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基于16S rDNA测序分析中药复方石苦秦散对腹泻小鼠盲肠的影响
1
作者 姜玲玲 许浩翔 +4 位作者 周景瑞 雷露 李婷 张亚楠 余波 《贵州农业科学》 CAS 2024年第3期86-96,共11页
【目的】探明止泻中药复方石苦秦散对蓖麻油和番泻叶所致腹泻小鼠肠道微生物的影响,为研究石苦秦散止泻作用机制奠定基础。【方法】将70只小鼠分为正常对照组、阳性药物组、蓖麻油模型组、蓖麻油中药预防组、番泻叶模型组、番泻叶中药... 【目的】探明止泻中药复方石苦秦散对蓖麻油和番泻叶所致腹泻小鼠肠道微生物的影响,为研究石苦秦散止泻作用机制奠定基础。【方法】将70只小鼠分为正常对照组、阳性药物组、蓖麻油模型组、蓖麻油中药预防组、番泻叶模型组、番泻叶中药预防组和番泻叶中药治疗组,按试验设计进行灌胃处理后,观察各组小鼠腹泻情况,针对不同药物腹泻模型采集十二指肠、盲肠观察肠道病理变化,最后采集各组盲肠内容物进行16S rDNA测序。【结果】腹泻指数显示,灌胃1 h番泻叶中药预防组和中药治疗组均极显著(P<0.01)低于番泻叶模型组;蓖麻油模型灌胃2 h与正常对照组差异极显著。肠道病理变化主要为制造腹泻模型后黏膜下层有少量炎性细胞浸润,除正常对照组外其他组肌层和浆膜变薄。盲肠Alpha测序显示,蓖麻油造模后,中药预防组能显著提高盲肠菌群丰度和多样性;Beta多样性PCoA分析表明,蓖麻油模型组与其他组样本明显分开;物种分类显示,2种药物腹泻模型处理后中药预防组和治疗组均不同程度提高拟杆菌门(Bacteroidetes)、软壁菌门(Tenericutes)丰度,降低变形菌门(Proteobacteria)丰度;属水平在正常范围内,降低乳杆菌(Lactobacillus)和大肠杆菌(Escherichia)丰度,提高有益菌Mucispirillum和拟普雷沃菌属(Alloprevotella)丰度。【结论】蓖麻油和番泻叶小鼠腹泻模型使用中药复方石苦秦散预防和治疗后,可明显改善肠道微生物丰度,特别是炎症反应相关的微生物,说明石苦秦散可通过调整肠道炎症修复发挥止泻作用。 展开更多
关键词 小鼠 腹泻指数 石苦秦散 盲肠菌群 16S rdna测序
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基于16S rDNA测序技术的膝骨关节炎湿热痹阻证、寒湿痹阻证患者肠道菌群差异性研究
2
作者 叶敏兰 唐晓颇 +1 位作者 高阳鹭 王建 《中国中医药信息杂志》 CAS CSCD 2024年第1期152-158,共7页
目的比较膝骨关节炎(KOA)湿热痹阻证、寒湿痹阻证患者与健康人群肠道菌群构成及多样性特征的差异,探讨2种中医证型KOA患者的肠道菌群特征。方法根据纳入及排除标准,选取湿热痹阻证组、寒湿痹阻证组、健康对照组各10例,收集粪便标本,利用... 目的比较膝骨关节炎(KOA)湿热痹阻证、寒湿痹阻证患者与健康人群肠道菌群构成及多样性特征的差异,探讨2种中医证型KOA患者的肠道菌群特征。方法根据纳入及排除标准,选取湿热痹阻证组、寒湿痹阻证组、健康对照组各10例,收集粪便标本,利用16S rDNA测序技术,通过Alpha及Beta多样性分析等方法,对比组间肠道菌群差异。结果3组肠道菌群的物种丰富度无明显差异,但寒湿痹阻证组与湿热痹阻证组、健康对照组之间物种多样性差异有统计学意义(P<0.05)。3组肠道菌群构成差异有统计学意义(P=0.001)。门水平上拟杆菌门和厚壁菌门占明显优势,属水平上湿热痹阻证组和寒湿痹阻证组普雷沃氏菌属丰度增加。湿热痹阻证组肠杆菌科、毛螺菌属、克雷伯氏菌属等丰度较大,寒湿痹阻证组普雷沃氏菌属、假单胞菌属等丰度较大。结论KOA湿热痹阻证与寒湿痹阻证患者肠道菌群结构存在一定差异。 展开更多
关键词 膝骨关节炎 湿热痹阻证 寒湿痹阻证 肠道菌群 16S rdna
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基于16S rDNA测序分析不同剩余采食量皖南黄兔盲肠中微生物菌落多样性
3
作者 王源朗 齐平平 +2 位作者 丁海生 赵辉玲 黄冬维 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期549-557,共9页
[目的]本研究旨在探究皖南黄兔个体间剩余采食量水平差异与盲肠菌群多样性的关系。[方法]选取体重、年龄相近的110只皖南黄兔仔兔进行60 d的饲养试验,试验结束后测定个体剩余采食量(residual feed intake, RFI),根据RFI值选出5只高RFI和... [目的]本研究旨在探究皖南黄兔个体间剩余采食量水平差异与盲肠菌群多样性的关系。[方法]选取体重、年龄相近的110只皖南黄兔仔兔进行60 d的饲养试验,试验结束后测定个体剩余采食量(residual feed intake, RFI),根据RFI值选出5只高RFI和5只低RFI皖南黄兔母兔,分别为H组(高RFI值)和L组(低RFI值)。利用16S rDNA扩增子测序技术对H组和L组母兔盲肠内容物进行比较分析。[结果]不同剩余采食量水平的家兔盲肠菌群组成丰富度无显著差异(P>0.05),而菌落多样性存在一定差异。L组黄兔盲肠微生物中纺锤链杆属(Fusicatenibacter)、经黏液真杆菌属(Blautia)、毛螺菌属(Lachnospira)、草酸杆菌属(Oxalobacter)、肠杆菌属(Intestinibacter)的相对丰度显著高于H组(P<0.05);Paludicola、Mailhella、螺杆菌属(Helicobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)的相对丰度显著低于H组(P<0.05)。[结论]不同RFI水平的皖南黄兔群体盲肠菌群多样性和结构组成存在一定差异,包括毛螺菌属、纺锤链杆菌属、结肠杆菌等与血脂代谢、血糖调节过程相关的菌群在两组间的丰度存在显著差异。调节肠道菌群的结构及丰度可能是改善家兔饲料利用效率的有效途径。 展开更多
关键词 盲肠微生物 16S rdna测序 皖南黄兔 剩余采食量
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基于16S rDNA测序技术探讨地骨皮对自发性高血压大鼠肠道菌群的影响
4
作者 单雨薇 庞童奇 +1 位作者 袁媛 陈贺 《实用中医内科杂志》 2024年第4期1-3,I0001,I0002,共5页
目的探讨地骨皮对自发性高血压大鼠的降压作用及对肠道微生物组成的影响。方法通过16S rDNA测序技术探讨自发性高血压大鼠经地骨皮水提液干预后肠道微生物结构的变化。结果给药后大鼠血压下降,通过测序结果发现拟杆菌门、厚壁菌门等12... 目的探讨地骨皮对自发性高血压大鼠的降压作用及对肠道微生物组成的影响。方法通过16S rDNA测序技术探讨自发性高血压大鼠经地骨皮水提液干预后肠道微生物结构的变化。结果给药后大鼠血压下降,通过测序结果发现拟杆菌门、厚壁菌门等12个生物标志物。结论地骨皮提取物可能通过调节SHR大鼠肠道内菌群的丰度和比值,起到降低血压的效果。 展开更多
关键词 地骨皮 16S rdna 肠道菌群 自发性高血压
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基于16S rDNA测序对中重度牙周炎伴脑梗死患者龈下菌斑微生物群落结构分析
5
作者 钟晓雪 王慧 +2 位作者 陈敏哲 常睿 贺小宁 《海南医学院学报》 CAS 北大核心 2024年第6期428-434,共7页
目的:运用16S rDNA测序比较分析中重度牙周炎伴脑梗死患者的龈下菌斑微生物群落结构特征及多样性,并初步探讨中重度牙周炎与脑梗死的相关性。方法:根据纳入和排除标准,采集中重度牙周炎患者10例(PD组)、中重度牙周炎伴脑梗死患者10例(CI... 目的:运用16S rDNA测序比较分析中重度牙周炎伴脑梗死患者的龈下菌斑微生物群落结构特征及多样性,并初步探讨中重度牙周炎与脑梗死的相关性。方法:根据纳入和排除标准,采集中重度牙周炎患者10例(PD组)、中重度牙周炎伴脑梗死患者10例(CI-PD组)和健康人群10例(CK组)的龈下菌斑,通过Illumnia NovaSeq 6000测序平台对16S rDNA V3-V4区进行测序,运用Qiime、R、mothur及SPSS等软件进行生物信息学分析。结果:PD和CI-PD组龈下菌群结构较为相似,但两组龈下菌群多样性较健康组有显著差异(P<0.05)。在菌门和菌属水平上,PD与CI-PD组最多的物种是拟杆菌门和梭杆菌属,而CK组是放线菌门和梭杆菌属。PD和CI-PD组龈下菌斑微生物群落中卟啉单胞菌属、普雷沃氏菌属、密螺旋体属、产丝菌属和TG5较CK组增加(P<0.05);CI-PD组龈下菌斑微生物群落中的奈瑟菌属、劳特罗普氏菌属、二氧化碳嗜纤维菌属、罗氏菌属、嗜血杆菌属、心杆菌属显著低于PD组(P<0.05)。结论:CK、PD和CI-PD 3组龈下菌斑微生物群落结构存在差异性,初步提示中重度牙周炎伴脑梗死患者龈下菌斑微生物群落中卟啉单胞菌属、普雷沃氏菌属、密螺旋体属、产丝菌属及TG5的增加和奈瑟菌属、劳特罗普氏菌属、二氧化碳嗜纤维菌属、罗氏菌属、嗜血杆菌属及心杆菌属的减少可能与脑梗死相关。 展开更多
关键词 16S rdna 微生物群落 龈下菌斑 牙周炎 脑梗死
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基于16S rDNA测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响
6
作者 刘剑华 张光际 +1 位作者 袁橙 卢妍彤 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2024年第3期99-105,共7页
为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,... 为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物移植组和粪便菌移植组的抗球虫指数分别为173.12和164.38,可以抵抗柔嫩艾美耳球虫的感染。以上结果表明,柔嫩艾美耳球虫感染破坏了原始肠道菌群,鸡盲肠的组成和结构被改变,促进了以埃希菌-志贺菌为代表的致病菌快速生长和定殖,而正常鸡肠道内存在益生菌,可保护机体对抗柔嫩艾美耳球虫感染。 展开更多
关键词 鸡 柔嫩艾美耳球虫 肠道菌群 16S rdna测序 粪菌移植
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4种乳菇属真菌的形态学与rDNA-ITS鉴定
7
作者 田慧敏 李江 《中国瓜菜》 CAS 北大核心 2024年第1期56-63,共8页
为明确内蒙古赤峰地区常见有毒乳菇种类,准确、快速地识别有毒乳菇,将采集的4个乳菇属Lactarius真菌标本采用传统形态学分类方法进行鉴定,同时提取子实体DNA,使用真菌通用引物ITS1/ITS4进行PCR扩增,用Blast对扩增产物纯化测序所得的序... 为明确内蒙古赤峰地区常见有毒乳菇种类,准确、快速地识别有毒乳菇,将采集的4个乳菇属Lactarius真菌标本采用传统形态学分类方法进行鉴定,同时提取子实体DNA,使用真菌通用引物ITS1/ITS4进行PCR扩增,用Blast对扩增产物纯化测序所得的序列进行比对,采用MEGA5.1软件构建系统发育树确定属和种。结果表明,2种方法鉴定结果一致,标本CFSZ10167为毛头乳菇[Lactarius torminosus(Schaeff.)Pers.],标本CFSZ10216为绒边乳菇[Lactarius pubescens(Fr.ex Kronbh.)Fr.],标本CFSZ13021为灰褐乳菇[Lactarius pyrogalus(Bull.)Fr.],3种均为胃肠炎型毒菌,CFSZ10044为皱乳菇(Lactarius ruginosus Romagn),为中国新记录种,主要特点是菌盖棕褐色、浅褐色,有绒质感,盖缘呈齿状,孢子球形具小刺,食毒不明。对4个种的形态学特征进行了详细描述,并附有生境图片和显微图像,研究结果为乳菇属物种鉴定和资源分布提供了重要补充,并为常见毒菌识别提供了理论依据。 展开更多
关键词 乳菇属 毒菌 形态学 rdna-ITS测序鉴定 系统发育树
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基于16S rDNA测序技术分析实验用猫的肠道菌群特征
8
作者 郑路 周子娟 +5 位作者 侯正梓檀 李昶仪 王福金 陈军 王靖宇 董建一 《实验动物科学》 2024年第1期45-50,共6页
目的通过16S rDNA高通量测序研究不同品种和不同性别实验用猫肠道菌群的变化特征。方法选取实验用猫21只,根据实验用猫的品种和性别进行分组,按品种分组(普通组=12只、品种组=9只),按性别分组(雄性组=9只、雌性组=12只)。采取猫的粪便样... 目的通过16S rDNA高通量测序研究不同品种和不同性别实验用猫肠道菌群的变化特征。方法选取实验用猫21只,根据实验用猫的品种和性别进行分组,按品种分组(普通组=12只、品种组=9只),按性别分组(雄性组=9只、雌性组=12只)。采取猫的粪便样本,提取DNA,PCR扩增,利用通过16S rDNA高通量测序进行菌群结构及多样性的差异分析。结果实验用猫门水平的优势菌为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门(相对丰度之和大于96%)。属水平相对丰度水平较高的菌群为链球菌属、肠球菌属、欧鲁森氏菌属、普雷沃氏菌属、双歧杆菌属和柯林斯菌属。性别可对实验用猫肠道菌群的构成产生影响,且雄性猫和雌性猫之间存在丰度有统计学差异的菌种。相较于雌性猫,普雷沃氏菌属、柔嫩梭菌属和土孢杆菌属在雄性猫的肠道中的相对丰度增加(t检验,P<0.05)。结论利用16S rDNA高通量测序分析了实验用猫的肠道菌群的组成、丰度等基本特点,并阐述了性别及品种对实验用猫肠道菌群物种组成的影响。 展开更多
关键词 16S rdna高通量测序 肠道菌群 实验用猫
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向日葵染色体核型特征及rDNA分布分析
9
作者 马琴 王祉诺 +5 位作者 琚铭 秦灵灵 张战有 张海洋 牛庆杰 苗红梅 《河南农业科学》 北大核心 2023年第2期66-73,共8页
为揭示向日葵染色体核型和结构特征特性,以栽培种向日葵白葵杂6号(H-01A×RHA-K)为试验材料,采用改良的酶解去壁低渗法和涂片技术,进行向日葵染色体形态观察和核型分析。同时,以45S和5S rDNA重复序列为探针,采用荧光原位杂交(Fluore... 为揭示向日葵染色体核型和结构特征特性,以栽培种向日葵白葵杂6号(H-01A×RHA-K)为试验材料,采用改良的酶解去壁低渗法和涂片技术,进行向日葵染色体形态观察和核型分析。同时,以45S和5S rDNA重复序列为探针,采用荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization,FISH)技术,对向日葵染色体rDNA分布进行物理定位和分析。染色体形态观察结果显示,白葵杂6号有3对染色体为随体染色体。栽培种向日葵染色体长度介于3.87~5.37μm;染色体多为中等染色体(M1和M2类型);相对长度组成为16M2+18M1。白葵杂6号(2n=34)染色体组核型公式为2n=2x=34=32m+2M,染色体组为1A核型,核型不对称系数为50.51%。rDNA FISH结果显示,栽培种向日葵有3对染色体(第5、9、13对染色体)携带有45S rDNA,荧光信号分布在染色体短臂末端;2对染色体(第5、7对染色体)携带有5S rDNA,分布在染色体短臂端部;1对染色体(第5对染色体)同时携带有45S rDNA和5S rDNA。 展开更多
关键词 向日葵 染色体 核型分析 荧光原位杂交 rdna
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基于16S rDNA测序探索食管鳞状细胞癌患者肠道菌群特征
10
作者 张玉双 孔令洋 +4 位作者 管佳畅 李建波 王一然 王瑜 李晶 《中国全科医学》 CAS 北大核心 2023年第20期2496-2502,共7页
背景食管癌是我国的高发肿瘤之一,其发病与死亡人数均为世界平均水平的2倍以上。在我国大多数食管癌发现时已是中晚期,预后较差,所以迫切需要早期诊断及干预治疗,目前肠道菌群在食管癌诊断及治疗中的作用备受关注。目的探索食管鳞状细... 背景食管癌是我国的高发肿瘤之一,其发病与死亡人数均为世界平均水平的2倍以上。在我国大多数食管癌发现时已是中晚期,预后较差,所以迫切需要早期诊断及干预治疗,目前肠道菌群在食管癌诊断及治疗中的作用备受关注。目的探索食管鳞状细胞癌患者肠道菌群基本特征。方法纳入2022年4—8月就诊于河北医科大学第四医院未经任何抗肿瘤治疗的食管鳞状细胞癌患者35例作为食管癌组,健康志愿者35例作为对照组。收集两组人群粪便标本,应用16S rDNA技术检测肠道菌群,根据检测结果物种注释情况分析两组人群肠道菌群的Alpha多样性、Beta多样性〔主坐标分析(PCoA)〕及菌群物种差异性〔线性判别分析及影响因子(LEfSe)分析〕。结果两组人群肠道菌群Alpha多样性香农(Shannon)、辛普森(Simpson)、Chao1、ACE及Goods_coverage指数比较均无明显差异(P>0.05);而PCoA图显示两组样本整体上相距较远,群落结构存在差异(t=10.837,P<0.001)。两组人群肠道菌群T-test检验结果在属水平共有16类菌属的丰度存在明显差异,相对丰度较高的前8位菌属中,食管癌组栖粪杆菌属(Faecalibacterium)、罗斯氏菌属(Roseburia)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)丰度低于对照组,乳杆菌属(Lactobacillus)、罗姆布茨菌属(Romboutsia)、瘤胃球菌属组(Ruminococcus_torques_group)、肠杆菌属(Intestinibacter)、土杆菌属(Turicibacter)丰度高于对照组(P<0.05)。LEfSe分析结果显示14种肠菌丰度存在差异,在属及种水平上与对照组相比,食管癌组Faeculibacterium及普拉梭菌(Faecalibacterium-prausnitzii)丰度降低,Romboutsia及Rombutsia-ilealis丰度升高(P<0.05)。结论食管鳞状细胞癌患者具有显著性差异肠菌,其中Faecalibacterium、Faecalibacterium-prausnitzii、Romboutsia及Rombutsia-ilealis可能是食管癌特异性改变物种,与食管癌发生密切相关。 展开更多
关键词 食管肿瘤 食管鳞状细胞癌 肠道菌群 16S rdna测序 Alpha多样性 Beta多样性 LEfSe分析
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基于16S rDNA分析首发抑郁症患者的代谢紊乱因素
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作者 辛红梅 王双喜 +4 位作者 李丽 威力斯 齐玉梅 张婧 王无忌 《精神医学杂志》 2023年第2期161-166,共6页
目的通过16S rDNA测序技术对首发抑郁症患者肠道菌群分布、多样性和基因功能进行分析,探讨抑郁症患者代谢变化的情况。方法选取首发抑郁症患者13例为研究组,选取本市健康对照11名为对照组。采用16S rDNA基因测序法对两组肠道菌群进行物... 目的通过16S rDNA测序技术对首发抑郁症患者肠道菌群分布、多样性和基因功能进行分析,探讨抑郁症患者代谢变化的情况。方法选取首发抑郁症患者13例为研究组,选取本市健康对照11名为对照组。采用16S rDNA基因测序法对两组肠道菌群进行物种注释分析和功能比较,统计两组肠道菌群分布、多样性和基因功能的变化。结果PCoA分析显示,两组群落组成结构比较,差异有统计学意义(P<0.05)。在门水平,研究组厚壁菌门(Fimicutes)降低、拟杆菌门(Bacteroidota)升高(P<0.05)。在属水平,研究组拟杆菌属(Bacteroides)和副拟杆菌属(Parabacteroides)的丰度升高(P<0.05)。研究组标志微生物为:变形菌纲(Alphaproteobacteria),拟杆菌门(Bacteroidota),拟杆菌纲(Bacteroidia)和拟杆菌目(Bacteroidales)。在三级KEGG途径分类下,与对照组相比,研究组苯丙氨酸生物合成、色氨酸生物合成、半胱氨酸和蛋氨酸代谢、缬氨酸合成、亮氨酸和异亮氨酸合成、胰岛素抗性和胰岛素信号路径的基因表达量降低(P<0.05),转运功能、缬氨酸降解、亮氨酸和异亮氨酸降解、脂肪酸降解、谷胱甘肽代谢和PPAR信号路径的基因表达量升高(P<0.05)。结论肠道菌群结构及其基因功能的改变是导致机体代谢紊乱的重要因素,检测肠道菌群变化可为临床防治抑郁症提供新思路,依据基因功能变化可为研究抑郁症发生的具体机制提供参考。 展开更多
关键词 肠道菌群 抑郁症 代谢紊乱 16S rdna扩增子测序
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基于16S rDNA测序的巢湖流域水体粪便污染溯源
12
作者 祁钊 赵相龙 +4 位作者 桑金慧 何振杰 傅丹丹 岳振宇 宋祥军 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1128-1138,共11页
排入地表水中的动物粪便会带来一系列生态与公共卫生问题,快速准确鉴别污染来源对于源头控制与污染治理具有重要意义。基于细菌群落的微生物溯源技术(Community-based microbial source tracking)以及高通量DNA测序技术(Nextgeneration ... 排入地表水中的动物粪便会带来一系列生态与公共卫生问题,快速准确鉴别污染来源对于源头控制与污染治理具有重要意义。基于细菌群落的微生物溯源技术(Community-based microbial source tracking)以及高通量DNA测序技术(Nextgeneration sequencing,NGS),对污染源中微生物和环境样本中的微生物群落进行比较分析,进而对水体中粪便污染来源进行预测。本文利用16S rDNA测序,系统分析与比较了巢湖流域水体、沉积物样本与广泛的潜在污染源(包括村庄与养猪场污水,野生水鸟粪便,人类与家禽、家畜粪便)的细菌群落组成,同时,利用基于机器学习的溯源软件FEAST与Sourcetracker,对水体、沉积物样本的潜在污染源进行了预测。结果表明:水体与沉积物样本的微生物多样性显著高于粪便样本,其中巢湖水体与河流沉积物样本具有最高的物种多样性,同时样本中也存在大量未分类物种。变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes)广泛分布于所有样本中。溯源分析结果表明,村庄排污口与污水处理厂排污口样本是河水样本最主要的污染来源,沉积物与湖水样本则预测存在猪场排污水与野生水鸟粪便的污染,所有样本未检测到来自人粪与鸡粪的污染。 展开更多
关键词 16S rdna测序 微生物群落 水体污染 微生物溯源
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基于rDNA-ITS序列的不同来源蜜环菌分类及生物学特性研究
13
作者 杨文权 刘玲 +4 位作者 张跃进 孙建华 刘彦铎 穆素杰 张小燕 《陕西农业科学》 2023年第11期1-6,13,共7页
为掌握不同来源的19株蜜环菌的(Armillaria spp.)的分类地位及生物学特性,对蜜环菌的rDNA-ITS进行测序及系统发育树分析,并对菌索分枝数、生物量和总萜的含量进行测定。结果表明,19株蜜环菌中,12株为蜜环菌狭义种(A.mellea),2株为芥黄... 为掌握不同来源的19株蜜环菌的(Armillaria spp.)的分类地位及生物学特性,对蜜环菌的rDNA-ITS进行测序及系统发育树分析,并对菌索分枝数、生物量和总萜的含量进行测定。结果表明,19株蜜环菌中,12株为蜜环菌狭义种(A.mellea),2株为芥黄蜜环菌(A.sinapina),1株为头柄蜜环菌(A.cepistipes),1株为高卢蜜环菌(A.gallica),1株为奥氏蜜环菌(A.ostoyae);19株蜜环菌只有15株在PDA培养基上能形成菌索,其中,菌株MC1、MC8、MC4、MC7和MA2的菌索分枝较多,菌株MA2、MB1和MC7的生物量较大,菌株MC5的总萜含量最高。因此,19株蜜环菌通过rDNA-ITS序列可以区分为不同的种类,根据菌索的生长特征,MA2和MC7是较优良的菌株,而菌株MC5是提取总萜的优良菌株。 展开更多
关键词 蜜环菌 rdna-ITS序列分析 生物学特性 菌索 生物量
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基于16S rDNA高通量测序技术分析受水灾影响猪场水样的菌群特征 被引量：1
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作者 洪勃 孙琪 +3 位作者 李栋凡 于学祥 库旭钢 何启盖 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期2092-2100,共9页
2021年7月,河南省部分地区突发特大水灾,致使受灾区域内的猪场损失惨重,本研究旨在探究水灾发生后猪场水样中存在的病原菌,为猪场防控可能出现的疾病提供技术支撑。通过实地采样和委托采样的方式,获得了26个受灾猪场中的48份水样,包括1... 2021年7月,河南省部分地区突发特大水灾,致使受灾区域内的猪场损失惨重,本研究旨在探究水灾发生后猪场水样中存在的病原菌,为猪场防控可能出现的疾病提供技术支撑。通过实地采样和委托采样的方式,获得了26个受灾猪场中的48份水样,包括19份猪饮用水、22份场内积雨水和7份废弃污水,采用菌落计数和高通量测序技术,对样品的细菌总数和菌群丰度进行分析研究,同时对采集的水样开展消毒剂杀菌试验。结果发现:饮用水、积雨水和污水中的平均含菌量分别为1.55×10^(5)、1.88×10^(8)和3.70×10^(9)CFU·mL^(-1),其中污水中的细菌总数最多,其次为积雨水,饮用水中的细菌总数最少,但远超国家饮用水的安全标准。本研究在不同种类的水样中均检测到了链球菌属、埃希氏杆菌属、弓形杆菌属、不动杆菌属和假单胞菌属等潜在的致病菌属,以及嗜低温弓形杆菌、猪链球菌、大肠杆菌、鲍曼不动杆菌和豚鼠气单胞菌等致病菌。杀菌试验显示,氯制剂终浓度达到2500mg·L^(-1),作用30 min即可杀灭积雨水和污水中所有的细菌。本研究发现,水灾后养猪场内的水样中含有多种致病菌,规模化猪场可选用含氯消毒剂对场内污染的水体进行消杀,以确保人和猪群的健康安全。 展开更多
关键词 16S rdna 猪场 洪水 细菌
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基于16S rDNA检测的肠道菌群移植对慢传输型便秘的作用研究 被引量：1
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作者 刘小倩 王志 +4 位作者 周培华 王丙开 刘晓静 蒋学军 袁方均 《实用临床医药杂志》 CAS 2023年第9期82-87,共6页
目的通过16S rDNA检测技术探讨慢传输型便秘(STC)患者肠道菌群特点以及肠道菌群移植(FMT)的作用。方法选取30例STC患者作为STC组,给予2个疗程的规范化FMT治疗;选取同期20例健康成年人作为对照组。采用粪便16S rDNA测序技术对STC组和对... 目的通过16S rDNA检测技术探讨慢传输型便秘(STC)患者肠道菌群特点以及肠道菌群移植(FMT)的作用。方法选取30例STC患者作为STC组,给予2个疗程的规范化FMT治疗;选取同期20例健康成年人作为对照组。采用粪便16S rDNA测序技术对STC组和对照组肠道菌群进行比较,并对STC患者实施FMT前后的肠道菌群进行比较。结果与对照组相比,STC组肠道菌群多样性降低,厚壁菌门相对丰度降低,而变形菌门和梭杆菌门相对丰度升高,差异均有统计学意义(P<0.05)。经FMT治疗后,功能性便秘患者菌群多样性升高,差异有统计学意义(P<0.05);在门水平上,STC患者实施FMT后拟杆菌门和梭状菌门相对丰度降低,而厚壁菌门和变形菌门相对丰度升高,差异有统计学意义(P<0.05)。STC组胃肠生活质量评分(GIQLI)、Wexner便秘评分均较治疗前下降,差异有统计学意义(P<0.05)。STC组抑郁自评量表(SDS)评分、焦虑自评量表(SAS)评分、匹兹堡睡眠质量评分(PSQI)均较治疗前下降,差异有统计学意义(P<0.05)。结论STC患者肠道菌群易发生紊乱,菌群多样性及分布发生改变。FMT可通过调节肠道菌群来改善便秘症状,改变肠道菌群的分布和多样性。 展开更多
关键词 慢传输型便秘 肠道菌群 肠道菌群移植 16S rdna检测技术
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基于16S rDNA高通量测序探讨肠道菌群对疟原虫感染小鼠的保护性作用 被引量：1
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作者 田爽 吴双 +3 位作者 李欣 廖国燕 杜云婷 陈光 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期99-106,共8页
目的探究Plasmodium berghei ANKA(P.bANKA)感染小鼠肠道菌群特异性改变及其保护性研究。方法C57BL/6小鼠随机分为正常对照组(NC组)和P.bANKA感染组(P.b A组),动态留取粪便进行16S rDNA高通量测序。建立益生菌预处理组(Pre-probiotics+P... 目的探究Plasmodium berghei ANKA(P.bANKA)感染小鼠肠道菌群特异性改变及其保护性研究。方法C57BL/6小鼠随机分为正常对照组(NC组)和P.bANKA感染组(P.b A组),动态留取粪便进行16S rDNA高通量测序。建立益生菌预处理组(Pre-probiotics+P.b A组),伊文思蓝灌注评估血脑屏障(BBB)完整性,苏木精-伊红(HE)染色,观察脑组织病理学改变。结果16S rDNA高通量测序分析,P.bANKA感染小鼠后肠道菌群以乳酸杆菌和罗伊乳酸杆菌明显下降为主要变化趋势,且呈时间依赖性。动物验证实验发现,与P.b A组相比,Pre-probiotics+P.b A组原虫血症水平较低,小鼠于感染后第14 d开始出现死亡且未发生脑疟神经系统症状,BBB完整性较好,脑组织无明显损伤。结论P.bANKA感染可明显改变宿主肠道菌群的结构和功能,其中以乳酸杆菌数量减少最为明显。外源性补充乳酸杆菌后可明显降低ECM小鼠原虫血症水平,提高生存率。其作用机制可能与保护BBB完整性,改善小鼠脑组织病理损伤密切相关。 展开更多
关键词 16S rdna Plasmodium berghei ANKA 肠道菌群 高通量测序 脑疟 乳酸杆菌
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基于rDNA序列分析的3种丛枝菌根真菌分子鉴定方法比较
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作者 农颖杰 卢昱帆 +5 位作者 许诗萍 高日芳 宋娟 张金莲 韦翔华 陈廷速 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期2854-2864,共11页
【目的】比较基于rDNA序列分析的3种丛枝菌根(AM)真菌分子鉴定方法,为提高AM真菌在种水平分子鉴定的准确性提供参考。【方法】对从柑橘和甘蔗等广西地区主要作物的根际土壤中分离出的AM真菌菌株(编号为A6、B3和GY3-1)进行形态学鉴定,再... 【目的】比较基于rDNA序列分析的3种丛枝菌根(AM)真菌分子鉴定方法,为提高AM真菌在种水平分子鉴定的准确性提供参考。【方法】对从柑橘和甘蔗等广西地区主要作物的根际土壤中分离出的AM真菌菌株(编号为A6、B3和GY3-1)进行形态学鉴定,再通过巢式PCR分别扩增AM真菌的18S rDNA、28S rDNA及含ITS1、5.8S rDNA和ITS2的序列(简写为ITS1+5.8S+ITS2),分别将其测序结果与GenBank数据库进行比对,并构建系统发育进化树,再结合形态学鉴定结果比较基于3个rDNA序列分析分子鉴定方法的准确性。【结果】菌株A6、B3和GY3-1的形态特征分别与幼套近明球囊霉(Claroideoglomus etunicatum)、黏质隔球囊霉(Septoglomus viscosum)和摩西斗管囊霉(Funnelifor-mis mosseae)一致。基于18S rDNA序列,将菌株A6鉴定为近明球囊霉属(Claroideoglomus),菌株GY3-1鉴定为摩西斗管囊霉(F.moessae),菌株B3鉴定为黏质隔球囊霉(S.viscosum)。基于28S rDNA序列,将菌株A6鉴定为幼套近明球囊霉(C.etunicatum),菌株B3鉴定为黏质隔球囊霉(S.viscosum),菌株GY3-1鉴定为摩西斗管囊霉(F.moessae)。基于ITS1+5.8S+ITS2序列,将菌株A6鉴定为幼套近明球囊霉(C.etunicatum),菌株B3鉴定为黏质隔球囊霉(S.visco-sum),菌株GY3-1鉴定为摩西斗管囊霉(F.moessae)。而综合3种分子鉴定结果,菌株A6、B3和GY3-1分别鉴定为幼套近明球囊霉(C.etunicatum)、黏质隔球囊霉(S.viscosum)和摩西斗管囊霉(F.mosseae)。【结论】3种方式均可用于AM真菌的在种水平上的分子鉴定,以18S rDNA与28S rDNA为主的鉴定方法相对简单且快速,更适用于对AM真菌在属水平的鉴定;以ITS1+5.8S+ITS2为主的鉴定方法步骤较繁琐,但鉴定至种水平的准确性较高。3种方法的分析结果在一定程度上可互相补充,加强对AM真菌分子鉴定结果的准确性。 展开更多
关键词 丛枝菌根真菌 rdna 系统发育进行树 分子鉴定
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应用16S rDNA扩增子序列分析去卵巢骨丢失小鼠口腔菌群的变化
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作者 陈浩彬 罗世城 +7 位作者 曹祚 张攻孜 张书威 隋熠 盛晨 石斌 罗杨 张立海 《解放军医学院学报》 CAS 北大核心 2023年第4期401-407,F0003,共8页
背景口腔微生物失调加重了多种口腔疾病和系统性疾病的进程。进入绝经后期的妇女罹患口腔黏膜病和加速牙周骨质丢失的风险更高,但口腔菌群变化与女性进入绝经后期之间的联系尚不清楚。目的应用16S rDNA扩增子测序,初步观察卵巢切除小鼠... 背景口腔微生物失调加重了多种口腔疾病和系统性疾病的进程。进入绝经后期的妇女罹患口腔黏膜病和加速牙周骨质丢失的风险更高,但口腔菌群变化与女性进入绝经后期之间的联系尚不清楚。目的应用16S rDNA扩增子测序,初步观察卵巢切除小鼠的口腔菌群结构变化。方法16只雌性C57BL/6J小鼠随机分为卵巢切除(ovariectomy,OVX)组和假手术(sham-operated,Sham)组。卵巢切除术4周后对股骨进行显微CT扫描和骨密度与骨参数的分析,取小鼠口腔拭子进行16S rDNA高通量测序。结果与Sham组比较,OVX组骨密度、骨体积分数、骨小梁厚度和骨小梁数量显著下降,骨表面积/骨体积和骨小梁分离度显著升高(P<0.05)。两组的口腔菌群共同含有687种ASVs,Sham组特有1086种,OVX特有930种。OVX组的Chao1指数与Sham组差异无统计学意义,但Simpson指数显著低于Sham组(P<0.05)。门水平上OVX组的拟杆菌门和梭杆菌门丰度较Sham组下降(P<0.05)。属水平上OVX组的梭杆菌属、乳酸乳球菌属、萨特氏菌属等菌属的丰度相比SHAM组降低(P<0.05);放线菌属等菌属的丰度相比Sham组升高(P<0.05)。LEfSe分析结果显示,Sham组厚壁菌门和芽孢杆菌纲(Bacilli)的相对丰度升高(P<0.05)。结论卵巢切除小鼠出现骨丢失现象,并且口腔菌群的多样性和菌群结构发生了改变,初步为研究绝经后妇女口腔菌群改变与口腔疾病加重的关系提供依据。 展开更多
关键词 16S rdna序列分析 绝经后期 口腔 微生物群 绝经后骨质疏松
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基于16S rDNA高通量测序研究肠道菌群与抗结核药物性肝损伤的相关性
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作者 姚琳 顾斌斌 +4 位作者 严瑾瑜 唐佩军 沈兴华 张建平 吴妹英 《临床肺科杂志》 2023年第12期1803-1809,1818,共8页
目的探讨初治肺结核患者抗结核治疗前后肠道菌群的差异及出现药物性肝损伤时肠道菌群的变化,分析肠道菌群与抗结核药物性肝损伤(ATLI)的相关性。方法收集2020年1月至2021年1月在苏州市第五人民医院确诊的初治肺结核患者抗结核治疗前后... 目的探讨初治肺结核患者抗结核治疗前后肠道菌群的差异及出现药物性肝损伤时肠道菌群的变化,分析肠道菌群与抗结核药物性肝损伤(ATLI)的相关性。方法收集2020年1月至2021年1月在苏州市第五人民医院确诊的初治肺结核患者抗结核治疗前后的粪便标本,并根据患者接受抗结核药物治疗4周内是否发生肝功能异常分为肝损组(ATLI组)与对照组(Non-ATLI组),采集发生肝损伤时的粪便标本。利用实验室生化分析仪检测肝功能相关指标;通过细菌16S rDNA高通量测序法比较抗结核前后肠道菌群的多样性、物种组成及组件丰度的变化情况,采用Spearman相关系数分析差异的肠道菌属与血清肝功能指标的关系。结果两组患者抗结核治疗前后肠道菌群的丰富度,菌群组成及相对丰度差异均具有统计学意义(P<0.05);两组患者抗结核治疗前后,肠道菌群的结构均发生了改变(P<0.05);通过LEfSe分析,两组患者之间共找到17个具有显著差异的分类群(P<0.05);进一步分析肠道差异菌与肝功能指标的关系,发现乳杆菌(Lactobacillus)、Herbinix、Anaerosporobacter、[Eubacterium]brachy group、变形杆菌(Proteus)、普雷沃氏菌属9(Prevotella 9)、肠杆菌(Enterobacter)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)均与肝功能指标AST、ALT存在相关性。结论肺结核患者抗结核治疗前后肠道菌群的动态变化表现出明显的差异,且差异菌属与抗结核药物性肝损伤的发生有一定的相关性。 展开更多
关键词 肺结核 肠道菌群 抗结核药物性肝损伤 16S rdna测序
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棉花45S rDNA内转录间隔区的克隆与分析
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作者 刘玉玲 翟靖靖 +5 位作者 李依 李兴燕 赵梓霖 张圣文 韦洋洋 彭仁海 《河南师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2023年第1期138-143,I0007,共7页
45S rDNA的内转录间隔区(Internal transcribed space,ITS)序列变异性强,是被广泛应用于物种间进化关系研究的序列标签.通过克隆艾克棉(Gossypium ekmanianum,AD_(6))、斯蒂芬斯棉(Gossypium stephensii,AD_(7))、异常棉(Gossypium anom... 45S rDNA的内转录间隔区(Internal transcribed space,ITS)序列变异性强,是被广泛应用于物种间进化关系研究的序列标签.通过克隆艾克棉(Gossypium ekmanianum,AD_(6))、斯蒂芬斯棉(Gossypium stephensii,AD_(7))、异常棉(Gossypium anomalum,B_(1))、戴维逊氏棉(Gossypium davidsonii,D_(3-d))、克劳茨基棉(Gossypium klotzschianum,D_(3-k))、旱地棉(Gossypium aridum,D_(4))6个棉种的ITS序列,首次获得新鉴定的2个四倍体棉种艾克棉和斯蒂芬斯棉的ITS区序列信息,补充了异常棉、克劳茨基棉和戴维逊氏棉3个棉种ITS区序列的未知碱基.基于ITS序列信息构建了涵盖A,B,C,D,E,F,AD7个基因组的棉属系统发育树,确定了新鉴定的2个四倍体棉种进化地位,探讨了棉属亲缘关系.研究结果补充和完善了棉属ITS序列信息,进一步明确了棉属间的进化关系,为棉属亲缘关系分析提供参考. 展开更多
关键词 棉属 ITS 45S rdna 进化分析
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