6种鱼mtDNA D-loop及其邻近区段的序列比较分析 被引量：16

1

作者 郝君 杨蔷 +3 位作者 鲍迪 梁爱军 张兴华 董仕 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期160-165,共6页

采用PCR技术对乌克兰鳞鲤Cyprinus carpio、鲫Carassis auratus、鲢Hypophthalmichthys molitrix、鳙Aristichthys nobilis、草鱼Ctenopharyngodon idellus和乌苏里拟鲿Pseudobagrus ussuriensis共28个个体(分属于天津市动植物抗性重点... 采用PCR技术对乌克兰鳞鲤Cyprinus carpio、鲫Carassis auratus、鲢Hypophthalmichthys molitrix、鳙Aristichthys nobilis、草鱼Ctenopharyngodon idellus和乌苏里拟鲿Pseudobagrus ussuriensis共28个个体(分属于天津市动植物抗性重点实验室应用PCR-RFLP方法已检测出的不同单倍型)的mtDNA D-loop及其邻近区段进行扩增并测序,获得了大小为1 500～1 800 bp的扩增产物。用Clustal 1.83软件与GenBank中的鲤、金鱼、鲢、草鱼、长吻鮠5种鱼的mtDNA全序列进行排序比较,确定扩增产物包含完整的tRNAPro、D-loop、tRNAPhe序列以及12S rRNA长度约为400 bp的部分序列。将6种鱼共28个样本的序列提交GenBank后获得序列号为KC292921～KC292948。运用Mega 4.0软件计算出6种鱼的碱基组成和碱基差异,基于Kimura双参数模型计算种间的遗传距离,并与GenBank中5种鱼的mtDNA序列一起构建NJ系统树。序列结构分析表明,在6种鱼序列的4个区段中,D-loop区段在种内、种间的差异性均高于另外3个区段。6种鱼NJ系统树的结果与传统分类方法一致,可为鱼类分类以及种类鉴定提供科学依据。另外,6种鱼各种单倍型均在所测得序列中找到相应的酶切位点,印证了RFLP实验结果,在酶切位点以外也发现了同种鱼的不同单倍型间存在碱基差异。 展开更多

关键词 乌克兰鳞鲤 鲫 鲢 鳙 草鱼 乌苏里拟鲿 D-LOOP nj系统树

下载PDF 职称材料

基于psbA-trnH分析的何首乌野生居群遗传多样性 被引量：10

2

作者 白明明 孙小芹 +2 位作者 郭建林 李密密 杭悦宇 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期36-44,共9页

对产自不同省区的何首乌〔Fallopia multiflora(Thunb.)Harald.〕17个野生居群85个单株的psbA-trnH序列进行了扩增和分析,在此基础上分析了居群间的遗传多样性,并采用NJ法对85个单株进行了聚类分析。结果表明:供试85个单株的psbA-trnH... 对产自不同省区的何首乌〔Fallopia multiflora(Thunb.)Harald.〕17个野生居群85个单株的psbA-trnH序列进行了扩增和分析,在此基础上分析了居群间的遗传多样性,并采用NJ法对85个单株进行了聚类分析。结果表明:供试85个单株的psbA-trnH序列长度为384 bp;其中,变异位点为167 bp,简约信息位点为53 bp,分别占序列总长度的43.5%和13.8%。变异类型主要为碱基缺失和替换;变异位点主要集中在235～281 bp区域,根据位点变异情况可将17个居群大体分为3类。各居群间的遗传距离为0.000～0.172,其中,贵州居群与其他16个居群间的遗传距离为0.167～0.172,而其他16个居群间的遗传距离为0.000～0.017。17个居群间的核苷酸多样性指数(Pi)、遗传分化系数(Nst)和基因流(Nm)分别为0.028 56、0.918 68和0.04;除贵州居群外其他16个居群的Pi、Nst和Nm分别为0.015 68、0.837 19和0.10;贵州居群与其周边省区(四川、云南、广西、湖南和湖北)居群的Pi、Nst和Nm分别为0.047 99、0.937 62和0.03。在NJ系统树上,17个居群可聚为4支,且大部分居群的供试单株聚在同一分支中;仅贵州居群单独聚为一支,与序列分析的划分结果基本一致。由研究结果可见:野生何首乌居群总遗传变异的91.868%来自居群间,8.132%来自居群内,居群间的基因交流较少;除贵州居群外其余16个居群的整体遗传多样性水平偏低,说明何首乌居群整体多样性水平在很大程度上受贵州居群的影响。 展开更多

关键词 何首乌 居群 psbA—trnH序列 遗传多样性 nj系统树

下载PDF 职称材料

大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种mtDNA COⅠ序列的分析 被引量：5

3

作者 张大莉 董仕 +6 位作者 白俊杰 苗建发 胡莹 李胜杰 苗建新 张兴华 马冬梅 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期212-216,共5页

采用PCR技术对大口黑鲈Micropterus salmoides北方亚种（21尾）和佛罗里达亚种（19尾）的mtDNA COⅠ区段进行扩增,得到约1400 bp的扩增片段,经测序获得了碱基排列顺序清晰的1337 bp片段。北方亚种个体间没有变异,只检测到1种单倍型,与Ge... 采用PCR技术对大口黑鲈Micropterus salmoides北方亚种（21尾）和佛罗里达亚种（19尾）的mtDNA COⅠ区段进行扩增,得到约1400 bp的扩增片段,经测序获得了碱基排列顺序清晰的1337 bp片段。北方亚种个体间没有变异,只检测到1种单倍型,与GenBank中大口黑鲈全序列（DQ536425）中的COⅠ区段相应部位比对,有5个碱基出现置换;佛罗里达亚种检测到5种单倍型,19个个体与本研究中的北方亚种比对,有41个碱基出现完全置换。将6种单倍型的序列提交GenBank后获得序列号为KF176376～KF176381,运用Mega 4.0软件计算两个亚种的碱基组成和碱基差异,北方亚种的单倍型多样性指数（H）、核苷酸多样性指数（Pi）和平均核苷酸差异性（k）均为0,佛罗里达亚种的H、Pi、k分别为0.784、0.003 42和4.573,两个亚种平均Kimura 2-parameter遗传距离为0.0351。研究表明,大口黑鲈佛罗里达亚种mtDNA COⅠ区段的遗传多样性高于北方亚种,该序列可作为鉴别两个亚种的DNA条形码。 展开更多

关键词 大口黑鲈 COⅠ序列 遗传多样性 遗传距离 nj系统树

下载PDF 职称材料

基于matK序列对白头翁及其伪品的鉴别 被引量：6

4

作者 赵月梅 陈硕 《陕西农业科学》 2017年第1期51-54,共4页

用mat K序列作为DNA条形码来区分白头翁及其伪品的基源植物,以期在分子水平建立白头翁及其伪品的鉴别方法。实验选用了16条mat K序列,所得序列用Bio Edit、MEGA6.0等软件进行分析。获得白头翁及其伪品的mat K基因序列长度为608 bp,与伪... 用mat K序列作为DNA条形码来区分白头翁及其伪品的基源植物,以期在分子水平建立白头翁及其伪品的鉴别方法。实验选用了16条mat K序列,所得序列用Bio Edit、MEGA6.0等软件进行分析。获得白头翁及其伪品的mat K基因序列长度为608 bp,与伪品种间遗传距离范围为0.008~0.527。基于mat K基因序列构建的NJ聚类树能明显地区分白头翁及其常见伪品。因此,应用mat K基因序列可有效地鉴别白头翁及其伪品。 展开更多

关键词 MATK基因 白头翁 伪品 nj系统树 DNA条形码

下载PDF 职称材料

甘蔗根围深色有隔内生真菌(DSE)的分离及接种效应 被引量：11

5

作者 谢玲 刘斌 +5 位作者 覃丽萍 张雯龙 李松 秦碧霞 史国英 邓心 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2014年第2期635-640,共6页

从广西8个甘蔗主产区分离得到10个DSE菌株。这些菌株的核糖体DNA的28S基因D1/D2区序列与Genbank中最相似序列构建的系统发育树结果表明:10个菌株在系统树上聚为3个大分支。其中4个菌株以68%的支持率与枝孢属Cladosporium、茎点霉属Phoma... 从广西8个甘蔗主产区分离得到10个DSE菌株。这些菌株的核糖体DNA的28S基因D1/D2区序列与Genbank中最相似序列构建的系统发育树结果表明:10个菌株在系统树上聚为3个大分支。其中4个菌株以68%的支持率与枝孢属Cladosporium、茎点霉属Phoma、Lophiostoma sp.和Emericella sp.聚为一大类;5个菌株在84%的支持率上与Conlarium sp.、Cercophora sp.和Schizothecium sp.聚为一大类;1个菌株与Phialocephala fortinii聚为一类,支持率为100%。10个菌株均能与甘蔗共生而无致病性,其中7个菌株接种甘蔗组培苗平均干重高于对照,选取干重最高的2个菌株接种甘蔗盆栽苗,接种处理的平均株高、茎宽、鲜重和干重均高于对照。 展开更多

关键词 深色有隔内生真菌(DSE) 甘蔗 nj系统发育树 促生

下载PDF 职称材料

基于ITS序列对桔梗及其伪品的鉴别 被引量：2

6

作者 赵月梅 程敏 +2 位作者 吴珍 李筱玲 高宝云 《陕西农业科学》 2018年第3期76-78,83,共4页

用ITS序列作为DNA条形码对桔梗及其伪品的基源植物进行分子鉴定。研究通过测序和在NCBI中下载两种方法共获得了23条桔梗及其混伪品霞草和沙参的ITS序列,所得序列用Bio Edit查看和比对、MEGA6.0等软件进行遗传距离和构建系统发育树。最... 用ITS序列作为DNA条形码对桔梗及其伪品的基源植物进行分子鉴定。研究通过测序和在NCBI中下载两种方法共获得了23条桔梗及其混伪品霞草和沙参的ITS序列,所得序列用Bio Edit查看和比对、MEGA6.0等软件进行遗传距离和构建系统发育树。最后获得桔梗及其伪品的ITS基因序列长度为560bp,基于K-2-P方法构建的NJ聚类树表明不同来源的桔梗样品能聚成一个单系,表明该序列可以作为DNA条形码很好地区分桔梗及其常见伪品。 展开更多

关键词 ITS基因 桔梗 伪品 nj系统树 DNA条形码

下载PDF 职称材料

杧果查尔酮合成酶基因(CHS1)的克隆与表达分析 被引量：9

7

作者 梅志栋 张贺 +2 位作者 刘晓妹 黄建峰 蒲金基 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期1077-1084,I0003,共9页

【目的】克隆鉴定杧果CHS基因,分析其功能,明确杧果不同组织器官中CHS基因表达情况。【方法】以海南种植的6个杧果种的叶片总DNA和c DNA为模板,进行同源性PCR扩增,然后克隆到p MD18-T载体上,进行测序;通过生物学软件预测分析CHS基因编... 【目的】克隆鉴定杧果CHS基因,分析其功能,明确杧果不同组织器官中CHS基因表达情况。【方法】以海南种植的6个杧果种的叶片总DNA和c DNA为模板,进行同源性PCR扩增,然后克隆到p MD18-T载体上,进行测序;通过生物学软件预测分析CHS基因编码的蛋白质;运用半定量PCR分析CHS基因表达情况。【结果】测序得到6个杧果种CHS基因c DNA全长为1 173 bp,CHS基因含有2个外显子和1个内含子。基于c DNA序列的NJ系统发育树显示,其与普通杧果(Mangifera indica)CHS1基因同源性最高。CHS1基因半定量表达显示杧果不同器官均表达CHS1基因,但在叶片和花中的表达量较高。【结论】克隆了杧果查尔酮合成酶1(CHS1)基因,半定量分析了杧果不同器官中CHS1基因的表达差异,为下一步研究提高CHS1基因的表达量奠定了基础。 展开更多

关键词 杧果 查尔酮合成酶 nj系统发育树 表达分析

下载PDF 职称材料

基于叶绿体DNA条形码的竹子种属聚类分析与耐盐性鉴定 被引量：3

8

作者 陈咸吉 聂现辉 +6 位作者 艾文胜 孟勇 肖扬波 周楚人 彭逸斯 汪启明 彭国平 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期514-522,共9页

利用3种叶绿体DNA条形码序列ndhF、psbA–trnH、rps16对竹亚科植物17个属的98个竹种进行DNA条形码聚类分析,并对已知的43个耐盐竹种进行聚类分析。结果显示:3种DNA条形码序列对竹子具有良好的通用性,平均通用性在96%以上;psbA–trnH未... 利用3种叶绿体DNA条形码序列ndhF、psbA–trnH、rps16对竹亚科植物17个属的98个竹种进行DNA条形码聚类分析,并对已知的43个耐盐竹种进行聚类分析。结果显示:3种DNA条形码序列对竹子具有良好的通用性,平均通用性在96%以上;psbA–trnH未能对瓜多竹外的竹亚科植物种属进行聚类,能对部分耐盐竹种进行聚类;ndhF、rps16条形码序列能对部分种属进行聚类,对牡竹属、箣竹属、苦竹属中包含的耐盐竹种聚类效果较好。 展开更多

关键词 竹亚科植物 DNA条形码 nj系统发育树 耐盐性

下载PDF 职称材料

一株抗大黄鱼细菌性病原菌的活性海洋真菌的鉴定

9

作者 刘辉辉 李书平 +1 位作者 赵倩 赵淑江 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2012年第5期801-807,共7页

为了研究从浙江省温州市南麂岛近海海域海洋沉积物样品中分离得到的一株具有抗大黄鱼病原菌活性的真菌NJ0104的分类地位,在标准培养条件下,采用传统形态鉴定方法,结合ITS-5.8S rDNA片段PCR扩增和序列测定,建立系统发育树。形态学特征显... 为了研究从浙江省温州市南麂岛近海海域海洋沉积物样品中分离得到的一株具有抗大黄鱼病原菌活性的真菌NJ0104的分类地位,在标准培养条件下,采用传统形态鉴定方法,结合ITS-5.8S rDNA片段PCR扩增和序列测定,建立系统发育树。形态学特征显示菌丝呈树枝状分支,分支较多,无核,有隔膜,瓶体式产孢;ITS序列进行测序全长为1 027 bp。结合形态学特征和GenBank中核酸数据比对分析。结果表明,菌株NJ0104与节菱孢属亲缘关系较近,具有98%以上的相似性,因此将其鉴定为节菱孢属(Arthrinium sp.)。 展开更多

关键词 抗大黄鱼病原菌 抑菌活性 形态学 ITS序列 nj系统发育树

下载PDF 职称材料

耐热真菌的分类鉴定及rDNA-ITS系统发育分析 被引量：5

10

作者 梁茵 王芳 +1 位作者 李安娜 李多川 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期542-550,共9页

分别从山东、山西、河北、陕西、河南、云南、江西、海南、新疆、内蒙古、甘肃、广州等地实地采集堆肥、培养料、草堆等标本600多份,分离鉴定出耐热真菌28种,其中包括2个中国新记录种,沙生梭孢壳Thielavia arenaria和丰孢木霉Trichoderm... 分别从山东、山西、河北、陕西、河南、云南、江西、海南、新疆、内蒙古、甘肃、广州等地实地采集堆肥、培养料、草堆等标本600多份,分离鉴定出耐热真菌28种,其中包括2个中国新记录种,沙生梭孢壳Thielavia arenaria和丰孢木霉Trichoderma saturnisporum,其余26个为中国已知种。在形态分类的基础上,对所分离鉴定的28株耐热真菌及购买的3株耐热真菌,进行rDNA-ITS序列测定,所测序列片段长度为554-895bp。将所测的31个和从GenBank下载的15个耐热真菌的rDNA-ITS序列构建NJ系统发育树,该树较好地显示了耐热真菌的系统进化关系,有力地支持了形态学的观点。 展开更多

关键词 高温真菌 中国新记录种 nj系统发育树

原文传递

基于ITS序列对独活17个种的分子鉴定 被引量：7

11

作者 彭禄 余岩 +2 位作者 王志新 赵丽华 何兴金 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1648-1653,共6页

目的通过对17个种共26个独活样本的ITS序列分析,为国内中药市场上的常见独活的分子鉴定提供依据,并探索其科学分类标准。方法对26个样本的ITS进行PCR扩增和测序。通过MEGA 5.0软件比较各序列间的差异性,计算K2P遗传距离;采用邻接法构建N... 目的通过对17个种共26个独活样本的ITS序列分析,为国内中药市场上的常见独活的分子鉴定提供依据,并探索其科学分类标准。方法对26个样本的ITS进行PCR扩增和测序。通过MEGA 5.0软件比较各序列间的差异性,计算K2P遗传距离;采用邻接法构建NJ系统树并应用Network 4.2.0.1软件进行中间连接网法分析构建单倍型网状图。结果 NJ系统树和单倍型网状图显示,26个样本聚集为5大类群,综合分析后将17种独活归为4大类;重齿毛当归Angelica pubescens的ITS序列具有特征碱基片段,可明显区别于其他样本;除牛尾独活类中3个样本不能通过ITS序列鉴定到种以外,其他样本均可以通过ITS序列鉴定到种。结论 ITS序列可为药用独活的鉴定和分类提供有力证据,四带芹类可以作为独活的首选替补品,牛尾独活类其次,九眼独活为最后之选。 展开更多

关键词 独活 ITS序列 分子鉴定 PCR扩增 nj系统树 单倍型网状图

原文传递

基于psbA-trnH基因序列对中药材茜草的分子鉴定 被引量：7

12

作者 夏至 王璐静 +2 位作者 李贺敏 张红瑞 高致明 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期374-376,共3页

目的通过对中药材茜草及其近缘种（易混品）的psb A-trn H基因序列进行分析,为中药材茜草的分子鉴定提供依据。方法提取中药材茜草及其近缘种的DNA,对叶绿体基因psb A-trn H序列扩增和测序,计算物种种内、种间Kimura 2-parameter（K2P... 目的通过对中药材茜草及其近缘种（易混品）的psb A-trn H基因序列进行分析,为中药材茜草的分子鉴定提供依据。方法提取中药材茜草及其近缘种的DNA,对叶绿体基因psb A-trn H序列扩增和测序,计算物种种内、种间Kimura 2-parameter（K2P）遗传距离。采用最近距离、相似性搜索、构建Neighbor-joining（NJ）系统聚类树3种方法进行鉴定分析。结果 psb A-trn H分子系统树支持中药材茜草不同居群样本聚为一单系分支,支持率为65%;中药材茜草与其近缘种psb A-trn H序列的种间遗传距离为0.00751~0.19338,远大于中药材茜草种内遗传距离0~0.00372。结论叶绿体基因psb A-trn H序列可以快速准确鉴别中药材茜草。 展开更多

关键词 PSBA-TRNH 茜草 分子鉴定 nj系统树

原文传递