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建立检测猕猴三磷酸腺苷结合盒转运蛋白G2的mRNA相对表达水平的RT-qPCR方法
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作者 林小瑞 张铭润 +5 位作者 王陈芸 周玮 叶尤松 龙维虎 李哲丽 唐东红 《实验动物科学》 2024年第2期35-40,共6页
目的本研究旨在建立一种实时荧光定量PCR方法,用于检测猕猴三磷酸腺苷结合盒转运蛋白G2(adenosine triphosphate-binding cassette transporter protein G2,ABCG2)mRNA的基因转录水平。方法使用NCBI上GenBank数据库猕猴(Macaca mulatta)... 目的本研究旨在建立一种实时荧光定量PCR方法,用于检测猕猴三磷酸腺苷结合盒转运蛋白G2(adenosine triphosphate-binding cassette transporter protein G2,ABCG2)mRNA的基因转录水平。方法使用NCBI上GenBank数据库猕猴(Macaca mulatta)的ABCG2核苷酸序列号NM_001032919.1及内参GAPDH核苷酸序列号NM_001195426.1,借助Primer premier 5.0软件设计PCR引物。提取猕猴新鲜肾组织的总RNA,并反转录合成cDNA。接着,利用PCR引物进行实时荧光定量PCR扩增,并根据反应体系中荧光的变化情况定量分析ABCG2的mRNA相对表达水平。结果PCR产物测序结果显示,扩增的ABCG2和GAPDH核苷酸序列与NCBI上猕猴的序列同源性分别为90.91%和91.14%。ABCG2和GAPDH的扩增效率均达到80%~120%,实时荧光定量PCR标准曲线的熔解曲线为单峰,R2接近1。结论本研究建立的检测猕猴ABCG2 mRNA实时荧光定量检测方法,为研究高尿酸血症的发病机制以及新药开发奠定基础。 展开更多
关键词 猕猴 实时荧光定量pcr 三磷酸腺苷结合盒转运蛋白G2
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基于核酸适配体的SYBR Green I qPCR法检测鳗弧菌(Vibrio anguillarum)
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作者 谭英 赵玲敏 +5 位作者 翁齐彪 黄力行 鄢庆枇 黄将远 白月 郑江 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期942-950,共9页
鳗弧菌(Vibrio anguillarum)可感染鲈鱼、鳗鲡等多种水产养殖动物,是水产养殖中的重要病原菌,对其进行快速检测是病害防控的基础。利用鳗弧菌与其核酸适配体间较强的亲和特异性,通过核酸适配体来识别、结合鳗弧菌,然后以结合的核酸适配... 鳗弧菌(Vibrio anguillarum)可感染鲈鱼、鳗鲡等多种水产养殖动物,是水产养殖中的重要病原菌,对其进行快速检测是病害防控的基础。利用鳗弧菌与其核酸适配体间较强的亲和特异性,通过核酸适配体来识别、结合鳗弧菌,然后以结合的核酸适配体为模板,进行SYBR Green I实时荧光定量PCR(qPCR)扩增,通过Ct值来定量检测鳗弧菌的浓度,从而建立了鳗弧菌的适配体-qPCR定量检测方法。从特异性、标准曲线、灵敏度、重复性和应用效果对该方法进行分析,表明该方法具有很强的特异性,能特异性地扩增鳗弧菌,且对哈维氏弧菌、溶藻弧菌、变形假单胞菌、大肠杆菌、嗜水气单胞菌和迟钝爱德华氏菌均无扩增;在10^(3)~10^(11) CFU/L的检测范围内有较好的线性关系,可用于鳗弧菌的定量检测;同时,该方法有较高的灵敏度和稳定性,其最低检测限为10^(3) CFU/L,组内和组间变异系数分别小于0.17%和1.98%;最后采用该方法对鱼体组织样品进行了应用检测,证明了该方法具有较好的可行性和应用性,可用于水产品或食品中鳗弧菌的定量检测。 展开更多
关键词 鳗弧菌 核酸适配体 实时荧光定量pcr 检测限
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牛呼吸疾病综合征七病原联合检测多重qPCR方法的建立 被引量:3
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作者 徐恩红 祁明普 +5 位作者 项志杰 胡长敏 陈颖钰 陈建国 陈曦 郭爱珍 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期38-47,共10页
为了提高牛呼吸疾病综合征多病原混合感染的临床诊断效率,以牛支原体(Mycoplasma bovis,M.b)oppD/F基因、多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,P.m)ompH基因、溶血性曼氏杆菌(Mannheimia haemolytica,M.h)gcp基因、牛传染性鼻气管炎病... 为了提高牛呼吸疾病综合征多病原混合感染的临床诊断效率,以牛支原体(Mycoplasma bovis,M.b)oppD/F基因、多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,P.m)ompH基因、溶血性曼氏杆菌(Mannheimia haemolytica,M.h)gcp基因、牛传染性鼻气管炎病毒(infectious bovine rhinotracheitis virus,IBRV)gB基因、牛呼吸道合胞体病毒(bovine respiratory syncytial virus,BRSV)以及牛副流感病毒(bovine parainfluenza virus type,BPIV) 3型a和c基因型(BPIV-3a,-3c)的N基因等为检测靶标,分别设计特异性引物和Taqman探针,通过优化反应条件,采用3管7联的组合方式建立了7种病原体的多联实时荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法仅对本试验的7种病原有特异性反应,与其他常见病原无交叉反应。对M.b、P.m、M.h、IBRV、BRSV、BPIV-3a和BPIV-3c质粒标准品的最低检测限分别为102、102、101、102、102、102和101拷贝/μL。组内变异系数小于2.5%,组间变异系数小于5.5%。平行应用该方法和常规PCR方法对临床采集的115份有呼吸道症状牛的鼻拭子进行检测,P.m阳性率36.65%,M.b阳性率27.83%,M.h阳性率25.22%,IBRV阳性率11.30%,BPIV-3c阳性率8.57%,BRSV阳性率0.95%;其中混合感染率为26.1%。共检测到11种混合感染模式,主要由M.b与其他病原体的混合感染,占72.7%(8/11);M.b/P.m混合感染的检出率最高,占60%(18/30);M.b、P.m、M.h在混合感染中出现率排前三,其占比分别为73.3%(22/30)、73.3%(22/30)和43.3%(13/30);其次为IBRV,占26.7%(8/30);BPIV-3c占13.3%(4/30)。以上结果表明,该方法具有较高的分析敏感性和特异性,可用于牛呼吸疾病综合征多病原感染的联合检测。 展开更多
关键词 多联实时荧光定量pcr方法 牛呼吸疾病综合征 混合感染 牛支原体 多杀性巴氏杆菌 牛溶血性曼氏杆菌 多病原联合检测
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鸭坦布苏病毒TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 陈平平 嵇辛勤 +5 位作者 阮涌 王晗晗 罗晓宇 安而立 龙丹丹 段志强 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第10期75-80,共6页
为了建立一种有效、快速、准确的鸭坦布苏病毒(DTMUV)TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,本试验针对NCBI发布的DTMUV E基因保守序列设计特异性引物和探针,建立qPCR反应体系。通过制备的标准质粒建立标准曲线,评估该方法的特异性... 为了建立一种有效、快速、准确的鸭坦布苏病毒(DTMUV)TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,本试验针对NCBI发布的DTMUV E基因保守序列设计特异性引物和探针,建立qPCR反应体系。通过制备的标准质粒建立标准曲线,评估该方法的特异性、敏感性和重复性,并使用该方法对临床样本进行检测。结果显示,所建立的标准曲线相关系数为0.999 5,有良好的线性关系;该方法可特异检测DTMUV;对标准质粒的最低检测限为2.72×10^(2) copies/μL,是普通PCR的100倍;CT值组内变异系数为0.97%~1.32%,组间变异系数为1.24%~1.79%;人工感染DTMUV的20份鸭胚成纤维细胞样本以及12份人工攻毒2 d的雏鸭脾脏组织样本和12份泄殖腔棉拭子样本阳性率为100%(44/44);疑似感染的12份活鸭泄殖腔棉拭子阳性率为25.00%(3/12),14份病死鸭脾脏组织样本阳性率为28.57%(4/14)。结果表明,本试验建立的TaqMan探针qPCR方法有良好的敏感性、准确性和重复性,能特异检测DTMUV,适用于临床快速检测,为DTMUV的分子流行病学调查和临床疾病诊断提供了技术支撑。 展开更多
关键词 鸭坦布苏病毒(DTMUV) TAQMAN探针 实时荧光定量pcr(qpcr)
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花生制品中金黄色葡萄球菌SYBR Green qPCR快检方法的评价研究
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作者 赵萍 陈飞 周家宏 《南京师范大学学报(工程技术版)》 CAS 2023年第2期69-76,共8页
金黄色葡萄球菌是花生及其制品中常见的一种食源性致病菌,针对金黄色葡萄球菌的快速检测方法对实现花生及其制品中的食品安全防控有重要意义.根据金黄色葡萄球菌的耐热核酸酶基因(nuc)设计了3对特异性引物,同时优化了退火温度,成功建立... 金黄色葡萄球菌是花生及其制品中常见的一种食源性致病菌,针对金黄色葡萄球菌的快速检测方法对实现花生及其制品中的食品安全防控有重要意义.根据金黄色葡萄球菌的耐热核酸酶基因(nuc)设计了3对特异性引物,同时优化了退火温度,成功建立了一种特异性引物的SYBR Green实时荧光定量PCR(qPCR)快速检测方法,进一步对该方法的特异性、重现性及灵敏度进行了验证.以8种模拟污染花生加工产品为实验对象,对该方法与荧光定量PCR试剂盒-探针法及商品化Baird-Parker干粉培养基法进行了评价研究.结果表明,建立的SYBR Green qPCR快速检测方法特异性和重现性良好,最低检测限为8.99 copies/μL,其灵敏度比荧光定量PCR试剂盒-探针法高2个数量级.SYBR Green qPCR快速检测方法具有成本低、检测快速、特异性好、灵敏度高的优点,可用于花生及其制品中金黄色葡萄球菌的快速检测,也可为防控其他食品中的金黄色葡萄球菌污染提供参考. 展开更多
关键词 金黄色葡萄球菌 花生制品 SYBR Green实时荧光定量pcr 快速检测 评价研究
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齿兰环斑病毒RT-qPCR检测方法的建立 被引量:1
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作者 徐匆 黄皓 +3 位作者 黄晓彦 陈彦 李昀哲 郑芝波 《贵州农业科学》 CAS 2023年第4期86-92,共7页
【目的】针对齿兰环斑病毒(Odontoglossum ringspot virus,ORSV)建立快速、有效检测方法,对于保障兰花规模化生产有重要意义。【方法】以齿兰环斑病毒为材料,根据NCBI上已登录的齿兰环斑病毒外壳蛋白(coat protein,cp)基因序列分析其序... 【目的】针对齿兰环斑病毒(Odontoglossum ringspot virus,ORSV)建立快速、有效检测方法,对于保障兰花规模化生产有重要意义。【方法】以齿兰环斑病毒为材料,根据NCBI上已登录的齿兰环斑病毒外壳蛋白(coat protein,cp)基因序列分析其序列保守区,使用Primer Premier 5.0设计反转录荧光定量PCR引物及TaqMan荧光探针,建立检测齿兰环斑病毒的一步法RT-qPCR。构建齿兰环斑病毒cp基因克隆质粒,并以该质粒作为标准品进行荧光定量PCR标准曲线测定;以齿兰环斑病毒、建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CymMV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)的病毒RNA为模板进行一步法RT-qPCR特异性检测;以10倍倍比稀释的cp基因质粒为模板进行灵敏性检测;用该法对大田18个兰花样品进行齿兰环斑病毒感染情况监测。【结果】齿兰环斑病毒一步法RT-qPCR检测法仅检出齿兰环斑病毒阳性模板,其余模板检测结果为阴性,说明检测方法具有特异性;该方法能够检测到的齿兰环斑病毒cp基因最低拷贝数为130;大田兰花样品感染齿兰环斑病毒的检出率为100%。【结论】一步法RT-qPCR是一种特异性强、灵敏度高,且适合监测实际生产过程中兰花感染齿兰环斑病毒情况的检测方法。 展开更多
关键词 兰花 齿兰环斑病毒(ORSV) 反转录-荧光定量pcr(RT-qpcr) 外壳蛋白(cp)基因
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葡萄浆果内坏死病毒RT-q PCR检测技术建立及其在葡萄砧木中的时空分布规律
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作者 张英 原青云 +3 位作者 任芳 胡国君 范旭东 董雅凤 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第14期2771-2780,共10页
【背景】葡萄浆果内坏死病毒(grapevine berry inner necrosis virus,GINV)是近年来在中国报道的一种正单链RNA病毒,该病毒发生普遍且危害严重。高灵敏的检测技术是病毒田间监测和无病毒苗木培育的关键。【目的】建立灵敏度较高的GINV... 【背景】葡萄浆果内坏死病毒(grapevine berry inner necrosis virus,GINV)是近年来在中国报道的一种正单链RNA病毒,该病毒发生普遍且危害严重。高灵敏的检测技术是病毒田间监测和无病毒苗木培育的关键。【目的】建立灵敏度较高的GINV逆转录实时荧光定量PCR(reverse transcription real-time quantitative PCR,RT-qPCR)检测体系;明确不同葡萄砧木对GINV的敏感性;明确GINV在寄主植株中的时空分布规律,为该病毒的监测预警提供技术支撑。【方法】根据GenBank已登录GINV的复制酶(replicase,RP)、移动蛋白(movement protein,MP)和外壳蛋白(coat protein,CP)基因保守序列设计6套引物,通过常规RT-PCR和RT-qPCR筛选特异性强、扩增效果好的引物。再通过对退火温度和引物浓度等反应条件的优化建立GINV的SYBR Green I染料法RT-qPCR检测体系,并进一步对该技术的灵敏度、特异性和田间适用性进行评价。将GINV接种到贝达、SO4、101-14、140R和1103P 5种葡萄砧木上进行症状观察和病毒检测,以筛选GINV敏感性较高的指示植物。基于所建立的RT-qPCR技术对接种GINV葡萄砧木的不同生长时期、不同部位样品进行GINV检测,从而明确GINV在不同葡萄砧木的时空分布规律。【结果】建立了GINV SYBR Green I染料法RT-qPCR检测技术体系,其最佳引物为GINVRPYGF2/R2,最佳引物浓度为300 nmol·L^(-1),最佳退火温度为58.4℃。该技术对GINV的检测特异性强,其检测灵敏度达常规RT-PCR的1 000倍。症状观察结果表明贝达感染GINV的症状最为严重,表现为叶片系统性坏死,而其他砧木叶片仅表现褪绿斑驳和环斑症状。RT-qPCR检测结果表明GINV在EL27时期(坐果期)的相对含量最高,5个品种间的病毒相对含量在EL12(花序分明期)和EL27时期间无显著差异,EL31时期(果实增大期)的贝达与SO4、101-14、140R和1103P的病毒相对含量存在显著差异;GINV的相对含量在不同组织部位存在较大差异,由高到低依次为下部叶片、上部叶片、上部茎秆、下部茎秆、根部。【结论】建立了灵敏度高、特异性强的GINV RT-qPCR检测方法,利用该方法明确了GINV在不同葡萄砧木的时空分布规律。 展开更多
关键词 葡萄浆果内坏死病毒 逆转录实时荧光定量pcr 葡萄砧木 时空分布
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一种山茶刺盘孢Colletotrichum camelliae实时荧光定量PCR快速检测方法的建立
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作者 张晓阳 程淑媛 +11 位作者 蒋军喜 陈艳 黄纪刚 刘爽 刘克东 邱慧芳 江武 叶茵 袁倩 余玉华 单崇蕾 刘家鑫 《生物灾害科学》 2024年第1期134-141,共8页
【目的】建立一种快速检测茶树炭疽病病原菌山茶刺盘孢(Colletotrichumcamelliae)的实时荧光定量PCR检测方法。【方法】以茶树炭疽病病原菌山茶刺盘孢(C. camelliae)为检测目标,根据刺盘孢属ApMat基因片段设计特异性引物,建立q PCR检测... 【目的】建立一种快速检测茶树炭疽病病原菌山茶刺盘孢(Colletotrichumcamelliae)的实时荧光定量PCR检测方法。【方法】以茶树炭疽病病原菌山茶刺盘孢(C. camelliae)为检测目标,根据刺盘孢属ApMat基因片段设计特异性引物,建立q PCR检测技术体系,验证引物特异性,测试反应的灵敏度,绘制标准曲线,并采集田间病叶测试检测效果。【结果】设计的四组引物对中,引物对CcF/CcR特异性最好,扩增效率最高;用于定量检测C. camelliae的灵敏度为10 pg/μL,DNA浓度的对数(X)与Ct值(Y)之间的线性关系为Y=-3.529 6X+36.938(R^(2)=0.9957,E=92.01);该体系检测C.camelliae溶解曲线对应的特异峰值Tm为(85.5±0.5)℃;用该体系在人工接种C. camelliae的病斑组织和田间病叶中检测到了C. camelliae的存在。【结论】建立的q PCR反应体系可特异性定量检测C. camelliae,并可应用于田间病害的早期诊断。 展开更多
关键词 茶炭疽病 山茶刺盘孢 实时荧光定量pcr 快速检测
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猫传染性腹膜炎病毒实时荧光定量PCR(冻干型)检测方法的建立
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作者 柯丽婷 宋丹丹 +5 位作者 王菲 侯广争 曹鹏程 丁艳磊 刘琪琦 范云鹏 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第10期61-67,共7页
为了建立一种灵敏度高、无需冷链运输、操作简便的猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)检测方法,本试验以FIPV的N基因序列为靶基因,进行体外转录制备阳性参考品;筛选特异性引物和探针;对反应体系和条件进行优化;筛选适宜的冻干保护剂并对本试验方... 为了建立一种灵敏度高、无需冷链运输、操作简便的猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)检测方法,本试验以FIPV的N基因序列为靶基因,进行体外转录制备阳性参考品;筛选特异性引物和探针;对反应体系和条件进行优化;筛选适宜的冻干保护剂并对本试验方法的特异性、灵敏度和重复性进行评估;对冻干体系进行稳定性试验,预测室温条件下的有效期;利用本试验方法和商品试剂盒对临床采集的11份确诊FIPV感染病料进行检测,对比二者检出率;绘制接受者操作特征(ROC)曲线,计算曲线下面积,评估本试验方法的诊断效果,计算Cut off值。结果显示,本试验方法可特异性检出FIPV;最低检测限为43 copies/mL;组内和组间重复试验变异系数分别为0.12%~1.67%和0.03%~1.62%;室温有效期至少可达567 d;本试验方法的检出率为100%,市售试剂盒的检出率为91%;ROC曲线下面积为1,Cut off值为39.40。结果表明,本试验建立的FIPV实时荧光定量PCR(冻干型)检测方法具有灵敏度高,方便运输且易于贮藏的优势,可为FIPV的临床检测和流行病学调查提供技术支持。 展开更多
关键词 猫传染性腹膜炎(FIP) N基因 TAQMAN 实时荧光定量pcr(RT-qpcr) 冻干体系
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DGGE和qPCR联用定量分析环境样品中优势菌群 被引量:4
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作者 付小花 李艳丽 +1 位作者 乐毅全 王磊 《实验技术与管理》 CAS 北大核心 2012年第9期45-47,50,共4页
精确定量环境样品中特定微生物类群的数量对阐明环境生物治理/修复过程中微生物的功能和效应具有重要意义。该文以土壤样品为例,将PCR-DGGE技术与定量PCR(qPCR)技术联用,定量检测样品中优势微生物类群数量。方法:抽提样品DNA,针对16SrDN... 精确定量环境样品中特定微生物类群的数量对阐明环境生物治理/修复过程中微生物的功能和效应具有重要意义。该文以土壤样品为例,将PCR-DGGE技术与定量PCR(qPCR)技术联用,定量检测样品中优势微生物类群数量。方法:抽提样品DNA,针对16SrDNA进行PCR-DGGE分析,明确样品中的优势菌群;再根据特定优势菌群的基因序列设计适合的定量引物,通过针对特定优势菌群的定量PCR分析,得到样品中优势菌群的数量信息。该方法灵敏度高、重复性好,并且无需培养,最大限度地保持了样品原始群落信息。 展开更多
关键词 优势菌群 定量检测 DGGE 定量pcr(qpcr)
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基于PMA-qPCR检测青枯菌5号生理小种活菌的方法 被引量:8
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作者 曹梦琪 王旭东 +2 位作者 王俊 盛晟 吴福安 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期1004-1010,共7页
青枯菌5号生理小种(Ralstonia solanacearum race 5)是引发桑青枯病的病原菌。为了改进常规PCR方法不能对活体病原菌进行准确鉴别和定量分析的不足,建立叠氮溴化丙锭(PMA)预处理结合荧光定量PCR(q PCR)检测青枯菌5号生理小种活菌的方法... 青枯菌5号生理小种(Ralstonia solanacearum race 5)是引发桑青枯病的病原菌。为了改进常规PCR方法不能对活体病原菌进行准确鉴别和定量分析的不足,建立叠氮溴化丙锭(PMA)预处理结合荧光定量PCR(q PCR)检测青枯菌5号生理小种活菌的方法。该方法首先将待检测样品的病原菌细胞用质量浓度为15 ng/μL的PMA暗孵育10 min后,在卤钨灯下曝光5min,以消除死菌细胞DNA的PCR扩增信号。用PMA-q PCR方法对含青枯菌5号生理小种活菌和死菌的混合样本的检测结果表明,死菌的存在不会对活菌细胞DNA的扩增产生影响。建立的PMA-q PCR标准曲线显示,在菌液浓度为103~107CFU/m L的范围内,qPCR循环阈值(Ct)与菌液浓度的对数值之间呈良好的线性关系,线性方程为y=-3.477x+47.489,R^2=0.997。建立的PMA-q PCR方法能更为准确地检测复杂样本中的青枯菌5号生理小种活菌数量,有助于对桑树青枯病的早期诊断和及时制定病害防控措施。 展开更多
关键词 桑树青枯病 青枯菌5号生理小种 叠氮溴化丙锭 荧光定量pcr 活细胞
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转基因大豆中外源基因g10evo-epsps的qPCR检测方法的建立和验证 被引量:1
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作者 徐晓丽 纪艺 +4 位作者 陈笑芸 王鹏飞 缪青梅 来勇敏 徐俊锋 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期110-116,共7页
耐除草剂基因g10evo-epsps在我国转基因农作物研发中常常被用作目标性状基因或筛选标记基因,因此可作为转基因成分检测的重要筛查基因,但目前缺少相应的检测方法。本研究旨在建立g10evo-epsps基因特异性的实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法... 耐除草剂基因g10evo-epsps在我国转基因农作物研发中常常被用作目标性状基因或筛选标记基因,因此可作为转基因成分检测的重要筛查基因,但目前缺少相应的检测方法。本研究旨在建立g10evo-epsps基因特异性的实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,从而为转基因大豆的监测提供一种稳定可靠的方法体系。本研究基于转基因大豆中的g10evo-epsps基因序列设计了qPCR检测引物和探针,并对检测方法的特异性、灵敏度、准确度和精确性进行了实验室内验证。结果显示,建立的g10evo-epspsqPCR检测方法能够特异性检测转基因大豆ZUTS-33中的g10evo-epsps目的基因;标准曲线分析表明,3次重复试验的扩增效率在90%以上,R2均大于0.99;方法的检测限(LOD)为不高于8拷贝,定量限(LOQ)推测为16拷贝;对含量为4.5%、2%、0.5%、0.09%和0.045%的转基因大豆ZUTS-33基因组DNA进行准确度分析,发现该方法测定的平均值和预期值之间的偏差为0.00%~11.11%,3次重复试验的RSDr为2.30%~17.10%。结果表明本研究建立的g10evo-epsps qPCR检测方法能够满足转基因大豆筛查检测的要求,为转基因大豆监管和标识提供技术支撑。 展开更多
关键词 大豆 转基因成分检测 耐除草剂基因g10evo-epsps 实时荧光定量pcr(qpcr)
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环境水体中肠道感染菌群与几种典型致病菌的QPCR检测及相关性分析 被引量:1
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作者 张爱宁 刘丽 +1 位作者 史艳丹 刘永军 《生态科学》 CSCD 2011年第4期426-430,共5页
利用定量PCR(QPCR)方法,对环境水体中的肠道感染菌群及几种致病菌进行4个月的连续检测。结果表明:在污染严重的水体中,埃希氏大肠菌(E.coli)是水中肠道感染菌群的主体,其强度接近于用通用引物检测出的肠道感染菌群强度。当肠道感染菌群... 利用定量PCR(QPCR)方法,对环境水体中的肠道感染菌群及几种致病菌进行4个月的连续检测。结果表明:在污染严重的水体中,埃希氏大肠菌(E.coli)是水中肠道感染菌群的主体,其强度接近于用通用引物检测出的肠道感染菌群强度。当肠道感染菌群拷贝数超过10~4copies·100 mL^(-1)时,沙门氏菌(S.typhrmurium)和志贺氏痢疾杆菌(Shigella flexneri)也持续被检出,可以认为是水体病原污染的标志之一;在轻度污染和清洁水体中,当肠道感染菌群拷贝数低于10~4copies·100 mL^(-1)时,通过通用引物检测到的肠道感染菌群主要是上述3种病原细菌以外的细菌,且3种病原细菌的出现频度和强度与肠道感染菌群之间没有明显的相关性。 展开更多
关键词 地表水 肠道感染菌群 病原细菌 定量pcr(qpcr) 相关性
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常规PCR与实时荧光定量PCR(qPCR)技术敏感性比较 被引量:3
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作者 郭文涛 徐爱玲 +6 位作者 加洛 冯建萍 米宝玉 周奎章 李千 吴海生 栗冬梅 《青海畜牧兽医杂志》 2020年第1期7-9,共3页
对70匹采自青海省海南藏族自治州兴海县和贵南县喜马拉雅旱獭体表寄生蚤2科3属3种,包括斧形盖蚤(Callopsylla dolabris)、谢氏山蚤(Oropsyllasilantiewi)、人蚤(Pulex irritans)进行巴尔通体检测,并对11个阳性样品进行常规PCR和实时荧... 对70匹采自青海省海南藏族自治州兴海县和贵南县喜马拉雅旱獭体表寄生蚤2科3属3种,包括斧形盖蚤(Callopsylla dolabris)、谢氏山蚤(Oropsyllasilantiewi)、人蚤(Pulex irritans)进行巴尔通体检测,并对11个阳性样品进行常规PCR和实时荧光定量PCR(qPCR)的敏感性比较。通过常规PCR反应产物和qPCR反应产物琼脂糖凝胶电泳分析,发现qPCR检测敏感性高于常规PCR。此项技术的应用将对巴尔通体感染的早期快速诊断、监测和流行病学调查等研究提供有效方法。 展开更多
关键词 实时荧光定量pcr(qpcr) 巴尔通体 蚤类 青海
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Luminex RVP与qPCR的对比及Luminex平台PCR产物污染的处理 被引量:1
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作者 乔金平 戴梦缘 +3 位作者 吴丹丹 彭丽朵 费广鹤 徐元宏 《安徽卫生职业技术学院学报》 2018年第6期97-99,102,共4页
目的:与qPCR对比,评估Luminex RVP试剂盒的检测效能。探讨Luminex平台的PCR产物污染的处理。方法:使用RVP检测了100例咽拭子,并对三种病毒用qPCR检测其中20例标本。采用实验排查了Luminex平台的PCR产物污染源,并针对会出现污染的各环节... 目的:与qPCR对比,评估Luminex RVP试剂盒的检测效能。探讨Luminex平台的PCR产物污染的处理。方法:使用RVP检测了100例咽拭子,并对三种病毒用qPCR检测其中20例标本。采用实验排查了Luminex平台的PCR产物污染源,并针对会出现污染的各环节制定了预防措施。结果:RVP与qPCR结果一致。该研究的Luminex PCR产物污染是由于PCR扩增部分的一个组份被污染,换成新试剂后得以解决。结论:RVP和qPCR结果一致。总结了PCR产物污染的防治策略,再次出现污染时可采用上述方法进行排查。 展开更多
关键词 呼吸道病毒检测 LUMINEX RVP试剂盒 qpcr pcr产物污染
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不同诱导条件下的VBNC状态副溶血弧菌的PMA-qPCR定量检测及其呼吸活性分析 被引量:3
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作者 刘羽霏 方祥 +2 位作者 廖振林 王丽 钟青萍 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第20期215-221,共7页
定量检测不同诱导条件下的活的非可培养(viable but non-culturable,VBNC)状态副溶血弧菌的变化情况,并对VBNC菌的呼吸活性进行分析。采用叠氮溴化丙锭(propidium monoazide,PMA)与荧光定量聚合酶链式反应(fluorescence quantitative po... 定量检测不同诱导条件下的活的非可培养(viable but non-culturable,VBNC)状态副溶血弧菌的变化情况,并对VBNC菌的呼吸活性进行分析。采用叠氮溴化丙锭(propidium monoazide,PMA)与荧光定量聚合酶链式反应(fluorescence quantitative polymerase chain reaction,q PCR)结合的技术(PMA-q PCR)定量检测副溶血弧菌活菌数。结合激光扫描共聚焦显微镜和流式细胞仪优化传统CTC(5-cyano-2,3-ditolyl tetrazolium chloride)呼吸检测法对VBNC状态的副溶血弧菌进行分析。结果表明PMA-q PCR检测技术结合平板计数的方法,可用于定量检测副溶血弧菌诱导过程中活菌数和可培养菌数的变化情况,并利用差值测定出VBNC细胞的浓度。在不同的温度、Na Cl含量和氯霉素含量的诱导条件下,副溶血弧菌在其中的7种条件下在60 d内进入了VBNC状态。VBNC细胞终浓度最低为5.75×10~2 CFU/m L,最高为1.70×10~5 CFU/m L。在细胞呼吸实验中,采用CTC与4’,6-二脒基-2-苯基吲哚(4’,6-diamidino-2-phenylindole,DAPI)双染法能在激光扫描共聚焦显微镜下清晰地观察到VBNC细胞表面的红色荧光,有效区分死活细胞。同时利用流式细胞仪能够根据荧光强度快速区分呼吸活性呈阴性和阳性的细胞。本研究为VBNC细菌的检测和生理特性的研究提供了新的思路和依据。 展开更多
关键词 副溶血弧菌 活的非可培养(VBNC)状态 PMA-qpcr 流式细胞仪 激光扫描共聚焦显微镜
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抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体特异性定量PCR检测方法的建立及其标准化
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作者 李允静 肖芳 +5 位作者 武玉花 李俊 高鸿飞 翟杉杉 梁晋刚 吴刚 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第13期2443-2460,共18页
【目的】抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5已获得中国进口加工原料安全证书,建立一种特异、准确、灵敏的抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体特异性实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,为抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5在中... 【目的】抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5已获得中国进口加工原料安全证书,建立一种特异、准确、灵敏的抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体特异性实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,为抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5在中国的安全监管提供精准测量技术。【方法】首先利用Beacon designer 8.0软件对抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体5′端旁侧序列设计18对引物探针,结合1对罗萨里奥农业生物技术学院公司提供的引物探针,随后采用qPCR技术对引物探针进行特异性筛选,遴选出1对候选引物探针;设置实时荧光定量PCR的引物/探针浓度梯度,优化qPCR方法的反应体系;设置不同类型的特异性测试样品测试方法的特异性;以纯合抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5基因组DNA作为标准样品,梯度稀释成标准溶液模板,绘制标准曲线,考察qPCR方法的线性动态范围,配置拷贝数比值为5%、1%和0.1%的测试样品,评价定量方法的准确性;配置拷贝数比值为0.05%和0.025%的样品,测试方法的检出限;拷贝数比值为0.1%的样品经16次定量测试,确定方法的定量限;最终确定抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体特异性实时荧光定量PCR检测方法的关键技术参数。8家有资质单位对该定量PCR方法的特异性、检出限、定量限、准确性等进行验证,采用柯克伦法和格拉布斯法评估qPCR方法的重复性和再现性,利用线性最小二乘法对准确性样品测试结果的测量不确定度进行预评定。【结果】通过特异性筛查确定RBORD-F1/RBORD-R1/RBORD-P1引物探针为候选组合,建立了抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体特异性qPCR方法,扩增片段为138 bp,优化的反应体系引物终浓度为0.4μmol·L-1、探针终浓度为0.2μmol·L-1;IND-ØØ41Ø-5和Lectin标准曲线的线性动力学范围为33—83190 copies的基因组DNA,该方法可准确定量5%、1%和0.1%含量的IND-ØØ41Ø-5测试样品,偏差和相对标准偏差(RSD)均小于25%;确定检出限为0.05%、定量限为0.1%。8家实验室间联合验证该方法稳定性好、特异性强,检出限为0.05%,定量限为0.1%,且具备良好的实验室间重复性和再现性,经测量不确定度预评定后,获得5份抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5测试样品的测量结果分别为(0.10±0.02)%、(0.53±0.09)%、(1.05±0.18)%、(2.05±0.34)%和(5.18±0.87)%,结果准确可靠。【结论】成功建立了抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体特异性实时荧光定量PCR检测方法,能够实现抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5转化体成分的精准定量检测。 展开更多
关键词 转基因 抗逆大豆IND-ØØ41Ø-5 转化体特异性 实时荧光定量pcr
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基于SYBR Green Ⅰ的桑树皱叶病毒qPCR检测方法的建立及应用 被引量:2
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作者 孙鑫 张健 +1 位作者 杨磊 卢全有 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期140-145,共6页
根据桑树皱叶病毒(mulberry crinkle leaf virus,MCLV)cp基因的核苷酸序列,设计了3对用于实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)的引物,以含有cp基因全长序列的重组质粒为模板,通过PCR和熔解曲线分析筛选出1对适合用于qPCR... 根据桑树皱叶病毒(mulberry crinkle leaf virus,MCLV)cp基因的核苷酸序列,设计了3对用于实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)的引物,以含有cp基因全长序列的重组质粒为模板,通过PCR和熔解曲线分析筛选出1对适合用于qPCR的特异性引物。以10倍梯度稀释的含有cp基因全长序列的重组质粒为模板,进行SYBR GreenⅠqPCR并制作标准曲线,建立了MCLV的qPCR检测方法。该方法对MCLV cp基因的检测灵敏度≥47.8个拷贝/μL。利用建立的qPCR方法对大田样品进行检测,结果显示15个样品都为MCLV感染阳性,其中病毒含量最高的样品的病毒拷贝数为5.26×10^4个拷贝/μL,最低的样品为8.36×10^2个拷贝/μL。MCLV qPCR检测体系的建立可以为培育健康桑树种苗、预防病毒病的发生提供精准保障技术,也为研究桑树不同生长时期或不同组织中病毒滴度变化奠定了基础。 展开更多
关键词 桑树皱叶病毒 SYBR GreenⅠ 实时荧光定量pcr(qpcr) 检测 灵敏度
原文传递
EMA-qPCR检测空肠弯曲活菌方法研究 被引量:1
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作者 闻子钰 顾一心 +5 位作者 梁昊 王佳奇 鞠长燕 马艳萍 张茂俊 段永翔 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期821-825,共5页
目的建立一种快速定量检测食品中“活的”空肠弯曲菌的技术方案。方法通过对103 CFU/m^10^6CFU/mL的空肠弯曲菌进行叠氮溴化乙锭(EMA)的前处理研究,建立区分死菌与活菌的EMA前处理技术,与荧光定量PCR检测弯曲菌的方法相结合,建立EMA-qPC... 目的建立一种快速定量检测食品中“活的”空肠弯曲菌的技术方案。方法通过对103 CFU/m^10^6CFU/mL的空肠弯曲菌进行叠氮溴化乙锭(EMA)的前处理研究,建立区分死菌与活菌的EMA前处理技术,与荧光定量PCR检测弯曲菌的方法相结合,建立EMA-qPCR组合检测技术,并进行模拟食品标本的验证。结果空肠弯曲菌在103 CFU/mL^10^6CFU/mL内,EMA的最优使用浓度为5μg/mL,5μg/mL的EMA-qPCR可区分出死/活空肠弯曲菌混合物中的死菌和活菌,并成功应用于模拟食品标本中“活的”空肠弯曲菌的检测。结论EMA-qPCR可作为快速定量检测样本中“活的”空肠弯曲菌的方法。 展开更多
关键词 叠氮溴化乙锭(EMA) 荧光定量pcr(qpcr) 活菌 空肠弯曲菌
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基于qPCR检测方法的溺死诊断研究 被引量:3
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作者 余仲昊 徐曲毅 +7 位作者 肖成 李欢 吴伟斌 杜蔚安 赵建 刘宏 王慧君 刘超 《刑事技术》 2022年第3期252-260,共9页
目的针对水体中常见的硅藻、蓝藻和气单胞菌,设计相应引物,采用qPCR方法进行检测,验证该方法的特异性和检测灵敏度,并探讨其在溺死诊断中的应用价值。方法设计与溺死相关的浮游生物特异引物ND、UPA、CBR、AER、HLYA、rPOD;扩增20种浮游... 目的针对水体中常见的硅藻、蓝藻和气单胞菌,设计相应引物,采用qPCR方法进行检测,验证该方法的特异性和检测灵敏度,并探讨其在溺死诊断中的应用价值。方法设计与溺死相关的浮游生物特异引物ND、UPA、CBR、AER、HLYA、rPOD;扩增20种浮游生物标准株DNA以确定其特异性和灵敏度;检测38只实验兔的肺、肝、肾组织的样本,计算设计的6对引物扩增产物的总体检测阳性率,并与相应的硅藻电镜检验结果对比,验证所建立方法诊断溺死的有效性。结果ND、UPA两对引物能特异扩增硅藻属,CBR能特异扩增蓝藻属,AER、HLYA、rPOD能特异扩增气单胞菌属;以上6对引物扩增产物均能达到0.0001ng的检测灵敏度。实验兔的qPCR检测结果显示,16只溺死兔肺组织均为阳性,且分别有13例肝和14例肾呈阳性,总体诊断阳性14例,阳性率可达87.50%;16只死后浸泡兔和6只空白对照兔中,只有5例死后浸泡兔的肺组织检出阳性,其余皆为阴性。电镜结果显示,16只溺死兔的肺、肝、肾均为阳性,16只死后浸泡兔和6只空白对照兔中,只有5例死后浸泡兔的肺组织电镜检出硅藻阳性,其余皆为阴性,与qPCR结果相一致;经统计学分析,上述两种方法对38只实验兔的总体诊断结果差异没有统计学意义(P=0.49>0.05),对38只实验兔的所有肺、肝、肾样本检测的诊断阳性率差异没有统计学意义(P=0.29>0.05)。结论上述6对引物结合qPCR检测方法进行溺死诊断,具有较高的灵敏度,且特异性较好,具有良好的应用前景。 展开更多
关键词 法医学 溺死诊断 实时荧光定量pcr(qpcr) 硅藻 蓝藻 气单胞菌
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