基于线粒体ND5基因的我国三省三带喙库蚊种群分化研究

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作者 高剑 吴治明 +2 位作者 陈红娜 杨维芳 褚宏亮 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2023年第4期219-225,共7页

三带喙库蚊是乙型脑炎病毒等多种虫媒病毒的重要传播媒介,我国江苏、浙江和海南省普遍种植水稻,为三带喙库蚊孳生的适宜环境。为了调查三带喙库蚊在这三省的种群分化状态,本研究拟以线粒体ND5基因作为遗传标记对各区域三带喙库蚊种群的... 三带喙库蚊是乙型脑炎病毒等多种虫媒病毒的重要传播媒介,我国江苏、浙江和海南省普遍种植水稻,为三带喙库蚊孳生的适宜环境。为了调查三带喙库蚊在这三省的种群分化状态,本研究拟以线粒体ND5基因作为遗传标记对各区域三带喙库蚊种群的遗传多样性和结构进行探讨。结果显示,各区域三带喙库蚊的遗传多样性较高,单倍型多样性指数(Hd)为0.533~0.981,且浙江省三带喙库蚊单倍型多样性指数(0.944)要略高于海南省(0.931)和江苏省(0.910)。各三带喙库蚊种群以单倍型H1、H2和H3为主,而单倍型H9和H12仅分布于海南海口(HNHK)、单倍型H15和H18仅分布于浙江金华(ZJJH)、单倍型H20、H21和H22仅分布于江苏连云港(JSLG)以及单倍型H24和H25仅分布于江苏盐城。UPGMA聚类结果表明该区域三带喙库蚊种群共演化出两个聚类分支,且海南海口株(HNHK)与江苏连云港株(JSLG)、江苏淮安株(JSHA)以及江苏盐城株(JSSY)之间的基因流较强,分别达到13.927、17.423和10.976;江苏连云港株(JSLG)与浙江台州株(ZJTZ)之的基因流达到11.222。AMOVA分析结果显示该区域三带喙库蚊种群分化的主要分子变异来于区域内的各种群之间,所占变异百分比为95.93%;同时,中性检测结果表明三带喙库蚊种群未出现明显的种群扩张。 展开更多

关键词 三带喙库蚊 nd5基因 遗传多样性 种群分化

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基于ND4和ND5基因序列分析的鳅超科鱼类系统发育关系 被引量：11

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作者 刘思情 张家波 +1 位作者 唐琼英 刘焕章 《Zoological Research》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期221-229,共9页

ND4和ND5是线粒体基因组中编码NADH脱氢酶亚基4和亚基5的两个蛋白质编码基因。该研究以鳅超科鱼类为研究对象,新测定了10个物种的ND4和ND5基因全序列以及中间的3个tRNA基因共212bp的序列,结合从GenBank下载的15个物种的15条序列进行序... ND4和ND5是线粒体基因组中编码NADH脱氢酶亚基4和亚基5的两个蛋白质编码基因。该研究以鳅超科鱼类为研究对象,新测定了10个物种的ND4和ND5基因全序列以及中间的3个tRNA基因共212bp的序列,结合从GenBank下载的15个物种的15条序列进行序列比较和系统发育关系分析。结果显示:鳅超科鱼类ND4基因全长1380～1387bp,以ATG为起始密码子,终止密码子为不完全终止信号;ND5基因全长1821～1839bp,同样起始密码子为ATG,终止密码子为TAA或TAG;ND4和ND5基因之间插入了3个tRNA基因,分别编码携带组氨酸、丝氨酸、亮氨酸的tRNA。ND4和ND5基因(包含3个tRNA基因)中A、T、G、C的平均含量分别为30.4%、27.3%、14.2%、28.1%,A+T(57.7%)的含量高于G+C(42.3%)的含量。转换与颠换比(Ti/Tv)平均值为1.586。选取斑马鱼和鲤鱼作为外类群,采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯推断法(BI)进行系统发育树的重建。三种方法的系统发育分析结果都显示:花鳅亚科、条鳅亚科、沙鳅亚科、平鳍鳅科及Vaillantellidae分别构成单系;它们的系统发育关系为:(Vaillantellidae+(沙鳅亚科+(花鳅亚科+(条鳅亚科+平鳍鳅科)。这与线粒体全基因组和某些核基因(如RAG1基因)的研究结果类似,且支持率较高,表明ND4和ND5基因用于鳅超科鱼类的系统发育分析是可行的;但是该研究的结果有别于其他线粒体基因的分析结果,如基于cytb和D-loop基因进行的系统发育分析表明,条鳅亚科和花鳅亚科聚为姐妹群,再和平鳍鳅科聚在一起。这种差异可能是由于使用的基因长度差异造成的,长度越长,信息量越大,所反映的系统发育结果可能更加接近真实情况。 展开更多

关键词 鳅超科 nd4/nd5基因 序列分析 系统发育

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基于线粒体ND5基因的昆虫分子系统学研究进展 被引量：4

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作者 智妍 葛振萍 张春田 《沈阳师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2008年第3期347-350,共4页

ND5基因位于mtDNA上,其进化速率较快,是昆虫分子系统学研究中理想的分子标记之一.目前,已经利用该基因从各个分类水平对昆虫系统发育关系、物种形成与分化、种群遗传与变异及生物地理等方面做了广泛的研究.对ND5基因的分子特点及其在昆... ND5基因位于mtDNA上,其进化速率较快,是昆虫分子系统学研究中理想的分子标记之一.目前,已经利用该基因从各个分类水平对昆虫系统发育关系、物种形成与分化、种群遗传与变异及生物地理等方面做了广泛的研究.对ND5基因的分子特点及其在昆虫系统学研究中的应用进行综述. 展开更多

关键词 nd5基因 MTDNA 分子系统学 昆虫

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中华绒螯蟹(Eriocheir japonica sinensis)线粒体ND5基因序列变异分析

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作者 张代臻 唐伯平 孙红英 《生物学杂志》 CAS CSCD 2007年第4期21-23,11,共4页

不同水系河蟹已发现严重混杂,水产业中急需一种快速鉴别不同水系的分子标记。基于研究13条长约853bp的线粒体ND5基因序列分析得出,其平均碱基组成为40.2%A,30.9%T,9.2%G,19.7%C,共定义了8个单元型,单元型多样性(h)为0.885;序列间存在16... 不同水系河蟹已发现严重混杂,水产业中急需一种快速鉴别不同水系的分子标记。基于研究13条长约853bp的线粒体ND5基因序列分析得出,其平均碱基组成为40.2%A,30.9%T,9.2%G,19.7%C,共定义了8个单元型,单元型多样性(h)为0.885;序列间存在16个变异位点,核苷酸多样性(π)为0.004;平均遗传距离为0.004。其中单元型EJSⅠ和EJSⅡ占据了53.8%的个体数量,推测可能是较为原始类型;两单元型在NJ和UPG-MA系统发生树中分居于不同的分支,可能蕴涵着各自进化历史。通过研究表明,ND5序列的变异水平将为采用PCR-RFLP或位点特异性PCR等分子标记分辨不同水系河蟹起着重要作用。 展开更多

关键词 nd5基因 PCR/RFLP 变异位点

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三疣梭子蟹不同地理群体线粒体DNA ND5基因序列的变异与分化 被引量：3

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作者 孙钦艳 王敏强 +1 位作者 苏培 雷文华 《大连水产学院学报》 CSCD 北大核心 2010年第6期518-522,共5页

对大连、潍坊、日照和舟山4个三疣梭子蟹Portunus trituberculatus地理群体的线粒体DNA ND5基因序列进行了分析。结果表明:ND5基因序列A、T、G和C的平均含量分别为39.5%、31.5%、10.1%和18.9%,A+T含量为71.1%,明显高于G+C含量;共检测到1... 对大连、潍坊、日照和舟山4个三疣梭子蟹Portunus trituberculatus地理群体的线粒体DNA ND5基因序列进行了分析。结果表明:ND5基因序列A、T、G和C的平均含量分别为39.5%、31.5%、10.1%和18.9%,A+T含量为71.1%,明显高于G+C含量;共检测到16个变异位点,其中转换位点15个,颠换位点1个;氨基酸变异位点5个,其中184、235位的核苷酸突变分别引起碱性精氨酸错义成中性丝氨酸、非极性异亮氨酸错义成中性甲硫氨酸;12个测序样中有8种单倍型,核苷酸歧异度Pi为0.00289,单倍型多样性H为0.924。 展开更多

关键词 三疣梭子蟹 MTDNA nd5基因 序列分析

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野桑蚕线粒体ND5基因及其两端侧翼tRNA基因的克隆与序列分析 被引量：6

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作者 曹广力 郑小坚 +2 位作者 薛仁宇 沈卫德 贡成良 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期482-490,共9页

应用PCR技术,对中国山东青州野桑蚕mtDNA的ND5基因及其两端侧翼区域进行了克隆和序列分析。结果表明,在所测定的2．2kb左右的片段中,含有ND5基因的完整序列及Phe-tRNA(UUC)、Ser-tRNA(AGC)、Glu- tRNA(GAA)、His-tRNA(CAC)等4个tRNA基因... 应用PCR技术,对中国山东青州野桑蚕mtDNA的ND5基因及其两端侧翼区域进行了克隆和序列分析。结果表明,在所测定的2．2kb左右的片段中,含有ND5基因的完整序列及Phe-tRNA(UUC)、Ser-tRNA(AGC)、Glu- tRNA(GAA)、His-tRNA(CAC)等4个tRNA基因,该片段的基因组结构与家蚕及其它地域来源野桑蚕的基因组结构基本一致,显示蚕类线粒体基因排列的保守性。ND5结构基因在不同家蚕及野桑蚕之间的比对分析表明,它们在核苷酸水平、氨基酸水平的同源性很高,相似性达96%以上。4个tRNA基因的碱基错配率较高,TψC环缺乏相对保守的T-ψ-C-Pu-A序列,各臂的碱基配对数、各环碱基数目变化较大。以ND5基因的核苷酸序列及氨基酸残基序列进行了家蚕及野桑蚕的分子进化分析,进一步证明家蚕起源于中国野桑蚕。 展开更多

关键词 野桑蚕 线粒体DNA NADH氧化还原酶基因(nd5) TRNA基因 序列分析

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鳡线粒体ND5基因测序与序列特征分析

7

作者 吴敏 王星果 +2 位作者 张营 徐建荣 顾志良 《常熟理工学院学报》 2011年第2期59-63,共5页

通过PCR扩增并克隆测序,获得了鳡(Elopichthys bambusa)线粒体ND5基因序列,该基因全长为1836bp,编码611个氨基酸残基的蛋白质,其起始密码子为ATG,终止密码子为TAA.分析该基因碱基组成及密码子使用情况,发现A+T含量高于G+C,并且在密码子... 通过PCR扩增并克隆测序,获得了鳡(Elopichthys bambusa)线粒体ND5基因序列,该基因全长为1836bp,编码611个氨基酸残基的蛋白质,其起始密码子为ATG,终止密码子为TAA.分析该基因碱基组成及密码子使用情况,发现A+T含量高于G+C,并且在密码子第三位点存在明显的反G偏倚.将鳡ND5基因序列与GenBank中其他10个物种的ND5基因序列进行比对,结果表明鳡与鲢鱼的亲缘关系最近,青鱼次之.用NJ法构建11个物种的系统进化树,结果表明雅罗鱼亚科、鲌亚科和鲢亚科之间的亲缘关系很近,而鲤亚科与它们之间的亲缘关系相对较远. 展开更多

关键词 鳡 线粒体nd5基因 系统发生

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线粒体ND5基因13513G＞A突变导致Leigh综合征 被引量：1

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作者 王康 焉传祝 +2 位作者 王国相 焦劲松 金森 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期616-619,共4页

目的 分析1个母系遗传的Leigh综合征家系的线粒体突变.方法 描述该家系患者的临床和实验室特点,应用DNA芯片结合直接测序对该家系患者进行全线粒体DNA测序.结果 该Leigh综合征家系患者临床以生长发育延迟、精神运动迟滞、呼吸节律异常... 目的 分析1个母系遗传的Leigh综合征家系的线粒体突变.方法 描述该家系患者的临床和实验室特点,应用DNA芯片结合直接测序对该家系患者进行全线粒体DNA测序.结果 该Leigh综合征家系患者临床以生长发育延迟、精神运动迟滞、呼吸节律异常、颅神经麻痹、小脑共济失调、抽搐为主要特征.神经影像学显示中脑、双侧大脑脚、导水管周围灰质、小脑齿状核及双侧丘脑受累.伴乳酸、丙酮酸代谢异常.突变分析证实该Leigh综合征家系由线粒体ND5＊13513G＞A突变所致.结论 ND5突变导致的母系遗传的Leigh综合征有某些特点,ND5＊13513G＞A突变可作为Leigh综合征患者的高频候选位点. 展开更多

关键词 LEIGH综合征 线粒体 nd5基因

原文传递

西藏牦牛mtDNA ND5遗传多样性及系统进化分析 被引量：4

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作者 海汀 张成福 +4 位作者 信金伟 姬秋梅 柴志欣 曾贤彬 钟金城 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2014年第6期2666-2672,共7页

为了解西藏牦牛的遗传多样性和群体分化情况,本研究测定了西藏15个牦牛类群的mtDNA ND5基因序列,分析其遗传多样性、亲缘关系及分类。结果表明：①西藏牦牛mtDNA ND5全序列长度在1821～1823 bp,无内含子,T、C、A和G 4种碱基的平均比例... 为了解西藏牦牛的遗传多样性和群体分化情况,本研究测定了西藏15个牦牛类群的mtDNA ND5基因序列,分析其遗传多样性、亲缘关系及分类。结果表明：①西藏牦牛mtDNA ND5全序列长度在1821～1823 bp,无内含子,T、C、A和G 4种碱基的平均比例分别为32.9%、10.6%、27.5%、29.0%,存在一定的碱基组成偏倚性。②共发现变异位点36个,其中15个单态突变位点,13个简约信息位点;存在碱基缺失、插入、转换和颠换等,插入或缺失位点8个,T/C转换较多,G/C颠换较少。③西藏牦牛mtDNA ND5共有23种单倍型,平均单倍型数（H）、平均单倍型多样性（Hd）、平均核苷酸多样性（Pi）分别为3.4667、0.5100和0.00102,表明西藏牦牛具有丰富的遗传多样性。④西藏牦牛mtDNA ND5基因共含20种氨基酸,其中缬氨酸最多,占10.37%,组氨酸最少,仅为1.11%。⑤在西藏牦牛的聚类分析中,仲巴牦牛、桑桑牦牛、斯布牦牛、错那牦牛、日多牦牛、嘉里牦牛、工布江达牦牛、康布牦牛、江达牦牛、桑日牦牛、丁青牦牛、聂荣牦牛、帕里牦牛首先聚为一大类,再依次与隆子牦牛和类乌齐牦牛相聚。 展开更多

关键词 西藏牦牛 nd5基因 遗传多样性

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青藏高原细粒棘球绦虫的分子鉴定与遗传变异分析 被引量：6

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作者 胡丹丹 王凝 +13 位作者 钟秀琴 王家海 延宁 阳爱国 蒋忠荣 郭莉 邓世金 达瓦次仁 孔维淑 刘天宇 周旋 谢跃 古小彬 杨光友 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期1438-1444,共7页

为了探索青藏高原细粒棘球绦虫的遗传变异特点与系统发生关系,为该地区细粒棘球蚴病的分子诊断、流行病学和防控研究提供基础资料。本研究对采自青藏高原的43株细粒棘球蚴的线粒体ND5基因全序列进行测序及分析,共鉴定出42个分离株属于... 为了探索青藏高原细粒棘球绦虫的遗传变异特点与系统发生关系,为该地区细粒棘球蚴病的分子诊断、流行病学和防控研究提供基础资料。本研究对采自青藏高原的43株细粒棘球蚴的线粒体ND5基因全序列进行测序及分析,共鉴定出42个分离株属于细粒棘球绦虫G1型,1个西藏绵羊分离株属于细粒棘球绦虫G6型。G1型分离株中,共有43个变异位点,分为27个单倍型,单倍型多样性为0.940±0.028,核苷酸多样性为0.001 93±0.001 14,单倍型之间的平均遗传距离为0.002 6。单倍型网络图以H9为优势单倍型,其余单倍型围绕它呈辐射状。单倍型歧点分布分析呈单峰,中性检验得到显著的负值。结果表明青藏高原细粒棘球绦虫流行的主要基因型为G1型,且种内变异较小。 展开更多

关键词 细粒棘球绦虫 线粒体nd5基因 青藏高原 分子鉴定 遗传变异

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基于COI和ND5序列的中国南部唇魚骨和间魚骨群体遗传结构 被引量：2

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作者 蓝昭军 林龙峰 赵俊 《应用生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期1377-1386,共10页

唇魚骨和间魚骨均为分布较广的初级淡水鱼类,是理想的亲缘地理研究材料;且两者形态特征较为相似,不易鉴别,故两者的分布记述和物种有效性存在争议.为了解我国南部唇魚骨和间魚骨的群体遗传结构并探讨两者的物种有效性,本研究对8条水系... 唇魚骨和间魚骨均为分布较广的初级淡水鱼类,是理想的亲缘地理研究材料;且两者形态特征较为相似,不易鉴别,故两者的分布记述和物种有效性存在争议.为了解我国南部唇魚骨和间魚骨的群体遗传结构并探讨两者的物种有效性,本研究对8条水系的唇魚骨和9条水系的间魚骨共130尾个体的COI和ND5基因序列片段进行了测定,并对这两个基因的组合序列(2151bp)进行了分析.结果表明:在130尾个体的COI和ND5基因组合序列中,共有196个核苷酸变异位点,共检测出50个单倍型,单倍型多样性为0.964,核苷酸多样性为0.019,遗传多样性较高.基于COI和ND5基因组合序列构建的NJ树显示,所有种群可分为两支,支系Ⅰ包含了韩江和九龙江的全部单倍型以及瓯江的部分单倍型,余下的单倍型组成了支系Ⅱ.两支系间的遗传距离为0.036,而唇魚骨与间魚骨之间的遗传距离为0.027.单倍型网络图表明,韩江、九龙江种群和其他水系种群分化较大;漠阳江种群由海南岛种群扩散而来;海南岛各种群及漠阳江种群的单倍型分支与珠江水系单倍型的分支之间的亲缘关系较近,与长江水系单倍型分支之间的亲缘关系则较远;湘江、桂江和柳江之间的亲缘关系较近.AMOVA分析结果显示,地理区之间的变异约占71.2%,地理区内种群间变异约占16.6%,种群内的变异占12.2%,表明其遗传分化主要来自地理区之间.错配分析及中性检验结果显示,全部种群、唇魚骨种群、间魚骨种群、支系Ⅰ和支系Ⅱ在历史上均没有发生过明显的扩张. 展开更多

关键词 唇魚骨 间魚骨 遗传结构 遗传多样性 COI基因 nd5基因 中国南部

原文传递

华北地区中华蒙潮虫(甲壳动物亚门:等足目)种群遗传多样性研究

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作者 张瑞 王明晓 安建梅 《四川动物》 北大核心 2019年第2期139-148,共10页

中华蒙潮虫Mongoloniscus sinensis(Dollfus,1901)隶属于甲壳动物亚门Crustacea等足目Isopoda潮虫亚目Oniscidea,中国特有种。为了探究中华蒙潮虫的种群遗传分化和系统进化关系,采用PCR对采自华北地区10个地理种群89只个体线粒体2个基... 中华蒙潮虫Mongoloniscus sinensis(Dollfus,1901)隶属于甲壳动物亚门Crustacea等足目Isopoda潮虫亚目Oniscidea,中国特有种。为了探究中华蒙潮虫的种群遗传分化和系统进化关系,采用PCR对采自华北地区10个地理种群89只个体线粒体2个基因COⅠ和ND5进行联合分析。结果表明:1)中华蒙潮虫COⅠ部分基因长604 bp,ND5部分基因长615 bp,拼接序列长1 219 bp,T、C、A和G含量分别为41.0%、11.2%、30.8%和17.0%,具有显著的A+T偏倚;变异位点503个(占总核苷酸序列的41.3%),序列间的转换/颠换比值为2.8。2)89只个体共45种单倍型,单倍型多样性0.964,核苷酸多样性0.005 6,整体遗传多样性水平中等;单倍型H1、H15、H16、H21、H41为2～3个种群共享单倍型。3)联合基因(COⅠ+ND5)系统发育树表明,最早出现的是华北以北地区(山西大同、河北石家庄),最晚分化出的是华北以南地区(山西临汾、陕西西安未央区、河南新乡),演化路线为从北向南,个别种群单倍型未按地理来源形成明显的簇群。4)平均遗传分化指数为0.513,基因流为0.24;分子变异分析结果表明,种群的变异与分化主要来自种群内部,错配分布呈多峰,结合中性检验(Tajima's D=-1.429;Fu's F_s=6.499),发现中华蒙潮虫近期未经历扩张,但种群内部分化显著,增长平稳。本研究首次基于线粒体多基因联合分析了中华蒙潮虫种群遗传多样性。 展开更多

关键词 中华蒙潮虫 遗传多样性 COⅠ基因 nd5基因 华北地区

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母系遗传药物性耳聋与线粒体ND5 T12338C突变的关系

13

作者 褚雪莲 黄灵 方苑仲 《中国卫生检验杂志》 CAS 2015年第21期3688-3690,共3页

目的探讨药物性耳聋的发病机制,为临床早期诊断、预防提供理论依据。方法在余杭区开展了耳聋的分子流行病学调查。对1个母系遗传的药物性耳聋家系进行听力学检查和遗传学分析,对先证者和母系成员的线粒体基因组和GJB2基因进行PCR扩增并... 目的探讨药物性耳聋的发病机制,为临床早期诊断、预防提供理论依据。方法在余杭区开展了耳聋的分子流行病学调查。对1个母系遗传的药物性耳聋家系进行听力学检查和遗传学分析,对先证者和母系成员的线粒体基因组和GJB2基因进行PCR扩增并测序,测序结果和NCBI上的标准序列进行比对,分析突变位点。结果该家系呈现母系遗传,耳聋外显率较高,但未筛查到GJB2基因突变。在家系的成员中发现2个同质性tRNASer(UCN)C7492T和ND5T12338C突变。共发现了31个多态性位点,在tRNASer(UCN)上有1个变异位点,在蛋白编码区共有20个变异位点。结论线粒体ND5 T12338C突变可能与药物性耳聋有关,是耳聋的一个致病性突变位点,这为耳聋的早期诊断与治疗提供理论依据。 展开更多

关键词 耳聋 线粒体突变 nd5基因 T12338C

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大步甲的分子系统与进化模式

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作者 苏智慧 《环境昆虫学报》 CSCD 2008年第1期67-79,共13页

大步甲主要分布于北半球,全世界大约有1000余种。因大步甲后翅退化,不能飞行,其移动能力和扩散范围都受到很大程度的限制,因此,容易产生地理隔离和遗传分化,从而成为研究物种分化和生物多样化的好材料。近年来,通过对大步甲分子系统的... 大步甲主要分布于北半球,全世界大约有1000余种。因大步甲后翅退化,不能飞行,其移动能力和扩散范围都受到很大程度的限制,因此,容易产生地理隔离和遗传分化,从而成为研究物种分化和生物多样化的好材料。近年来,通过对大步甲分子系统的详细研究,不仅很大程度上解明了大步甲各分类群间的系统发育关系,而且对大步甲的系统演化过程和形态进化模式也有了较深的理解,获得了很多重要的见解。在此做一个简单的综述。 展开更多

关键词 大步甲 分子系统 放散进化 非连续进化 平行进化 沉默进化 线粒体nd5基因 28S核糖体RNA基因

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