我们改进的PERM算法。
关键词
蛋白质折叠
NP
HARD
PERM算法
hp格点模型
生物学
数学
模型
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职称材料
求解蛋白质折叠问题的拟物切片算法
4
作者
易国洪
《计算机与数字工程》
2007年第5期23-25,29,共4页
蛋白质结构预测问题在生物学领域具有重要的理论意义和现实意义,提出一种拟物切片算法,与目前文献中依格点模型求解蛋白质折叠问题的最高效算法PERM进行对比分析。对当前文献中公认的最难的4个算例的计算都达到较好的结果。
关键词
蛋白质折叠
hp格点模型
PERM切片
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职称材料
改进的粒子群算法求解蛋白质结构预测问题
被引量：
3
5
作者
焉为家
郭雨珍
《计算机技术与发展》
2011年第12期109-112,共4页
蛋白质的生物学功能是由其空间结构决定的,因此,蛋白质结构预测就成为生物信息学领域中极具挑战性的问题之一。粒子群算法是一种新的群智能算法,优势在于简单容易实现,又有深刻的智能背景。在优化领域,粒子群算法适用于求解连续优化问题...
蛋白质的生物学功能是由其空间结构决定的,因此,蛋白质结构预测就成为生物信息学领域中极具挑战性的问题之一。粒子群算法是一种新的群智能算法,优势在于简单容易实现,又有深刻的智能背景。在优化领域,粒子群算法适用于求解连续优化问题,而基于HP格点模型的蛋白质结构预测问题是一个离散问题。因此,文中通过借鉴单点调整算法的思想,引入了调整子和调整序的概念,重构了粒子群算法,并用改进的粒子群算法求解了这一典型的离散问题。数值模拟结果说明了算法的有效性。
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关键词
蛋白质结构预测
粒子群算法
hp格点模型
组合优化
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职称材料
题名
二维HP格点模型中的紧密高分子链构象及其热力学性质的研究
被引量：
10
1
作者
章林溪
金进生
王向红
叶高翔
赵得禄
机构
浙江大学物理系
中国科学院化学研究所分子科学中心高分子物理实验室
出处
《高分子学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2002年第4期515-519,共5页
基金
国家自然科学基金 (基金号 2 98740 2 1和 2 0 1740 3 6)
国家重点基础研究专项经费 (批准号 95 预 12
+1 种基金
G19990 64 80 0 )
浙江省自然科学基金 (基金号 10 10 0 2 )
文摘
采用二维HP模型用精确计数法和MonteCarlo方法研究了链长为N(≤ 2 2 )的紧密高分子链的构象和热力学性质 .发现不同HP序列的紧密高分子链的平均自由能和平均配分函数与链长N存在关系 :〈F〉=aN+b , ln〈Z〉=a′N +b′ .同时发现对于可折叠成基态且简并度为 1的紧密高分子链 ,其平均自由能和平均配分函数与链长N也存在相似的关系 .在HP模型中对于链长为N的紧密高分子链 ,存在着 2 N + 1 个不同的HP序列 .我们发现可以折叠成基态且简并度为 1的蛋白质分子的HP序列数目NS 为NS =a× 2 N+ 1 (a =0 0 2 5 ) ,对应的HP序列中 ,疏水基团 (H)数目的含量为 4 0 %～ 6 0 %的序列出现的几率最大 .同时在这些紧密高分子链中有些具有相同的结构 ,发现结构的‘简并度’为 3 3～ 4 0 (10≤N≤ 16 ) .在紧密高分子链折叠过程中 ,折叠的初期能量下降比较快 ,折叠的中期能量下降比较缓慢 。
关键词
二维
hp格点模型
构象
热力学性质
紧密高分子链
二维
hp
模型
精确计数法
MONTE
CARLO方法
折叠
Keywords
compact polmyer
hp
model
enumeration calculation method
Monte Carlo method
folding
分类号
O631 [理学—高分子化学]
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职称材料
题名
二维蛋白质模型分子在折叠过程中的构象研究
被引量：
9
2
作者
陈进
董志君
章林溪
姜舟婷
赵得禄
机构
浙江大学物理系
中国科学院化学所分子科学中心
出处
《高分子学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2003年第4期577-580,共4页
基金
国家自然科学基金 (基金号 2 98740 2 12 0 1740 3 6和 2 0 2 740 40 )
浙江省自然科学基金 (基金号 10 10 0 2 )资助项目
文摘
蛋白质在折叠过程中其构象要发生明显变化 .采用精确计数法 ,计算了在蛋白质折叠的不同阶段其尺寸大小及其分布情况 .发现在折叠的初期 ,分子的尺寸比较大 ,其分布也比较宽 .在折叠的后期 ,分子的尺寸比较小 ,其分布比较窄 .不同的氨基酸序列 ,其分子尺寸的分布也不同 .对于可折叠的氨基酸序列 ,在平均尺寸大小附近出现的几率特别大 .同时还计算了比值SN DN.这里SN 为可设计序列数目 (Thenumberofdesigningsequences) ,DN 为可设计构象数目 (Thenumberofdesignableconformations) ,并有关系- 1 6 8 4 +0 32 5 5N≤SN DN ≤- 0 86 6 4 +0 312 5N (N ≥ 13)
关键词
二维蛋白质
模型
分子
折叠过程
构象
hp格点模型
精确计数法
分布函数
氨基酸
均方迴转半径
Keywords
two-dimensional model protein
hp
model
exact enumeration calculation method
mean-square radius of gyration
P(S)
folding
分类号
O629.73 [理学—有机化学]
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职称材料
题名
求解蛋白质折叠构形预测问题的PERM改进算法
被引量：
1
3
作者
黄文奇
崔茂林
机构
华中科技大学计算机学院
出处
《微计算机应用》
2004年第3期268-273,共6页
基金
国家 973计划资助项目 (G19980 30 6 0 0 )
文摘
PERM算法用来求解蛋白质折叠构形预测问题具有非常高的效率。本文介绍了PERM算法的思想 ,并详细介绍了一种我们改进的PERM算法。
关键词
蛋白质折叠
NP
HARD
PERM算法
hp格点模型
生物学
数学
模型
Keywords
protein folding, NP hard,PERM
分类号
TP301.6 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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职称材料
题名
求解蛋白质折叠问题的拟物切片算法
4
作者
易国洪
机构
武汉工程大学计算机科学与工程学院
出处
《计算机与数字工程》
2007年第5期23-25,29,共4页
文摘
蛋白质结构预测问题在生物学领域具有重要的理论意义和现实意义,提出一种拟物切片算法,与目前文献中依格点模型求解蛋白质折叠问题的最高效算法PERM进行对比分析。对当前文献中公认的最难的4个算例的计算都达到较好的结果。
关键词
蛋白质折叠
hp格点模型
PERM切片
Keywords
protein folding ,
hp
lattice model ,PERM ,sclicing
分类号
TP39 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
下载PDF
职称材料
题名
改进的粒子群算法求解蛋白质结构预测问题
被引量：
3
5
作者
焉为家
郭雨珍
机构
南京航空航天大学理学院
出处
《计算机技术与发展》
2011年第12期109-112,共4页
基金
工信部青年科技创新基金(Y1089-081)
文摘
蛋白质的生物学功能是由其空间结构决定的,因此,蛋白质结构预测就成为生物信息学领域中极具挑战性的问题之一。粒子群算法是一种新的群智能算法,优势在于简单容易实现,又有深刻的智能背景。在优化领域,粒子群算法适用于求解连续优化问题,而基于HP格点模型的蛋白质结构预测问题是一个离散问题。因此,文中通过借鉴单点调整算法的思想,引入了调整子和调整序的概念,重构了粒子群算法,并用改进的粒子群算法求解了这一典型的离散问题。数值模拟结果说明了算法的有效性。
关键词
蛋白质结构预测
粒子群算法
hp格点模型
组合优化
Keywords
protein structure prediction
particle swarm optimization algorithm
hp
lattice model
combination optimization
分类号
TQ937 [化学工程]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
二维HP格点模型中的紧密高分子链构象及其热力学性质的研究
章林溪
金进生
王向红
叶高翔
赵得禄
《高分子学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2002
10
下载PDF
职称材料
2
二维蛋白质模型分子在折叠过程中的构象研究
陈进
董志君
章林溪
姜舟婷
赵得禄
《高分子学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2003
9
下载PDF
职称材料
3
求解蛋白质折叠构形预测问题的PERM改进算法
黄文奇
崔茂林
《微计算机应用》
2004
1
下载PDF
职称材料
4
求解蛋白质折叠问题的拟物切片算法
易国洪
《计算机与数字工程》
2007
0
下载PDF
职称材料
5
改进的粒子群算法求解蛋白质结构预测问题
焉为家
郭雨珍
《计算机技术与发展》
2011
3
下载PDF
职称材料
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