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利用QTL-Seq结合分子标记定位粳稻垩白粒率控制位点qChalk8
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作者 杜彦修 孙文玉 +4 位作者 袁泽科 张倩倩 李富豪 李俊周 孙红正 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期665-671,共7页
[目的]垩白是影响稻米外观品质的重要性状。本研究旨在利用QTL-Seq和分子标记作图定位粳稻垩白粒率调控相关的QTL。[方法]利用高垩白粒率粳稻材料拉木加和低垩白粒率粳稻品种水晶3号构建F_(2)分离群体,将两份独立的F_(2)群体分别种植于... [目的]垩白是影响稻米外观品质的重要性状。本研究旨在利用QTL-Seq和分子标记作图定位粳稻垩白粒率调控相关的QTL。[方法]利用高垩白粒率粳稻材料拉木加和低垩白粒率粳稻品种水晶3号构建F_(2)分离群体,将两份独立的F_(2)群体分别种植于河南原阳和海南三亚,两个群体单株垩白粒率考种后分别选取极端个体混池进行QTL-Seq分析,然后使用分子标记作图对稳定的QTL进行验证。[结果]两个F_(2)群体的QTL-Seq分析发现8号染色体存在一个较为稳定的QTL位点qChalk8。进一步通过分子标记作图将该QTL定位于17.6-18.5Mb,该QTL位点的LOD值为7.08,表型贡献率为15.9%。[结论]利用QTL-Seq和分子标记作图定位了粳稻垩白粒率相关QTL-qChalk8,为粳稻垩白调控基因进一步的精细定位和基因克隆奠定了基础。 展开更多
关键词 水稻 垩白 垩白粒率 qtl-Seq qtl定位
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优质蛋白玉米‘荃玉9号’主要营养品质性状的QTL定位
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作者 李燕 梁增浩 +8 位作者 杨荣志 刘志涛 谭君 邓路长 陈洁 杨麟 何文铸 朱永卉 唐海涛 《中国农学通报》 2024年第23期16-21,共6页
油分、蛋白质和淀粉是玉米籽粒的主要营养成分,同时也是玉米重要的品质性状。为探索更多玉米品质相关的QTL,本研究以优质蛋白玉米‘荃玉9号’构建的F2:3群体为材料,通过方差分析和QTL定位方法,对玉米籽粒品质性状(包括油分、蛋白质和淀... 油分、蛋白质和淀粉是玉米籽粒的主要营养成分,同时也是玉米重要的品质性状。为探索更多玉米品质相关的QTL,本研究以优质蛋白玉米‘荃玉9号’构建的F2:3群体为材料,通过方差分析和QTL定位方法,对玉米籽粒品质性状(包括油分、蛋白质和淀粉含量)进行了遗传分析。在新都和简阳2地共检测到24个品质性状QTL,其中仅与油分含量、蛋白质含量和淀粉含量相关的QTL分别为9、9和2个,与多个品质性状相关的QTL为4个,QTL在10条染色体上均有分布,单个QTL可解释的表型贡献率为1.92%~34.43%。染色体上Bin7.01(6399330~8305989)的QTL在2个环境同时被检测到,可以解释12.68%~18.13%的表型变异且有加性效应,是控制玉米油分含量的主效QTL。本研究为玉米品质改良的分子辅助育种工作提供了基础数据资料,为后续的育种实践提供了有力支撑。 展开更多
关键词 玉米 籽粒品质 品质性状 油分 油分含量 蛋白质 蛋白质含量 淀粉 淀粉含量 qtl定位 遗传分析 主效qtl
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蓖麻收获指数相关性状QTL定位及候选基因分析
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作者 张肖肖 殷学贵 +5 位作者 陆建农 黄冠荣 张柳琴 刘朝裕 林海虹 左金鹰 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第3期77-87,共11页
为揭示蓖麻收获指数遗传规律及挖掘其候选基因,同时为蓖麻收获指数遗传改良提供参考,通过9048×16-201杂交组合构建了F_(2)和BC_(1)(F_(1)×P_(2))群体,利用完备区间作图法(ICIM-ADD)对收获指数及相关性状进行了表型性状研究及... 为揭示蓖麻收获指数遗传规律及挖掘其候选基因,同时为蓖麻收获指数遗传改良提供参考,通过9048×16-201杂交组合构建了F_(2)和BC_(1)(F_(1)×P_(2))群体,利用完备区间作图法(ICIM-ADD)对收获指数及相关性状进行了表型性状研究及QTL定位,并利用S1群体对主效QTL簇进行验证。综合发现,收获指数与单株产量、单株蒴果数、单株粒数、主穗结实率、一级分枝穗结实率呈极显著正相关,与单株结实率、二级分枝穗结实率、单株百粒质量及单株有效穗数呈正相关,与生物量、根质量呈负相关;单株产量与其他性状间均呈正相关。在F_(2)/BC_(1)群体中共检测到收获指数及相关性状31/21个QTL,贡献率在1.64%~19.96%/0.90%~11.51%。共发现了4个增效等位基因来源于16-201的稳定QTL和5个主效QTL,其中的3个主效QTL(FqSRPS3-3、FqSRPBS3-3和BqSRSBS3-1)和2个稳定QTL(FqSRPS3-3/BqSRPS3-1、BqSRPBS3-1)聚拢在第3染色体的QTL-cluster1(RCM915~RCM950,997.10 kb)上,且在S1群体上再次检测到8个QTL-cluster1的等位QTL。因此,进一步在QTL-cluster1里,甄选了3个候选基因(Rc-US03g04790、Rc-US03g05640和Rc-US03g05810),它们在双亲多个组织中差异表达,每个候选基因在高表达亲本的相对表达量是低表达亲本的2.34~880.06倍,1.85~51.56倍和2.01~236.03倍。 展开更多
关键词 蓖麻 收获指数 qtl定位 主效qtl 候选基因
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谷子籽粒类黄酮含量和粒色的QTL定位
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作者 秦娜 叶珍言 +6 位作者 朱灿灿 付森杰 代书桃 宋迎辉 景雅 王春义 李君霞 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1719-1727,共9页
谷子(Setaria italica L.)是我国北方地区重要的粮食作物,籽粒营养丰富,且富含多种类黄酮物质,对生长发育和品质形成发挥着重要作用。目前谷子籽粒类黄酮合成及粒色形成相关调控机制研究较少。分析谷子类黄酮含量及粒色性状相关的QTL,... 谷子(Setaria italica L.)是我国北方地区重要的粮食作物,籽粒营养丰富,且富含多种类黄酮物质,对生长发育和品质形成发挥着重要作用。目前谷子籽粒类黄酮合成及粒色形成相关调控机制研究较少。分析谷子类黄酮含量及粒色性状相关的QTL,为类黄酮合成关键基因的精细定位、克隆及功能研究奠定基础,同时,也为揭示谷子类黄酮合成及代谢机制和培育富含类黄酮谷子品种提供技术支撑。本研究以红粒色高类黄酮品种金苗红酒谷和黄粒色低类黄酮品种豫谷28为亲本构建的包含150个家系的重组自交系(RIL)群体为试验材料,在谷子成熟期对籽粒粒色和类黄酮含量相关性状进行分析。同时,采用复合区间作图法(composite interval mapping,CIM)对粒色和类黄酮含量进行QTL定位与分析,并对QTL置信区间内的候选基因进行预测。相关性分析表明,类黄酮含量与粒色呈显著正相关。共定位到4个与类黄酮含量相关和11个与粒色相关的QTL,分别位于1号、2号、5号、6号、7号、8号和9号染色体上,单个QTL的表型贡献率为2.01%~29.25%,6个为主效QTL,其中,qSC1-2和qFLA1-1、qSC7-1和qFLA7-1、qSC9-3和qFLA9-1为2个性状下共同定位到的QTL。通过基因预测与功能注释,筛选出QTL置信区间内5个与类黄酮物质合成及代谢相关的候选基因,表明类黄酮物质的合成、代谢及利用相关基因极有可能控制了这些基因的表达。15个QTL分别聚集于7条染色体上,基于基因功能注释,共筛选了5个与谷子类黄酮合成及代谢相关的候选基因,表明不同QTL位点参与到了共同遗传机制,并可通过分子标记辅助选择进行类黄酮合成及代谢等有利基因的聚合育种。 展开更多
关键词 谷子 类黄酮含量 粒色 qtl定位 候选基因
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大豆株型与产量相关性状QTL定位及候选基因预测
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作者 滕卫丽 高鹏 +7 位作者 刘晨煦 赵慧艳 岳阳 史飞飞 林峰 赵雪 韩英鹏 李文滨 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期1-13,共13页
为探究与大豆株型和产量相关QTL位点及候选基因,对以东农42(♀)和东农50(♂)为亲本,与168个家系构建的F_(2:12)、F_(2:13)重组自交系(Recombination inbred lines,RILs)群体的株高、分枝数、四粒荚数、百粒重性状测定表型数据,运用IBM S... 为探究与大豆株型和产量相关QTL位点及候选基因,对以东农42(♀)和东农50(♂)为亲本,与168个家系构建的F_(2:12)、F_(2:13)重组自交系(Recombination inbred lines,RILs)群体的株高、分枝数、四粒荚数、百粒重性状测定表型数据,运用IBM SPSS Statistics、R语言进行统计和相关性分析,并利用完备区间作图法(Inclusive composite interval mapping,ICIM)进行加性效应及上位效应分析,共计定位到43个QTL位点,贡献率超过10%的主效位点为14个,包括株高3个、分枝数8个、四粒荚数1个和百粒重2个;其中11个位点与前人已报道位点重合,分别位于4、6、8、16和19号染色体上;qBN-6-2(13.21%)、qBN-6-5(19.96%)和qBN-6-6(13.69%)为3个环境重复定位到的位点,qHSW-19-1与多个已报道位点均有重合。通过上位性分析,获得株高、分枝数、四粒荚数和百粒重位点分别为3、6、6和62对。根据所定位到的物理区间和定量预测,筛选到Glyma.04G238800、Glyma.03G181600、Glyma.08G271900、Glyma.18G278800和Glyma.19G187000等5个与株高、分枝数、四粒荚数和百粒重性状相关的候选基因,为分子辅助育种奠定基础。 展开更多
关键词 大豆 株高 分枝数 四粒荚数 百粒重 qtl
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植物生长发育动态QTL解析研究进展 被引量:1
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作者 付威 韦素云 陈赢男 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期9-19,共11页
准确而有效的QTL定位是克隆目的基因、开展分子育种的前提和基础。植物生长发育随外界环境因子变化而变化,其动态发育的不同时期表型是不同主效基因/QTL动态表达的结果,基于生长停滞期表型数据的传统主效基因/QTL分析只能估算QTL在多个... 准确而有效的QTL定位是克隆目的基因、开展分子育种的前提和基础。植物生长发育随外界环境因子变化而变化,其动态发育的不同时期表型是不同主效基因/QTL动态表达的结果,基于生长停滞期表型数据的传统主效基因/QTL分析只能估算QTL在多个时期的累积效应,并不能充分反映该基因位点在发育过程中的真实作用模式及效应,不能真实反映QTL在不同发育时期的动态表达模式,无法获取数量性状的动态信息。全生长周期的动态QTL分析为在分子水平上研究植物生长发育动态的遗传机制、鉴定主效基因提供了良好策略。本文总结了动态QTL分析的遗传模型、分析方法及其在植物发育数量性状定位中的研究进展,并对当前动态QTL分析存在的问题和发展趋势进行了展望,以期为植物生长发育动态QTL解析及分子标记辅助选育提供参考。 展开更多
关键词 动态qtl 条件qtl 植物生长发育 遗传模型 条件分析法 功能作图
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栽培花生籽仁面积和周长性状的QTL定位分析
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作者 钟文 胡晓辉 +5 位作者 杨国群 王素雯 苗华荣 张胜忠 陈静 王菲菲 《花生学报》 北大核心 2024年第3期1-8,共8页
籽仁面积和周长是影响花生籽仁大小和外观的重要性状。本研究以‘鲁花11号’ב06B16’构建的重组自交系(recombinant inbred line,RIL)群体为试验材料,对花生籽仁面积和籽仁周长在4个环境进行性状考察及QTL定位分析。基于表型数... 籽仁面积和周长是影响花生籽仁大小和外观的重要性状。本研究以‘鲁花11号’ב06B16’构建的重组自交系(recombinant inbred line,RIL)群体为试验材料,对花生籽仁面积和籽仁周长在4个环境进行性状考察及QTL定位分析。基于表型数据和高密度遗传图谱信息,在A04和B06染色体上定位到15个与籽仁面积和籽仁周长性状相关的QTL,其中8个与籽仁面积相关,7个与籽仁周长相关。控制籽仁面积和周长的主效位点qSAB06.1d和qSPB06a在多个不同环境均能检测到,表型贡献率为9.52%~33.78%,其增效等位基因均来自鲁花11号,共定位在B06染色体138.53~140.76 Mb区域内。对主效位点qSAB06.1d/qSPB06a进行功能注释,鉴定到3个编码转运蛋白、1个编码ABA受体PYL和1个编码钙调磷酸酶的基因,它们可能是调控花生籽仁面积和周长的候选基因。本研究将为花生产量和外观性状的精细定位和遗传改良奠定理论基础。 展开更多
关键词 花生 籽仁面积 籽仁周长 qtl定位
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玉米南方锈病主效抗病QTL的鉴定和效应分析
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作者 李志敏 李政 +1 位作者 丁俊强 田志强 《河南农业科学》 北大核心 2024年第7期109-116,共8页
以玉米南方锈病感病自交系Lx9801为母本、抗病自交系TY4为父本构建了含有165个家系的BC_(1)F_(4)群体,利用23K SNP芯片对亲本和BC_(1)F_(4)群体进行基因型分型,共筛选出4654个亲本间具有多态性的SNP标记,构建高密度的遗传连锁图谱,结合... 以玉米南方锈病感病自交系Lx9801为母本、抗病自交系TY4为父本构建了含有165个家系的BC_(1)F_(4)群体,利用23K SNP芯片对亲本和BC_(1)F_(4)群体进行基因型分型,共筛选出4654个亲本间具有多态性的SNP标记,构建高密度的遗传连锁图谱,结合群体在3个环境下的抗性鉴定结果,共检测到6个QTL,可以解释3.93%~17.87%的表型变异。其中位于第6染色体上的qSCR6.01在3个环境中都检测到,可以解释最大17.87%的表型变异,是一个稳定的QTL。利用TY4与Lx9801组配的包含366个家系的BC1F5群体,对qSCR6.01进行精细定位,结合抗病区域内的标记开发和关键重组单株的抗性鉴定,将抗性位点定位在M2与M3标记之间,区间大小为4.09 Mb,此抗病位点暂被命名为RppT。 展开更多
关键词 玉米 南方锈病 抗病qtl 精细定位
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基于WGS构建葡萄高密度遗传图谱及抗炭疽病QTL定位
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作者 潘凤英 曲俊杰 +4 位作者 黄羽 韦荣福 郭泽西 尹玲 孙大运 《中外葡萄与葡萄酒》 北大核心 2024年第3期30-37,共8页
葡萄炭疽病是一种危害葡萄成熟果实的真菌病害,严重影响葡萄的产量和品质。美洲种葡萄具有适应南方湿热气候且高抗炭疽病的特点,因此构建美洲葡萄高密度分子遗传图谱,定位其抗炭疽病QTL,利用其中的抗病基因指导葡萄抗病育种具有重要意... 葡萄炭疽病是一种危害葡萄成熟果实的真菌病害,严重影响葡萄的产量和品质。美洲种葡萄具有适应南方湿热气候且高抗炭疽病的特点,因此构建美洲葡萄高密度分子遗传图谱,定位其抗炭疽病QTL,利用其中的抗病基因指导葡萄抗病育种具有重要意义。本研究以美洲葡萄‘C30-5-1’165株自交后代为作图群体,基于全基因组测序(WGS)开发SNP标记,构建遗传图谱,并对葡萄抗炭疽病QTL进行分析。构建的葡萄分子遗传图谱总遗传距离为3138.74 cM,相邻标记间平均遗传距离为0.98 cM,分布均匀。根据群体炭疽病抗性表型数据,在11号连锁群上检测到1个炭疽病抗性相关QTL,命名为Cgr2,可解释表型变异5.0%,是一个微效QTL。与葡萄参考基因组比对分析发现,该QTL区域包含2个候选抗性基因,分别编码UDP糖基转移酶和类黄酮3’-单加氧酶,它们可能对葡萄炭疽病抗性起重要作用。 展开更多
关键词 葡萄 遗传图谱 抗炭疽病 qtl定位
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基于高世代姊妹系发掘玉米穗长性状QTL及候选基因 被引量:1
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作者 孙瑞东 李艺萌 +6 位作者 黄然 刘颖 周筱航 丁明阳 刘新航 吕香玲 李凤海 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期270-278,共9页
玉米穗长通过影响穗粒数,进而影响产量,是育种改良的重要目标性状之一。发掘与穗长性状相关QTL和基因对穗长性状的遗传改良具有重要意义。本研究以一对穗长具有显著差异的高世代姊妹系为亲本,构建F2群体并自交得到F2:3,利用Maize6H-60K... 玉米穗长通过影响穗粒数,进而影响产量,是育种改良的重要目标性状之一。发掘与穗长性状相关QTL和基因对穗长性状的遗传改良具有重要意义。本研究以一对穗长具有显著差异的高世代姊妹系为亲本,构建F2群体并自交得到F2:3,利用Maize6H-60K基因芯片分别对亲本及F2群体进行基因型分析,并通过ICIM、GCIM和dQTGseq 3种方法对F2和F2:3群体的穗长进行QTL定位。结果表明,3种方法共定位到7个与穗长相关QTL位点和43个QTNs,解释了2.04%~10.24%的表型变异。交叉分析不同方法得出的定位结果,在6号染色体上发现一个调控穗长的稳定QTL qEL6.01。根据定位区间内基因注释的结果,并结合参考基因的表达谱数据,共筛选出5个在雌穗中表达的候选基因:Zm00001d035514、Zm00001d035526、Zm00001d035537、Zm00001d035553和Zm00001d035535。本研究结果为玉米穗长基因的克隆及育种改良奠定了基础。 展开更多
关键词 玉米 穗长性状 qtl 基因芯片 候选基因
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济麦44/济麦229重组自交系群体籽粒蛋白质含量QTL分析 被引量:1
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作者 单宝雪 刘秀坤 +9 位作者 肖延军 展晓孟 黄金鑫 刘百川 张玉梅 李豪圣 刘建军 高欣 曹新有 赵振东 《山东农业科学》 北大核心 2024年第1期1-9,共9页
小麦籽粒蛋白质含量与面团流变学特性及加工特性的关系密不可分。本研究在2020—2021年济南试验基地(E1)及2021—2022年济南试验基地(E2)和济阳试验基地(E3)三个环境下,以“济麦44×济麦229”构建的包含285个家系的重组自交系群体(F... 小麦籽粒蛋白质含量与面团流变学特性及加工特性的关系密不可分。本研究在2020—2021年济南试验基地(E1)及2021—2022年济南试验基地(E2)和济阳试验基地(E3)三个环境下,以“济麦44×济麦229”构建的包含285个家系的重组自交系群体(F2∶6RILs)为材料,利用小麦55K SNP芯片构建高密度遗传连锁图谱,对籽粒蛋白质含量进行QTL分析。结果共筛选到2344个SNP标记用于构建遗传连锁图谱,图谱总长度3349.95 cM,平均标记密度为1.43 cM/标记。通过对籽粒蛋白质含量的QTL分析,共检测到18个籽粒蛋白质含量相关QTL,分布在1A、1B、2B、3D、4B、4D、5A、5B、5D、7A、7B共11条染色体上。Qpc.saas.4B-1在E1、E2和E3三个环境和BLUE(最佳线性无偏估计)值中均被稳定检测到,可以解释3.26%~23.79%的表型变异。Qpc.saas.4D和Qpc.saas.5A在两个环境和BLUE值中被检测到,分别解释2.42%~11.18%和2.48%~5.47%的表型变异,且Qpc.saas.4D与小麦矮秆基因Rht-D1b物理位置重合。本研究中检测到的QTL新位点Qpc.saas.4B-1、Qpc.saas.4D和Qpc.saas.5A是控制籽粒蛋白质含量的主效基因,具有高表型变异解释率。本研究结果可为小麦品质育种提供分子标记及理论参考。 展开更多
关键词 小麦 籽粒蛋白质含量 qtl分析 重组自交系 55K SNP芯片
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基于InDel标记的谷子株高QTL定位 被引量:1
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作者 杜晓芬 钱枰励 +5 位作者 唐楚楚 杜德杰 韩康妮 李禹欣 王智兰 王军 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期217-225,共9页
插入/缺失(InDel)标记在植物基因组中广泛分布,然而谷子中InDel标记的数量十分有限。为挖掘InDel位点和开发分子标记,本研究基于衡谷12号和长农35号的深度重测序结果,分析其单核苷酸多态性(SNP)、InDel和结构变异(SV)。利用JoinMap 4软... 插入/缺失(InDel)标记在植物基因组中广泛分布,然而谷子中InDel标记的数量十分有限。为挖掘InDel位点和开发分子标记,本研究基于衡谷12号和长农35号的深度重测序结果,分析其单核苷酸多态性(SNP)、InDel和结构变异(SV)。利用JoinMap 4软件构建连锁遗传图谱,利用WinQTLCart 2.5软件定位株高数量性状位点(QTL),利用生物信息学、测序和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行候选基因分析。研究表明,3种变异类型数量由多到少排序为SNP>InDel>SV;获得1392个在衡谷12号和长农35号中具有多态性的InDel标记,多态性率为35.14%,这些标记在谷子9条染色体上分布不均;获得一张包含467个InDel标记的谷子遗传连锁图谱,该图谱总图距448.45 cM,平均图距0.96 cM;利用F2群体定位了4个株高QTL(qPH5-1、qPH5-2、qPH9-1和qPH9-2),进一步利用重组自交系(RIL)群体对其中2个效应值较大的QTL(qPH5-1和qPH9-2)进行验证,结果重新检测到qPH9-2,似然比的自然对数(LOD)值为93.6,加性效应为-46.15,解释表型贡献率(PVE)达91.06%;Seita.9G080400在编码区存在2处非同义突变,且在茎中表达水平呈极显著差异,推测Seita.9G080400可能是控制株高的关键候选基因。本研究开发的InDel标记能够良好地应用于株高QTL定位,同时可为谷子种质资源鉴定、亲缘关系分析等研究提供一套好用的分子标记。 展开更多
关键词 谷子 重测序 标记开发 连锁遗传图谱 株高 qtl
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花生含油量的遗传基础与QTL定位研究进展
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作者 张月 王志慧 +4 位作者 淮东欣 刘念 姜慧芳 廖伯寿 雷永 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期529-542,共14页
花生是我国重要的油料作物,含油量是花生重要的品质性状和育种目标。花生含油量每提高1个百分点,相当于增产2个百分点,油脂加工利润可提高7个百分点。培育高油高产花生品种是增加食用油供给和保障食用油供给安全的重要途径。本文概述了... 花生是我国重要的油料作物,含油量是花生重要的品质性状和育种目标。花生含油量每提高1个百分点,相当于增产2个百分点,油脂加工利润可提高7个百分点。培育高油高产花生品种是增加食用油供给和保障食用油供给安全的重要途径。本文概述了花生含油量表型鉴定的4种常用方法;阐述了花生含油量的遗传特性是多基因控制的数量性状,即受加性效应和显性效应的影响,也存在基因型和环境互作;总结了已报道的含油量QTL124个,表型变异解释率超过10%的主效位点有36个,分布在A03、A05和A08上的8个主效QTL可重复检测到;构建了一张花生含油量的一致性遗传图谱,A08染色体上33.59~50.24 Mb为热点区间;介绍了油脂合成及调控相关基因等方面的研究进展,以期为花生含油量遗传改良和高油品种培育提供理论指导。 展开更多
关键词 花生 含油量 遗传特性 qtl定位 基因
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基于QTL和转录组测序鉴定甘蓝型油菜耐旱候选基因
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作者 李阳阳 吴丹 +11 位作者 许军红 陈倬永 徐昕媛 徐金盼 唐钟林 张娅茹 朱丽 严卓立 周清元 李加纳 刘列钊 唐章林 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期820-835,共16页
干旱胁迫严重限制了甘蓝型油菜种植面积的扩大和产量的提升。耐旱性是由多基因控制的复杂数量性状,将QTL定位与转录组测序相结合,是鉴定甘蓝型油菜耐旱候选基因的有效手段。本研究对甘蓝型油菜干旱敏感品系三六矮和耐旱品系科里纳-2构建... 干旱胁迫严重限制了甘蓝型油菜种植面积的扩大和产量的提升。耐旱性是由多基因控制的复杂数量性状,将QTL定位与转录组测序相结合,是鉴定甘蓝型油菜耐旱候选基因的有效手段。本研究对甘蓝型油菜干旱敏感品系三六矮和耐旱品系科里纳-2构建的F2:6和F2:8重组自交系群体幼苗进行正常灌溉和干旱胁迫处理,测定地上部鲜重、地上部干重、叶片相对含水量、丙二醛和可溶性糖含量,利用SSR和SNP多态性分子标记构建遗传连锁图谱,鉴定耐旱相关QTL和候选区间,结合耐旱材料No11和干旱敏感材料No28的转录组测序,筛选耐旱相关候选基因。研究结果表明:干旱胁迫使甘蓝型油菜幼苗地上部鲜重、地上部干重和叶片相对含水量下降,使叶片丙二醛和可溶性糖含量上升;耐旱相关QTL和候选区间分布于A01、A02、A06、A08、A09、A10、C02、C03、C04、C06和C09染色体;对耐旱材料和干旱敏感材料正常灌溉、干旱24 h、36 h和48 h进行转录组分析,主要差异表达基因显著富集到光合作用、脂肪酸代谢、氨基酸代谢、植物激素信号转导、核糖体、昼夜节律及角质、木栓素和蜡质的生物合成等相关途径;将QTL与转录组测序相结合,鉴定到28个耐旱相关候选基因,主要编码FLC、bHLH105、TGA4、TEM1、ERF003、ACO3、CHLI1、LHCB6和PORC等,具有转录因子活性、乙烯产生和信号传导、叶绿素生物合成与结合、叶绿素氧化还原酶以及编码核糖体相关蛋白等功能。这些结果可为揭示甘蓝型油菜耐旱机理及分子标记辅助选育耐旱新品种奠定基础。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 耐旱 qtl 转录组 候选基因
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利用龙稻5号/中优早8号RIL群体定位粒形QTL
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作者 侯本福 杨传铭 +5 位作者 张喜娟 杨贤莉 王立志 王嘉宇 李红宇 姜树坤 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期13-24,共12页
【目的】粒形是决定稻米产量、品质和商品价值的重要数量性状之一。本研究旨在利用水稻重组自交系群体鉴定控制粒形的QTL,为水稻粒形基因的挖掘和长粒形粳稻育种应用奠定基础。【方法】以短圆粒形的粳型超级稻品种龙稻5号(LD5)为母本和... 【目的】粒形是决定稻米产量、品质和商品价值的重要数量性状之一。本研究旨在利用水稻重组自交系群体鉴定控制粒形的QTL,为水稻粒形基因的挖掘和长粒形粳稻育种应用奠定基础。【方法】以短圆粒形的粳型超级稻品种龙稻5号(LD5)为母本和细长粒形的早熟籼稻品种中优早8号(ZYZ8)为父本构建包含176个家系的重组自交系群体测定粒长、粒宽、长宽比和粒厚等粒形性状,分析粒形性状间的关系并进行QTL定位和比较分析。【结果】利用区间作图法共检测到8个粒形QTL,分布在3、5、6、7和11号染色体上,表型贡献率范围为4.69%~18.89%,LOD值范围为2.52~8.74。这8个QTL包括3个粒长QTL qGL3、qGL7和qGL11,2个粒宽QTL qGW3和qGW5,2个粒厚QTL qGT3和qGT6,1个长宽比QTL qLWR3。其中,qGL3、qGL7、qGW3、qGW5和qLWR3可以在3个年份稳定检测到。利用多环境联合分析共检测到14个粒形QTL,包括qGL2、qGL3、qGL7和qGL11共4个粒长QTL;qGW3和qGW5共2个粒宽QTL;qGT3、qGT5和qGT6共3个粒厚QTL;qLWR3a、qLWR3b、qLWR5、qLWR7和qLWR11共5个长宽比QTL,分布在2、3、5、6、7和11号染色体上,表型贡献率范围为2.28%~15.78%,LOD值范围为4.20~20.90。与已克隆的粒形基因进行染色体位置比较发现,qGL3/qLWR3区间包含已克隆的GL3.1;qGW5区间包含已克隆的GW5;qLWR3b/qGT3区间包含已克隆的TGW3。【结论】利用区间作图法和多环境联合分析的方法从龙稻5号和中优早8号的重组自交系群体中共鉴定了14个粒形QTL,其中8个QTL是两种方法重复检测到的。这些QTL定位区间内包含已克隆的GL3.1、TGW3和GW5等粒形基因。 展开更多
关键词 水稻 粒形 qtl定位 分子辅助育种
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玉米氮效率QTL定位和候选基因筛选
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作者 韩旭东 杨传奇 +7 位作者 张擎 李亚伟 杨夏夏 何佳甜 薛吉全 张兴华 徐淑兔 刘建超 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第21期4175-4191,共17页
【目的】实现玉米养分高效利用的遗传改良是保障国家粮食安全的重要途径。挖掘玉米氮高效QTL与相关候选基因可为提高玉米氮肥使用效率,为培育高产高效玉米品种提供理论基础。【方法】通过对KA105/KB024构建的重组自交系群体在不同氮素... 【目的】实现玉米养分高效利用的遗传改良是保障国家粮食安全的重要途径。挖掘玉米氮高效QTL与相关候选基因可为提高玉米氮肥使用效率,为培育高产高效玉米品种提供理论基础。【方法】通过对KA105/KB024构建的重组自交系群体在不同氮素处理下的籽粒产量以及氮肥偏生产力、耐低氮系数、氮肥农学利用效率进行QTL定位分析,同时,结合亲本KA105在苗期低氮水平下的转录组数据筛选差异表达基因,利用共表达分析挖掘玉米氮效率候选基因,并利用qRT-PCR对筛选到的候选基因进行验证。【结果】通过定位分析,共检测到36个分布在不同染色体上的QTL,可解释1.63%—17.26%的表型变异。其中,鉴定到8个表型变异解释率超过10%的主效QTL,7个在不同性状或环境下共同被鉴定到的遗传稳定QTL。其中,位于第1染色体的qNNGYP1在前人研究中被多次检测到,其表型解释率可达11.73%,不同环境下多个QTL(qNNGYP1和qPFPN1)在此区间内被检测到,可作为重点区段进行更进一步的研究。结合苗期低氮胁迫下转录组数据,在QTL区间内共筛选到39个差异表达基因,进行共表达网络预测后,鉴定到6个节点基因作为候选基因,qRT-PCR结果显示,在2种氮处理下,候选基因的表达趋势与转录组数据相同。其中,GRMZM2G366873参与生长素稳态的调控,可能通过生长素信号转导参与玉米低氮胁迫、干旱胁迫与硼胁迫的响应,并调控玉米穗长;GRMZM2G414192参与光合系统对低氮胁迫的响应,其蛋白含量受油菜素甾醇调控;GRMZM2G414043与玉米粒长及生物量相关;GRMZM2G040642可能参与氮的远距离信号传导。【结论】检测到36个QTL,分布于第1、4、5、7、8和9染色体上,其中,包含8个主效QTL(PVE>10%)。筛选到GRMZM2G366873、GRMZM2G414192、GRMZM2G414043、GRMZM2G040642可作为玉米氮效率候选基因。 展开更多
关键词 玉米 氮效率 qtl 转录组 候选基因
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基于遗传解析新模式的小麦寡分蘖QTL的鉴定和验证
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作者 张智源 周界光 +11 位作者 刘家君 王素容 王同著 赵聪豪 尤佳宁 丁浦洋 唐华苹 刘燕林 江千涛 陈国跃 魏育明 马建 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1373-1383,共11页
有效分蘖数可直接影响小麦的成穗数,与产量关系极为密切。挖掘小麦分蘖数相关数量性状位点,解析分蘖数与其他重要农艺性状之间的相关性,可为分子育种提供理论依据。本研究首先提出和建立了“多个环境评价-单个性状深入-综合性状兼顾-友... 有效分蘖数可直接影响小麦的成穗数,与产量关系极为密切。挖掘小麦分蘖数相关数量性状位点,解析分蘖数与其他重要农艺性状之间的相关性,可为分子育种提供理论依据。本研究首先提出和建立了“多个环境评价-单个性状深入-综合性状兼顾-友好标记开发-不同背景验证”的遗传解析新模式。进一步利用该模式,以寡分蘖自然变异植株msf和川农16(CN16)构建的F6代重组自交系群体(MC群体)为实验材料,以多年多点的有效分蘖数作为表型数据,借助基于16K芯片构建的遗传连锁图谱成功定位和验证了寡分蘖遗传调控位点。QTL定位结果显示,1A、5A和6D染色体上有4个控制寡分蘖的QTL。其中Qltn.sau-MC-1A为稳定主效的寡分蘖QTL,解释了13.39%~60.40%的表型变异,其正效应位点来源于msf。表型分析发现,携带Qltn.sau-MC-1A正效应位点株系的有效分蘖数显著少于携带Qltn.sau-MC-1A负效应位点株系的有效分蘖数。相关性分析表明,有效分蘖数和株高之间存在极显著的正相关,与千粒重、每穗粒数、每穗粒重、旗叶宽之间存在显著的负相关,有效分蘖数与旗叶长、开花期之间无显著相关。遗传分析结果表明,Qltn.sau-MC-1A正效应位点显著增加每穗粒数、每穗粒重和千粒重,但推迟开花期。不同遗传背景下的验证结果表明,携带Qltn.sau-MC-1A正效应位点的株系确实能降低有效分蘖数。综上,本研究建立了一种遗传解析新模式,并基于此模式解析、定位和验证了一个控制寡分蘖的主效QTL Qltn.sau-MC-1A,为进一步精细定位和了解分蘖形成机制奠定了基础。 展开更多
关键词 小麦 遗传解析新模式 16K SNP芯片 qtl 寡分蘖 产量
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水旱条件下小麦持绿相关性状QTL定位
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作者 陈晨 程宇坤 +4 位作者 王伟 任毅 张海燕 陈慧波 耿洪伟 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2684-2698,共15页
干旱是影响小麦生产中最重要的非生物胁迫。延长叶片持绿周期,进而增加光合时间,提高光合效率,对小麦在旱胁迫下保证有机物积累,最终达到小麦产量的稳定具有重要的意义。了解小麦旗叶持绿性保持的发育和遗传特征,并探索与小麦持绿基因... 干旱是影响小麦生产中最重要的非生物胁迫。延长叶片持绿周期,进而增加光合时间,提高光合效率,对小麦在旱胁迫下保证有机物积累,最终达到小麦产量的稳定具有重要的意义。了解小麦旗叶持绿性保持的发育和遗传特征,并探索与小麦持绿基因密切相关且不受环境影响的稳定的分子标记,应用于育种可大大缩短抗旱育种周期。本研究以扬麦16和中麦895衍生的174个家系的DH群体为试验材料,通过设置正常滴灌(NI)和干旱胁迫(DS)处理,对2年2个水分处理下花后10 d、14 d、18 d、22 d、26 d和30 d旗叶绿色叶面积百分率(GLA)及叶绿素相对含量(SPAD值)进行表型测定,运用Gompertz模型模拟出GLA(%)变化趋势。将达到最大衰老速度的时间(TMRS)、绿色叶面积持续期(GLAD)、平均衰老速率(ARS)、旗叶快速衰老开始的时间(T1)、旗叶快速衰老结束的时间(T2)和旗叶动态SPAD值等11个持绿相关性状进行QTL定位。结果表明,水旱条件下,DH群体和亲本不同日龄下的GLA,衰老特征参数和旗叶动态SPAD值均存在超亲分离现象,并表现出一定差异。各家系和亲本不同日龄下的GLA均呈缓慢-快速-缓慢的动态下降趋势,快速衰老主要集中在18 d、22 d和26 d。除ARS和GLA-10D呈负相关,其余性状之间均呈现正相关。各性状遗传力范围在0.50~0.81之间。连锁分析在2个及以上环境中共鉴定到27个与小麦持绿相关的稳定位点,其中11个与小麦衰老特征参数相关,16个与旗叶动态SPAD值相关,分布在1A、1B、4B、4D、5D、7B和7D染色体上,分别解释表型变异3.86%~14.11%和2.99%~17.45%。在4B、4D和7B染色体上有1个调控T1和5个调控SPAD值的QTL在3个环境中被重复检测到,分别解释8.97%~14.11%和6.85%~17.45%的表型变异。QTL聚合效应分析发现,含有Rht-D1b和AA基因型的位点对SPAD-10D具有显著的增效作用和累加效应,含有GG和TT基因型的位点对SPAD-18D具有显著的增效作用和累加效应。在4B、4D、7B和7D染色体上发现了4个效应明显的QTL簇,位于4D染色体的QTL簇中存在不受水分环境影响的区段(18.80~28.58 Mb),该区段内包含Rht-D1基因,调控SPAD-0D和SPAD-10D的位点可能受到该基因的多效应影响。候选基因分析发现TraesCS4D01G054000、TraesCS1B01G434300和TraesCS7B01G010200等8个影响持绿相关性状的候选基因。以上研究结果为小麦持绿性分子标记辅助育种提供了理论依据。 展开更多
关键词 小麦 持绿相关性状 qtl定位 聚合效应 候选基因
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基于不同遗传群体的大豆分枝数QTL定位分析
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作者 朱晨博 张东梅 +7 位作者 孙明明 刘淼 袁明 贾晓轲 赵艳强 张艳婷 杨明亮 陈庆山 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1017-1028,共12页
分枝数是大豆重要的农艺性状,与大豆株型结构、产量潜力和适应性密切相关。为挖掘大豆分枝数稳定遗传位点,本研究以多分枝大豆Charleston和主茎型大豆东农594为亲本构建的148份重组自交系群体(RILs)和以主茎型大豆绥农14和多分枝野生大... 分枝数是大豆重要的农艺性状,与大豆株型结构、产量潜力和适应性密切相关。为挖掘大豆分枝数稳定遗传位点,本研究以多分枝大豆Charleston和主茎型大豆东农594为亲本构建的148份重组自交系群体(RILs)和以主茎型大豆绥农14和多分枝野生大豆ZYD00006为亲本构建的213份染色体片段代换系(CSSLs)2个遗传群体为试验材料,采用ICIMapping软件中的完备区间作图法(inclusive composite interval mapping,ICIM)和Win-QTL-Cart 2.5软件中的复合区间作图法(composite interval mapping,CIM),对2018-2021年两个遗传群体的分枝数表型数据进行QTL分析,对QTL置信区间内的候选基因进行挖掘。共检测到17个与大豆分枝数性状相关的QTL位点,其中qBNA2_1和qBNK_1在不同年份和不同群体中稳定出现,分布在第8和9号染色体。根据基因注释等信息对两个QTL区间内的候选基因进行筛选,并通过qRT-PCR预测Glyma.08G053700、Glyma.08G068200、Glyma.08G082400和Glyma.09G167100为调控分枝数的候选基因。本研究结果有助于探明大豆分枝数形成的遗传机制,为大豆理想株型研究提供候选基因与材料支撑。 展开更多
关键词 大豆 重组自交系(RIL) 染色体片段代换系(CSSL) 分枝数 qtl 候选基因
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利用高密度遗传图谱挖掘水稻芽期耐盐QTL
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作者 雷蕾 孙世臣 +5 位作者 曹良子 丁国华 周劲松 白良明 洛育 夏天舒 《广东农业科学》 CAS 2024年第9期18-29,共12页
【目的】挖掘水稻芽期耐盐新位点,为进一步开展基因功能分析和盐渍土直播生产提供理论依据。【方法】以耐盐品种‘龙稻133’和盐敏品种‘彩稻’衍生的169个RIL群体为试验材料,利用包含1107个高质量多态性Bin标记的高密度遗传连锁图谱,... 【目的】挖掘水稻芽期耐盐新位点,为进一步开展基因功能分析和盐渍土直播生产提供理论依据。【方法】以耐盐品种‘龙稻133’和盐敏品种‘彩稻’衍生的169个RIL群体为试验材料,利用包含1107个高质量多态性Bin标记的高密度遗传连锁图谱,对对照和0.5%NaCl胁迫下的胚芽鞘长、胚根数、胚根长以及相对胚芽鞘长、相对胚根数和相对胚根长共9个性状进行QTL定位分析。【结果】高密度遗传连锁图谱共覆盖水稻基因组2957.35 cM,标记间的平均距离为2.67 cM。12条染色体含有的平均标记数为92.25个。描述性统计分析表明,亲本‘龙稻133’的耐盐性显著高于‘彩稻’,亲本的性状表型值位于RIL群体的极值之间,群体表现出超亲分离现象。盐胁迫严重抑制RIL群体的胚芽鞘长、胚根数和胚根长,且不同株系受胁迫影响差异较大,各性状基本符合正态分布,具有数量性状的遗传特性。连锁分析共鉴定到19个QTL,贡献率为2.58%~14.83%,发现2个QTL区间内存在已克隆的耐盐相关基因,其中qTCL3区间内包含DST,qRRN10区间内包含OsMSRA4.1。此外,发现控制盐胁迫下胚芽鞘长的qTCL10、控制相对胚芽鞘长的qRCL10以及控制相对胚根长的qRRL10均位于同一QTL区间内;控制盐胁迫下胚根长的qTRL7和控制相对胚根长的qRRL7也位于同一QTL区间内。2个共定位区间内的25个候选基因qRT-PCR分析结果显示,盐处理后,LOC_Os07g44210、LOC_Os07g44240、LOC_Os07g44250、LOC_Os07g44350、LOC_Os10g42940和LOC_Os10g43060在‘彩稻’或‘龙稻133’均显著上调表达。其中,LOC_Os07g44350在盐处理后的‘龙稻133’胚芽鞘和胚根内均极显著上调表达。【结论】发掘19个与水稻芽期耐盐相关QTL,其中包含2个共定位位点qTRL7和qTCL10,2个共定位区间内共有25个候选基因。通过qRT-PCR分析发现6个在盐处理后表达量上调的基因,其中LOC_Os07g44350是芽期耐盐的重要候选基因。 展开更多
关键词 高密度Bin图谱 qtl 重组自交系 耐盐 水稻 芽期
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