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求解HP模型蛋白质折叠问题的改进PERM算法 被引量：7
1
作者 陈矛 黄文奇 吕志鹏 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2007年第9期1456-1461,共6页
pERM是一种用来求解基于HP模型的蛋白质折叠问题的高效算法.在介绍PERM算法核心思想的基础上,对影响算法效率的因素做了改进:重新定义了权重和权重预测公式,并对选择动作时不同情况下的权重计算公式进行了统一,得到了改进的PERM算法.对... pERM是一种用来求解基于HP模型的蛋白质折叠问题的高效算法.在介绍PERM算法核心思想的基础上,对影响算法效率的因素做了改进:重新定义了权重和权重预测公式,并对选择动作时不同情况下的权重计算公式进行了统一,得到了改进的PERM算法.对当前文献中的多个典型算例进行了测试,并与Monte Carlo算法和PERM进行了比较.结果表明,改进后的PERM算法在计算速度上比PERM有明显提高,在速度和优度上远高于Monte Carlo算法.特别是对链长为46的算例,找到了比文献中报道的结果能量更低的构形. 展开更多
关键词 NP难 蛋白质折叠 HP模型 增长型算法 perm算法
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求解蛋白质折叠构形预测问题的PERM改进算法 被引量：1
2
作者 黄文奇 崔茂林 《微计算机应用》 2004年第3期268-273,共6页
PERM算法用来求解蛋白质折叠构形预测问题具有非常高的效率。本文介绍了PERM算法的思想 ,并详细介绍了一种我们改进的PERM算法。
关键词 蛋白质折叠 NP HARD perm算法 HP格点模型 生物学 数学模型
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受限于平行界面之间高分子链力学行为的研究 被引量：1
3
作者 沈瑜 张朝云 章林溪 《高分子学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第2期108-113,共6页
采用PERM(pruned-enriched-rosenbluth method)算法,和简立方格点上的自避行走模型,研究了受限于平行界面之间的星型高分子链和线型高分子链的力学行为,并将两种结果进行了比较.模拟结果表明,如果界面对高分子链存在吸附作用,界面之间距... 采用PERM(pruned-enriched-rosenbluth method)算法,和简立方格点上的自避行走模型,研究了受限于平行界面之间的星型高分子链和线型高分子链的力学行为,并将两种结果进行了比较.模拟结果表明,如果界面对高分子链存在吸附作用,界面之间距离D的增大需要外力的作用;如果界面对链没有吸附作用,则D的增大是一个自发的过程,无需外力的作用.随着界面间距D的增大,通过计算星型链和线型链的均方回转半径〈S2〉和形状因子〈δ*〉,研究了链尺寸和形状的变化情况.另外,为了更细微地了解星型链和线型链的结构及力学行为,还研究了受限高分子链在平行界面之间的轨链(train)、环链(bridge)和尾链(tail). 展开更多
关键词 受限高分子链 平行界面 高分子链吸附 perm算法
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三维吸附紧密高分子单链的力学性质研究 被引量：1
4
作者 李明 章林溪 《高分子学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第4期343-348,共6页
采用PERM(pruned-enriched Rosenbluth method)算法,研究了吸附在界面附近的紧密高分子链力学行为.发现当界面的吸附能比较大时,紧密高分子链从紧贴于吸附界面到逐渐远离的过程中,其外形会经历4种典型的变化.同时紧密高分子链的尺寸大小... 采用PERM(pruned-enriched Rosenbluth method)算法,研究了吸附在界面附近的紧密高分子链力学行为.发现当界面的吸附能比较大时,紧密高分子链从紧贴于吸附界面到逐渐远离的过程中,其外形会经历4种典型的变化.同时紧密高分子链的尺寸大小如<R2>/N、<S2>xy/N、<S2>z/N,形状参数<δ*>,热力学性质如每个键的平均自由能A/N,平均相互作用能<U>/N等,甚至所受外力的大小都会同时做出相应的变化,其出现变化的位置也一致.特别是随着紧密高分子链离开吸附界面的过程中,作用于高分子链上的外力明显出现几个力学平台,这与实验得到的结果完全一致.同时还研究了弱吸附能的情况,在这种情况下实验是很难进行的. 展开更多
关键词 紧密高分子链吸附 力学性质 perm算法
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嫁接于平行板的受限紧密高分子链末端距分布函数的研究
5
作者 苏加叶 章林溪 《高分子学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第5期434-439,共6页
采用剪除增加Rosenbluth方法(Pruned-enriched-Rosenbluth method,PERM)算法计算了嫁接于平行板的受限紧密高分子链的末端距分布函数.由于受限紧密高分子链具有各向异性,重点研究了平行板方向x轴上的分布函数P(x),发现P(x)可以表示为ln[... 采用剪除增加Rosenbluth方法(Pruned-enriched-Rosenbluth method,PERM)算法计算了嫁接于平行板的受限紧密高分子链的末端距分布函数.由于受限紧密高分子链具有各向异性,重点研究了平行板方向x轴上的分布函数P(x),发现P(x)可以表示为ln[P(x)/Pm(x)]/ND-5/3=a0+a1u+a2u2+a3u3(其中u=x/ND-2/3).这里N为链长,Pm(x)为分布函数P(x)的最大值,两平行板的间距为D+1.通过计算P(x)的Shannon熵发现末端距分布函数P(x)的Shannon熵可以用来描述高分子链受限的程度,Shannon熵对平行板间距的变化非常敏感,对于同一链长N,P(x)的Shannon熵会随着D的增大而迅速减小,超过临界值Dc会趋向一个定值,即当D≥Dc时Shannon熵将趋于稳定,也说明了此时受限条件对紧密高分子链影响非常小.同时临界值Dc与链长N有关,Dc^Nλ,其中λ=0.543,并进行了一定的理论分析. 展开更多
关键词 受限紧密高分子链 末端距分布函数 Shannon熵 perm算法
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