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人Heparanase基因真核和原核表达载体的构建及融合蛋白的表达 被引量:1
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作者 王中华 窦科峰 +1 位作者 杜建军 陈勇 《第四军医大学学报》 北大核心 2003年第11期968-971,共4页
目的 :构建人Heparanase基因的真核、原核表达载体 ,大肠杆菌表达其融合蛋白 .方法 :采用反转录 聚合酶链反应从人肝癌细胞株HepG2cDNA中 ,分别扩增出Heparanase编码基因 ,用限制性内切酶BamHI消化后 ,插入真核表达载体pcDNA3.1中 ,经... 目的 :构建人Heparanase基因的真核、原核表达载体 ,大肠杆菌表达其融合蛋白 .方法 :采用反转录 聚合酶链反应从人肝癌细胞株HepG2cDNA中 ,分别扩增出Heparanase编码基因 ,用限制性内切酶BamHI消化后 ,插入真核表达载体pcDNA3.1中 ,经酶切鉴定与测序证实后 ,连接成包括完整的人Heparanase基因ORF区的真核表达载体 .以亚克隆法构建于原核表达载体pRSET的相应酶切位点 ,转化大肠杆菌BL2 1菌株 ,异丙基 β D硫代半乳糖苷 (IPTG)诱导产生融合蛋白 .结果 :构建的人Heparanase基因表达载体经序列测定证实 ,与GenBank登录结果完全一致 ;双酶切鉴定证实 ,克隆基因正确插入载体pcDNA3.1及pRSET ;SDS PAGE证实融合蛋白表达成功 .结论 :成功构建了人Heparanase基因真核、原核表达载体 ,成功正确表达了 展开更多
关键词 表达载体 heparanase基因 融合蛋白
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正、反义Heparanase基因荧光真核表达载体的构建及胰腺癌SW1990细胞转染 被引量:2
2
作者 杨彦 陈陵 +1 位作者 崔明 段体德 《昆明医学院学报》 2006年第2期31-34,共4页
目的构建正、反义人肝素酶绿色荧光蛋白真核共表达载体,并转染人胰腺癌SW 1990细胞.方法用EcoR I从pcDNA3-Hpa质粒上切下约1.7 kb的人肝素酶全长cDNA片段,然后连入pIRES2-EGFP质粒的EcoR I酶切位点上,经BamH I酶切鉴定出正义和反义表达... 目的构建正、反义人肝素酶绿色荧光蛋白真核共表达载体,并转染人胰腺癌SW 1990细胞.方法用EcoR I从pcDNA3-Hpa质粒上切下约1.7 kb的人肝素酶全长cDNA片段,然后连入pIRES2-EGFP质粒的EcoR I酶切位点上,经BamH I酶切鉴定出正义和反义表达载体,并进一步测序确认.用脂质体法将肝素酶正、反义真核表达载体转染人胰腺癌SW 1990细胞,24 h后荧光倒置显微镜下检测转染结果.结果经BamH I酶切后,正义质粒形成5.3 kb和1.7 kb两条DNA片段,反义重组质粒为6.5 kb和0.5 kb两条DNA片段,与理论计算值一致;测序结果进一步确认了方向的正确性.转染成功的胰腺癌细胞在倒置荧光显微镜下呈绿色荧光.结论成功构建了人肝素酶正、反义真核表达载体,并成功转染人胰腺癌细胞株SW 1990,为进一步研究正、反义肝素酶基因转染对胰腺癌细胞的转移能力的影响奠定基础. 展开更多
关键词 肝素酶 荧光真核表达载体 转染
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RNA干扰Heparanase基因表达对胆囊癌侵袭性影响的体外研究 被引量:1
3
作者 李三红 刘会春 +1 位作者 周少波 金浩 《蚌埠医学院学报》 CAS 2011年第12期1289-1292,1295,共5页
目的:利用RNA干扰技术沉默人胆囊癌GBC-SD细胞中乙酰肝素酶(heparanase,HPA)基因的表达,探讨抑制HPA基因后对GBC-SD细胞侵袭性的影响。方法:构建靶向人HPA基因miRNA重组质粒,采用脂质体转染法将质粒转染入人胆囊癌GBC-SD细胞,RT-PCR检... 目的:利用RNA干扰技术沉默人胆囊癌GBC-SD细胞中乙酰肝素酶(heparanase,HPA)基因的表达,探讨抑制HPA基因后对GBC-SD细胞侵袭性的影响。方法:构建靶向人HPA基因miRNA重组质粒,采用脂质体转染法将质粒转染入人胆囊癌GBC-SD细胞,RT-PCR检测转染前后HPA mRNA表达情况,选出对HPA基因沉默效果最佳的质粒。通过划痕损伤试验和Transwell侵袭试验检测干扰沉默HPA表达后对人胆囊癌GBC-SD细胞侵袭性的影响。结果:质粒pcDNA6.2-GW/EmGFP-miR-HPA-2沉默人胆囊癌GBC-SD细胞HPA mRNA表达的效果最好。划痕损伤试验中胆囊癌GBC-SD细胞的迁移距离在12 h、24 h pcDNA6.2-GW/EmGFP-miR-HPA-2组均低于阴性对照组和空白组(P<0.05~P<0.01)。pcDNA6.2-GW/EmGFP-miR-HPA-2组中穿过Transwell小室基质的胆囊癌GBC-SD细胞数均明显低于阴性对照组和空白组(P<0.01)。结论:靶向人HPA基因miRNA重组质粒能有效抑制HPA基因的表达,抑制人胆囊癌GBC-SD细胞的侵袭能力。 展开更多
关键词 胆囊肿瘤 RNA干扰 乙酰肝素酶 肿瘤侵袭
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TROVE2 regulated invasion and migration of hepatocellular carcinoma cells via heparanase
4
作者 Niangmei Cheng Xiaoyuan Zheng +6 位作者 Jingyun Huang FeiWang Yang Wang Yue Zhong Yingchao Wang Gaoxiong Wang Bixing Zhao 《Oncology and Translational Medicine》 CAS 2024年第2期66-72,共7页
Background:The role of TROVE domain family member 2(TROVE2)has been well-demonstrated in autoimmune diseases;however,its involvement in liver cancer remains unclear.Therefore,this study aimed to explore the biological... Background:The role of TROVE domain family member 2(TROVE2)has been well-demonstrated in autoimmune diseases;however,its involvement in liver cancer remains unclear.Therefore,this study aimed to explore the biological function and clinical significance of TROVE2 in hepatocellular carcinoma(HCC).Methods:The expression level of TROVE2 was analyzed in HCC and paired adjacent tissue samples using real-time reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction.The impact of TROVE2 on migration and invasion in HCC cells was analyzed through Transwell assays and Western blotting.High-throughput transcriptome sequencing and bioinformatics analyses were performed to identify downstream target genes.Back-complementation experiments were employed to verify the influence of downstream proteins on TROVE2-induced invasion and migration of HCC cells.Results:TROVE2 exhibited significant overexpression in liver cancer tissue,correlating with shorter overall survival.Overexpression of TROVE2 facilitated the invasion,metastasis,and epithelial-mesenchymal transition(EMT)process of HCC cells,whereas TROVE2 knockdown restrained migration,invasion,and EMT in these cells.Transcriptome sequencing and bioinformatics analysis identified heparanase(HPSE)as a downstreamtarget protein of TROVE2.Subsequent back-complementation experiments provided evidence that HPSE overexpression promoted TROVE2-mediated prometastasis effects.Moreover,the study revealed that TROVE2 was capable of regulating the EMT pathway through GSK-3βphosphorylation.Conclusions:TROVE2 facilitated the invasion,migration,and EMT process ofHCC cells through phosphorylation of the HPSE/GSK-3βaxis,indicating its significance as an important protein in tumor progression. 展开更多
关键词 Epithelial-mesenchymal transition(EMT) heparanase(HPSE) Hepatocellular carcinoma(HCC) TROVE2
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正、反义Heparanase基因对肝癌细胞转移潜能的影响
5
作者 王中华 窦科峰 +2 位作者 陈勇 孙凯 杜建军 《中华实验外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第8期711-712,共2页
目的 研究正、反义人Heparanase基因对肝癌细胞转移潜能的影响。方法 将正、反义人 Heparanase 基因稳定转染肝癌细胞系HepG2,半定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)和免疫组织化学检测转染细胞 Heparanase mRNA及蛋白表达;裸鼠尾静脉注射... 目的 研究正、反义人Heparanase基因对肝癌细胞转移潜能的影响。方法 将正、反义人 Heparanase 基因稳定转染肝癌细胞系HepG2,半定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)和免疫组织化学检测转染细胞 Heparanase mRNA及蛋白表达;裸鼠尾静脉注射转染细胞 30 d后,称量肺重、计数肺表面转移结节数;肺脏常规切片、苏木素-伊红(HE)染色。结果 转染正义、反义基因促进或抑制 Heparanase mRNA和蛋白表达;反义组裸鼠肺脏重量、肺表面转移结节数较对照组显著减少(P<0.01),正义组则相反;HE染色表明正义组裸鼠肺脏有大量转移灶,反义组仅见少量小转移灶。结论 Heparanase基因对肝癌细胞转移潜能有明显的促进作用,反义基因则显著抑制肝癌细胞的转移。 展开更多
关键词 肝细胞癌 基因治疗 反义heparanase 正义heparanase基因 细胞转移潜能
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heparanase基因及其蛋白表达产物在肿瘤扩散与转移中的作用 被引量:4
6
作者 陈炯 雷春 《国际外科学杂志》 2006年第5期375-379,共5页
阻止肿瘤细胞扩散与转移的主要屏障是细胞外基质(extracellular matrix, ECM)和基底膜(basement menbrane ,BM) ,ECM和BM主要由结构蛋白和糖胺聚糖两种成分构成。糖胺聚糖的主要成分是硫酸乙酰肝素蛋白多糖(heparan sulfate proteoglyea... 阻止肿瘤细胞扩散与转移的主要屏障是细胞外基质(extracellular matrix, ECM)和基底膜(basement menbrane ,BM) ,ECM和BM主要由结构蛋白和糖胺聚糖两种成分构成。糖胺聚糖的主要成分是硫酸乙酰肝素蛋白多糖(heparan sulfate proteoglyean,HSPG) ,heparanase基因在易发生扩散与转移的肿瘤细胞表达上调且表达的产物能降解HSPG,从而促进肿瘤细胞的扩散与转移。文中着重阐述heparanase基因及其蛋白表达产物调节与在肿瘤扩散与转移中的作用现状及相关研究进展。 展开更多
关键词 heparanase 肿瘤 转移 侵袭性
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酒精性肝炎自噬关键基因的筛选及生物信息学分析 被引量:3
7
作者 袁超 练庆海 +3 位作者 尼贝贝 许燕 张彤 张剑 《器官移植》 CSCD 北大核心 2024年第1期90-101,共12页
目的筛选酒精性肝炎(AH)的自噬关键基因,探讨AH潜在的生物标志物和治疗靶点。方法采用基因表达综合数据库(GEO)中的2个AH基因芯片和从MSigDB、GeneCards数据库中获得的自噬相关数据集,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)获取关键基因。... 目的筛选酒精性肝炎(AH)的自噬关键基因,探讨AH潜在的生物标志物和治疗靶点。方法采用基因表达综合数据库(GEO)中的2个AH基因芯片和从MSigDB、GeneCards数据库中获得的自噬相关数据集,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)获取关键基因。对筛选的关键基因进行基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,蛋白质相互作用(PPI)分析,免疫浸润分析,构建信使RNA(mRNA)-微小RNA(miRNA)网络,进行酒精性肝病不同分期的自噬相关关键基因的表达差异分析,并进一步通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-qPCR)在AH患者和小鼠肝脏组织中验证。结果本研究筛选得到了11个与AH自噬相关的基因(EEF1A2、CFTR、SOX4、TREM2、CTHRC1、HSPB8、TUBB3、PRKAA2、RNASE1、MTCL1、HGF),均为上调基因。在AH患者和小鼠肝脏组织中,SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2在AH组中的相对表达量均高于对照组。结论SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2可能是AH潜在的生物标志物和治疗靶点。 展开更多
关键词 酒精性肝炎 自噬 关键基因 生物信息学 加权基因共表达网络分析(WGCNA) 基因本体(GO) 京都基因基因组百科全书(KEGG) 蛋白质相互作用(PPI)
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大豆地方种质资源鲜籽粒可溶性糖含量的全基因组关联分析 被引量:1
8
作者 张玉梅 丁文涛 +5 位作者 蓝新隆 李清华 胡润芳 郭娜 林国强 赵晋铭 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2079-2091,I0001-I0004,共17页
【目的】可溶性糖含量是鲜食大豆重要的品质性状之一,研究大豆鲜籽粒可溶性糖含量的遗传变异,深入解析可溶性糖含量的遗传机制,为鲜食大豆种质创新及品质育种提供依据。【方法】利用来自东北大豆生态区、北方大豆生态区、黄淮海大豆生... 【目的】可溶性糖含量是鲜食大豆重要的品质性状之一,研究大豆鲜籽粒可溶性糖含量的遗传变异,深入解析可溶性糖含量的遗传机制,为鲜食大豆种质创新及品质育种提供依据。【方法】利用来自东北大豆生态区、北方大豆生态区、黄淮海大豆生态区和南方大豆生态区的133份大豆地方种质,在2021年连江春季、福清春季和秋季3个环境下对鲜籽粒可溶性糖含量进行表型测定,结合82187个高质量SNP标记,基于混合线性模型MLM(Q+K)对可溶性糖含量进行全基因组关联分析,挖掘可溶性糖含量显著相关的SNP位点,并以显著SNP位点为中心,两端各扩展119.07 kb连锁不平衡衰减距离为候选区间,根据候选区间内基因的注释和组织表达信息预测候选基因。【结果】3个环境下,鲜籽粒可溶性糖含量的变异范围为3.37—33.84 mg·g^(-1),遗传变异系数为24.59%—32.69%,可溶性糖含量遗传率为68.14%。通过全基因组关联分析,连江春季、福清春季和秋季3个环境下分别检测到与鲜籽粒可溶性糖含量显著关联的SNP有6、8和22个,表型变异解释率为12.43%—29.27%,以表型变异解释率较高的9个显著SNP位点所在的候选区间进行搜索,共获得86个基因,结合基因注释和组织表达信息,进一步筛选到9个候选基因,主要涉及转录因子、糖蛋白家族和糖类合成转运等生物学过程。其中,Glyma.01g016500、Glyma.13g042100、Glyma.16g131800和Glyma.16g155300在大豆种子及荚中表达水平较高,可作为大豆鲜籽粒可溶性糖的最具潜力候选基因。【结论】通过全基因组关联分析,检测到36个与鲜籽粒可溶性糖含量显著关联的SNP,进一步筛选出9个候选基因可能参与大豆鲜籽粒可溶性糖含量的调控,其中,Glyma.01g016500、Glyma.13g042100、Glyma.16g131800和Glyma.16g155300可作为调控大豆鲜籽粒可溶性糖含量的关键目标基因。 展开更多
关键词 大豆 鲜籽粒 可溶性糖含量 基因组关联分析 候选基因
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B亚型新等位基因803delC的分子生物学研究 被引量:1
9
作者 王立萍 于晓梅 +4 位作者 李书杰 李希 冀宝军 李新菊 孙福廷 《中国输血杂志》 CAS 2024年第3期344-347,共4页
目的分析研究1例新的B亚型等位基因血清学特点和分子生物学机制。方法应用血清学方法检测患者ABO血型。应用序列特异性引物-聚合酶链反应(PCR-SSP)检测ABO血型基因。应用Sanger基因序列分析检测ABO基因1~7外显子编码区域,确定基因突变... 目的分析研究1例新的B亚型等位基因血清学特点和分子生物学机制。方法应用血清学方法检测患者ABO血型。应用序列特异性引物-聚合酶链反应(PCR-SSP)检测ABO血型基因。应用Sanger基因序列分析检测ABO基因1~7外显子编码区域,确定基因突变位点。结果血清学鉴定患者正定型为O型,反定型为B型。PCR-SSP基因分型结果为A/O型,存在A基因,与血清学结果不符。进一步Sanger双链测序结果显示该标本在ABO^(*)B.01/ABO^(*)O.01.01的基础上,第7外显子803位置缺失C碱基。该突变最终导致多肽链上发生p.Ala268Gly和p.Phe269Ser的氨基酸替换,并且从269位置开始产生新的开放阅读框,新的开放阅读框第20号氨基酸为终止密码子,导致B基因表达终止。进一步ABO基因克隆测序证明该突变点位于ABO*B.01基因上,该突变已提交NCBI数据库,收录编号为OR343908。结论在中国人群中发现1种新的导致B变异型的ABO等位基因,基因检测方法可辅助鉴定血清学正、反定型不符的疑难血型。 展开更多
关键词 B亚型 新等位基因 基因序列分析 血清学 疑难血型
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BSA联合转录组分析发掘西瓜叶片黄化候选基因 被引量:1
10
作者 张朝阳 程瑞 +3 位作者 徐兵划 顾妍 黄大跃 孙玉东 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期165-173,共9页
叶片是植物重要的功能器官之一,不仅是植株进行光合作用的主要场所,也可作为重要的形态标记,应用于育种中。叶片颜色作为形态标记,不仅可用于苗期杂种的清除,亦可用于种子纯度的测定。以西瓜全生育期叶片黄化突变体纯合自交系ly104为母... 叶片是植物重要的功能器官之一,不仅是植株进行光合作用的主要场所,也可作为重要的形态标记,应用于育种中。叶片颜色作为形态标记,不仅可用于苗期杂种的清除,亦可用于种子纯度的测定。以西瓜全生育期叶片黄化突变体纯合自交系ly104为母本(P_(1))、绿叶自交系w3为父本(P_(2)),通过杂交创制F_(1)代、F_(2)代、BC_(1)代群体。遗传分析结果表明,该突变体的叶片黄化由单隐性基因控制。采用混合分组分析(BSA)进行初定位,通过简化基因组测序(RAD)开发全基因组单核苷酸多态性(SNP)标记构建西瓜高密度遗传图谱,将西瓜叶片黄化基因定位于2号染色体13950306~15517591 bp(大小约为1.57 Mb)。以西瓜97103v2为参考基因组,该区间包含24个注释基因。对P_(1)(P1Y)、P_(2)(P2G)和F 2代群体中黄叶(F2Y)、绿叶(F2G)株系进行转录组水平分析,结果表明,目标区间内基因Cla97C02G035950、Cla97C02G036010、Cla97C02G036020、Cla97C02G036060在黄化叶片与正常绿叶材料中的表达量差异显著,可能是西瓜叶片的黄化候选基因。研究结果可为进一步解析西瓜叶片黄化基因功能和生物学特性奠定重要基础。 展开更多
关键词 西瓜 黄化 BSA 遗传图谱 基因定位
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抗虫转基因水稻及其杂交水稻对土壤微生物群落多样性与组成的影响 被引量:3
11
作者 宋亚娜 陈在杰 +3 位作者 林艳 胡太蛟 吴明基 王锋 《中国生态农业学报(中英文)》 CSCD 北大核心 2024年第1期15-29,共15页
微生物是土壤物质循环与肥力演变的驱动者,其群落组成关系到土壤微生态系统的稳定与可持续性。对抗虫转基因水稻土壤微生物群落变化的研究是其环境安全性评价的重要内容。本研究基于细菌16S rRNA基因和真菌ITS基因的高通量测序,分析了... 微生物是土壤物质循环与肥力演变的驱动者,其群落组成关系到土壤微生态系统的稳定与可持续性。对抗虫转基因水稻土壤微生物群落变化的研究是其环境安全性评价的重要内容。本研究基于细菌16S rRNA基因和真菌ITS基因的高通量测序,分析了田间试验中抗虫转基因水稻‘MFB’及其转基因杂交水稻‘闽丰A/MFB’‘天丰A/MFB’和‘谷丰A/MFB’与非转基因常规水稻‘闽恢3301’及杂交水稻‘天优华占’的土壤微生物群落多样性与组成的差异,并得出以下结果。首先,与两个非转基因水稻品种相比,抗虫转基因水稻及转基因杂交水稻均能显著增产(P<0.05)。同时,高通量测序结果表明,除水稻成熟期的土壤真菌群落外,与‘闽恢3301’相比‘MFB’的土壤细菌或真菌群落的α-多样性指数Chao1、Observed_species和Shannon均有所提高,且分别在水稻成熟期或分蘖期达到显著性水平(P<0.05);水稻齐穗期转基因杂交水稻‘闽丰A/MFB’‘天丰A/MFB’和‘谷丰A/MFB’的土壤细菌及真菌群落的多样性指数Shannon均介于‘MFB’与‘天优华占’之间;微生物群落β-多样性分析结果表明,本田间试验中不同品种水稻土壤细菌或真菌的群落组成均没有显著差异。但与‘闽恢3301’相比,稻田土壤细菌中丰度最高的变形菌门的相对丰度在‘MFB’土壤中明显增加,且在水稻分蘖期及成熟期达显著水平(P<0.05),而土壤真菌中丰度最高的子囊菌门的相对丰度在‘MFB’土壤中明显减少,且在水稻分蘖期及齐穗期差异显著(P<0.05);水稻齐穗期‘闽丰A/MFB’‘天丰A/MFB’和‘谷丰A/MFB’的土壤变形菌门或子囊菌门的相对丰度也均介于‘MFB’与‘天优华占’之间。此外,通过对微生物群落的功能组成预测可见,随水稻生长,‘MFB’与‘闽恢3301’的土壤细菌群落功能组成间差异存在增大的趋势。综上所述,本研究田间试验中,抗虫转基因水稻及其转基因杂交水稻在增产的同时提高了稻田土壤细菌或真菌群落的多样性,改变了主要细菌或真菌种类的相对丰度,但对细菌或真菌的群落及功能组成的影响不显著。 展开更多
关键词 抗虫转基因水稻 细菌群落 真菌群落 高通量测序
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靶向人c-Cbl基因重组干扰慢病毒与过表达腺病毒载体的构建、鉴定以及病毒功效研究 被引量:1
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作者 孙启鑫 吴秉毅 +2 位作者 姚倩倩 黄志伟 朱志刚 《中国实验血液学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第1期274-281,共8页
目的:构建可调控c-Cbl基因表达的重组慢病毒与腺病毒并评估其功效。方法:应用基因重组技术,分别构建靶向人c-Cbl基因的干扰慢病毒和过表达腺病毒。采用定量PCR和免疫印迹法检测病毒感染后白血病细胞(HL60、THP1)c-Cbl基因表达与转录本... 目的:构建可调控c-Cbl基因表达的重组慢病毒与腺病毒并评估其功效。方法:应用基因重组技术,分别构建靶向人c-Cbl基因的干扰慢病毒和过表达腺病毒。采用定量PCR和免疫印迹法检测病毒感染后白血病细胞(HL60、THP1)c-Cbl基因表达与转录本的变化。结果:3个靶向人c-Cbl基因的重组干扰慢病毒载体经测序验证构建成功,包装的病毒滴度均大于1×10^(8)TU/ml,其中shRNA-2号慢病毒干扰效率最高,白血病细胞感染后c-Cbl基因的表达约下调95%,CBL蛋白的表达约下调60%;同时,靶向人c-Cbl基因的重组过表达腺病毒载体也经测序验证构建成功,包装的病毒滴度大于1×10^(9)TU/ml,细胞感染腺病毒后,c-Cbl基因表达可瞬时上调约10倍,CBL蛋白表达约上调1.5倍。结论:重组干扰慢病毒和过表达腺病毒均可高效感染白血病细胞,并能分别下调和上调c-Cbl基因与CBL蛋白的表达,为后续研究肿瘤细胞内c-Cbl基因功能打下前期基础。 展开更多
关键词 c-Cbl基因 慢病毒载体 腺病毒载体
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东秦岭传统村落的景观基因与意象表达——基于11个村落的调研 被引量:1
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作者 张高军 张若愚 +1 位作者 刘卉芸 宋竹芳 《浙江大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期234-246,共13页
基于对东秦岭地区11个传统村落的实地考察,研究了该地区传统村落的形成与演化、景观基因及其意象表达,讨论了传统村落所蕴含的古人对人地关系的认识,以及传统村落对乡村振兴与乡村现代化的意义。得到:东秦岭传统村落有世居型和移居型两... 基于对东秦岭地区11个传统村落的实地考察,研究了该地区传统村落的形成与演化、景观基因及其意象表达,讨论了传统村落所蕴含的古人对人地关系的认识,以及传统村落对乡村振兴与乡村现代化的意义。得到:东秦岭传统村落有世居型和移居型两类,以移居型为主,移居型传统村落按成因不同可分为避乱型、军转型、明志型、生产型4种。东秦岭传统村落的演化受外族群迁入、匪寇侵扰、生产生活方式转变等因素影响,至今仍在发展演化中。东秦岭传统村落的景观基因包括自然景观基因和人文景观基因,其在宏观上依赖自然,在微观上改造自然,呈现因山就势、依水而建、四面围合、家族维系的特征。对应于中国传统村落的基本意象,其中的山水意象和生态意象本质上是古人自然观、生态观的反映,宗族意象和趋吉意象本质上是古人对生存与发展问题思考的反映,而东秦岭传统村落的基本意象为“崇文向善一围落,掩映青山绿水间”。 展开更多
关键词 传统村落 景观基因 文化基因 形象 秦岭
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西北条锈菌源区冬小麦育种抗条锈病基因的利用现状与策略 被引量:5
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作者 白斌 张怀志 +7 位作者 杜久元 张晓洋 何瑞 伍玲 张哲 张耀辉 曹世勤 刘志勇 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期4-17,I0001-I0010,共24页
【目的】了解中国小麦条锈病西北重要越夏菌源区甘肃陇东和陇南近20年育成小麦品种(系)中抗条锈病基因的利用情况,为陇南小麦条锈病遗传多样性控制,持久抗病品种的培育和可持续绿色健康生态农业奠定基础。【方法】于2019—2020年和2020... 【目的】了解中国小麦条锈病西北重要越夏菌源区甘肃陇东和陇南近20年育成小麦品种(系)中抗条锈病基因的利用情况,为陇南小麦条锈病遗传多样性控制,持久抗病品种的培育和可持续绿色健康生态农业奠定基础。【方法】于2019—2020年和2020—2021年种植季对117份冬小麦品种(系)甘肃清水县和四川郫都区进行成株期抗条锈病鉴定,2021年分别用条锈菌CYR33和CYR34对117份品种(系)进行苗期抗条锈病鉴定,并利用分子标记对15个抗条锈病基因进行检测。【结果】田间成株期对条锈菌主要流行致病性混合小种抗病的品种(系)占29.1%,其中,25.6%为陇南区域品种(系),3.4%为陇东区域品种(系),另有25.6%陇南区域感病品种(系)表现慢病性(严重度<20%)。有70.1%品种(系)苗期对CYR33表现抗病,其中,57.3%为陇南区域品种(系),12.8%为陇东区域品种(系);仅6.0%品种(系)苗期对CYR34具有抗病性,为陇南区域的兰天131等7个品种(系)。苗期和成株期抗病品种(系)以2010年后育成的兰天、中梁、天选、兰航选系列品种为主。分子标记检测结合系谱分析,发现抗条锈病基因Yr9、Yr10、Yr17、Yr18、Yr26、Yr28、Yr29、Yr30、Yr41、Yr46、YrZH22和YrZH84在所有检测品种(系)中的频率分别为49.6%、1.7%、12.8%、7.7%、12.8%、20.5%、10.3%、34.2%、2.6%、16.2%、15.4%和27.4%,且多以基因聚合体形式存在于品种(系)中,62.4%品种(系)中聚合了2—5个抗条锈病基因,YrZH84、YrZH22和Yr17中的一个或多个基因与其他抗条锈病基因聚合后,品种(系)的条锈病抗性明显高于其他基因组合。此外,在陇南菌源区,以种植小麦为主的山旱地区域(条锈菌越夏区)所推广的品种(系)中,含有Yr10、Yr17、Yr18、Yr28、Yr29、Yr30、Yr41和Yr46的频率较高,越冬区(川水地)推广品种(系)中主要有Yr26、Yr30、YrZH22和YrZH84,越夏区和越冬区品种(系)的抗性遗传背景差异明显,且越夏区品种(系)含有的抗病基因类型多样性高于越冬区。【结论】在越夏菌源区甘肃陇南、陇东的品种(系)中,抗条锈病基因分布频率、抗病基因类型及数量均有明显提高,避免了品种抗病遗传背景单一化问题,实现了品种(系)中的抗病基因较为复杂多样,部分品种的抗病性保持时间长,表明陇南地区利用小麦品种遗传多样性控制条锈病策略的实施已初显成效。 展开更多
关键词 普通小麦 条锈菌 西北越夏菌源区 基因聚合 持久抗性 分子标记
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石仙桃与细叶石仙桃叶绿体基因组解析及其系统发育 被引量:2
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作者 刘保财 胡学博 +3 位作者 张武君 赵云青 黄颖桢 陈菁瑛 《草业学报》 CSCD 北大核心 2024年第4期171-185,共15页
石仙桃和细叶石仙桃均为珍稀濒危的附生兰,两者叶绿体基因组特征及其系统发育报道较少,本研究旨在揭示石仙桃和细叶石仙桃叶绿体基因组特征及其系统发育。2022年5月取驯化栽培的石仙桃和细叶石仙桃幼嫩叶片,基于Illumina测序平台分别获... 石仙桃和细叶石仙桃均为珍稀濒危的附生兰,两者叶绿体基因组特征及其系统发育报道较少,本研究旨在揭示石仙桃和细叶石仙桃叶绿体基因组特征及其系统发育。2022年5月取驯化栽培的石仙桃和细叶石仙桃幼嫩叶片,基于Illumina测序平台分别获得石仙桃和细叶石仙桃叶绿体序列,用GetOrganelle组装、CPGAVAS2注释,利用生物信息学方法开展重复序列、密码子偏好性、四分体边界等叶绿体特征分析,并从NCBI上下载相关的序列开展基因组比较与系统发育分析。石仙桃叶绿体基因组大小为159122 bp(GC含量为37.41%),细叶石仙桃叶绿体基因组大小为158798 bp(GC含量为37.47%),两者均包括大单拷贝区(LSC)、小单拷贝区(SSC)和反向重复序列(IRa/IRb)。石仙桃与细叶石仙桃均注释了113个基因,其中编码蛋白质的基因79个,石仙桃中编码79个蛋白质基因使用22968个密码子,编码亮氨酸的UUA相对同义密码子使用频次(RSCU)达到1.90;细叶石仙桃中编码79个蛋白质的基因使用22923个密码子,编码亮氨酸UUA的RSCU达到1.91。石仙桃叶绿体基因组中共有44个简单序列重复(SSR)、47个散在重复、26个串联重复;细叶石仙桃有32个SSR、25个散在重复、30个串联重复。石仙桃属6个物种的四分体边界及共线性无大片段变化,但存在核苷酸多态性,trn K-UUU、trn Q-UUG、rpl16等基因可作为物种的分子标记候选基因。系统分析明确了石仙桃和细叶石仙桃等石仙桃属物种与蜂腰兰和流苏贝母亲缘关系较近,并同处于附生兰的分支中,叶绿体基因组大片段倒置等可能是兰科适应生活习性改变的原因之一。本研究明确了石仙桃和细叶石仙桃叶绿体基因组特征,探讨了其系统发育及兰科生活习性与叶绿体基因组之间的关系,为进一步分类和分子标记开发等相关研究奠定了基础。 展开更多
关键词 石仙桃 细叶石仙桃 叶绿体 基因 系统发育 附生
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成熟期水稻种子脱水速率全基因组关联分析 被引量:1
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作者 刘忠奇 张海清 +1 位作者 贺记外 桂金鑫 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期150-159,共10页
[目的]籽粒脱水速率直接影响种子的安全收获和快速干燥。选育成熟期籽粒含水量低、脱水速率快的品种,可保障种子质量,降低生产成本。[方法]采用来自82个不同国家和地区的165份水稻核心种质作为试验材料,将成熟期种子脱水速率表型与基因... [目的]籽粒脱水速率直接影响种子的安全收获和快速干燥。选育成熟期籽粒含水量低、脱水速率快的品种,可保障种子质量,降低生产成本。[方法]采用来自82个不同国家和地区的165份水稻核心种质作为试验材料,将成熟期种子脱水速率表型与基因型相结合进行GWAS分析,挖掘调控种子脱水的关键基因,为培育和创制脱水快速品种奠定基础。[结果]1)对165份水稻核心种质群体脱水速率性状进行描述性统计分析,结果显示2年脱水速率性状均呈连续性偏正态分布,2年快速脱水的脱水速率性状在年际间具有显著相关性。不同亚群之间快速脱水与慢速脱水速率正相关。2)GWAS关联分析共获得与脱水速率显著关联的SNP 170个,QTL 36个。通过LD分析定位到6个与脱水速率密切相关的QTL,分别为qGDR2.3、qGDR4.1、qGDR4.2、qGDR6.1、qGDR6.4、qGDR10.1。[结论]这些QTL区间内主要候选基因OsPIP1;1、Os TIFY9、Osb ZIP48、Os ATG8b、OsDREB1C、Os SCP46与水分转运活性、信号转导、转录调控、抗氧化防御密切相关,推测它们与成熟期水稻种子脱水速率相关,可作为候选基因。 展开更多
关键词 水稻种子 脱水速率 数量性状基因 基因组关联分析
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大豆叶型性状全基因组关联分析与候选基因鉴定 被引量:1
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作者 王琼 朱宇翔 +5 位作者 周密密 张威 张红梅 陈新 陈华涛 崔晓艳 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期623-632,共10页
大豆叶片的形状和垂直分布影响群体冠层结构和光合效率并最终影响大豆的产量。植物叶片大小、形态因着生位置不同而产生差异的现象称为异形叶,虽然异形叶现象在被子植物中广泛存在,但目前关于大豆叶片发育过程中异形叶的调控的研究还很... 大豆叶片的形状和垂直分布影响群体冠层结构和光合效率并最终影响大豆的产量。植物叶片大小、形态因着生位置不同而产生差异的现象称为异形叶,虽然异形叶现象在被子植物中广泛存在,但目前关于大豆叶片发育过程中异形叶的调控的研究还很有限。本研究通过对283份大豆种质资源的叶长、叶宽、叶形指数和异形叶指数等叶型相关的性状在江苏南京进行连续2年的考察,利用全基因组关联分析检测到181个叶型性状相关位点,其中能够在2个环境或多个性状中重复检测到的位点18个。利用检测到的与叶型相关的SNP位点,结合基因的表达谱数据、拟南芥中同源基因的功能,鉴定与大豆叶片发育和异形叶形成相关的候选基因。其中在20号染色体的相关位点Chr20:36152820上游发现已知的大豆叶形调控基因Ln(Glyma.20G116200)。此外,在19号染色体的相关位点Chr19:45155943附近鉴定到2个候选基因Glyma.19G192700、Glyma.19G194100,分别被注释为Growth-regulating factor 4(GRF4)和LITTLE ZIPPER 3(ZPR3)基因的同源基因,为阐明大豆异形叶等叶型性状遗传的分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 大豆 叶型 异形叶 基因组关联分析 SNP标记
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阿司匹林抗血小板相关基因多态性在汉族NSTEMI患者人群中的分布 被引量:1
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作者 李六水 王飞 +2 位作者 周澳 杨青 刘宪军 《海南医学院学报》 CAS 北大核心 2024年第2期106-112,共7页
目的:分析汉族非ST段抬高型心肌梗死(NSTEMI)患者人群中与阿司匹林抗血小板药理作用相关的GPⅢa PLA2(rs5918)、PEAR1(rs12041331)和PTGS1(rs10306114)基因的基因型结果及等位基因分布特征,为汉族NSTEMI患者的个体化治疗提供参考。方法... 目的:分析汉族非ST段抬高型心肌梗死(NSTEMI)患者人群中与阿司匹林抗血小板药理作用相关的GPⅢa PLA2(rs5918)、PEAR1(rs12041331)和PTGS1(rs10306114)基因的基因型结果及等位基因分布特征,为汉族NSTEMI患者的个体化治疗提供参考。方法:选取2016年1月~2022年12月首都医科大学附属北京潞河医院收治的汉族NSTEMI患者107例为研究对象。采用荧光染色原位杂交的方法对GPⅢa PLA2(rs5918)、PEAR1(rs12041331)和PTGS1(rs10306114)3个基因多态性位点进行检测分型,研究分析其基因型频率分布及等位基因分布情况,并分析汉族NSTEMI患者人群与1000 Genomes数据库中部分人群相关等位基因的分布是否存在统计学差异。结果:汉族NSTEMI患者人群中,GPⅢa PLA2(rs5918)位点上基因型频率为TT 97.20%、TC 2.80%、CC 0%,等位基因频率为T 98.60%、C 1.40%;PEAR1(rs12041331)位点上基因型频率为GG 42.06%、GA 44.86%、AA 13.08%,等位基因频率为G64.49%、A 35.51%;PTGS1(rs10306114)位点上基因型均为AA(100%),未见AG或GG型。结论:在汉族NSTEMI患者人群中,与阿司匹林抗血小板药理作用相关的GPⅢa PLA2(rs5918)位点上突变少见,PTGS1(rs10306114)位点上未见突变,这2个多态性位点上均以野生型纯合子为主,而PEAR1(rs12041331)位点上突变多见。本研究中部分结果与既往报道或相关数据库中收录的其他人群类似,也有部分结果与既往报道或其他人群存在明显差异。 展开更多
关键词 阿司匹林 抗血小板 非ST段抬高型心肌梗死 基因多态性 基因型分布
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自抗性基因导向的活性天然产物挖掘 被引量:1
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作者 宋永相 张秀凤 +2 位作者 李艳芹 肖华 闫岩 《合成生物学》 CSCD 北大核心 2024年第3期474-491,共18页
天然产物是医药与农药的重要来源。基因组测序和生物信息学分析技术的飞速发展,揭示了大量功能未知的天然产物生物合成基因簇,利用生物信息学工具,从这些庞大的基因簇数据中挖掘活性天然产物已经成为发现新型天然药物的重要途径。天然... 天然产物是医药与农药的重要来源。基因组测序和生物信息学分析技术的飞速发展,揭示了大量功能未知的天然产物生物合成基因簇,利用生物信息学工具,从这些庞大的基因簇数据中挖掘活性天然产物已经成为发现新型天然药物的重要途径。天然产物的生产者们利用自抗性基因所表达的自抗性酶来保护自身,这种自抗性酶是体内一些初级代谢途径中管家酶的变体,不但对于活性天然产物具有较好的耐受性,还可以在生产活性天然产物的同时确保宿主体内代谢的正常进行。因而,自抗性基因指导的天然产物研究有效地将活性导向和基因组导向的天然产物发掘策略桥连起来,为精准发掘具有目标活性的新型天然产物提供了有效策略。本文对利用自抗性基因作为探针进行天然产物发掘的代表性研究工作进行了整理和总结,并对研究趋势进行了展望,主要包括:①对于活性已知的天然产物,利用其自抗性基因来定位生物合成基因簇的研究;②以天然产物生物合成基因簇中的自抗性基因为线索,预测产物的作用靶点的研究;③利用天然产物自抗性机制,将具有已知作用机制的活性分子进行快速排重的研究;④利用自抗性基因与天然产物及其活性的内在联系,以目标靶点导向的活性天然产物基因组挖掘;⑤自抗性基因导向的基因组数据挖掘工具的发展情况。 展开更多
关键词 天然产物 自抗性基因 基因组挖掘 生物合成 基因
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谷子基因组学研究进展 被引量:1
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作者 侯思宇 刘超 +5 位作者 马赟骁 任超 格桑拉毛 赵玥 王晨晨 甄晓溪 《山西农业科学》 2024年第1期1-9,共9页
作为古老的驯化作物之一,谷子在中国北方的干旱和半干旱地区广泛种植。谷子是重要的杂粮作物,其籽粒富含蛋白质、糖类、维生素等营养物质,具有C4光合、小的二倍体基因组、抗逆、适应性强等特点。自2012年谷子基因组测序项目完成以来,谷... 作为古老的驯化作物之一,谷子在中国北方的干旱和半干旱地区广泛种植。谷子是重要的杂粮作物,其籽粒富含蛋白质、糖类、维生素等营养物质,具有C4光合、小的二倍体基因组、抗逆、适应性强等特点。自2012年谷子基因组测序项目完成以来,谷子已经进入了基因组学时代。谷子基因组学的发展可以分为3个阶段:结构基因组、功能基因组、比较基因组。二代测序技术的出现,使得基于测序的基因分型和全基因组关联分析极大地推动了谷子遗传学的研究。在健康中国战略的时代背景下,谷子已成为改善居民膳食结构和推动有机旱作高质量发展的优势作物。近年来,谷子产业发展呈上升趋势,但品种选育方面缺乏突破,不能满足现代有机旱作需求,主要原因在于谷子育种仍然依托传统育种手段。谷子基因组学的发展为分子育种奠定了基础,文章综述了谷子全基因组测序历史与现状、遗传转化体系的研究进展以及基于谷子全基因组序列发掘基因资源取得的成果。谷子功能基因组学与传统育种技术的有机结合必将促进高效、精准谷子育种体系的构建,加快突破性谷子品种的培育,满足产业发展和消费者的需求。 展开更多
关键词 谷子 基因 基因组测序 遗传转化 基因挖掘
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