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利用Label-free技术筛选MC3T3-E1细胞中miR-381-3p介导的靶蛋白和差异蛋白生物学功能分析
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作者 陈锦成 朱国涛 +5 位作者 秦晓飞 陈彦丞 罗骏 余博飞 吴宜璟 徐杰 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期192-198,共7页
目的比较小鼠前成骨细胞(MC3T3-E1)实验组(MC3-E1-in)与对照组(MC3-E1-NC-in)的蛋白质组学差异水平,以初步探究miR-381-3p所介导的靶蛋白和相关信号通路以及差异蛋白生物学功能分析。方法通过细胞慢病毒转染构建实验模型,分为实验组与... 目的比较小鼠前成骨细胞(MC3T3-E1)实验组(MC3-E1-in)与对照组(MC3-E1-NC-in)的蛋白质组学差异水平,以初步探究miR-381-3p所介导的靶蛋白和相关信号通路以及差异蛋白生物学功能分析。方法通过细胞慢病毒转染构建实验模型,分为实验组与对照组;实时荧光定量PCR验证miR-381-3p在细胞中的转染效率;收集细胞样品并采用非标记定量蛋白质组学技术进行鉴定、筛选与分析;进行组间比较得到差异蛋白(differentially expressed proteins,DEPs)表达结果,绘制火山图与表达聚类分析图以及功能富集分析差异蛋白质谱,重点分析基因本体论(geneontology,GO)富集结果、KEGG富集结果以及string-db软件预测可能的蛋白质-蛋白质相互作用结果,并对差异显著的蛋白质进行生物信息学整合分析。结果共鉴定到4764种差异表达蛋白,其中527种差异显著并具有统计学意义,表达上调的有357种,有170种则是表达下调;GO富集结果分析显示差异蛋白主要参与生物过程的跨膜转运、蛋白水解、细胞内蛋白质转运,还参与了细胞骨架、内质网、线粒体的分子功能过程以及参与钙离子结合、蛋白激酶活性、RNA结合等细胞组分过程。结论己糖激酶2、驱动蛋白样蛋白22、cAMP调节的磷酸化蛋白19和脂滴包被蛋白2等差异蛋白可能参miR-381-3p调控肌肉-骨骼系统代谢疾病的发生发展过程。 展开更多
关键词 肌少-骨质疏松症 mc3t3-e1细胞样品 非标记定量蛋白质组学 生物信息学分析
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