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基于TCGA数据库胆管癌自噬-临床预后模型的构建和评估 被引量：1
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作者 邹文强 符广华 +1 位作者 杨艳梅 张新宇 《肝胆胰外科杂志》 CAS 2021年第7期411-418,共8页
目的探讨自噬相关基因(autophagy-related genes,ATGs)在临床预后方面的价值,并构建自噬基因的预后风险模型,评估胆管癌(cholangiocarcinoma,CCA)患者的生存及预后状况。方法在癌症基因组图谱数据库(TCGA)中下载CCA的转录组数据和临床数... 目的探讨自噬相关基因(autophagy-related genes,ATGs)在临床预后方面的价值,并构建自噬基因的预后风险模型,评估胆管癌(cholangiocarcinoma,CCA)患者的生存及预后状况。方法在癌症基因组图谱数据库(TCGA)中下载CCA的转录组数据和临床数据,从人类自噬数据库(HADb)中提取自噬相关基因,筛选出CCA样本中差异表达的自噬相关基因(DEATGs);GO富集分析与KEGG通路分析进一步阐明DEATGs在CCA中的作用;通过Cox回归分析构建自噬预后风险评分模型,并运用生存分析、风险曲线、ROC曲线及独立预后分析验证预后模型的准确性。结果CCA组织样本和非肿瘤组织样本一共筛选出49个DEATGs(上调的基因48个,下调的基因1个);通过单因素Cox回归分析及多因素Cox回归分析筛选出5个最有预后价值的基因(RHEB、PPP1R15A、ATG101、BNIP3、NRG1),并基于这5个基因构建自噬预后风险评分模型,模型公式为:风险值=NRG1表达量×1.1207+BNIP3表达量×1.4002+ATG101表达量×1.3457-PPP1R15A表达量×1.1613-RHEB表达量×1.3279。生存分析表明低风险组的生存率要显著高于高风险组,风险曲线表明患者风险值与生存时间及生存状态显著相关,ROC曲线提示自噬预后模型具有良好的准确性,是一个独立的预后因素(HR 1.427,95%CI 1.161~1.756,P<0.001)。结论5个自噬基因(RHEB、PPP1R15A、ATG101、BNIP3、NRG1)构建的自噬相关预后风险模型,可以有效预测CCA患者的预后情况。 展开更多
关键词 胆管癌 癌症基因组图谱数据库(TCGA) 人类自噬数据库(hadb) 自噬差异基因 COX回归分析 ROC曲线 预后模型
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