基于DNA条形码及ITS2二级结构鉴定白头翁及其易混伪品

1

作者 张治东 郭春云 +3 位作者 郭阿林 汤星辰 方鑫杰 王孟虎 《中医药信息》 2024年第10期9-13,共5页

目的:基于DNA条形码及ITS2二级结构鉴定白头翁及其易混伪品(秋牡丹、火绒草、委陵菜),从而提高白头翁材鉴定的准确性和效率。方法:提取白头翁及易混伪品植物(秋牡丹、火绒草、委陵菜)的DNA,进行PCR扩增并测序,设计特异性引物,并采用特... 目的:基于DNA条形码及ITS2二级结构鉴定白头翁及其易混伪品(秋牡丹、火绒草、委陵菜),从而提高白头翁材鉴定的准确性和效率。方法:提取白头翁及易混伪品植物(秋牡丹、火绒草、委陵菜)的DNA,进行PCR扩增并测序,设计特异性引物,并采用特定的分子标记,提取DNA条形码和ITS2(内转录间隔区2)区域的二级结构,使用MEGA11.0软件对白头翁及易混伪品植物进行分析研究。结果:Neighbor-Joining(NJ)树显示白头翁、秋牡丹、火绒草、委陵菜分别独立聚为一支,且白头翁、秋牡丹、火绒草、委陵菜的二级结构在整体骨架上有明显不同,因此根据ITS2碱基序列能够对白头翁及其混伪品进行鉴定。结论:利用DNA条形码及ITS2二级结构能够准确对白头翁及易混伪品(秋牡丹、火绒草、委陵菜)进行鉴定。 展开更多

关键词 白头翁 ITS2 NJ树 二级结构 鉴定

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甘蔗根围深色有隔内生真菌(DSE)的分离及接种效应 被引量：11

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作者 谢玲 刘斌 +5 位作者 覃丽萍 张雯龙 李松 秦碧霞 史国英 邓心 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2014年第2期635-640,共6页

从广西8个甘蔗主产区分离得到10个DSE菌株。这些菌株的核糖体DNA的28S基因D1/D2区序列与Genbank中最相似序列构建的系统发育树结果表明:10个菌株在系统树上聚为3个大分支。其中4个菌株以68%的支持率与枝孢属Cladosporium、茎点霉属Phoma... 从广西8个甘蔗主产区分离得到10个DSE菌株。这些菌株的核糖体DNA的28S基因D1/D2区序列与Genbank中最相似序列构建的系统发育树结果表明:10个菌株在系统树上聚为3个大分支。其中4个菌株以68%的支持率与枝孢属Cladosporium、茎点霉属Phoma、Lophiostoma sp.和Emericella sp.聚为一大类;5个菌株在84%的支持率上与Conlarium sp.、Cercophora sp.和Schizothecium sp.聚为一大类;1个菌株与Phialocephala fortinii聚为一类,支持率为100%。10个菌株均能与甘蔗共生而无致病性,其中7个菌株接种甘蔗组培苗平均干重高于对照,选取干重最高的2个菌株接种甘蔗盆栽苗,接种处理的平均株高、茎宽、鲜重和干重均高于对照。 展开更多

关键词 深色有隔内生真菌(DSE) 甘蔗 NJ系统发育树 促生

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6种鱼mtDNA D-loop及其邻近区段的序列比较分析 被引量：16

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作者 郝君 杨蔷 +3 位作者 鲍迪 梁爱军 张兴华 董仕 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期160-165,共6页

采用PCR技术对乌克兰鳞鲤Cyprinus carpio、鲫Carassis auratus、鲢Hypophthalmichthys molitrix、鳙Aristichthys nobilis、草鱼Ctenopharyngodon idellus和乌苏里拟鲿Pseudobagrus ussuriensis共28个个体(分属于天津市动植物抗性重点... 采用PCR技术对乌克兰鳞鲤Cyprinus carpio、鲫Carassis auratus、鲢Hypophthalmichthys molitrix、鳙Aristichthys nobilis、草鱼Ctenopharyngodon idellus和乌苏里拟鲿Pseudobagrus ussuriensis共28个个体(分属于天津市动植物抗性重点实验室应用PCR-RFLP方法已检测出的不同单倍型)的mtDNA D-loop及其邻近区段进行扩增并测序,获得了大小为1 500～1 800 bp的扩增产物。用Clustal 1.83软件与GenBank中的鲤、金鱼、鲢、草鱼、长吻鮠5种鱼的mtDNA全序列进行排序比较,确定扩增产物包含完整的tRNAPro、D-loop、tRNAPhe序列以及12S rRNA长度约为400 bp的部分序列。将6种鱼共28个样本的序列提交GenBank后获得序列号为KC292921～KC292948。运用Mega 4.0软件计算出6种鱼的碱基组成和碱基差异,基于Kimura双参数模型计算种间的遗传距离,并与GenBank中5种鱼的mtDNA序列一起构建NJ系统树。序列结构分析表明,在6种鱼序列的4个区段中,D-loop区段在种内、种间的差异性均高于另外3个区段。6种鱼NJ系统树的结果与传统分类方法一致,可为鱼类分类以及种类鉴定提供科学依据。另外,6种鱼各种单倍型均在所测得序列中找到相应的酶切位点,印证了RFLP实验结果,在酶切位点以外也发现了同种鱼的不同单倍型间存在碱基差异。 展开更多

关键词 乌克兰鳞鲤 鲫 鲢 鳙 草鱼 乌苏里拟鲿 D-LOOP NJ系统树

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基于psbA-trnH分析的何首乌野生居群遗传多样性 被引量：10

4

作者 白明明 孙小芹 +2 位作者 郭建林 李密密 杭悦宇 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期36-44,共9页

对产自不同省区的何首乌〔Fallopia multiflora(Thunb.)Harald.〕17个野生居群85个单株的psbA-trnH序列进行了扩增和分析,在此基础上分析了居群间的遗传多样性,并采用NJ法对85个单株进行了聚类分析。结果表明:供试85个单株的psbA-trnH... 对产自不同省区的何首乌〔Fallopia multiflora(Thunb.)Harald.〕17个野生居群85个单株的psbA-trnH序列进行了扩增和分析,在此基础上分析了居群间的遗传多样性,并采用NJ法对85个单株进行了聚类分析。结果表明:供试85个单株的psbA-trnH序列长度为384 bp;其中,变异位点为167 bp,简约信息位点为53 bp,分别占序列总长度的43.5%和13.8%。变异类型主要为碱基缺失和替换;变异位点主要集中在235～281 bp区域,根据位点变异情况可将17个居群大体分为3类。各居群间的遗传距离为0.000～0.172,其中,贵州居群与其他16个居群间的遗传距离为0.167～0.172,而其他16个居群间的遗传距离为0.000～0.017。17个居群间的核苷酸多样性指数(Pi)、遗传分化系数(Nst)和基因流(Nm)分别为0.028 56、0.918 68和0.04;除贵州居群外其他16个居群的Pi、Nst和Nm分别为0.015 68、0.837 19和0.10;贵州居群与其周边省区(四川、云南、广西、湖南和湖北)居群的Pi、Nst和Nm分别为0.047 99、0.937 62和0.03。在NJ系统树上,17个居群可聚为4支,且大部分居群的供试单株聚在同一分支中;仅贵州居群单独聚为一支,与序列分析的划分结果基本一致。由研究结果可见:野生何首乌居群总遗传变异的91.868%来自居群间,8.132%来自居群内,居群间的基因交流较少;除贵州居群外其余16个居群的整体遗传多样性水平偏低,说明何首乌居群整体多样性水平在很大程度上受贵州居群的影响。 展开更多

关键词 何首乌 居群 psbA—trnH序列 遗传多样性 NJ系统树

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大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种mtDNA COⅠ序列的分析 被引量：5

5

作者 张大莉 董仕 +6 位作者 白俊杰 苗建发 胡莹 李胜杰 苗建新 张兴华 马冬梅 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期212-216,共5页

采用PCR技术对大口黑鲈Micropterus salmoides北方亚种（21尾）和佛罗里达亚种（19尾）的mtDNA COⅠ区段进行扩增,得到约1400 bp的扩增片段,经测序获得了碱基排列顺序清晰的1337 bp片段。北方亚种个体间没有变异,只检测到1种单倍型,与Ge... 采用PCR技术对大口黑鲈Micropterus salmoides北方亚种（21尾）和佛罗里达亚种（19尾）的mtDNA COⅠ区段进行扩增,得到约1400 bp的扩增片段,经测序获得了碱基排列顺序清晰的1337 bp片段。北方亚种个体间没有变异,只检测到1种单倍型,与GenBank中大口黑鲈全序列（DQ536425）中的COⅠ区段相应部位比对,有5个碱基出现置换;佛罗里达亚种检测到5种单倍型,19个个体与本研究中的北方亚种比对,有41个碱基出现完全置换。将6种单倍型的序列提交GenBank后获得序列号为KF176376～KF176381,运用Mega 4.0软件计算两个亚种的碱基组成和碱基差异,北方亚种的单倍型多样性指数（H）、核苷酸多样性指数（Pi）和平均核苷酸差异性（k）均为0,佛罗里达亚种的H、Pi、k分别为0.784、0.003 42和4.573,两个亚种平均Kimura 2-parameter遗传距离为0.0351。研究表明,大口黑鲈佛罗里达亚种mtDNA COⅠ区段的遗传多样性高于北方亚种,该序列可作为鉴别两个亚种的DNA条形码。 展开更多

关键词 大口黑鲈 COⅠ序列 遗传多样性 遗传距离 NJ系统树

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基于55K SNP芯片分析的优质小麦的遗传多样性 被引量：1

6

作者 张楠 彭义峰 +3 位作者 李亚青 张士昌 李孟军 何明琦 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期264-271,共8页

为分析优质小麦品种的遗传多样性,探讨其亲缘关系,以45个优质小麦品种和5个优质高代品系为试验材料,利用55KSNP芯片对其杂合度、遗传相似度、群体遗传结构和染色体低多态性区段进行分析。结果表明,45个优质小麦品种的遗传相似度系数(GS)... 为分析优质小麦品种的遗传多样性,探讨其亲缘关系,以45个优质小麦品种和5个优质高代品系为试验材料,利用55KSNP芯片对其杂合度、遗传相似度、群体遗传结构和染色体低多态性区段进行分析。结果表明,45个优质小麦品种的遗传相似度系数(GS)为0.488~0.928,平均值为0.603,其中16个品种与其他品种的GS均高于0.800;50个优质小麦品种(系)可分为2个类群7个亚群,其中类群1可分为6个亚群。除亚群Ⅴ的10个品种外,其余亚群品种的遗传聚类结果与品种系谱来源较为吻合。B基因组的多态性SNP位点最多,A基因组次之,D基因组最少。在21条染色体中,4D染色体上的多态性SNP位点最少。A基因组和D基因组染色体低多态性区段高于B基因组。在优质小麦选育过程中,A基因组和D基因组受到的选择压力高于B基因组。 展开更多

关键词 优质小麦 SNP芯片 遗传多样性 遗传相似度系数 进化树分析

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海葵目4种海葵线粒体cyt b基因的序列分析 被引量：2

7

作者 郑聪霞 姜乃澄 沈琴芳 《浙江大学学报（理学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期87-91,共5页

采用CTAB法提取浙江沿海海葵目4种海葵的基因组,PCR获取4种海葵的线粒体cytb基因的部分序列(1Kb左右),经序列比对,并利用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)进行了系统发育关系的分析.结果发现,红海葵(Actinia equine)、黄侧花海葵(Anthopleu r... 采用CTAB法提取浙江沿海海葵目4种海葵的基因组,PCR获取4种海葵的线粒体cytb基因的部分序列(1Kb左右),经序列比对,并利用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)进行了系统发育关系的分析.结果发现,红海葵(Actinia equine)、黄侧花海葵(Anthopleu raxanthogrammica)及绿疣海葵(Anthopleura midori)3种海葵与已知的海葵科物种老年细指海葵(Metridiumsenile)的Cytb基因序列相似性分别均为88%、87.6%和86.9%.NJ法和MP法建立的分子系统树显示,3种海葵与海葵科物种首先聚支,属于同一分类单元.星虫状海葵(Edwardsia sipunculoides)现有分类地位属于爱氏海葵科,但在上述两种分子聚类分析中,均较海葵科物种老年细指海葵更先归入海葵科聚支,其置信度在NJ和MP中分别高达到100%、99%的自引导值.因此,星虫状海葵所在的艾氏属(Edwardsia),归入海葵科较为合理. 展开更多

关键词 海葵 CYT b 系统发育树 邻接法 最大简约法

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ITS片段作为轮枝菌DNA条形码的评价研究 被引量：5

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作者 段维军 张慧丽 +4 位作者 郭立新 顾建锋 陈先锋 张祥林 夏侯阳 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期72-77,89,共7页

以轮枝菌属中的重要植物病原性轮枝菌及其近似种共13种35个菌株为材料,探讨ITS片段作为轮枝菌DNA条形码的可行性。结果表明,ITS成功区分了研究涉及的10个种,其PCR扩增和测序成功率为97.1%,序列鉴定成功率为94.5%,但对个别亲缘关系较近... 以轮枝菌属中的重要植物病原性轮枝菌及其近似种共13种35个菌株为材料,探讨ITS片段作为轮枝菌DNA条形码的可行性。结果表明,ITS成功区分了研究涉及的10个种,其PCR扩增和测序成功率为97.1%,序列鉴定成功率为94.5%,但对个别亲缘关系较近种的物种鉴别能力较弱。 展开更多

关键词 轮枝菌属 种内与种间差异 PCR扩增与测序成功率 邻接树

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基于5个mtDNA基因序列的中国4飞蝗地理种群系统发育关系研究 被引量：1

9

作者 李美 朱恩林 +1 位作者 陈志群 张龙 《北京农学院学报》 2008年第3期22-25,共4页

为确定采集到的中国西藏阿里地区飞蝗的分类地位及其与其他地区飞蝗间的亲缘关系,扩增了中国4个地区飞蝗5个mtDNA蛋白基因共长2 974 bp的片段,基于这5个基因序列和片段全长分别分析了西藏阿里地区与新疆、河北、海南和非洲5个地区飞蝗... 为确定采集到的中国西藏阿里地区飞蝗的分类地位及其与其他地区飞蝗间的亲缘关系,扩增了中国4个地区飞蝗5个mtDNA蛋白基因共长2 974 bp的片段,基于这5个基因序列和片段全长分别分析了西藏阿里地区与新疆、河北、海南和非洲5个地区飞蝗间的遗传距离和亲缘关系。结果显示,西藏新疆阿里地区飞蝗与新疆、河北地区飞蝗间的亲缘关系明显近于其与海南和非洲地区飞蝗间的关系,文末对西藏阿里地区亚洲飞蝗分布的可能性进行了讨论。 展开更多

关键词 邻接树 地理种群 遗传距离 古北区 东洋区

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基于叶绿体DNA条形码的竹子种属聚类分析与耐盐性鉴定 被引量：3

10

作者 陈咸吉 聂现辉 +6 位作者 艾文胜 孟勇 肖扬波 周楚人 彭逸斯 汪启明 彭国平 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期514-522,共9页

利用3种叶绿体DNA条形码序列ndhF、psbA–trnH、rps16对竹亚科植物17个属的98个竹种进行DNA条形码聚类分析,并对已知的43个耐盐竹种进行聚类分析。结果显示:3种DNA条形码序列对竹子具有良好的通用性,平均通用性在96%以上;psbA–trnH未... 利用3种叶绿体DNA条形码序列ndhF、psbA–trnH、rps16对竹亚科植物17个属的98个竹种进行DNA条形码聚类分析,并对已知的43个耐盐竹种进行聚类分析。结果显示:3种DNA条形码序列对竹子具有良好的通用性,平均通用性在96%以上;psbA–trnH未能对瓜多竹外的竹亚科植物种属进行聚类,能对部分耐盐竹种进行聚类;ndhF、rps16条形码序列能对部分种属进行聚类,对牡竹属、箣竹属、苦竹属中包含的耐盐竹种聚类效果较好。 展开更多

关键词 竹亚科植物 DNA条形码 NJ系统发育树 耐盐性

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利用DNA条形码技术鉴定一批鳄鱼产品 被引量：3

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作者 郭凤娟 阳建春 +1 位作者 胡诗佳 李咏施 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期99-104,共6页

DNA条形码技术现已广泛应用于物种鉴定及分类研究。采用该技术对海关查获的一批走私鳄鱼产品进行鉴定,从该批鳄鱼产品中抽取3类样品(鳄鱼肉干、鳄鱼鞭及鳄鱼皮干)各1份,提取样品中的线粒体DNA,并使用通用引物扩增各样品的COⅠ基因部分序... DNA条形码技术现已广泛应用于物种鉴定及分类研究。采用该技术对海关查获的一批走私鳄鱼产品进行鉴定,从该批鳄鱼产品中抽取3类样品(鳄鱼肉干、鳄鱼鞭及鳄鱼皮干)各1份,提取样品中的线粒体DNA,并使用通用引物扩增各样品的COⅠ基因部分序列,将扩增到的序列与GenBank中下载的5种鳄鱼的18条同源序列进行比对分析,并利用MEGA4.0计算物种间的遗传距离,发现3种未知样品与暹罗鳄(Crocodylus siamensis)的序列相似性最高,达到99.6%-100%,遗传距离最小,为0.000-0.003。以孟加拉巨蜥(Varanus bengalensis)作为外群,采用P-distance等模型,构建NJ树,结果 3类样品均与暹罗鳄聚为一枝。上述结果分析表明,3类未知样品均来自暹罗鳄,该结果也为海关人员执法提供了依据。 展开更多

关键词 DNA条形码技术 COⅠ基因 暹罗鳄 物种鉴定 NJ树

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分子系统发育树构建的简易方法 被引量：6

12

作者 田鹏 刘占林 《生物信息学》 2009年第3期232-233,共2页

以系统发育树构建的原有距离方法为基础,吸取了NJ法和FM法中的部分理论,提出了以节点引入为手段的新的简易方法,通过该方法构建了分子系统发育树,结果表明这种方法更加快捷,而且所得结果与FM法完全一致。

关键词 系统发育树 NJ法 FM法 节点引入法

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一株抗大黄鱼细菌性病原菌的活性海洋真菌的鉴定

13

作者 刘辉辉 李书平 +1 位作者 赵倩 赵淑江 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2012年第5期801-807,共7页

为了研究从浙江省温州市南麂岛近海海域海洋沉积物样品中分离得到的一株具有抗大黄鱼病原菌活性的真菌NJ0104的分类地位,在标准培养条件下,采用传统形态鉴定方法,结合ITS-5.8S rDNA片段PCR扩增和序列测定,建立系统发育树。形态学特征显... 为了研究从浙江省温州市南麂岛近海海域海洋沉积物样品中分离得到的一株具有抗大黄鱼病原菌活性的真菌NJ0104的分类地位,在标准培养条件下,采用传统形态鉴定方法,结合ITS-5.8S rDNA片段PCR扩增和序列测定,建立系统发育树。形态学特征显示菌丝呈树枝状分支,分支较多,无核,有隔膜,瓶体式产孢;ITS序列进行测序全长为1 027 bp。结合形态学特征和GenBank中核酸数据比对分析。结果表明,菌株NJ0104与节菱孢属亲缘关系较近,具有98%以上的相似性,因此将其鉴定为节菱孢属(Arthrinium sp.)。 展开更多

关键词 抗大黄鱼病原菌 抑菌活性 形态学 ITS序列 NJ系统发育树

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基于COI基因的六点天蛾属分类学研究

14

作者 孙永岭 孙颖慧 +4 位作者 王辰 李娇 齐周洁 赵宇 李亚宁 《凯里学院学报》 2021年第3期67-72,共6页

阐述了六点天蛾属的研究现状,介绍了DNA条形码在物种鉴别方面的优势及重要作用.通过COI基因序列作为DNA条形码对六点天蛾属的17种及14个亚种进行基因分析,构建系统发育树并计算了其种间的遗传距离,明确六点天蛾属的种间关系和亲缘关系.... 阐述了六点天蛾属的研究现状,介绍了DNA条形码在物种鉴别方面的优势及重要作用.通过COI基因序列作为DNA条形码对六点天蛾属的17种及14个亚种进行基因分析,构建系统发育树并计算了其种间的遗传距离,明确六点天蛾属的种间关系和亲缘关系.结果表明,与传统分类学相比,COI基因可以作为六点天蛾属的物种鉴定依据且此方法更加快捷方便. 展开更多

关键词 DNA条形码 六点天蛾属 NJ树

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基于ITS序列对独活17个种的分子鉴定 被引量：7

15

作者 彭禄 余岩 +2 位作者 王志新 赵丽华 何兴金 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1648-1653,共6页

目的通过对17个种共26个独活样本的ITS序列分析,为国内中药市场上的常见独活的分子鉴定提供依据,并探索其科学分类标准。方法对26个样本的ITS进行PCR扩增和测序。通过MEGA 5.0软件比较各序列间的差异性,计算K2P遗传距离;采用邻接法构建N... 目的通过对17个种共26个独活样本的ITS序列分析,为国内中药市场上的常见独活的分子鉴定提供依据,并探索其科学分类标准。方法对26个样本的ITS进行PCR扩增和测序。通过MEGA 5.0软件比较各序列间的差异性,计算K2P遗传距离;采用邻接法构建NJ系统树并应用Network 4.2.0.1软件进行中间连接网法分析构建单倍型网状图。结果 NJ系统树和单倍型网状图显示,26个样本聚集为5大类群,综合分析后将17种独活归为4大类;重齿毛当归Angelica pubescens的ITS序列具有特征碱基片段,可明显区别于其他样本;除牛尾独活类中3个样本不能通过ITS序列鉴定到种以外,其他样本均可以通过ITS序列鉴定到种。结论 ITS序列可为药用独活的鉴定和分类提供有力证据,四带芹类可以作为独活的首选替补品,牛尾独活类其次,九眼独活为最后之选。 展开更多

关键词 独活 ITS序列 分子鉴定 PCR扩增 NJ系统树 单倍型网状图

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基于psbA-trnH基因序列对中药材茜草的分子鉴定 被引量：7

16

作者 夏至 王璐静 +2 位作者 李贺敏 张红瑞 高致明 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期374-376,共3页

目的通过对中药材茜草及其近缘种（易混品）的psb A-trn H基因序列进行分析,为中药材茜草的分子鉴定提供依据。方法提取中药材茜草及其近缘种的DNA,对叶绿体基因psb A-trn H序列扩增和测序,计算物种种内、种间Kimura 2-parameter（K2P... 目的通过对中药材茜草及其近缘种（易混品）的psb A-trn H基因序列进行分析,为中药材茜草的分子鉴定提供依据。方法提取中药材茜草及其近缘种的DNA,对叶绿体基因psb A-trn H序列扩增和测序,计算物种种内、种间Kimura 2-parameter（K2P）遗传距离。采用最近距离、相似性搜索、构建Neighbor-joining（NJ）系统聚类树3种方法进行鉴定分析。结果 psb A-trn H分子系统树支持中药材茜草不同居群样本聚为一单系分支,支持率为65%;中药材茜草与其近缘种psb A-trn H序列的种间遗传距离为0.00751~0.19338,远大于中药材茜草种内遗传距离0~0.00372。结论叶绿体基因psb A-trn H序列可以快速准确鉴别中药材茜草。 展开更多

关键词 PSBA-TRNH 茜草 分子鉴定 NJ系统树

原文传递

耐热真菌的分类鉴定及rDNA-ITS系统发育分析 被引量：5

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作者 梁茵 王芳 +1 位作者 李安娜 李多川 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期542-550,共9页

分别从山东、山西、河北、陕西、河南、云南、江西、海南、新疆、内蒙古、甘肃、广州等地实地采集堆肥、培养料、草堆等标本600多份,分离鉴定出耐热真菌28种,其中包括2个中国新记录种,沙生梭孢壳Thielavia arenaria和丰孢木霉Trichoderm... 分别从山东、山西、河北、陕西、河南、云南、江西、海南、新疆、内蒙古、甘肃、广州等地实地采集堆肥、培养料、草堆等标本600多份,分离鉴定出耐热真菌28种,其中包括2个中国新记录种,沙生梭孢壳Thielavia arenaria和丰孢木霉Trichoderma saturnisporum,其余26个为中国已知种。在形态分类的基础上,对所分离鉴定的28株耐热真菌及购买的3株耐热真菌,进行rDNA-ITS序列测定,所测序列片段长度为554-895bp。将所测的31个和从GenBank下载的15个耐热真菌的rDNA-ITS序列构建NJ系统发育树,该树较好地显示了耐热真菌的系统进化关系,有力地支持了形态学的观点。 展开更多

关键词 高温真菌 中国新记录种 NJ系统发育树

原文传递

含岩白菜素药用植物DNA条形码的鉴定研究 被引量：8

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作者 韦雅露 张雁春 +2 位作者 李秋娥 沈柯 周嘉裕 《华西药学杂志》 CAS CSCD 2021年第1期44-50,共7页

目的评价以ITS2和psbA-trnH序列作为DNA条形码对含有岩白菜素药用植物的鉴定。方法采集了9份含有岩白菜素和13份不含岩白菜素的药用植物样本,扩增所有样品的ITS2与psbA-trnH序列,并从Gen Bank下载含岩白菜素和不含岩白菜素药用植物的ITS... 目的评价以ITS2和psbA-trnH序列作为DNA条形码对含有岩白菜素药用植物的鉴定。方法采集了9份含有岩白菜素和13份不含岩白菜素的药用植物样本,扩增所有样品的ITS2与psbA-trnH序列,并从Gen Bank下载含岩白菜素和不含岩白菜素药用植物的ITS2与psbA-trnH序列,计算种间和种内遗传距离,并构建NJ系统进化树评价序列的鉴定能力。结果所有样本的ITS2序列和psbA-trnH序列的扩增及测序成功率都为100%,含岩白菜素药用植物的ITS2序列的种间遗传距离为0.6455,远大于种内遗传距离(0.0384)。ITS2与psbA-trnH均能鉴定含有岩白菜素与不含有岩白菜素药用植物,但ITS2在鉴定不同科的含有岩白菜素药用植物的效率优于psbA-trnH序列。结论以ITS2序列为主,psbA-trnH序列为辅的DNA条形码组合可用于含岩白菜素药用植物的鉴定,为含岩白菜素的药用植物种质资源的整理、标准化与保护等提供了有效的基础数据。 展开更多

关键词 岩白菜素 ITS2序列 psbA-trnH序列 DNA条形码 分子鉴定 NJ系统进化树 种间遗传距离 种内遗传距离

原文传递

基于高通量GBS-SNP标记分析比较4种石斛的差异和亲缘关系 被引量：5

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作者 叶梅荣 王晓鹏 周玉丽 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2022年第1期193-201,共9页

本研究以黄石斛(Dendrobium catenatum Lindl.)作为参考基因组,用GBS-SNP标记比较分析4种石斛(霍山石斛,铁皮石斛,细茎石斛,梵净山石斛)的差异和亲缘关系,以期为这4种石斛的研究提供参考。结果表明:4种石斛每个样本产生的clean reads值... 本研究以黄石斛(Dendrobium catenatum Lindl.)作为参考基因组,用GBS-SNP标记比较分析4种石斛(霍山石斛,铁皮石斛,细茎石斛,梵净山石斛)的差异和亲缘关系,以期为这4种石斛的研究提供参考。结果表明:4种石斛每个样本产生的clean reads值分别为1390262、1286162、1380009、1170337;每个样本的单核苷酸多态性位点(SNP)数目分别为1507746、893333、1364605和1227006个;Admixture软件分析遗传结构显示:最佳的K值是2时,铁皮石斛聚为一支,其余石斛聚为一支;而当K=3时,铁皮石斛聚为一支,部分霍山石斛与细茎石斛、梵净山石斛聚为一支,另一部分霍山石斛聚为一支;K=4时,分为4支,铁皮石斛聚为一支,细茎石斛与梵净山石斛聚为一支,霍山石斛被分为两支,这结果与邻接NJ树相似;主成分分析(PCoA)显示91个石斛样本被分为三支,铁皮石斛聚为一支,霍山石斛聚为一支,细茎石斛和梵净山石斛聚为一支。根据本研究结果揭示铁皮石斛与其余3种石斛亲缘关系较远,细茎石斛与梵净山石斛亲缘关系较近,霍山石斛可被分为两大支,其中一支霍山石斛与细茎石斛、梵净山石斛亲缘关系较近。本研究证实了GBS产生高通量SNP可应用于不同种石斛或其他不同种植物的亲缘关系鉴定。 展开更多

关键词 单核苷酸多态性 石斛 Clean reads 邻接树

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