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基于TCGA及Oncomine数据库挖掘TMEM164在肝细胞癌中的表达及临床意义
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作者 冯豆 张洪 +2 位作者 宋玲 谭佳杰 向玉玲 《生物医学工程与临床》 CAS 2023年第1期97-104,共8页
目的TMEM164是TMEM家族的一员,实验基于肿瘤基因组图谱(TCGA)和Oncomine数据库评估了TMEM164在肝细胞癌中表达及临床意义。方法从GDC Data Portal网站(https://portal.gdc.cancer.gov/)下载424例HCC的RNA表达谱和临床病理参数资料。其... 目的TMEM164是TMEM家族的一员,实验基于肿瘤基因组图谱(TCGA)和Oncomine数据库评估了TMEM164在肝细胞癌中表达及临床意义。方法从GDC Data Portal网站(https://portal.gdc.cancer.gov/)下载424例HCC的RNA表达谱和临床病理参数资料。其中肝细胞癌(HCC)组织374例,癌旁正常组织50例。借助Oncomine数据库进一步扩大样本量,验证TCGA数据库分析结果是否正确。采用Kaplan-Meier曲线和Cox回归分析TMEM164表达与患者预后的相关性,并进行基因集富集分析(GSEA),探讨其潜在作用机制。结果TMEM164在HCC组织中表达量显著高于癌旁正常组织(P<0.001);TMEM164表达水平与HCC患者的Stage分期和T分期均显著相关(P<0.05);生存分析显示TMEM164高表达患者总生存率显著低于低表达患者(P<0.01);单因素及多因素Cox回归分析结果表明TMEM164高表达可能作为HCC患者预后的独立指标。GSEA表明TMEM164可能通过调控mTOR、ERBB等通路进而调控细胞周期、凋亡、自噬及RNA降解等参与HCC的进程,此外TMEM164还可能作用于与免疫相关的信号通路。结论TMEM164在肝细胞癌中高表达,与患者预后不良相关,可能成为HCC患者的预后标志物及潜在治疗靶点。 展开更多
关键词 TMEM164 肝细胞癌 肿瘤基因组图谱(TCGA) oncomine数据库 肿瘤标志物 基因集富集分析(GSEA)
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基于Oncomine数据库分析ARID5B基因在卵巢癌中的表达意义及血根碱的干预研究 被引量:5
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作者 杨艳 殷雪琴 +2 位作者 倪娜 张琴 杨丽华 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期539-543,共5页
目的:通过挖掘Oncomine数据库中的相关数据,分析ARID5B基因在卵巢癌中的表达及临床意义,并探讨血根碱对卵巢癌细胞中ARID5B基因的干预作用。方法:收集Oncomine数据库中关于ARID5B研究的信息,对其在卵巢癌的水平变化进行荟萃分析,采用Kap... 目的:通过挖掘Oncomine数据库中的相关数据,分析ARID5B基因在卵巢癌中的表达及临床意义,并探讨血根碱对卵巢癌细胞中ARID5B基因的干预作用。方法:收集Oncomine数据库中关于ARID5B研究的信息,对其在卵巢癌的水平变化进行荟萃分析,采用Kaplan-Meier法分析ARID5B水平与卵巢癌患者生存时间之间的关系,探讨其临床意义。卵巢癌SKOV3细胞,分为对照组和血根碱组,48小时后提取总RNA,用全基因芯片检测基因表达谱,筛选差异基因,探讨血根碱对卵巢癌SKOV3细胞ARID5B基因表达的影响。结果:分析Oncomine数据库中收集的卵巢癌和正常卵巢组织ARID5B基因水平的13项研究数据,发现卵巢癌组织中ARID5B基因的表达显著低于正常卵巢组织(P<0.05)。通过生存分析发现低表达ARID5B基因的卵巢癌患者无病生存期(PFS)、总生存期(OS)明显长于高表达者,高表达患者的预后更差(P<0.05)。血根碱显著上调卵巢癌SKOV3细胞ARID5B基因表达丰度,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:ARID5B基因在卵巢癌组织中呈现低表达,其表达丰度与卵巢癌患者预后呈负相关,该基因可能是血根碱干预卵巢癌细胞的一个靶点。 展开更多
关键词 卵巢癌 ARID5B oncomine数据库 血根碱
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Oncomine数据库在肿瘤研究中的应用 被引量:3
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作者 王海军 陈秋月 宋娜 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1051-1057,共7页
Oncomine是目前世界上最大的癌基因芯片数据库和综合数据挖掘平台之一,该数据库整合了GEO、TCGA和已发表文献来源的RNA和DNA-seq数据。数据库目前含有715个基因表达数据集(datasheet)、86 733个人体肿瘤组织和正常组织样本的信息,且有... Oncomine是目前世界上最大的癌基因芯片数据库和综合数据挖掘平台之一,该数据库整合了GEO、TCGA和已发表文献来源的RNA和DNA-seq数据。数据库目前含有715个基因表达数据集(datasheet)、86 733个人体肿瘤组织和正常组织样本的信息,且有新的数据不断更新。Oncomine数据库囊括的肿瘤类型有19种,包括:膀胱癌、脑/中枢神经系统肿瘤、乳腺癌、宫颈癌、结直肠癌、食管癌、胃癌、头/颈肿瘤、肾癌、白血病、肝癌、肺癌、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、肉瘤。本文就如何利用Oncomine数据库,进行肿瘤组织中癌基因表达差异性分析以及基因共表达分析、癌基因在肿瘤组织中的表达及拷贝数分析、多组研究数据集的荟萃分析(metaanalysis)、以及癌基因表达与患者生存率关系等进行分析。通过该数据库可以对肿瘤癌基因进行研究前的筛查,有利于发现新的肿瘤生物标记物或治疗靶点,为临床科学研究奠定一定的理论基础。 展开更多
关键词 oncomine数据库 癌基因 基因表达与分析
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基于Oncomine数据库及生物信息学方法挖掘FAM20C在宫颈癌中的表达及作用机制
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作者 王卉 李广 刘国炳 《肿瘤药学》 CAS 2021年第5期570-576,共7页
目的通过深度挖掘Oncomine数据库中的基因信息,分析FAM20基因家族在宫颈癌中的表达及其作用机制。方法通过Oncomine数据库查找有关于FAM20基因家族的研究信息,并对其在宫颈癌中的表达进行初步分析,根据分析结果,在Oncomine数据库中摘录... 目的通过深度挖掘Oncomine数据库中的基因信息,分析FAM20基因家族在宫颈癌中的表达及其作用机制。方法通过Oncomine数据库查找有关于FAM20基因家族的研究信息,并对其在宫颈癌中的表达进行初步分析,根据分析结果,在Oncomine数据库中摘录所选取的FAM20家族成员在宫颈癌中的生存信息,使用GraphPad Prism软件进行生存分析,根据结果探讨其临床意义,发现FAM20基因家族中仅FAM20C基因对宫颈癌患者的生存率有意义,再使用TCGA数据库对FAM20C基因在宫颈癌中的表达及生存信息进行验证。用cBioPortal分析FAM20C基因相关蛋白功能及途径富集,通过String构建FAM20C基因的相关蛋白网络图,分析蛋白富集的生理过程。结果在Oncomine数据库中共收集33项FAM20家族成员在肿瘤组织及正常组织中表达差异的研究。对不同成员进一步分析发现,FAM20B、FAM20C在宫颈癌中的表达存在差异(P<0.05)。对FAM20B及FAM20C基因在Oncomine数据库中的表达情况及生存数据做进一步分析,发现FAM20C高表达时患者生存率降低(P<0.05),与TCGA数据库所验证的结果大体相同。通过Genecards数据库收集到FAM20C相关蛋白DMP1、AMELX、AMBN、MEPE、ENAM、FGF23、AMTN、SPP1、AHSG,主要富集于牙齿及骨组织的发育调控、柱状上皮细胞的分化调控以及细胞黏附过程。结论 FAM20C基因可通过影响肿瘤细胞的迁移和侵袭,对宫颈癌患者的生存产生影响。同时,靶向FAM20C基因可能是宫颈癌潜在的诊断和治疗方法。 展开更多
关键词 宫颈癌 FAM20基因家族 oncomine数据库 计算生物学
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以TTK在胶质母细胞瘤中表达为例浅谈Oncomine数据库在教学中的应用
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作者 赵中华 李绵利 +1 位作者 陈绍水 贾瑞 《中国高等医学教育》 2019年第10期84-85,共2页
Oncomine数据库是目前全球最大的癌症基因芯片数据库和整合数据挖掘平台。在医学教学中,可应用此数据库进行基因差异表达分析,探索基因表达同临床病理因素的关系。文章以TTK在胶质母细胞瘤中的表达和临床意义为例,应用Oncomine数据库和R... Oncomine数据库是目前全球最大的癌症基因芯片数据库和整合数据挖掘平台。在医学教学中,可应用此数据库进行基因差异表达分析,探索基因表达同临床病理因素的关系。文章以TTK在胶质母细胞瘤中的表达和临床意义为例,应用Oncomine数据库和R2数据库进行数据挖掘,比较TTK mRNA表达量在胶质母细胞瘤和配对正常脑组织中的表达差异,探索TTK表达高低在胶质母细胞瘤患者中的预后意义,为教学中应用Oncomine数据库挖掘肿瘤基因数据提供良好的范例。 展开更多
关键词 oncomine数据库 医学教学 TTK 胶质母细胞瘤
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基于Oncomine数据库分析RAB31在胃癌中的表达和意义
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作者 李晟 余超 +1 位作者 程元光 文刚 《消化肿瘤杂志(电子版)》 2019年第4期346-351,共6页
目的探讨RAB31基因在胃癌中的表达及及其临床意义。方法通过Oncomine数据库检索并分析RAB31基因在胃癌的各项研究中的表达情况。利用Kaplan-Meier Plotter对患者进行生存周期分析。结果Oncomine数据库中共收集了455个不同肿瘤类型的研... 目的探讨RAB31基因在胃癌中的表达及及其临床意义。方法通过Oncomine数据库检索并分析RAB31基因在胃癌的各项研究中的表达情况。利用Kaplan-Meier Plotter对患者进行生存周期分析。结果Oncomine数据库中共收集了455个不同肿瘤类型的研究结果,关于RAB31表达有统计学差异的结果共有78项,其中RAB31表达增高的研究有56项,表达降低的研究有22项。共有6项研究涉及RAB31在胃癌组织和在正常组织的表达,共包括458个样本,与对照组相比,RAB31在胃癌组织中高表达且差异具有统计学意义。利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析RAB31表达对胃癌患者生存时间的影响发现,和低表达组相比,RAB3高表达组的胃癌患者的总生存时间显著降低且差异具有统计学意义。结论RAB31基因在胃癌组织中高表达,且表达水平与患者预后相关。 展开更多
关键词 RAB31 胃癌 oncomine数据库
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基于Oncomine数据库的数据挖掘在头颈鳞状细胞癌研究中的应用实例 被引量:2
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作者 房娟 宋晶晶 +3 位作者 马达 王艳琼 周芳静 王智 《国际口腔医学杂志》 CAS 2014年第6期647-651,共5页
目的利用Oncomine数据库结合自身样本验证,获取靶分子钙调蛋白在头颈鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达信息。方法利用Oncomine数据库挖掘钙调蛋白在HNSCC中转录水平的变化,采用反转录聚合酶链反应、免疫印迹技术在本地区小样本队列中验证其转... 目的利用Oncomine数据库结合自身样本验证,获取靶分子钙调蛋白在头颈鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达信息。方法利用Oncomine数据库挖掘钙调蛋白在HNSCC中转录水平的变化,采用反转录聚合酶链反应、免疫印迹技术在本地区小样本队列中验证其转录及蛋白表达水平。结果钙调蛋白在Oncomine数据库大多数HNSCC队列中呈现转录水平的高表达,少部分呈现低表达;本地区样本结果显示,钙调蛋白在转录及蛋白表达水平均呈现高表达。结论 Oncomine数据库大样本量数据的挖掘并结合本地区样本的验证,能迅速准确地获取钙调蛋白在HNSCC中表达的相关信息,为后续的深入研究奠定基础。 展开更多
关键词 oncomine数据库 钙调蛋白 头颈鳞状细胞癌
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基于Oncomine数据库及生物信息学方法挖掘UBE2C基因在卵巢癌中的表达及作用机制 被引量:1
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作者 殷雪琴 倪娜 +2 位作者 张琴 冷天艳 杨丽华 《天津医药》 CAS 北大核心 2019年第6期609-612,共4页
目的通过深度挖掘Oncomine数据库中的基因信息,分析泛素结合酶E2C(UBE2C)在卵巢癌中的表达及作用机制。方法收集Oncomine数据库中关于UBE2C研究的信息,对其在卵巢癌的表达水平变化进行分析。采用Kaplan-Meier法分析UBE2C表达水平与卵巢... 目的通过深度挖掘Oncomine数据库中的基因信息,分析泛素结合酶E2C(UBE2C)在卵巢癌中的表达及作用机制。方法收集Oncomine数据库中关于UBE2C研究的信息,对其在卵巢癌的表达水平变化进行分析。采用Kaplan-Meier法分析UBE2C表达水平与卵巢癌患者生存之间的关系,探讨其临床意义。应用Genecards数据库收集与UBE2C基因相关的蛋白,并通过STRING绘制UBE2C相关蛋白网络图,分析蛋白富集的生理过程。结果在Oncomine数据库中共收集14项关于卵巢癌和卵巢正常组织UBE2C基因有差异表达的研究,对其数据进行分析,发现卵巢癌组织中UBE2C基因的表达显著高于卵巢正常组织(P<0 .05)。通过Kaplan-Meier生存分析发现高表达UBE2C基因的卵巢癌患者无病生存期、总生存期明显短于低表达者,低表达患者的预后更好(P<0 .05)。通过Genecards数据库收集到与UBE2C相关的蛋白有RLIM、CBX4、 SIAH2等25个,其相关蛋白富集分析结果显示主要富集在泛素依赖蛋白的分解代谢过程、蛋白质分解代谢过程、蛋白质泛素化、有丝分裂细胞周期中泛素-蛋白连接酶活性的调控、有丝分裂细胞周期的调节、细胞周期等生理过程。结论 UBE2C基因可能通过调节蛋白泛素化过程在卵巢癌发生、发展中发挥作用,高表达时提示卵巢癌患者预后不良,靶向UBE2C可能是一个潜在的肿瘤诊断和治疗工具。 展开更多
关键词 卵巢肿瘤 泛素缀合酶类 计算生物学 UBE2C基因 oncomine数据库
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Oncomine数据库的申请及基因信息挖掘 被引量:2
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作者 李瑞华 田国祥 +3 位作者 郭晓娟 李豹 张军 吕军 《中国循证心血管医学杂志》 2019年第7期774-777,共4页
近年来,蛋白组学、转录组学、高通量测序技术得到飞速发展,在肿瘤研究领域产生了大量的基因组学数据。Oncomine数据库是目前最丰富的癌基因芯片数据库,也是肿瘤研究领域中的经典数据库。Oncomine数据库可进行癌基因信息的整合数据挖掘,... 近年来,蛋白组学、转录组学、高通量测序技术得到飞速发展,在肿瘤研究领域产生了大量的基因组学数据。Oncomine数据库是目前最丰富的癌基因芯片数据库,也是肿瘤研究领域中的经典数据库。Oncomine数据库可进行癌基因信息的整合数据挖掘,可分析肿瘤组织和正常组织中的差异表达基因,进行基因共表达分析及靶基因与肿瘤临床指标的相关性分析等,直接生成可视化图片结果,其高效能的分析能力和大量储存样本保证分析结果具有极大的参考价值。Oncomine数据库对广大研究者开放,本文旨在对该数据库的申请方式及基因信息挖掘方法进行介绍。 展开更多
关键词 oncomine数据库 基因信息 肿瘤
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基于Oncomine数据库分析Pygopus2基因在乳腺癌组织中的表达及其临床意义 被引量:3
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作者 李开国 王茹月 +1 位作者 杨晓慧 曲颂 《中国癌症防治杂志》 CAS 2018年第6期449-453,共5页
目的探讨Pygopus2(PYGO2)基因在乳腺癌组织中的表达及临床意义。方法收集Oncomine数据库中关于PYGO2的信息,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析PYGO2与乳腺癌患者预后的关系。结果 Oncomine数据库中共收集了45项研究(包括3 730个样本)... 目的探讨Pygopus2(PYGO2)基因在乳腺癌组织中的表达及临床意义。方法收集Oncomine数据库中关于PYGO2的信息,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析PYGO2与乳腺癌患者预后的关系。结果 Oncomine数据库中共收集了45项研究(包括3 730个样本)涉及PYGO2在乳腺癌组织和正常组织中表达的比较。与正常组织相比,PYGO2在乳腺癌组织中高表达(P<0.05)。PYGO2高表达组乳腺癌患者的总体生存率(HR=0.69,95%CI:0.51~0.95,P=0.021)、无复发生存率(HR=0.60,95%CI:0.51~0.70,P<0.001)以及无远处转移生存率(HR=0.61,95%CI:0.43~0.87,P=0.005)均优于低表达组。结论 PYGO2在乳腺癌组织中高表达,且与乳腺癌患者不良预后有关,可能是评估乳腺癌患者预后的潜在生物标志物。 展开更多
关键词 乳腺癌 Pygopus2 oncomine数据库 Kaplan-Meier Plotter数据库
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基于Oncomine数据库分析电压门控钠离子通道α、β亚基的表达与结直肠癌的联系 被引量:1
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作者 吴文涛 张超琦 +2 位作者 祁松 甘玲佶 刘岩峰 《沈阳药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期71-76,共6页
目的基于使用Oncomine数据库中的数据挖掘功能,研究不同类型的结直肠癌患者样本中α、β亚基的表达情况,以及α、β亚基的表达与结直肠癌患者分级、分期、预后之间的关系。方法利用Oncomine数据库,查找在结直肠癌细胞中电压门控钠离子... 目的基于使用Oncomine数据库中的数据挖掘功能,研究不同类型的结直肠癌患者样本中α、β亚基的表达情况,以及α、β亚基的表达与结直肠癌患者分级、分期、预后之间的关系。方法利用Oncomine数据库,查找在结直肠癌细胞中电压门控钠离子通道全部亚基信息,选取符合筛选条件芯片个数最多的3个基因,分别为SCN4B、SCN2B、SCN9A,对其在结直肠癌中的作用进行荟萃分析,分级分期及预后分析。结果 Oncomine数据库对于SCN4B的表达数据中,8个结果有统计学差异,且均为低表达(P <0. 001)。相比结肠腺癌分级Ⅰ期,分级Ⅱ期和Ⅲ期SCN4B的表达水平均显著降低(P <0. 05)。在结直肠腺癌Ⅲ期SCN4B的表达水平低于Ⅱ期(P=0. 029)。SCN2B表达有统计学差异的研究结果有7个,均为低表达(P <0. 001)。结直肠腺癌分期Ⅲ期SCN2B的表达水平显著低于分期Ⅱ期。(P=0. 008)。SCN2B低表达的患者在术后1年及3年的复发率较高(P <0. 05)。SCN9A表达有统计学差异的研究结果有6个,亦均为低表达(P <0. 01)。结论初步得出SCN4B、SCN2B、SCN9A mRNA在多种结直肠癌亚型中低表达。在某些特定分级和分期的结肠腺癌中,SCN4B的表达水平有差异。SCN2B的表达在结肠腺癌某些特定分期中存在差异,且与结肠腺癌术后患者1年3年预后有关。这三个基因有可能成为治疗肿瘤的重要突破口,有助于对癌症的发生机制与预后监测的研究提出新思路。 展开更多
关键词 oncomine数据库 结直肠癌 电压门控钠离子通道
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基于Oncomine数据库分析SLC16A1基因在口腔癌等头颈癌中的表达和预后 被引量:1
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作者 张倩 唐镇 《南昌大学学报(医学版)》 CAS 2018年第4期10-14,43,共6页
目的研究SLC16A1基因在口腔癌等头颈癌中的表达并进行相关肿瘤预后分析。方法挖掘Oncomine数据库中口腔癌等头颈癌中SLC16A1基因相关数据,并进行生存分析。结果 Oncomine数据库中SLC16A1基因癌组织/正常组织表达量分析结果共有442个,在... 目的研究SLC16A1基因在口腔癌等头颈癌中的表达并进行相关肿瘤预后分析。方法挖掘Oncomine数据库中口腔癌等头颈癌中SLC16A1基因相关数据,并进行生存分析。结果 Oncomine数据库中SLC16A1基因癌组织/正常组织表达量分析结果共有442个,在癌组织中显著高表达99个,低表达30个。其中21个分析结果显示SLC16A1在头颈癌组织(包括6个口腔癌组织分析结果)中显著高表达,低表达的分析结果为0。通过Oncomine数据集生存分析表明,在头颈癌中SLC16A1的表达量与预后存在明显正相关,且SLC16A1表达量越高,总体生存越好。结论 SLC16A1基因可能是一种肿瘤抑制基因,可为后续深入研究提供线索,为肿瘤药物的开发提供参考。 展开更多
关键词 头颈癌 口腔癌 oncomine数据库 SLC16A1 生存分析
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基于TCGA和Oncomine数据库子宫内膜癌生物信息学分析 被引量:1
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作者 段红桃 潘勇 《中国医药导报》 CAS 2022年第6期16-20,共5页
目的通过TCGA和Oncomine数据库对子宫内膜癌进行生物信息学分析,深入挖掘子宫内膜癌发生关键基因。方法从TCGA数据库中下载子宫内膜癌转录组数据,利用R软件对子宫内膜癌与癌旁正常组织进行比较,获取差异表达基因,进一步通过在线生物信... 目的通过TCGA和Oncomine数据库对子宫内膜癌进行生物信息学分析,深入挖掘子宫内膜癌发生关键基因。方法从TCGA数据库中下载子宫内膜癌转录组数据,利用R软件对子宫内膜癌与癌旁正常组织进行比较,获取差异表达基因,进一步通过在线生物信息学工具对差异表达基因进行功能富集分析,并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape软件对PPI网络进行筛选获取Hub基因。进一步在Oncomine数据库进行meta分析,获取关键基因。结果共挖掘子宫内膜癌差异表达基因1897个,其中上调1085个,下调812个,进一步对其进行功能富集分析,通过在线生物信息学工具构建PPI网络,前10位Hub基因,分别是CDC20、CCNB1、BUB1、CCNB2、DLGAP5、TPX2、NCAPG、NCAPH、CENPF和CDCA8。通过Oncomine数据库对Hub基因进行meta分析,最终获得5个关键基因分别是BUB1、TPX2、NCAPH、CENPF和CDCA8。结论基于TCGA和Oncomine数据库,获取子宫内膜癌关键基因,将为子宫内膜癌诊断、治疗及预后的研究提供新的思路。 展开更多
关键词 TCGA数据库 oncomine数据库 子宫内膜癌 生物信息学分析 关键基因
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基于Oncomine数据库分析电压门控钠离子通道α、β亚基在肺癌中的表达及预后意义 被引量:1
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作者 回顾 张超琦 +2 位作者 梁玘欣 王亮东 刘岩峰 《沈阳药科大学学报》 CSCD 北大核心 2017年第9期776-782,共7页
目的通过对Oncomine数据库的数据挖掘,分析不同类型肺癌患者样本中α、β亚基的表达及预后意义。方法检索Oncomine数据库中关于电压门控钠离子通道的所有亚基信息,筛选出Ⅰ型钠通道α亚基(voltage-gated sodium channel,typeⅠ,alpha su... 目的通过对Oncomine数据库的数据挖掘,分析不同类型肺癌患者样本中α、β亚基的表达及预后意义。方法检索Oncomine数据库中关于电压门控钠离子通道的所有亚基信息,筛选出Ⅰ型钠通道α亚基(voltage-gated sodium channel,typeⅠ,alpha subunit,SCN1A)、Ⅳ型钠通道α亚基(voltage-gated sodium channel,typeⅣ,alpha subunit,SCN4A)及Ⅳ型钠通道β亚基(voltage-gated sodium channel,typeⅣ,beta subunit,SCN4B)符合条件,并对数据库中的资料进行二次分析,对其在肺癌中的作用进行荟萃分析。结果在Oncomine数据库中关于SCN1A表达有统计学差异的研究结果有6个,SCN1A表达降低的研究有6个(P<0.01)、表达升高的研究无。SCN4A表达有统计学差异的研究结果有4个,SCN4A低表达的研究4个(P<0.05)、高表达的研究无。SCN4B表达有统计学差异的研究结果有5个,SCN4B低表达的研究5个(P<0.01)、高表达的研究无。SCN1A和SCN4B低表达的患者1年内生存率较高,5年内复发率较低,预后较差。SCN4A低表达的患者术后3年内生存率较高,且5年内复发率较低,预后较好。结论初步提出SCN1A mRNA在腺癌(adenocarcinoma,AC)、大细胞癌(large cell carcinoma,LCC)与鳞状细胞癌(squamous cell carcinoma,SCC)组织中低表达,SCN4A mRNA在AC、SCC、肺类癌(lung carcinoid tumor,LCT)与小细胞肺癌(smallcell lung cancer,SCLC)组织中低表达,SCN4B mRNA在AC、LCC与SCC组织中低表达,这些基因可能成为肿瘤药物的重要靶点和肿瘤标记物,并且帮助分析癌症的发生机制与预后监测。 展开更多
关键词 oncomine数据库 肺癌 电压门控钠离子通道
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基于癌症基因组图谱和Oncomine数据库膀胱尿路上皮癌生物信息学分析 被引量:3
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作者 瞿根义 汤乘 +4 位作者 徐勇 柳成孟 阳光 段红桃 向茂林 《疑难病杂志》 CAS 2020年第8期823-827,共5页
目的通过癌症基因组图谱(TCGA)和Oncomine数据库深入挖掘膀胱尿路上皮癌发生的关键基因。方法从TCGA数据库中下载膀胱尿路上皮癌RNA测序数据,利用R软件对膀胱尿路上皮癌与癌旁正常组织进行比较,获取差异表达基因,结合用于基因注释、可... 目的通过癌症基因组图谱(TCGA)和Oncomine数据库深入挖掘膀胱尿路上皮癌发生的关键基因。方法从TCGA数据库中下载膀胱尿路上皮癌RNA测序数据,利用R软件对膀胱尿路上皮癌与癌旁正常组织进行比较,获取差异表达基因,结合用于基因注释、可视化和集成发现的数据库(DAVID)和功能蛋白协作网络(STRING)中的在线生物信息学工具,对差异表达基因进行功能富集分析和调控网络分析,并构建蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络,进一步利用Cytoscape软件中的Cytohubba进行关键(Hub)基因筛选。通过Oncomine数据库对Hub基因进行Meta分析,获取关键基因。结果共筛选出膀胱尿路上皮癌差异表达基因1650个,其中表达上调基因565个,表达下调基因1085个,通过分析后获取PPI网络中前10位Hub基因,分别是GNG7、GNG11、BDKRB2、BDKRB1、NMUR1、NPSR1、CHRM5、TACR2、TAC1和TACR1。通过Oncomine数据库对Hub基因进行Meta分析,最终获得1个关键基因为TACR1。结论基于TCGA和Oncomine数据库,获取膀胱尿路上皮癌关键基因TACR1,将为膀胱尿路上皮癌诊断、治疗及预后的研究提供新的思路。 展开更多
关键词 癌症基因组图谱数据库 oncomine数据库 膀胱尿路上皮癌 生物信息学分析 关键基因
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基于Oncomine数据库分析SOX4基因在黏液纤维肉瘤中的表达及预后生存
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作者 李二亮 王文己 +1 位作者 韩兴文 牛文静 《兰州大学学报(医学版)》 CAS 2020年第6期78-82,共5页
目的研究SOX4基因在黏液纤维肉瘤(MFS)中的表达,分析生存预后。方法利用Oncomine数据库的基因检索和荟萃分析功能,查找和分析MFS中SOX4基因表达的数据,分析生存评估。结果Oncomine数据库中有462个SOX4基因表达。通过缺失分析,在保留的... 目的研究SOX4基因在黏液纤维肉瘤(MFS)中的表达,分析生存预后。方法利用Oncomine数据库的基因检索和荟萃分析功能,查找和分析MFS中SOX4基因表达的数据,分析生存评估。结果Oncomine数据库中有462个SOX4基因表达。通过缺失分析,在保留的数据中,SOX4基因在MFS中高表达。生存分析显示SOX4基因表达与MFS呈显著负相关关系。结论分析SOX4基因在MFS中的表达,可能是MFS的致癌基因,为针对SOX4基因在MFS中的新型治疗,提供并加强了靶向性。 展开更多
关键词 SOX4 黏液纤维肉瘤 oncomine数据库 生存分析
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基于Oncomine数据库分析COL5A2基因在胰腺癌中的表达及其临床意义 被引量:4
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作者 李萍 刘怡茜 《生物技术通讯》 CAS 2020年第4期461-466,共6页
目的:探讨COL5A2基因在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:收集Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL5A2的信息,对目前数据库中的资料进行二次分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,利用Kaplan-Meier Plotte... 目的:探讨COL5A2基因在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:收集Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL5A2的信息,对目前数据库中的资料进行二次分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析COL5A2与胰腺癌患者预后的关系。结果:Oncomine数据库中共收集了417项不同类型的研究,其中COL5A2高表达有75项研究,低表达有3项研究。共有7项研究涉及COL5A2在胰腺癌组织与正常组织中的表达,包括178例样本,与正常组织相比,COL5A2在胰腺癌组织中高表达(P<0.05)。NCBI/GEO Profiles数据库分析同样发现COL5A2在胰腺癌组织中高表达(P<0.05),与达沙替尼(dasatinib)敏感细胞株相比,达沙替尼耐药细胞株中COL5A2表达升高,进一步分析发现TGF-β处理48 h后COL5A2表达升高。Kaplan-Mei⁃er Plotter数据库分析表明COL5A2高、低表达组胰腺癌患者的总体生存率(OS)无统计学差异(HR=1.45,95%CI:0.96~2.18,P=0.077),但高表达组胰腺癌患者的无复发生存率(RFS)明显差于低表达组(HR=4.13,95%CI:1.46~11.72,P=0.0045)。结论:基于Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库分析发现COL5A2在胰腺癌组织高表达,且与胰腺癌患者的无复发生存及达沙替尼耐药性密切相关,有望成为胰腺癌诊断和治疗的重要靶标。 展开更多
关键词 胰腺癌 COL5A2 oncomine数据库 NCBI/GEO Profiles数据库 Kaplan-Meier Plotter数据库
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基于Oncomine数据库研究钙黏附蛋白11基因在胃癌中的表达及意义 被引量:2
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作者 余超 李晟 +2 位作者 曾永庆 程元光 何磊 《安徽医药》 CAS 2022年第2期356-359,共4页
目的研究钙黏附蛋白11(Cadherin11,CDH11)基因在胃癌中的表达并探讨其表达差异与预后的关系。方法通过Oncomine数据库探索CDH11在胃癌中的表达变化;应用在线数据库及分析工具“the Kaplan Meier plotter”(KM plotter)数据库探索CDH11... 目的研究钙黏附蛋白11(Cadherin11,CDH11)基因在胃癌中的表达并探讨其表达差异与预后的关系。方法通过Oncomine数据库探索CDH11在胃癌中的表达变化;应用在线数据库及分析工具“the Kaplan Meier plotter”(KM plotter)数据库探索CDH11在胃癌的预后评判价值。结果Oncomine数据库中共有445个涉及不同种类类型肿瘤的研究结果。其中有66项研究结果关于CDH11表达差异有统计学意义(P<0.05),59项研究结果显示CDH11的表达增高,7项研究结果显示CDH11的表达降低。共有85项研究,8个数据子集涉及CDH11在胃癌和正常组织中的表达,共478个样本,均显示CDH11在胃癌中的表达较正常组织明显增高。另外,KM plotter数据库的分析显示CDH11水平与胃癌病人的总生存时间呈负相关。结论与正常组织比较,CDH11的表达水平在胃癌组织中明显增高,且与胃癌病人生存预后相关,CDH11有望成为胃癌靶向治疗药物的重要靶点。 展开更多
关键词 钙黏着糖蛋白类 胃肿瘤 oncomine数据库 钙黏附蛋白11 Kaplan-Meier plotter数据库
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基于Oncomine数据库分析ENO1在卵巢癌中的表达及其预后价值
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作者 张涛红 熊莉莉 +3 位作者 王小伟 王伟红 刘英 安瑞芳 《海南医学院学报》 CAS 2019年第18期1405-1409,共5页
目的:拟探讨α-烯醇化酶(α-enolase,ENO1)在卵巢癌中的表达及其预后意义。方法:收集Oncomine数据库中关于ENO1的信息,并对目前数据库中资料进行二次分析,对其在卵巢癌中的作用进行荟萃分析,同时利用Kaplan-Meier Plotter进行卵巢癌患... 目的:拟探讨α-烯醇化酶(α-enolase,ENO1)在卵巢癌中的表达及其预后意义。方法:收集Oncomine数据库中关于ENO1的信息,并对目前数据库中资料进行二次分析,对其在卵巢癌中的作用进行荟萃分析,同时利用Kaplan-Meier Plotter进行卵巢癌患者生存分析。结果:Oncomine数据库中共有14项研究涉及ENO1在卵巢癌组织和正常组织中的表达,共包括1 001个样本。与对照组相比,ENO1在卵巢癌组织中高表达(P<0.05)。高表达ENO1的卵巢癌患者总体生存率较高,而低表达ENO1的卵巢癌患者预后较差(P<0.05)。进一步亚组分析发现,ENO1表达水平对浆液性卵巢癌患者预后有显著影响,而在子宫内膜样卵巢癌患者中,其表达水平对预后无显著影响(P<0.05)。结论:通过对Oncomine基因芯片数据库中肿瘤相关基因信息的深入挖掘,发现ENO1在卵巢癌中高表达,且与卵巢癌的预后有关,可作为肿瘤预后标志物及替代药物治疗的新靶点。 展开更多
关键词 卵巢癌 oncomine数据库 α-烯醇化酶(ENO1) 总体生存率 Kaplan-Meier Plotter数据库
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基于Oncomine数据库研究PDE4D基因在卵巢癌中的表达及血根碱的调控作用
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作者 邓玥 邹丹 +1 位作者 Touna Abdelkerim Barh 杨丽华 《昆明医科大学学报》 CAS 2022年第3期1-6,共6页
目的通过深度挖掘Oncomine数据库中PDE4D在卵巢癌的研究数据,分析PDE4D基因在卵巢癌中的表达变化,并进行细胞实验研究血根碱对卵巢癌细胞中PDE4D基因表达的影响。方法PharmMapper数据库查询与血根碱药效基团匹配的作用靶点,收集Oncomin... 目的通过深度挖掘Oncomine数据库中PDE4D在卵巢癌的研究数据,分析PDE4D基因在卵巢癌中的表达变化,并进行细胞实验研究血根碱对卵巢癌细胞中PDE4D基因表达的影响。方法PharmMapper数据库查询与血根碱药效基团匹配的作用靶点,收集Oncomine数据库PDE4D在卵巢癌中的研究数据,进一步分析PDE4D在卵巢癌中的表达变化。将卵巢癌SKOV3和A2780细胞分成对照组和血根碱组,CCK8和RTqPCR法分别检测血根碱对卵巢癌A2780、SKOV3细胞增殖及PDE4D mRNA表达的影响。结果PDE4D是与血根碱药效基团匹配的作用靶点。Oncomine数据库中共查询到6项正常卵巢组织和卵巢癌组织PDE4D基因的研究,且PDE4D在不同类型的卵巢癌组织中均呈高表达(P<0.05)。细胞实验表明,与对照组相比,血根碱组卵巢癌A2780、SKOV3细胞增殖被明显抑制,PDE4D mRNA表达降低,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论卵巢癌组织中PDE4D基因呈高表达,血根碱抑制卵巢癌细胞生长可能与下调PDE4D表达相关。 展开更多
关键词 卵巢癌 PDE4D oncomine数据库 血根碱
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