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西瓜含有JmjC结构域的组蛋白去甲基化酶家族的生物信息学分析
1
作者 周皇经 王翔伍 +4 位作者 吉逢逢 张鹏辉 郭清华 郝云飞 何世斌 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期802-811,共10页
利用生物信息学方法,对西瓜(Citrullus lanatus(Thunb.)Matsum.&Nakai)JmjC基因家族的成员进行鉴定,对该基因家族的染色体定位、基因结构、蛋白结构域、选择压力和酶活位点进行分析,并对该基因家族与其它物种的系统进化及共线性关... 利用生物信息学方法,对西瓜(Citrullus lanatus(Thunb.)Matsum.&Nakai)JmjC基因家族的成员进行鉴定,对该基因家族的染色体定位、基因结构、蛋白结构域、选择压力和酶活位点进行分析,并对该基因家族与其它物种的系统进化及共线性关系进行研究。结果显示:西瓜全基因组含有17个JmjC候选基因,核苷酸序列长度为1209~5541 bp;这些基因均含有JmjC结构域,分别位于9条染色体上,归属8个亚族。系统进化、选择压力以及共线性分析结果表明,西瓜与黄瓜(Cucumis sativus L.)亲缘关系较近,JmjC家族基因数量相同,其中14个成员呈现一对一的共线性关系;而西瓜与拟南芥(Arabidopsis thaliana(L.)Heynh)亲缘关系较远,但西瓜和拟南芥同一亚族中JmjC基因间Ka/Ks的比值均小于1,推测西瓜各个亚族成员的编码蛋白功能与同一亚族的拟南芥成员功能极为相似。酶活位点分析结果表明西瓜JmjC基因家族中有10个成员具有潜在的组蛋白去甲基化酶活性。 展开更多
关键词 西瓜 组蛋白去甲基化酶 jmjc结构域 生物信息学分析
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组蛋白去甲基化酶JARID1B
2
作者 侯嘉云 宋后燕 《生命的化学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期524-528,共5页
JARID1B(jumonji AT rich interactive domain 1B)有PLU-1/JARID1B、RBP2-H1/JARID1B和RBBP2H1A/JARID1B三种剪接体;有五种保守的结构域:JmjC、JmjN、ARID、PHD和ZF;通过羟基化作用使组蛋白赖氨酸H3K4me1/2/3去甲基而参与转录调节,参与... JARID1B(jumonji AT rich interactive domain 1B)有PLU-1/JARID1B、RBP2-H1/JARID1B和RBBP2H1A/JARID1B三种剪接体;有五种保守的结构域:JmjC、JmjN、ARID、PHD和ZF;通过羟基化作用使组蛋白赖氨酸H3K4me1/2/3去甲基而参与转录调节,参与细胞周期调控、细胞分化和细胞系基因表达的调控;在不同的组织、肿瘤及肿瘤细胞系中表达不同,与癌症的发生和发展相关,是潜在的抗癌药物的作用靶点。 展开更多
关键词 JARID1B 组蛋白去甲基化酶 jmjc结构域 肿瘤
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Jumonji家族的无毛蛋白与毛发缺失
3
作者 米洋 张业 《生命的化学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期669-672,共4页
Jumonji家族中的一个成员hairless基因(Hr)在小鼠和人体内的突变可以导致显著的毛发生长障碍。HR影响的生理过程是出生后的毛发周期(haircycle),而非胚胎期的毛囊形态发生(hairmorphgenesis)。HR与维生素D受体(vitaminDreceptor,VDR)在... Jumonji家族中的一个成员hairless基因(Hr)在小鼠和人体内的突变可以导致显著的毛发生长障碍。HR影响的生理过程是出生后的毛发周期(haircycle),而非胚胎期的毛囊形态发生(hairmorphgenesis)。HR与维生素D受体(vitaminDreceptor,VDR)在体外可以直接相互作用,并对基因转录有抑制作用,提示HR是核受体的转录辅抑制因子(corepressor),转录抑制机制可能是通过组蛋白去乙酰基酶(histonedeacetylase,HDAC)等实现。HR的蛋白质结构和亚细胞定位提示其可能通过其他机制改变染色质的状态从而实现对靶基因的表达调控。 展开更多
关键词 hairless基因 毛发周期 jmjc结构域
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